Multicentric study of the population structure of Staphylococcus aureus, its relationship with the microbiome, pathogenic cocoonisation by P. aeruginosa and clinical situation in cystic fibrosis (Q3202696)
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Project Q3202696 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Multicentric study of the population structure of Staphylococcus aureus, its relationship with the microbiome, pathogenic cocoonisation by P. aeruginosa and clinical situation in cystic fibrosis |
Project Q3202696 in Spain |
Statements
81,375.0 Euro
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162,750.0 Euro
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50.0 percent
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1 January 2016
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31 March 2020
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FUNDACION INVESTIGACION BIOMEDICA HOSPITAL RAMON Y CAJAL
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40°25'0.12"N, 3°42'12.89"W
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28079
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La colonización broncopulmonar por Pseudomonas aeruginosa condiciona el manejo del paciente con fibrosis quística (FQ). Suele estar precedida por Staphylocccus aureus que persiste (co-colonización) o es desplazado por P. aeruginosa. La colonización por S. aureus podría tener importancia en estos estadios y en la evolución posterior según el estudio multicéntrico previo PI12/00734 El proyecto actual ampliará los conocimientos de este patógeno en FQ. No se conoce la estructura poblacional de S. aureus en FQ en España, su relación con la resistencia y factores de virulencia, disfunción del operon agr (implicado en heterorresistencia y virulencia) y no hay estudios que analicen la dinámica del microbioma en las secreciones respiratorias y su implicación en diferentes estadíos (primocolonización, colonización crónica y exacerbación). En este proyecto abordará estos aspectos como objetivos. Cada Unidad de FQ (7 pediátricas y 9 de adultos), distribuidas por toda España, incluirá 12 pacientes, diferenciando el estado de colonización y características clínicas, con un seguimiento de un año. Se recogerán secreciones respiratorias y sueros de cada paciente y enviarán al centro coordinador (Hosp. Ramón y Cajal) para cultivo microbiológico, detección de patógenos, PCR-tiempo real, estudio poblacional (PFGE, MLST), caracterización de mecanismos de resistencia a antibióticos de elección en FQ y genes de virulencia y marcadores de inflamación. En 15 pacientes seleccionados, con (n=9) y sin (n=6) colonización por S. aureus, se estudiará por metagenómica (MiSeq) y bioinformática el microbioma y su dinámica de colonización de la mucosa respiratoria. Los resultados se compararán con los obtenidos en el proyecto PI12/00734 en pacientes colonizados por P. aeruginosa. Estos resultados servirán para nuevas herramientas de diagnóstico y recomendaciones clínicas en pacientes colonizados por S. aureus en FQ. (Spanish)
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Bronchopulmonary colonisation by Pseudomonas aeruginosa conditions the management of the patient with cystic fibrosis (CF). It is usually preceded by Staphylocccus aureus which persists (co-colonisation) or is displaced by P. aeruginosa. Colonisation by S. aureus could be of importance in these stages and in subsequent evolution according to the previous multicenter study PI12/00734 The current project will expand the knowledge of this pathogen in CF. The population structure of S. aureus in CF in Spain is not known, its relationship with resistance and virulence factors, operon agr dysfunction (involved in hetero-resistance and virulence) and there are no studies that analyse the dynamics of the microbiome in respiratory secretions and its involvement in different stages (primocolonisation, chronic colonisation and exacerbation). In this project it will address these aspects as objectives. Each CF Unit (7 pediatrics and 9 adults), distributed throughout Spain, will include 12 patients, differentiating colonisation status and clinical characteristics, with a one-year follow-up. Respiratory secretions and serums will be collected from each patient and sent to the coordinating centre (Hosp. Ramón y Cajal) for microbiological cultivation, detection of pathogens, PCR-real time, population study (PFGE, MLST), characterisation of mechanisms of resistance to antibiotics of choice in CF and virulence genes and markers of inflammation. In 15 selected patients, with (n=9) and without (n=6) colonisation by S. aureus, the microbiome and its colonisation dynamics of the respiratory mucosa will be studied by metagenomics (MiSeq) and bioinformatics. The results will be compared with those obtained in project PI12/00734 in patients colonised by P. aeruginosa. These results will serve for new diagnostic tools and clinical recommendations in patients colonised by S. aureus in CF. (English)
13 October 2021
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La colonisation bronchopulmonaire par Pseudomonas aeruginosa conditionne la prise en charge du patient atteint de fibrose kystique (CF). Elle est habituellement précédée de Staphylocccus aureus qui persiste (cocolonisation) ou est déplacée par P. aeruginosa. La colonisation par S. aureus pourrait être importante à ces stades et dans l’évolution subséquente selon l’étude multicentrique précédente PI12/00734 Le projet actuel élargira les connaissances de cet agent pathogène dans les FC. La structure de la population de S. aureus chez les CF en Espagne n’est pas connue, sa relation avec les facteurs de résistance et de virulence, la dysfonction opéron agr (impliquée dans l’hétérorésistance et la virulence) et il n’y a pas d’études qui analysent la dynamique du microbiome dans les sécrétions respiratoires et son implication à différents stades (primocolonisation, colonisation chronique et exacerbation). Dans le cadre de ce projet, il abordera ces aspects en tant qu’objectifs. Chaque unité des FC (7 enfants et 9 adultes), distribuée dans toute l’Espagne, comprendra 12 patients, différenciant l’état de colonisation et les caractéristiques cliniques, avec un suivi d’un an. Les sécrétions respiratoires et les sérums seront prélevés sur chaque patient et envoyés au centre de coordination (Hosp. Ramón y Cajal) pour la culture microbiologique, la détection d’agents pathogènes, la PCR-temps réel, l’étude des populations (PFGE, MLST), la caractérisation des mécanismes de résistance aux antibiotiques de choix dans les gènes CF et virulence et les marqueurs de l’inflammation. Chez 15 patients sélectionnés, avec (n=9) et sans colonisation (n=6) par S. aureus, le microbiome et sa dynamique de colonisation de la muqueuse respiratoire seront étudiés par la métagénomique (MiSeq) et la bioinformatique. Les résultats seront comparés à ceux obtenus dans le cadre du projet PI12/00734 chez les patients colonisés par P. aeruginosa. Ces résultats serviront à l’élaboration de nouveaux outils de diagnostic et de recommandations cliniques chez les patients colonisés par S. aureus dans les FC. (French)
5 December 2021
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Bronchopulmonale Kolonisation durch Pseudomonas aeruginosa bedingt die Behandlung des Patienten mit zystischer Fibrose (CF). Es wird in der Regel von Staphylocccus aureus, der fortbesteht (Kokolonisierung) oder wird durch P. aeruginosa vertrieben. Kolonisation durch S. aureus könnte in diesen Stadien und in der anschließenden Entwicklung gemäß der vorherigen multizentrischen Studie PI12/00734 von Bedeutung sein. Das aktuelle Projekt wird das Wissen über diesen Krankheitserreger im CF erweitern. Die Populationsstruktur von S. aureus im CF in Spanien ist nicht bekannt, seine Beziehung zu Resistenz- und Virulenzfaktoren, Operaon-Agr-Dysfunktion (beteiligt an Hetero-Widerstand und Virulenz) und es gibt keine Studien, die die Dynamik des Mikrobioms in Atemsekretionen und seine Beteiligung in verschiedenen Stadien (primocolonisation, chronische Kolonisierung und Exazerbation) analysieren. In diesem Projekt wird sie diese Aspekte als Ziele behandeln. Jede CF-Einheit (7 pädiatrische und 9 Erwachsene), die in ganz Spanien verteilt wird, umfasst 12 Patienten, die den Kolonisationsstatus unterscheiden und klinische Merkmale mit einem einjährigen Follow-up. Atemsekrete und Serume werden von jedem Patienten gesammelt und in die Koordinierungsstelle (Hosp. Ramón y Cajal) für den mikrobiologischen Anbau, Nachweis von Krankheitserregern, PCR-Echtzeit, Populationsstudie (PFGE, MLST), Charakterisierung von Mechanismen der Resistenz gegen Antibiotika der Wahl in CF- und Virulenzgenen und Entzündungsmarkern. Bei 15 ausgewählten Patienten mit (n=9) und ohne (n=6) Kolonisation durch S. aureus werden das Mikrobiom und seine Kolonisationsdynamik der Atemschleimhaut durch Metagenomics (MiSeq) und Bioinformatik untersucht. Die Ergebnisse werden mit denen des Projekts PI12/00734 bei Patienten verglichen, die von P. aeruginosa kolonisiert wurden. Diese Ergebnisse dienen für neue Diagnoseinstrumente und klinische Empfehlungen bei Patienten, die von S. aureus im CF kolonisiert werden. (German)
9 December 2021
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Bronchopulmonale kolonisatie door Pseudomonas aeruginosa beïnvloedt de behandeling van de patiënt met cystische fibrose (CF). Het wordt meestal voorafgegaan door Staphylocccus aureus die aanhoudt (co-kolonisatie) of wordt verplaatst door P. aeruginosa. Kolonisatie door S. aureus zou van belang kunnen zijn in deze stadia en in de daaropvolgende evolutie volgens de vorige multicenter studie PI12/00734 Het huidige project zal de kennis van dit pathogeen in CF uitbreiden. De populatiestructuur van S. aureus in CF in Spanje is niet bekend, de relatie met resistentie en virulentiefactoren, operon agr disfunctie (betrokken bij hetero-resistentie en virulentie) en er zijn geen studies die de dynamiek van het microbiome in respiratoire secreties analyseren en de betrokkenheid ervan in verschillende stadia (primocolonisatie, chronische kolonisatie en exacerbatie). In dit project zullen deze aspecten als doelstellingen worden behandeld. Elke CF-eenheid (7 kinderen en 9 volwassenen), verspreid over Spanje, omvat 12 patiënten, onderscheidende kolonisatiestatus en klinische kenmerken, met een follow-up van één jaar. Ademhalingssecreties en serums worden bij elke patiënt verzameld en naar het coördinatiecentrum gestuurd (Hosp. Ramón y Cajal) voor microbiologische teelt, detectie van pathogenen, PCR-real time, populatiestudie (PFGE, MLST), karakterisering van mechanismen van resistentie tegen antibiotica van keuze in CF en virulentiegenen en merkers van ontsteking. Bij 15 geselecteerde patiënten, met (n=9) en zonder (n=6) kolonisatie door S. aureus, zal het microbiome en de kolonisatiedynamiek van het ademhalingsslijmvlies worden onderzocht door middel van metagenomica (MiSeq) en bio-informatica. De resultaten worden vergeleken met die verkregen in project PI12/00734 bij patiënten die gekoloniseerd worden door P. aeruginosa. Deze resultaten zullen dienen voor nieuwe diagnostische hulpmiddelen en klinische aanbevelingen bij patiënten gekoloniseerd door S. aureus in CF. (Dutch)
17 December 2021
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Colonizzazione broncopolmonare da Pseudomonas aeruginosa condizioni di gestione del paziente con fibrosi cistica (CF). Di solito è preceduta da Staphylocccus aureus che persiste (co-colonizzazione) o viene spostata da P. aeruginosa. La colonizzazione da parte di S. aureus potrebbe essere importante in queste fasi e nella successiva evoluzione secondo il precedente studio multicentrico PI12/00734 L'attuale progetto amplierà la conoscenza di questo patogeno in CF. La struttura della popolazione di S. aureus in CF in Spagna non è nota, il suo rapporto con i fattori di resistenza e virulenza, la disfunzione operon agr (coinvolto in etero-resistenza e virulenza) e non ci sono studi che analizzano la dinamica del microbioma nelle secrezioni respiratorie e il suo coinvolgimento in diversi stadi (primocolonizzazione, colonizzazione cronica ed esacerbazione). In questo progetto affronterà questi aspetti come obiettivi. Ogni unità CF (7 pediatrica e 9 adulti), distribuita in tutta la Spagna, comprenderà 12 pazienti, differenziando lo stato di colonizzazione e le caratteristiche cliniche, con un follow-up di un anno. Le secrezioni respiratorie e i sieri saranno raccolti da ogni paziente e inviati al centro di coordinamento (Hosp. Ramón y Cajal) per la coltivazione microbiologica, individuazione di agenti patogeni, PCR-tempo reale, studio della popolazione (PFGE, MLST), caratterizzazione dei meccanismi di resistenza agli antibiotici di scelta nei geni CF e virulenza e marcatori di infiammazione. In 15 pazienti selezionati, con colonizzazione (n=9) e senza (n=6) da parte di S. aureus, il microbioma e la sua dinamica di colonizzazione della mucosa respiratoria saranno studiati da metagenomics (MiSeq) e bioinformatica. I risultati saranno confrontati con quelli ottenuti nel progetto PI12/00734 in pazienti colonizzati da P. aeruginosa. Questi risultati serviranno per nuovi strumenti diagnostici e raccomandazioni cliniche nei pazienti colonizzati da S. aureus in CF. (Italian)
16 January 2022
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Madrid
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Identifiers
PI15_00466
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