DESIGN OF INNOVATIVE BIOCIDES FROM THE ELUCIDATION OF THE MECHANISM OF OLIGOMERS WITH ANTIMICROBIAL PROPERTIES (Q3170046): Difference between revisions
Jump to navigation
Jump to search
(Changed label, description and/or aliases in de, and other parts: Adding German translations) |
(Changed label, description and/or aliases in nl, and other parts: Adding Dutch translations) |
||||||||||||||
| label / nl | label / nl | ||||||||||||||
ONTWERP VAN INNOVATIEVE BIOCIDEN UIT DE OPHELDERING VAN HET MECHANISME VAN OLIGOMEREN MET ANTIMICROBIËLE EIGENSCHAPPEN | |||||||||||||||
| Property / summary | |||||||||||||||
IN DIT PROJECT STELLEN WE VOOR OM EEN STRATEGIE TE ONTWIKKELEN VOOR HET RATIONELE ONTWERP VAN ANTIMICROBIËLE OLIGOMEREN OP BASIS VAN HET BEGRIP VAN HUN WERKINGSMECHANISME OP MEMBRAANNIVEAU, VANUIT EEN IN-SILIC/IN-VITRO SYNERGISTISCHE BENADERING. DE SLEUTEL TOT HET SLAGEN VAN DEZE AANPAK IS DE TOEPASSING VAN NIEUWE METHODEN: Grove GRAINED MOLECULAR DYNAMICS (CG-MD) en MD verbonden met GPUS aan de nexus die zou zorgen voor een uitbreiding zonder precisie van de meso-escale fenomenen van de ANTIMICROBIAN moleculen en hun interactie met de MEMBRANAS._x000D_ utilizando deze focus zal worden bestudeerd ANTIMYROBIAN peptid mechanismes (AMPS) EN „INTELIGENTS” AUTO-ENSAMBLATE molecules (CYCLOPEPTIDs, ORGANISCHE moleculen, cyclodextrines, polymeren, atomaire clusters-AQCS, (ETC) MET DE FINAL OBJECTIVE INFORMATIE DAT kan worden gebruikt voor het ontwerp van nieuwe ANTIBACTERIËLE AGENTEN die TOXICITY verminderen als toepassing van RESISTANCE. Drie GROTE BLOCKS VAN DIFFERENT PRODUCTEN ANTIMICROBIANs:_x000D_ zullen worden onderzocht in het eerste blok zullen we ons richten op transmembraan FORING ENTITIES, als NANOTUBOS/NANOEMBUDOS COMPUOS door CYCLOPEPTID. WE ZULLEN HET MECHANISME VAN INTERACTIE MET HET MEMBRAAN EN HET TRANSPORT DOOR ZIJN HOLTES BESTUDEREN. CG-PARAMETERS VAN DEZE PEPTIDEN ZULLEN WORDEN ONTWIKKELD EN GEBRUIKT ALS BIOMIMETISCHE NANOPORES, MODELLEN VAN BIOLOGISCHE KANALEN, DIE HET ONTWERP VAN NIEUWE THERAPIEËN VOOR CANALOPATIAS ZULLEN HELPEN, ZIEKTEN VEROORZAAKT DOOR DE ONJUISTE WERKING VAN BEPAALDE SOORTEN EIWITTEN. We brengen een COMPARATIVE COMPARATIVE VAN COMPUTATIONALE METHODS VOOR HET obtention VAN CINETIC CONSTANTS IN DE transmembraan TRANSPORT VAN ionen (BXD en ABAD-Sansom)._x000D_ De tweede BLOCKING BLOCLE richt zich op ANTIMICROBIAN moleculen met disruptieve mechanismen, zoals peptic NANOTUBOS, CICLODEXTRINES of polymerica ENTITIES. WE ZULLEN EEN DATABASE ONTWIKKELEN OP BASIS VAN MD-SIMULATIES VAN ANTIMICROBIËLE PEPTIDEN, WAARBIJ VERSCHILLENDE KRACHTVELDEN EN MEMBRAANCONDITIES WORDEN GEANALYSEERD: Een eenvoudige en gratis versie, voor een gebruiker te staan en een andere professionele versie voor een gebruiker specifieker dan het zoeken Analyses of beton systemen._x000D_ in de ULTIME bloking MET ANDERE ANTIMICROBIAN MORE MORE MET DIFFERENT MECHANISHES of DISCOUNTS, als AQCS of hydrophobins, ESSENTIALE ACEITES, NATURAL componeert EN SYINTETICAL PROCEDURES, IN HET FRAME WERK VAN INDUSTRIAL INTEREST OF A EUROPESE ETN, RESPECTIVELY._x000D_Het huidige project wordt overeengekomen in een volledig interdisciplineerde ESCENARY IN WHERE zal een poging zijn om een COMPUTATIONAL focus te combineren, INNOVATOR IN DE CAMPO VAN ANTIMICROBIAN AGENTS, MET DIFFERENTE EXPERIMENTALE samenwerking van SPECIALISED GROUPS IN DE ONTWIKKELING VAN ANTIMICROBIAN moleculen aan NATIONALE en INTERNATIONAL LEVEL. DE VOORGESTELDE AANPAK OP BASIS VAN SYNERGIE TUSSEN IN-SILICO-/IN-VITROMETHODEN ZAL VEEL BAAT HEBBEN BIJ EEN DERGELIJK INTERDISCIPLINAIR SCENARIO, WAARDOOR AANZIENLIJKE VOORUITGANG KAN WORDEN GEBOEKT BIJ DE VALIDATIE VAN REKENMETHODEN VOOR HET TESTEN/VERIFICATIE VAN IN-SILIC-VOORSPELLINGEN. DAARNAAST WAS HET IN HET KADER VAN HET BEHEERSCOMITÉ VOOR DE EUROPESE ACTIEKOSTEN CM1306 MOGELIJK OM UITZONDERLIJKE EN GEZAMENLIJKE INFORMATIE UIT TE WISSELEN TUSSEN EXPERIMENTELE EN THEORETISCHE GROEPEN, WAARDOOR HET EFFECT VAN DE ONDERZOEKSACTIVITEITEN VAN DIT VOORSTEL WERD GEMAXIMALISEERD. (Dutch) | |||||||||||||||
| Property / summary: IN DIT PROJECT STELLEN WE VOOR OM EEN STRATEGIE TE ONTWIKKELEN VOOR HET RATIONELE ONTWERP VAN ANTIMICROBIËLE OLIGOMEREN OP BASIS VAN HET BEGRIP VAN HUN WERKINGSMECHANISME OP MEMBRAANNIVEAU, VANUIT EEN IN-SILIC/IN-VITRO SYNERGISTISCHE BENADERING. DE SLEUTEL TOT HET SLAGEN VAN DEZE AANPAK IS DE TOEPASSING VAN NIEUWE METHODEN: Grove GRAINED MOLECULAR DYNAMICS (CG-MD) en MD verbonden met GPUS aan de nexus die zou zorgen voor een uitbreiding zonder precisie van de meso-escale fenomenen van de ANTIMICROBIAN moleculen en hun interactie met de MEMBRANAS._x000D_ utilizando deze focus zal worden bestudeerd ANTIMYROBIAN peptid mechanismes (AMPS) EN „INTELIGENTS” AUTO-ENSAMBLATE molecules (CYCLOPEPTIDs, ORGANISCHE moleculen, cyclodextrines, polymeren, atomaire clusters-AQCS, (ETC) MET DE FINAL OBJECTIVE INFORMATIE DAT kan worden gebruikt voor het ontwerp van nieuwe ANTIBACTERIËLE AGENTEN die TOXICITY verminderen als toepassing van RESISTANCE. Drie GROTE BLOCKS VAN DIFFERENT PRODUCTEN ANTIMICROBIANs:_x000D_ zullen worden onderzocht in het eerste blok zullen we ons richten op transmembraan FORING ENTITIES, als NANOTUBOS/NANOEMBUDOS COMPUOS door CYCLOPEPTID. WE ZULLEN HET MECHANISME VAN INTERACTIE MET HET MEMBRAAN EN HET TRANSPORT DOOR ZIJN HOLTES BESTUDEREN. CG-PARAMETERS VAN DEZE PEPTIDEN ZULLEN WORDEN ONTWIKKELD EN GEBRUIKT ALS BIOMIMETISCHE NANOPORES, MODELLEN VAN BIOLOGISCHE KANALEN, DIE HET ONTWERP VAN NIEUWE THERAPIEËN VOOR CANALOPATIAS ZULLEN HELPEN, ZIEKTEN VEROORZAAKT DOOR DE ONJUISTE WERKING VAN BEPAALDE SOORTEN EIWITTEN. We brengen een COMPARATIVE COMPARATIVE VAN COMPUTATIONALE METHODS VOOR HET obtention VAN CINETIC CONSTANTS IN DE transmembraan TRANSPORT VAN ionen (BXD en ABAD-Sansom)._x000D_ De tweede BLOCKING BLOCLE richt zich op ANTIMICROBIAN moleculen met disruptieve mechanismen, zoals peptic NANOTUBOS, CICLODEXTRINES of polymerica ENTITIES. WE ZULLEN EEN DATABASE ONTWIKKELEN OP BASIS VAN MD-SIMULATIES VAN ANTIMICROBIËLE PEPTIDEN, WAARBIJ VERSCHILLENDE KRACHTVELDEN EN MEMBRAANCONDITIES WORDEN GEANALYSEERD: Een eenvoudige en gratis versie, voor een gebruiker te staan en een andere professionele versie voor een gebruiker specifieker dan het zoeken Analyses of beton systemen._x000D_ in de ULTIME bloking MET ANDERE ANTIMICROBIAN MORE MORE MET DIFFERENT MECHANISHES of DISCOUNTS, als AQCS of hydrophobins, ESSENTIALE ACEITES, NATURAL componeert EN SYINTETICAL PROCEDURES, IN HET FRAME WERK VAN INDUSTRIAL INTEREST OF A EUROPESE ETN, RESPECTIVELY._x000D_Het huidige project wordt overeengekomen in een volledig interdisciplineerde ESCENARY IN WHERE zal een poging zijn om een COMPUTATIONAL focus te combineren, INNOVATOR IN DE CAMPO VAN ANTIMICROBIAN AGENTS, MET DIFFERENTE EXPERIMENTALE samenwerking van SPECIALISED GROUPS IN DE ONTWIKKELING VAN ANTIMICROBIAN moleculen aan NATIONALE en INTERNATIONAL LEVEL. DE VOORGESTELDE AANPAK OP BASIS VAN SYNERGIE TUSSEN IN-SILICO-/IN-VITROMETHODEN ZAL VEEL BAAT HEBBEN BIJ EEN DERGELIJK INTERDISCIPLINAIR SCENARIO, WAARDOOR AANZIENLIJKE VOORUITGANG KAN WORDEN GEBOEKT BIJ DE VALIDATIE VAN REKENMETHODEN VOOR HET TESTEN/VERIFICATIE VAN IN-SILIC-VOORSPELLINGEN. DAARNAAST WAS HET IN HET KADER VAN HET BEHEERSCOMITÉ VOOR DE EUROPESE ACTIEKOSTEN CM1306 MOGELIJK OM UITZONDERLIJKE EN GEZAMENLIJKE INFORMATIE UIT TE WISSELEN TUSSEN EXPERIMENTELE EN THEORETISCHE GROEPEN, WAARDOOR HET EFFECT VAN DE ONDERZOEKSACTIVITEITEN VAN DIT VOORSTEL WERD GEMAXIMALISEERD. (Dutch) / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
| Property / summary: IN DIT PROJECT STELLEN WE VOOR OM EEN STRATEGIE TE ONTWIKKELEN VOOR HET RATIONELE ONTWERP VAN ANTIMICROBIËLE OLIGOMEREN OP BASIS VAN HET BEGRIP VAN HUN WERKINGSMECHANISME OP MEMBRAANNIVEAU, VANUIT EEN IN-SILIC/IN-VITRO SYNERGISTISCHE BENADERING. DE SLEUTEL TOT HET SLAGEN VAN DEZE AANPAK IS DE TOEPASSING VAN NIEUWE METHODEN: Grove GRAINED MOLECULAR DYNAMICS (CG-MD) en MD verbonden met GPUS aan de nexus die zou zorgen voor een uitbreiding zonder precisie van de meso-escale fenomenen van de ANTIMICROBIAN moleculen en hun interactie met de MEMBRANAS._x000D_ utilizando deze focus zal worden bestudeerd ANTIMYROBIAN peptid mechanismes (AMPS) EN „INTELIGENTS” AUTO-ENSAMBLATE molecules (CYCLOPEPTIDs, ORGANISCHE moleculen, cyclodextrines, polymeren, atomaire clusters-AQCS, (ETC) MET DE FINAL OBJECTIVE INFORMATIE DAT kan worden gebruikt voor het ontwerp van nieuwe ANTIBACTERIËLE AGENTEN die TOXICITY verminderen als toepassing van RESISTANCE. Drie GROTE BLOCKS VAN DIFFERENT PRODUCTEN ANTIMICROBIANs:_x000D_ zullen worden onderzocht in het eerste blok zullen we ons richten op transmembraan FORING ENTITIES, als NANOTUBOS/NANOEMBUDOS COMPUOS door CYCLOPEPTID. WE ZULLEN HET MECHANISME VAN INTERACTIE MET HET MEMBRAAN EN HET TRANSPORT DOOR ZIJN HOLTES BESTUDEREN. CG-PARAMETERS VAN DEZE PEPTIDEN ZULLEN WORDEN ONTWIKKELD EN GEBRUIKT ALS BIOMIMETISCHE NANOPORES, MODELLEN VAN BIOLOGISCHE KANALEN, DIE HET ONTWERP VAN NIEUWE THERAPIEËN VOOR CANALOPATIAS ZULLEN HELPEN, ZIEKTEN VEROORZAAKT DOOR DE ONJUISTE WERKING VAN BEPAALDE SOORTEN EIWITTEN. We brengen een COMPARATIVE COMPARATIVE VAN COMPUTATIONALE METHODS VOOR HET obtention VAN CINETIC CONSTANTS IN DE transmembraan TRANSPORT VAN ionen (BXD en ABAD-Sansom)._x000D_ De tweede BLOCKING BLOCLE richt zich op ANTIMICROBIAN moleculen met disruptieve mechanismen, zoals peptic NANOTUBOS, CICLODEXTRINES of polymerica ENTITIES. WE ZULLEN EEN DATABASE ONTWIKKELEN OP BASIS VAN MD-SIMULATIES VAN ANTIMICROBIËLE PEPTIDEN, WAARBIJ VERSCHILLENDE KRACHTVELDEN EN MEMBRAANCONDITIES WORDEN GEANALYSEERD: Een eenvoudige en gratis versie, voor een gebruiker te staan en een andere professionele versie voor een gebruiker specifieker dan het zoeken Analyses of beton systemen._x000D_ in de ULTIME bloking MET ANDERE ANTIMICROBIAN MORE MORE MET DIFFERENT MECHANISHES of DISCOUNTS, als AQCS of hydrophobins, ESSENTIALE ACEITES, NATURAL componeert EN SYINTETICAL PROCEDURES, IN HET FRAME WERK VAN INDUSTRIAL INTEREST OF A EUROPESE ETN, RESPECTIVELY._x000D_Het huidige project wordt overeengekomen in een volledig interdisciplineerde ESCENARY IN WHERE zal een poging zijn om een COMPUTATIONAL focus te combineren, INNOVATOR IN DE CAMPO VAN ANTIMICROBIAN AGENTS, MET DIFFERENTE EXPERIMENTALE samenwerking van SPECIALISED GROUPS IN DE ONTWIKKELING VAN ANTIMICROBIAN moleculen aan NATIONALE en INTERNATIONAL LEVEL. DE VOORGESTELDE AANPAK OP BASIS VAN SYNERGIE TUSSEN IN-SILICO-/IN-VITROMETHODEN ZAL VEEL BAAT HEBBEN BIJ EEN DERGELIJK INTERDISCIPLINAIR SCENARIO, WAARDOOR AANZIENLIJKE VOORUITGANG KAN WORDEN GEBOEKT BIJ DE VALIDATIE VAN REKENMETHODEN VOOR HET TESTEN/VERIFICATIE VAN IN-SILIC-VOORSPELLINGEN. DAARNAAST WAS HET IN HET KADER VAN HET BEHEERSCOMITÉ VOOR DE EUROPESE ACTIEKOSTEN CM1306 MOGELIJK OM UITZONDERLIJKE EN GEZAMENLIJKE INFORMATIE UIT TE WISSELEN TUSSEN EXPERIMENTELE EN THEORETISCHE GROEPEN, WAARDOOR HET EFFECT VAN DE ONDERZOEKSACTIVITEITEN VAN DIT VOORSTEL WERD GEMAXIMALISEERD. (Dutch) / qualifier | |||||||||||||||
point in time: 17 December 2021
| |||||||||||||||
Revision as of 13:42, 17 December 2021
Project Q3170046 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | DESIGN OF INNOVATIVE BIOCIDES FROM THE ELUCIDATION OF THE MECHANISM OF OLIGOMERS WITH ANTIMICROBIAL PROPERTIES |
Project Q3170046 in Spain |
Statements
21,790.46 Euro
0 references
27,238.07 Euro
0 references
80.0 percent
0 references
5 December 2016
0 references
31 December 2016
0 references
UNIVERSIDAD DE SANTIAGO DE COMPOSTELA
0 references
42°52'49.51"N, 8°32'45.10"W
0 references
15078
0 references
EN ESTE PROYECTO PROPONEMOS DESARROLLAR UNA ESTRATEGIA PARA EL DISEÑO RACIONAL DE OLIGOMEROS ANTIMICROBIANOS BASADO EN LA COMPRENSION DE SU MECANISMO DE ACCION A NIVEL DE LA MEMBRANA, DESDE UN ENFOQUE SINERGICO IN-SILICO/IN-VITRO. LA CLAVE PARA QUE ESTE ENFOQUE TENGA EXITO ES LA APLICACION DE METODOLOGIAS EMERGENTES: COARSE GRAINED MOLECULAR DYNAMICS (CG-MD) Y MD ACELERADA CON GPUS AL NEXO QUE UNE AMBAS APROXIMACIONES, QUE PERMITIRA UNA EXPLORACION SIN PRECEDENTES DE LOS FENOMENOS A NIVEL DE MESO-ESCALA DE LAS MOLECULAS ANTIMICROBIANAS Y DE SU INTERACCION CON LAS MEMBRANAS._x000D_ UTILIZANDO ESTE ENFOQUE SE ESTUDIARAN LOS MECANISMOS DE ACCION DE PEPTIDOS ANTIMICROBIANOS (AMPS) Y MOLECULAS AUTO-ENSAMBLADAS "INTELIGENTES" (CICLOPEPTIDOS, MOLECULAS ORGANICAS, CICLODEXTRINAS, POLIMEROS, CLUSTERES ATOMICOS-AQCS, ETC) CON EL OBJETIVO FINAL DE OBTENER INFORMACION QUE PUEDA SER USADA PARA EL DISEÑO DE NUEVOS AGENTES ANTIBACTERIANOS MEJORADOS QUE REDUZCAN TANTO LA TOXICIDAD COMO LA APARICION DE RESISTENCIAS. SE INVESTIGARAN TRES GRANDES BLOQUES DE DIFERENTES MOLECULAS ANTIMICROBIANAS:_x000D_ EN EL PRIMER BLOQUE NOS CENTRAREMOS EN ENTIDADES FORMADORAS DE POROS TRANSMEMBRANA, COMO NANOTUBOS/NANOEMBUDOS COMPUESTOS POR CICLOPEPTIDOS. ESTUDIAREMOS SU MECANISMO DE INTERACCION CON LA MEMBRANA Y EL TRANSPORTE A TRAVES DE SUS CAVIDADES. SE DESARROLLARAN PARAMETROS CG DE ESTOS PEPTIDOS Y SE UTILIZARAN COMO NANOPOROS BIOMIMETICOS, MODELOS DE CANALES BIOLOGICOS, LO QUE AYUDARA AL DISEÑO DE NUEVAS TERAPIAS PARA CANALOPATIAS, ENFERMEDADES PROVOCADAS POR UN FUNCIONAMIENTO INCORRECTO DE DETERMINADO TIPO DE PROTEINAS. LLEVAREMOS A CABO UNA COMPARATIVA DE METODOS COMPUTACIONALES PARA LA OBTENCION DE CONSTANTES CINETICAS EN EL TRANSPORTE TRANSMEMBRANA DE IONES (BXD Y ABAD-SANSOM)._x000D_ EL SEGUNDO BLOQUE SE ENFOCA EN MOLECULAS ANTIMICROBIANAS CON MECANISMOS DISRUPTIVOS DE LA MEMBRANA, COMO LOS NANOTUBOS PEPTIDICOS, CICLODEXTRINAS O ENTIDADES POLIMERICAS. DESARROLLAREMOS UNA BASE DE DATOS A PARTIR DE SIMULACIONES SISTEMATICAS DE MD DE PEPTIDOS ANTIMICROBIANOS, ANALIZANDO DISTINTOS CAMPOS DE FUERZA Y CONDICIONES DE MEMBRANA: UNA VERSION BASICA Y GRATUITA, PARA UN USUARIO ESTANDAR Y OTRA VERSION PROFESIONAL PARA UN USUARIO MAS ESPECIALIZADO QUE BUSQUE ANALISIS O SISTEMAS CONCRETOS._x000D_ EN EL ULTIMO BLOQUE CONSIDERAREMOS OTRAS MOLECULAS ANTIMICROBIANAS CON MECANISMOS DIFERENTES O DESCONOCIDOS, COMO LOS AQCS O HIDROFOBINAS, ACEITES ESENCIALES, COMPUESTOS NATURALES Y MOLECULAS SINTETICAS, EN EL MARCO DE INTERES INDUSTRIAL O UNA ETN EUROPEA, RESPECTIVAMENTE._x000D_ EL PRESENTE PROYECTO ESTA CONCEBIDO EN UN ESCENARIO TOTALMENTE INTERDISCIPLINAR EN DONDE SE TRATARA DE COMBINAR UN SOLIDO ENFOQUE COMPUTACIONAL, INNOVADOR EN EL CAMPO DE LOS AGENTES ANTIMICROBIANOS, CON DIFERENTES COLABORACIONES EXPERIMENTALES DE GRUPOS ESPECIALIZADOS EN EL DESARROLLO DE MOLECULAS ANTIMICROBIANAS A NIVEL NACIONAL E INTERNACIONAL. EL ENFOQUE PROPUESTO BASADO EN LA SINERGIA ENTRE METODOS IN-SILICO/IN-VITRO SE BENEFICIARA ENORMEMENTE DE UN ESCENARIO TAN INTERDISCIPLINAR POSIBILITANDO UN AVANCE SIGNIFICATIVO EN LA VALIDACION DE METODOS COMPUTACIONALES PARA PROBAR/VERIFICAR LAS PREDICCIONES IN-SILICO. ADEMAS, COMO PARTE DEL COMITE DE GESTION EN LA ACCION EUROPEA COST CM1306,SERA POSIBLE UN INTERCAMBIO DE INFORMACION EXCEPCIONAL Y COLABORATIVO ENTRE GRUPOS EXPERIMENTALES Y TEORICOS, MAXIMIZANDO ASI EL IMPACTO DE LAS ACTIVIDADES DE INVESTIGACION DE ESTA PROPUESTA. (Spanish)
0 references
IN THIS PROJECT WE PROPOSE TO DEVELOP A STRATEGY FOR THE RATIONAL DESIGN OF ANTIMICROBIAL OLIGOMERS BASED ON THE UNDERSTANDING OF THEIR MECHANISM OF ACTION AT MEMBRANE LEVEL, FROM AN IN-SILIC/IN-VITRO SYNERGISTIC APPROACH. THE KEY FOR THIS APPROACH TO SUCCEED IS THE APPLICATION OF EMERGING METHODOLOGIES: Coarse GRAINED MOLECULAR DYNAMICS (CG-MD) and MD linked with GPUS to the nexus that would allow for an expansion without precisions of the meso-escalal phenomena of the ANTIMICROBIAN molecules and their interaction with the MEMBRANAS._x000D_ UTILIZANDO this focus will be studied ANTIMYROBIAN PEPTID MECHANISMES (AMPS) AND “INTELIGENTS” AUTO-ENSAMBLATE molecules (CYCLOPEPTIDs, ORGANIC molecules, CYCLODEXTRINES, polymers, atomic clusters-AQCS, (ETC) WITH THE FINAL OBJECTIVE OF OBJECTIVE INFORMATION THAT CAN BE USED FOR THE DESIGN OF NEW ANTIBACTERIAL AGENTS that reduce TOXICITY AS APARICTION OF RESISTANCE. Three GREAT BLOCKS OF DIFFERENT PRODUCTS ANTIMICROBIANs:_x000D_ will be investigated at the first block we will focus on TRANSMEMBRANE FORING ENTITIES, as NANOTUBOS/NANOEMBUDOS COMPUOSED BY CYCLOPEPTID. WE WILL STUDY ITS MECHANISM OF INTERACTION WITH THE MEMBRANE AND TRANSPORT THROUGH ITS CAVITIES. CG PARAMETERS OF THESE PEPTIDES WILL BE DEVELOPED AND USED AS BIOMIMETIC NANOPORES, MODELS OF BIOLOGICAL CHANNELS, WHICH WILL HELP THE DESIGN OF NEW THERAPIES FOR CANALOPATIAS, DISEASES CAUSED BY THE INCORRECT FUNCTIONING OF CERTAIN TYPES OF PROTEINS. We will bring a COMPARATIVE COMPARATIVE OF COMPUTATIONAL METHODS FOR THE OBTENTION OF CINETIC CONSTANTS IN THE TRANSMEMBRANE TRANSPORT OF IONES (BXD and ABAD-Sansom)._x000D_ The second BLOCKING BLOCLE focuses on ANTIMICROBIAN molecules with disruptive mechanisms, like peptic NANOTUBOS, CICLODEXTRINES or polymerica ENTITIES. WE WILL DEVELOP A DATABASE BASED ON MD SIMULATIONS OF ANTIMICROBIAL PEPTIDES, ANALYSING DIFFERENT FORCE FIELDS AND MEMBRANE CONDITIONS: A basic and free version, for a USER to stand and another professional version for a user more specific than searching Analyses or concret systems._x000D_ in the ULTIME BLOKING WITH OTHER ANTIMICROBIAN MORE MORE WITH DIFFERENT MECHANISHES or DISCOUNTS, as AQCS or HYDROPHOBINS, ESSENTIAL ACEITES, NATURAL COMPOSES AND SYINTETICAL PROCEDURES, IN THE FRAMEWORK OF INDUSTRIAL INTEREST OR A EUROPEAN ETN, RESPECTIVELY._x000D_ The present project is agreed upon in a fully interdisciplined ESCENARY IN WHERE WHERE will be an attempt to combine a COMPUTATIONAL focus, INNOVATOR IN THE CAMPO OF ANTIMICROBIAN AGENTS, WITH DIFFERENT EXPERIMENTAL COLABORATIONS OF SPECIALISED GROUPS IN THE DEVELOPMENT OF ANTIMICROBIAN molecules to NATIONAL and INTERNATIONAL LEVEL. THE PROPOSED APPROACH BASED ON SYNERGY BETWEEN IN-SILICO/IN-VITRO METHODS WILL GREATLY BENEFIT FROM SUCH AN INTERDISCIPLINARY SCENARIO ENABLING SIGNIFICANT PROGRESS IN THE VALIDATION OF COMPUTATIONAL METHODS TO TEST/VERIFY IN-SILIC PREDICTIONS. IN ADDITION, AS PART OF THE MANAGEMENT COMMITTEE ON THE EUROPEAN ACTION COST CM1306, IT WAS POSSIBLE TO EXCHANGE EXCEPTIONAL AND COLLABORATIVE INFORMATION BETWEEN EXPERIMENTAL AND THEORETICAL GROUPS, THUS MAXIMISING THE IMPACT OF THE RESEARCH ACTIVITIES OF THIS PROPOSAL. (English)
12 October 2021
0 references
DANS CE PROJET, NOUS PROPOSONS DE DÉVELOPPER UNE STRATÉGIE DE CONCEPTION RATIONNELLE DES OLIGOMÈRES ANTIMICROBIENS BASÉE SUR LA COMPRÉHENSION DE LEUR MÉCANISME D’ACTION AU NIVEAU DE LA MEMBRANE, À PARTIR D’UNE APPROCHE SYNERGIQUE IN-SILIC/IN-VITRO. LA CLÉ DE LA RÉUSSITE DE CETTE APPROCHE EST L’APPLICATION DE MÉTHODOLOGIES ÉMERGENTES: DYNAMIQUE MOLECULAIRE GRAINES GRAINES (CG-MD) et MD liées à GPUS au lien qui permettrait une expansion sans précision des phénomènes méso-escalaux des molécules ANTIMICROBIAN et de leur interaction avec les MEMBRANAS._x000D_ utilizando ce point sera étudié dans les mécanismes peptidiques ANTIMYROBIAN (AMPS) ET «INTELIGENTS» AUTO-ENSAMBLATE (CYCLOPEPTIDS, molécules ORGANIQUES, cyclodextrines, polymères, amas atomiques-AQCS, (ETC) AVEC L’OBJECTIF FINAL DE L’INFORMATION OBJECTIVE QU’IL EST UTILISÉ POUR LE DESIGN DE NOUVELLES AGENTES ANTIBACTERIELLES qui réduisent la TOXICITÉ EN APARICTION DE RÉSISTANCE. Trois GRANDS BLOCKS DE PRODUITS DIFFÉRENTS ANTIMICROBIANS:_x000D_ seront étudiés au premier bloc, nous nous concentrerons sur les ENTITÉS DE FORING transmembranaire, comme NANOTUBOS/NANOEMBUDOS COMPUOS PAR CYCLOPEPTID. NOUS ÉTUDIERONS SON MÉCANISME D’INTERACTION AVEC LA MEMBRANE ET DE TRANSPORT À TRAVERS SES CAVITÉS. LES PARAMÈTRES CG DE CES PEPTIDES SERONT DÉVELOPPÉS ET UTILISÉS COMME NANOPORES BIOMIMÉTIQUES, MODÈLES DE CANAUX BIOLOGIQUES, QUI AIDERONT À CONCEVOIR DE NOUVELLES THÉRAPIES POUR CANALOPATIAS, MALADIES CAUSÉES PAR LE MAUVAIS FONCTIONNEMENT DE CERTAINS TYPES DE PROTÉINES. Nous apporterons une COMPARATIVE COMPARATIVE DES MÉTHODES COMPUTATIONNELLES POUR L’obtention de CONSTANTS CINÉTIQUES DANS LE TRANSPORT transmembranaire d’ions (BXD et ABAD-Sansom)._x000D_ Le deuxième BLOCLE BLOCKING se concentre sur les molécules ANTIMICROBIAN avec des mécanismes perturbateurs, comme les NANOTUBOS péptiques, les CICLODEXTRINES ou les ENTITÉS polymériques. NOUS DÉVELOPPERONS UNE BASE DE DONNÉES BASÉE SUR DES SIMULATIONS MD DE PEPTIDES ANTIMICROBIENS, ANALYSANT DIFFÉRENTS CHAMPS DE FORCE ET CONDITIONS MEMBRANAIRES: Une version basique et gratuite, pour un UTILISATEUR, et une autre version professionnelle pour un utilisateur plus spécifique que la recherche d’Analyses ou de systèmes concrets._x000D_ dans le bloking ULTIME AVEC AUTRES ANTIMICROBIANES PLUS PLUS AVEC LES MÉCANISES DIFFÉRENTES ou DISCOUNTS, comme AQCS ou hydrophobines, ACEITES ESSENTIELS, NATURAL compose ET PROCÉDURES SYINTÉTIQUES, DANS LE CADRE D’INTÉRÊT INDUSTRIEL OU UN ETN EUROPEEN, RESPECTIVELY._x000D_ Le présent projet est convenu au sein d’un CESÉNAIRE pleinement interdiscipliné DANS WHERE WHERE sera une tentative de combiner une approche COMPUTATIONALE, INNOVATOR DANS LE CAMPO DES AGENTS ANTIMICROBIAN, avec des collaborations expérimentales DIFFÉRENTES DE GROUPES SPÉCIALISÉS DANS LE DÉVELOPPEMENT DES molécules ANTIMICROBIANES à NIVEAU NATIONAL et INTERNATIONAL. L’APPROCHE PROPOSÉE FONDÉE SUR LA SYNERGIE ENTRE LES MÉTHODES IN-SILICO/IN-VITRO BÉNÉFICIERA GRANDEMENT D’UN TEL SCÉNARIO INTERDISCIPLINAIRE PERMETTANT DE RÉALISER DES PROGRÈS SIGNIFICATIFS DANS LA VALIDATION DES MÉTHODES DE CALCUL POUR TESTER/VÉRIFIER LES PRÉDICTIONS IN-SILIC. EN OUTRE, DANS LE CADRE DU COMITÉ DE GESTION DE L’ACTION EUROPÉENNE COÛT CM1306, IL A ÉTÉ POSSIBLE D’ÉCHANGER DES INFORMATIONS EXCEPTIONNELLES ET COLLABORATIVES ENTRE GROUPES EXPÉRIMENTAUX ET THÉORIQUES, MAXIMISANT AINSI L’IMPACT DES ACTIVITÉS DE RECHERCHE DE CETTE PROPOSITION. (French)
4 December 2021
0 references
IN DIESEM PROJEKT SCHLAGEN WIR VOR, EINE STRATEGIE FÜR DIE RATIONELLE GESTALTUNG ANTIMIKROBIELLER OLIGOMERE ZU ENTWICKELN, DIE AUF DEM VERSTÄNDNIS IHRES WIRKMECHANISMUS AUF MEMBRANEBENE BASIERT, AUS EINEM IN-SILIC/IN-VITRO SYNERGISTISCHEN ANSATZ. DER SCHLÜSSEL FÜR DIESEN ERFOLGSANSATZ IST DIE ANWENDUNG NEUER METHODEN: Grobe GRAINED MOLECULAR DYNAMICS (CG-MD) und MD, die mit GPUS verbunden sind, mit dem Nexus verbunden, der eine Erweiterung ohne Präzision der meso-eskalischen Phänomene der ANTIMICROBIAN-Moleküle und deren Interaktion mit den MEMBRANAS ermöglichen würde._x000D_ utilizando dieser Fokus wird untersucht werden ANTIMYROBIAN peptid Mechanismen (AMPS) UND „INTELIGENTS“ AUTO-ENSAMBLATE Moleküle (CYCLOPEPTIDs, ORGANIC-Moleküle, Cyclodextrine, Polymere, Atomcluster-AQCS, (ETC) MIT DEN FINANZEN OBJEKTIVEN INFORMATIONEN, die für das Design von neuen ANTIBACTERIAL AGENTEN verwendet werden können, die TOXICITY als APARICTION OF RESISTANCE reduzieren. Drei GREAT BLOCKS OF DIFFERENT PRODUKTE ANTIMICROBIANs:_x000D_ werden am ersten Block untersucht, den wir auf Transmembrane FORING ENTITIES konzentrieren werden, als NANOTUBOS/NANOEMBUDOS COMPUOS BYCLOPEPTID. WIR WERDEN DEN MECHANISMUS DER WECHSELWIRKUNG MIT DER MEMBRAN UND DEN TRANSPORT DURCH IHRE HOHLRÄUME UNTERSUCHEN. CG-PARAMETER DIESER PEPTIDE WERDEN ALS BIOMIMETISCHE NANOPOREN, MODELLE BIOLOGISCHER KANÄLE, ENTWICKELT UND VERWENDET, DIE DIE ENTWICKLUNG NEUER THERAPIEN FÜR CANALOPATIAS, KRANKHEITEN, DIE DURCH DAS FEHLERHAFTE FUNKTIONIEREN BESTIMMTER ARTEN VON PROTEINEN VERURSACHT WERDEN, UNTERSTÜTZEN. Die zweite BLOCKING BLOCLE konzentriert sich auf ANTIMICROBIAN-Moleküle mit disruptiven Mechanismen wie peptischen NANOTUBOS, CICLODEXTRINES oder Polymerica-ENTITIEN. WIR WERDEN EINE DATENBANK ENTWICKELN, DIE AUF MD-SIMULATIONEN VON ANTIMIKROBIELLEN PEPTIDEN BASIERT UND VERSCHIEDENE KRAFTFELDER UND MEMBRANBEDINGUNGEN ANALYSIERT: Eine einfache und kostenlose Version, damit ein USER steht und eine andere professionelle Version für einen Benutzer spezifischer als auf der Suche nach Analyses- oder Konkretsystemen._x000D_ in der ULTIME Blowking MIT ANDEREN ANTIMICROBIAN MEHR MEHR MIT DIFFERENTEN MEHR MIT DIFFERENTEN MEHR MEHR MIT DIFFERENTEN MEHR MEHR MIT DEN DIFFERENT MEHR MEHR MEHR MIT DIFFERENT MEHR MEHR MIT DIFFERENT MECHANISHES oder DISCOUNTS, als AQCS oder Hydrophobine, ESSENTIAL ACEITES, NATURAL composes AND SYINTETICAL PROCEDURES, IN THE FRAMEWORK OF INDUSTRIAL INTEREST oder ein EUROPÄISCHEN ETN, RESPECTIVELY._x000D_ Das vorliegende Projekt wird in einem vollständig interdisziplinären Weniger vereinbart, um einen COMPUTATIONALen Schwerpunkt zu kombinieren. INNOVATOR IN DER CAMPO ANTIMICROBIAN AGENTEN, MIT DIFFERENTE EXPERIMENTAL Kollaborationen von SPEZIALISED GROUPS IN DER ANTIMICROBIAN-Moleküle zu NATIONAL und INTERNATIONALer LEVEL. DER VORGESCHLAGENE ANSATZ, DER AUF SYNERGIEN ZWISCHEN IN-SILICO/IN-VITRO-METHODEN BASIERT, WIRD VON EINEM SOLCHEN INTERDISZIPLINÄREN SZENARIO SEHR PROFITIEREN, DAS ERHEBLICHE FORTSCHRITTE BEI DER VALIDIERUNG VON BERECHNUNGSMETHODEN ZUR ERPROBUNG/ÜBERPRÜFUNG VON IN-SILIC-VORHERSAGEN ERMÖGLICHT. DARÜBER HINAUS WAR ES IM RAHMEN DES VERWALTUNGSAUSSCHUSSES FÜR DIE EUROPÄISCHEN MASSNAHMEN CM1306 MÖGLICH, AUSSERGEWÖHNLICHE UND KOLLABORATIVE INFORMATIONEN ZWISCHEN EXPERIMENTELLEN UND THEORETISCHEN GRUPPEN AUSZUTAUSCHEN UND SO DIE WIRKUNG DER FORSCHUNGSTÄTIGKEITEN DIESES VORSCHLAGS ZU MAXIMIEREN. (German)
9 December 2021
0 references
IN DIT PROJECT STELLEN WE VOOR OM EEN STRATEGIE TE ONTWIKKELEN VOOR HET RATIONELE ONTWERP VAN ANTIMICROBIËLE OLIGOMEREN OP BASIS VAN HET BEGRIP VAN HUN WERKINGSMECHANISME OP MEMBRAANNIVEAU, VANUIT EEN IN-SILIC/IN-VITRO SYNERGISTISCHE BENADERING. DE SLEUTEL TOT HET SLAGEN VAN DEZE AANPAK IS DE TOEPASSING VAN NIEUWE METHODEN: Grove GRAINED MOLECULAR DYNAMICS (CG-MD) en MD verbonden met GPUS aan de nexus die zou zorgen voor een uitbreiding zonder precisie van de meso-escale fenomenen van de ANTIMICROBIAN moleculen en hun interactie met de MEMBRANAS._x000D_ utilizando deze focus zal worden bestudeerd ANTIMYROBIAN peptid mechanismes (AMPS) EN „INTELIGENTS” AUTO-ENSAMBLATE molecules (CYCLOPEPTIDs, ORGANISCHE moleculen, cyclodextrines, polymeren, atomaire clusters-AQCS, (ETC) MET DE FINAL OBJECTIVE INFORMATIE DAT kan worden gebruikt voor het ontwerp van nieuwe ANTIBACTERIËLE AGENTEN die TOXICITY verminderen als toepassing van RESISTANCE. Drie GROTE BLOCKS VAN DIFFERENT PRODUCTEN ANTIMICROBIANs:_x000D_ zullen worden onderzocht in het eerste blok zullen we ons richten op transmembraan FORING ENTITIES, als NANOTUBOS/NANOEMBUDOS COMPUOS door CYCLOPEPTID. WE ZULLEN HET MECHANISME VAN INTERACTIE MET HET MEMBRAAN EN HET TRANSPORT DOOR ZIJN HOLTES BESTUDEREN. CG-PARAMETERS VAN DEZE PEPTIDEN ZULLEN WORDEN ONTWIKKELD EN GEBRUIKT ALS BIOMIMETISCHE NANOPORES, MODELLEN VAN BIOLOGISCHE KANALEN, DIE HET ONTWERP VAN NIEUWE THERAPIEËN VOOR CANALOPATIAS ZULLEN HELPEN, ZIEKTEN VEROORZAAKT DOOR DE ONJUISTE WERKING VAN BEPAALDE SOORTEN EIWITTEN. We brengen een COMPARATIVE COMPARATIVE VAN COMPUTATIONALE METHODS VOOR HET obtention VAN CINETIC CONSTANTS IN DE transmembraan TRANSPORT VAN ionen (BXD en ABAD-Sansom)._x000D_ De tweede BLOCKING BLOCLE richt zich op ANTIMICROBIAN moleculen met disruptieve mechanismen, zoals peptic NANOTUBOS, CICLODEXTRINES of polymerica ENTITIES. WE ZULLEN EEN DATABASE ONTWIKKELEN OP BASIS VAN MD-SIMULATIES VAN ANTIMICROBIËLE PEPTIDEN, WAARBIJ VERSCHILLENDE KRACHTVELDEN EN MEMBRAANCONDITIES WORDEN GEANALYSEERD: Een eenvoudige en gratis versie, voor een gebruiker te staan en een andere professionele versie voor een gebruiker specifieker dan het zoeken Analyses of beton systemen._x000D_ in de ULTIME bloking MET ANDERE ANTIMICROBIAN MORE MORE MET DIFFERENT MECHANISHES of DISCOUNTS, als AQCS of hydrophobins, ESSENTIALE ACEITES, NATURAL componeert EN SYINTETICAL PROCEDURES, IN HET FRAME WERK VAN INDUSTRIAL INTEREST OF A EUROPESE ETN, RESPECTIVELY._x000D_Het huidige project wordt overeengekomen in een volledig interdisciplineerde ESCENARY IN WHERE zal een poging zijn om een COMPUTATIONAL focus te combineren, INNOVATOR IN DE CAMPO VAN ANTIMICROBIAN AGENTS, MET DIFFERENTE EXPERIMENTALE samenwerking van SPECIALISED GROUPS IN DE ONTWIKKELING VAN ANTIMICROBIAN moleculen aan NATIONALE en INTERNATIONAL LEVEL. DE VOORGESTELDE AANPAK OP BASIS VAN SYNERGIE TUSSEN IN-SILICO-/IN-VITROMETHODEN ZAL VEEL BAAT HEBBEN BIJ EEN DERGELIJK INTERDISCIPLINAIR SCENARIO, WAARDOOR AANZIENLIJKE VOORUITGANG KAN WORDEN GEBOEKT BIJ DE VALIDATIE VAN REKENMETHODEN VOOR HET TESTEN/VERIFICATIE VAN IN-SILIC-VOORSPELLINGEN. DAARNAAST WAS HET IN HET KADER VAN HET BEHEERSCOMITÉ VOOR DE EUROPESE ACTIEKOSTEN CM1306 MOGELIJK OM UITZONDERLIJKE EN GEZAMENLIJKE INFORMATIE UIT TE WISSELEN TUSSEN EXPERIMENTELE EN THEORETISCHE GROEPEN, WAARDOOR HET EFFECT VAN DE ONDERZOEKSACTIVITEITEN VAN DIT VOORSTEL WERD GEMAXIMALISEERD. (Dutch)
17 December 2021
0 references
Santiago de Compostela
0 references
Identifiers
CTQ2015-74621-JIN
0 references