Study of gliomas: large-scale sequencing analysis, molecular techniques, imaging techniques and clinical data analysis. Generation of a diagnostic platform. (Q3209282): Difference between revisions
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Studio dei gliomi: analisi di sequenziamento su larga scala, tecniche molecolari, tecniche di imaging e analisi dei dati clinici. Generazione di una piattaforma diagnostica. | |||||||||||||||
| Property / summary | |||||||||||||||
I gliomi costituiscono un'entità tumorale clinicamente eterogenea, che comprende vari sottotipi istologici e gradi. Sebbene non siano ancora inclusi nei criteri diagnostici dell'OMS, sono state identificate alterazioni molecolari specifiche in alcuni sottotipi del glioma, come la co-delezione 1p/19q nei tumori oligodendrogliali associati a una migliore prognosi e risposta al trattamento. Un altro marcatore di buona prognosi è la mutazione nei geni IDH, un evento precoce nella gliomagenesi. Questa mutazione ha recentemente dimostrato di causare l'ipermetilazione generalizzata del genoma (fenotipo CIMP+). Il nostro gruppo ha descritto che questo fenotipo ipermetilatore è modulato dalla perdita di 1p/19q (collettivamente fenotipo CD-CIMP+). Pertanto, i casi di buona prognosi hanno mutazione HDI, perdita 1p/19q e fenotipo CD-CIMP+. Tuttavia, si sa poco delle alterazioni molecolari associate alla mutazione HDI in assenza di co-lezione, e le alterazioni molecolari dei tumori senza mutazione HDI sono del tutto sconosciute. Recenti lavori di sequenziamento su larga scala sui gliomi hanno identificato nuove mutazioni ricorrenti in alcuni geni (CIC, ATRX, H3F3A, tra gli altri). La nostra ipotesi è che i tumori gliali possano essere classificati in base alla combinazione di alterazioni molecolari che presentano, avendo prognosi diversa e quindi trattamento condizionante. Gli obiettivi principali sono: I) analizzare le alterazioni molecolari dei gliomi mediante analisi mutazionale simultanea di un gran numero di geni in una piattaforma di analisi di massa, determinandone il valore diagnostico, la prognosi e la correlazione con i test di imaging; (II) identificare nuove alterazioni molecolari nei tumori senza mutazione HDI sequenziando l'esoma in casi selezionati; (III) Generare una piattaforma di sequenziamento appositamente progettata per la diagnosi e lo studio dei gliomi. (Italian) | |||||||||||||||
| Property / summary: I gliomi costituiscono un'entità tumorale clinicamente eterogenea, che comprende vari sottotipi istologici e gradi. Sebbene non siano ancora inclusi nei criteri diagnostici dell'OMS, sono state identificate alterazioni molecolari specifiche in alcuni sottotipi del glioma, come la co-delezione 1p/19q nei tumori oligodendrogliali associati a una migliore prognosi e risposta al trattamento. Un altro marcatore di buona prognosi è la mutazione nei geni IDH, un evento precoce nella gliomagenesi. Questa mutazione ha recentemente dimostrato di causare l'ipermetilazione generalizzata del genoma (fenotipo CIMP+). Il nostro gruppo ha descritto che questo fenotipo ipermetilatore è modulato dalla perdita di 1p/19q (collettivamente fenotipo CD-CIMP+). Pertanto, i casi di buona prognosi hanno mutazione HDI, perdita 1p/19q e fenotipo CD-CIMP+. Tuttavia, si sa poco delle alterazioni molecolari associate alla mutazione HDI in assenza di co-lezione, e le alterazioni molecolari dei tumori senza mutazione HDI sono del tutto sconosciute. Recenti lavori di sequenziamento su larga scala sui gliomi hanno identificato nuove mutazioni ricorrenti in alcuni geni (CIC, ATRX, H3F3A, tra gli altri). La nostra ipotesi è che i tumori gliali possano essere classificati in base alla combinazione di alterazioni molecolari che presentano, avendo prognosi diversa e quindi trattamento condizionante. Gli obiettivi principali sono: I) analizzare le alterazioni molecolari dei gliomi mediante analisi mutazionale simultanea di un gran numero di geni in una piattaforma di analisi di massa, determinandone il valore diagnostico, la prognosi e la correlazione con i test di imaging; (II) identificare nuove alterazioni molecolari nei tumori senza mutazione HDI sequenziando l'esoma in casi selezionati; (III) Generare una piattaforma di sequenziamento appositamente progettata per la diagnosi e lo studio dei gliomi. (Italian) / rank | |||||||||||||||
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| Property / summary: I gliomi costituiscono un'entità tumorale clinicamente eterogenea, che comprende vari sottotipi istologici e gradi. Sebbene non siano ancora inclusi nei criteri diagnostici dell'OMS, sono state identificate alterazioni molecolari specifiche in alcuni sottotipi del glioma, come la co-delezione 1p/19q nei tumori oligodendrogliali associati a una migliore prognosi e risposta al trattamento. Un altro marcatore di buona prognosi è la mutazione nei geni IDH, un evento precoce nella gliomagenesi. Questa mutazione ha recentemente dimostrato di causare l'ipermetilazione generalizzata del genoma (fenotipo CIMP+). Il nostro gruppo ha descritto che questo fenotipo ipermetilatore è modulato dalla perdita di 1p/19q (collettivamente fenotipo CD-CIMP+). Pertanto, i casi di buona prognosi hanno mutazione HDI, perdita 1p/19q e fenotipo CD-CIMP+. Tuttavia, si sa poco delle alterazioni molecolari associate alla mutazione HDI in assenza di co-lezione, e le alterazioni molecolari dei tumori senza mutazione HDI sono del tutto sconosciute. Recenti lavori di sequenziamento su larga scala sui gliomi hanno identificato nuove mutazioni ricorrenti in alcuni geni (CIC, ATRX, H3F3A, tra gli altri). La nostra ipotesi è che i tumori gliali possano essere classificati in base alla combinazione di alterazioni molecolari che presentano, avendo prognosi diversa e quindi trattamento condizionante. Gli obiettivi principali sono: I) analizzare le alterazioni molecolari dei gliomi mediante analisi mutazionale simultanea di un gran numero di geni in una piattaforma di analisi di massa, determinandone il valore diagnostico, la prognosi e la correlazione con i test di imaging; (II) identificare nuove alterazioni molecolari nei tumori senza mutazione HDI sequenziando l'esoma in casi selezionati; (III) Generare una piattaforma di sequenziamento appositamente progettata per la diagnosi e lo studio dei gliomi. (Italian) / qualifier | |||||||||||||||
point in time: 16 January 2022
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Revision as of 17:48, 16 January 2022
Project Q3209282 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Study of gliomas: large-scale sequencing analysis, molecular techniques, imaging techniques and clinical data analysis. Generation of a diagnostic platform. |
Project Q3209282 in Spain |
Statements
52,800.0 Euro
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66,000.0 Euro
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80.0 percent
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1 January 2014
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31 March 2018
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FUNDACION DEL HOSPITAL NACIONAL DE PARAPLEJICOS
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39°51'21.85"N, 4°1'26.26"W
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45168
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Los gliomas constituyen una entidad tumoral clínicamente heterogénea, que engloba diversos subtipos y grados histológicos. Aunque todavía no se incluyen entre los criterios diagnósticos de la OMS, se han identificado alteraciones moleculares específicas en algunos subtipos de gliomas, como la codeleción de 1p/19q en tumores oligodendrogliales que se relaciona con un mejor pronóstico y respuesta al tratamiento. Otro marcador de buen pronóstico es la mutación en los genes IDH, un evento temprano en la gliomagénesis. Recientemente se ha demostrado que esta mutación provoca una hipermetilación generalizada del genoma (fenotipo CIMP+). Nuestro grupo ha descrito que este fenotipo hipermetilador es modulado por la pérdida de 1p/19q (fenotipo codelecionado CD-CIMP+). Por tanto, los casos de buen pronóstico presentan mutación de IDH, pérdida de 1p/19q y fenotipo CD-CIMP+. Sin embargo, se conoce poco de las alteraciones moleculares que se asocian a la mutación de IDH en ausencia de codeleción, y se desconocen totalmente as alteraciones moleculares de los tumores sin mutación de IDH. Los trabajos recientes de secuenciación a gran escala en gliomas han identificando nuevas mutaciones recurrentes en algunos genes (CIC, ATRX, H3F3A entre otros). Nuestra hipótesis es que los tumores gliales pueden clasificarse según la combinación de alteraciones moleculares que presenten, teniendo distinto pronóstico y condicionando así el tratamiento. Los objetivos principales son: (i) analizar las alteraciones moleculares de los gliomas mediante el análisis mutacional simultáneo de un gran número de genes en una plataforma de análisis masivo, determinando su valor diagnóstico, pronóstico y la correlación con pruebas de imagen; (ii) identificar nuevas alteraciones moleculares en tumores sin mutación de IDH mediante la secuenciación del exoma en casos seleccionados; (iii) Generar una plataforma de secuenciación diseñada específicamente para el diagnóstico y estudio de los gliomas. (Spanish)
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Gliomas constitute a clinically heterogeneous tumor entity, encompassing various histological subtypes and degrees. Although they are not yet included in the WHO diagnostic criteria, specific molecular alterations have been identified in some glioma subtypes, such as 1p/19q co-deletion in oligodendroglial tumors associated with better prognosis and response to treatment. Another marker of good prognosis is mutation in IDH genes, an early event in gliomagenesis. This mutation has recently been shown to cause generalised hypermethylation of the genome (CIMP+ phenotype). Our group has described that this hypermethylator phenotype is modulated by the loss of 1p/19q (collectively CD-CIMP+ phenotype). Therefore, cases of good prognosis have HDI mutation, 1p/19q loss and CD-CIMP+ phenotype. However, little is known of the molecular alterations associated with the HDI mutation in the absence of co-lection, and molecular alterations of tumors without HDI mutation are totally unknown. Recent large-scale sequencing work on gliomas has identified new recurrent mutations in some genes (CIC, ATRX, H3F3A among others). Our hypothesis is that glial tumors can be classified according to the combination of molecular alterations they present, having different prognosis and thus conditioning treatment. The main objectives are: (I) analyse the molecular alterations of gliomas by simultaneous mutational analysis of a large number of genes in a mass analysis platform, determining their diagnostic value, prognosis and correlation with imaging tests; (II) identify new molecular alterations in tumors without HDI mutation by sequencing the exome in selected cases; (III) Generate a sequencing platform specifically designed for the diagnosis and study of gliomas. (English)
14 October 2021
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Les gliomes constituent une entité tumorale cliniquement hétérogène, englobant divers sous-types et degrés histologiques. Bien qu’elles ne soient pas encore incluses dans les critères diagnostiques de l’OMS, des altérations moléculaires spécifiques ont été identifiées dans certains sous-types de gliomes, comme la co-sélétion 1p/19q dans les tumeurs oligodendrogliales associées à un meilleur pronostic et une meilleure réponse au traitement. Un autre marqueur d’un bon pronostic est la mutation des gènes IDH, un événement précoce dans la gliomagenésie. Cette mutation a récemment été démontrée comme cause d’hyperméthylation généralisée du génome (phénotype CIMP+). Notre groupe a décrit que ce phénotype hyperméthylateur est modulé par la perte de 1p/19q (collectivement le phénotype CD-CIMP+). Par conséquent, les cas de bon pronostic ont une mutation de l’IDH, une perte de 1p/19q et un phénotype CD-CIMP+. Cependant, les altérations moléculaires associées à la mutation HDI en l’absence de co-lection sont peu connues et les altérations moléculaires des tumeurs sans mutation HDI sont totalement inconnues. Des travaux récents de séquençage à grande échelle sur les gliomes ont permis d’identifier de nouvelles mutations récurrentes dans certains gènes (CIC, ATRX, H3F3A, entre autres). Notre hypothèse est que les tumeurs gliales peuvent être classées en fonction de la combinaison des altérations moléculaires qu’elles présentent, ayant un pronostic différent et donc un traitement de conditionnement. Les principaux objectifs sont les suivants: (I) analyser les altérations moléculaires des gliomes par une analyse mutationnelle simultanée d’un grand nombre de gènes dans une plate-forme d’analyse de masse, en déterminant leur valeur diagnostique, leur pronostic et leur corrélation avec des tests d’imagerie; II) identifier de nouvelles altérations moléculaires des tumeurs sans mutation HDI en séquençant l’exome dans des cas sélectionnés; (III) Générer une plate-forme de séquençage spécialement conçue pour le diagnostic et l’étude des gliomes. (French)
5 December 2021
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Gliomen bilden eine klinisch heterogene Tumor Entität, die verschiedene histologische Subtypen und Grad umfasst. Obwohl sie noch nicht in den WHO-Diagnostikkriterien enthalten sind, wurden bei einigen Gliomsubtypen spezifische molekulare Veränderungen festgestellt, wie z. B. 1p/19q Ko-Streichung bei Oligodendroglialtumoren, die mit einer besseren Prognose und Reaktion auf die Behandlung verbunden sind. Ein weiterer Marker guter Prognose ist die Mutation in IDH-Genen, ein frühes Ereignis in der Gliomagenese. Diese Mutation hat sich kürzlich gezeigt, dass sie eine generalisierte Hypermethylierung des Genoms (CIMP+ Phänotyp) hervorruft. Unsere Gruppe hat beschrieben, dass dieser Hypermethylator-Phänotyp durch den Verlust von 1p/19q (zusammen CD-CIMP+ Phänotyp) moduliert wird. Daher haben Fälle von guter Prognose HDI-Mutation, 1p/19q Verlust und CD-CIMP+ Phänotyp. Allerdings ist wenig bekannt über die molekularen Veränderungen, die mit der HDI-Mutation in Ermangelung einer Ko-Lektion verbunden sind, und molekulare Veränderungen von Tumoren ohne HDI-Mutation sind völlig unbekannt. Bei einigen Genen (u. a. CIC, ATRX, H3F3A) haben die jüngsten groß angelegten Sequenzierungsarbeiten an Gliomen neue rezidivierende Mutationen identifiziert. Unsere Hypothese ist, dass Glialtumoren nach der Kombination von molekularen Veränderungen klassifiziert werden können, die sie mit unterschiedlicher Prognose und damit konditionierender Behandlung haben. Die Hauptziele sind: I) die molekularen Veränderungen von Gliomen durch gleichzeitige Mutationsanalyse einer großen Anzahl von Genen in einer Massenanalyseplattform analysieren und ihren diagnostischen Wert, ihre Prognose und Korrelation mit bildgebenden Tests bestimmen; (II) Identifizierung neuer molekularer Veränderungen bei Tumoren ohne HDI-Mutation durch Sequenzierung des Exome in ausgewählten Fällen; (III) Generieren Sie eine Sequenzierungsplattform, die speziell für die Diagnose und Untersuchung von Gliomen entwickelt wurde. (German)
9 December 2021
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Gliomas vormen een klinisch heterogene tumor-entiteit, die verschillende histologische subtypes en graden omvat. Hoewel ze nog niet zijn opgenomen in de WHO-diagnosecriteria, zijn specifieke moleculaire veranderingen geïdentificeerd in sommige glioomsubtypes, zoals 1p/19q co-deletion in oligodendrogliale tumoren geassocieerd met betere prognose en respons op behandeling. Een andere marker van goede prognose is mutatie in IDH genen, een vroege gebeurtenis in gliomagenesis. Deze mutatie is onlangs aangetoond om gegeneraliseerde hypermethylation van het genoom (CIMP+ fenotype) te veroorzaken. Onze groep heeft beschreven dat dit hypermethylatorfenotype wordt gemoduleerd door het verlies van 1p/19q (gezamenlijk CD-CIMP+ fenotype). Daarom hebben gevallen van goede prognose HDI-mutatie, 1p/19q verlies en CD-CIMP+ fenotype. Echter, weinig is bekend van de moleculaire veranderingen geassocieerd met de HDI mutatie in de afwezigheid van co-lection, en moleculaire veranderingen van tumoren zonder HDI-mutatie zijn totaal onbekend. Recente grootschalige sequencing werk aan gliomas heeft nieuwe terugkerende mutaties in sommige genen (CIC, ATRX, H3F3A onder anderen) geïdentificeerd. Onze hypothese is dat glial tumoren kunnen worden ingedeeld volgens de combinatie van moleculaire veranderingen die ze presenteren, met verschillende prognose en dus conditionering behandeling. De belangrijkste doelstellingen zijn: I) de moleculaire veranderingen van gliomen analyseren door gelijktijdige mutatieanalyse van een groot aantal genen in een massaanalyseplatform, waarbij de diagnostische waarde, prognose en correlatie met beeldvormingstests worden bepaald; (II) nieuwe moleculaire veranderingen in tumoren zonder HDI-mutatie identificeren door het exoom in geselecteerde gevallen te rangschikken; (III) Genereer een sequencing platform speciaal ontworpen voor de diagnose en studie van gliomas. (Dutch)
17 December 2021
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I gliomi costituiscono un'entità tumorale clinicamente eterogenea, che comprende vari sottotipi istologici e gradi. Sebbene non siano ancora inclusi nei criteri diagnostici dell'OMS, sono state identificate alterazioni molecolari specifiche in alcuni sottotipi del glioma, come la co-delezione 1p/19q nei tumori oligodendrogliali associati a una migliore prognosi e risposta al trattamento. Un altro marcatore di buona prognosi è la mutazione nei geni IDH, un evento precoce nella gliomagenesi. Questa mutazione ha recentemente dimostrato di causare l'ipermetilazione generalizzata del genoma (fenotipo CIMP+). Il nostro gruppo ha descritto che questo fenotipo ipermetilatore è modulato dalla perdita di 1p/19q (collettivamente fenotipo CD-CIMP+). Pertanto, i casi di buona prognosi hanno mutazione HDI, perdita 1p/19q e fenotipo CD-CIMP+. Tuttavia, si sa poco delle alterazioni molecolari associate alla mutazione HDI in assenza di co-lezione, e le alterazioni molecolari dei tumori senza mutazione HDI sono del tutto sconosciute. Recenti lavori di sequenziamento su larga scala sui gliomi hanno identificato nuove mutazioni ricorrenti in alcuni geni (CIC, ATRX, H3F3A, tra gli altri). La nostra ipotesi è che i tumori gliali possano essere classificati in base alla combinazione di alterazioni molecolari che presentano, avendo prognosi diversa e quindi trattamento condizionante. Gli obiettivi principali sono: I) analizzare le alterazioni molecolari dei gliomi mediante analisi mutazionale simultanea di un gran numero di geni in una piattaforma di analisi di massa, determinandone il valore diagnostico, la prognosi e la correlazione con i test di imaging; (II) identificare nuove alterazioni molecolari nei tumori senza mutazione HDI sequenziando l'esoma in casi selezionati; (III) Generare una piattaforma di sequenziamento appositamente progettata per la diagnosi e lo studio dei gliomi. (Italian)
16 January 2022
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Toledo
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Identifiers
PI13_00800
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