Targeted exonic next generation sequencing for the molecular diagnosis and cell free tumor DNA analysis as screening method for patients with DLBCL. (Q3141608)
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Project Q3141608 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Targeted exonic next generation sequencing for the molecular diagnosis and cell free tumor DNA analysis as screening method for patients with DLBCL. |
Project Q3141608 in Spain |
Statements
40,750.0 Euro
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81,500.0 Euro
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50.0 percent
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1 January 2017
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31 March 2020
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FUNDACION INSTITUTO DE INVESTIGACION MARQUES DE VALDECILLA (IDIVAL)
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43°27'43.34"N, 3°48'35.89"W
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39075
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The aim of this Project is to characterize the genetic profile of a selected series of diffuse large B cell lymphoma patient samples by means of targeted exonic next generation sequencing. Diagnostic samples (tumor and normal DNA) from patients involved in three different clinical trials and a retrospective series of plasmablastic lymphoma cases will be analyzed using a targeted next generation sequencing approach, in order to identify markers associated with response to therapy. The samples are provided by three clinical trials from GELTAMO group (GEL-BRCAP21 (Nº EudraCT: 2012-005138-12), GEL-RCOMP 2013 (Nº EudraCT: 2013-001065-17) and LR-ESHAP (Nº EudraCT: 2010-018463-41). Plasmablastic lymphomas cases are obtained from biobank Valdecilla. Targeted exonic next generation sequencing will be performed using both normal and tumor DNA from patients. Library generation will be performed using a customized kit, developed in collaboration with Illumina, for this purpose. Sequencing will be done with MiSeq (Illumina) platform. In addition to his, we aim to develop a protocol for the accurate and sensitive detection of somatic mutations in the plasma of patients at diagnosis (circulating cell free tDNA) by means of digital PCR. This test may have an application in the screening and follow of patients with a suspicion or previously treated DLBCL, respectively. Next generation sequencing will also be used to explore the T cell repertoire in a selection of tumor samples with DLBCL and study its relationship with the mutational profiles, protein expression profiles and clinical outcome. (Spanish)
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The aim of this Project is to Characterise the genetic profile of a selected series of diffuse large B cell lymphoma patient samples by means of targeted exonic next generation sequencing. Diagnostic samples (tumor and normal DNA) from patients involved in three different clinical trials and a retrospective series of plasmablastic lymphoma cases will be analysed using a targeted next generation sequencing approach, in order to identify markers associated with response to therapy. The samples are provided by three clinical trials from GELTAMO group (GEL-BRCAP21) 2012-005138-12), GEL-RCOMP 2013 (EurdraCT No: 2013-001065-17) and LR-ESHAP (EurdraCT No: 2010-018463-41). Plasmablastic lymphomas cases are obtained from biobank Valdecilla. Targeted exonic next generation sequencing will be performed using both normal and tumor DNA from patients. Library generation will be performed using a customised kit, developed in collaboration with Illumina, for this purpose. Sequencing will be done with MiSeq (Illumina) platform. In addition to his, we aim to develop a protocol for the accurate and sensitive detection of somatic mutations in the plasma of patients at diagnosis (circulating cell free TDNA) by means of digital PCR. This test may have an application in the screening and follow of patients with a suspicion or previously treated DLBCL, respectively. Next generation sequencing will also be used to explore the T cell repertoire in a selection of tumor samples with DLBCL and study its relationship with the mutational profiles, protein expression profiles and clinical outcome. (English)
12 October 2021
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L’objectif de ce projet est de caractériser le profil génétique d’une série sélectionnée d’échantillons de lymphomes B diffus à l’aide d’un séquençage exonique ciblé de nouvelle génération. Des échantillons diagnostiques (ADNtumeur et ADN normal) de patients impliqués dans trois essais cliniques différents et une série rétrospective de cas de lymphome plasmablastique seront analysés à l’aide d’une approche de séquençage de nouvelle génération ciblée, afin d’identifier les marqueurs associés à la réponse au traitement. Les échantillons sont fournis dans le cadre de trois essais cliniques du groupe GELTAMO (GEL-BRCAP21) 2012-005138-12), GEL-RComp 2013 (no EurdraCT: 2013-001065-17) et LR-Eshap (no EurdraCT: 2010-018463-41). Les cas de lymphomes Plasmablastiques sont obtenus à partir de la biobanque Valdecilla. Le séquençage exonique ciblé de nouvelle génération sera effectué à la fois à l’aide de l’ADN normal et de l’ADN tumoral des patients. La génération de la bibliothèque sera réalisée à l’aide d’un kit personnalisé, développé en collaboration avec Illumina, à cette fin. Le séquençage se fera avec la plateforme MiSeq (Illumina). En plus de lui, nous visons à développer un protocole pour la détection précise et sensible des mutations somatiques dans le plasma des patients au diagnostic (ADNt sans cellules circulantes) au moyen de PCR numérique. Ce test peut faire l’objet d’une demande de dépistage et de suivi de patients soupçonnés ou déjà traités par DLBCL, respectivement. Le séquençage de nouvelle génération sera également utilisé pour explorer le répertoire des cellules T dans une sélection d’échantillons de tumeurs avec DLBCL et étudier sa relation avec les profils mutationnels, les profils d’expression des protéines et les résultats cliniques. (French)
2 December 2021
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Ziel dieses Projekts ist es, das genetische Profil einer ausgewählten Serie von diffusen großen B-Zell-Lymphom-Patientenproben durch gezielte Exonic-Sequenzierung der nächsten Generation zu charakterisieren. Diagnostische Proben (Tumor und normale DNA) von Patienten, die an drei verschiedenen klinischen Studien beteiligt sind, und eine retrospektive Reihe von Plasmablastic-Lymphom-Fällen werden anhand eines gezielten Sequencing-Ansatzes der nächsten Generation analysiert, um Marker zu identifizieren, die mit dem Ansprechen auf Therapie verbunden sind. Die Proben werden in drei klinischen Studien der GELTAMO-Gruppe (GEL-BRCAP21) bereitgestellt. 2012-005138-12), GEL-RComp 2013 (EurdraCT-Nr.: 2013-001065-17) und LR-Eshap (EurdraCT-Nr.: 2010-018463-41). Plasmablastic Lymphome Fälle werden aus der Biobank Valdecilla erhalten. Die gezielte Exonic-Sequenzierung der nächsten Generation wird sowohl mit normaler als auch mit Tumor-DNA von Patienten durchgeführt. Die Bibliotheksgenerierung wird mit einem maßgeschneiderten Kit durchgeführt, das in Zusammenarbeit mit Illumina zu diesem Zweck entwickelt wurde. Die Sequenzierung erfolgt mit der MiSeq (Illumina) Plattform. Zusätzlich zu seiner wollen wir ein Protokoll für die genaue und empfindliche Detektion von somatischen Mutationen im Plasma von Patienten bei der Diagnose (zirkulierende zellfreie tDNA) mittels digitaler PCR entwickeln. Dieser Test kann eine Anwendung im Screening und Follow von Patienten mit Verdacht oder zuvor behandeltem DLBCL haben. Die Sequenzierung der nächsten Generation wird auch verwendet, um das T-Zell-Repertoire in einer Auswahl von Tumorproben mit DLBCL zu erforschen und deren Beziehung zu den Mutationsprofilen, Proteinexpressionsprofilen und klinischen Ergebnissen zu untersuchen. (German)
9 December 2021
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Santander
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Identifiers
PI16_01397
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