Targeted exonic next generation sequencing for the molecular diagnosis and cell free tumor DNA analysis as screening method for patients with DLBCL. (Q3141608): Difference between revisions
Jump to navigation
Jump to search
(Added qualifier: readability score (P590521): 0.4581318359114744) |
(Set a claim value: summary (P836): O objetivo deste projeto é caracterizar o perfil genético de uma série selecionada de amostras difusas de doentes com linfoma de grandes células B através de sequenciação exónica de próxima geração. Serão analisadas amostras de diagnóstico (tumor e ADN normal) de doentes envolvidos em três ensaios clínicos diferentes e numa série retrospetiva de casos de linfoma plasmáticoblástico, utilizando uma abordagem de sequenciação direcionada da próxima gera...) |
||
| Property / summary | Property / summary | ||
O objetivo deste projeto é caracterizar o perfil genético de uma série selecionada de amostras difusas de doentes com linfoma de grandes células B através de sequenciação exónica de próxima geração. Serão analisadas amostras de diagnóstico (tumor e ADN normal) de doentes envolvidos em três ensaios clínicos diferentes e numa série retrospetiva de casos de linfoma plasmáticoblástico, utilizando uma abordagem de sequenciação direcionada da próxima geração, a fim de identificar marcadores associados à resposta à terapêutica. As amostras são fornecidas por três ensaios clínicos do grupo GELTAMO (GEL-BRCAP21) 2012-005138-12), GEL-RCOMP 2013 (N.o EurdraCT: 2013-001065-17) e LR-ESHAP (n.o EurdraCT: 2010-018463-41). Os casos de linfomas plasmáticos são obtidos do biobanco Valdecilla. A próxima geração exónica visada que arranja em seqüência será executada usando o ADN normal e do tumor dos pacientes. A geração da biblioteca será realizada através de um kit personalizado, desenvolvido em colaboração com a Illumina, para este fim. A sequenciação será feita com a plataforma MiSeq (Illumina). Além do seu, pretende-se desenvolver um protocolo para a deteção precisa e sensível de mutações somáticas no plasma de doentes no momento do diagnóstico (ADN livre de células circulantes) através de PCR digital. Este teste pode ter uma aplicação no rastreio e seguimento de doentes com suspeita ou LCDL previamente tratados, respetivamente. A próxima geração que arranja em seqüência igualmente será usada para explorar o repertório da pilha de T em uma selecção de amostras do tumor com DLBCL e estudar sua relação com os perfis mutacionais, os perfis da expressão da proteína e o resultado clínico. (Portuguese) | |||
Revision as of 22:45, 9 October 2024
Project Q3141608 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Targeted exonic next generation sequencing for the molecular diagnosis and cell free tumor DNA analysis as screening method for patients with DLBCL. |
Project Q3141608 in Spain |
Statements
44,376.75 Euro
0 references
81,500.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2017
0 references
31 March 2020
0 references
FUNDACION INSTITUTO DE INVESTIGACION MARQUES DE VALDECILLA (IDIVAL)
0 references
The aim of this Project is to characterize the genetic profile of a selected series of diffuse large B cell lymphoma patient samples by means of targeted exonic next generation sequencing. Diagnostic samples (tumor and normal DNA) from patients involved in three different clinical trials and a retrospective series of plasmablastic lymphoma cases will be analyzed using a targeted next generation sequencing approach, in order to identify markers associated with response to therapy. The samples are provided by three clinical trials from GELTAMO group (GEL-BRCAP21 (Nº EudraCT: 2012-005138-12), GEL-RCOMP 2013 (Nº EudraCT: 2013-001065-17) and LR-ESHAP (Nº EudraCT: 2010-018463-41). Plasmablastic lymphomas cases are obtained from biobank Valdecilla. Targeted exonic next generation sequencing will be performed using both normal and tumor DNA from patients. Library generation will be performed using a customized kit, developed in collaboration with Illumina, for this purpose. Sequencing will be done with MiSeq (Illumina) platform. In addition to his, we aim to develop a protocol for the accurate and sensitive detection of somatic mutations in the plasma of patients at diagnosis (circulating cell free tDNA) by means of digital PCR. This test may have an application in the screening and follow of patients with a suspicion or previously treated DLBCL, respectively. Next generation sequencing will also be used to explore the T cell repertoire in a selection of tumor samples with DLBCL and study its relationship with the mutational profiles, protein expression profiles and clinical outcome. (Spanish)
0 references
The aim of this Project is to Characterise the genetic profile of a selected series of diffuse large B cell lymphoma patient samples by means of targeted exonic next generation sequencing. Diagnostic samples (tumor and normal DNA) from patients involved in three different clinical trials and a retrospective series of plasmablastic lymphoma cases will be analysed using a targeted next generation sequencing approach, in order to identify markers associated with response to therapy. The samples are provided by three clinical trials from GELTAMO group (GEL-BRCAP21) 2012-005138-12), GEL-RCOMP 2013 (EurdraCT No: 2013-001065-17) and LR-ESHAP (EurdraCT No: 2010-018463-41). Plasmablastic lymphomas cases are obtained from biobank Valdecilla. Targeted exonic next generation sequencing will be performed using both normal and tumor DNA from patients. Library generation will be performed using a customised kit, developed in collaboration with Illumina, for this purpose. Sequencing will be done with MiSeq (Illumina) platform. In addition to his, we aim to develop a protocol for the accurate and sensitive detection of somatic mutations in the plasma of patients at diagnosis (circulating cell free TDNA) by means of digital PCR. This test may have an application in the screening and follow of patients with a suspicion or previously treated DLBCL, respectively. Next generation sequencing will also be used to explore the T cell repertoire in a selection of tumor samples with DLBCL and study its relationship with the mutational profiles, protein expression profiles and clinical outcome. (English)
12 October 2021
0.4581318359114744
0 references
L’objectif de ce projet est de caractériser le profil génétique d’une série sélectionnée d’échantillons de lymphomes B diffus à l’aide d’un séquençage exonique ciblé de nouvelle génération. Des échantillons diagnostiques (ADNtumeur et ADN normal) de patients impliqués dans trois essais cliniques différents et une série rétrospective de cas de lymphome plasmablastique seront analysés à l’aide d’une approche de séquençage de nouvelle génération ciblée, afin d’identifier les marqueurs associés à la réponse au traitement. Les échantillons sont fournis dans le cadre de trois essais cliniques du groupe GELTAMO (GEL-BRCAP21) 2012-005138-12), GEL-RComp 2013 (no EurdraCT: 2013-001065-17) et LR-Eshap (no EurdraCT: 2010-018463-41). Les cas de lymphomes Plasmablastiques sont obtenus à partir de la biobanque Valdecilla. Le séquençage exonique ciblé de nouvelle génération sera effectué à la fois à l’aide de l’ADN normal et de l’ADN tumoral des patients. La génération de la bibliothèque sera réalisée à l’aide d’un kit personnalisé, développé en collaboration avec Illumina, à cette fin. Le séquençage se fera avec la plateforme MiSeq (Illumina). En plus de lui, nous visons à développer un protocole pour la détection précise et sensible des mutations somatiques dans le plasma des patients au diagnostic (ADNt sans cellules circulantes) au moyen de PCR numérique. Ce test peut faire l’objet d’une demande de dépistage et de suivi de patients soupçonnés ou déjà traités par DLBCL, respectivement. Le séquençage de nouvelle génération sera également utilisé pour explorer le répertoire des cellules T dans une sélection d’échantillons de tumeurs avec DLBCL et étudier sa relation avec les profils mutationnels, les profils d’expression des protéines et les résultats cliniques. (French)
2 December 2021
0 references
Ziel dieses Projekts ist es, das genetische Profil einer ausgewählten Serie von diffusen großen B-Zell-Lymphom-Patientenproben durch gezielte Exonic-Sequenzierung der nächsten Generation zu charakterisieren. Diagnostische Proben (Tumor und normale DNA) von Patienten, die an drei verschiedenen klinischen Studien beteiligt sind, und eine retrospektive Reihe von Plasmablastic-Lymphom-Fällen werden anhand eines gezielten Sequencing-Ansatzes der nächsten Generation analysiert, um Marker zu identifizieren, die mit dem Ansprechen auf Therapie verbunden sind. Die Proben werden in drei klinischen Studien der GELTAMO-Gruppe (GEL-BRCAP21) bereitgestellt. 2012-005138-12), GEL-RComp 2013 (EurdraCT-Nr.: 2013-001065-17) und LR-Eshap (EurdraCT-Nr.: 2010-018463-41). Plasmablastic Lymphome Fälle werden aus der Biobank Valdecilla erhalten. Die gezielte Exonic-Sequenzierung der nächsten Generation wird sowohl mit normaler als auch mit Tumor-DNA von Patienten durchgeführt. Die Bibliotheksgenerierung wird mit einem maßgeschneiderten Kit durchgeführt, das in Zusammenarbeit mit Illumina zu diesem Zweck entwickelt wurde. Die Sequenzierung erfolgt mit der MiSeq (Illumina) Plattform. Zusätzlich zu seiner wollen wir ein Protokoll für die genaue und empfindliche Detektion von somatischen Mutationen im Plasma von Patienten bei der Diagnose (zirkulierende zellfreie tDNA) mittels digitaler PCR entwickeln. Dieser Test kann eine Anwendung im Screening und Follow von Patienten mit Verdacht oder zuvor behandeltem DLBCL haben. Die Sequenzierung der nächsten Generation wird auch verwendet, um das T-Zell-Repertoire in einer Auswahl von Tumorproben mit DLBCL zu erforschen und deren Beziehung zu den Mutationsprofilen, Proteinexpressionsprofilen und klinischen Ergebnissen zu untersuchen. (German)
9 December 2021
0 references
Het doel van dit project is om het genetische profiel van een geselecteerde reeks diffuse grote B-cellymfoompatiëntenmonsters te karakteriseren door middel van gerichte exonic volgende generatie sequencing. Diagnostische monsters (tumor en normaal DNA) van patiënten die betrokken zijn bij drie verschillende klinische onderzoeken en een retrospectieve reeks gevallen van plasmablastisch lymfoom zullen worden geanalyseerd met behulp van een gerichte volgende generatie sequencingbenadering, om markers te identificeren die verband houden met respons op therapie. De monsters worden verstrekt door middel van drie klinische proeven van de GELTAMO-groep (GEL-BRCAP21). 2012-005138-12), GEL-RComp 2013 (EurdraCT-nr.: 2013-001065-17) en LR-Eshap (EurdraCT-nr.: 2010-018463-41). Plasmablastische lymfomen gevallen worden verkregen uit biobank Valdecilla. Gerichte exonic volgende generatie sequencing zal worden uitgevoerd met behulp van zowel normale als tumor DNA van patiënten. Bibliotheekgeneratie zal worden uitgevoerd met behulp van een aangepaste kit, ontwikkeld in samenwerking met Illumina, voor dit doel. Sequencing zal worden gedaan met MiSeq (Illumina) platform. Naast het zijne willen we een protocol ontwikkelen voor de nauwkeurige en gevoelige detectie van somatische mutaties in het plasma van patiënten bij diagnose (circulerend celvrij tDNA) door middel van digitale PCR. Deze test kan een toepassing hebben in de screening en follow-up van patiënten met een vermoeden of eerder behandelde DLBCL. Volgende generatie sequencing zal ook worden gebruikt om het T-celrepertoire in een selectie van tumormonsters met DLBCL te verkennen en zijn relatie met de mutatieprofielen, eiwitexpressieprofielen en klinische uitkomst te bestuderen. (Dutch)
17 December 2021
0 references
L'obiettivo di questo progetto è quello di caratterizzare il profilo genetico di una serie selezionata di campioni di linfoma diffuso a grandi cellule B mediante sequenziamento esonico mirato di prossima generazione. I campioni diagnostici (dna tumorale e normale) provenienti da pazienti coinvolti in tre diversi studi clinici e in una serie retrospettiva di casi di linfoma plasmablastico saranno analizzati utilizzando un approccio di sequenziamento mirato della prossima generazione, al fine di identificare i marcatori associati alla risposta alla terapia. I campioni sono forniti da tre studi clinici del gruppo GELTAMO (GEL-BRCAP21) 2012-005138-12), GEL-RComp 2013 (n. EurdraCT: 2013-001065-17) e LR-Eshap (n. EurdraCT: 2010-018463-41). I casi di linfomi plasmablastici sono ottenuti da biobank Valdecilla. Il sequenziamento esonico mirato di prossima generazione sarà eseguito usando sia il DNA normale che quello tumorale dei pazienti. La generazione di librerie sarà eseguita utilizzando un kit personalizzato, sviluppato in collaborazione con Illumina, a tal fine. Il sequenziamento sarà effettuato con la piattaforma MiSeq (Illumina). Oltre al suo, miriamo a sviluppare un protocollo per la rilevazione accurata e sensibile delle mutazioni somatiche nel plasma dei pazienti al momento della diagnosi (tDNA cellulare circolante libero) mediante PCR digitale. Questo test può avere un'applicazione nello screening e nel seguito di pazienti con sospetto o DLBCL precedentemente trattati, rispettivamente. Il sequenziamento di prossima generazione sarà utilizzato anche per esplorare il repertorio delle cellule T in una selezione di campioni tumorali con DLBCL e studiare la sua relazione con i profili mutazionali, i profili di espressione proteica e l'esito clinico. (Italian)
16 January 2022
0 references
Στόχος αυτού του Έργου είναι να Χαρακτηρίσει το γενετικό προφίλ μιας επιλεγμένης σειράς διάχυτων δειγμάτων ασθενών με λεμφώματα μεγάλων Β κυττάρων μέσω στοχοθετημένης εξωτικής αλληλουχίας επόμενης γενιάς. Διαγνωστικά δείγματα (όγκος και φυσιολογικό DNA) από ασθενείς που συμμετείχαν σε τρεις διαφορετικές κλινικές δοκιμές και μια αναδρομική σειρά κρουσμάτων πλάσματος θα αναλυθούν χρησιμοποιώντας μια στοχοθετημένη προσέγγιση αλληλουχίας επόμενης γενιάς, προκειμένου να εντοπιστούν δείκτες που σχετίζονται με την απόκριση στη θεραπεία. Τα δείγματα παρέχονται από τρεις κλινικές δοκιμές από την ομάδα GELTAMO (GEL-BRCAP21) 2012-005138-12), το GEL-RComp 2013 (αριθ. EurdraCT: 2013-001065-17) και LR-Eshap (EurdraCT αριθ.: 2010-018463-41). Οι περιπτώσεις πλασματικών λεμφωμάτων λαμβάνονται από το biobank Valdecilla. Ο στοχευμένος εξωτικός προσδιορισμός αλληλουχίας επόμενης γενιάς θα πραγματοποιηθεί χρησιμοποιώντας τόσο φυσιολογικό όσο και καρκινικό DNA από τους ασθενείς. Η δημιουργία βιβλιοθήκης θα πραγματοποιηθεί χρησιμοποιώντας ένα προσαρμοσμένο κιτ, που αναπτύχθηκε σε συνεργασία με την Illumina, για το σκοπό αυτό. Η αλληλουχία θα γίνει με την πλατφόρμα MiSeq (Illumina). Εκτός από το δικό του, στοχεύουμε στην ανάπτυξη ενός πρωτοκόλλου για την ακριβή και ευαίσθητη ανίχνευση σωματικών μεταλλάξεων στο πλάσμα ασθενών κατά τη διάγνωση (κυκλοφορώντας tDNA χωρίς κύτταρα) μέσω της ψηφιακής PCR. Η εξέταση αυτή μπορεί να έχει εφαρμογή στον προσυμπτωματικό έλεγχο και την παρακολούθηση ασθενών με υπόνοια ή DLBCL που έχουν υποβληθεί σε προηγούμενη θεραπεία, αντίστοιχα. Ο προσδιορισμός αλληλουχίας επόμενης γενιάς θα χρησιμοποιηθεί επίσης για να διερευνήσει το ρεπερτόριο Τ κυττάρων σε μια επιλογή δειγμάτων όγκου με DLBCL και να μελετήσει τη σχέση του με τα μεταλλαγμένα προφίλ, τα προφίλ έκφρασης πρωτεϊνών και το κλινικό αποτέλεσμα. (Greek)
17 August 2022
0 references
Formålet med dette projekt er at karakterisere den genetiske profil af en udvalgt række diffuse store B-celle lymfom patientprøver ved hjælp af målrettet exonic næste generation sekventering. Diagnostiske prøver (tumor og normalt DNA) fra patienter, der er involveret i tre forskellige kliniske forsøg og en retrospektiv serie af plasmablastice lymfomtilfælde, vil blive analyseret ved hjælp af en målrettet næste generations sekventeringsmetode med henblik på at identificere markører forbundet med respons på behandling. Prøverne leveres af tre kliniske forsøg fra GELTAMO-gruppen (GEL-BRCAP21) 2012-005138-12), GEL-RComp 2013 (EurdraCT nr.: 2013-001065-17) og LR-Eshap (EurdraCT-nr.: 2010-018463-41). Plasmablastic lymfom tilfælde opnås fra biobank Valdecilla. Målrettet exonic næste generation sekventering vil blive udført ved hjælp af både normal og tumor DNA fra patienter. Bibliotek generation vil blive udført ved hjælp af en skræddersyet kit, udviklet i samarbejde med Illumina, til dette formål. Sekventering vil ske med MiSeq (Illumina) platform. Ud over hans, vi sigter mod at udvikle en protokol for nøjagtig og følsom påvisning af somatiske mutationer i plasma af patienter ved diagnose (cirkulerende cellefri tDNA) ved hjælp af digital PCR. Denne test kan anvendes til screening og opfølgning af patienter med mistanke eller tidligere behandlet DLBCL. Næste generations sekventering vil også blive brugt til at udforske T-cellerepertoiret i et udvalg af tumorprøver med DLBCL og undersøge dens forhold til mutationsprofiler, proteinekspressionsprofiler og kliniske resultater. (Danish)
17 August 2022
0 references
Tämän hankkeen tavoitteena on karakterisoida valitun sarjan diffuusien suurten B-solulymfoomapotilasnäytteiden geneettistä profiilia seuraavan sukupolven eksonisen sekvensoinnin avulla. Diagnostiset näytteet (kasvain ja normaali DNA) kolmesta eri kliinisestä tutkimuksesta ja retrospektiivinen sarja plasman blastic lymfooma tapauksia analysoidaan käyttäen kohdennettua seuraavan sukupolven sekvensointimenetelmää, jotta voidaan tunnistaa hoitovasteen merkkiaineet. Näytteet on saatu kolmesta kliinisestä tutkimuksesta GELTAMO-ryhmältä (GEL-BRCAP21) 2012–005138–12, GEL-RComp 2013 (EurdraCT-nro: 2013–001065–17) ja LR-Eshap (EurdraCT-nro: 2010–018463–41). Plasmablastic lymfooma tapauksissa saadaan biopankki Valdecilla. Kohdennettu eksoninen seuraavan sukupolven sekvensointi suoritetaan käyttäen sekä normaalia että kasvain-DNA:ta potilailta. Kirjaston tuotanto suoritetaan käyttämällä räätälöityä pakettia, joka on kehitetty yhteistyössä Illuminan kanssa tähän tarkoitukseen. Sekvensointi tehdään MiSeq (Illumina) -alustalla. Hänen lisäksi pyrimme kehittämään protokollan somaattisten mutaatioiden havaitsemiseksi tarkasti ja herkästi potilaiden plasmassa diagnoosin yhteydessä (soluvapaa tDNA) digitaalisen PCR:n avulla. Tätä testiä voidaan käyttää sellaisten potilaiden seulonnassa ja seurannassa, joilla epäillään DLBCL:tä tai joilla on aiemmin hoidettu DLBCL. Seuraavan sukupolven sekvensointia käytetään myös T-soluohjelmiston tutkimiseen valikoimassa kasvainnäytteitä DLBCL: llä ja tutkitaan sen suhdetta mutaatioprofiileihin, proteiinin ekspressioprofiileihin ja kliinisiin tuloksiin. (Finnish)
17 August 2022
0 references
L-għan ta’ dan il-Proġett huwa li Jiġi kkaratterizzat il-profil ġenetiku ta’ serje magħżula ta’ kampjuni diffużi ta’ pazjenti b’limfoma taċ-ċellula B kbira permezz ta’ sekwenzar exonic immirat tal-ġenerazzjoni li jmiss. Kampjuni dijanjostiċi (DNA tat-tumur u normali) minn pazjenti involuti fi tliet provi kliniċi differenti u serje retrospettiva ta’ każijiet ta’ limfoma plażmablastika se jiġu analizzati bl-użu ta’ approċċ immirat ta’ sekwenzjar tal-ġenerazzjoni li jmiss, sabiex jiġu identifikati markaturi assoċjati mar-rispons għat-terapija. Il-kampjuni huma pprovduti minn tliet provi kliniċi mill-grupp GELTAMO (GEL-BRCAP21) 2012–005138–12), GEL-RComp 2013 (EurdraCT Nru: 2013–001065–17) u LR-Eshap (Nru EurdraCT: 2010–018463–41). Każijiet ta’ limfomi Plasmablastiċi jinkisbu minn Valdecilla tal-bijobank. Sekwenzar exonic immirat tal-ġenerazzjoni li jmiss se jsir bl-użu ta’ DNA kemm normali kif ukoll tat-tumur mill-pazjenti. Il-ġenerazzjoni tal-librerija se titwettaq bl-użu ta’ kit personalizzat, żviluppat b’kollaborazzjoni ma’ Illumina, għal dan il-għan. Is-sekwenzjar se jsir bil-pjattaforma MiSeq (Illumina). Minbarra tiegħu, aħna għandna l-għan li niżviluppaw protokoll għall-identifikazzjoni preċiża u sensittiva ta’ mutazzjonijiet somatiċi fil-plażma tal-pazjenti waqt id-dijanjożi (iċċirkola tDNA ħieles miċ-ċelloli) permezz ta’ PCR diġitali. Dan it-test jista’ jkollu applikazzjoni fl-iskrining u s-segwitu ta’ pazjenti b’suspett jew b’DLBCL li kienu ġew ikkurati qabel, rispettivament. Is-sekwenzar tal-ġenerazzjoni li jmiss se jintuża wkoll biex jesplora r-repertorju taċ-ċellula T f’għażla ta’ kampjuni tat-tumuri b’DLBCL u jistudja r-relazzjoni tiegħu mal-profili ta’ mutazzjoni, il-profili tal-espressjoni tal-proteini u r-riżultat kliniku. (Maltese)
17 August 2022
0 references
Projekta mērķis ir raksturot atsevišķu difūzo lielo B šūnu limfomas pacientu paraugu sērijas ģenētisko profilu, izmantojot mērķorientētu eksonisku nākamās paaudzes sekvencēšanu. Diagnostiskos paraugus (audzēju un normālu DNS) no pacientiem, kas iesaistīti trīs dažādos klīniskos pētījumos un retrospektīvu virkni plazmas blastiskās limfomas gadījumi tiks analizēti, izmantojot mērķtiecīgu nākamās paaudzes sekvencēšanas pieeju, lai identificētu marķierus, kas saistīti ar reakciju uz terapiju. Paraugus nodrošina trīs klīniskie pētījumi no GELTAMO grupas (GEL-BRCAP21) 2012–005138–12), GEL-RComp 2013 (EurdraCT Nr.: 2013–001065–17) un LR-Eshap (EurdraCT Nr.: 2010–018463–41). Plazmas limfomas gadījumi iegūti no biobank Valdecilla. Mērķtiecīga eksonu nākamās paaudzes sekvencēšana tiks veikta, izmantojot gan normālu, gan audzēja DNS no pacientiem. Bibliotēkas ģenerēšana tiks veikta, šim nolūkam izmantojot pielāgotu komplektu, kas izstrādāts sadarbībā ar Illumina. Sekvencēšana tiks veikta ar MiSeq (Illumina) platformu. Papildus viņam mēs cenšamies izstrādāt protokolu precīzai un jutīgai somatisko mutāciju noteikšanai pacientu plazmā diagnozes noteikšanas laikā (cirkulācijas bez šūnu tDNS), izmantojot digitālo PCR. Šajā testā var izmantot skrīningu un sekot attiecīgi pacientiem ar aizdomām vai iepriekš ārstētiem DLBCL. Nākamās paaudzes sekvencēšana tiks izmantota arī, lai izpētītu T šūnu repertuāru, izvēloties audzēja paraugus ar DLBCL, un izpētītu tās saistību ar mutācijas profiliem, olbaltumvielu ekspresijas profiliem un klīniskajiem rezultātiem. (Latvian)
17 August 2022
0 references
Cieľom tohto projektu je charakterizovať genetický profil vybranej série vzoriek difúzneho veľkobunkového lymfómu pacientov prostredníctvom cieleného exonického sekvenovania ďalšej generácie. Diagnostické vzorky (nádor a normálna DNA) od pacientov zapojených do troch rôznych klinických štúdií a retrospektívna séria prípadov plazmablastického lymfómu sa analyzujú pomocou cieleného prístupu sekvenovania ďalšej generácie s cieľom identifikovať markery spojené s odpoveďou na liečbu. Vzorky sa poskytujú v troch klinických skúšaniach zo skupiny GELTAMO (GEL-BRCAP21) 2012 – 005138 – 12), GEL-RComp 2013 (EurdraCT č.: 2013 – 00165 – 17) a LR-Eshap (EurdraCT č.: 2010 – 018463 – 41). Prípady plazmablastických lymfómov sa získavajú z biobanky Valdecilla. Cielené exonické sekvencovanie ďalšej generácie bude vykonané s použitím normálnej a nádorovej DNA od pacientov. Knižnica generácie sa bude vykonávať pomocou prispôsobenej súpravy, vyvinutej v spolupráci s Illumina, na tento účel. Sekvenovanie sa vykoná s platformou MiSeq (Illumina). Okrem neho sa snažíme vypracovať protokol pre presnú a citlivú detekciu somatických mutácií v plazme pacientov pri diagnostike (bez cirkulujúcich buniek tDNA) prostredníctvom digitálnej PCR. Tento test môže mať žiadosť pri skríningu a sledovaní pacientov s podozrením alebo predtým liečených DLBCL. Sekvenovanie ďalšej generácie bude tiež použité na preskúmanie repertoáru T buniek vo výbere vzoriek nádoru s DLBCL a študovať jeho vzťah s mutačnými profilmi, profilmi expresie proteínov a klinickým výsledkom. (Slovak)
17 August 2022
0 references
Is é aidhm an Tionscadail seo ná próifíl ghéiniteach sraith roghnaithe samplaí d’othar lymphoma mór cille B a shaintréithriú trí sheicheamhú spriocdhírithe den chéad ghlúin eile. Déanfar anailís ar shamplaí diagnóiseacha (meall agus DNA gnáth) ó othair a bhfuil baint acu le trí thriail chliniciúla éagsúla agus sraith shiarghabhálach de chásanna lymphoma plasmaleaisteacha trí úsáid a bhaint as cur chuige spriocdhírithe seicheamhaithe den chéad ghlúin eile, d’fhonn marcóirí a bhaineann le freagairt ar theiripe a aithint. Cuirtear na samplaí ar fáil trí thriail chliniciúla ó ghrúpa GELTAMO (GEL-BRCAP21) 2012-005138-12), GEL-RCOMP 2013 (EurdraCT Uimh: 2013-001065-17) agus LR-ESHAP (EurdraCT Uimh: 2010-018463-41). Faightear cásanna lymphomas Plasmablastic ó Valdecilla bithbhainc. Beidh Seicheamhú an chéad ghlúin eile exonic spriocdhírithe a dhéanamh ag baint úsáide as DNA gnáth agus meall ó othair. Déanfar giniúint leabharlainne a dhéanamh trí threalamh saincheaptha a úsáid, a fhorbrófar i gcomhar le Illumina, chun na críche sin. Déanfar seicheamhú le ardán MiSeq (Illumina). Chomh maith leis sin, tá sé mar aidhm againn prótacal a fhorbairt chun sócháin shómacha a bhrath go cruinn agus go híogair i bplasma na n-othar ag diagnóisiú (TNA saor ó chealla a chiorclú) trí PCR digiteach. D’fhéadfadh iarratas a bheith ar an tástáil seo maidir le scagthástáil agus leanúint d’othair a bhfuil amhras orthu nó ar cuireadh cóireáil orthu roimhe sin DLBCL, faoi seach. Úsáidfear seicheamhú na chéad ghlúine eile freisin chun iniúchadh a dhéanamh ar stór cille T i rogha samplaí meall le DLBCL agus chun staidéar a dhéanamh ar an ngaol atá aige leis na próifílí sócháin, próifílí léirithe próitéine agus toradh cliniciúil. (Irish)
17 August 2022
0 references
Cílem tohoto projektu je charakterizovat genetický profil vybrané série difúzních vzorků velkého B-buněčného lymfomu pomocí cíleného exonického sekvenování nové generace. Diagnostické vzorky (nádorové a normální DNA) od pacientů zapojených do tří různých klinických studií a retrospektivní série případů plazmatického lymfomu budou analyzovány pomocí cíleného sekvenčního přístupu příští generace, aby bylo možné identifikovat markery spojené s odpovědí na léčbu. Vzorky poskytují tři klinické studie skupiny GELTAMO (GEL-BRCAP21) 2012–005138–12), GEL-RComp 2013 (č. EurdraCT: 2013–001065–17) a LR-Eshap (č. EurdraCT: 2010–018463–41). Plazmatické lymfomy jsou získávány z biobanky Valdecilla. Cílené exonické sekvenování příští generace bude provedeno pomocí normální i nádorové DNA od pacientů. Generování knihovny bude provedeno pomocí přizpůsobené sady, vyvinuté ve spolupráci s Illumina, za tímto účelem. Sekvenování bude provedeno s platformou MiSeq (Illumina). Kromě jeho cílem je vyvinout protokol pro přesnou a citlivou detekci somatických mutací v plazmě pacientů při diagnostice (cirkulační bezbuněčné tDNA) pomocí digitální PCR. Tento test může mít aplikaci při screeningu a sledování pacientů s podezřením na DLBCL nebo dříve léčených DLBCL. Sekvenování nové generace bude také použito k prozkoumání repertoáru T buněk ve výběru vzorků nádorů s DLBCL a ke studiu jeho vztahu s mutačními profily, profily proteinové exprese a klinickým výsledkem. (Czech)
17 August 2022
0 references
O objetivo deste projeto é caracterizar o perfil genético de uma série selecionada de amostras difusas de doentes com linfoma de grandes células B através de sequenciação exónica de próxima geração. Serão analisadas amostras de diagnóstico (tumor e ADN normal) de doentes envolvidos em três ensaios clínicos diferentes e numa série retrospetiva de casos de linfoma plasmáticoblástico, utilizando uma abordagem de sequenciação direcionada da próxima geração, a fim de identificar marcadores associados à resposta à terapêutica. As amostras são fornecidas por três ensaios clínicos do grupo GELTAMO (GEL-BRCAP21) 2012-005138-12), GEL-RCOMP 2013 (N.o EurdraCT: 2013-001065-17) e LR-ESHAP (n.o EurdraCT: 2010-018463-41). Os casos de linfomas plasmáticos são obtidos do biobanco Valdecilla. A próxima geração exónica visada que arranja em seqüência será executada usando o ADN normal e do tumor dos pacientes. A geração da biblioteca será realizada através de um kit personalizado, desenvolvido em colaboração com a Illumina, para este fim. A sequenciação será feita com a plataforma MiSeq (Illumina). Além do seu, pretende-se desenvolver um protocolo para a deteção precisa e sensível de mutações somáticas no plasma de doentes no momento do diagnóstico (ADN livre de células circulantes) através de PCR digital. Este teste pode ter uma aplicação no rastreio e seguimento de doentes com suspeita ou LCDL previamente tratados, respetivamente. A próxima geração que arranja em seqüência igualmente será usada para explorar o repertório da pilha de T em uma selecção de amostras do tumor com DLBCL e estudar sua relação com os perfis mutacionais, os perfis da expressão da proteína e o resultado clínico. (Portuguese)
17 August 2022
0 references
Selle projekti eesmärk on iseloomustada valitud suure B-rakulise lümfoomi patsiendiproovide seeria geneetilist profiili sihipärase eksoonilise järgmise põlvkonna järjestuse abil. Kolmes erinevas kliinilises uuringus osalenud patsientide diagnostilisi proove (kasvaja ja normaalne DNA) ja plasmablastilise lümfoomi juhtumite retrospektiivset seeriat analüüsitakse järgmise põlvkonna sekveneerimismeetodi abil, et teha kindlaks ravivastusega seotud markerid. Proovid on saadud kolmest kliinilisest uuringust GELTAMO rühmast (GEL-BRCAP21) 2012–005138–12, GEL-RComp 2013 (EurdraCT nr: 2013–001065–17) ja LR-Eshap (EurdraCT nr: 2010–018463–41). Plasmablastiliste lümfoomide juhtumeid saadakse biopangast Valdecilla. Järgmise põlvkonna sihipärane eksooniline sekveneerimine toimub nii normaalse kui ka kasvaja DNA abil patsientidel. Raamatukogu loomine toimub selleks otstarbeks kohandatud komplekti abil, mis on välja töötatud koostöös Illuminaga. Järjestus tehakse MiSeqi (Illumina) platvormiga. Lisaks tema eesmärk on töötada välja protokolli täpne ja tundlik avastada somaatilised mutatsioonid vereplasmas diagnoosimisel (ringlevad raku vaba tDNA) abil digitaalse PCR. See test võib sisaldada vastavalt kahtlase või varem ravitud DLBCLiga patsientide sõeluuringut ja jälgimist. Järgmise põlvkonna järjestust kasutatakse ka T-rakkude repertuaari uurimiseks DLBCL-iga kasvajaproovide valikul ja selle seose uurimiseks mutatsiooniprofiilide, valkude ekspressiooni profiilide ja kliiniliste tulemustega. (Estonian)
17 August 2022
0 references
A projekt célja, hogy a kiválasztott diffúz nagy B-sejtes lymphoma betegminták genetikai profilját célzott exonikus következő generációs szekvenálással jellemezze. A három különböző klinikai vizsgálatban részt vevő betegektől származó diagnosztikai mintákat (tumor és normál DNS) és a plazmablasztikus limfóma eseteinek retrospektív sorozatát egy célzott következő generációs szekvenálási megközelítés alkalmazásával kell elemezni annak érdekében, hogy azonosítsák a terápiára adott válaszhoz kapcsolódó markereket. A mintákat a GELTAMO csoport (GEL-BRCAP21) 2012–005138–12, a GEL-RComp 2013 (EurdraCT-szám: 2013–001065–17) és LR-Eshap (EurdraCT-szám: 2010–018463–41). A plazmablasztikus limfómák eseteit biobank Valdecilla-ból nyerik. A célzott exonikus következő generációs szekvenálást mind a normál, mind a tumor DNS-ével végzik a betegektől. A könyvtárgenerálást az Illuminával együttműködésben kifejlesztett, testreszabott készlet segítségével végzik. A szekvenálás a MiSeq (Illumina) platformon történik. Emellett arra törekszünk, hogy kidolgozzunk egy protokollt a diagnosztizált betegek plazmájában lévő szomatikus mutációk pontos és érzékeny kimutatására (cirkulációs sejtmentes tDNS) digitális PCR segítségével. Ennek a vizsgálatnak lehet egy alkalmazása a gyanús vagy korábban DLBCL-vel kezelt betegek szűrésére és nyomon követésére. Következő generációs szekvenálás is használják, hogy vizsgálja meg a T-sejt repertoár kiválasztott tumor minták DLBCL és tanulmányozza kapcsolatát a mutációs profilok, fehérje expressziós profilok és a klinikai eredmény. (Hungarian)
17 August 2022
0 references
Целта на този проект е да характеризира генетичния профил на избрана серия от проби от пациенти с дифузен В-клетъчен лимфом чрез целева екзонична секвенция от следващо поколение. Диагностичните проби (туморна и нормална ДНК) от пациенти, участващи в три различни клинични изпитвания и ретроспективна серия от случаи на плазмабластален лимфом, ще бъдат анализирани, като се използва целенасочен секвениращ подход от следващо поколение, за да се идентифицират маркерите, свързани с отговора към терапията. Пробите са предоставени от три клинични изпитвания от групата GELTAMO (GEL-BRCAP21) 2012—005138—12), GEL-RComp 2013 (EurdraCT №: 2013—00165—17) и LR-Eshap (EurdraCT №: 2010—018463—41). Случаите на плазмаблазни лимфоми се получават от биобанка Valdecilla. Целенасоченото екзонично секвениране от следващо поколение ще се извършва, като се използва както нормална, така и туморна ДНК от пациентите. Библиотечното поколение ще се извършва с помощта на персонализиран комплект, разработен в сътрудничество с Illumina, за тази цел. Секвенирането ще се извърши с платформата MiSeq (Illumina). В допълнение към неговия, ние се стремим да разработим протокол за точно и чувствително откриване на соматични мутации в плазмата на пациентите при диагностициране (циркулация без клетъчна TDNA) чрез цифрова PCR. Този тест може да има приложение при скрининга и проследяването на пациенти със съмнение или лекувани преди това DLBCL, съответно. Следващо поколение секвениране ще се използва и за изследване на Т-клетъчния репертоар в селекция от туморни проби с DLBCL и проучване на връзката му с мутационните профили, профилите на експресия на протеини и клиничния резултат. (Bulgarian)
17 August 2022
0 references
Šio projekto tikslas – apibūdinti pasirinktos difuzinių didelių B ląstelių limfomos pacientų mėginių serijos genetinį profilį tiksliniu egzoniniu naujos kartos sekos nustatymu. Diagnostiniai mėginiai (naviko ir normalios DNR) iš pacientų, dalyvaujančių trijuose skirtinguose klinikiniuose tyrimuose ir retrospektyvios serijos plazmablastinės limfomos atvejų bus analizuojami naudojant tikslinę naujos kartos sekos nustatymo metodą, siekiant nustatyti žymenis, susijusius su atsaku į gydymą. Mėginiai gauti iš trijų klinikinių tyrimų iš GELTAMO grupės (GEL-BRCAP21) 2012–005138–12), GEL-RComp 2013 (EurdraCT Nr. 2013–001065–17) ir LR-Eshap (EurdraCT Nr.: 2010–018463–41). Plazmos limfomos atvejai gaunami iš biobanko Valdecilla. Tikslinis egzoninis naujos kartos sekos nustatymas bus atliekamas naudojant tiek normalią, tiek naviko DNR iš pacientų. Bibliotekos generavimas bus atliekamas naudojant šiam tikslui pritaikytą rinkinį, sukurtą bendradarbiaujant su „Illumina“. Sekos nustatymas bus atliekamas naudojant „MiSeq“ (Illumina) platformą. Be jo, mes siekiame sukurti protokolą, kaip tiksliai ir jautriai aptikti somatines mutacijas pacientų plazmoje diagnozuojant (cirkuliuojančios ląstelės be tDNR) naudojant skaitmeninę PGR. Šis tyrimas gali būti taikomas pacientų, kuriems yra įtarimų arba kuriems anksčiau buvo taikyta DLBCL, atrankinei patikrai ir stebėjimui. Naujos kartos sekos nustatymas taip pat bus naudojamas ištirti T ląstelių repertuarą, pasirenkant naviko mėginius su DLBCL, ir ištirti jo ryšį su mutacijų profiliais, baltymų ekspresijos profiliais ir klinikiniais rezultatais. (Lithuanian)
17 August 2022
0 references
Cilj ovog projekta je karakterizacija genetskog profila odabranog niza uzoraka bolesnika s difuznim velikim limfomom B stanica ciljanim egzoničkim sekvenciranjem sljedeće generacije. Dijagnostički uzorci (tumor i normalna DNK) bolesnika uključenih u tri različita klinička ispitivanja i retrospektivni niz slučajeva plazmablastičkog limfoma analizirat će se ciljanim pristupom sekvenciranja sljedeće generacije kako bi se utvrdili markeri povezani s odgovorom na terapiju. Uzorci su dostavljeni u tri klinička ispitivanja skupine GELTAMO (GEL-BRCAP21) 2012 – 005138 – 12), GEL-RComp 2013 (EurdraCT br.: 2013 – 001065 – 17) i LR-Eshap (br. EurdraCT-a: 2010 – 018463 – 41). Slučajevi plazmablastičkih limfoma dobiveni su iz biobank Valdecilla. Ciljano egzonsko sekvenciranje sljedeće generacije provodit će se pomoću normalne i tumorske DNK pacijenata. Biblioteka generacija će se izvoditi pomoću prilagođenog kompleta, razvijen u suradnji s Illumina, u tu svrhu. Sekvenciranje će biti učinjeno s MiSeq (Illumina) platformom. Osim njegovog, cilj nam je razviti protokol za točno i osjetljivo otkrivanje somatskih mutacija u plazmi bolesnika u dijagnozi (tDNK bez cirkulacije stanica) pomoću digitalnog PCR-a. Ovaj test može imati primjenu tijekom probira i praćenja bolesnika sa sumnjom odnosno prethodno liječenih DLBCL-om. Sekvenciranje sljedeće generacije također će se koristiti za istraživanje repertoara T stanica u odabiru uzoraka tumora s DLBCL-om i proučavanje njegove povezanosti s mutacijskim profilima, profilima ekspresije proteina i kliničkim ishodom. (Croatian)
17 August 2022
0 references
Syftet med detta projekt är att karakterisera den genetiska profilen för en utvald serie diffusa stora B-cellslymfom patientprover med hjälp av riktad exonic nästa generations sekvensering. Diagnostiska prover (tumör och normalt DNA) från patienter som deltar i tre olika kliniska prövningar och en retrospektiv serie av plasmablastica lymfomfall kommer att analyseras med hjälp av en målinriktad nästa generations sekvenseringsmetod, för att identifiera markörer förknippade med svar på behandling. Proverna tillhandahålls genom tre kliniska prövningar från GELTAMO-gruppen (GEL-BRCAP21) 2012–005138–12), GEL-RComp 2013 (EurdraCT No: 2013–001065–17) och LR-Eshap (EurdraCT-nr: 2010–018463–41). Plasmablastica lymfom fall erhålls från biobank Valdecilla. Riktad exonisk nästa generations sekvensering kommer att utföras med hjälp av både normalt och tumör-DNA från patienter. Biblioteksgenereringen kommer att utföras med hjälp av ett skräddarsytt kit, utvecklat i samarbete med Illumina, för detta ändamål. Sekvensering kommer att göras med MiSeq (Illumina) plattform. Utöver hans, vi strävar efter att utveckla ett protokoll för korrekt och känslig detektion av somatiska mutationer i plasma hos patienter vid diagnos (cirkulär cellfri tDNA) med hjälp av digital PCR. Detta test kan ha en ansökan vid screening och uppföljning av patienter med misstanke respektive tidigare behandlad DLBCL. Nästa generations sekvensering kommer också att användas för att utforska T-cellrepertoaren i ett urval av tumörprover med DLBCL och studera dess förhållande till mutationsprofiler, proteinuttrycksprofiler och kliniskt utfall. (Swedish)
17 August 2022
0 references
Scopul acestui proiect este de a caracteriza profilul genetic al unei serii selectate de eșantioane difuze mari de limfom cu celule B, prin intermediul secvențierii țintă exonice de generație următoare. Probele de diagnostic (tumorale și ADN normal) de la pacienții implicați în trei studii clinice diferite și o serie retrospectivă de cazuri de limfom plasmablastic vor fi analizate utilizând o abordare secvențială de generație următoare, pentru a identifica markerii asociați cu răspunsul la terapie. Probele sunt furnizate de trei studii clinice din grupul GELTAMO (GEL-BRCAP21) 2012-005138-12), GEL-RComp 2013 (nr. EurdraCT: 2013-001065-17) și LR-Eshap (nr. EurdraCT: 2010-018463-41). Cazurile de limfoame plasmablastice sunt obținute de la biobank Valdecilla. Secvențierea țintă exonică de generație următoare va fi efectuată folosind atât ADN-ul normal, cât și ADN-ul tumoral de la pacienți. Generarea bibliotecii va fi realizată cu ajutorul unui kit personalizat, dezvoltat în colaborare cu Illumina, în acest scop. Secvențierea se va face cu platforma MiSeq (Illumina). În plus față de el, ne propunem să dezvoltăm un protocol pentru detectarea precisă și sensibilă a mutațiilor somatice în plasma pacienților la diagnostic (ADN tDNA fără celule circulante) prin intermediul PCR digital. Acest test poate avea o aplicare în screeningul și urmărirea pacienților suspectați sau, respectiv, a DLBCL tratați anterior. Secvențierea de generație următoare va fi, de asemenea, utilizată pentru a explora repertoriul celulelor T într-o selecție de probe tumorale cu DLBCL și pentru a studia relația sa cu profilurile mutațiilor, profilurile de expresie a proteinelor și rezultatul clinic. (Romanian)
17 August 2022
0 references
Cilj tega projekta je označiti genetski profil izbrane serije razpršenih vzorcev bolnikov z velikim B-celičnim limfomom z usmerjenim eksonskim zaporedjem naslednje generacije. Diagnostični vzorci (tumorska in normalna DNK) bolnikov, vključenih v tri različna klinična preskušanja, in retrospektivna serija primerov plazmeblastičnega limfoma bodo analizirani s ciljno usmerjenim sekvenciranjem naslednje generacije, da bi prepoznali označevalce, povezane z odzivom na zdravljenje. Vzorci so pridobljeni v treh kliničnih preskušanjih skupine GELTAMO (GEL-BRCAP21) 2012–005138–12), GEL-RComp 2013 (št. EurdraCT: 2013–001065–17) in LR-Eshap (št. EurdraCT: 2010–018463–41). Primeri Plasmablastičnih limfomov so pridobljeni iz biobanke Valdecilla. Ciljno eksonično zaporedje naslednje generacije se bo izvajalo z uporabo normalne in tumorske DNK bolnikov. Knjižnica generacija se bo izvajala z uporabo prilagojenega kompleta, razvit v sodelovanju z Illumina, v ta namen. Zaporedje bo opravljeno s platformo MiSeq (Ilumina). Poleg njega želimo razviti protokol za natančno in občutljivo odkrivanje somatskih mutacij v plazmi bolnikov pri diagnozi (kroženje proste celice tDNA) s pomočjo digitalne PCR. Ta test se lahko nanaša na presejalne preglede in spremljanje bolnikov s sumom ali predhodno zdravljenih DLBCL. Sekvenciranje naslednje generacije bo uporabljeno tudi za raziskovanje repertoarja celic T pri izbiri vzorcev tumorjev z DLBCL in preučevanje njegove povezave z mutacijskimi profili, profili ekspresije beljakovin in kliničnim izidom. (Slovenian)
17 August 2022
0 references
Celem tego projektu jest Charakteryzowanie profilu genetycznego wybranej serii próbek pacjentów z rozproszenia dużych komórek B poprzez ukierunkowane sekwencjonowanie egzoniki następnej generacji. Próbki diagnostyczne (nowotworowe i normalne DNA) od pacjentów biorących udział w trzech różnych badaniach klinicznych i retrospektywnej serii przypadków chłoniaka plazmatycznego będą analizowane przy zastosowaniu ukierunkowanego podejścia sekwencjonowania następnej generacji w celu zidentyfikowania markerów związanych z odpowiedzią na leczenie. Próbki są dostarczane w trzech badaniach klinicznych z grupy GELTAMO (GEL-BRCAP21) 2012-005138-12), GEL-RComp 2013 (nr EurdraCT: 2013-001065-17) i LR-Eshap (nr EurdraCT: 2010-018463-41). Przypadki chłoniaków osocza są otrzymywane z biobanku Valdecilla. Ukierunkowane sekwencjonowanie egzoniki następnej generacji będzie wykonywane przy użyciu DNA zarówno normalnego, jak i nowotworowego od pacjentów. Generowanie bibliotek będzie wykonywane przy użyciu dostosowanego zestawu, opracowanego we współpracy z Illumina, w tym celu. Sekwencjonowanie zostanie wykonane z platformy MiSeq (Illumina). Oprócz jego, staramy się opracować protokół dokładnego i wrażliwego wykrywania mutacji somatycznych w osoczu pacjentów w diagnozie (obiegu wolnego od komórek tDNA) za pomocą cyfrowego PCR. Test ten może mieć zastosowanie w badaniach przesiewowych i kolejnych pacjentów z podejrzeniem lub uprzednio leczonych DLBCL, odpowiednio. Sekwencjonowanie następnej generacji będzie również wykorzystywane do zbadania repertuaru komórek T w wyborze próbek nowotworowych z DLBCL i badania jego związku z profilami mutacyjnymi, profilami ekspresji białek i wynikami klinicznymi. (Polish)
17 August 2022
0 references
Santander
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
PI16_01397
0 references