Large laboratory equipment to implement new genomic applications (Q3215865): Difference between revisions
Jump to navigation
Jump to search
(Added qualifier: readability score (P590521): 0.4331422266492475) |
(Set a claim value: summary (P836): O Centro Nacional de Análise Genómica (CNAG-CRG) é um dos principais centros europeus em termos de capacidade de sequenciação de ácidos nucleicos. Atualmente, a plataforma gere 7 instrumentos de sequenciação de ADN de segunda geração e 3 instrumentos de sequenciação baseados em nanoporos, que podem produzir mais de 1000 Gb de sequência a cada 24 horas. A operação de sequenciação é suportada por uma extensa instalação de análise e base de dados, com...) |
||
| Property / summary | Property / summary | ||
O Centro Nacional de Análise Genómica (CNAG-CRG) é um dos principais centros europeus em termos de capacidade de sequenciação de ácidos nucleicos. Atualmente, a plataforma gere 7 instrumentos de sequenciação de ADN de segunda geração e 3 instrumentos de sequenciação baseados em nanoporos, que podem produzir mais de 1000 Gb de sequência a cada 24 horas. A operação de sequenciação é suportada por uma extensa instalação de análise e base de dados, com uma rede interna InfiniBand de 56 Gb/s, 3,5 petabytes (PB) de armazenamento de dados de alto desempenho em disco e 3 PB em fitas e mais de 3.472 núcleos de computação. Nesta proposta, incluímos a aquisição de novos equipamentos de laboratório de grande porte para implementar novas funcionalidades em três áreas maciças de sequenciação que são essenciais para decifrar a complexidade biológica dos organismos vivos: - Aquisição de equipamento de laboratório para implementar a sequenciação do genoma, do transcriptoma e/ou do epigenoma de células individuais (Single Cell Sequencing, SCS). As tecnologias SCS têm sido desenvolvidas nos últimos três anos e envolvem o uso de equipamentos especializados para isolar e processar milhares de células individuais de forma eficiente. As principais áreas de aplicação da SCS são o cancro, o desenvolvimento embrionário, a microbiologia, a neurologia e a imunologia. - Aquisição de equipamento de laboratório para sequenciar ADN e ARN com leituras longas. Os instrumentos de sequenciação de terceira geração baseiam-se na sequenciação de moléculas únicas e produzem leituras significativamente mais longas (até 100 kb). Estas tecnologias são indicadas para a sequenciação completa do genoma, a sequenciação de regiões genómicas complexas, a identificação de variantes genómicas estruturais (VS) e a identificação de haplótipos ou alelos que estão no mesmo cromossoma e que são herdados em conjunto de um único progenitor. - Aquisição de equipamento de laboratório para sequenciação em larga escala. Os projetos nacionais e europeus de medicina personalizada, bem como outras grandes iniciativas internacionais (Atlas das Células Humanas, Genoma 10k, etc.) envolvem a sequenciação de milhares ou mesmo centenas de milhares de amostras. A automatização dos processos de amostragem é essencial, bem como a disponibilidade de instrumentos de sequenciação em grande escala de última geração. Em resumo, a implementação de novas tecnologias e aplicações é essencial para lidar com o novo desenvolvimento no campo da sequenciação de ácidos nucleicos e consolidar o CMAG-CRG como a primeira infraestrutura nacional de genómica e um dos principais centros da Europa nesta área. (Portuguese) | |||
Revision as of 21:54, 10 October 2024
Project Q3215865 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Large laboratory equipment to implement new genomic applications |
Project Q3215865 in Spain |
Statements
1,508,284.5 Euro
0 references
3,016,569.0 Euro
0 references
50.0 percent
0 references
1 January 2016
0 references
31 December 2022
0 references
CENTRO DE REGULACION GENOMICA
0 references
8003
0 references
El Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG) es uno de los centros europeos con más capacidad de secuenciación de ácidos nucleicos. Actualmente dispone de una plataforma con 7 secuenciadores de ADN de segunda generación y 3 equipos de secuenciación mediante nanoporos, capaces de producir en total más de 1.000 Gb de secuencia cada 24 horas. Para poder almacenar y analizar todos estos datos, el CNAG-CRG dispone de un potente centro de procesamientos de datos (CPD), con sistemas de red con un gran ancho de banda (56 Gb por segundo), un sistema de almacenamiento conectado por red (3,5 PB netos), un sistema de almacenamiento en cinta (3 PB) y servidores con varias funcionalidades con 3.472 núcleos de computación. En esta memoria se propone adquirir una serie de equipos para implementar nuevas funcionalidades en tres ámbitos de la secuenciación masiva imprescindibles para descifrar la complejidad biológica de los seres vivos: - Adquisición de equipos que permiten implementar la secuenciación del genoma, transcriptoma o epigenoma de células individuales (Single Cell Sequencing, SCS). Se trata de tecnologías nuevas, desarrolladas en los últimos tres años y que implican el uso de equipos que permiten aislar y procesar miles de células individuales de forma eficiente. Las principales áreas de aplicación de la SCS son el cáncer, el desarrollo embrionario, la microbiología, la neurobiología y la inmunología. - Adquisición de equipos que permiten secuenciar el ADN y el ARN con lecturas largas. Los equipos de secuenciación de tercera generación basados en la secuenciación de moléculas únicas producen lecturas mucho más largas (hasta 100 kb) que son de gran utilidad para secuenciar genomas o regiones genómicas complejas, para identificar variantes genómicas estructurales (Structural Variants, SVS) y para identificar haplotipos o alelos que se encuentran en el mismo cromosoma y se heredan de forma conjunta. - Adquisición de equipos que permiten la secuenciación a gran escala. Los proyectos nacionales y europeos de Medicina Personalizada y otras iniciativas internacionales (Human Cell Atlas, Genome 10k, etc) requieren la secuenciación de miles e incluso decenas de miles de muestras. Es imprescindible automatizar al máximo los procesos de laboratorio y disponer de los últimos equipos de secuenciación a gran escala. En resumen, la implementación de nuevas tecnologías y aplicaciones es esencial para dar respuesta a los nuevos desarrollos en el campo de la secuenciación de ácidos nucleicos, y consolidar el CNAG-CRG como la principal infraestructura en Genómica del país y uno de los centros más potentes de Europa en esta área. (Spanish)
0 references
The National Center for Genomic Analysis (CNAG-CRG) is one of the top European centers in terms of nucleic acid sequencing capacity. The platform currently manages 7 second generation DNA sequencing instruments and 3 nanopore-based sequencing instruments, that can produce more than 1,000 Gb of sequence every 24 hours. The sequencing operation is supported by an extensive analysis and databasing facility, with an internal 56 Gb/s InfiniBand network, 3.5 petabyte (PB) of high performance data storage on disk and 3 PB on tapes and over 3,472 cores of computing. In this proposal, we include the acquisition of new large laboratory equipment to implement new functionalities in three massive sequencing areas that are essential to decipher the biological complexity of the living organisms: - Acquisition of laboratory equipment to implement the sequencing of the genome, the transcriptome and/or the epigenome of individual cells (Single Cell Sequencing, SCS). SCS technologies have been developed in the last three years, and involve the use of specialized equipment to isolate and process thousands of individual cells in an efficient manner. Main applications areas of SCS are cancer, embryonic development, microbiology, neurology and immunology. - Acquisition of laboratory equipment to sequence DNA and RNA with long reads. Third generation sequencing instruments are based on single molecule sequencing and produce reads that are significantly longer (up to 100 kb). These technologies are indicated for whole genome sequencing, sequencing complex genomic regions, identification of genomic Structural Variants (SVs) and the identification of haplotypes or alleles that are in the same chromosome and that are inherited together from a single parent. - Acquisition of laboratory equipment for large-scale sequencing. National and European projects on Personalized Medicine as well as other large international initiatives (Human Cell Atlas, Genome 10k, etc) involve the sequencing of thousands or even hundreds of thousands of samples. Sample process automation is essential, as well as availability of state-of-the art large-scale sequencing instruments. In summary, the implementation of new technologies and applications is essential to cope with the new development in the field of the nucleic acid sequencing, and to consolidate CMAG-CRG as the first genomics national infrastructure and one of the top centers in Europe in this area. (English)
0.4331422266492475
0 references
Le Centre national d’analyse génomique (CNAG-CRG) est l’un des centres européens ayant la plus grande capacité de séquençage des acides nucléiques. Il dispose actuellement d’une plateforme de 7 séquenceurs d’ADN de deuxième génération et d’un équipement de séquençage de 3 nanopores, capable de produire un total de plus de 1000 Gb de séquence toutes les 24 heures. Pour stocker et analyser toutes ces données, le CNAG-CRG dispose d’un puissant centre de traitement de données (CPD), avec des systèmes réseau avec une bande passante élevée (56 Gb par seconde), un système de stockage connecté au réseau (3,5 PB net), un système de stockage sur bande (3 PB) et des serveurs avec différentes fonctionnalités avec 3 472 cœurs de calcul. Dans ce rapport, il est proposé d’acquérir une série d’équipements pour mettre en œuvre de nouvelles fonctionnalités dans trois domaines de séquençage de masse essentiels pour déchiffrer la complexité biologique des êtres vivants: — Acquisition d’équipement pour mettre en œuvre le séquençage du génome, le transcriptome ou l’épigénome de cellules individuelles (séquençage cellulaire unique, SCS). Il s’agit de nouvelles technologies, développées au cours des trois dernières années et impliquant l’utilisation d’équipements permettant d’isoler et de traiter efficacement des milliers de cellules individuelles. Les principaux domaines d’application du SCS sont le cancer, le développement embryonnaire, la microbiologie, la neurobiologie et l’immunologie. — Acquisition d’équipement permettant de séquencer l’ADN et l’ARN avec de longues lectures. Les équipes de séquençage de troisième génération basées sur le séquençage d’une seule molécule produisent des lectures beaucoup plus longues (jusqu’à 100 kb) qui sont très utiles pour le séquençage des génomes ou des régions génomiques complexes, pour identifier les variantes génomiques structurelles (variantes structurelles, SVS) et pour identifier les haplotypes ou allèles trouvés sur le même chromosome et hérités ensemble. — Acquisition d’équipements permettant un séquençage à grande échelle. Les projets nationaux et européens de médecine personnalisée et d’autres initiatives internationales (Atlas des cellules humaines, Génome 10k, etc.) exigent le séquençage de milliers et même de dizaines de milliers d’échantillons. Il est essentiel d’automatiser entièrement les processus de laboratoire et de disposer des derniers équipements de séquençage à grande échelle. Bref, la mise en œuvre de nouvelles technologies et applications est essentielle pour répondre aux nouveaux développements dans le domaine du séquençage des acides nucléiques, et pour consolider le CNAG-CRG en tant que principale infrastructure en génomique dans le pays et l’un des centres les plus puissants d’Europe dans ce domaine. (French)
5 December 2021
0 references
Das Nationale Zentrum für Genomische Analyse (CNAG-CRG) ist eines der europäischen Zentren mit der höchsten Nukleinsäuresequenzierungskapazität. Derzeit verfügt es über eine Plattform mit 7 DNA-Sequenzern der zweiten Generation und 3 Nanoporensequenzierungsgeräten, die alle 24 Stunden insgesamt mehr als 1.000 Gb Sequenz erzeugen können. Um all diese Daten zu speichern und zu analysieren, verfügt das CNAG-CRG über ein leistungsstarkes Rechenzentrum (CPD), mit Netzwerksystemen mit hoher Bandbreite (56 Gb pro Sekunde), einem netzwerkgebundenen Speichersystem (3,5 PB-Netz), einem Bandspeichersystem (3 PB) und Servern mit verschiedenen Funktionalitäten mit 3.472 Rechenkernen. In diesem Bericht wird vorgeschlagen, eine Reihe von Geräten zu erwerben, um neue Funktionen in drei Bereichen der Massensequenzierung zu implementieren, die wesentlich sind, um die biologische Komplexität von Lebewesen zu entschlüsseln: — Erwerb von Geräten zur Implementierung von Genomsequenzierung, Transkriptom oder Epigenom einzelner Zellen (Single Cell Sequencing, SCS). Dabei handelt es sich um neue Technologien, die in den letzten drei Jahren entwickelt wurden und den Einsatz von Geräten beinhalten, die es ermöglichen, Tausende von Einzelzellen effizient zu isolieren und zu verarbeiten. Die Hauptanwendungsgebiete von SCS sind Krebs, embryonale Entwicklung, Mikrobiologie, Neurobiologie und Immunologie. — Erwerb von Geräten, die es ermöglichen, DNA und RNA mit langen Messwerten zu sequenzieren. Sequenzierungsteams der dritten Generation auf der Basis von Einzelmolekülensequenzierung erzeugen wesentlich längere Messwerte (bis zu 100 kb), die für die Sequenzierung von Genomen oder komplexen genomischen Regionen, zur Identifizierung struktureller genomischer Varianten (Structural Variants, SVS) und zur Identifizierung von Häplotypen oder Allelen, die auf demselben Chromosom gefunden und zusammengeerbt wurden, sehr nützlich sind. — Erwerb von Geräten, die eine groß angelegte Sequenzierung ermöglichen. Nationale und europäische Projekte der Personalisierten Medizin und andere internationale Initiativen (Human Cell Atlas, Genome 10k usw.) erfordern die Sequenzierung von Tausenden und sogar Zehntausenden von Proben. Es ist wichtig, Laborprozesse vollständig zu automatisieren und die neuesten großflächigen Sequenzierungsgeräte zur Verfügung zu stellen. Kurz gesagt, die Einführung neuer Technologien und Anwendungen ist von wesentlicher Bedeutung, um auf neue Entwicklungen im Bereich der Nukleinsäuresequenzierung zu reagieren und die CNAG-CRG als Hauptinfrastruktur in Genomics im Land und eines der mächtigsten Zentren Europas in diesem Bereich zu konsolidieren. (German)
10 December 2021
0 references
Het Nationaal Centrum voor Genomic Analyse (CNAG-CRG) is een van de Europese centra met de hoogste nucleïnezuursequentiecapaciteit. Het heeft momenteel een platform met 7 tweede generatie DNA sequencers en 3 nanopore sequencing apparatuur, geschikt voor het produceren van een totaal van meer dan 1.000 Gb van sequentie elke 24 uur. Om al deze gegevens op te slaan en te analyseren, beschikt de CNAG-CRG over een krachtig gegevensverwerkingscentrum (CPD), met netwerksystemen met een hoge bandbreedte (56 Gb per seconde), een netwerkgekoppeld opslagsysteem (3,5 PB), een tape-opslagsysteem (3 PB) en servers met verschillende functionaliteiten met 3.772 computerkernen. In dit verslag wordt voorgesteld een reeks apparatuur aan te schaffen om nieuwe functionaliteiten in te voeren op drie gebieden van massasequencing die essentieel zijn om de biologische complexiteit van levende wezens te ontcijferen: — Verwerving van apparatuur om genoomsequencing, transcriptoom of epigenoom van individuele cellen te implementeren (Enkele celopeenvolging, SCS). Dit zijn nieuwe technologieën die de afgelopen drie jaar zijn ontwikkeld en waarbij gebruik wordt gemaakt van apparatuur waarmee duizenden individuele cellen efficiënt kunnen worden geïsoleerd en verwerkt. De belangrijkste toepassingsgebieden van SCS zijn kanker, embryonale ontwikkeling, microbiologie, neurobiologie en immunologie. — Verwerving van materiaal dat toestaat om opeenvolging van DNA en RNA met lange lezingen toe te staan. Derde generatie sequencing teams op basis van single molecule sequencing produceren veel langere metingen (tot 100 kb) die zeer nuttig zijn voor het rangschikken van genomen of complexe genomic regio’s, voor het identificeren van structurele genomic varianten (Structural Variants, SVS) en voor het identificeren van haplotypes of allelen gevonden op hetzelfde chromosoom en samen geërfd. Aankoop van apparatuur die het op grote schaal sequencing mogelijk maakt. Nationale en Europese projecten op het gebied van gepersonaliseerde geneeskunde en andere internationale initiatieven (menselijke celatlas, genoom 10k, enz.) vereisen de volgorde van duizenden en zelfs tienduizenden monsters. Het is essentieel om laboratoriumprocessen volledig te automatiseren en over de nieuwste grootschalige sequencingapparatuur te beschikken. Kortom, de implementatie van nieuwe technologieën en toepassingen is essentieel om in te spelen op nieuwe ontwikkelingen op het gebied van nucleïnezuursequencing, en om de CNAG-CRG te consolideren als de belangrijkste infrastructuur in Genomics in het land en een van de krachtigste centra in Europa op dit gebied. (Dutch)
17 December 2021
0 references
Il Centro Nazionale di Analisi Genomica (CNAG-CRG) è uno dei centri europei con la più alta capacità di sequenziamento dell'acido nucleico. Attualmente ha una piattaforma con 7 sequenziatori di DNA di seconda generazione e 3 apparecchiature di sequenziamento nanopore, in grado di produrre un totale di oltre 1.000 Gb di sequenza ogni 24 ore. Per memorizzare e analizzare tutti questi dati, il CNAG-CRG dispone di un potente centro di elaborazione dati (CPD), con sistemi di rete ad alta larghezza di banda (56 Gb al secondo), un sistema di storage connesso in rete (3.5 PB net), un sistema di archiviazione su nastro (3 PB) e server con varie funzionalità con 3.472 core di calcolo. Nella presente relazione si propone di acquisire una serie di attrezzature per attuare nuove funzionalità in tre aree di sequenziamento di massa essenziali per decifrare la complessità biologica degli esseri viventi: — Acquisizione di attrezzature per implementare sequenziamento del genoma, trascrizione o epigenoma di singole cellule (Single Cell Sequencing, SCS). Si tratta di nuove tecnologie, sviluppate negli ultimi tre anni e che prevedono l'utilizzo di apparecchiature che consentono di isolare e processare in modo efficiente migliaia di singole cellule. Le principali aree di applicazione del SCS sono il cancro, lo sviluppo embrionale, la microbiologia, la neurobiologia e l'immunologia. — Acquisizione di apparecchiature che permette di sequenziare DNA e RNA con letture lunghe. Gruppi di sequenziamento di terza generazione basati sul sequenziamento di singole molecole producono letture molto più lunghe (fino a 100 kb) che sono molto utili per sequenziare genomi o regioni genomiche complesse, per identificare varianti genomiche strutturali (varianti strutturali, SVS) e per identificare aplotipi o alleli trovati sullo stesso cromosoma e ereditati insieme. — Acquisizione di apparecchiature che consentono il sequenziamento su larga scala. I progetti nazionali ed europei di Medicina Personalizzata e altre iniziative internazionali (Human Cell Atlas, Genome 10k, ecc.) richiedono il sequenziamento di migliaia e persino decine di migliaia di campioni. È essenziale automatizzare completamente i processi di laboratorio e disporre delle più recenti apparecchiature di sequenziamento su larga scala. In breve, l'implementazione di nuove tecnologie e applicazioni è essenziale per rispondere ai nuovi sviluppi nel campo del sequenziamento dell'acido nucleico, e per consolidare il CNAG-CRG come principale infrastruttura della Genomica nel paese e uno dei centri più potenti d'Europa in questo settore. (Italian)
16 January 2022
0 references
Το Εθνικό Κέντρο Γονιδιωματικής Ανάλυσης (CNAG-CRG) είναι ένα από τα κορυφαία ευρωπαϊκά κέντρα όσον αφορά την ικανότητα αλληλουχίας νουκλεϊνικού οξέος. Η πλατφόρμα διαχειρίζεται επί του παρόντος 7 όργανα αλληλουχίας DNA δεύτερης γενιάς και 3 όργανα αλληλουχίας βάσει νανοπορείας, τα οποία μπορούν να παράγουν περισσότερα από 1.000 Gb αλληλουχίας κάθε 24 ώρες. Η λειτουργία αλληλουχίας υποστηρίζεται από μια εκτεταμένη εγκατάσταση ανάλυσης και βάσης δεδομένων, με ένα εσωτερικό δίκτυο 56 Gb/s InfiniBand, 3,5 petabyte (PB) αποθήκευσης δεδομένων υψηλής απόδοσης σε δίσκο και 3 PB σε ταινίες και πάνω από 3.472 πυρήνες υπολογιστών. Στην πρόταση αυτή περιλαμβάνεται η απόκτηση νέου μεγάλου εργαστηριακού εξοπλισμού για την εφαρμογή νέων λειτουργικών δυνατοτήτων σε τρεις περιοχές μαζικής αλληλουχίας που είναι απαραίτητες για την αποκρυπτογράφηση της βιολογικής πολυπλοκότητας των ζωντανών οργανισμών: — Απόκτηση εργαστηριακού εξοπλισμού για την εφαρμογή της αλληλουχίας του γονιδιώματος, του μεταγραφικού ή/και του επιγονιδιώματος μεμονωμένων κυττάρων (Single Cell Sequencing, SCS). Οι τεχνολογίες SCS έχουν αναπτυχθεί τα τελευταία τρία χρόνια και περιλαμβάνουν τη χρήση εξειδικευμένου εξοπλισμού για την αποτελεσματική απομόνωση και επεξεργασία χιλιάδων μεμονωμένων κυττάρων. Οι κύριες εφαρμογές του SCS είναι ο καρκίνος, η εμβρυϊκή ανάπτυξη, η μικροβιολογία, η νευρολογία και η ανοσολογία. — Απόκτηση εργαστηριακού εξοπλισμού αλληλουχίας DNA και RNA με μακροχρόνιες ενδείξεις. Τα όργανα προσδιορισμού αλληλουχίας τρίτης γενιάς βασίζονται στην αλληλουχία ενός μορίου και παράγουν ενδείξεις που είναι σημαντικά μεγαλύτερες (έως 100 kb). Οι τεχνολογίες αυτές υποδεικνύονται για τον προσδιορισμό της αλληλουχίας ολόκληρου του γονιδιώματος, την αλληλουχία πολύπλοκων γονιδιωματικών περιοχών, την ταυτοποίηση γονιδιωματικών διαρθρωτικών παραλλαγών (SVs) και τον προσδιορισμό των απλοτύπων ή των αλληλόμορφων που βρίσκονται στο ίδιο χρωμόσωμα και τα οποία κληρονομούνται από έναν μόνο γονέα. — Αγορά εργαστηριακού εξοπλισμού για τον καθορισμό της αλληλουχίας μεγάλης κλίμακας. Τα εθνικά και ευρωπαϊκά προγράμματα για την εξατομικευμένη ιατρική καθώς και άλλες μεγάλες διεθνείς πρωτοβουλίες (Άτλαντας Ανθρώπινων Κυψελών, Γονίδιο 10k, κλπ) περιλαμβάνουν την αλληλουχία χιλιάδων ή και εκατοντάδων χιλιάδων δειγμάτων. Η αυτοματοποίηση της διαδικασίας δειγματοληψίας είναι απαραίτητη, καθώς και η διαθεσιμότητα σύγχρονων εργαλείων αλληλουχίας μεγάλης κλίμακας. Εν ολίγοις, η εφαρμογή νέων τεχνολογιών και εφαρμογών είναι απαραίτητη για την αντιμετώπιση της νέας εξέλιξης στον τομέα της αλληλουχίας νουκλεϊκών οξέων και για την εδραίωση του CMAG-CRG ως της πρώτης γονιδιωματικής εθνικής υποδομής και ενός από τα κορυφαία κέντρα στην Ευρώπη στον τομέα αυτό. (Greek)
18 August 2022
0 references
National Center for Genomisk Analyse (CNAG-CRG) er et af de bedste europæiske centre med hensyn til nukleinsyres sekventeringskapacitet. Platformen forvalter i øjeblikket 7 andengenerations DNA-sekvensinstrumenter og 3 nanoporebaserede sekventeringsinstrumenter, der kan producere mere end 1.000 Gb sekvens hver 24. time. Sekventeringen understøttes af en omfattende analyse- og databaseringsfacilitet med et internt 56 Gb/s InfiniBand-netværk, 3,5 petabyte (PB) med højtydende datalagring på disken og 3 PB på bånd og over 3.472 computerkerner. I dette forslag omfatter vi erhvervelsen af nyt stort laboratorieudstyr til gennemførelse af nye funktioner i tre massive sekventeringsområder, der er afgørende for at afkode de levende organismers biologiske kompleksitet: — Anskaffelse af laboratorieudstyr til gennemførelse af sekventering af genomet, transkriptomet og/eller epigenomet af de enkelte celler (Single Cell Sequencing, SCS). SCS-teknologier er blevet udviklet i de sidste tre år og involverer brug af specialiseret udstyr til at isolere og behandle tusindvis af individuelle celler på en effektiv måde. De vigtigste anvendelsesområder af SCS er kræft, embryonisk udvikling, mikrobiologi, neurologi og immunologi. — Anskaffelse af laboratorieudstyr til sekvens af DNA og RNA med lange aflæsninger. Tredje generation sekventering instrumenter er baseret på enkelt molekyle sekventering og producere aflæsninger, der er betydeligt længere (op til 100 kb). Disse teknologier er angivet for hele genomsekventering, sekventering af komplekse genomregioner, identifikation af genomiske strukturelle varianter (SV'er) og identifikation af haplotyper eller alleler, der er i samme kromosom, og som er arvet sammen fra en enkelt forælder. — Erhvervelse af laboratorieudstyr til sekventering i stor skala. Nationale og europæiske projekter om personaliseret medicin samt andre store internationale initiativer (Human Cell Atlas, Genome 10k osv.) involverer rækkefølgen af tusindvis eller endda hundredtusinder af prøver. Automatisering af prøveprocesser er af afgørende betydning, samt tilgængeligheden af state-of-the-art storstilede sekventeringsinstrumenter. Kort sagt er indførelsen af nye teknologier og applikationer afgørende for at kunne håndtere den nye udvikling inden for nukleinsyresekvensering og for at konsolidere CMAG-CRG som den første nationale genomforskningsinfrastruktur og et af de bedste centre i Europa på dette område. (Danish)
18 August 2022
0 references
National Center for Genomic Analysis (CNAG-CRG) on yksi Euroopan huippukeskuksista nukleiinihapon sekvensointikapasiteetin osalta. Alustalla hallitaan tällä hetkellä 7 toisen sukupolven DNA-sekvensointilaitetta ja kolmea nanopore-pohjaista sekvensointilaitetta, jotka voivat tuottaa yli 1000 Gb sekvenssiä 24 tunnin välein. Sekvensointia tukee laaja analyysi- ja tietopohja, jossa on sisäinen 56 Gb/s InfiniBand-verkko, 3,5 petatavua (PB) levylle ja 3 PB nauhalle ja yli 3 472 ydintä laskentaan. Tähän ehdotukseen sisältyy uusien suurten laboratoriolaitteiden hankinta uusien toimintojen toteuttamiseksi kolmella massiivisella sekvensointialueella, jotka ovat välttämättömiä elävien organismien biologisen monimutkaisuuden selvittämiseksi: — Laboratoriolaitteiden hankinta yksittäisten solujen genomin sekvensoinnin, transkriptomin ja/tai epigenomin toteuttamiseksi (yhden solun sekvensointi, SCS). SCS-teknologiaa on kehitetty kolmen viime vuoden aikana, ja siihen kuuluu erikoislaitteiden käyttö tuhansien yksittäisten solujen tehokkaaseen eristämiseen ja käsittelyyn. SCS:n tärkeimmät käyttökohteet ovat syöpä, alkion kehitys, mikrobiologia, neurologia ja immunologia. — DNA:n ja RNA:n sekvenssin laboratoriolaitteiden hankinta pitkillä luvuilla. Kolmannen sukupolven sekvensointilaitteet perustuvat yhden molekyylin sekvensointiin ja tuottavat lukemia, jotka ovat huomattavasti pidempiä (enintään 100 kb). Nämä teknologiat on tarkoitettu koko genomin sekvensointiin, monimutkaisten genomisten alueiden sekvensointiin, genomisten rakenteellisten muunnelmien tunnistamiseen sekä sellaisten haplotyyppien tai alleelien tunnistamiseen, jotka ovat samassa kromosomissa ja jotka peritään yhdessä yhdeltä vanhemmalta. — Laboratoriolaitteiden hankinta laajamittaista sekvensointia varten. Henkilökohtaisen lääketieteen kansalliset ja eurooppalaiset hankkeet sekä muut suuret kansainväliset aloitteet (Human Cell Atlas, Genome 10k jne.) sisältävät tuhansien tai jopa satojen tuhansien näytteiden sekvensoinnin. Näyteprosessiautomaatio on olennaisen tärkeää, samoin kuin uusimpien laajamittaisten sekvensointivälineiden saatavuus. Yhteenvetona voidaan todeta, että uusien teknologioiden ja sovellusten käyttöönotto on olennaisen tärkeää, jotta voidaan selviytyä nukleiinihapon sekvensoinnin alan uudesta kehityksestä ja vakiinnuttaa CMAG-CRG ensimmäisenä kansallisena genomiikkainfrastruktuurina ja yhtenä Euroopan tärkeimmistä keskuksista tällä alalla. (Finnish)
18 August 2022
0 references
Iċ-Ċentru Nazzjonali għall-Analiżi Ġenomika (CNAG-CRG) huwa wieħed mill-ogħla ċentri Ewropej f’termini ta ‘kapaċità ta’ sekwenzar ta ‘aċidu nuklejku. Il-pjattaforma bħalissa tamministra 7 strumenti ta’ sekwenzar tad-DNA tat-tieni ġenerazzjoni u 3 strumenti ta’ sekwenza bbażati fuq in-nanopori, li jistgħu jipproduċu aktar minn 1,000 Gb ta’ sekwenza kull 24 siegħa. L-operazzjoni ta’ sekwenzar hija appoġġata minn analiżi estensiva u faċilità ta’ bażijiet tad-data, b’netwerk intern ta’ 56 Gb/s InfiniBand, 3.5 petabyte (PB) ta’ ħażna ta’ data ta’ prestazzjoni għolja fuq diska u 3 PB fuq tejps u aktar minn 3,472 cores ta’ komputazzjoni. F’din il-proposta, ninkludu l-akkwist ta’ tagħmir ġdid kbir tal-laboratorju biex jiġu implimentati funzjonalitajiet ġodda fi tliet żoni ta’ sekwenzjar massiv li huma essenzjali biex tiġi ddeċifrata l-kumplessità bijoloġika tal-organiżmi ħajjin: — Akkwist ta’ tagħmir tal-laboratorju biex jimplimenta s-sekwenzjar tal-ġenoma, it-transcriptome u/jew l-epiġenoma ta’ ċelloli individwali (Single Cell Sequencing, SCS). Teknoloġiji SCS ġew żviluppati fl-aħħar tliet snin, u jinvolvu l-użu ta ‘tagħmir speċjalizzat biex jiżolaw u jipproċessaw eluf ta’ ċelloli individwali b’mod effiċjenti. Oqsma ta ‘applikazzjonijiet ewlenin ta’ SCS huma l-kanċer, l-iżvilupp embrijoniku, il-mikrobijoloġija, in-newroloġija u l-immunoloġija. — Akkwist ta ‘tagħmir tal-laboratorju biex sekwenza DNA u RNA b’qari twil. L-istrumenti ta’ sekwenzjar tat-tielet ġenerazzjoni huma bbażati fuq sekwenzar ta’ molekula waħda u jipproduċu qari li huwa ferm itwal (sa 100 kb). Dawn it-teknoloġiji huma indikati għas-sekwenzjar tal-ġenoma sħiħa, is-sekwenzjar ta’ reġjuni ġenomiċi kumplessi, l-identifikazzjoni tal-Varjanti Strutturali Ġenomiċi (SVs) u l-identifikazzjoni ta’ aplotipi jew alleli li jinsabu fl-istess kromożoma u li jintirtu flimkien minn ġenitur wieħed. — Akkwist ta’ tagħmir tal-laboratorju għal sekwenzar fuq skala kbira. Proġetti nazzjonali u Ewropej dwar il-Mediċina Personalizzata kif ukoll inizjattivi internazzjonali kbar oħra (l-Atlas taċ-Ċelluli Umani, il-Ġenoma 10k, eċċ) jinvolvu s-sekwenzjar ta’ eluf jew saħansitra mijiet ta’ eluf ta’ kampjuni. L-awtomatizzazzjoni tal-proċess tal-kampjun hija essenzjali, kif ukoll id-disponibbiltà ta’ strumenti ta’ sekwenzar fuq skala kbira tal-ogħla livell ta’ żvilupp tekniku. Fil-qosor, l-implimentazzjoni ta’ teknoloġiji u applikazzjonijiet ġodda hija essenzjali biex tlaħħaq mal-iżvilupp il-ġdid fil-qasam tas-sekwenzar tal-aċidu nuklejku, u biex tikkonsolida s-CMAG-CRG bħala l-ewwel infrastruttura nazzjonali ġenomika u waħda mill-ogħla ċentri fl-Ewropa f’dan il-qasam. (Maltese)
18 August 2022
0 references
Nacionālais Genomikas analīzes centrs (CNAG-CRG) ir viens no labākajiem Eiropas centriem nukleīnskābes sekvencēšanas jaudas ziņā. Platforma pašlaik pārvalda 7 otrās paaudzes DNS sekvencēšanas instrumentus un 3 nanoporu sekvencēšanas instrumentus, kas ik pēc 24 stundām var radīt vairāk nekā 1000 Gb secības. Sekvencēšanas darbību atbalsta plaša analīzes un datu bāzes iekārta ar iekšējo 56 Gb/s InfiniBand tīklu, 3,5 petabaitu (PB) augstas veiktspējas datu glabāšanu diskā un 3 PB lentēs un vairāk nekā 3,472 skaitļošanas kodolos. Šajā priekšlikumā ir iekļauta jauna liela laboratorijas aprīkojuma iegāde, lai īstenotu jaunas funkcijas trīs masīvās sekvencēšanas zonās, kas ir būtiskas dzīvo organismu bioloģiskās sarežģītības atšifrēšanai: — Laboratorijas aprīkojuma iegāde, lai īstenotu atsevišķu šūnu genoma, transkriptometa un/vai epigenomea sekvencēšanu (vienšūnu sekvencēšana, SCS). SCS tehnoloģijas ir izstrādātas pēdējo trīs gadu laikā, un tās ietver specializēta aprīkojuma izmantošanu, lai efektīvi izolētu un apstrādātu tūkstošiem atsevišķu šūnu. SCS galvenās pielietojuma jomas ir vēzis, embrionālā attīstība, mikrobioloģija, neiroloģija un imunoloģija. — Laboratorijas iekārtu iegāde DNS un RNS sekvencēšanai ar gariem nolasījumiem. Trešās paaudzes sekvencēšanas instrumenti ir balstīti uz vienas molekulas sekvencēšanu un rada rādījumus, kas ir ievērojami garāki (līdz 100 kb). Šīs tehnoloģijas ir indicētas veselai genoma sekvencēšanai, sarežģītu genoma reģionu sekvencēšanai, genomisko strukturālo variantu (SV) identificēšanai un haplotipu vai alēļu, kas ir vienā hromosomā un kas mantotas kopā no viena vecāka, identificēšanai. — Laboratorijas iekārtu iegāde liela mēroga sekvencēšanai. Valstu un Eiropas projekti personalizētās medicīnas jomā, kā arī citas lielas starptautiskas iniciatīvas (Cilvēka šūnu atlants, Genome 10k utt.) ietver tūkstošiem vai pat simtiem tūkstošu paraugu sekvencēšanu. Paraugu procesu automatizācija ir būtiska, kā arī ir pieejami mūsdienīgi liela mēroga sekvencēšanas instrumenti. Kopumā jaunu tehnoloģiju un lietojumu ieviešana ir būtiska, lai tiktu galā ar jauno attīstību nukleīnskābes sekvencēšanas jomā un konsolidētu CMAG-CRG kā pirmo genomikas valsts infrastruktūru un vienu no galvenajiem centriem Eiropā šajā jomā. (Latvian)
18 August 2022
0 references
Národné centrum pre genetickú analýzu (CNAG-CRG) je jedným z najlepších európskych centier, pokiaľ ide o sekvenčnú kapacitu nukleovej kyseliny. Platforma v súčasnosti spravuje 7 sekvenčných nástrojov DNA druhej generácie a 3 sekvenčné nástroje založené na nanopóroch, ktoré dokážu produkovať viac ako 1000 Gb sekvencií každých 24 hodín. Sekvenčná operácia je podporovaná rozsiahlym analytickým a dátovým zariadením s internou sieťou 56 Gb/s InfiniBand, 3.5 petabyte (PB) vysokovýkonného ukladania dát na disku a 3 PB na páskach a viac ako 3 472 jadrách výpočtovej techniky. V tomto návrhu zahŕňame získanie nového veľkého laboratórneho vybavenia na zavedenie nových funkcií v troch rozsiahlych sekvenčných oblastiach, ktoré sú nevyhnutné na dešifrovanie biologickej zložitosti živých organizmov: Nadobudnutie laboratórneho vybavenia na vykonanie sekvenovania genómu, transkriptómu a/alebo epigenómu jednotlivých buniek (jednobunkové sekvenovanie, SCS). Technológie SCS boli vyvinuté za posledné tri roky a zahŕňajú používanie špecializovaných zariadení na efektívne izolovanie a spracovanie tisícov jednotlivých buniek. Hlavnými oblasťami použitia SCS sú rakovina, embryonálny vývoj, mikrobiológia, neurológia a imunológia. — Získavanie laboratórneho vybavenia na sekvenciu DNA a RNA s dlhými čítaniami. Sekvenčné prístroje tretej generácie sú založené na sekvenovaní jednej molekuly a produkujú hodnoty, ktoré sú výrazne dlhšie (až 100 kb). Tieto technológie sú indikované pre sekvenovanie celého genómu, sekvenovanie komplexných genómových oblastí, identifikáciu genómových štrukturálnych variantov (SVs) a identifikáciu haplotypov alebo alel, ktoré sú v tom istom chromozóme a ktoré sú zdedené spoločne od jediného rodiča. Akvizícia laboratórneho vybavenia pre rozsiahle sekvenovanie. Národné a európske projekty v oblasti personalizovanej medicíny, ako aj iné veľké medzinárodné iniciatívy (atlas ľudských buniek, genóm 10k atď.) zahŕňajú sekvenovanie tisícov alebo dokonca státisícov vzoriek. Základom je automatizácia vzorových procesov, ako aj dostupnosť najmodernejších rozsiahlych sekvenčných nástrojov. Stručne povedané, implementácia nových technológií a aplikácií je nevyhnutná na zvládnutie nového vývoja v oblasti sekvenovania nukleovej kyseliny a na konsolidáciu CMAG-CRG ako prvej národnej genomickej infraštruktúry a jedného z najlepších centier v Európe v tejto oblasti. (Slovak)
18 August 2022
0 references
Tá an Lárionad Náisiúnta um Anailís Géanómaíoch (CNAG-CRG) ar cheann de na hionaid is fearr san Eoraip ó thaobh acmhainn seicheamhaithe aigéid núicléasaigh. Faoi láthair bainistíonn an t-ardán ionstraimí seicheamhaithe DNA 7 dara glúin agus 3 ionstraim seicheamhaithe nanapore-bhunaithe, ar féidir leo níos mó ná 1,000 Gb de sheicheamh a tháirgeadh gach 24 uair an chloig. Tacaítear leis an oibríocht seicheamhaithe ó áis anailíse agus bunaithe ar shonraí, le líonra inmheánach 56 Gb/s InfiniBand, 3.5 petabyte (PB) de stóráil sonraí ardfheidhmíochta ar dhiosca agus 3 PB ar théipeanna agus os cionn 3,472 croíleacán ríomhaireachta. Sa togra seo, táimid ag fáil trealamh nua mór saotharlainne chun feidhmiúlachtaí nua a chur i bhfeidhm i dtrí réimse seicheamhaithe ollmhóra atá riachtanach chun castacht bhitheolaíoch na n-orgánach beo a mhaolú: — Trealamh saotharlainne a fháil chun seicheamhú an ghéanóm, an tras-scríbhinne agus/nó eipigéanóim na gceall aonair (Seicheamhú Cell Aonair, SCS) a chur chun feidhme. Forbraíodh teicneolaíochtaí SCS le trí bliana anuas, agus baineann siad le húsáid trealaimh speisialaithe chun na mílte cealla aonair a leithlisiú agus a phróiseáil ar bhealach éifeachtach. Is iad na príomhréimsí iarratais de SCS ailse, forbairt suthach, micribhitheolaíocht, néareolaíocht agus imdhíoneolaíocht. — Trealamh saotharlainne a fháil chun DNA agus RNA a seicheamhú le léamha fada. Tá ionstraimí seicheamhaithe den tríú glúin bunaithe ar sheicheamhú móilíní aonair agus léann siad léamha atá i bhfad níos faide (suas le 100 kb). Léirítear na teicneolaíochtaí sin le haghaidh seicheamhú géanóim iomláin, seicheamhú réigiún casta géanómaíoch, sainaithint Athraí Struchtúracha géanómacha (SVanna) agus sainaithint haplotypes nó ailléilí atá sa chrómasóim chéanna agus a fhaightear le hoidhreacht le chéile ó thuismitheoir amháin. — Trealamh saotharlainne a fháil le haghaidh seicheamhú mórscála. Baineann tionscadail náisiúnta agus Eorpacha maidir le Leigheas Pearsantaithe chomh maith le mórthionscnaimh idirnáisiúnta eile (Atlas Cill Daonna, Genome 10k, etc.) le seicheamhú na mílte nó fiú na céadta mílte samplaí. Tá uathoibriú próiseas samplach riachtanach, chomh maith le hinfhaighteacht ionstraimí seicheamhaithe úrscothacha ar scála mór. Go hachomair, tá cur chun feidhme na dteicneolaíochtaí agus na bhfeidhmchlár nua riachtanach chun dul i ngleic leis an bhforbairt nua i réimse an tseichimh aigéid núicléasaigh, agus chun CMAG-CRG a chomhdhlúthú mar an chéad bhonneagar náisiúnta géanómaíochta agus mar cheann de na hionaid is fearr san Eoraip sa réimse seo. (Irish)
18 August 2022
0 references
Národní centrum pro genomickou analýzu (CNAG-CRG) je jedním z nejlepších evropských center z hlediska sekvenování nukleových kyselin. Platforma v současné době spravuje 7 nástrojů pro sekvenování DNA druhé generace a 3 sekvencovací nástroje založené na nanoporech, které mohou každých 24 hodin produkovat více než 1000 Gb sekvence. Sekvenování je podporováno rozsáhlým analytickým a databázovým zařízením s interní sítí 56 Gb/s InfiniBand, 3,5 petabyte (PB) vysoce výkonných datových úložišť na disku a 3 PB na páskách a více než 3 472 jader výpočetní techniky. Do tohoto návrhu patří pořízení nového velkého laboratorního vybavení pro zavedení nových funkcí ve třech masivních sekvenačních oblastech, které jsou nezbytné pro rozluštění biologické složitosti živých organismů: — Pořízení laboratorního vybavení pro sekvenování genomu, transkriptomu a/nebo epigenomu jednotlivých buněk (jednotné sekvenování buněk, SCS). Technologie SCS byly vyvinuty v posledních třech letech a zahrnují používání specializovaných zařízení k účinnému izolování a zpracování tisíců jednotlivých buněk. Hlavními oblastmi použití SCS jsou rakovina, embryonální vývoj, mikrobiologie, neurologie a imunologie. — Získání laboratorního vybavení pro sekvenci DNA a RNA s dlouhým čtením. Sekvenační přístroje třetí generace jsou založeny na sekvenování jedné molekuly a produkují odečty, které jsou výrazně delší (až 100 kb). Tyto technologie jsou indikovány pro sekvenování celého genomu, sekvenování komplexních genomických oblastí, identifikaci genomických strukturálních variantů (SV) a identifikaci haplotypů nebo alel, které jsou ve stejném chromozomu a které jsou zděděny společně od jednoho rodiče. — Pořízení laboratorního vybavení pro sekvenování ve velkém měřítku. Národní a evropské projekty v oblasti personalizované medicíny a další rozsáhlé mezinárodní iniciativy (Human Cell Atlas, Genome 10k atd.) zahrnují sekvenování tisíců nebo dokonce stovek tisíc vzorků. Zásadní je automatizace procesů vzorků, stejně jako dostupnost nejmodernějších rozsáhlých sekvenačních nástrojů. Stručně řečeno, zavádění nových technologií a aplikací je zásadní pro zvládnutí nového vývoje v oblasti sekvenování nukleových kyselin a pro konsolidaci CMAG-CRG jako první národní infrastruktury genomiky a jednoho z předních center v Evropě v této oblasti. (Czech)
18 August 2022
0 references
O Centro Nacional de Análise Genómica (CNAG-CRG) é um dos principais centros europeus em termos de capacidade de sequenciação de ácidos nucleicos. Atualmente, a plataforma gere 7 instrumentos de sequenciação de ADN de segunda geração e 3 instrumentos de sequenciação baseados em nanoporos, que podem produzir mais de 1000 Gb de sequência a cada 24 horas. A operação de sequenciação é suportada por uma extensa instalação de análise e base de dados, com uma rede interna InfiniBand de 56 Gb/s, 3,5 petabytes (PB) de armazenamento de dados de alto desempenho em disco e 3 PB em fitas e mais de 3.472 núcleos de computação. Nesta proposta, incluímos a aquisição de novos equipamentos de laboratório de grande porte para implementar novas funcionalidades em três áreas maciças de sequenciação que são essenciais para decifrar a complexidade biológica dos organismos vivos: - Aquisição de equipamento de laboratório para implementar a sequenciação do genoma, do transcriptoma e/ou do epigenoma de células individuais (Single Cell Sequencing, SCS). As tecnologias SCS têm sido desenvolvidas nos últimos três anos e envolvem o uso de equipamentos especializados para isolar e processar milhares de células individuais de forma eficiente. As principais áreas de aplicação da SCS são o cancro, o desenvolvimento embrionário, a microbiologia, a neurologia e a imunologia. - Aquisição de equipamento de laboratório para sequenciar ADN e ARN com leituras longas. Os instrumentos de sequenciação de terceira geração baseiam-se na sequenciação de moléculas únicas e produzem leituras significativamente mais longas (até 100 kb). Estas tecnologias são indicadas para a sequenciação completa do genoma, a sequenciação de regiões genómicas complexas, a identificação de variantes genómicas estruturais (VS) e a identificação de haplótipos ou alelos que estão no mesmo cromossoma e que são herdados em conjunto de um único progenitor. - Aquisição de equipamento de laboratório para sequenciação em larga escala. Os projetos nacionais e europeus de medicina personalizada, bem como outras grandes iniciativas internacionais (Atlas das Células Humanas, Genoma 10k, etc.) envolvem a sequenciação de milhares ou mesmo centenas de milhares de amostras. A automatização dos processos de amostragem é essencial, bem como a disponibilidade de instrumentos de sequenciação em grande escala de última geração. Em resumo, a implementação de novas tecnologias e aplicações é essencial para lidar com o novo desenvolvimento no campo da sequenciação de ácidos nucleicos e consolidar o CMAG-CRG como a primeira infraestrutura nacional de genómica e um dos principais centros da Europa nesta área. (Portuguese)
18 August 2022
0 references
National Center for Genomic Analysis (CNAG-CRG) on üks parimaid Euroopa keskusi nukleiinhappe sekveneerimise võime. Platvorm haldab praegu 7 teise põlvkonna DNA sekveneerimise instrumente ja 3 nanopooripõhist sekveneerimise instrumenti, mis suudavad toota iga 24 tunni järel rohkem kui 1000 Gb järjestust. Järjestamise operatsiooni toetab ulatuslik analüüsi- ja andmebaas, mis koosneb 56 Gb/s InfiniBandi võrgust, 3,5 petabaidist (PB) kõrgjõudlusega andmesalvestusest kettale ja 3 PB lindidele ja üle 3,472 arvuti südamikule. Käesolevasse ettepanekusse lisame uute suurte laboriseadmete soetamise, et rakendada uusi funktsioone kolmes massiivses järjestuses, mis on olulised elusorganismide bioloogilise keerukuse dešifreerimiseks: – Laboriseadmete soetamine üksikute rakkude genoomi, transkriptoomi ja/või epigenoomi järjestamiseks (ühe raku sekveneerimine, SCS). Viimase kolme aasta jooksul on välja töötatud SCS-tehnoloogiad, mis hõlmavad spetsiaalsete seadmete kasutamist tuhandete üksikute rakkude tõhusaks isoleerimiseks ja töötlemiseks. Peamised kasutusalad SCS on vähk, embrüonaalne areng, mikrobioloogia, neuroloogia ja immunoloogia. – Laboriseadmete hankimine nukleotiid- ja RNA järjestuseks pika lugemisajaga. Kolmanda põlvkonna sekveneerimise instrumendid põhinevad ühe molekuli sekveneerimisel ja toodavad oluliselt pikemaid (kuni 100 kb) näitu. Need tehnoloogiad on näidustatud terve genoomi järjestuse, keeruliste genoomipiirkondade sekveneerimise, genoomi struktuuriliste muutujate (SV) identifitseerimiseks ning samas kromosoomis olevate ja ühest vanemast koos päritud haplotüüpide või alleelide identifitseerimiseks. – Laboriseadmete soetamine suuremahuliseks järjestamiseks. Riiklikud ja Euroopa projektid Personaalne meditsiin, samuti muud suured rahvusvahelised algatused (inimeseraku atlas, Genome 10k jne) hõlmavad tuhandete või isegi sadade tuhandete proovide järjestamist. Prooviprotsessi automatiseerimine on oluline, samuti kaasaegsete suuremahuliste järjestamise vahendite kättesaadavus. Kokkuvõttes on uute tehnoloogiate ja rakenduste rakendamine oluline, et tulla toime uue arenguga nukleiinhappe järjestamise valdkonnas ning konsolideerida CMAG-CRG kui esimene genoomika riiklik infrastruktuur ja üks Euroopa tippkeskusi selles valdkonnas. (Estonian)
18 August 2022
0 references
A National Center for Genomic Analysis (CNAG-CRG) az egyik legjobb európai központ a nukleinsav szekvenálási kapacitás tekintetében. A platform jelenleg 7 második generációs DNS szekvenáló eszközt és 3 nanopore-alapú szekvenáló eszközt kezel, amelyek 24 óránként több mint 1000 Gb szekvenciát képesek előállítani. A szekvenálási műveletet kiterjedt elemző és adatbázis-kezelő eszköz támogatja, amely 56 Gb/s InfiniBand hálózattal, 3,5 petabájt (PB) lemezen nagy teljesítményű adattárolóval és 3 PB szalaggal és több mint 3472 számítógépes maggal rendelkezik. Ebben a javaslatban új, nagy laboratóriumi berendezések beszerzésére kerül sor, amelyek új funkciókat valósítanak meg az élő szervezetek biológiai összetettségének megfejtéséhez szükséges három tömeges szekvenálási területen: – Laboratóriumi berendezések beszerzése az egyes sejtek genom, transzkriptóma és/vagy epigenom szekvenálásának végrehajtására (egysejtszekvencia, SCS). Az SCS-technológiákat az elmúlt három évben fejlesztették ki, és olyan speciális berendezéseket alkalmaznak, amelyek több ezer egyedi sejt hatékony elkülönítését és feldolgozását teszik lehetővé. Az SCS fő alkalmazási területei a rák, az embrionális fejlődés, a mikrobiológia, a neurológia és az immunológia. – Laboratóriumi berendezések beszerzése a DNS és az RNS hosszú leolvasású szekvenciájára. A harmadik generációs szekvenáló műszerek egyetlen molekula szekvenáláson alapulnak, és lényegesen hosszabb (100 kb-ig terjedő) leolvasásokat készítenek. Ezek a technológiák a teljes genomszekvenálásra, a komplex genomikus régiók szekvenálására, a genomikus strukturális variánsok (SV-k) azonosítására, valamint az azonos kromoszómában lévő és egyetlen szülőtől örökölt haplotípusok vagy allélek azonosítására szolgálnak. – Laboratóriumi berendezések beszerzése nagyléptékű szekvenáláshoz. A személyre szabott orvoslással kapcsolatos nemzeti és európai projektek, valamint más nagy nemzetközi kezdeményezések (Emberi sejtatlasz, Genome 10k stb.) több ezer vagy akár százezer minta szekvenálását foglalják magukban. A mintafolyamat-automatizálás alapvető fontosságú, valamint a legkorszerűbb, nagyléptékű szekvenáló eszközök rendelkezésre állása. Összefoglalva, az új technológiák és alkalmazások megvalósítása elengedhetetlen a nukleinsav-szekvenálás területén bekövetkezett új fejlődés kezeléséhez, valamint a CMAG-CRG-nek mint az első genomikai nemzeti infrastruktúra és a terület egyik legfontosabb európai központjának megszilárdításához. (Hungarian)
18 August 2022
0 references
Националният център за геномичен анализ (CNAG-CRG) е един от най-добрите европейски центрове по отношение на капацитета за секвениране на нуклеинова киселина. Понастоящем платформата управлява 7 второ поколение инструменти за секвениране на ДНК и 3 инструмента за секвениране на нанопори, които могат да произвеждат повече от 1000 Gb последователност на всеки 24 часа. Операцията за секвениране се поддържа от обширен анализ и база данни, с вътрешна 56 Gb/s InfiniBand мрежа, 3,5 петабайта (PB) съхранение на данни с висока производителност на диск и 3 PB на ленти и над 3 472 ядра на компютри. В настоящото предложение включваме придобиването на ново голямо лабораторно оборудване за въвеждане на нови функции в три масивни зони за секвениране, които са от съществено значение за дешифриране на биологичната сложност на живите организми: — Придобиване на лабораторно оборудване за прилагане на секвенирането на генома, транскриптома и/или епигенома на отделните клетки (едноклетъчно секвениране, SCS). Технологиите за УСВ са разработени през последните три години и включват използването на специализирано оборудване за ефективно изолиране и обработване на хиляди отделни клетки. Основните приложения на SCS са рак, ембрионално развитие, микробиология, неврология и имунология. — Придобиване на лабораторно оборудване за последователност на ДНК и РНК с дълги четения. Инструментите за секвениране от трето поколение се основават на секвениране на единична молекула и произвеждат четящи данни, които са значително по-дълги (до 100 kb). Тези технологии са показани за целите геномно секвениране, секвениране на сложни геномни региони, идентификация на геномните структурни варианти (SVs) и идентифициране на хеплотипове или алели, които са в една и съща хромозома и които са наследени заедно от един родител. — Придобиване на лабораторно оборудване за широкомащабно секвениране. Националните и европейските проекти в областта на персонализираната медицина, както и други големи международни инициативи (Атлас на човешките клетки, Геном 10k и т.н.) включват последователността на хиляди или дори стотици хиляди проби. Автоматизацията на процесите на вземане на проби е от съществено значение, както и наличието на най-съвременни широкомащабни инструменти за секвениране. В обобщение, внедряването на нови технологии и приложения е от съществено значение за справяне с новото развитие в областта на секвенирането на нуклеинова киселина и за консолидиране на CMAG-CRG като първата геномика национална инфраструктура и един от най-добрите центрове в Европа в тази област. (Bulgarian)
18 August 2022
0 references
Nacionalinis genominės analizės centras (CNAG-CRG) yra vienas iš geriausių Europos centrų pagal nukleino rūgšties sekos nustatymo pajėgumus. Šiuo metu platforma valdo 7 antrosios kartos DNR sekos nustatymo prietaisus ir 3 nanoporų sekos nustatymo prietaisus, kurie kas 24 valandas gali gaminti daugiau nei 1,000 Gb sekos. Sekos nustatymo operaciją palaiko išsami analizė ir duomenų bazės įrenginys, turintis vidinį 56 Gb/s „InfiniBand“ tinklą, 3,5 petabaito (PB) didelio našumo duomenų saugojimą diske ir 3 PB juosteles ir daugiau kaip 3,472 skaičiavimo branduolių. Į šį pasiūlymą mes įtraukiame naujos didelės laboratorinės įrangos įsigijimą, kad būtų galima įdiegti naujas funkcijas trijose didžiulėse sekos nustatymo srityse, kurios yra būtinos norint iššifruoti gyvųjų organizmų biologinį sudėtingumą: – Laboratorinės įrangos, skirtos genomo, transkriptomos ir (arba) epigenomos sekos nustatymui atlikti, įsigijimas (vieno langelio sekos nustatymas, SCS). SCS technologijos buvo sukurtos per pastaruosius trejus metus ir apima specializuotos įrangos naudojimą, kad būtų galima veiksmingai izoliuoti ir apdoroti tūkstančius atskirų elementų. Pagrindinės SKS taikymo sritys yra vėžys, embriono vystymasis, mikrobiologija, neurologija ir imunologija. – Laboratorinės įrangos, skirtos DNR ir RNR sekimui su ilgais nuskaitymais, įsigijimas. Trečiosios kartos sekos nustatymo prietaisai yra pagrįsti vienos molekulės sekos nustatymu ir sukuria žymiai ilgesnius (iki 100 kb) nuskaitymus. Šios technologijos skirtos visai genomo sekos nustatymui, sudėtingų genominių regionų sekos nustatymui, genominių struktūrinių kintamųjų (SV) identifikavimui ir haplotipų ar alelių, kurie yra toje pačioje chromosomoje ir yra paveldimi kartu iš vieno tėvo, identifikavimui. – Laboratorinės įrangos, skirtos didelės apimties sekos nustatymui, įsigijimas. Nacionaliniai ir Europos individualizuotos medicinos projektai, taip pat kitos didelės tarptautinės iniciatyvos (žmogaus ląstelių atlasas, genomas 10k ir kt.) apima tūkstančių ar net šimtų tūkstančių mėginių seką. Pavyzdžių procesų automatizavimas yra labai svarbus, taip pat galimybė naudotis pažangiausiais didelio masto sekos nustatymo prietaisais. Apibendrinant, naujų technologijų ir taikomųjų programų įgyvendinimas yra labai svarbus siekiant susidoroti su nauja plėtra nukleino rūgšties sekos nustatymo srityje ir konsoliduoti CMAG-CRG kaip pirmąją genomikos nacionalinę infrastruktūrą ir vieną iš svarbiausių centrų Europoje šioje srityje. (Lithuanian)
18 August 2022
0 references
Nacionalni centar za genomsku analizu (CNAG-CRG) jedan je od najboljih europskih centara u smislu kapaciteta sekvenciranja nukleinske kiseline. Platforma trenutno upravlja 7 druge generacije instrumenata za sekvenciranje DNK i 3 nanopore-based sekvenciranje instrumenata, koji mogu proizvesti više od 1000 Gb slijed svaka 24 sata. Operacija sekvenciranja podržana je opsežnom analizom i bazom podataka, s internom mrežom 56 Gb/s InfiniBand, 3.5 petabajtom (PB) za pohranu podataka visokih performansi na disku i 3 PB na trakama i preko 3,472 jezgre računalstva. U ovaj prijedlog uključujemo nabavu nove velike laboratorijske opreme za uvođenje novih funkcija u tri područja za sekvenciranje velikih razmjera koja su ključna za dešifriranje biološke složenosti živih organizama: — Nabava laboratorijske opreme za provedbu sekvenciranja genoma, transkriptoma i/ili epigenoma pojedinih stanica (Single Cell Sequencing, SCS). SCS tehnologije razvijene su u posljednje tri godine i uključuju upotrebu specijalizirane opreme za učinkovito izolaciju i obradu tisuća pojedinačnih ćelija. Glavna područja primjene SCS-a su rak, embrionalni razvoj, mikrobiologija, neurologija i imunologija. — Nabava laboratorijske opreme za sekvenciranje DNK i RNK s dugim očitanjima. Instrumenti za sekvenciranje treće generacije temelje se na sekvenciranju pojedinačnih molekula i proizvode očitanja koja su znatno dulja (do 100 kb). Te su tehnologije indicirane za sekvenciranje cijelog genoma, sekvenciranje složenih genomskih područja, identifikaciju genomskih strukturnih varijanti (SV) i identifikaciju haplotipova ili alela koji su u istom kromosomu i koji se nasljeđuju zajedno od jednog roditelja. — Nabava laboratorijske opreme za sekvenciranje velikih razmjera. Nacionalni i europski projekti za personaliziranu medicinu kao i druge velike međunarodne inicijative (Atlas ljudskih stanica, Genome 10k itd.) uključuju redoslijed tisuća ili čak stotina tisuća uzoraka. Automatizacija postupka uzorkovanja ključna je, kao i dostupnost najsuvremenijih instrumenata za sekvenciranje velikih razmjera. Ukratko, primjena novih tehnologija i primjena ključna je za suočavanje s novim razvojem u području sekvenciranja nukleinske kiseline te za konsolidaciju CMAG-CRG-a kao prve nacionalne genomske infrastrukture i jednog od najboljih centara u Europi na ovom području. (Croatian)
18 August 2022
0 references
National Center for Genomic Analysis (CNAG-CRG) är en av de bästa europeiska centra när det gäller nukleinsyra sekvenseringskapacitet. Plattformen hanterar för närvarande 7 andra generationens DNA-sekvenseringsinstrument och 3 nanopore-baserade sekvenseringsinstrument, som kan producera mer än 1000 Gb av sekvens var 24:e timme. Sekvenseringsoperationen stöds av en omfattande analys- och databasanläggning, med ett internt 56 Gb/s InfiniBand-nätverk, 3,5 petabyte (PB) av högpresterande datalagring på disk och 3 PB på band och över 3,472 kärnor av datorer. I detta förslag omfattar vi förvärv av ny stor laboratorieutrustning för att införa nya funktioner i tre massiva sekvenseringsområden som är nödvändiga för att kunna dechiffrera de levande organismernas biologiska komplexitet: — Förvärv av laboratorieutrustning för att genomföra sekvenseringen av genomet, transkriptomen och/eller epigenomet av enskilda celler (Single Cell Sequencing, SCS). SCS-teknik har utvecklats under de senaste tre åren och inbegriper användning av specialiserad utrustning för att isolera och bearbeta tusentals enskilda celler på ett effektivt sätt. De viktigaste tillämpningsområdena för SCS är cancer, embryonal utveckling, mikrobiologi, neurologi och immunologi. — Förvärv av laboratorieutrustning för att sekvensera DNA och RNA med långa läsningar. Tredje generationens sekvenseringsinstrument baseras på sekvensering av enstaka molekyler och producerar avläsningar som är betydligt längre (upp till 100 kb). Dessa tekniker är angivna för hela genomsekvensering, sekvensering av komplexa genomiska regioner, identifiering av genomiska strukturella variationer (SV) och identifiering av haplotyper eller alleler som är i samma kromosom och som ärvs tillsammans från en enda förälder. — Förvärv av laboratorieutrustning för storskalig sekvensering. Nationella och europeiska projekt om personlig medicin och andra stora internationella initiativ (Human Cell Atlas, Genome 10k, etc.) omfattar sekvensering av tusentals eller till och med hundratusentals prover. Automatisering av provprocessen är avgörande, liksom tillgång till toppmoderna storskaliga sekvenseringsinstrument. Sammanfattningsvis är införandet av ny teknik och nya tillämpningar avgörande för att hantera den nya utvecklingen på området nukleinsyrasekvensering och för att konsolidera CMAG-CRG som den första genomiska nationella infrastrukturen och en av de främsta centra i Europa på detta område. (Swedish)
18 August 2022
0 references
Centrul Național de Analiză Genomică (CNAG-CRG) este unul dintre cele mai importante centre europene în ceea ce privește capacitatea de secvențiere a acizilor nucleici. Platforma gestionează în prezent instrumente de secvențiere ADN de a doua generație și 3 instrumente de secvențiere bazate pe nanopore, care pot produce mai mult de 1000 Gb de secvență la fiecare 24 de ore. Operațiunea de secvențiere este susținută de o instalație extinsă de analiză și baze de date, cu o rețea internă de 56 Gb/s InfiniBand, 3.5 petabyte (PB) de stocare de date de înaltă performanță pe disc și 3 PB pe benzi și peste 3.472 de nuclee de calcul. În această propunere, includem achiziționarea de noi echipamente de laborator de mari dimensiuni pentru a implementa noi funcționalități în trei zone masive de secvențiere, care sunt esențiale pentru descifrarea complexității biologice a organismelor vii: Achiziționarea de echipamente de laborator pentru punerea în aplicare a secvențierii genomului, transcriminomului și/sau epigenomului celulelor individuale (secvențierea celulelor unice, SCS). Tehnologiile SCS au fost dezvoltate în ultimii trei ani și implică utilizarea de echipamente specializate pentru izolarea și prelucrarea a mii de celule individuale într-un mod eficient. Principalele domenii de aplicații ale SCS sunt cancerul, dezvoltarea embrionară, microbiologia, neurologia și imunologia. Achiziționarea de echipamente de laborator pentru secvența ADN-ului și ARN-ului cu citiri lungi. Instrumentele de secvențiere de a treia generație se bazează pe secvențierea unei singure molecule și produc citiri care sunt semnificativ mai lungi (până la 100 kb). Aceste tehnologii sunt indicate pentru secvențierea întregului genom, secvențierea regiunilor genomice complexe, identificarea variantelor structurale genomice (SV) și identificarea haplotipurilor sau alelelor care se află în același cromozom și care sunt moștenite împreună de la un singur părinte. Achiziționarea de echipamente de laborator pentru secvențierea pe scară largă. Proiectele naționale și europene privind medicina personalizată, precum și alte inițiative internaționale de anvergură (Atlasul celulelor umane, Genome 10k etc.) implică secvențierea a mii sau chiar sute de mii de eșantioane. Automatizarea proceselor de eșantionare este esențială, precum și disponibilitatea instrumentelor de secvențiere la scară largă de ultimă generație. Pe scurt, implementarea noilor tehnologii și aplicații este esențială pentru a face față noii dezvoltări în domeniul secvențierii acizilor nucleici și pentru a consolida CMAG-CRG ca prima infrastructură națională genomică și unul dintre centrele de vârf din Europa în acest domeniu. (Romanian)
18 August 2022
0 references
Nacionalni center za genomsko analizo (CNAG-CRG) je eden najboljših evropskih centrov v smislu zmogljivosti sekvenciranja nukleinske kisline. Platforma trenutno upravlja 7 drugo generacijo DNK sekvenciranje instrumentov in 3 nanopore temelji sekvenciranje instrumentov, ki lahko proizvajajo več kot 1.000 Gb zaporedja vsakih 24 ur. Sekvenciranje je podprto z obsežno analizo in bazo podatkov, z notranjim omrežjem 56 Gb/s InfiniBand, 3,5 petabajta (PB) visokozmogljivostnega shranjevanja podatkov na disku in 3 PB na trakovih in več kot 3.472 jedri računalništva. V ta predlog vključujemo nakup nove velike laboratorijske opreme za izvajanje novih funkcij na treh velikih območjih sekvenciranja, ki so bistvena za dešifriranje biološke kompleksnosti živih organizmov: — Pridobitev laboratorijske opreme za izvajanje zaporedja genoma, transkriptoma in/ali epigenoma posameznih celic (enotno celično zaporedje, SCS). Tehnologije SCS so bile razvite v zadnjih treh letih in vključujejo uporabo specializirane opreme za učinkovito izolacijo in obdelavo na tisoče posameznih celic. Glavna področja uporabe SCS so rak, razvoj zarodkov, mikrobiologija, nevrologija in imunologija. — Pridobitev laboratorijske opreme za zaporedje DNK in RNK z dolgimi odčitki. Instrumenti za sekvenciranje tretje generacije temeljijo na zaporedju ene molekule in proizvajajo odčitke, ki so bistveno daljši (do 100 kb). Te tehnologije so indicirane za sekvenciranje celotnega genoma, sekvenciranje kompleksnih genomskih regij, identifikacijo genomskih strukturnih variantov (SVs) in identifikacijo haplotipov ali alelov, ki so v istem kromosomu in so podedovani od enega samega starša. — Nakup laboratorijske opreme za obsežno sekvenciranje. Nacionalni in evropski projekti na področju personalizirane medicine ter druge velike mednarodne pobude (atlas človeških celic, genom 10k itd.) vključujejo zaporedje več tisoč ali celo več sto tisoč vzorcev. Avtomatizacija vzorčnih procesov je bistvenega pomena, prav tako pa tudi razpoložljivost najsodobnejših instrumentov za sekvenciranje velikega obsega. Skratka, izvajanje novih tehnologij in aplikacij je bistveno za obvladovanje novega razvoja na področju sekvenciranja nukleinske kisline in za utrditev CMAG-CRG kot prve genomske nacionalne infrastrukture in enega od najpomembnejših centrov v Evropi na tem področju. (Slovenian)
18 August 2022
0 references
National Center for Genomic Analysis (CNAG-CRG) jest jednym z najlepszych ośrodków europejskich pod względem zdolności sekwencjonowania kwasów nukleinowych. Platforma obecnie zarządza 7 instrumentów sekwencjonowania DNA drugiej generacji i 3 instrumenty sekwencjonowania oparte na nanoporze, które mogą produkować ponad 1000 Gb sekwencji co 24 godziny. Operacja sekwencjonowania jest wspierana przez obszerną instalację do analizy i baz danych, z wewnętrzną siecią InfiniBand 56 Gb/s, 3,5 petabajtem (PB) wysokowydajnym przechowywaniem danych na dysku i 3 PB na taśmach i ponad 3472 rdzeniem obliczeniowym. W niniejszym wniosku uwzględniono zakup nowego dużego sprzętu laboratoryjnego w celu wdrożenia nowych funkcji w trzech ogromnych obszarach sekwencjonowania, które są niezbędne do rozszyfrowania złożoności biologicznej organizmów żywych: — Nabycie sprzętu laboratoryjnego w celu wdrożenia sekwencjonowania genomu, transkrypcji i/lub epigenomu pojedynczych komórek (SCS). Technologie SCS zostały opracowane w ciągu ostatnich trzech lat i obejmują wykorzystanie specjalistycznego sprzętu do skutecznego izolowania i przetwarzania tysięcy pojedynczych komórek. Główne obszary zastosowań SCS to rak, rozwój embrionalny, mikrobiologia, neurologia i immunologia. Pozyskiwanie sprzętu laboratoryjnego do sekwencji DNA i RNA z długimi odczytami. Instrumenty sekwencjonowania trzeciej generacji opierają się na sekwencjonowaniu pojedynczych cząsteczek i wytwarzają odczyty znacznie dłuższe (do 100 kb). Technologie te są wskazane dla sekwencjonowania całego genomu, sekwencjonowania złożonych regionów genomowych, identyfikacji genomowych odmian strukturalnych (SV) oraz identyfikacji haplotypów lub alleli, które znajdują się w tym samym chromosomie i które są odziedziczone razem od jednego rodzica. — Zakup sprzętu laboratoryjnego do sekwencjonowania na dużą skalę. Krajowe i europejskie projekty w zakresie medycyny spersonalizowanej, a także inne duże inicjatywy międzynarodowe (atlas komórek ludzkich, Genome 10k itp.) obejmują sekwencjonowanie tysięcy, a nawet setek tysięcy próbek. Automatyzacja procesu próbnego jest niezbędna, a także dostępność najnowocześniejszych instrumentów sekwencjonowania na dużą skalę. Podsumowując, wdrożenie nowych technologii i zastosowań jest niezbędne, aby poradzić sobie z nowym rozwojem w dziedzinie sekwencjonowania kwasów nukleinowych oraz skonsolidować CMAG-CRG jako pierwszą krajową infrastrukturę genomiczną i jedno z czołowych ośrodków w Europie w tej dziedzinie. (Polish)
18 August 2022
0 references
Barcelona
0 references
21 December 2023
0 references
Identifiers
IU16-007022
0 references