CLARIFYING THE ROLE OF RISK VARIANTS IN COMPLEX INFLAMMATORY DISEASES. CELIAC DISEASE AS A MODEL (Q3201482): Difference between revisions
Jump to navigation
Jump to search
(Set a claim value: summary (P836): O OBJETIVO GERAL do projeto é conhecer os elementos e mecanismos moleculares através dos quais os SNPs associados ao risco genético à doença celíaca (CE) modificam os fenótipos celulares e contribuem para a predisposição à doença. Para o efeito, propõem-se os seguintes OBJETIVOS OPERATIVOS: — Definir os elementos regulamentares mais relevantes (expressão Quantitative Trait Loci — eQTL) e os seus genes-alvo (em cis ou trans) em populações celulares i...) |
(Changed label, description and/or aliases in pt) |
||
| label / pt | label / pt | ||
CLARIFICAÇÃO DO PAPEL DOS VARIANTES DE RISCO EM DOENÇAS INFLAMATÓRIAS COMPLETAS. DOENÇA CELIAC COMO MODELO | |||
Latest revision as of 23:13, 9 October 2024
Project Q3201482 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | CLARIFYING THE ROLE OF RISK VARIANTS IN COMPLEX INFLAMMATORY DISEASES. CELIAC DISEASE AS A MODEL |
Project Q3201482 in Spain |
Statements
47,099.25 Euro
0 references
86,500.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2017
0 references
31 March 2020
0 references
ASOCIACION INSTITUTO DE INVESTIGACION SANITARIA BIOCRUCES
0 references
El OBJETIVO GENERAL del proyecto es conocer los elementos y mecanismos moleculares mediante los que los SNPs asociados con riesgo genético a enfermedad celíaca (EC) modifican los fenotipos celulares y contribuyen a la predisposición a la enfermedad. Para ello, se plantean los siguientes OBJETIVOS OPERATIVOS: - Definir los elementos reguladores más relevantes (expression Quantitative Trait Loci - eQTL) y sus genes diana (en cis o en trans) en poblaciones celulares aisladas de biopsias duodenales de pacientes con EC y personas no celíacas. - Determinar el efecto de la sobreexpresión/silenciamiento de RNAs no codificantes reguladores sobre la regulación de los genes diana en respuesta a estímulos (gliadina en líneas celulares intestinales y LPS en monocitos). - Determinar el efecto de la deleción de regiones genómicas de cromatina activa sobre la regulación de los genes diana en respuesta a los mismos estímulos. - Determinar la influencia de los genotipos de SNPs asociados sobre esta regulación - Caracterizar los socios moleculares de estos elementos reguladores y dibujar el mecanismo molecular mediante el que ejercen su función, de manera que puedan proponerse biomarcadores de diagnóstico temprano o potenciales dianas terapéuticas para ésta y otras enfermedades inflamatorias. METODOLOGÍA: 1.- Replicación de expression Quantitative Trait Loci (eQTL) con estudios de expresión en poblaciones celulares humanas (epitelial e inmunológica) aisladas de biopsias intestinales de pacientes y controles. 2.- Validación experimental de los eQTL confirmados en cultivos de modelos celulares (silenciamiento, sobreéxpresión y/o edición de elementos reguladores) y caracterización molecular de sus socios moleculares mediante RAP y Pull-down. (Spanish)
0 references
The GENERAL OBJECTIVE of the project is to know the molecular elements and mechanisms through which SNPs associated with genetic risk to celiac disease (CE) modify cell phenotypes and contribute to predisposition to the disease. To this end, the following OPERATIVE OBJECTIVES are proposed: — Define the most relevant regulatory elements (expression Quantitative Trait Loci — eQTL) and their target genes (in cis or trans) in isolated cell populations from duodenal biopsies of patients with CD and non-coeliac individuals. — Determine the effect of overexpression/silencement of non-coding regulatory RNAs on the regulation of target genes in response to stimuli (gliadine in intestinal cell lines and PSF in monocytes). — Determine the effect of deletion of active chromatin genomic regions on the regulation of target genes in response to the same stimuli. — Determine the influence of the associated NPS genotypes on this regulation — Characterise the molecular partners of these regulatory elements and draw the molecular mechanism by which they exercise their function, so that early diagnostic biomarkers or potential therapeutic targets for this and other inflammatory diseases can be proposed. METHODOLOGY: 1.- Replication of expression Quantitative Trait Loci (eQTL) with expression studies in human cell populations (epithelial and immunological) isolated from intestinal biopsies of patients and controls. 2.- Experimental validation of confirmed eQTL in cell model cultures (silencement, overexpression or editing of regulatory elements) and molecular characterisation of their molecular partners using RAP and Pull-down. (English)
13 October 2021
0.2339568014487111
0 references
L’OBJECTIF GÉNÉRAL du projet est de connaître les éléments moléculaires et les mécanismes par lesquels les SNP associés au risque génétique de la maladie cœliaque (EC) modifient les phénotypes cellulaires et contribuent à la prédisposition à la maladie. À cette fin, les OBJECTIFS OPERATIFs suivants sont proposés: — Définir les éléments réglementaires les plus pertinents (expression Quantitative Trait Loci — eQTL) et leurs gènes cibles (en cis ou en trans) dans des populations cellulaires isolées issues de biopsies duodénales de patients atteints de CD et d’individus non coeliaques. — Déterminer l’effet de la surexpression/silencement des ARN réglementaires non codants sur la régulation des gènes cibles en réponse aux stimuli (gliadine dans les lignées cellulaires intestinales et PSF dans les monocytes). — Déterminer l’effet de la suppression des régions génomiques actives de la chromatine sur la régulation des gènes cibles en réponse aux mêmes stimuli. — Déterminer l’influence des génotypes NPS associés sur cette régulation — Caractériser les partenaires moléculaires de ces éléments régulateurs et dessiner le mécanisme moléculaire par lequel ils exercent leur fonction, de sorte que des biomarqueurs diagnostiques précoces ou des cibles thérapeutiques potentielles pour cette maladie et d’autres maladies inflammatoires puissent être proposés. MÉTHODOLOGIE: 1.- Réplication de l’expression Loci quantitatif Trait (eQTL) avec des études d’expression chez des populations de cellules humaines (épithéliales et immunologiques) isolées des biopsies intestinales des patients et des témoins. 2.- Validation expérimentale de l’eQTL confirmé dans des cultures de modèles cellulaires (silencement, surexpression ou modification d’éléments régulateurs) et caractérisation moléculaire de leurs partenaires moléculaires à l’aide de RAP et Pull-down. (French)
5 December 2021
0 references
Das GENERAL OBJECTIVE des Projekts besteht darin, die molekularen Elemente und Mechanismen zu kennen, durch die SNPs mit genetischem Risiko für Zöliakie (CE) assoziiert sind, um Zellphänotypen zu verändern und zur Veranlagung der Krankheit beizutragen. Zu diesem Zweck werden folgende OPERATIVE OBJEKTE vorgeschlagen: — Definieren Sie die relevantesten regulatorischen Elemente (Expression Quantitative Trait Loci – eQTL) und ihre Zielgene (in cis oder trans) in isolierten Zellpopulationen von duodenalen Biopsien von Patienten mit CD- und Nicht-Zöliakie-Patienten. — Bestimmen Sie die Wirkung von Überexpression/Schweigen von nichtkodierenden regulatorischen RNAs auf die Regulierung von Zielgenen als Reaktion auf Reize (Gliadin in Darmzelllinien und PSF in Monozyten). — Bestimmen Sie die Wirkung des Löschens von aktiven Chromatin-Genomregionen auf die Regulierung von Zielgenen als Reaktion auf die gleichen Reize. — Bestimmen Sie den Einfluss der zugehörigen NPS-Genotypen auf diese Verordnung – Charakterisieren Sie die molekularen Partner dieser regulatorischen Elemente und ziehen Sie den molekularen Mechanismus, durch den sie ihre Funktion ausüben, so dass frühzeitig diagnostische Biomarker oder mögliche therapeutische Ziele für diese und andere entzündliche Erkrankungen vorgeschlagen werden können. METHODIK: 1.- Replikation der Expression Quantitative Trait Loci (eQTL) mit Expressionsstudien an humanen Zellpopulationen (epithelial und immunologisch) isoliert von Darmbiopsien von Patienten und Kontrollen. 2.- Experimentelle Validierung bestätigter eQTL in Zellmodellkulturen (Schweigen, Überdruck oder Bearbeiten von regulatorischen Elementen) und molekulare Charakterisierung ihrer molekularen Partner mittels RAP und Pull-down. (German)
9 December 2021
0 references
De GENERAL OBJECTIVE van het project is om de moleculaire elementen en mechanismen te kennen waardoor SNP’s geassocieerd met genetische risico’s voor coeliakie (CE) celfenotypen wijzigen en bijdragen tot aanleg voor de ziekte. Daartoe worden de volgende OPERATIEKE DOELSTELLINGEN voorgesteld: — Definieer de meest relevante regelgevende elementen (expression Quantitative Trait Loci — eQTL) en hun doelgenen (in cis of trans) in geïsoleerde celpopulaties van duodenale biopsieën van patiënten met CD en niet-coeliakie individuen. — Bepaal het effect van overexpressie/silencement van niet-coderende regelgevende RNA’s op de regulatie van doelgenen in reactie op stimuli (gliadine in darmcellijnen en PSF in monocyten). — Bepaal het effect van verwijdering van actieve chromatin genomische gebieden op de regulatie van doelgenen in reactie op dezelfde stimuli. — Bepaal de invloed van de geassocieerde NPS genotypes op deze verordening — Karakter de moleculaire partners van deze regelgevende elementen en teken het moleculaire mechanisme waarmee ze hun functie uitoefenen, zodat vroege diagnostische biomarkers of potentiële therapeutische doelen voor deze en andere ontstekingsziekten kunnen worden voorgesteld. METHODOLOGIE: 1.- Replicatie van expressie Kwantitatieve Trait Loci (eQTL) met expressiestudies bij menselijke celpopulaties (epitheliaal en immunologisch) geïsoleerd van darmbiopsieën van patiënten en controles. 2.- Experimentele validatie van bevestigde eQTL in celmodelculturen (stilstand, overexpressie of bewerking van regelgevende elementen) en moleculaire karakterisering van hun moleculaire partners met behulp van RAP en Pull-down. (Dutch)
17 December 2021
0 references
L'OBIETTIVO GENERALE del progetto è quello di conoscere gli elementi molecolari e i meccanismi attraverso i quali i PNS associati al rischio genetico per la celiachia (CE) modificano i fenotipi cellulari e contribuiscono alla predisposizione alla malattia. A tal fine si propongono i seguenti OBIETTIVI OPERATIVE: — Definire gli elementi normativi più rilevanti (espressione Quantitative Trait Loci — eQTL) e i loro geni bersaglio (in cis o trans) in popolazioni cellulari isolate da biopsie duodenali di pazienti con CD e non celiaci. — Determinare l'effetto di sovraespressione/silenziamento di RNA non codificanti regolatori sulla regolazione dei geni bersaglio in risposta agli stimoli (gliadina nelle linee cellulari intestinali e PSF nei monociti). — Determinare l'effetto della cancellazione di regioni genomiche cromatina attiva sulla regolazione dei geni bersaglio in risposta agli stessi stimoli. — Determinare l'influenza dei genotipi NPS associati su questo regolamento — Caratterizzare i partner molecolari di questi elementi normativi e disegnare il meccanismo molecolare con cui esercitano la loro funzione, in modo che i biomarcatori diagnostici iniziali o potenziali obiettivi terapeutici per questo e altre malattie infiammatorie possono essere proposti. METODOLOGIA: 1.- Replicazione dell'espressione Trait Quantitative Loci (eQTL) con studi di espressione in popolazioni cellulari umane (epiteliali e immunologiche) isolate da biopsie intestinali di pazienti e controlli. 2.- validazione sperimentale dell'eQTL confermato nelle colture di modelli cellulari (silenziamento, sovraespressione o modifica di elementi normativi) e caratterizzazione molecolare dei loro partner molecolari utilizzando RAP e Pull-down. (Italian)
16 January 2022
0 references
Ο ΓΕΝΙΚΟΣ ΣΤΟΧΟΣ του έργου είναι να γνωρίζει τα μοριακά στοιχεία και τους μηχανισμούς μέσω των οποίων τα SNP που συνδέονται με γενετικό κίνδυνο για την κοιλιοκάκη (CE) τροποποιούν τους κυτταρικούς φαινότυπους και συμβάλλουν στην προδιάθεση της νόσου. Για το σκοπό αυτό, προτείνονται οι ακόλουθοι ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΚΟΙ ΣΤΟΧΟΙ: — Να ορίσουν τα πλέον κρίσιμα ρυθμιστικά στοιχεία (εκφραστική ποσοτική ένδειξη Loci — eQTL) και τα γονίδια-στόχους τους (σε cis ή trans) σε απομονωμένους κυτταρικούς πληθυσμούς από δωδεκαδακτυλικές βιοψίες ασθενών με CD και μη κοιλιακά άτομα. — Προσδιορισμός της επίδρασης της υπερέκφρασης/σιωπής των μη κωδικοποιητικών ρυθμιστικών RNA στη ρύθμιση των γονιδίων-στόχων ως απάντηση σε ερεθίσματα (γλιαδίνη σε εντερικές κυτταρικές σειρές και ΜΣΙΠ σε μονοκύτταρα). — Προσδιορισμός της επίδρασης της διαγραφής των ενεργών γονιδιωματικών περιοχών της χρωματίνης στη ρύθμιση των γονιδίων-στόχων ως απάντηση στα ίδια ερεθίσματα. — Καθορισμός της επιρροής των γονοτύπων NPS στον παρόντα κανονισμό — Χαρακτηρισμός των μοριακών εταίρων αυτών των κανονιστικών στοιχείων και διαμόρφωση του μοριακού μηχανισμού με τον οποίο ασκούν τη λειτουργία τους, έτσι ώστε να μπορούν να προταθούν πρώιμοι διαγνωστικοί βιοδείκτες ή πιθανοί θεραπευτικοί στόχοι για αυτή και για άλλες φλεγμονώδεις νόσους. ΜΕΘΟΔΟΛΟΓΊΑ: 1.- Αντιγραφή της έκφρασης Ποσοτικό Trait Loci (eQTL) με μελέτες έκφρασης σε πληθυσμούς ανθρώπινων κυττάρων (επιθηλιακό και ανοσολογικό) που απομονώνονται από εντερικές βιοψίες ασθενών και μάρτυρες. 2.- Πειραματική επικύρωση του επιβεβαιωμένου eQTL σε καλλιέργειες μοντέλων κυττάρων (σιωπή, υπερέκφραση ή επεξεργασία ρυθμιστικών στοιχείων) και μοριακός χαρακτηρισμός των μοριακών εταίρων τους με τη χρήση RAP και Pull-down. (Greek)
18 August 2022
0 references
Projektets GENERAL OBJEKTIVE er at kende de molekylære elementer og mekanismer, hvorigennem SNP'er, der er forbundet med genetisk risiko for cøliaki (CE), ændrer cellefænotyper og bidrager til prædisponering for sygdommen. Med henblik herpå foreslås følgende OPERATIVE MÅL: — Definere de mest relevante lovgivningsmæssige elementer (ekspression kvantitativt trait Loci — eQTL) og deres målgener (in cis eller trans) i isolerede cellepopulationer fra duodenale biopsier hos patienter med CD- og non-coeliac individer. — Bestemme virkningen af overekspression/stillelse af ikke-kodende regulatoriske RNA'er på reguleringen af målgener som reaktion på stimuli (gliadin i tarmcellelinjer og PSF i monocytter). — Bestemme virkningen af sletning af aktive chromatingenomiske regioner på reguleringen af målgener som reaktion på de samme stimuli. — Bestemme de tilknyttede NPS-genotypers indflydelse på denne forordning — karakterisere de molekylære partnere i disse reguleringsmæssige elementer og tegne den molekylære mekanisme, hvormed de udøver deres funktion, således at der kan foreslås tidlige diagnostiske biomarkører eller potentielle terapeutiske mål for denne og andre inflammatoriske sygdomme. METODE: 1.- Replikation af udtryk Kvantitativ Trait Loci (eQTL) med ekspressionsundersøgelser i humane cellepopulationer (epitheliale og immunologiske) isoleret fra tarmbiopsier hos patienter og kontroller. 2.- Eksperimentel validering af bekræftet eQTL i cellemodelkulturer (tilskyndelse, overekspression eller redigering af lovgivningsmæssige elementer) og molekylær karakterisering af deres molekylære partnere ved hjælp af RAP og Pull-down. (Danish)
18 August 2022
0 references
Hankkeen yleistavoitteena on tietää molekyylielementit ja -mekanismit, joiden avulla keliakiaan (CE) liittyvään geneettiseen riskiin liittyvät SNP:t muuttavat solufenotyyppejä ja edistävät alttiutta taudille. Tätä varten ehdotetaan seuraavia OPERATIIVIEN OBJEKTIIVI: — Määritellään tärkeimmät lainsäädännölliset tekijät (ilmaisu kvantitatiivinen Trait Loci – eQTL) ja niiden kohdegeenit (cis- tai trans-) eristetyissä solupopulaatioissa pohjukaissuolen biopsioista CD-potilailla ja muilla kuin keliakiapotilailla. — Määrittää ei-koodaavien sääntelyyn perustuvien RNA:iden yliilmaisun/hiljaisen vaimentamisen vaikutus kohdegeenien säätelyyn ärsykkeisiin reagoinnissa (gliadiini suolistosolulinjoissa ja polyesterikatkokuitu monosyyteissä). — Määrittää aktiivisten kromatiinigenomisten alueiden poistamisen vaikutuksen kohdegeenien sääntelyyn vastauksena samoihin ärsykkeisiin. — Määrittää siihen liittyvien NPS-genotyyppien vaikutus tähän asetukseen – Karakterisoi näiden sääntelyelementtien molekyylikumppanit ja piirrä molekyylimekanismi, jolla ne toimivat, jotta voidaan ehdottaa varhaisia diagnostisia biomarkkereita tai mahdollisia terapeuttisia kohteita tälle ja muille tulehdussairauksille. MENETELMÄT: 1. – ekspression replikaatio kvantitatiivinen Trait Loci (eQTL) ekspressiotutkimuksissa ihmisen solupopulaatioissa (epitheliset ja immunologiset), jotka on eristetty potilaiden ja kontrollien suolistobiopsioista. 2.- Kokeellinen validointi vahvistettu eQTL solumalli viljelmissä (hiljaisuus, yliilmaisu tai muokkaus sääntelyelementtejä) ja molekyylien karakterisointi niiden molekyylikumppaneiden RAP ja Pull-down. (Finnish)
18 August 2022
0 references
L-GĦAN ĠENERALI tal-proġett huwa li jkunu jafu l-elementi u l-mekkaniżmi molekulari li permezz tagħhom l-SNPs assoċjati mar-riskju ġenetiku tal-marda celiac (CE) jimmodifikaw il-fenotipi taċ-ċelloli u jikkontribwixxu għall-predispożizzjoni għall-marda. Għal dan il-għan, qed jiġu proposti l-għanijiet OPERATIVI li ġejjin: — Iddefinixxi l-elementi regolatorji l-aktar rilevanti (expression Quantitative Trait Loci — eQTL) u l-ġeni fil-mira tagħhom (f’ċis jew trans) f’popolazzjonijiet iżolati ta’ ċelloli minn bijopsiji duwodenali ta’ pazjenti b’CD u individwi mhux coeliac. — Iddetermina l-effett ta’ espressjoni żejda/silenzjar ta’ RNAs regolatorji li ma jikkodifikawx fuq ir-regolazzjoni ta’ ġeni fil-mira b’reazzjoni għal stimuli (gliadine f’linji ta’ ċelluli intestinali u PSF f’monoċiti). — Jiġi ddeterminat l-effett tat-tħassir tar-reġjuni ġenomiċi attivi tal-kromatin fuq ir-regolamentazzjoni tal-ġeni fil-mira b’reazzjoni għall-istess stimuli. — Tiddetermina l-influwenza tal-ġenotipi NPS assoċjati fuq dan ir-regolament — Karatterizza l-imsieħba molekulari ta’ dawn l-elementi regolatorji u tiġbed il-mekkaniżmu molekulari li bih jeżerċitaw il-funzjoni tagħhom, sabiex ikunu jistgħu jiġu proposti bijomarkaturi dijanjostiċi bikrija jew miri terapewtiċi potenzjali għal dan il-mard u għal mard infjammatorju ieħor. METODOLOĠIJA: 1.- Replikazzjoni ta ‘espressjoni Quantitative Trait Loci (eQTL) bi studji ta’ espressjoni f’ popolazzjonijiet ta ‘ċelluli umani (epiteljali u immunoloġiċi) iżolati minn bijopsiji intestinali ta’ pazjenti u kontrolli. 2.- Validazzjoni sperimentali ta’ eQTL ikkonfermata f’kulturi ta’ mudelli ta’ ċelloli (silencement, espressjoni żejda jew editjar ta’ elementi regolatorji) u karatterizzazzjoni molekulari tal-imsieħba molekulari tagħhom bl-użu ta’ RAP u Pull-down. (Maltese)
18 August 2022
0 references
Projekta ĢENERĀLS MĒRĶIS ir zināt molekulāros elementus un mehānismus, ar kuru palīdzību SNP, kas saistīts ar celiakijas (CE) ģenētisko risku, modificē šūnu fenotipus un veicina noslieci uz slimību. Šajā nolūkā tiek ierosināti šādi OPERATĪVAIS MĒRĶIS: — Definēt svarīgākos reglamentējošos elementus (ekspresijas kvantitatīvās Trait Loci — eQTL) un to mērķa gēnus (cis vai trans) izolētās šūnu populācijās no divpadsmitpirkstu zarnas biopsijas pacientiem ar CD un personām, kas nav celiakijas. — Noteikt nekodējošo RNS pārmērīgas ekspresijas/klusēšanas ietekmi uz mērķa gēnu regulēšanu, reaģējot uz stimuliem (gliadīns zarnu šūnu līnijās un PŠŠ monocītos). — Noteikt aktīvā hromatīna genoma reģionu delēcijas ietekmi uz mērķa gēnu regulēšanu, reaģējot uz tiem pašiem stimuliem. — Noteikt saistīto NPS genotipu ietekmi uz šo regulu — raksturojiet šo reglamentējošo elementu molekulāros partnerus un izveidojiet molekulāro mehānismu, ar kura palīdzību tie pilda savas funkcijas, lai varētu piedāvāt agrīnas diagnostikas biomarķierus vai iespējamos terapeitiskos mērķus šai un citām iekaisuma slimībām. METODIKA: Izteiksmes replikācija Kvantitatīvā trait Loci (eQTL) ar ekspresijas pētījumiem cilvēka šūnu populācijās (epiteliālā un imunoloģiskā), kas izolēta no pacientu un kontroles zarnu biopsijas. 2.- Eksperimentāla apstiprināta eQTL validācija šūnu modeļu kultūrās (klusinājums, regulatīvo elementu pārmērīga ekspresija vai rediģēšana) un molekulārā raksturošana molekulārajiem partneriem, izmantojot RAP un Pull-down. (Latvian)
18 August 2022
0 references
Všeobecným cieľom projektu je poznať molekulárne prvky a mechanizmy, prostredníctvom ktorých SNP spojené s genetickým rizikom pre celiakiu (CE) modifikujú bunkové fenotypy a prispievajú k predispozícii na chorobu. Na tento účel sa navrhujú tieto OPERATIVE OBECTIVES: — Definovať najdôležitejšie regulačné prvky (expresia kvantitatívnych znakov Loci – eQTL) a ich cieľové gény (v cis alebo trans) v izolovaných bunkových populáciách z duodenálnej biopsie pacientov s CD a nekoelikálnymi jedincami. — Určiť účinok nadmernej expresie/tlmenia nekódujúcich regulačných RNA na reguláciu cieľových génov v reakcii na podnety (gliadín v črevných bunkových líniách a PSF v monocytoch). — Určiť účinok delenia aktívnych chromatínových genomických oblastí na reguláciu cieľových génov v reakcii na rovnaké podnety. — Určiť vplyv súvisiacich genotypov NPS na toto nariadenie – charakterizovať molekulárnych partnerov týchto regulačných prvkov a čerpať molekulárny mechanizmus, pomocou ktorého vykonávajú svoju funkciu, aby bolo možné navrhnúť včasné diagnostické biomarkery alebo potenciálne terapeutické ciele pre toto a iné zápalové ochorenia. METODIKA: 1.- replikácia expresie kvantitatívnych znakov Loci (eQTL) so štúdiami expresie na populáciách ľudských buniek (epiteliálne a imunologické) izolované od črevných biopsií pacientov a kontrolných skupín. 2.- Experimentálna validácia potvrdených eQTL v kultúrach bunkového modelu (tlmenie, nadmerná expresia alebo úprava regulačných prvkov) a molekulárna charakterizácia ich molekulárnych partnerov pomocou RAP a Pull-down. (Slovak)
18 August 2022
0 references
Is é OBHAR GINEARÁLTA an tionscadail ná eolas a fháil ar na heilimintí agus na meicníochtaí móilíneacha trína ndéanann SNPanna a bhaineann le riosca géiniteach galar celiac (CE) feinitíopaí cille a mhodhnú agus cur le togracht don ghalar. Chuige sin, moltar na OBJECTIVES OPERATIVE seo a leanas: — Sainmhínigh na heilimintí rialála is ábhartha (léiriú Cainníochtúil Trait Loci — eQTL) agus a spriocghéinte (in cis nó tras) i ndaonraí ceall scoite ó bhithpsí duodenal othar a bhfuil daoine CD agus neamh-coeliac acu. — Cinneadh a dhéanamh maidir leis an éifeacht a bheidh ag róshloinniú/tostú RNAnna rialála neamhchódaithe ar rialú spriocghéinte mar fhreagairt ar spreagthaí (gliadín i línte ceall stéigeacha agus PSF i monaicítí). — Cinneadh a dhéanamh ar éifeacht scriosadh réigiún géanómaíoch gníomhach chromatin maidir le rialú spriocghéinte mar fhreagairt ar an spreagadh céanna. — Tionchar na ngéinitíopaí SSN gaolmhara ar an rialachán seo a chinneadh — Saintréith comhpháirtithe móilíneacha na n-eilimintí rialála seo agus an mheicníocht mhóilíneach trína bhfeidhmíonn siad a bhfeidhm a tharraingt, ionas gur féidir bithmharcóirí diagnóiseacha luatha nó spriocanna teiripeacha féideartha a mholadh don ghalar athlastach seo agus do ghalair athlastacha eile. MODHEOLAÍOCHT: 1.- Samhail léirithe Cainníochtúil Trait Loci (eQTL) le staidéir léirithe i ndaonraí ceall daonna (eQTL) scoite amach ó bhithphíobáin stéigeacha othar agus rialuithe. 2.- Bailíochtú turgnamhach eQTL deimhnithe i saothráin mhúnla cille (tosach, róléiriú nó eagarthóireacht eilimintí rialála) agus tréithriú móilíneach a gcomhpháirtithe móilíneach ag baint úsáide as RAP agus Pull-síos. (Irish)
18 August 2022
0 references
Generální OBJECTIVE projektu je znát molekulární prvky a mechanismy, jejichž prostřednictvím SNP spojené s genetickým rizikem celiakie (CE) modifikují buněčné fenotypy a přispívají k predispozici k onemocnění. Za tímto účelem se navrhují tyto OPERATIVNÍ OBJEKTIVY: — Definovat nejdůležitější regulační prvky (vyjádření Quantitative Trait Loci – eQTL) a jejich cílové geny (v cis nebo trans) v izolovaných buněčných populacích z duodenálních biopsií pacientů s CD a nekoeliakálními jedinci. — Určete účinek nadměrné exprese/tlumení nekódujících regulačních RNA na regulaci cílových genů v reakci na podněty (gliadin ve střevních buněčných liniích a PSV v monocytech). — Určete účinek delece aktivních chromatinových genomických oblastí na regulaci cílových genů v reakci na stejné podněty. — Určit vliv souvisejících genotypů NPS na toto nařízení – charakterizovat molekulární partnery těchto regulačních prvků a čerpat molekulární mechanismus, kterým vykonávají svou funkci, aby bylo možné navrhnout včasné diagnostické biomarkery nebo potenciální terapeutické cíle pro tuto a další zánětlivá onemocnění. METODIKA: 1.- Replikace exprese Quantitative Trait Loci (eQTL) se studiemi exprese v populacích lidských buněk (epiteliální a imunologické) izolované z intestinálních biopsií pacientů a kontrol. 2.- Experimentální validace potvrzené eQTL v kulturách buněčného modelu (tlumení, nadvyjádření nebo editace regulačních prvků) a molekulární charakterizace jejich molekulárních partnerů pomocí RAP a Pull-down. (Czech)
18 August 2022
0 references
O OBJETIVO GERAL do projeto é conhecer os elementos e mecanismos moleculares através dos quais os SNPs associados ao risco genético à doença celíaca (CE) modificam os fenótipos celulares e contribuem para a predisposição à doença. Para o efeito, propõem-se os seguintes OBJETIVOS OPERATIVOS: — Definir os elementos regulamentares mais relevantes (expressão Quantitative Trait Loci — eQTL) e os seus genes-alvo (em cis ou trans) em populações celulares isoladas a partir de biópsias duodenais de doentes com DC e indivíduos não celíacas. — Determinar o efeito da sobreexpressão/silêncio dos ARN reguladores não codificantes na regulação dos genes-alvo em resposta a estímulos (gliadina nas linhas celulares intestinais e PSF nos monócitos). — Determinar o efeito da deleção das regiões genómicas ativas da cromatina na regulação dos genes-alvo em resposta aos mesmos estímulos. — Determinar a influência dos genótipos de NSP associados no presente regulamento — Caracterizar os parceiros moleculares destes elementos reguladores e traçar o mecanismo molecular pelo qual exercem a sua função, de modo a poderem ser propostos biomarcadores de diagnóstico precoce ou potenciais alvos terapêuticos para esta e outras doenças inflamatórias. METODOLOGIA: 1.- Replicação da expressão Quantitative Trait Loci (eQTL) com estudos de expressão em populações de células humanas (epiteliais e imunológicas) isoladas a partir de biópsias intestinais de doentes e controlos. 2.- Validação experimental de eQTL confirmados em culturas de modelos celulares (silêncio, sobre-expressão ou edição de elementos reguladores) e caracterização molecular dos seus parceiros moleculares utilizando RAP e Pull-down. (Portuguese)
18 August 2022
0 references
Projekti üldeesmärk on teada molekulaarelemente ja -mehhanisme, mille kaudu tseliaakia geneetilise riskiga seotud SNP-d muudavad rakkude fenotüüpe ja aitavad kaasa haiguse eelsoodumusele. Selleks tehakse ettepanek järgmiste OPERATIIVsete OBJEKTIIVIDE kohta: – Määrata kindlaks kõige asjakohasemad regulatiivsed elemendid (ekspressiooni kvantitatiivne Trait Loci – eQTL) ja nende sihtgeenid (cis- või trans-) CD-d ja mittetsöliaakiliste isenditega patsientide kaksteistsõrmikbiopsia isoleeritud rakupopulatsioonides. – Määrata kindlaks mittekodeerivate regulatiivsete RNAde üleekspressiooni/vaiksuse mõju sihtgeenide reguleerimisele vastusena stiimulitele (gliadiin soolestikus ja polüesterstaapelkiud monotsüütides). – Määrata kindlaks aktiivsete kromatiingenoomiliste piirkondade deletsiooni mõju sihtgeenide reguleerimisele vastusena samadele stiimulitele. – Määrake kindlaks seotud uute psühhoaktiivsete ainete genotüüpide mõju sellele määrusele – iseloomustage nende regulatiivsete elementide molekulaarpartnereid ja joonistage molekulaarmehhanism, mille abil nad oma funktsiooni täidavad, et pakkuda varajasi diagnostilisi biomarkereid või võimalikke terapeutilisi sihtmärke selle ja teiste põletikuliste haiguste puhul. METOODIKA: Ekspressiooni kordumine kvantitatiivsete Trait Loci (eQTL) ekspressiooniuuringutega inimese rakupopulatsioonides (epiteeli- ja immunoloogilised), mis on isoleeritud patsientide soole biopsiast ja kontrollrühmast. 2.- EQTL-i eksperimentaalne valideerimine rakumudeli kultuurides (regulatiivsete elementide vaikimine, üleekspressioon või redigeerimine) ja nende molekulaarpartnerite molekulaarsed iseloomustused, kasutades RAP ja Pull-down. (Estonian)
18 August 2022
0 references
A projekt általános OBJJECTÍRÁSa az, hogy megismerjük azokat a molekuláris elemeket és mechanizmusokat, amelyek révén a cöliákiákra (CE) gyakorolt genetikai kockázattal járó SNP-k módosítják a sejtfenotípusokat és hozzájárulnak a betegségre való hajlamhoz. E célból a következő OPERATÍV CÉLKITŰZÉSEK javasoltak: – Határozza meg a legrelevánsabb szabályozási elemeket (kifejezés Quantitative Trait Loci – eQTL) és célgénjeit (ciszban vagy transzban) az izolált sejtpopulációkban CD-vel és nem coeliákummal rendelkező betegek nyombél biopsziáiból. – Határozza meg a nem kódoló szabályozási RNS-ek túlexpressziójának/hallgatásának hatását a célgének szabályozására az ingerekre reagálva (gliadin a bélsejtvonalakban és PSF monocytákban). – Határozza meg az aktív kromatin genomikus régiók törlésének hatását a célgének szabályozására ugyanazon ingerekre reagálva. – Határozza meg a kapcsolódó NPS genotípusok hatását erre a rendeletre – Jelölje meg e szabályozási elemek molekuláris partnereit, és vonja le azt a molekuláris mechanizmust, amellyel funkciójukat gyakorolják, hogy korai diagnosztikai biomarkereket vagy lehetséges terápiás célokat lehessen javasolni erre és más gyulladásos betegségekre. MÓDSZERTAN: 1.- expresszió replikációja Kvantitatív Trait Loci (eQTL) expressziós vizsgálatokkal humán sejtpopulációkon (epitheliális és immunológiai) izolált bélbiopszia betegek és kontrollok. 2.- Kísérleti validációja megerősített eQTL sejtkultúrákban (csendelés, túlkifejezés vagy szerkesztés szabályozó elemek) és molekuláris jellemzése a molekuláris partnerek RAP és Pull-down. (Hungarian)
18 August 2022
0 references
Общата ЦЕЛ на проекта е да се познават молекулярните елементи и механизми, чрез които СНП, свързани с генетичен риск от цьолиакия (CE), променят клетъчните фенотипове и допринасят за предразположение към заболяването. За тази цел се предлагат следните ОПЕРАТИВНИ ЦЕЛИ: — Да се определят най-важните регулаторни елементи (изразяване на количествена черта Loci — eQTL) и техните целеви гени (в цис или транс) в изолирани клетъчни популации от дуоденални биопсии на пациенти с CD и нецелиачни индивиди. — Определете ефекта на свръхизразяване/заглушаване на некодиращи регулаторни РНК върху регулирането на целевите гени в отговор на стимули (глиадин в чревни клетъчни линии и PSF в моноцити). — Определя ефекта от заличаването на активните хроматинови геномни региони върху регулирането на целевите гени в отговор на същите стимули. — Определете влиянието на свързаните НПВ генотипове върху този регламент — характеризирайте молекулярните партньори на тези регулаторни елементи и изчертайте молекулярния механизъм, чрез който те упражняват своята функция, така че да могат да бъдат предложени ранни диагностични биомаркери или потенциални терапевтични цели за това и други възпалителни заболявания. МЕТОДОЛОГИЯ: 1.- Репликация на израза Количествена черта Loci (eQTL) с експресионни проучвания при човешки клетъчни популации (епителиални и имунологични), изолирани от чревни биопсии на пациенти и контроли. 2.- Експериментално валидиране на потвърдени eQTL в клетъчни модели култури (мълчание, свръхизразяване или редактиране на регулаторни елементи) и молекулярна характеристика на техните молекулярни партньори, използвайки RAP и Pull-down. (Bulgarian)
18 August 2022
0 references
Projekto GENERAL OBJECTIVE yra žinoti molekulinius elementus ir mechanizmus, kuriais SNP, susiję su genetine rizika celiakijos ligai (CE), keičia ląstelių fenotipus ir prisideda prie polinkio į ligą. Šiuo tikslu siūlomos šios OPERATIVE KONTROLĖS: – Apibrėžti svarbiausius reguliavimo elementus (išraišką kiekybinį bruožą Loci – eQTL) ir jų tikslinius genus (cis arba trans) izoliuotose ląstelių populiacijose iš pacientų, sergančių CD ir ne celiakija, dvylikapirštės žarnos biopsijos. – Nustatyti nekoduojančių reguliuojamųjų RNR pernelyg ekspresijos (ligos) poveikį tikslinių genų reguliavimui reaguojant į dirgiklius (gliadinas žarnyno ląstelių linijose ir PSF monocituose). – Nustatyti aktyvių chromatino genominių regionų ištrynimo poveikį tikslinių genų reguliavimui reaguojant į tuos pačius dirgiklius. – Nustatyti susijusių NPS genotipų įtaką šiam reglamentui – apibūdinti šių reguliavimo elementų molekulinius partnerius ir nustatyti molekulinį mechanizmą, kuriuo jie vykdo savo funkciją, kad būtų galima pasiūlyti ankstyvuosius diagnostinius biologinius žymeklius arba galimus terapinius tikslus šiai ir kitoms uždegiminėms ligoms. METODIKA: 1.- ekspresijos replikacija Quantitative Trait Loci (eQTL) su ekspresijos tyrimais su žmogaus ląstelių populiacijomis (epitelio ir imunologiniais), išskirtomis iš pacientų ir kontrolinės grupės žarnyno biopsijų. 2.- Patvirtinto eQTL eksperimentinis patvirtinimas ląstelių modelio kultūrose (reguliavimo elementų negalavimas, raiška ar redagavimas) ir molekulinis jų molekulinių partnerių apibūdinimas naudojant RAP ir Pull-down. (Lithuanian)
18 August 2022
0 references
OPĆI OBJEKT projekta je upoznati molekularne elemente i mehanizme pomoću kojih SNP-ovi povezani s genetskim rizikom za celijakalnu bolest (CE) mijenjaju stanične fenotipove i doprinose predispoziciji za bolest. U tu svrhu predlažu se sljedeći OPERATIVE OBJEKOVI: — Definirati najrelevantnije regulatorne elemente (izražavanje kvantitativne Trait Loci – eQTL) i njihove ciljne gene (u cis ili trans) u izoliranim staničnim populacijama iz dvodenalnih biopsija pacijenata s CD-om i nekoelijačnim pojedincima. — Utvrditi učinak prekomjerne ekspresije/prešutnosti nekodirajućih regulatornih RNK-ova na regulaciju ciljnih gena kao odgovor na podražaje (gliadin u crijevnim staničnim linijama i PSF u monocitima). — Odrediti učinak brisanja aktivnih kromatskih genomskih područja na regulaciju ciljnih gena kao odgovor na iste podražaje. — Odrediti utjecaj povezanih genotipova NPS-a na ovu uredbu – Obilježiti molekularne partnere tih regulatornih elemenata i nacrtati molekularni mehanizam pomoću kojeg obavljaju svoju funkciju, tako da se mogu predložiti rani dijagnostički biomarkeri ili potencijalni terapijski ciljevi za ovu i druge upalne bolesti. METODOLOGIJA: 1.- Replikacija ekspresije Quantitative Trait Loci (eQTL) s ekspresijskim studijama u populacijama ljudskih stanica (epitelnom i imunološkom) izoliranom iz crijevne biopsije bolesnika i kontrola. 2.- Eksperimentalna validacija potvrđene eQTL u kulturama staničnih modela (šumljenje, prekomjerno izražavanje ili uređivanje regulatornih elemenata) i molekularna karakterizacija njihovih molekularnih partnera koristeći RAP i Pull-down. (Croatian)
18 August 2022
0 references
Projektets ALLMÄNNA OBJEKTIV är att känna till de molekylära element och mekanismer genom vilka SNPs förknippade med genetisk risk för celiaki (CE) modifierar cellfenotyper och bidrar till sjukdomens predisposition. I detta syfte föreslås följande OPERATIVE MÅL: — Definiera de mest relevanta regleringselementen (uttryckskvantitative Trait Loci – eQTL) och deras målgener (i cis eller trans) i isolerade cellpopulationer från duodenala biopsier hos patienter med CD och icke-coeliaki. — Bestämma effekten av överuttryck/tystnad av icke-kodande lagstadgade RNA på regleringen av målgener som svar på stimuli (gliadin i intestinala cellinjer och PSF i monocyter). — Bestämma effekten av borttagning av aktiva kromatingenomiska regioner på regleringen av målgener som svar på samma stimuli. — Bestämma vilken inverkan de associerade NPS-genotyperna har på denna förordning – Karakterisera de molekylära partnerna i dessa bestämmelser och dra den molekylära mekanism genom vilken de utövar sin funktion, så att tidiga diagnostiska biomarkörer eller potentiella terapeutiska mål för denna och andra inflammatoriska sjukdomar kan föreslås. METOD: 1.- Replikation av uttrycket Quantitative Trait Loci (eQTL) med expressionsstudier i humana cellpopulationer (epithelial och immunologisk) isolerade från intestinala biopsier hos patienter och kontroller. 2.- Experimentell validering av bekräftade eQTL i cellmodellkulturer (silencement, överuttryck eller redigering av regulatoriska element) och molekylär karakterisering av deras molekylära partner med hjälp av RAP och Pull-down. (Swedish)
18 August 2022
0 references
Obiectivul GENERAL al proiectului este de a cunoaște elementele și mecanismele moleculare prin care PSE asociat cu riscul genetic pentru boala celiacă (CE) modifică fenotipurile celulare și contribuie la predispoziția la boală. În acest scop, se propun următoarele OBJECTIVE OPERATIVE: Definirea celor mai relevante elemente de reglementare (expresia Quantitative Trait Loci – eQTL) și a genelor țintă ale acestora (în cis sau trans) în populațiile de celule izolate din biopsii duodenale ale pacienților cu CD și non-coeliaci. Determinarea efectului supraexpresiei/amortizării ARN-urilor reglementare necodificate asupra reglării genelor țintă ca răspuns la stimuli (gliadină în liniile celulare intestinale și PSF în monocite). Determinarea efectului eliminării regiunilor active ale cromatinei genomice asupra reglării genelor țintă ca răspuns la aceiași stimuli. Determinarea influenței genotipurilor NPS asociate asupra acestui regulament – Caracterizarea partenerilor moleculari ai acestor elemente de reglementare și stabilirea mecanismului molecular prin care acestea își exercită funcția, astfel încât să poată fi propuși biomarkeri de diagnosticare timpurie sau potențiale ținte terapeutice pentru această boală inflamatorie și pentru alte boli inflamatorii. METODOLOGIE: 1.- Replicarea expresiei Loci Cantitative Trait Loci (eQTL) cu studii de expresie la populațiile de celule umane (epiteliale și imunologice) izolate de biopsiile intestinale ale pacienților și martorilor. 2.- validarea experimentală a eQTL confirmate în culturile model celular (încetinire, supraexprimare sau editarea elementelor de reglementare) și caracterizarea moleculară a partenerilor lor moleculari folosind RAP și Pull-down. (Romanian)
18 August 2022
0 references
Splošni CILJ projekta je poznati molekularne elemente in mehanizme, s katerimi SNP, povezani z genetskim tveganjem za celiakijo (CE), spreminjajo celične fenotipe in prispevajo k predispoziciji za bolezen. V ta namen se predlagajo naslednji OPERATIVE OBJEKTI: — Opredelite najpomembnejše regulativne elemente (izražanje kvantitativne Trait Loci – eQTL) in njihove ciljne gene (v cis ali trans) v izoliranih celičnih populacijah iz dvanajstnika biopsije bolnikov s CD in nekoeliakcev. — Določiti učinek prekomernega izražanja/dušenja nekodiranih regulativnih RNK na regulacijo ciljnih genov kot odziv na dražljaje (gliadin v črevesnih celičnih linijah in RVP v monocitih). — Določi učinek brisanja genomskih regij aktivnega kromatina na regulacijo ciljnih genov kot odziv na iste dražljaje. — Določiti vpliv povezanih genotipov NPS na to uredbo – Označite molekularne partnerje teh regulativnih elementov in narišite molekularni mehanizem, s katerim izvajajo svojo funkcijo, tako da se lahko predlagajo zgodnji diagnostični biomarkerji ali potencialni terapevtski cilji za to in druge vnetne bolezni. METODOLOGIJA: 1.- Ponovitev ekspresije kvantitativne Trait Loci (eQTL) s študijami ekspresije na populacijah človeških celic (epitelijskih in imunoloških), izoliranih iz črevesne biopsije bolnikov in kontrol. 2.- Eksperimentalna validacija potrjenega eQTL v kulturah celičnih modelov (tiha, prekomerno izražanje ali urejanje regulativnih elementov) in molekularna karakterizacija njihovih molekularnih partnerjev z uporabo RAP in Pull-down. (Slovenian)
18 August 2022
0 references
Celem GENERALNEGO projektu jest poznanie pierwiastków molekularnych i mechanizmów, za pomocą których SNP związane z ryzykiem genetycznym dla celiakii (CE) modyfikują fenotypy komórek i przyczyniają się do predyspozycji do choroby. W tym celu proponuje się następujące cele OPERATYWNE: — Określić najistotniejsze elementy regulacyjne (ekspresja ilościowa Trait Loci – eQTL) i ich geny docelowe (in cis lub trans) w wyizolowanych populacjach komórek z biopsji dwunastnicy pacjentów z CD i innymi niż celiakia. — Określić wpływ nadekspresji/wyciszenia niekodujących regulacyjnych RNA na regulację genów docelowych w odpowiedzi na bodźce (gliadyna w liniach komórkowych jelit i PSF w monocytach). — Określić wpływ usunięcia aktywnych chromatynowych regionów genomowych na regulację genów docelowych w odpowiedzi na te same bodźce. — Określić wpływ powiązanych genotypów NPS na to rozporządzenie – Charakteryzuj molekularnych partnerów tych elementów regulacyjnych i narysuj mechanizm molekularny, za pomocą którego wykonują swoją funkcję, tak aby można było zaproponować wczesne biomarkery diagnostyczne lub potencjalne cele terapeutyczne dla tej i innych chorób zapalnych. METODYKA: 1.- Replikacja ekspresji Ilościowa cecha Loci (eQTL) z badaniami ekspresji w populacjach komórek ludzkich (epithelial i immunologicznych) wyizolowanych z biopsji jelitowej pacjentów i grupy kontrolnej. 2.- Eksperymentalna walidacja potwierdzonej eQTL w kulturach modeli komórkowych (wyciszenie, nadekspresja lub edycja elementów regulacyjnych) i charakterystyka molekularna ich partnerów molekularnych przy użyciu RAP i Pull-down. (Polish)
18 August 2022
0 references
Barakaldo
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
PI16_00258
0 references