NEW VARIABILITY IN SOLANUM PIMPINELLIFOLIUM AND S. LYCOPERSICUM VAR. CERASIFORME FOR THE IMPROVEMENT OF AGRONOMIC CHARACTERS AND RESISTANCE TO STRESS IN TOMATO (Q3139485): Difference between revisions
Jump to navigation
Jump to search
(Added qualifier: readability score (P590521): 0.0901223846118582) |
(Set a claim value: summary (P836): Durante o processo de domesticação do tomate, verificou-se uma perda importante de variabilidade genética, que provocou uma alteração muito notável da base genética. ESTUDOS RECENTES SOBRE A DOMESTICAÇÃO EFETUADOS POR ESTA EQUIPA DE INVESTIGAÇÃO COM GENOTIPAÇÃO COM MILHÕES DE MARCADORES PODERAM Aprofundar ESTE PROCESSO. Nestes estudos, mostrou-se que a domótica se instalou em duas fases, uma na América do Sul e a outra mais tarde na Mesoamérica. PER...) |
||
| Property / summary | Property / summary | ||
Durante o processo de domesticação do tomate, verificou-se uma perda importante de variabilidade genética, que provocou uma alteração muito notável da base genética. ESTUDOS RECENTES SOBRE A DOMESTICAÇÃO EFETUADOS POR ESTA EQUIPA DE INVESTIGAÇÃO COM GENOTIPAÇÃO COM MILHÕES DE MARCADORES PODERAM Aprofundar ESTE PROCESSO. Nestes estudos, mostrou-se que a domótica se instalou em duas fases, uma na América do Sul e a outra mais tarde na Mesoamérica. PERDA DE VARIABILIDADE Ocorrida DURANTE A PASSAGEM DA AMÉRICA DO SUL PARA A MESOAMÉRICA DE FORMA A QUE S. LYCOPERSICUM CONTINUA A CONSERVAR UMA VARIABILIDADE COMPARÁVEL À DE UMA ESPÉCIE SELVAGEM NA ZONA ANDEANA. Este projeto destina-se a recuperar algumas destas variações perdidas anteriormente desconhecidas que não foram amplamente utilizadas na melhoria do TOMATO. Propomos a construção de uma população gerada a partir de oito pais, que representam esta variedade perdida andina, quatro deles da variedade Cerasiforme S. Licopersicum e quatro das espécies selvagens, S. PIMPINELLIFOLIUM. O DESENVOLVIMENTO DA POPULAÇÃO É CONSTITUÍDO POR UMA SÉRIE DE GERAÇÕES DE INTERCROSSAGEM SEGUIDAS POR AUTOFERTILIZAÇÕES SUCESSIVAS PARA FIXAR OS MATERIAIS OBTIDOS. Estas populações são as mais ideais para a maquinação perfeita de genes e qTLs, com várias gerações de cruzamento que facilitam a ocorrência de múltiplos atravessadores. Em TOMATO já existe uma população destas características, mas os pais de partida, todas elas das espécies cultivadas S. LYCOPERSICUM, são muitíssimo diferentes em termos morfológicos e moleculares dos escolhidos para este projecto, de acordo com as características morfológicas e o genoptIPADO feito com 7000 RPS e mais de 1000 faixas, e não recolhem toda a variedade existente nestas espécies. Os pais seleccionados no âmbito do presente projecto incluem uma grande variedade morfológica, genética e ecológica, bem como a descoberta de alterações cultivadas, semi-desmistificadas e selvagens. Esta POPULAÇÃO SERVIRÁ PARA A FABRICAÇÃO DE GÉNEROS ENVOLVIDOS EM MÚLTIPLAS CARACTERÍSTICAS VEGETATIVAS, FLORESCENTES E FRUTAS PARA AS QUAIS HÁ ALTA VARIAÇÃO NOS OITAS PARENTES SELECIONADOS. Outra característica de grande interesse é a adaptação a diferentes tipos de ambiente dos oito pais, dos desejos aos furacões, do nível do mar aos 1500 metros de altura e do ecuador ao norte do México. Isto permitirá a detecção e o melhoramento dos genes envolvidos na tolerância e na adaptação ao stress abiótico e ajudará a desenvolver materiais para lidar com as mudanças climáticas. Embora existam dados prévios sobre fenotipagem de pacientes, um fenotipagem detalhada destes, incluindo a resistência a vírus, bactérias e fungos, será realizada como um segundo objetivo do projeto, que servirá para determinar as características a serem fenotipadas na população a ser desenvolvida. Finalmente, os oito genótipos de base serão seqüenciados e alinhados com o genoma de referência, o que permitirá a localização de milhares de lingotes que servirão para a alta resolução de QTLs envolvidos nas características de interesse, bem como a realização de estudos comparativos de seu genoma. O FENÓTIPO E A GENÓTIPO DA POPULAÇÃO RESULTANTE SERÃO OBJETO DE UM OUTRO PROJETO SUBSEQUENTES, uma vez que o DESENVOLVIMENTO DA POPULAÇÃO SEGREGANTE AQUI E A GENÓTIPO DE PARENS SÃO CONSIDERADOS TRABALHOS SUFICIENTES PARA ESTE PROJETO. (Portuguese) | |||
Revision as of 10:22, 8 October 2024
Project Q3139485 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | NEW VARIABILITY IN SOLANUM PIMPINELLIFOLIUM AND S. LYCOPERSICUM VAR. CERASIFORME FOR THE IMPROVEMENT OF AGRONOMIC CHARACTERS AND RESISTANCE TO STRESS IN TOMATO |
Project Q3139485 in Spain |
Statements
46,119.15 Euro
0 references
84,700.0 Euro
0 references
54.45 percent
0 references
1 January 2016
0 references
31 December 2018
0 references
UNIVERSIDAD POLITECNICA DE VALENCIA
0 references
46022
0 references
DURANTE EL PROCESO DE DOMESTICACION DEL TOMATE OCURRIO UNA IMPORTANTE PERDIDA DE VARIABILIDAD GENETICA, LO QUE PROVOCO UN ESTRECHAMIENTO MUY NOTABLE DE LA BASE GENETICA. RECIENTES ESTUDIOS SOBRE LA DOMESTICACION LLEVADOS A CABO POR ESTE EQUIPO INVESTIGADOR MEDIANTE GENOTIPADO CON MILES DE MARCADORES HAN PERMITIDO PROFUNDIZAR EN ESTE PROCESO. EN ESTOS ESTUDIOS SE HA MOSTRADO QUE LA DOMESTICACION SUCEDIO EN DOS FASES, UNA EN SUDAMERICA Y OTRA POSTERIOR EN MESOAMERICA. LA PERDIDA DE VARIABILIDAD SUCEDIO DURANTE EL PASO DE SUDAMERICA A MESOAMERICA DE FORMA QUE S. LYCOPERSICUM TODAVIA CONSERVA EN EL AREA ANDINA UNA VARIABILIDAD EQUIPARABLE A LA DE UNA ESPECIE SILVESTRE. EN ESTE PROYECTO SE PRETENDE RECUPERAR PARTE DE ESTA VARIABILIDAD PERDIDA, ANTES DESCONOCIDA Y QUE POR TANTO NO HA SIDO AMPLIAMENTE UTILIZADA EN LA MEJORA DEL TOMATE. PLANTEAMOS LA CONSTRUCCION DE UNA POBLACION GENERADA A PARTIR DE OCHO PARENTALES, QUE REPRESENTAN ESTA VARIABILIDAD ANDINA PERDIDA, CUATRO DE ELLOS DE LA VARIEDAD CERASIFORME DE S. LYCOPERSICUM Y CUATRO DE LA ESPECIE SILVESTRE, S. PIMPINELLIFOLIUM. EL DESARROLLO DE LA POBLACION CONSISTE EN UNA SERIE DE GENERACIONES DE INTERCRUZAMIENTO SEGUIDAS DE AUTOFECUNDACIONES SUCESIVAS CON EL FIN DE FIJAR LOS MATERIALES OBTENIDOS. ESTAS POBLACIONES SON LAS MAS IDONEAS PARA LA CARTOGRAFIA FINA DE GENES Y QTLS, AL PRODUCIRSE VARIAS GENERACIONES DE INTERCRUZAMIENTO QUE FACILITAN LA OCURRENCIA DE MULTIPLES SOBRECRUZAMIENTOS. EN TOMATE EXISTE YA UNA POBLACION DE ESTAS CARACTERISTICAS, PERO LOS PARENTALES DE PARTIDA, TODOS ELLOS DE LA ESPECIE CULTIVADA S. LYCOPERSICUM, SON MUY DISTINTOS MORFOLOGICA Y MOLECULARMENTE A LOS ELEGIDOS PARA ESTE PROYECTO, SEGUN LAS CARACTERIZACIONES MORFOLOGICAS Y EL GENOPTIPADO REALIZADO CON 7000 SNPS Y MAS DE 1000 ENTRADAS, Y NO RECOGEN TODA LA VARIBILIDAD EXISTENTE EN ESTAS ESPECIES. LOS PARENTALES SELECCIONADOS EN ESTE PROYECTO INCLUYEN UNA GRAN VARIABILIDAD MORFOLOGICA, GENETICA Y ECOLOGICA, ENCONTRANDOSE ENTRADAS CULTIVADAS, SEMIDOMESTICADAS Y SILVESTRES. ESTA POBLACION SERVIRA PARA LA CARTOGRAFIA DE GENES IMPLICADOS EN MULTIPLES CARACTERES VEGETATIVOS, DE FLORACION Y DE FRUTO PARA LOS QUE EXISTE UNA ALTA VARIACION EN LOS OCHO PARENTALES SELECCIONADOS. OTRA CARACTERISTICA DE ELEVADO INTERES ES LA ADAPTACION A DISTINTOS TIPOS DE AMBIENTES DE LOS OCHO PARENTALES, DESDE DESIERTOS A SELVAS TROPICALES, DESDE EL NIVEL DEL MAR A 1500 M DE ALTURA Y DESDE EL ECUADOR AL NORTE DE MEXICO. ELLO POSIBILITARA LA DETECCION Y MAPEO DE GENES IMPLICADOS EN LA TOLERANCIA Y ADAPTACION A ESTRESES ABIOTICOS Y AYUDARA A DESARROLLAR MATERIALES PARA HACER FRENTE AL CAMBIO CLIMATICO. AUNQUE SE DISPONE DE DATOS PREVIOS DE FENOTIPADO DE LOS PARENTALES, SE LLEVARA A CABO, COMO SEGUNDO OBJETIVO DEL PROYECTO, UN FENOTIPADO MINUCIOSO DE ESTOS, INCLUYENDO RESISTENCIAS A VIRUS, BACTERIAS Y HONGOS, QUE SERVIRA PARA DETERMINAR LOS CARACTERES A FENOTIPAR EN LA POBLACION QUE SE VA A DESARROLLAR. FINALMENTE, LOS OCHOS GENOTIPOS FUNDACIONALES SERAN SECUENCIADOS Y ALINEADOS CON EL GENOMA DE REFERENCIA, LO QUE PERMITIRA LA LOCALIZACION DE MILES DE SNPS QUE SERVIRAN PARA LA CARTOGRAFIA DE ALTA RESOLUCION DE QTLS IMPLICADOS EN LOS CARACTERES DE INTERES, ASI COMO PARA REALIZAR ESTUDIOS COMPARATIVOS DE SU GENOMA. EL FENOTIPADO Y GENOTIPADO DE LA POBLACION RESULTANTE SERA OBJETO DE OTRO PROYECTO POSTERIOR, YA QUE EL DESARROLLO DE LA POBLACION SEGREGANTE AQUI Y EL GENOTIPADO DE LOS PARENTALES SE CONSIDERA SUFICIENTE TRABAJO PARA ESTE PROYECTO. (Spanish)
0 references
DURING THE PROCESS OF DOMESTICATION OF TOMATO OCCURRED AN IMPORTANT LOSS OF GENETIC VARIABILITY, WHICH CAUSED A VERY REMARKABLE NARROWING OF THE GENETIC BASE. RECENT STUDIES ON DOMESTICATION CARRIED OUT BY THIS RESEARCH TEAM USING GENOTYPING WITH THOUSANDS OF MARKERS HAVE MADE IT POSSIBLE TO DEEPEN THIS PROCESS. IN THESE STUDIES IT HAS BEEN SHOWN THAT DOMESTICATION TOOK PLACE IN TWO PHASES, ONE IN SOUTH AMERICA AND THE OTHER LATER IN MESOAMERICA. THE LOSS OF VARIABILITY OCCURRED DURING THE PASSAGE FROM SOUTH AMERICA TO MESOAMERICA SO THAT S. LYCOPERSICUM STILL RETAINS A VARIABILITY COMPARABLE TO THAT OF A WILD SPECIES IN THE ANDEAN AREA. THIS PROJECT AIMS TO RECOVER SOME OF THIS PREVIOUSLY UNKNOWN LOST VARIABILITY THAT HAS NOT BEEN WIDELY USED IN TOMATO IMPROVEMENT. WE PROPOSE THE CONSTRUCTION OF A POPULATION GENERATED FROM EIGHT PARENTS, WHICH REPRESENT THIS LOST ANDEAN VARIABILITY, FOUR OF THEM FROM THE VARIETY CERASIFORME S. LYCOPERSICUM AND FOUR FROM THE WILD SPECIES, S. PIMPINELLIFOLIUM. THE DEVELOPMENT OF THE POPULATION CONSISTS OF A SERIES OF GENERATIONS OF INTERCROSSING FOLLOWED BY SUCCESSIVE SELF-FERTILISATIONS IN ORDER TO FIX THE OBTAINED MATERIALS. THESE POPULATIONS ARE THE MOST IDEAL FOR THE FINE MAPPING OF GENES AND QTLS, WITH SEVERAL GENERATIONS OF INTERCROSSING THAT FACILITATE THE OCCURRENCE OF MULTIPLE CROSSOVERS. IN TOMATO THERE IS ALREADY A POPULATION OF THESE CHARACTERISTICS, BUT THE PARENTS OF DEPARTURE, ALL OF THEM OF THE CULTIVATED SPECIES S. LYCOPERSICUM, ARE VERY DIFFERENT MORPHOLOGICALLY AND MOLECULARLY TO THOSE CHOSEN FOR THIS PROJECT, ACCORDING TO THE MORPHOLOGICAL CHARACTERISATIONS AND THE GENOPTIPADO MADE WITH 7000 SNPS AND MORE THAN 1000 ENTRIES, AND DO NOT COLLECT ALL THE VARIBILITY EXISTING IN THESE SPECIES. THE PARENTS SELECTED IN THIS PROJECT INCLUDE A GREAT MORPHOLOGIC, GENETIC AND ECOLOGICAL VARIABILITY, FINDING CULTIVATED, SEMI-DOMESTICATED AND WILD ENTRANCES. THIS POPULATION WILL SERVE FOR THE MAPPING OF GENES INVOLVED IN MULTIPLE VEGETATIVE, FLOWERING AND FRUIT CHARACTERS FOR WHICH THERE IS A HIGH VARIATION IN THE EIGHT PARENTS SELECTED. ANOTHER FEATURE OF HIGH INTEREST IS THE ADAPTATION TO DIFFERENT TYPES OF ENVIRONMENTS OF THE EIGHT PARENTS, FROM DESERTS TO RAINFORESTS, FROM SEA LEVEL TO 1500 M HIGH AND FROM ECUADOR TO THE NORTH OF MEXICO. THIS WILL ENABLE THE DETECTION AND MAPPING OF GENES INVOLVED IN TOLERANCE AND ADAPTATION TO ABIOTIC STRESS AND HELP DEVELOP MATERIALS TO COPE WITH CLIMATIC CHANGE. ALTHOUGH PREVIOUS DATA ON PHENOTYPING OF PARENTS ARE AVAILABLE, A DETAILED PHENOTYPING OF THESE, INCLUDING RESISTANCE TO VIRUSES, BACTERIA AND FUNGI, WILL BE CARRIED OUT AS A SECOND OBJECTIVE OF THE PROJECT, WHICH WILL SERVE TO DETERMINE THE CHARACTERS TO BE PHENOTYPED IN THE POPULATION TO BE DEVELOPED. FINALLY, THE EIGHT FOUNDING GENOTYPES WILL BE SEQUENCED AND ALIGNED WITH THE REFERENCE GENOME, WHICH WILL ALLOW THE LOCATION OF THOUSANDS OF SNPS THAT WILL SERVE FOR THE HIGH RESOLUTION MAPPING OF QTLS INVOLVED IN THE CHARACTERS OF INTEREST, AS WELL AS TO CARRY OUT COMPARATIVE STUDIES OF THEIR GENOME. THE PHENOTYPING AND GENOTYPING OF THE RESULTING POPULATION WILL BE THE SUBJECT OF ANOTHER SUBSEQUENT PROJECT, SINCE THE DEVELOPMENT OF THE SEGREGATING POPULATION HERE AND THE GENOTYPING OF PARENTS IS CONSIDERED SUFFICIENT WORK FOR THIS PROJECT. (English)
12 October 2021
0.0901223846118582
0 references
AU COURS DU PROCESSUS DE DOMESTICATION DE LA TOMATE S’EST PRODUITE UNE IMPORTANTE PERTE DE VARIABILITÉ GÉNÉTIQUE, CE QUI A CAUSÉ UN RÉTRÉCISSEMENT TRÈS REMARQUABLE DE LA BASE GÉNÉTIQUE. DES ÉTUDES RÉCENTES SUR LA DOMESTICATION MENÉES PAR CETTE ÉQUIPE DE RECHERCHE UTILISANT LE GÉNOTYPAGE AVEC DES MILLIERS DE MARQUEURS ONT PERMIS D’APPROFONDIR CE PROCESSUS. DANS CES ÉTUDES, IL A ÉTÉ DÉMONTRÉ QUE LA DOMESTICATION A EU LIEU EN DEUX PHASES, L’UNE EN AMÉRIQUE DU SUD ET L’AUTRE PLUS TARD EN MÉSO-AMÉRIQUE. LA PERTE DE VARIABILITÉ S’EST PRODUITE AU COURS DU PASSAGE DE L’AMÉRIQUE DU SUD À LA MÉSO-AMÉRIQUE, DE SORTE QUE S. LYCOPERSICUM CONSERVE ENCORE UNE VARIABILITÉ COMPARABLE À CELLE D’UNE ESPÈCE SAUVAGE DANS LA RÉGION ANDINE. CE PROJET VISE À RÉCUPÉRER UNE PARTIE DE CETTE VARIABILITÉ PERDUE JUSQUE-LÀ INCONNUE QUI N’A PAS ÉTÉ LARGEMENT UTILISÉE DANS L’AMÉLIORATION DE LA TOMATE. NOUS PROPOSONS LA CONSTRUCTION D’UNE POPULATION GÉNÉRÉE PAR HUIT PARENTS, QUI REPRÉSENTENT CETTE VARIABILITÉ ANDINE PERDUE, DONT QUATRE DE LA VARIÉTÉ CERASIFORME S. LYCOPERSICUM ET QUATRE DE L’ESPÈCE SAUVAGE, S. PIMPINELLIFOLIUM. LE DÉVELOPPEMENT DE LA POPULATION CONSISTE EN UNE SÉRIE DE GÉNÉRATIONS D’INTERCROISEMENT SUIVIE D’AUTOFERTILISATIONS SUCCESSIVES AFIN DE FIXER LES MATÉRIAUX OBTENUS. CES POPULATIONS SONT LES PLUS IDÉALES POUR LA CARTOGRAPHIE FINE DES GÈNES ET DES QTL, AVEC PLUSIEURS GÉNÉRATIONS DE CROISEMENTS QUI FACILITENT L’APPARITION DE CROISEMENTS MULTIPLES. CHEZ LA TOMATE, IL Y A DÉJÀ UNE POPULATION DE CES CARACTÉRISTIQUES, MAIS LES PARENTS DE DÉPART, TOUS DE L’ESPÈCE CULTIVÉE S. LYCOPERSICUM, SONT TRÈS DIFFÉRENTS SUR LE PLAN MORPHOLOGIQUE ET MOLÉCULAIRE DE CEUX CHOISIS POUR CE PROJET, SELON LES CARACTÉRISATIONS MORPHOLOGIQUES ET LE GENOPTIPADO AVEC 7000 SNP ET PLUS DE 1000 ENTRÉES, ET NE RECUEILLENT PAS TOUTE LA VARIBILITÉ EXISTANT CHEZ CES ESPÈCES. LES PARENTS SÉLECTIONNÉS DANS LE CADRE DE CE PROJET COMPRENNENT UNE GRANDE VARIABILITÉ MORPHOLOGIQUE, GÉNÉTIQUE ET ÉCOLOGIQUE, ET TROUVENT DES ENTRÉES CULTIVÉES, SEMI-DOMESTIQUES ET SAUVAGES. CETTE POPULATION SERVIRA À LA CARTOGRAPHIE DES GÈNES IMPLIQUÉS DANS DE MULTIPLES CARACTÈRES VÉGÉTATIFS, FLORIFÈRES ET FRUITIERS POUR LESQUELS IL EXISTE UNE FORTE VARIATION CHEZ LES HUIT PARENTS SÉLECTIONNÉS. UNE AUTRE CARACTÉRISTIQUE TRÈS INTÉRESSANTE EST L’ADAPTATION AUX DIFFÉRENTS TYPES D’ENVIRONNEMENTS DES HUIT PARENTS, DES DÉSERTS AUX FORÊTS TROPICALES, DU NIVEAU DE LA MER À 1500 M DE HAUT ET DE L’ÉQUATEUR AU NORD DU MEXIQUE. CELA PERMETTRA DE DÉTECTER ET DE CARTOGRAPHIER LES GÈNES IMPLIQUÉS DANS LA TOLÉRANCE ET L’ADAPTATION AU STRESS ABIOTIQUE ET DE CONTRIBUER À LA MISE AU POINT DE MATÉRIAUX POUR FAIRE FACE AUX CHANGEMENTS CLIMATIQUES. BIEN QUE DES DONNÉES ANTÉRIEURES SUR LE PHÉNOTYPAGE DES PARENTS SOIENT DISPONIBLES, UN PHÉNOTYPAGE DÉTAILLÉ DE CEUX-CI, Y COMPRIS LA RÉSISTANCE AUX VIRUS, AUX BACTÉRIES ET AUX CHAMPIGNONS, SERA RÉALISÉ COMME DEUXIÈME OBJECTIF DU PROJET, QUI SERVIRA À DÉTERMINER LES CARACTÈRES À PHÉNOTYPER DANS LA POPULATION À DÉVELOPPER. ENFIN, LES HUIT GÉNOTYPES FONDATEURS SERONT SÉQUENCÉS ET ALIGNÉS AVEC LE GÉNOME DE RÉFÉRENCE, CE QUI PERMETTRA DE LOCALISER DES MILLIERS DE SNP QUI SERVIRONT À LA CARTOGRAPHIE À HAUTE RÉSOLUTION DES QTL IMPLIQUÉS DANS LES CARACTÈRES D’INTÉRÊT, AINSI QUE D’EFFECTUER DES ÉTUDES COMPARATIVES DE LEUR GÉNOME. LE PHÉNOTYPAGE ET LE GÉNOTYPAGE DE LA POPULATION RÉSULTANTE FERONT L’OBJET D’UN AUTRE PROJET ULTÉRIEUR, PUISQUE LE DÉVELOPPEMENT DE LA POPULATION SÉGRÉGANTE ICI ET LE GÉNOTYPAGE DES PARENTS SONT CONSIDÉRÉS COMME SUFFISANTS POUR CE PROJET. (French)
2 December 2021
0 references
WÄHREND DES PROZESSES DER DOMESTIZIERUNG DER TOMATE TRAT EIN WICHTIGER VERLUST DER GENETISCHEN VARIABILITÄT AUF, WAS ZU EINER SEHR BEMERKENSWERTEN VERENGUNG DER GENETISCHEN BASIS FÜHRTE. JÜNGSTE STUDIEN ZUR DOMESTIZIERUNG DURCH DIESES FORSCHERTEAM UNTER VERWENDUNG VON GENOTYPISIERUNG MIT TAUSENDEN VON MARKERN HABEN ES MÖGLICH GEMACHT, DIESEN PROZESS ZU VERTIEFEN. IN DIESEN STUDIEN WURDE GEZEIGT, DASS DIE DOMESTIZATION IN ZWEI PHASEN STATTFAND, EINE IN SÜDAMERIKA UND DIE ANDERE SPÄTER IN MESOAMERICA. DER VERLUST DER VARIABILITÄT EREIGNETE SICH WÄHREND DES ÜBERGANGS VON SÜDAMERIKA NACH MESOAMERICA, SO DASS S. LYCOPERSICUM IMMER NOCH EINE VARIABILITÄT BEHÄLT, DIE MIT DER EINER WILDEN SPEZIES IM ANDENGEBIET VERGLEICHBAR IST. DIESES PROJEKT ZIELT DARAUF AB, EINIGE DIESER BISHER UNBEKANNTEN VERLORENEN VARIABILITÄT WIEDERZUGEWINNEN, DIE BEI DER TOMATENVERBESSERUNG NICHT WEIT VERBREITET IST. WIR SCHLAGEN DEN BAU EINER POPULATION VON ACHT ELTERN VOR, DIE DIESE VERLORENE ANDENVARIABILITÄT DARSTELLEN, VIER VON IHNEN AUS DER SORTE CERASIFORME S. LYCOPERSICUM UND VIER VON DEN WILDEN ARTEN, S. PIMPINELLIFOLIUM. DIE ENTWICKLUNG DER BEVÖLKERUNG BESTEHT AUS EINER REIHE VON GENERATIONEN VON INTERCROSSING, GEFOLGT VON AUFEINANDER FOLGENDEN SELBSTDÜNGUNGEN, UM DIE GEWONNENEN MATERIALIEN ZU FIXIEREN. DIESE POPULATIONEN SIND DIE IDEALSTEN FÜR DIE FEINE KARTIERUNG VON GENEN UND QTLS, MIT MEHREREN GENERATIONEN VON INTERCROSSING, DIE DAS AUFTRETEN MEHRERER CROSSOVERS ERLEICHTERN. IN TOMATE GIBT ES BEREITS EINE POPULATION DIESER MERKMALE, ABER DIE ELTERN DES ABGANGS, ALLE VON DEN KULTIVIERTEN ARTEN S. LYCOPERSICUM, UNTERSCHEIDEN SICH MORPHOLOGISCH UND MOLEKULAR SEHR STARK VON DENEN, DIE FÜR DIESES PROJEKT AUSGEWÄHLT WURDEN, NACH DEN MORPHOLOGISCHEN CHARAKTERISIERUNGEN UND DEN GENOPTIPADO, DIE MIT 7000 SNPS UND MEHR ALS 1000 EINTRÄGEN HERGESTELLT WURDEN, UND SAMMELN NICHT ALLE VARIABILITÄT DIESER ARTEN. DIE IN DIESEM PROJEKT AUSGEWÄHLTEN ELTERN UMFASSEN EINE GROSSE MORPHOLOGIE, GENETISCHE UND ÖKOLOGISCHE VARIABILITÄT, DIE SUCHE NACH KULTIVIERTEN, SEMI-DOMESTISCHEN UND WILDEN EINGÄNGEN. DIESE POPULATION DIENT DER KARTIERUNG VON GENEN, DIE AN MEHREREN VEGETATIVEN, BLÜHENDEN UND FRUCHTCHARAKTEREN BETEILIGT SIND, FÜR DIE ES BEI DEN ACHT AUSGEWÄHLTEN ELTERN EINE HOHE VARIATION GIBT. EIN WEITERES MERKMAL VON GROSSEM INTERESSE IST DIE ANPASSUNG AN VERSCHIEDENE ARTEN VON UMGEBUNGEN DER ACHT ELTERN, VON WÜSTEN ZU REGENWÄLDERN, VOM MEERESSPIEGEL BIS 1500 M HOCH UND VON ECUADOR BIS ZUM NORDEN MEXIKOS. DIES ERMÖGLICHT DIE ERKENNUNG UND KARTIERUNG VON GENEN, DIE AN TOLERANZ UND ANPASSUNG AN ABIOTISCHE BELASTUNGEN BETEILIGT SIND, UND ZUR ENTWICKLUNG VON MATERIALIEN ZUR BEWÄLTIGUNG DES KLIMAWANDELS. OBWOHL FRÜHERE DATEN ÜBER DIE PHÄNOTYPISIERUNG DER ELTERN VORLIEGEN, WIRD ALS ZWEITES ZIEL DES PROJEKTS EINE DETAILLIERTE PHÄNOTYPISIERUNG DIESER PHÄNOMENE, EINSCHLIESSLICH RESISTENZ GEGEN VIREN, BAKTERIEN UND PILZE, DURCHGEFÜHRT, DIE DAZU DIENEN WIRD, DIE CHARAKTERE ZU BESTIMMEN, DIE IN DER ZU ENTWICKELNDEN BEVÖLKERUNG PHÄNOTYPISIERT WERDEN SOLLEN. SCHLIESSLICH WERDEN DIE ACHT GRÜNDUNGSGENOTYPEN SEQUENZIERT UND AUF DAS REFERENZGENOM ABGESTIMMT, DAS DEN STANDORT VON TAUSENDEN VON SNPS ERMÖGLICHT, DIE FÜR DIE HOCHAUFLÖSENDE KARTIERUNG VON QTLS DIENEN, DIE AN DEN CHARAKTEREN VON INTERESSE BETEILIGT SIND, SOWIE VERGLEICHENDE UNTERSUCHUNGEN IHRES GENOMS DURCHZUFÜHREN. DIE PHÄNOTYPISIERUNG UND GENOTYPISIERUNG DER RESULTIERENDEN BEVÖLKERUNG WIRD GEGENSTAND EINES WEITEREN WEITEREN PROJEKTS SEIN, DA DIE ENTWICKLUNG DER SEGREGIERENDEN BEVÖLKERUNG HIER UND DIE GENOTYPISIERUNG DER ELTERN ALS AUSREICHEND ARBEIT FÜR DIESES PROJEKT BETRACHTET WERDEN. (German)
9 December 2021
0 references
TIJDENS HET PROCES VAN DOMESTICATIE VAN TOMAAT TRAD EEN BELANGRIJK VERLIES VAN GENETISCHE VARIABILITEIT, WAT EEN ZEER OPMERKELIJKE VERNAUWING VAN DE GENETISCHE BASIS VEROORZAAKTE. RECENTE STUDIES OVER DOMESTICATIE UITGEVOERD DOOR DIT ONDERZOEKSTEAM MET BEHULP VAN GENOTYPING MET DUIZENDEN MARKERS HEBBEN HET MOGELIJK GEMAAKT OM DIT PROCES TE VERDIEPEN. IN DEZE STUDIES IS AANGETOOND DAT DOMESTICATIE PLAATSVOND IN TWEE FASEN, EEN IN ZUID-AMERIKA EN DE ANDERE LATER IN MESOAMERICA. HET VERLIES VAN VARIABILITEIT VOND PLAATS TIJDENS DE PASSAGE VAN ZUID-AMERIKA NAAR MESOAMERICA, ZODAT S. LYCOPERSICUM NOG STEEDS EEN VARIABILITEIT BEHOUDT DIE VERGELIJKBAAR IS MET DIE VAN EEN WILDE SOORT IN HET ANDESGEBIED. DIT PROJECT IS BEDOELD OM EEN DEEL VAN DEZE VOORHEEN ONBEKENDE VERLOREN VARIABILITEIT DIE NIET OP GROTE SCHAAL IS GEBRUIKT IN TOMATENVERBETERING TE HERSTELLEN. WE STELLEN DE BOUW VAN EEN POPULATIE VAN ACHT OUDERS, DIE DEZE VERLOREN ANDES VARIABILITEIT VERTEGENWOORDIGEN, VIER VAN HEN VAN DE VARIËTEIT CERASIFORME S. LYCOPERSICUM EN VIER VAN DE WILDE SOORT, S. PIMPINELLIFOLIUM. DE ONTWIKKELING VAN DE BEVOLKING BESTAAT UIT EEN REEKS GENERATIES VAN INTERCROSSING GEVOLGD DOOR OPEENVOLGENDE ZELF-BEMESTINGEN OM DE VERKREGEN MATERIALEN VAST TE STELLEN. DEZE POPULATIES ZIJN HET MEEST IDEAAL VOOR HET FIJN IN KAART BRENGEN VAN GENEN EN QTL’S, MET VERSCHILLENDE GENERATIES VAN INTERCROSSING DIE HET VOORKOMEN VAN MEERDERE CROSSOVERS VERGEMAKKELIJKEN. IN TOMAAT IS ER AL EEN POPULATIE VAN DEZE KENMERKEN, MAAR DE OUDERS VAN VERTREK, ALLEMAAL VAN DE GEKWEEKTE SOORT S. LYCOPERSICUM, ZIJN ZEER VERSCHILLEND MORFOLOGISCH EN MOLECULAIRE VAN DEGENEN DIE VOOR DIT PROJECT, VOLGENS DE MORFOLOGISCHE KARAKTERISERINGEN EN DE GENOPTIPADO GEMAAKT MET 7000 SNP’S EN MEER DAN 1000 INGANGEN, EN VERZAMELEN NIET ALLE VARIABILITEIT BESTAANDE IN DEZE SOORTEN. DE IN DIT PROJECT GESELECTEERDE OUDERS OMVATTEN EEN GROTE MORFOLOGISCHE, GENETISCHE EN ECOLOGISCHE VARIABILITEIT, HET VINDEN VAN GEKWEEKTE, SEMI-GEDOMESTICEERDE EN WILDE INGANGEN. DEZE POPULATIE ZAL DIENEN VOOR HET IN KAART BRENGEN VAN GENEN DIE BETROKKEN ZIJN BIJ MEERDERE VEGETATIEVE, BLOEIENDE EN FRUITKARAKTERS WAARVOOR ER EEN GROTE VARIATIE IS IN DE ACHT GESELECTEERDE OUDERS. EEN ANDER KENMERK VAN GROOT BELANG IS DE AANPASSING AAN VERSCHILLENDE SOORTEN OMGEVINGEN VAN DE ACHT OUDERS, VAN WOESTIJNEN TOT REGENWOUDEN, VAN ZEENIVEAU TOT 1500 M HOOG EN VAN ECUADOR TOT HET NOORDEN VAN MEXICO. DIT ZAL DE DETECTIE EN HET IN KAART BRENGEN VAN GENEN DIE BETROKKEN ZIJN BIJ TOLERANTIE EN AANPASSING AAN ABIOTISCHE STRESS MOGELIJK MAKEN EN BIJDRAGEN AAN DE ONTWIKKELING VAN MATERIALEN OM DE KLIMAATVERANDERING HET HOOFD TE BIEDEN. HOEWEL EERDERE GEGEVENS OVER FENOTYPING VAN OUDERS BESCHIKBAAR ZIJN, ZAL EEN GEDETAILLEERDE FENOTYPING HIERVAN, WAARONDER RESISTENTIE TEGEN VIRUSSEN, BACTERIËN EN SCHIMMELS, WORDEN UITGEVOERD ALS EEN TWEEDE DOELSTELLING VAN HET PROJECT, DAT ZAL DIENEN OM DE TEKENS TE BEPALEN DIE IN DE TE ONTWIKKELEN POPULATIE FENOTYPEREN. TEN SLOTTE ZULLEN DE ACHT STICHTENDE GENOTYPES WORDEN GERANGSCHIKT EN UITGELIJND MET HET REFERENTIEGENOOM, DAT DE LOCATIE VAN DUIZENDEN SNP’S DIE ZULLEN DIENEN VOOR DE HOGE RESOLUTIETOEWIJZING VAN QTL’S DIE BETROKKEN ZIJN BIJ DE KARAKTERS VAN BELANG, EVENALS VERGELIJKENDE STUDIES VAN HUN GENOOM ZAL TOESTAAN. DE FENOTYPING EN GENOTYPERING VAN DE RESULTERENDE POPULATIE ZAL HET ONDERWERP ZIJN VAN EEN ANDER VOLGEND PROJECT, AANGEZIEN DE ONTWIKKELING VAN DE SEGREGERENDE BEVOLKING HIER EN DE GENOTYPERING VAN OUDERS ALS VOLDOENDE WERK VOOR DIT PROJECT WORDT BESCHOUWD. (Dutch)
17 December 2021
0 references
DURANTE IL PROCESSO DI ADDOMESTICAMENTO DEL POMODORO SI È VERIFICATA UN'IMPORTANTE PERDITA DI VARIABILITÀ GENETICA, CHE HA CAUSATO UN NOTEVOLE RESTRINGIMENTO DELLA BASE GENETICA. RECENTI STUDI SULL'ADDOMESTICAMENTO CONDOTTI DA QUESTO TEAM DI RICERCA UTILIZZANDO LA GENOTIPIZZAZIONE CON MIGLIAIA DI MARCATORI HANNO PERMESSO DI APPROFONDIRE QUESTO PROCESSO. IN QUESTI STUDI È STATO DIMOSTRATO CHE L'ADDOMESTICAMENTO HA AVUTO LUOGO IN DUE FASI, UNA IN SUD AMERICA E L'ALTRA IN MESOAMERICA. LA PERDITA DI VARIABILITÀ SI È VERIFICATA DURANTE IL PASSAGGIO DAL SUD AMERICA ALLA MESOAMERICA IN MODO CHE S. LYCOPERSICUM CONSERVA ANCORA UNA VARIABILITÀ PARAGONABILE A QUELLA DI UNA SPECIE SELVATICA NELL'AREA ANDINA. QUESTO PROGETTO MIRA A RECUPERARE ALCUNE DI QUESTA VARIABILITÀ PERDUTA PRECEDENTEMENTE SCONOSCIUTA CHE NON È STATA AMPIAMENTE UTILIZZATA NEL MIGLIORAMENTO DEL POMODORO. PROPONIAMO LA COSTRUZIONE DI UNA POPOLAZIONE GENERATA DA OTTO GENITORI, CHE RAPPRESENTANO QUESTA VARIABILITÀ ANDINA PERDUTA, QUATTRO DEI QUALI DALLA VARIETÀ CERASIFORME S. LYCOPERSICUM E QUATTRO DALLA SPECIE SELVATICA, S. PIMPINELLIFOLIUM. LO SVILUPPO DELLA POPOLAZIONE CONSISTE IN UNA SERIE DI GENERAZIONI DI INTERCROSSING SEGUITE DA SUCCESSIVE AUTOFERTILIZZAZIONI PER FISSARE I MATERIALI OTTENUTI. QUESTE POPOLAZIONI SONO LE PIÙ IDEALI PER LA MAPPATURA FINE DI GENI E QTL, CON DIVERSE GENERAZIONI DI INTERCROSSING CHE FACILITANO IL VERIFICARSI DI CROSSOVER MULTIPLI. NEL POMODORO ESISTE GIÀ UNA POPOLAZIONE DI QUESTE CARATTERISTICHE, MA I GENITORI DI PARTENZA, TUTTI DELLA SPECIE COLTIVATA S. LYCOPERSICUM, SONO MOLTO DIVERSI DAL PUNTO DI VISTA MORFOLOGICO E MOLECOLARE RISPETTO A QUELLI SCELTI PER QUESTO PROGETTO, SECONDO LE CARATTERIZZAZIONI MORFOLOGICHE E IL GENOPTIPADO REALIZZATI CON 7000 SNP E PIÙ DI 1000 VOCI, E NON RACCOLGONO TUTTA LA VARIABILITÀ ESISTENTE IN QUESTE SPECIE. I GENITORI SELEZIONATI IN QUESTO PROGETTO INCLUDONO UNA GRANDE VARIABILITÀ MORFOLOGICA, GENETICA ED ECOLOGICA, TROVANDO INGRESSI COLTIVATI, SEMI-ADDOMESTICATI E SELVAGGI. QUESTA POPOLAZIONE SERVIRÀ PER LA MAPPATURA DEI GENI COINVOLTI IN MOLTEPLICI CARATTERI VEGETATIVI, FIORITI E FRUTTATI PER I QUALI VI È UN'ELEVATA VARIAZIONE NEGLI OTTO GENITORI SELEZIONATI. UN'ALTRA CARATTERISTICA DI GRANDE INTERESSE È L'ADATTAMENTO A DIVERSI TIPI DI AMBIENTI DEGLI OTTO GENITORI, DAI DESERTI ALLE FORESTE PLUVIALI, DAL LIVELLO DEL MARE A 1500 M DI ALTEZZA E DALL'ECUADOR AL NORD DEL MESSICO. CIÒ CONSENTIRÀ DI INDIVIDUARE E MAPPARE I GENI COINVOLTI NELLA TOLLERANZA E NELL'ADATTAMENTO ALLO STRESS ABIOTICO E CONTRIBUIRÀ A SVILUPPARE MATERIALI PER FAR FRONTE AI CAMBIAMENTI CLIMATICI. SEBBENE SIANO DISPONIBILI DATI PRECEDENTI SULLA FENOTIPIZZAZIONE DEI GENITORI, UNA FENOTIPIZZAZIONE DETTAGLIATA DI QUESTI, COMPRESA LA RESISTENZA A VIRUS, BATTERI E FUNGHI, SARÀ EFFETTUATA COME SECONDO OBIETTIVO DEL PROGETTO, CHE SERVIRÀ A DETERMINARE I CARATTERI DA FENOTIPIZZARE NELLA POPOLAZIONE DA SVILUPPARE. INFINE, GLI OTTO GENOTIPI FONDATORI SARANNO SEQUENZIATI E ALLINEATI CON IL GENOMA DI RIFERIMENTO, CHE CONSENTIRÀ LA LOCALIZZAZIONE DI MIGLIAIA DI SNP CHE SERVIRANNO PER LA MAPPATURA AD ALTA RISOLUZIONE DEI QTL COINVOLTI NEI CARATTERI DI INTERESSE, NONCHÉ PER EFFETTUARE STUDI COMPARATIVI DEL LORO GENOMA. LA FENOTIPIZZAZIONE E LA GENOTIPIZZAZIONE DELLA POPOLAZIONE RISULTANTE SARANNO OGGETTO DI UN ALTRO PROGETTO SUCCESSIVO, POICHÉ LO SVILUPPO DELLA POPOLAZIONE SEGREGATA QUI E LA GENOTIPIZZAZIONE DEI GENITORI SONO CONSIDERATI UN LAVORO SUFFICIENTE PER QUESTO PROGETTO. (Italian)
16 January 2022
0 references
TOMATI KODUSTAMISE PROTSESSI KÄIGUS TOIMUS OLULINE GENEETILISE VARIEERUVUSE KADU, MIS PÕHJUSTAS GENEETILISE BAASI VÄGA MÄRKIMISVÄÄRSE AHENEMISE. HILJUTISED UURINGUD KODUSTAMISE KOHTA, MILLE VIIS LÄBI SEE UURIMISRÜHM, KASUTADES GENOTÜÜBI MÄÄRAMIST TUHANDETE MARKERITE ABIL, ON VÕIMALDANUD SEDA PROTSESSI SÜVENDADA. NENDES UURINGUTES ON TÕESTATUD, ET KODUSTAMINE TOIMUS KAHES ETAPIS, ÜKS LÕUNA-AMEERIKAS JA TEINE HILJEM MESOAMERICAS. VARIEERUVUS KADUS LÕUNA-AMEERIKAST MESOAMERICASSE, NII ET S. LYCOPERSICUM ON ENDISELT VARIEERUVUS, MIS ON VÕRRELDAV ANDIDE PIIRKONNA METSLOOMALIIGI OMAGA. SELLE PROJEKTI EESMÄRK ON TAASTADA OSA SELLEST VAREM TEADMATA KADUNUD VARIEERUVUSEST, MIDA EI OLE TOMATITE TÄIUSTAMISEL LAIALDASELT KASUTATUD. TEEME ETTEPANEKU EHITADA POPULATSIOONI, MIS ON LOODUD KAHEKSAST VANEMAST, KES ESINDAVAD SEDA KAOTATUD ANDIDE VARIEERUVUST, NEIST NELI SORDIST CERASIFORME S. LYCOPERSICUM JA NELI METSIKUST LIIGIST S. PIMPINELLIFOLIUM. ELANIKKONNA ARENG HÕLMAB MITMEID RISTUMISE PÕLVKONDI, MILLELE JÄRGNEVAD JÄRJESTIKUSED ISEVILJASTAMISED SAADUD MATERJALIDE KINNITAMISEKS. NEED POPULATSIOONID ON KÕIGE IDEAALSEMAD GEENIDE JA QTLIDE PEENEKS KAARDISTAMISEKS, KUSJUURES MITU PÕLVKONDA RISTUVAD, MIS HÕLBUSTAVAD MITME RISTAMISE ESINEMIST. TOMATIS ON JUBA NENDE OMADUSTEGA POPULATSIOON, KUID LÄHTEVANEMAD, KÕIK KASVATATAVATE LIIKIDE S. LÜCOPERSICUM VANEMAD, ERINEVAD MORFOLOOGILISELT JA MOLEKULAARSELT SELLE PROJEKTI JAOKS VALITUD LIIKIDEST VASTAVALT MORFOLOOGILISTELE ISELOOMUSTUSTELE JA GENOPTIPADOLE, MIS ON VALMISTATUD 7000 SNP-ST JA ROHKEM KUI 1000 KANDEST, NING NAD EI KOGU KOGU NENDE LIIKIDE VARIEERUVUST. SELLES PROJEKTIS VALITUD VANEMATE HULGAS ON SUUR MORFOLOOGILINE, GENEETILINE JA ÖKOLOOGILINE VARIEERUVUS, KASVATATAVATE, POOLKODUSTATUD JA METSIKUTE SISSEPÄÄSUDE LEIDMINE. SEE POPULATSIOON AITAB KAARDISTADA GEENE, MIS ON SEOTUD MITME VEGETATIIVSE, ÕITSEMISE JA PUUVILJA TÄHEMÄRGIGA, MILLE PUHUL KAHEKSA VALITUD VANEMA PUHUL ON SUURED ERINEVUSED. TEINE SUUR HUVI ON KOHANEMINE KAHEKSA VANEMA ERI TÜÜPI KESKKONDADEGA, KÕRBETEST VIHMAMETSADENI, MEREPINNAST 1500 M KÕRGUSENI JA ECUADORIST MEHHIKO PÕHJAOSANI. SEE VÕIMALDAB TUVASTADA JA KAARDISTADA SALLIVUSES JA ABIOOTILISE STRESSIGA KOHANEMISES OSALEVAID GEENE NING TÖÖTADA VÄLJA MATERJALE KLIIMAMUUTUSTEGA TOIMETULEKUKS. KUIGI VANEMATE FENOTÜÜBI MÄÄRAMISE KOHTA ON OLEMAS VARASEMAD ANDMED, VIIAKSE PROJEKTI TEISE EESMÄRGINA LÄBI NENDE ÜKSIKASJALIK FENOTÜÜP, SEALHULGAS RESISTENTSUS VIIRUSTE, BAKTERITE JA SEENTE SUHTES. PROJEKTI EESMÄRK ON MÄÄRATA KINDLAKS ARENDATAVAS POPULATSIOONIS FENOTÜÜBID. KAHEKSA ASUTAJAGENOTÜÜPI JÄRJESTATAKSE JA VIIAKSE VASTAVUSSE VIITEGENOOMIGA, MIS VÕIMALDAB MÄÄRATA TUHANDETE SNP-DE ASUKOHA, MIDA KASUTATAKSE HUVIPAKKUVATE OMADUSTEGA SEOTUD QTLIDE KÕRGE RESOLUTSIOONIGA KAARDISTAMISEKS NING NENDE GENOOMI VÕRDLEVATEKS UURINGUTEKS. TULEMUSEKS OLEVA ELANIKKONNA FENOTÜÜBI KINDLAKSMÄÄRAMIST JA GENOTÜÜBI MÄÄRAMIST KÄSITLETAKSE TEISES JÄRGMISES PROJEKTIS, KUNA ERALDAVA ELANIKKONNA ARENGUT SIIN JA VANEMATE GENOTÜÜBI MÄÄRAMIST PEETAKSE SELLE PROJEKTI JAOKS PIISAVAKS TÖÖKS. (Estonian)
4 August 2022
0 references
POMIDORŲ PRIJAUKINIMO METU ĮVYKO SVARBUS GENETINIO KINTAMUMO PRARADIMAS, DĖL KURIO LABAI SUMAŽĖJO GENETINĖ BAZĖ. NAUJAUSI ŠIOS MOKSLINIŲ TYRIMŲ GRUPĖS ATLIKTI TYRIMAI DĖL PRIJAUKINIMO NAUDOJANT GENOTIPĄ SU TŪKSTANČIAIS ŽYMENŲ LEIDO ŠĮ PROCESĄ PAGILINTI. ŠIUOSE TYRIMUOSE BUVO ĮRODYTA, KAD PRIJAUKINIMAS VYKO DVIEM ETAPAIS: VIENAS PIETŲ AMERIKOJE, O KITAS VĖLIAU MESOAMERICOJE. KINTAMUMAS PRARASTAS IŠ PIETŲ AMERIKOS Į MESOAMERICA, TODĖL S. LYCOPERSICUM VIS DAR IŠLIEKA KINTAMUMAS, PANAŠUS Į LAUKINIŲ RŪŠIŲ ANDŲ REGIONE. ŠIUO PROJEKTU SIEKIAMA SUSIGRĄŽINTI DALĮ ANKSČIAU NEŽINOMO PRARASTO KINTAMUMO, KURIS NEBUVO PLAČIAI NAUDOJAMAS POMIDORŲ TOBULINIMUI. SIŪLOME STATYTI AŠTUONIŲ TĖVŲ POPULIACIJĄ, KURI ATSPINDI ŠĮ PRARASTĄ ANDŲ KINTAMUMĄ, KETURI IŠ CERASIFORME S. LYCOPERSICUM VEISLĖS IR KETURIŲ LAUKINIŲ RŪŠIŲ, S. PIMPINELLIFOLIUM. POPULIACIJOS VYSTYMĄSI SUDARO KELIOS SANKRYŽOS KARTOS, PO KURIŲ PAEILIUI ATLIEKAMAS SAVAIMINIS APVAISINIMAS, SIEKIANT NUSTATYTI GAUTAS MEDŽIAGAS. ŠIOS POPULIACIJOS YRA LABIAUSIAI IDEALUS SMULKIAM GENŲ IR QTL KARTOGRAFAVIMUI, SU KELIOMIS KRYŽMINIMO KARTOMIS, KURIOS PALENGVINA KELIŲ KRYŽMINIŲ PERĖJIMŲ ATSIRADIMĄ. POMIDORUOSE JAU YRA ŠIŲ SAVYBIŲ POPULIACIJA, TAČIAU IŠVYKIMO TĖVAI, VISI JIE IŠ AUGINAMŲ RŪŠIŲ S. LYCOPERSICUM, LABAI SKIRIASI MORFOLOGINIU IR MOLEKULINIU POŽIŪRIU NUO PASIRINKTŲ ŠIAM PROJEKTUI, ATSIŽVELGIANT Į MORFOLOGINES CHARAKTERISTIKAS IR GENOPTIPADO PAGAMINTAS SU 7000 SNP IR DAUGIAU NEI 1000 ĮRAŠŲ, IR NERENKA VISŲ ŠIŲ RŪŠIŲ KINTAMUMO. ŠIAME PROJEKTE ATRINKTI TĖVAI PASIŽYMI DIDELIU MORFOLOGINIU, GENETINIU IR EKOLOGINIU KINTAMUMU, RANDANČIAIS KULTIVUOJAMUS, PUSIAU PRIJAUKINTUS IR LAUKINIUS ĮĖJIMUS. ŠI POPULIACIJA BUS NAUDOJAMA GENŲ, SUSIJUSIŲ SU KELIAIS VEGETATYVINIAIS, ŽYDĖJIMO IR VAISIŲ SIMBOLIAIS, KURIŲ AŠTUONIŲ PASIRINKTŲ TĖVŲ SKIRTUMAI YRA DIDELI, KARTOGRAFAVIMUI. KITAS DIDELIO SUSIDOMĖJIMO BRUOŽAS – AŠTUONIŲ TĖVŲ PRISITAIKYMAS PRIE ĮVAIRIŲ RŪŠIŲ APLINKOS – NUO DYKUMŲ IKI ATOGRĄŽŲ MIŠKŲ, NUO JŪROS LYGIO IKI 1500 M AUKŠČIO IR NUO EKVADORO IKI MEKSIKOS ŠIAURINĖS DALIES. TAI LEIS APTIKTI IR KARTOGRAFUOTI GENUS, SUSIJUSIUS SU TOLERANCIJA IR PRISITAIKYMU PRIE ABIOTINIO STRESO, IR PADĖS KURTI MEDŽIAGAS KLIMATO KAITOS POVEIKIUI. NORS YRA ANKSTESNIŲ DUOMENŲ APIE TĖVŲ FENOTIPAVIMĄ, IŠSAMUS JŲ FENOTIPAVIMAS, ĮSKAITANT ATSPARUMĄ VIRUSAMS, BAKTERIJOMS IR GRYBAMS, BUS ATLIEKAMAS KAIP ANTRASIS PROJEKTO TIKSLAS, KURIS PADĖS NUSTATYTI SIMBOLIUS, KURIE TURI BŪTI FENOTIPUOTI POPULIACIJOJE, KURI TURI BŪTI SUKURTA. GALIAUSIAI AŠTUONI STEIGIAMIEJI GENOTIPAI BUS SEKAMI IR SUDERINTI SU ETALONINIU GENOMU, KURIS LEIS NUSTATYTI TŪKSTANČIŲ SNP VIETĄ, KURI BUS NAUDOJAMA DIDELĖS SKIRIAMOSIOS GEBOS QTL, SUSIJUSIŲ SU DOMINANČIAIS SIMBOLIAIS, NUSTATYMUI, TAIP PAT ATLIKTI LYGINAMUOSIUS JŲ GENOMO TYRIMUS. POPULIACIJŲ FENOTIPAVIMAS IR GENOTIPAVIMAS BUS KITO VĖLESNIO PROJEKTO OBJEKTAS, NES ČIA SEGREGUOJANČIŲ GYVENTOJŲ VYSTYMASIS IR TĖVŲ GENOTIPAVIMAS YRA LAIKOMAS PAKANKAMU DARBU ŠIAM PROJEKTUI. (Lithuanian)
4 August 2022
0 references
TIJEKOM PROCESA PRIPITOMLJAVANJA RAJČICE DOGODIO SE VAŽAN GUBITAK GENETSKE VARIJABILNOSTI, ŠTO JE IZAZVALO VRLO IZVANREDNO SUŽAVANJE GENETSKE BAZE. NEDAVNE STUDIJE O PRIPITOMLJIVANJU KOJE JE PROVEO OVAJ ISTRAŽIVAČKI TIM KORISTEĆI GENOTIPIZACIJU S TISUĆAMA MARKERA OMOGUĆILE SU PRODUBLJIVANJE TOG PROCESA. U TIM JE ISPITIVANJIMA DOKAZANO DA SE PRIPITOMLJAVANJE ODVIJALO U DVIJE FAZE, JEDNA U JUŽNOJ AMERICI, A DRUGA U MEZOAMERICI. GUBITAK VARIJABILNOSTI DOGODIO SE TIJEKOM PRIJELAZA IZ JUŽNE AMERIKE U MESOAMERICU, TAKO DA S. LYCOPERSICUM I DALJE ZADRŽAVA VARIJABILNOST USPOREDIVU S ONOM DIVLJE VRSTE U ANDSKOM PODRUČJU. OVAJ PROJEKT IMA ZA CILJ OPORAVITI NEKE OD PRETHODNO NEPOZNATE IZGUBLJENE VARIJABILNOSTI KOJA SE NIJE ŠIROKO KORISTILA U POBOLJŠANJU RAJČICE. PREDLAŽEMO IZGRADNJU POPULACIJE GENERIRANE OD OSAM RODITELJA, KOJI PREDSTAVLJAJU OVU IZGUBLJENU ANDSKU VARIJABILNOST, ČETIRI OD NJIH IZ SORTE CERASIFORME S. LYCOPERSICUM I ČETIRI IZ DIVLJE VRSTE, S. PIMPINELLIFOLIUM. RAZVOJ POPULACIJE SASTOJI SE OD NIZA GENERACIJA MEĐUSOBNOG KRIŽANJA NAKON ČEGA SLIJEDE UZASTOPNE SAMOOPLODNJE KAKO BI SE POPRAVILI DOBIVENI MATERIJALI. OVE POPULACIJE SU NAJIDEALNIJE ZA FINO MAPIRANJE GENA I QTL-A, S NEKOLIKO GENERACIJA MEĐUKRIŽA KOJI OLAKŠAVAJU POJAVU VIŠESTRUKIH CROSSOVERA. U RAJČICI VEĆ POSTOJI POPULACIJA OVIH KARAKTERISTIKA, ALI RODITELJI ODLASKA, SVI ONI KULTIVIRANE VRSTE S. LYCOPERSICUM, VRLO SU RAZLIČITI MORFOLOŠKI I MOLEKULARNI OD ONIH ODABRANIH ZA OVAJ PROJEKT, PREMA MORFOLOŠKIM KARAKTERIZACIJAMA I GENOPTIPADO NAPRAVLJENOM SA 7000 SNP-OVA I VIŠE OD 1000 UNOSA, TE NE PRIKUPLJAJU SVU MOGUĆU VARIJABILNOST KOJA POSTOJI U TIM VRSTAMA. RODITELJI ODABRANI U OVOM PROJEKTU UKLJUČUJU VELIKU MORFOLOŠKE, GENETSKE I EKOLOŠKE VARIJABILNOSTI, PRONALAŽENJE KULTIVIRANIH, POLU-UDOMAĆENIH I DIVLJIH ULAZA. OVA POPULACIJA ĆE SLUŽITI ZA MAPIRANJE GENA UKLJUČENIH U VIŠE VEGETATIVNIH, CVJETNIH I VOĆNIH ZNAKOVA ZA KOJE POSTOJI VELIKA VARIJACIJA U OSAM ODABRANIH RODITELJA. JOŠ JEDNA ZNAČAJKA VELIKOG INTERESA JE PRILAGODBA NA RAZLIČITE VRSTE OKOLIŠA OSAM RODITELJA, OD PUSTINJA DO PRAŠUMA, OD RAZINE MORA DO VISINE 1500 M I OD EKVADORA DO SJEVERA MEKSIKA. TO ĆE OMOGUĆITI OTKRIVANJE I MAPIRANJE GENA UKLJUČENIH U TOLERANCIJU I PRILAGODBU ABIOTIČKOM STRESU TE POMOĆI U RAZVOJU MATERIJALA ZA SUOČAVANJE S KLIMATSKIM PROMJENAMA. IAKO SU DOSTUPNI PRETHODNI PODACI O FENOTIPIZACIJI RODITELJA, KAO DRUGI CILJ PROJEKTA PROVEST ĆE SE DETALJNA FENOTIPIZACIJA TIH PODATAKA, UKLJUČUJUĆI OTPORNOST NA VIRUSE, BAKTERIJE I GLJIVICE, KOJI ĆE POSLUŽITI ZA ODREĐIVANJE ZNAKOVA KOJI ĆE SE FENOTIPIZIRATI U POPULACIJI KOJU TREBA RAZVITI. KONAČNO, OSAM OSNIVAČKIH GENOTIPOVA BIT ĆE SEKVENCIRANO I USKLAĐENO S REFERENTNIM GENOMOM, ŠTO ĆE OMOGUĆITI LOKACIJU TISUĆA SNP-OVA KOJI ĆE SLUŽITI ZA MAPIRANJE QTL-OVA VISOKE RAZLUČIVOSTI UKLJUČENIH U ZNAKOVE INTERESA, KAO I ZA PROVOĐENJE KOMPARATIVNIH STUDIJA NJIHOVOG GENOMA. FENOTIPIZACIJA I GENOTIPIZACIJA POSLJEDIČNE POPULACIJE BIT ĆE PREDMET DRUGOG NAKNADNOG PROJEKTA, BUDUĆI DA SE RAZVOJ SEGREGIRAJUĆE POPULACIJE I GENOTIPIZACIJA RODITELJA SMATRA DOVOLJNIM ZA OVAJ PROJEKT. (Croatian)
4 August 2022
0 references
ΚΑΤΆ ΤΗ ΔΙΆΡΚΕΙΑ ΤΗΣ ΔΙΑΔΙΚΑΣΊΑΣ ΕΞΗΜΕΡΏΣΕΩΣ ΤΗΣ ΤΟΜΆΤΑΣ ΕΜΦΑΝΊΣΤΗΚΕ ΜΙΑ ΣΗΜΑΝΤΙΚΉ ΑΠΏΛΕΙΑ ΤΗΣ ΓΕΝΕΤΙΚΉΣ ΜΕΤΑΒΛΗΤΌΤΗΤΑΣ, Η ΟΠΟΊΑ ΠΡΟΚΆΛΕΣΕ ΜΙΑ ΠΟΛΎ ΑΞΙΟΣΗΜΕΊΩΤΗ ΣΤΈΝΩΣΗ ΤΗΣ ΓΕΝΕΤΙΚΉΣ ΒΆΣΗΣ. ΠΡΌΣΦΑΤΕΣ ΜΕΛΈΤΕΣ ΣΧΕΤΙΚΆ ΜΕ ΤΗΝ ΕΞΟΙΚΕΊΩΣΗ ΠΟΥ ΠΡΑΓΜΑΤΟΠΟΙΉΘΗΚΑΝ ΑΠΌ ΑΥΤΉ ΤΗΝ ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΉ ΟΜΆΔΑ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΏΝΤΑΣ ΓΟΝΟΤΥΠΙΚΉ ΑΝΆΛΥΣΗ ΜΕ ΧΙΛΙΆΔΕΣ ΔΕΊΚΤΕΣ ΈΧΟΥΝ ΚΑΤΑΣΤΉΣΕΙ ΔΥΝΑΤΉ ΤΗΝ ΕΜΒΆΘΥΝΣΗ ΑΥΤΉΣ ΤΗΣ ΔΙΑΔΙΚΑΣΊΑΣ. ΣΕ ΑΥΤΈΣ ΤΙΣ ΜΕΛΈΤΕΣ ΈΧΕΙ ΑΠΟΔΕΙΧΘΕΊ ΌΤΙ Η ΕΞΟΙΚΕΊΩΣΗ ΠΡΑΓΜΑΤΟΠΟΙΉΘΗΚΕ ΣΕ ΔΎΟ ΦΆΣΕΙΣ, Η ΜΊΑ ΣΤΗ ΝΌΤΙΑ ΑΜΕΡΙΚΉ ΚΑΙ Η ΆΛΛΗ ΑΡΓΌΤΕΡΑ ΣΤΗ ΜΕΣΟΑΜΕΡΙΚΉ. Η ΑΠΏΛΕΙΑ ΜΕΤΑΒΛΗΤΌΤΗΤΑΣ ΣΗΜΕΙΏΘΗΚΕ ΚΑΤΆ ΤΗ ΔΙΈΛΕΥΣΗ ΑΠΌ ΤΗ ΝΌΤΙΑ ΑΜΕΡΙΚΉ ΣΤΗ MESOAMERICA, ΈΤΣΙ ΏΣΤΕ ΤΟ S. LYCOPERSICUM ΝΑ ΔΙΑΤΗΡΕΊ ΑΚΌΜΗ ΜΙΑ ΜΕΤΑΒΛΗΤΌΤΗΤΑ ΣΥΓΚΡΊΣΙΜΗ ΜΕ ΕΚΕΊΝΗ ΕΝΌΣ ΆΓΡΙΟΥ ΕΊΔΟΥΣ ΣΤΗΝ ΠΕΡΙΟΧΉ ΤΩΝ ΆΝΔΕΩΝ. ΤΟ ΈΡΓΟ ΑΥΤΌ ΑΠΟΣΚΟΠΕΊ ΣΤΗΝ ΑΝΆΚΤΗΣΗ ΜΈΡΟΥΣ ΑΥΤΉΣ ΤΗΣ ΠΡΟΗΓΟΥΜΈΝΩΣ ΆΓΝΩΣΤΗΣ ΧΑΜΈΝΗΣ ΜΕΤΑΒΛΗΤΌΤΗΤΑΣ ΠΟΥ ΔΕΝ ΈΧΕΙ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΗΘΕΊ ΕΥΡΈΩΣ ΣΤΗ ΒΕΛΤΊΩΣΗ ΤΗΣ ΤΟΜΆΤΑΣ. ΠΡΟΤΕΊΝΟΥΜΕ ΤΗΝ ΚΑΤΑΣΚΕΥΉ ΕΝΌΣ ΠΛΗΘΥΣΜΟΎ ΠΟΥ ΠΑΡΆΓΕΤΑΙ ΑΠΌ ΟΚΤΏ ΓΟΝΕΊΣ, ΟΙ ΟΠΟΊΟΙ ΑΝΤΙΠΡΟΣΩΠΕΎΟΥΝ ΑΥΤΉ ΤΗΝ ΧΑΜΈΝΗ ΜΕΤΑΒΛΗΤΌΤΗΤΑ ΤΩΝ ΆΝΔΕΩΝ, ΤΈΣΣΕΡΙΣ ΑΠΌ ΑΥΤΟΎΣ ΑΠΌ ΤΗΝ ΠΟΙΚΙΛΊΑ CERASIFORME S. LYCOPERSICUM ΚΑΙ ΤΈΣΣΕΡΙΣ ΑΠΌ ΤΑ ΆΓΡΙΑ ΕΊΔΗ, S. PIMPINELLIFOLIUM. Η ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΤΟΥ ΠΛΗΘΥΣΜΟΎ ΑΠΟΤΕΛΕΊΤΑΙ ΑΠΌ ΜΙΑ ΣΕΙΡΆ ΓΕΝΕΏΝ ΔΙΑΣΤΑΥΡΏΣΕΩΝ, ΑΚΟΛΟΥΘΟΎΜΕΝΗΣ ΑΠΌ ΔΙΑΔΟΧΙΚΈΣ ΑΥΤΟΓΟΝΙΜΟΠΟΙΉΣΕΙΣ ΓΙΑ ΤΟΝ ΚΑΘΟΡΙΣΜΌ ΤΩΝ ΠΑΡΑΓΌΜΕΝΩΝ ΥΛΙΚΏΝ. ΑΥΤΟΊ ΟΙ ΠΛΗΘΥΣΜΟΊ ΕΊΝΑΙ ΟΙ ΠΙΟ ΙΔΑΝΙΚΟΊ ΓΙΑ ΤΗ ΛΕΠΤΉ ΧΑΡΤΟΓΡΆΦΗΣΗ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΚΑΙ QTL, ΜΕ ΑΡΚΕΤΈΣ ΓΕΝΙΈΣ ΔΙΑΣΤΑΥΡΏΣΕΩΝ ΠΟΥ ΔΙΕΥΚΟΛΎΝΟΥΝ ΤΗΝ ΕΜΦΆΝΙΣΗ ΠΟΛΛΑΠΛΏΝ ΔΙΑΣΤΑΥΡΏΣΕΩΝ. ΣΤΗΝ ΤΟΜΆΤΑ ΥΠΆΡΧΕΙ ΉΔΗ ΈΝΑΣ ΠΛΗΘΥΣΜΌΣ ΑΥΤΏΝ ΤΩΝ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΏΝ, ΑΛΛΆ ΟΙ ΓΟΝΕΊΣ ΑΝΑΧΏΡΗΣΗΣ, ΌΛΟΙ ΤΟΥΣ ΑΠΌ ΤΟ ΚΑΛΛΙΕΡΓΟΎΜΕΝΟ ΕΊΔΟΣ S. LYCOPERSICUM, ΕΊΝΑΙ ΠΟΛΎ ΔΙΑΦΟΡΕΤΙΚΟΊ ΜΟΡΦΟΛΟΓΙΚΆ ΚΑΙ ΜΟΡΙΑΚΆ ΑΠΌ ΕΚΕΊΝΟΥΣ ΠΟΥ ΕΠΙΛΈΧΘΗΚΑΝ ΓΙΑ ΤΟ ΈΡΓΟ ΑΥΤΌ, ΣΎΜΦΩΝΑ ΜΕ ΤΟΥΣ ΜΟΡΦΟΛΟΓΙΚΟΎΣ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΜΟΎΣ ΚΑΙ ΤΟ GENOPTIPADO ΠΟΥ ΓΊΝΕΤΑΙ ΜΕ 7000 SNP ΚΑΙ ΠΆΝΩ ΑΠΌ 1000 ΕΓΓΡΑΦΈΣ, ΚΑΙ ΔΕΝ ΣΥΛΛΈΓΟΥΝ ΌΛΕΣ ΤΙΣ ΔΙΑΦΟΡΈΣ ΠΟΥ ΥΠΆΡΧΟΥΝ ΣΕ ΑΥΤΆ ΤΑ ΕΊΔΗ. ΟΙ ΓΟΝΕΊΣ ΠΟΥ ΕΠΙΛΈΧΘΗΚΑΝ ΣΕ ΑΥΤΌ ΤΟ ΈΡΓΟ ΠΕΡΙΛΑΜΒΆΝΟΥΝ ΜΙΑ ΜΕΓΆΛΗ ΜΟΡΦΟΛΟΓΙΚΉ, ΓΕΝΕΤΙΚΉ ΚΑΙ ΟΙΚΟΛΟΓΙΚΉ ΜΕΤΑΒΛΗΤΌΤΗΤΑ, ΒΡΊΣΚΟΝΤΑΣ ΚΑΛΛΙΕΡΓΗΜΈΝΕΣ, ΗΜΙ-ΕΞΟΙΚΕΙΩΜΈΝΕΣ ΚΑΙ ΆΓΡΙΕΣ ΕΙΣΌΔΟΥΣ. ΑΥΤΌΣ Ο ΠΛΗΘΥΣΜΌΣ ΘΑ ΧΡΗΣΙΜΕΎΣΕΙ ΓΙΑ ΤΗ ΧΑΡΤΟΓΡΆΦΗΣΗ ΤΩΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΠΟΥ ΕΜΠΛΈΚΟΝΤΑΙ ΣΕ ΠΟΛΛΑΠΛΟΎΣ ΧΑΡΑΚΤΉΡΕΣ ΦΥΤΙΚΉΣ ΠΡΟΈΛΕΥΣΗΣ, ΑΝΘΟΦΟΡΊΑΣ ΚΑΙ ΦΡΟΎΤΩΝ ΓΙΑ ΤΟΥΣ ΟΠΟΊΟΥΣ ΥΠΆΡΧΕΙ ΜΕΓΆΛΗ ΠΟΙΚΙΛΊΑ ΣΤΟΥΣ ΟΚΤΏ ΕΠΙΛΕΓΈΝΤΕΣ ΓΟΝΕΊΣ. ΈΝΑ ΆΛΛΟ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΌ ΤΟΥ ΜΕΓΆΛΟΥ ΕΝΔΙΑΦΈΡΟΝΤΟΣ ΕΊΝΑΙ Η ΠΡΟΣΑΡΜΟΓΉ ΣΕ ΔΙΆΦΟΡΑ ΕΊΔΗ ΠΕΡΙΒΑΛΛΌΝΤΩΝ ΤΩΝ ΟΚΤΏ ΓΟΝΈΩΝ, ΑΠΌ ΤΙΣ ΕΡΉΜΟΥΣ ΈΩΣ ΤΑ ΤΡΟΠΙΚΆ ΔΆΣΗ, ΑΠΌ ΤΗΝ ΕΠΙΦΆΝΕΙΑ ΤΗΣ ΘΆΛΑΣΣΑΣ ΈΩΣ ΤΑ 1500 ΜΈΤΡΑ ΚΑΙ ΑΠΌ ΤΟΝ ΙΣΗΜΕΡΙΝΌ ΈΩΣ ΤΟ ΒΌΡΕΙΟ ΜΕΞΙΚΌ. ΑΥΤΌ ΘΑ ΕΠΙΤΡΈΨΕΙ ΤΗΝ ΑΝΊΧΝΕΥΣΗ ΚΑΙ ΤΗ ΧΑΡΤΟΓΡΆΦΗΣΗ ΤΩΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΠΟΥ ΕΜΠΛΈΚΟΝΤΑΙ ΣΤΗΝ ΑΝΟΧΉ ΚΑΙ ΤΗΝ ΠΡΟΣΑΡΜΟΓΉ ΣΤΟ ΑΒΙΟΤΙΚΌ ΣΤΡΕΣ ΚΑΙ ΘΑ ΒΟΗΘΉΣΕΙ ΣΤΗΝ ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΥΛΙΚΏΝ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΤΙΜΕΤΏΠΙΣΗ ΤΩΝ ΚΛΙΜΑΤΙΚΏΝ ΑΛΛΑΓΏΝ. ΠΑΡΆ ΤΟ ΓΕΓΟΝΌΣ ΌΤΙ ΥΠΆΡΧΟΥΝ ΠΡΟΗΓΟΎΜΕΝΑ ΔΕΔΟΜΈΝΑ ΣΧΕΤΙΚΆ ΜΕ ΤΗΝ ΦΑΙΝΟΤΥΠΟΠΟΊΗΣΗ ΤΩΝ ΓΟΝΈΩΝ, ΜΙΑ ΛΕΠΤΟΜΕΡΉΣ ΦΑΙΝΟΤΥΠΙΚΉ ΑΝΆΛΥΣΗ ΑΥΤΏΝ, ΣΥΜΠΕΡΙΛΑΜΒΑΝΟΜΈΝΗΣ ΤΗΣ ΑΝΘΕΚΤΙΚΌΤΗΤΑΣ ΣΕ ΙΟΎΣ, ΒΑΚΤΉΡΙΑ ΚΑΙ ΜΎΚΗΤΕΣ, ΘΑ ΠΡΑΓΜΑΤΟΠΟΙΗΘΕΊ ΩΣ ΔΕΎΤΕΡΟΣ ΣΤΌΧΟΣ ΤΟΥ ΈΡΓΟΥ, Ο ΟΠΟΊΟΣ ΘΑ ΧΡΗΣΙΜΕΎΣΕΙ ΓΙΑ ΤΟΝ ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΜΌ ΤΩΝ ΧΑΡΑΚΤΉΡΩΝ ΠΟΥ ΠΡΌΚΕΙΤΑΙ ΝΑ ΕΚΤΥΠΩΘΟΎΝ ΣΤΟΝ ΠΛΗΘΥΣΜΌ ΠΟΥ ΠΡΌΚΕΙΤΑΙ ΝΑ ΑΝΑΠΤΥΧΘΕΊ. ΤΈΛΟΣ, ΟΙ ΟΚΤΏ ΙΔΡΥΤΙΚΟΊ ΓΟΝΌΤΥΠΟΙ ΘΑ ΑΚΟΛΟΥΘΟΎΝΤΑΙ ΚΑΙ ΘΑ ΕΥΘΥΓΡΑΜΜΊΖΟΝΤΑΙ ΜΕ ΤΟ ΓΟΝΙΔΊΩΜΑ ΑΝΑΦΟΡΆΣ, ΤΟ ΟΠΟΊΟ ΘΑ ΕΠΙΤΡΈΨΕΙ ΤΗ ΘΈΣΗ ΧΙΛΙΆΔΩΝ SNP ΠΟΥ ΘΑ ΧΡΗΣΙΜΕΎΣΟΥΝ ΓΙΑ ΤΗ ΧΑΡΤΟΓΡΆΦΗΣΗ ΥΨΗΛΉΣ ΑΝΆΛΥΣΗΣ ΤΩΝ QTL ΠΟΥ ΕΜΠΛΈΚΟΝΤΑΙ ΣΤΟΥΣ ΧΑΡΑΚΤΉΡΕΣ ΕΝΔΙΑΦΈΡΟΝΤΟΣ, ΚΑΘΏΣ ΚΑΙ ΓΙΑ ΤΗ ΔΙΕΝΈΡΓΕΙΑ ΣΥΓΚΡΙΤΙΚΏΝ ΜΕΛΕΤΏΝ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΙΏΜΑΤΟΣ ΤΟΥΣ. Η ΦΑΙΝΟΤΥΠΙΚΉ ΚΑΙ ΓΟΝΟΤΥΠΙΚΉ ΑΝΆΛΥΣΗ ΤΟΥ ΠΡΟΚΎΠΤΟΝΤΟΣ ΠΛΗΘΥΣΜΟΎ ΘΑ ΑΠΟΤΕΛΈΣΕΙ ΑΝΤΙΚΕΊΜΕΝΟ ΕΝΌΣ ΆΛΛΟΥ ΕΠΑΚΌΛΟΥΘΟΥ ΈΡΓΟΥ, ΔΕΔΟΜΈΝΟΥ ΌΤΙ Η ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΤΟΥ ΔΙΑΧΩΡΙΣΤΙΚΟΎ ΠΛΗΘΥΣΜΟΎ ΕΔΏ ΚΑΙ Η ΓΟΝΟΤΥΠΙΚΉ ΑΝΆΛΥΣΗ ΤΩΝ ΓΟΝΈΩΝ ΘΕΩΡΕΊΤΑΙ ΕΠΑΡΚΉΣ ΕΡΓΑΣΊΑ ΓΙΑ ΤΟ ΈΡΓΟ ΑΥΤΌ. (Greek)
4 August 2022
0 references
POČAS PROCESU DOMESTIKÁCIE PARADAJOK DOŠLO K VÝZNAMNEJ STRATE GENETICKEJ VARIABILITY, KTORÁ SPÔSOBILA VEĽMI POZORUHODNÉ ZÚŽENIE GENETICKEJ ZÁKLADNE. NEDÁVNE ŠTÚDIE O DOMESTIKÁCII VYKONÁVANÉ TÝMTO VÝSKUMNÝM TÍMOM POMOCOU GENOTYPIZÁCIE S TISÍCKAMI MARKEROV UMOŽNILI PREHĹBIŤ TENTO PROCES. V TÝCHTO ŠTÚDIÁCH SA PREUKÁZALO, ŽE DOMESTIKÁCIA SA USKUTOČNILA V DVOCH FÁZACH, JEDNA V JUŽNEJ AMERIKE A DRUHÁ NESKÔR V MESOAMERICI. K STRATE VARIABILITY DOŠLO POČAS PRECHODU Z JUŽNEJ AMERIKY DO MESOAMERIKY, TAKŽE S. LYCOPERSICUM SI STÁLE ZACHOVÁVA VARIABILITU POROVNATEĽNÚ S VARIABILITOU VOĽNE ŽIJÚCICH DRUHOV V ANDSKEJ OBLASTI. CIEĽOM TOHTO PROJEKTU JE OBNOVIŤ NIEKTORÉ Z TÝCHTO PREDTÝM NEZNÁMYCH STRATENÝCH VARIÁCIÍ, KTORÉ SA PRI ZLEPŠOVANÍ PARADAJOK VO VEĽKEJ MIERE NEVYUŽÍVALI. NAVRHUJEME VÝSTAVBU POPULÁCIE VYTVORENEJ Z ÔSMICH RODIČOV, KTORÉ PREDSTAVUJÚ TÚTO STRATENÚ ANDSKÚ VARIABILITU, ŠTYRI Z NICH Z ODRODY CERASIFORME S. LYCOPERSICUM A ŠTYRI Z VOĽNE ŽIJÚCICH DRUHOV, S. PIMPINELLIFOLIUM. VÝVOJ POPULÁCIE POZOSTÁVA ZO SÉRIE GENERÁCIÍ KRÍŽENIA, PO KTORÝCH NASLEDUJÚ POSTUPNÉ SAMOOPLODNENIA S CIEĽOM STANOVIŤ ZÍSKANÉ MATERIÁLY. TIETO POPULÁCIE SÚ NAJIDEÁLNEJŠIE PRE JEMNÉ MAPOVANIE GÉNOV A QTL, S NIEKOĽKÝMI GENERÁCIAMI KRÍŽENIA, KTORÉ UĽAHČUJÚ VÝSKYT VIACNÁSOBNÝCH PRECHODOV. V RAJČIAKOCH UŽ EXISTUJE POPULÁCIA TÝCHTO VLASTNOSTÍ, ALE RODIČIA ODCHODU, VŠETCI Z KULTIVOVANÝCH DRUHOV S. LYCOPERSICUM, SÚ VEĽMI MORFOLOGICKY A MOLEKULÁRNE OD TÝCH, KTORÍ BOLI VYBRANÍ PRE TENTO PROJEKT, PODĽA MORFOLOGICKÝCH CHARAKTERIZÁCIÍ A GENOPTIPADO VYROBENÉHO SO 7000 SNP A VIAC AKO 1000 ZÁPISMI A NEZHROMAŽĎUJÚ VŠETKY ODRODY EXISTUJÚCE V TÝCHTO DRUHOCH. RODIČIA VYBRANÍ V TOMTO PROJEKTE ZAHŔŇAJÚ VEĽKÚ MORFOLOGICKÚ, GENETICKÚ A EKOLOGICKÚ VARIABILITU, HĽADANIE KULTIVOVANÝCH, POLODOMESTOVANÝCH A DIVOKÝCH VCHODOV. TÁTO POPULÁCIA BUDE SLÚŽIŤ NA MAPOVANIE GÉNOV ZAPOJENÝCH DO VIACERÝCH VEGETATÍVNYCH, KVITNÚCICH A OVOCNÝCH ZNAKOV, PRE KTORÉ EXISTUJÚ VEĽKÉ ROZDIELY VO VYBRANÝCH ÔSMICH RODIČOCH. ĎALŠOU VLASTNOSŤOU VEĽKÉHO ZÁUJMU JE PRISPÔSOBENIE SA RÔZNYM TYPOM PROSTREDIA ÔSMICH RODIČOV, OD PÚŠTE PO DAŽĎOVÉ PRALESY, OD HLADINY MORA PO 1500 M VYSOKÝ A OD EKVÁDORU PO SEVERNÉ MEXIKO. TO UMOŽNÍ DETEKCIU A MAPOVANIE GÉNOV ZAPOJENÝCH DO TOLERANCIE A PRISPÔSOBENIA SA ABIOTICKÉMU STRESU A POMÔŽE VYVINÚŤ MATERIÁLY NA ZVLÁDNUTIE KLIMATICKÝCH ZMIEN. HOCI SÚ K DISPOZÍCII PREDCHÁDZAJÚCE ÚDAJE O FENOTYPIZÁCII RODIČOV, PODROBNÁ FENOTYPIZÁCIA TÝCHTO ÚDAJOV VRÁTANE REZISTENCIE VOČI VÍRUSOM, BAKTÉRIÁM A HUBÁM SA USKUTOČNÍ AKO DRUHÝ CIEĽ PROJEKTU, KTORÝ BUDE SLÚŽIŤ NA URČENIE ZNAKOV, KTORÉ MAJÚ BYŤ FENOTYPOVANÉ V POPULÁCII, KTORÁ SA MÁ VYVINÚŤ. NAPOKON, OSEM ZAKLADAJÚCICH GENOTYPOV BUDE SEKVENCOVANÝCH A ZOSÚLADENÝCH S REFERENČNÝM GENÓMOM, ČO UMOŽNÍ UMIESTNENIE TISÍCOV SNP, KTORÉ BUDÚ SLÚŽIŤ NA MAPOVANIE QTL S VYSOKÝM ROZLÍŠENÍM ZAPOJENÝCH DO ZNAKOV ZÁUJMU, AKO AJ NA VYKONANIE POROVNÁVACÍCH ŠTÚDIÍ ICH GENÓMU. FENOTYPIZÁCIA A GENOTYPIZÁCIA VÝSLEDNEJ POPULÁCIE BUDE PREDMETOM ĎALŠIEHO NÁSLEDNÉHO PROJEKTU, KEĎŽE VÝVOJ SEGREGUJÚCEJ POPULÁCIE A GENOTYPIZÁCIA RODIČOV SA POVAŽUJE ZA DOSTATOČNÚ PRÁCU PRE TENTO PROJEKT. (Slovak)
4 August 2022
0 references
PROSESSIN AIKANA KESYTYS TOMAATTI TAPAHTUI MERKITTÄVÄ MENETYS GENEETTINEN VAIHTELU, JOKA AIHEUTTI HYVIN MERKITTÄVÄ KAVENTUMINEN GENEETTISEN POHJAN. VIIMEAIKAISET TUTKIMUKSET KESYTYKSESTÄ, JONKA TÄMÄ TUTKIMUSRYHMÄ ON TEHNYT KÄYTTÄEN GENOTYYPPIÄ TUHANSILLA MARKKEREILLA, OVAT MAHDOLLISTANEET TÄMÄN PROSESSIN SYVENTÄMISEN. NÄISSÄ TUTKIMUKSISSA ON OSOITETTU, ETTÄ KESYTYS TAPAHTUI KAHDESSA VAIHEESSA, TOINEN ETELÄ-AMERIKASSA JA TOINEN MYÖHEMMIN MESOAMERICASSA. VAIHTELUN MENETYS TAPAHTUI SIIRRYTTÄESSÄ ETELÄ-AMERIKASTA MESOAMERICAAN, JOTEN S. LYCOPERSICUM SÄILYTTÄÄ EDELLEEN ANDIEN ALUEEN LUONNONVARAISEN LAJIN VAIHTELEVUUDEN. TÄMÄN HANKKEEN TAVOITTEENA ON PALAUTTAA JOITAKIN AIEMMIN TUNTEMATTOMIA MENETETTY VAIHTELEVUUS, JOKA EI OLE LAAJALTI KÄYTETTY TOMAATTIEN PARANNUS. EHDOTAMME POPULAATION RAKENTAMISTA KAHDEKSASTA VANHEMMISTA, JOTKA EDUSTAVAT TÄTÄ MENETETTYÄ ANDIEN VAIHTELEVUUTTA, NELJÄ NIISTÄ CERASIFORME S. LYCOPERSICUM -LAJIKKEESTA JA NELJÄ LUONNONVARAISESTA LAJISTA, S. PIMPINELLIFOLIUM. POPULAATION KEHITYS KOOSTUU USEISTA INTERCROSS-SUKUPOLVISTA, JOITA SEURAA PERÄKKÄISIÄ ITSELANNOITUKSIA SAATUJEN MATERIAALIEN KORJAAMISEKSI. NÄMÄ POPULAATIOT OVAT IHANTEELLISIMPIA GEENIEN JA QTL-ARVOJEN HIENON KARTOITUKSEN KANNALTA, JA USEAT SUKUPOLVET OVAT INTERCROSSING-SUKUPOLVIA, JOTKA HELPOTTAVAT USEIDEN RISTEYTYSTEN ESIINTYMISTÄ. TOMAATISSA ON JO NÄIDEN OMINAISUUKSIEN POPULAATIO, MUTTA LÄHDÖN VANHEMMAT, KAIKKI VILJELLYN LAJIN S. LYCOPERSICUM, OVAT HYVIN ERILAISIA MORFOLOGISESTI JA MOLEKYYLISESTI KUIN TÄHÄN HANKKEESEEN VALITUT MORFOLOGISET LUONNEHDINNAT JA GENOPTIPADO, JOKA ON VALMISTETTU 7000 SNP: LLÄ JA YLI 1000 KIRJAUKSELLA, EIVÄTKÄ KERÄÄ KAIKKIA NÄIDEN LAJIEN OLEMASSA OLEVIA VAIHTELUITA. PROJEKTIIN VALITTUIHIN VANHEMPIIN KUULUU SUURI MORFOLOGINEN, GENEETTINEN JA EKOLOGINEN VAIHTELU, VILJELTYJEN, PUOLIKESYTTYJEN JA VILLIEN SISÄÄNKÄYNTIEN LÖYTÄMINEN. TÄTÄ POPULAATIOTA KÄYTETÄÄN SELLAISTEN GEENIEN KARTOITTAMISEEN, JOTKA LIITTYVÄT USEISIIN KASVULLISIIN, KUKINTA- JA HEDELMÄHAHMOIHIN, JOIDEN OSALTA VALITUISSA KAHDEKSASSA VANHEMMASSA ON SUURI VAIHTELU. TOINEN ERITTÄIN KIINNOSTAVA PIIRRE ON SOPEUTUMINEN ERITYYPPISIIN YMPÄRISTÖIHIN KAHDEKSASSA VANHEMMASSA, AAVIKOISTA SADEMETSIIN, MERENPINNASTA 1500 METRIN KORKEUTEEN JA ECUADORISTA POHJOIS-MEKSIKOON. NÄIN VOIDAAN HAVAITA JA KARTOITTAA ABIOOTTISEEN STRESSIIN SOPEUTUMISEEN JA SIETOKYKYYN LIITTYVIÄ GEENEJÄ JA AUTTAA KEHITTÄMÄÄN MATERIAALEJA ILMASTONMUUTOKSESTA SELVIYTYMISEKSI. VAIKKA VANHEMPIEN FENOTYPINGISTÄ ON SAATAVILLA AIEMPIA TIETOJA, HANKKEEN TOISENA TAVOITTEENA ON TOTEUTTAA YKSITYISKOHTAINEN FENOTYYPIN MÄÄRITYS, MUKAAN LUKIEN RESISTENSSI VIRUKSILLE, BAKTEEREILLE JA SIENILLE. HANKKEEN TAVOITTEENA ON MÄÄRITTÄÄ KEHITETTÄVÄSSÄ POPULAATIOSSA FENOTYYPPISET MERKIT. LOPUKSI KAHDEKSAN PERUSTAVAA GENOTYYPPIÄ SEKVENSOIDAAN JA YHDENMUKAISTETAAN VIITEGENOMIN KANSSA, MIKÄ MAHDOLLISTAA TUHANSIEN SNP:IDEN SIJAINNIN, JOTKA PALVELEVAT KIINNOSTAVIEN MERKKIEN QTL-ARVOJEN KORKEAN RESOLUUTION KARTOITTAMISTA SEKÄ VERTAILEVAT TUTKIMUKSET NIIDEN GENOMISTA. TULOKSENA OLEVAN VÄESTÖN FENOTYYPPIEN JA GENOTYYPIN MUODOSTUMINEN ON TOISEN MYÖHEMMÄN HANKKEEN KOHTEENA, KOSKA ERIYTTÄVÄN VÄESTÖN KEHITTYMISTÄ JA VANHEMPIEN GENOTYYPIN MUODOSTUMISTA PIDETÄÄN TÄSSÄ HANKKEESSA RIITTÄVÄNÄ TYÖNÄ. (Finnish)
4 August 2022
0 references
PODCZAS PROCESU UDOMOWIENIA POMIDORA WYSTĄPIŁA ISTOTNA UTRATA ZMIENNOŚCI GENETYCZNEJ, CO SPOWODOWAŁO BARDZO NIEZWYKŁE ZWĘŻENIE BAZY GENETYCZNEJ. OSTATNIE BADANIA DOTYCZĄCE UDOMOWIENIA PRZEPROWADZONE PRZEZ TEN ZESPÓŁ BADAWCZY PRZY UŻYCIU GENOTYPOWANIA Z TYSIĄCAMI MARKERÓW UMOŻLIWIŁY POGŁĘBIENIE TEGO PROCESU. W BADANIACH TYCH WYKAZANO, ŻE UDOMOWIENIE ODBYWAŁO SIĘ W DWÓCH FAZACH, JEDEN W AMERYCE POŁUDNIOWEJ, A DRUGI PÓŹNIEJ W MEZOAMERYCE. UTRATA ZMIENNOŚCI WYSTĄPIŁA PODCZAS PRZEJŚCIA Z AMERYKI POŁUDNIOWEJ DO MEZOAMERYKI, TAK ŻE S. LYCOPERSICUM NADAL ZACHOWUJE ZMIENNOŚĆ PORÓWNYWALNĄ DO ZMIENNOŚCI DZIKIEGO GATUNKU NA OBSZARZE ANDYJSKIM. PROJEKT TEN MA NA CELU ODZYSKANIE NIEKTÓRYCH Z TYCH WCZEŚNIEJ NIEZNANYCH UTRACONYCH ZMIENNOŚCI, KTÓRE NIE BYŁY SZEROKO STOSOWANE W ULEPSZANIU POMIDORÓW. PROPONUJEMY BUDOWĘ POPULACJI POCHODZĄCEJ OD OŚMIU RODZICÓW, KTÓRE REPREZENTUJĄ UTRACONĄ ZMIENNOŚĆ ANDYJSKĄ, Z KTÓRYCH CZTERY POCHODZĄ Z ODMIANY CERASIFORME S. LYCOPERSICUM I CZTERECH Z DZIKICH GATUNKÓW, S. PIMPINELLIFOLIUM. ROZWÓJ POPULACJI SKŁADA SIĘ Z SZEREGU POKOLEŃ KRZYŻOWANIA, A NASTĘPNIE KOLEJNYCH SAMONAPŁODNIEŃ W CELU UTRWALENIA UZYSKANYCH MATERIAŁÓW. POPULACJE TE SĄ NAJBARDZIEJ IDEALNE DO DOKŁADNEGO MAPOWANIA GENÓW I QTLS, Z KILKOMA POKOLENIAMI KRZYŻOWANIA, KTÓRE UŁATWIAJĄ WYSTĘPOWANIE WIELOKROTNYCH ZWROTNIC. W POMIDORACH ISTNIEJE JUŻ POPULACJA O TYCH CECHACH, ALE RODZICE ODEJŚCIA, WSZYSCY Z UPRAWIANYCH GATUNKÓW S. LYCOPERSICUM, SĄ BARDZO RÓŻNI SIĘ MORFOLOGICZNIE I MOLEKULARNIE OD TYCH WYBRANYCH DO TEGO PROJEKTU, ZGODNIE Z CHARAKTERYSTYKAMI MORFOLOGICZNYMI I GENOPTIPADO WYKONANYMI Z 7000 SNP I PONAD 1000 WPISÓW, I NIE ZBIERAJĄ CAŁEJ ZMIENNOŚCI ISTNIEJĄCEJ W TYCH GATUNKACH. RODZICE WYTYPOWANI W TYM PROJEKCIE TO WIELKA ZMIENNOŚĆ MORFOLOGICZNA, GENETYCZNA I EKOLOGICZNA, ZNALEZIENIE KULTYWOWANYCH, PÓŁUDOMOWIONYCH I DZIKICH WEJŚĆ. POPULACJA TA BĘDZIE SŁUŻYĆ DO MAPOWANIA GENÓW ZWIĄZANYCH Z WIELOMA POSTACIAMI WEGETATYWNYMI, KWITNĄCYMI I OWOCOWYMI, DLA KTÓRYCH ISTNIEJE DUŻA ZMIENNOŚĆ W WYBRANYCH OŚMIU RODZICÓW. KOLEJNĄ CECHĄ CIESZĄCĄ SIĘ DUŻYM ZAINTERESOWANIEM JEST ADAPTACJA DO RÓŻNYCH RODZAJÓW ŚRODOWISK OŚMIORGA RODZICÓW, OD PUSTYNI PO LASY DESZCZOWE, OD POZIOMU MORZA DO 1500 M WYSOKOŚCI I OD EKWADORU NA PÓŁNOC OD MEKSYKU. UMOŻLIWI TO WYKRYWANIE I MAPOWANIE GENÓW ZAANGAŻOWANYCH W TOLERANCJĘ I PRZYSTOSOWANIE SIĘ DO STRESU ABIOTYCZNEGO ORAZ POMOŻE W OPRACOWANIU MATERIAŁÓW W CELU RADZENIA SOBIE ZE ZMIANAMI KLIMATYCZNYMI. CHOCIAŻ DOSTĘPNE SĄ WCZEŚNIEJSZE DANE NA TEMAT FENOTYPOWANIA RODZICÓW, SZCZEGÓŁOWY FENOTYP TYCH RODZAJÓW, W TYM ODPORNOŚĆ NA WIRUSY, BAKTERIE I GRZYBY, ZOSTANIE PRZEPROWADZONY JAKO DRUGI CEL PROJEKTU, KTÓRY BĘDZIE SŁUŻYŁ OKREŚLENIU POSTACI, KTÓRE MAJĄ BYĆ FENOTYPOWANE W POPULACJI, KTÓRA MA BYĆ ROZWIJANA. WRESZCIE, OSIEM GENOTYPÓW ZAŁOŻYCIELSKICH BĘDZIE SEKWENCJONOWANYCH I DOSTOSOWANYCH DO GENOMU REFERENCYJNEGO, CO POZWOLI ZLOKALIZOWAĆ TYSIĄCE SNP, KTÓRE BĘDĄ SŁUŻYĆ DO MAPOWANIA WYSOKIEJ ROZDZIELCZOŚCI QTL ZAANGAŻOWANYCH W INTERESUJĄCE POSTACIE, A TAKŻE DO PRZEPROWADZANIA BADAŃ PORÓWNAWCZYCH ICH GENOMU. FENOTYPOWANIE I GENOTYPOWANIE POWSTAŁEJ POPULACJI BĘDZIE PRZEDMIOTEM KOLEJNEGO KOLEJNEGO PROJEKTU, PONIEWAŻ ROZWÓJ POPULACJI SEGREGUJĄCEJ I GENOTYPOWANIE RODZICÓW UZNAJE SIĘ ZA WYSTARCZAJĄCĄ PRACĘ DLA TEGO PROJEKTU. (Polish)
4 August 2022
0 references
A PARADICSOM HÁZIASÍTÁSÁNAK FOLYAMATA SORÁN A GENETIKAI VARIABILITÁS JELENTŐS VESZTESÉGE KÖVETKEZETT BE, AMI A GENETIKAI BÁZIS NAGYON FIGYELEMRE MÉLTÓ SZŰKÜLÉSÉT OKOZTA. AZ E KUTATÓCSOPORT ÁLTAL A HÁZIASÍTÁSRÓL KÉSZÍTETT, TÖBB EZER MARKERREL ELLÁTOTT GENOTIPIZÁLÁST ALKALMAZÓ LEGÚJABB TANULMÁNYOK LEHETŐVÉ TETTÉK E FOLYAMAT ELMÉLYÍTÉSÉT. EZEKBEN A TANULMÁNYOKBAN KIMUTATTÁK, HOGY A HÁZIASÍTÁSRA KÉT SZAKASZBAN KERÜLT SOR, AZ EGYIK DÉL-AMERIKÁBAN, A MÁSIK PEDIG KÉSŐBB MEZOAMERIKÁBAN. A VÁLTOZÉKONYSÁG CSÖKKENÉSE A DÉL-AMERIKÁBÓL MESOAMERICÁBA TÖRTÉNŐ ÁTHALADÁS SORÁN KÖVETKEZETT BE, ÍGY AZ S. LYCOPERSICUM TOVÁBBRA IS AZ ANDOKI TERÜLETEN ÉLŐ VADON ÉLŐ FAJOKÉHOZ HASONLÓ VARIABILITÁST TART FENN. A PROJEKT CÉLJA, HOGY VISSZASZEREZZE A KORÁBBAN ISMERETLEN ELVESZETT VARIABILITÁS EGY RÉSZÉT, AMELYET NEM HASZNÁLTAK SZÉLES KÖRBEN A PARADICSOMJAVÍTÁSBAN. NYOLC SZÜLŐTŐL SZÁRMAZÓ POPULÁCIÓ ÉPÍTÉSÉT JAVASOLJUK, AMI EZT AZ ELVESZETT ANDOKI VARIABILITÁST KÉPVISELI, KÖZÜLÜK NÉGYET A CERASIFORME S. LYCOPERSICUM FAJTÁBÓL ÉS NÉGYET A VADON ÉLŐ FAJOKBÓL, AZ S. PIMPINELLIFOLIUMBÓL. A POPULÁCIÓ FEJLŐDÉSE TÖBB GENERÁCIÓNYI KERESZTEZÉSBŐL ÁLL, AMELYET EGYMÁST KÖVETŐ ÖNMEGTERMÉKENYÍTÉSEK KÖVETNEK A KAPOTT ANYAGOK RÖGZÍTÉSE ÉRDEKÉBEN. EZEK A POPULÁCIÓK A LEGIDEÁLISABBAK A GÉNEK ÉS A QTL-EK FINOM FELTÉRKÉPEZÉSÉRE, TÖBB GENERÁCIÓNYI KERESZTEZÉSSEL, AMELYEK MEGKÖNNYÍTIK A TÖBBSZÖRÖS KERESZTEZÉSEK ELŐFORDULÁSÁT. A PARADICSOMBAN MÁR VAN EGY POPULÁCIÓ EZEKNEK A JELLEMZŐKNEK, DE AZ INDULÁSI SZÜLŐK, AZ S. LYCOPERSICUM TERMESZTETT FAJ ÖSSZESSÉGE NAGYON KÜLÖNBÖZŐ MORFOLÓGIAI ÉS MOLEKULÁRIS SZEMPONTBÓL A PROJEKTHEZ KIVÁLASZTOTTAKTÓL A 7000 SNP-VEL ÉS TÖBB MINT 1000 BEJEGYZÉSSEL KÉSZÜLT MORFOLÓGIAI JELLEMZÉSEK ÉS GENOPTIPADO SZERINT, ÉS NEM GYŰJTI ÖSSZE AZ E FAJOKBAN MEGLÉVŐ ÖSSZES VARIABILITÁST. A PROJEKTBEN KIVÁLASZTOTT SZÜLŐK KÖZÉ TARTOZIK A NAGY MORFOLÓGIAI, GENETIKAI ÉS ÖKOLÓGIAI VARIABILITÁS, A MŰVELT, FÉLIG HÁZIASÍTOTT ÉS VAD BEJÁRATOK FELFEDEZÉSE. EZ A POPULÁCIÓ SZOLGÁL A TÖBB VEGETATÍV, VIRÁGZÓ ÉS GYÜMÖLCS KARAKTERBEN RÉSZT VEVŐ GÉNEK FELTÉRKÉPEZÉSÉRE, AMELYEK ESETÉBEN NAGY A VARIÁCIÓ A KIVÁLASZTOTT NYOLC SZÜLŐ KÖZÖTT. EGY MÁSIK FONTOS JELLEMZŐJE A NYOLC SZÜLŐ KÜLÖNBÖZŐ TÍPUSÚ KÖRNYEZETÉHEZ VALÓ ALKALMAZKODÁS, A SIVATAGOKTÓL AZ ESŐERDŐKIG, A TENGERSZINTTŐL AZ 1500 M-ES MAGASSÁGIG ÉS ECUADORTÓL MEXIKÓ ÉSZAKI RÉSZÉIG. EZ LEHETŐVÉ TESZI A TOLERANCIÁBAN ÉS AZ ABIOTIKUS STRESSZHEZ VALÓ ALKALMAZKODÁSBAN RÉSZT VEVŐ GÉNEK KIMUTATÁSÁT ÉS FELTÉRKÉPEZÉSÉT, ÉS ELŐSEGÍTI AZ ÉGHAJLATVÁLTOZÁS KEZELÉSÉRE SZOLGÁLÓ ANYAGOK KIFEJLESZTÉSÉT. BÁR RENDELKEZÉSRE ÁLLNAK A SZÜLŐK FENOTIPIZÁLÁSÁRA VONATKOZÓ KORÁBBI ADATOK, EZEK RÉSZLETES FENOTIPIZÁLÁSA, BELEÉRTVE A VÍRUSOKKAL, BAKTÉRIUMOKKAL ÉS GOMBÁKKAL SZEMBENI REZISZTENCIÁT, A PROJEKT MÁSODIK CÉLKITŰZÉSE, AMELY A FEJLESZTENDŐ POPULÁCIÓBAN FENOTIPIZÁLANDÓ KARAKTEREK MEGHATÁROZÁSÁRA SZOLGÁL. VÉGÜL, A NYOLC ALAPÍTÓ GENOTÍPUS SZEKVENCIÁLÓDIK ÉS IGAZODIK A REFERENCIA GENOMHOZ, AMI LEHETŐVÉ TESZI, HOGY TÖBB EZER SNP-T HELYEZZENEK EL, AMELYEK AZ ÉRDEKLŐDÉSRE SZÁMOT TARTÓ KARAKTEREKBEN RÉSZT VEVŐ QTL-EK NAGYFELBONTÁSÚ FELTÉRKÉPEZÉSÉHEZ, VALAMINT GENOMJUK ÖSSZEHASONLÍTÓ VIZSGÁLATÁHOZ SZOLGÁLNAK. AZ ÍGY LÉTREJÖVŐ POPULÁCIÓ FENOTIPIZÁLÁSA ÉS GENOTIPIZÁLÁSA EGY MÁSIK KÉSŐBBI PROJEKT TÁRGYÁT FOGJA KÉPEZNI, MIVEL A SZEGREGÁLÓ NÉPESSÉG KIALAKULÁSA ÉS A SZÜLŐK GENOTIPIZÁLÁSA ELEGENDŐNEK TEKINTHETŐ A PROJEKTHEZ. (Hungarian)
4 August 2022
0 references
BĚHEM PROCESU DOMESTIKOVÁNÍ RAJČE DOŠLO K VÝZNAMNÉ ZTRÁTĚ GENETICKÉ VARIABILITY, KTERÁ ZPŮSOBILA VELMI POZORUHODNÉ ZÚŽENÍ GENETICKÉ ZÁKLADNY. NEDÁVNÉ STUDIE O DOMESTIKACI PROVEDENÉ TÍMTO VÝZKUMNÝM TÝMEM POMOCÍ GENOTYPU S TISÍCI MARKERŮ UMOŽNILY TENTO PROCES PROHLOUBIT. V TĚCHTO STUDIÍCH BYLO PROKÁZÁNO, ŽE DOMESTIKACE PROBÍHALA VE DVOU FÁZÍCH, JEDNA V JIŽNÍ AMERICE A DRUHÁ POZDĚJI V MESOAMERICE. KE ZTRÁTĚ VARIABILITY DOŠLO BĚHEM PŘECHODU Z JIŽNÍ AMERIKY DO MESOAMERIKY, TAKŽE S. LYCOPERSICUM SI ZACHOVÁVÁ VARIABILITU SROVNATELNOU S PROMĚNLIVOSTÍ VOLNĚ ŽIJÍCÍHO DRUHU V ANDSKÉ OBLASTI. CÍLEM TOHOTO PROJEKTU JE OBNOVIT ČÁST TÉTO DŘÍVE NEZNÁMÉ ZTRACENÉ VARIABILITY, KTERÁ NEBYLA ŠIROCE POUŽÍVÁNA PŘI ZLEPŠOVÁNÍ RAJČAT. NAVRHUJEME VYTVOŘENÍ POPULACE VYTVOŘENÉ OSMI RODIČI, KTEŘÍ PŘEDSTAVUJÍ TUTO ZTRACENOU ANDSKOU VARIABILITU, ČTYŘI Z NICH Z ODRŮDY CERASIFORME S. LYCOPERSICUM A ČTYŘI Z VOLNĚ ŽIJÍCÍCH DRUHŮ, S. PIMPINELLIFOLIUM. VÝVOJ POPULACE SE SKLÁDÁ Z ŘADY GENERACÍ KŘÍŽENÍ NÁSLEDOVANÝCH POSTUPNÝM VLASTNÍM HNOJENÍM ZA ÚČELEM UPEVNĚNÍ ZÍSKANÝCH MATERIÁLŮ. TYTO POPULACE JSOU NEJIDEÁLNĚJŠÍ PRO JEMNÉ MAPOVÁNÍ GENŮ A QTL, S NĚKOLIKA GENERACEMI KŘÍŽENÍ, KTERÉ USNADŇUJÍ VÝSKYT VÍCENÁSOBNÉHO KŘÍŽENÍ. V RAJČATECH JIŽ EXISTUJE POPULACE TĚCHTO VLASTNOSTÍ, ALE RODIČE ODJEZDU, VŠICHNI Z NICH PĚSTOVANÝ DRUH S. LYCOPERSICUM, SE VELMI LIŠÍ MORFOLOGICKY A MOLEKULÁRNĚ OD TĚCH, KTEŘÍ BYLI VYBRÁNI PRO TENTO PROJEKT, PODLE MORFOLOGICKÝCH CHARAKTERISTIK A GENOPTIPADO VYROBENÉHO SE 7000 SNP A VÍCE NEŽ 1000 VSTUPY, A NESHROMAŽĎUJÍ VEŠKEROU VYUŽITELNOST TĚCHTO DRUHŮ. RODIČE VYBRANÍ V TOMTO PROJEKTU ZAHRNUJÍ VELKOU MORFOLOGICKOU, GENETICKOU A EKOLOGICKOU VARIABILITU, NALEZENÍ KULTIVOVANÝCH, POLODOMESKOVANÝCH A DIVOKÝCH VSTUPŮ. TATO POPULACE BUDE SLOUŽIT K MAPOVÁNÍ GENŮ ZAPOJENÝCH DO VÍCE VEGETATIVNÍCH, KVETOUCÍCH A OVOCNÝCH ZNAKŮ, PRO KTERÉ EXISTUJE VYSOKÁ VARIACE V OSMI VYBRANÝCH RODIČÍCH. DALŠÍM RYSEM VELKÉHO ZÁJMU JE PŘIZPŮSOBENÍ SE RŮZNÝM TYPŮM PROSTŘEDÍ OSMI RODIČŮ, OD POUŠTĚ PO DEŠTNÉ PRALESY, OD HLADINY MOŘE AŽ PO 1500 M VYSOKÉ A OD EKVÁDORU PO SEVER MEXIKA. TO UMOŽNÍ DETEKCI A MAPOVÁNÍ GENŮ ZAPOJENÝCH DO TOLERANCE A PŘIZPŮSOBENÍ SE ABIOTICKÉMU STRESU A POMŮŽE VYVINOUT MATERIÁLY, KTERÉ SE VYROVNÁVAJÍ S KLIMATICKÝMI ZMĚNAMI. AČKOLI JSOU K DISPOZICI PŘEDCHOZÍ ÚDAJE O FENOTYPIZACI RODIČŮ, BUDE JAKO DRUHÝ CÍL PROJEKTU PROVEDENA PODROBNÁ FENOTYPIZACE TĚCHTO, VČETNĚ REZISTENCE NA VIRY, BAKTERIE A HOUBY, KTERÝ BUDE SLOUŽIT K URČENÍ ZNAKŮ, KTERÉ MAJÍ BÝT FENOTYPOVÁNY V POPULACI, KTERÁ MÁ BÝT VYVINUTA. A KONEČNĚ, OSM ZAKLÁDAJÍCÍCH GENOTYPŮ BUDE SEKVENOVÁNO A SLADĚNO S REFERENČNÍM GENOMEM, KTERÝ UMOŽNÍ UMÍSTĚNÍ TISÍCŮ SNP, KTERÉ BUDOU SLOUŽIT K MAPOVÁNÍ QTL S VYSOKÝM ROZLIŠENÍM ZAPOJENÝCH DO ZNAKŮ ZÁJMU, JAKOŽ I K PROVÁDĚNÍ SROVNÁVACÍCH STUDIÍ JEJICH GENOMU. FENOTYPIZACE A GENOTYPIZACE VÝSLEDNÉ POPULACE BUDE PŘEDMĚTEM DALŠÍHO NÁSLEDNÉHO PROJEKTU, PROTOŽE ROZVOJ SEGREGUJÍCÍ POPULACE ZDE A GENOTYPIZACE RODIČŮ JE PRO TENTO PROJEKT POVAŽOVÁNA ZA DOSTATEČNOU PRÁCI. (Czech)
4 August 2022
0 references
TOMĀTU PIERADINĀŠANAS PROCESĀ RADĀS NOZĪMĪGS ĢENĒTISKĀS MAINĪBAS ZUDUMS, KAS IZRAISĪJA ĻOTI IEVĒROJAMU ĢENĒTISKĀS BĀZES SAŠAURINĀŠANOS. NESENIE PĒTĪJUMI PAR DOMESTICĀCIJU, KO VEICA ŠĪ PĒTNIECĪBAS GRUPA, IZMANTOJOT GENOTIPU AR TŪKSTOŠIEM MARĶIERU, IR ĻĀVUŠI PADZIĻINĀT ŠO PROCESU. ŠAJOS PĒTĪJUMOS IR PIERĀDĪTS, KA DOMESTICĀCIJA NOTIKA DIVĀS FĀZĒS, VIENĀ DIENVIDAMERIKĀ UN VĒLĀK MESOAMERICA. MAINĪGUMA ZUDUMS NOTIKA, PĀREJOT NO DIENVIDAMERIKAS UZ MESOAMERICA, TĀDĒJĀDI S. LYCOPERSICUM JOPROJĀM SAGLABĀ MAINĪGUMU, KAS SALĪDZINĀMS AR SAVVAĻAS SUGAS MAINĪBU ANDU APGABALĀ. ŠĀ PROJEKTA MĒRĶIS IR ATGŪT DAĻU NO ŠĪS IEPRIEKŠ NEZINĀMĀS ZAUDĒTĀS MAINĪBAS, KAS NAV PLAŠI IZMANTOTA TOMĀTU UZLABOŠANĀ. MĒS IEROSINĀM VEIDOT POPULĀCIJU, KAS IEGŪTA NO ASTOŅIEM VECĀKIEM, KAS PĀRSTĀV ŠO ZAUDĒTO ANDEAN MAINĪBU, ČETRI NO TIEM NO ŠĶIRNES CERASIFORME S. LYCOPERSICUM UN ČETRI NO SAVVAĻAS SUGĀM S. PIMPINELLIFOLIUM. POPULĀCIJAS ATTĪSTĪBA SASTĀV NO VAIRĀKĀM INTERCROSSING PAAUDZĒM, KAM SEKO SECĪGA PAŠMĒSLOŠANA, LAI NOTEIKTU IEGŪTOS MATERIĀLUS. ŠĪS POPULĀCIJAS IR VISPIEMĒROTĀKĀS GĒNU UN QTL SMALKAI KARTĒŠANAI, UN VAIRĀKAS PAAUDZES KRUSTOJAS, KAS ATVIEGLO VAIRĀKU KRUSTOJUMU RAŠANOS. TOMĀTIEM JAU IR ŠO ĪPAŠĪBU POPULĀCIJA, BET IZBRAUKŠANAS VECĀKI, VISI NO KULTIVĒTĀS SUGAS S. LYCOPERSICUM, IR ĻOTI ATŠĶIRĪGI MORFOLOĢISKI UN MOLEKULĀRI NO TIEM, KAS IZVĒLĒTI ŠIM PROJEKTAM, SASKAŅĀ AR MORFOLOĢISKAJIEM RAKSTUROJUMIEM UN GENOPTIPADO, KAS IZGATAVOTS AR 7000 SNP UN VAIRĀK NEKĀ 1000 IERAKSTIEM, UN NESAVĀC VISAS ŠO SUGU DISPERSIJAS. ŠAJĀ PROJEKTĀ ATLASĪTIE VECĀKI IETVER LIELU MORFOLOĢISKO, ĢENĒTISKO UN EKOLOĢISKO MAINĪGUMU, ATRODOT KULTIVĒTAS, DAĻĒJI PIEMĀJAS UN SAVVAĻAS IEEJAS. ŠĪ POPULĀCIJA KALPOS, LAI KARTĒTU GĒNUS, KAS SAISTĪTI AR VAIRĀKĀM VEĢETATĪVĀM, ZIEDOŠĀM UN AUGĻU RAKSTZĪMĒM, KURĀM IR LIELA VARIĀCIJA ASTOŅOS IZVĒLĒTAJOS VECĀKI. VĒL VIENA ĻOTI INTERESANTA IEZĪME IR PIELĀGOŠANĀS DAŽĀDU VEIDU VIDĒM ASTOŅIEM VECĀKIEM, NO TUKSNEŠIEM LĪDZ LIETUS MEŽIEM, NO JŪRAS LĪMEŅA LĪDZ 1500 M AUGSTAM UN NO EKVADORAS UZ ZIEMEĻIEM NO MEKSIKAS. TAS ĻAUS NOTEIKT UN KARTĒT GĒNUS, KAS SAISTĪTI AR TOLERANCI UN PIELĀGOŠANOS ABIOTISKAJAM STRESAM, UN PALĪDZĒS IZSTRĀDĀT MATERIĀLUS, LAI TIKTU GALĀ AR KLIMATA PĀRMAIŅĀM. LAI GAN IR PIEEJAMI IEPRIEKŠĒJIE DATI PAR VECĀKU FENOTIPU, TIKS VEIKTA DETALIZĒTA TO FENOTIPĒŠANA, TOSTARP REZISTENCE PRET VĪRUSIEM, BAKTĒRIJĀM UN SĒNĪTĒM, KĀ OTRS PROJEKTA MĒRĶIS, KAS KALPOS, LAI NOTEIKTU FENOTIPA PAZĪMES, KAS JĀATTĪSTA POPULĀCIJĀ. VISBEIDZOT, ASTOŅI DIBINĀŠANAS GENOTIPI TIKS SEKVENCĒTI UN SASKAŅOTI AR REFERENCES GENOMU, KAS ĻAUS ATRAST TŪKSTOŠIEM SNP, KAS KALPOS AUGSTAS IZŠĶIRTSPĒJAS KARTĒŠANAI QTL, KAS IESAISTĪTI INTERESĒJOŠAJĀS RAKSTZĪMĒS, KĀ ARĪ VEIKT SALĪDZINOŠUS PĒTĪJUMUS PAR TO GENOMU. IEGŪTĀS POPULĀCIJAS FENOTIPĒŠANA UN GENOTIPĒŠANA TIKS PAKĻAUTA CITAM TURPMĀKAM PROJEKTAM, JO ŠEIT SEGREGĒJOŠĀS POPULĀCIJAS ATTĪSTĪBA UN VECĀKU GENOTIPĒŠANA TIEK UZSKATĪTA PAR PIETIEKAMU DARBU ŠAJĀ PROJEKTĀ. (Latvian)
4 August 2022
0 references
LE LINN AN PHRÓISIS DOMESTICATION TRÁTAÍ THARLA CAILLTEANAS TÁBHACHTACH DE ATHRAITHEACHT GHÉINITEACH, A BA CHÚIS LE CAOLÚ AN-SUNTASACH AR AN BONN GÉINITEACH. DE BHARR STAIDÉIR A RINNEADH LE DÉANAÍ AR AN MBAILE A RINNE AN FHOIREANN TAIGHDE SEO AG BAINT ÚSÁIDE AS GENOTYPING LEIS NA MÍLTE MARCÓIRÍ, BHÍOTHAS IN ANN AN PRÓISEAS SEO A DHOIMHNIÚ. SNA STAIDÉIR SEO TÁ SÉ LÉIRITHE GUR THARLA CEANSÚ IN DHÁ CHÉIM, CEANN AMHÁIN I MEIRICEÁ THEAS AGUS AN CEANN EILE NÍOS DÉANAÍ I MESOAMERICA. THARLA AN CAILLTEANAS ATHRAITHEACHT LE LINN AN SLIOCHT Ó MHEIRICEÁ THEAS GO MESOAMERICA IONAS GO GCOINNÍONN S. LYCOPERSICUM ATHRAITHEACHT INCHOMPARÁIDE LEIS SIN DE SPEICEAS FIÁIN I LIMISTÉAR NA NAINDÉAS. TÁ SÉ MAR AIDHM AG AN TIONSCADAL SEO CUID DEN ÉAGSÚLACHT CAILLTE SEO NACH RAIBH AR EOLAS ROIMHE SEO A AISGHABHÁIL NACH N-ÚSÁIDTEAR GO FORLEATHAN I BHFEABHSÚ TRÁTAÍ. MOLAIMID AN TÓGÁIL DAONRA A GHINTEAR Ó OCHT DTUISMITHEOIRÍ, A LÉIRÍONN AN INATHRAITHEACHT ANDEAN CAILLTE, CEITHRE CINN ACU AS AN ÉAGSÚLACHT CERASIFORME S. LYCOPERSICUM AGUS CEATHRAR Ó NA SPEICIS FIÁIN, S. PIMPINELLIFOLIUM. IS ÉARD ATÁ I BHFORBAIRT AN DAONRA SRAITH DE GHLÚINE DE THRASNUITHE INA DHIAIDH SIN AG FÉIN-TOIRCHIÚ I NDIAIDH A CHÉILE CHUN NA HÁBHAIR A FHAIGHTEAR A SHOCRÚ. IS IAD NA DAONRAÍ SEO AN CEANN IS FEARR LE HAGHAIDH MAPÁIL FÍNEÁIL GÉINTE AGUS QTLANNA, LE ROINNT GLÚNTA DE INTERCROSSING A ÉASCAÍONN TARLÚ TRASNUITHE IOLRACHA. I TRÁTAÍ TÁ CHEANA FÉIN DAONRA DE NA SAINTRÉITHE SEO, ACH NA TUISMITHEOIRÍ IMEACHTA, GACH CEANN ACU DE NA SPEICIS SAOTHRAITHE S. LYCOPERSICUM, TÁ AN-DIFRIÚIL MOIRFEOLAÍOCHA AGUS MÓILÍNEACH DÓIBH SIÚD A ROGHNAÍODH LE HAGHAIDH AN TIONSCADAIL SEO, DE RÉIR NA CHARACTERIZATIONS MOIRFEOLAÍOCHA AGUS AN GENOPTIPADO A RINNEADH LE 7000 SNPANNA AGUS NÍOS MÓ NÁ 1000 IONTRÁLACHA, AGUS NACH BHAILIÚ GO LÉIR AN VARIBILITY ATÁ ANN CHEANA FÉIN SNA SPEICIS SEO. I MEASC NA DTUISMITHEOIRÍ A ROGHNAÍODH SA TIONSCADAL SEO TÁ ÉAGSÚLACHT MHÓR MHOIRFEOLAÍOCH, GHÉINITEACH AGUS ÉICEOLAÍOCHTA, BEALAÍ ISTEACH SAOTHRAITHE, LEATH-THÍS AGUS FIÁINE A AIMSIÚ. BEIDH AN DAONRA SEO AG FREASTAL AR MHAPÁIL GÉINTE A BHFUIL BAINT ACU LE CARACHTAIR ÉAGSÚLA FÁSÚLA, BLÁTHANNA AGUS TORTHAÍ A BHFUIL ÉAGSÚLACHT ARD SNA HOCHT DTUISMITHEOIRÍ ATÁ ROGHNAITHE DÓIBH. GNÉ EILE DE ARD-SPÉIS IS EA OIRIÚNÚ DO CHINEÁLACHA ÉAGSÚLA TIMPEALLACHTAÍ DE NA HOCHT DTUISMITHEOIRÍ, Ó FHÁSAIGH GO FORAOISÍ BÁISTÍ, Ó LEIBHÉAL NA FARRAIGE GO 1500 M AR AIRDE AGUS Ó EACUADÓR GO TUAISCEART MHEICSICEO. CUIRFIDH SÉ SEO AR CHUMAS BRATH AGUS MAPÁIL GÉINTE A BHFUIL BAINT ACU LE CAOINFHULAINGT AGUS OIRIÚNÚ DO STRUS AIBITHEACH AGUS CUIDEOIDH SÉ LE HÁBHAIR A FHORBAIRT CHUN DUL I NGLEIC LE HATHRÚ AERÁIDE. CÉ GO BHFUIL SONRAÍ ROIMHE SEO MAIDIR LE FEINITÍOPÁIL TUISMITHEOIRÍ AR FÁIL, DÉANFAR FEINITÍOPÁIL MHIONSONRAITHE DÍOBH SEO, LENA N-ÁIRÍTEAR FRIOTAÍOCHT LE VÍRIS, BAICTÉIR AGUS FUNGAIS, MAR AN DARA CUSPÓIR DEN TIONSCADAL, A DHÉANFAIDH NA CARACHTAIR A FHEINITÍOPÁIL SA DAONRA ATÁ LE FORBAIRT. AR DEIREADH, DÉANFAR NA HOCHT GÉINITÍOPA BUNAIDH A SHEICHEAMHÚ AGUS A AILÍNIÚ LEIS AN NGÉANÓM TAGARTHA, RUD A CHEADÓIDH SUÍOMH NA MÍLTE SNPANNA A FHREASTALÓIDH AR MHAPÁIL ARDTAIFIGH QTLANNA A BHFUIL BAINT ACU LEIS NA CARACHTAIR SPÉISE, CHOMH MAITH LE STAIDÉIR CHOMPARÁIDEACHA A DHÉANAMH AR A NGÉANÓM. BEIDH FEINITÍOPÁIL AGUS GÉINITÍOPÁIL AN DAONRA MAR THORADH AIR SIN INA ÁBHAR DO THIONSCADAL EILE INA DHIAIDH SIN, ÓS RUD É GO MEASTAR GUR OBAIR LEORDHÓTHANACH DON TIONSCADAL SEO É FORBAIRT AN DAONRA SCARTHA ANSEO AGUS GNOTYPING NA DTUISMITHEOIRÍ. (Irish)
4 August 2022
0 references
MED POSTOPKOM UDOMAČEVANJA PARADIŽNIKA SE JE POJAVILA POMEMBNA IZGUBA GENETSKE VARIABILNOSTI, KAR JE POVZROČILO IZJEMNO ZOŽENJE GENETSKE OSNOVE. NEDAVNE ŠTUDIJE O UDOMAČEVANJU, KI JIH JE IZVEDLA TA RAZISKOVALNA SKUPINA Z GENOTIPIZACIJO S TISOČI OZNAČEVALCEV, SO OMOGOČILE POGLOBITEV TEGA PROCESA. V TEH ŠTUDIJAH JE BILO DOKAZANO, DA JE UDOMAČENJE POTEKALO V DVEH FAZAH, ENA V JUŽNI AMERIKI IN DRUGA KASNEJE V MEZOAMERIKI. DO IZGUBE VARIABILNOSTI JE PRIŠLO MED PREHODOM IZ JUŽNE AMERIKE V MEZOAMERICO, TAKO DA S. LYCOPERSICUM ŠE VEDNO OHRANJA VARIABILNOST, PRIMERLJIVO Z VARIABILNOSTJO PROSTO ŽIVEČIH VRST NA ANDSKEM OBMOČJU. CILJ TEGA PROJEKTA JE OBNOVITI NEKATERE OD PREJ NEZNANE IZGUBLJENE VARIABILNOSTI, KI SE NI POGOSTO UPORABLJALA PRI IZBOLJŠEVANJU PARADIŽNIKA. PREDLAGAMO GRADNJO POPULACIJE, USTVARJENE OD OSMIH STARŠEV, KI PREDSTAVLJAJO TO IZGUBLJENO ANDSKO VARIABILNOST, ŠTIRJE OD NJIH IZ SORTE CERASIFORME S. LYCOPERSICUM IN ŠTIRJE IZ DIVJE VRSTE, S. PIMPINELLIFOLIUM. RAZVOJ POPULACIJE JE SESTAVLJEN IZ VRSTE GENERACIJ PREPLETANJA, KI JIM SLEDIJO ZAPOREDNE SAMOOPLODITVE, DA SE POPRAVIJO PRIDOBLJENI MATERIALI. TE POPULACIJE SO NAJBOLJ IDEALNE ZA FINO KARTIRANJE GENOV IN QTL, Z VEČ GENERACIJAMI MEDSEBOJNIH PREHODOV, KI OLAJŠAJO POJAV VEČ KRIŽANJ. V PARADIŽNIKU ŽE OBSTAJA POPULACIJA TEH ZNAČILNOSTI, VENDAR SO STARŠI ODHODA, VSI OD NJIH GOJENE VRSTE S. LYCOPERSICUM, ZELO MORFOLOŠKO IN MOLEKULSKO RAZLIČNI OD TISTIH, KI SO BILI IZBRANI ZA TA PROJEKT, GLEDE NA MORFOLOŠKE ZNAČILNOSTI IN GENOPTIPADO, IZDELANO S 7000 SNP IN VEČ KOT 1000 VNOSI, IN NE ZBIRAJO VSEH RAZLIČIC, KI OBSTAJAJO PRI TEH VRSTAH. STARŠI, IZBRANI V TEM PROJEKTU, VKLJUČUJEJO VELIKO MORFOLOŠKO, GENETSKO IN EKOLOŠKO VARIABILNOST, ISKANJE GOJENIH, DELNO UDOMAČENIH IN DIVJIH VHODOV. TA POPULACIJA BO SLUŽILA ZA KARTIRANJE GENOV, VKLJUČENIH V VEČ VEGETATIVNIH, CVETOČIH IN SADNIH ZNAKOV, ZA KATERE JE PRI IZBRANIH OSMIH STARŠIH VELIKA RAZLIKA. ŠE ENA ZNAČILNOST VELIKEGA ZANIMANJA JE PRILAGODITEV RAZLIČNIM VRSTAM OKOLIJ OSMIH STARŠEV, OD PUŠČAV DO DEŽEVNIH GOZDOV, OD MORSKE GLADINE DO VIŠINE 1500 M IN OD EKVADORJA DO SEVERA MEHIKE. TO BO OMOGOČILO ODKRIVANJE IN KARTIRANJE GENOV, VKLJUČENIH V TOLERANCO IN PRILAGAJANJE NA ABIOTSKI STRES, TER POMAGALO RAZVITI MATERIALE ZA OBVLADOVANJE PODNEBNIH SPREMEMB. ČEPRAV SO NA VOLJO PREJŠNJI PODATKI O FENOTIPIZACIJI STARŠEV, BO PODROBNA FENOTIPIZACIJA TEH, VKLJUČNO Z ODPORNOSTJO NA VIRUSE, BAKTERIJE IN GLIVE, IZVEDENA KOT DRUGI CILJ PROJEKTA, KI BO SLUŽIL ZA DOLOČITEV ZNAKOV, KI JIH JE TREBA FENOTIPIZIRATI V POPULACIJI, KI JO JE TREBA RAZVITI. OSEM USTANOVNIH GENOTIPOV BO RAZPOREJENIH IN USKLAJENIH Z REFERENČNIM GENOMOM, KAR BO OMOGOČILO LOKACIJO TISOČIH SNP, KI BODO SLUŽILI ZA KARTIRANJE QTL VISOKE LOČLJIVOSTI, VKLJUČENIH V ZANIMIVE ZNAKE, TER ZA IZVEDBO PRIMERJALNIH ŠTUDIJ NJIHOVEGA GENOMA. FENOTIPIZACIJA IN GENOTIPIZACIJA NASTALE POPULACIJE BOSTA PREDMET ŠE ENEGA POZNEJŠEGA PROJEKTA, SAJ SE RAZVOJ SEGREGACIJSKE POPULACIJE IN GENOTIPIZACIJA STARŠEV ŠTEJETA ZA ZADOSTNO DELO ZA TA PROJEKT. (Slovenian)
4 August 2022
0 references
ПО ВРЕМЕ НА ПРОЦЕСА НА ОПИТОМЯВАНЕ НА ДОМАТИ ВЪЗНИКНА ВАЖНА ЗАГУБА НА ГЕНЕТИЧНА ВАРИАБИЛНОСТ, КОЕТО ДОВЕДЕ ДО МНОГО ЗАБЕЛЕЖИТЕЛНО СТЕСНЯВАНЕ НА ГЕНЕТИЧНАТА БАЗА. ПОСЛЕДНИТЕ ПРОУЧВАНИЯ НА ОПИТОМЯВАНЕТО, ИЗВЪРШЕНИ ОТ ТОЗИ ИЗСЛЕДОВАТЕЛСКИ ЕКИП, ИЗПОЛЗВАЙКИ ГЕНОТИПИРАНЕ С ХИЛЯДИ МАРКЕРИ, ДАДОХА ВЪЗМОЖНОСТ ЗА ЗАДЪЛБОЧАВАНЕ НА ТОЗИ ПРОЦЕС. В ТЕЗИ ПРОУЧВАНИЯ Е ДОКАЗАНО, ЧЕ ОПИТОМЯВАНЕТО СЕ ИЗВЪРШВА В ДВЕ ФАЗИ — ЕДНАТА В ЮЖНА АМЕРИКА И ДРУГАТА ПО-КЪСНО В МЕСОАМЕРИКА. ЗАГУБАТА НА ПРОМЕНЛИВОСТ ВЪЗНИКВА ПО ВРЕМЕ НА ПРЕМИНАВАНЕТО ОТ ЮЖНА АМЕРИКА КЪМ MESOAMERICA, ТАКА ЧЕ S. LYCOPERSICUM ВСЕ ОЩЕ ЗАПАЗВА ПРОМЕНЛИВОСТ, СРАВНИМА С ТАЗИ НА ДИВИ ВИДОВЕ В РАЙОНА НА АНДИТЕ. ТОЗИ ПРОЕКТ ИМА ЗА ЦЕЛ ДА ВЪЗСТАНОВИ ЧАСТ ОТ ТАЗИ НЕИЗВЕСТНА ПРЕДИ ТОВА ЗАГУБА НА ПРОМЕНЛИВОСТ, КОЯТО НЕ Е БИЛА ШИРОКО ИЗПОЛЗВАНА ПРИ ПОДОБРЯВАНЕТО НА ДОМАТИТЕ. ПРЕДЛАГАМЕ ИЗГРАЖДАНЕТО НА ПОПУЛАЦИЯ, ГЕНЕРИРАНА ОТ ОСЕМ РОДИТЕЛИ, КОИТО ПРЕДСТАВЛЯВАТ ТАЗИ ИЗГУБЕНА АНДСКА ВАРИАБИЛНОСТ, ЧЕТИРИ ОТ КОИТО ОТ СОРТА CERASIFORME S. LYCOPERSICUM И ЧЕТИРИ ОТ ДИВИЯ ВИД S. PIMPINELLIFOLIUM. РАЗВИТИЕТО НА ПОПУЛАЦИЯТА СЕ СЪСТОИ ОТ ПОРЕДИЦА ОТ ПОКОЛЕНИЯ ПРЕКОСЯВАНЕ, ПОСЛЕДВАНИ ОТ ПОСЛЕДОВАТЕЛНИ САМОНАТОРЯВАНЕ, ЗА ДА СЕ ФИКСИРАТ ПОЛУЧЕНИТЕ МАТЕРИАЛИ. ТЕЗИ ПОПУЛАЦИИ СА НАЙ-ИДЕАЛНИТЕ ЗА ФИНО КАРТОГРАФИРАНЕ НА ГЕНИ И QTLS, С НЯКОЛКО ПОКОЛЕНИЯ КРЪСТОСВАНЕ, КОИТО УЛЕСНЯВАТ ПОЯВАТА НА МНОЖЕСТВО КРЪСТОСВАНИЯ. В ДОМАТИТЕ ВЕЧЕ ИМА ПОПУЛАЦИЯ ОТ ТЕЗИ ХАРАКТЕРИСТИКИ, НО РОДИТЕЛИТЕ НА ОТПЪТУВАНЕ, ВСИЧКИ ОТ КУЛТИВИРАНИЯ ВИД S. LYCOPERSICUM, СА МНОГО РАЗЛИЧНИ МОРФОЛОГИЧНО И МОЛЕКУЛЯРНО ОТ ИЗБРАНИТЕ ЗА ТОЗИ ПРОЕКТ, СПОРЕД МОРФОЛОГИЧНИТЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ И ГЕНОПТИПАДО, НАПРАВЕНИ СЪС 7000 SNP И ПОВЕЧЕ ОТ 1000 ВПИСВАНИЯ, И НЕ СЪБИРАТ ЦЯЛАТА НАЛИЧНА В ТЕЗИ ВИДОВЕ ВЪЗМОЖНОСТ. РОДИТЕЛИТЕ, ИЗБРАНИ В ТОЗИ ПРОЕКТ, ВКЛЮЧВАТ ГОЛЯМА МОРФОЛОГИЧНА, ГЕНЕТИЧНА И ЕКОЛОГИЧНА ПРОМЕНЛИВОСТ, НАМИРАНЕ НА КУЛТИВИРАНИ, ПОЛУДОМАШНИ И ДИВИ ВХОДОВЕ. ТАЗИ ПОПУЛАЦИЯ ЩЕ СЛУЖИ ЗА КАРТОГРАФИРАНЕ НА ГЕНИ, УЧАСТВАЩИ В МНОЖЕСТВО ВЕГЕТАТИВНИ, ЦЪФТЯЩИ И ПЛОДОВИ ХАРАКТЕРИ, ЗА КОИТО ИМА ГОЛЕМИ РАЗЛИЧИЯ В ОСЕМТЕ ИЗБРАНИ РОДИТЕЛИ. ДРУГА ОСОБЕНОСТ ОТ ГОЛЯМ ИНТЕРЕС Е АДАПТИРАНЕТО КЪМ РАЗЛИЧНИ ВИДОВЕ СРЕДИ НА ОСЕМТЕ РОДИТЕЛИ, ОТ ПУСТИНИТЕ ДО ТРОПИЧЕСКИТЕ ГОРИ, ОТ МОРСКОТО РАВНИЩЕ ДО 1500 M ВИСОЧИНА И ОТ ЕКВАДОР ДО СЕВЕРНАТА ЧАСТ НА МЕКСИКО. ТОВА ЩЕ ДАДЕ ВЪЗМОЖНОСТ ЗА ОТКРИВАНЕ И КАРТОГРАФИРАНЕ НА ГЕНИТЕ, УЧАСТВАЩИ В ТОЛЕРАНТНОСТТА И АДАПТИРАНЕТО КЪМ АБИОТИЧНИЯ СТРЕС, И ЩЕ СПОМОГНЕ ЗА РАЗРАБОТВАНЕТО НА МАТЕРИАЛИ ЗА СПРАВЯНЕ С КЛИМАТИЧНИТЕ ПРОМЕНИ. ВЪПРЕКИ ЧЕ СА НАЛИЧНИ ПРЕДИШНИ ДАННИ ЗА ФЕНОТИПИЗИРАНЕТО НА РОДИТЕЛИТЕ, КАТО ВТОРА ЦЕЛ НА ПРОЕКТА ЩЕ БЪДЕ ИЗВЪРШЕНО ПОДРОБНО ФЕНОТИПИЗИРАНЕ НА ТЕЗИ ФАКТОРИ, ВКЛЮЧИТЕЛНО РЕЗИСТЕНТНОСТ КЪМ ВИРУСИ, БАКТЕРИИ И ГЪБИЧКИ, КОЕТО ЩЕ ПОСЛУЖИ ЗА ОПРЕДЕЛЯНЕ НА ЗНАЦИТЕ, КОИТО ЩЕ БЪДАТ ФЕНОТИПИРАНИ В ПОПУЛАЦИЯТА, КОЯТО ЩЕ БЪДЕ РАЗРАБОТЕНА. И НАКРАЯ, ОСЕМТЕ ОСНОВАТЕЛИ ГЕНОТИПА ЩЕ БЪДАТ ПОСЛЕДОВАТЕЛНИ И СЪГЛАСУВАНИ С РЕФЕРЕНТНИЯ ГЕНОМ, КОЕТО ЩЕ ПОЗВОЛИ МЕСТОПОЛОЖЕНИЕТО НА ХИЛЯДИ SNP, КОИТО ЩЕ ПОСЛУЖАТ ЗА КАРТОГРАФИРАНЕ С ВИСОКА РАЗДЕЛИТЕЛНА СПОСОБНОСТ НА QTL, УЧАСТВАЩИ В СИМВОЛИТЕ ОТ ИНТЕРЕС, КАКТО И ЗА ИЗВЪРШВАНЕ НА СРАВНИТЕЛНИ ИЗСЛЕДВАНИЯ НА ТЕХНИЯ ГЕНОМ. ФЕНОТИПИЗИРАНЕТО И ОПРЕДЕЛЯНЕТО НА ГЕНОТИПА НА ПОЛУЧЕНАТА ПОПУЛАЦИЯ ЩЕ БЪДЕ ПРЕДМЕТ НА ДРУГ ПОСЛЕДВАЩ ПРОЕКТ, ТЪЙ КАТО РАЗВИТИЕТО НА СЕГРЕГИРАЩАТА ПОПУЛАЦИЯ ТУК И ОПРЕДЕЛЯНЕТО НА ГЕНОТИПА НА РОДИТЕЛИТЕ СЕ СЧИТАТ ЗА ДОСТАТЪЧНА РАБОТА ЗА ТОЗИ ПРОЕКТ. (Bulgarian)
4 August 2022
0 references
MATUL IL-PROĊESS TA ‘DOMESTIKAZZJONI TAT-TADAM SEĦĦEW TELF IMPORTANTI TA’ VARJABILITÀ ĠENETIKA, LI KKAWŻAT TIDJIQ NOTEVOLI ĦAFNA TAL-BAŻI ĠENETIKA. STUDJI RIĊENTI DWAR ID-DOMESTIKAZZJONI MWETTQA MINN DAN IT-TIM TA’ RIĊERKA BL-UŻU TA’ ĠENOTIPAR MA’ ELUF TA’ MARKATURI GĦAMLUHA POSSIBBLI LI DAN IL-PROĊESS JIĠI APPROFONDIT. F’DAWN L-ISTUDJI NTWERA LI D-DOMESTIKAZZJONI SARET F’ŻEWĠ FAŻIJIET, WAĦDA FL-AMERIKA T’ISFEL U L-OĦRA AKTAR TARD F’MESOAMERICA. IT-TELF TA’ VARJABILITÀ SEĦĦ MATUL IL-PASSAĠĠ MILL-AMERIKA T’ISFEL GĦAL MESOAMERICA SABIEX S. LYCOPERSICUM JIBQA’ JŻOMM VARJABILITÀ KOMPARABBLI MA’ DIK TA’ SPEĊI SELVAĠĠA FIŻ-ŻONA ANDINA. DAN IL-PROĠETT GĦANDU L-GĦAN LI JIRKUPRA PARTI MINN DIN IL-VARJABBILTÀ MITLUFA LI QATT MA KIENET MAGĦRUFA QABEL LI MA NTUŻATX ĦAFNA FIT-TITJIB TAT-TADAM. AĦNA NIPPROPONU L-KOSTRUZZJONI TA ‘POPOLAZZJONI ĠĠENERATA MINN TMIEN ĠENITURI, LI JIRRAPPREŻENTAW DIN IL-VARJABBILTÀ ANDINA MITLUFA, ERBGĦA MINNHOM MILL-VARJETÀ CERASIFORME S. LYCOPERSICUM U ERBGĦA MILL-ISPEĊI SELVAĠĠI, S. PIMPINELLIFOLIUM. L-IŻVILUPP TAL-POPOLAZZJONI JIKKONSISTI F’SERJE TA’ ĠENERAZZJONIJIET TA’ INTERSEZZJONI SEGWITI MINN AWTOFERTILIZZAZZJONIJIET SUĊĊESSIVI SABIEX JIĠU FFISSATI L-MATERJALI MIKSUBA. DAWN IL-POPOLAZZJONIJIET HUMA L-AKTAR IDEALI GĦALL-IMMAPPJAR MULTA TA ‘ĠENI U QTLS, MA’ DIVERSI ĠENERAZZJONIJIET TA ‘INTERCROSSING LI JIFFAĊILITAW L-OKKORRENZA TA’ CROSSOVERS MULTIPLI. FIT-TADAM DIĠÀ HEMM POPOLAZZJONI TA’ DAWN IL-KARATTERISTIĊI, IŻDA L-ĠENITURI TAT-TLUQ, KOLLHA KEMM HUMA TAL-ISPEĊI KKULTIVATA S. LYCOPERSICUM, HUMA DIFFERENTI ĦAFNA B’MOD MORFOLOĠIKU U MOLEKULARI MINN DAWK MAGĦŻULA GĦAL DAN IL-PROĠETT, SKONT IL-KARATTERIZZAZZJONIJIET MORFOLOĠIĊI U L-GENOPTIPADO MAGĦMULA B’7000 SNP U B’AKTAR MINN 1000 ENTRATA, U MA JIĠBRUX IL-VARJABBLI KOLLHA EŻISTENTI F’DAWN L-ISPEĊIJIET. IL-ĠENITURI MAGĦŻULA F’DAN IL-PROĠETT JINKLUDU VARJABBILTÀ MORFOLOĠIKA, ĠENETIKA U EKOLOĠIKA KBIRA, LI JSIBU DAĦLIET IKKULTIVATI, SEMIDOMESTIKATI U SELVAĠĠI. DIN IL-POPOLAZZJONI SE SSERVI GĦALL-IMMAPPJAR TA’ ĠENI INVOLUTI F’KARATTRI VEĠETATTIVI, TAL-FJURI U TAL-FROTT MULTIPLI LI GĦALIHOM HEMM VARJAZZJONI KBIRA FIT-TMIEN ĠENITURI MAGĦŻULA. KARATTERISTIKA OĦRA TA’ INTERESS KBIR HIJA L-ADATTAMENT GĦAL TIPI DIFFERENTI TA’ AMBJENTI TAT-TMIEN ĠENITURI, MID-DEŻERTI SAL-FORESTI TROPIKALI, MIL-LIVELL TAL-BAĦAR GĦAL 1500 M GĦOLI U MILL-EKWADOR SAT-TRAMUNTANA TAL-MESSIKU. DAN SE JIPPERMETTI L-ISKOPERTA U L-IMMAPPJAR TA’ ĠENI INVOLUTI FIT-TOLLERANZA U L-ADATTAMENT GĦALL-ISTRESS ABIJOTIKU U JGĦIN FL-IŻVILUPP TA’ MATERJALI BIEX ILAĦĦQU MAL-BIDLA KLIMATIKA. GĦALKEMM ID-DATA PREĊEDENTI DWAR IL-FENOTIPAR TAL-ĠENITURI HIJA DISPONIBBLI, SE JITWETTAQ PHENOTYPING DETTALJAT TA’ DAWN, INKLUŻA R-REŻISTENZA GĦALL-VIRUSES, IL-BATTERJI U L-FUNGI, BĦALA T-TIENI GĦAN TAL-PROĠETT, LI SE JSERVI BIEX JIDDETERMINA L-KARATTRI LI GĦANDHOM JIĠU FENOTIPATI FIL-POPOLAZZJONI LI TRID TIĠI ŻVILUPPATA. FL-AĦĦAR NETT, IT-TMIEN ĠENOTIPI FUNDATURI SE JIĠU SEKWENZJATI U ALLINJATI MAL-ĠENOMA TA’ REFERENZA, LI SE TIPPERMETTI L-POST TA’ ELUF TA’ SNPS LI SE JSERVU GĦALL-IMMAPPJAR B’RIŻOLUZZJONI GĦOLJA TAL-QTLS INVOLUTI FIL-KARATTRI TA’ INTERESS, KIF UKOLL BIEX JITWETTQU STUDJI KOMPARATTIVI TAL-ĠENOMA TAGĦHOM. IL-FENOTIPIZZAZZJONI U L-ĠENOTIPAR TAL-POPOLAZZJONI LI TIRRIŻULTA SE JKUNU S-SUĠĠETT TA’ PROĠETT SUSSEGWENTI IEĦOR, PERESS LI L-IŻVILUPP TAL-POPOLAZZJONI SEGREGATA HAWNHEKK U L-ĠENOTIPAR TAL-ĠENITURI HUWA MEQJUS BĦALA XOGĦOL SUFFIĊJENTI GĦAL DAN IL-PROĠETT. (Maltese)
4 August 2022
0 references
Durante o processo de domesticação do tomate, verificou-se uma perda importante de variabilidade genética, que provocou uma alteração muito notável da base genética. ESTUDOS RECENTES SOBRE A DOMESTICAÇÃO EFETUADOS POR ESTA EQUIPA DE INVESTIGAÇÃO COM GENOTIPAÇÃO COM MILHÕES DE MARCADORES PODERAM Aprofundar ESTE PROCESSO. Nestes estudos, mostrou-se que a domótica se instalou em duas fases, uma na América do Sul e a outra mais tarde na Mesoamérica. PERDA DE VARIABILIDADE Ocorrida DURANTE A PASSAGEM DA AMÉRICA DO SUL PARA A MESOAMÉRICA DE FORMA A QUE S. LYCOPERSICUM CONTINUA A CONSERVAR UMA VARIABILIDADE COMPARÁVEL À DE UMA ESPÉCIE SELVAGEM NA ZONA ANDEANA. Este projeto destina-se a recuperar algumas destas variações perdidas anteriormente desconhecidas que não foram amplamente utilizadas na melhoria do TOMATO. Propomos a construção de uma população gerada a partir de oito pais, que representam esta variedade perdida andina, quatro deles da variedade Cerasiforme S. Licopersicum e quatro das espécies selvagens, S. PIMPINELLIFOLIUM. O DESENVOLVIMENTO DA POPULAÇÃO É CONSTITUÍDO POR UMA SÉRIE DE GERAÇÕES DE INTERCROSSAGEM SEGUIDAS POR AUTOFERTILIZAÇÕES SUCESSIVAS PARA FIXAR OS MATERIAIS OBTIDOS. Estas populações são as mais ideais para a maquinação perfeita de genes e qTLs, com várias gerações de cruzamento que facilitam a ocorrência de múltiplos atravessadores. Em TOMATO já existe uma população destas características, mas os pais de partida, todas elas das espécies cultivadas S. LYCOPERSICUM, são muitíssimo diferentes em termos morfológicos e moleculares dos escolhidos para este projecto, de acordo com as características morfológicas e o genoptIPADO feito com 7000 RPS e mais de 1000 faixas, e não recolhem toda a variedade existente nestas espécies. Os pais seleccionados no âmbito do presente projecto incluem uma grande variedade morfológica, genética e ecológica, bem como a descoberta de alterações cultivadas, semi-desmistificadas e selvagens. Esta POPULAÇÃO SERVIRÁ PARA A FABRICAÇÃO DE GÉNEROS ENVOLVIDOS EM MÚLTIPLAS CARACTERÍSTICAS VEGETATIVAS, FLORESCENTES E FRUTAS PARA AS QUAIS HÁ ALTA VARIAÇÃO NOS OITAS PARENTES SELECIONADOS. Outra característica de grande interesse é a adaptação a diferentes tipos de ambiente dos oito pais, dos desejos aos furacões, do nível do mar aos 1500 metros de altura e do ecuador ao norte do México. Isto permitirá a detecção e o melhoramento dos genes envolvidos na tolerância e na adaptação ao stress abiótico e ajudará a desenvolver materiais para lidar com as mudanças climáticas. Embora existam dados prévios sobre fenotipagem de pacientes, um fenotipagem detalhada destes, incluindo a resistência a vírus, bactérias e fungos, será realizada como um segundo objetivo do projeto, que servirá para determinar as características a serem fenotipadas na população a ser desenvolvida. Finalmente, os oito genótipos de base serão seqüenciados e alinhados com o genoma de referência, o que permitirá a localização de milhares de lingotes que servirão para a alta resolução de QTLs envolvidos nas características de interesse, bem como a realização de estudos comparativos de seu genoma. O FENÓTIPO E A GENÓTIPO DA POPULAÇÃO RESULTANTE SERÃO OBJETO DE UM OUTRO PROJETO SUBSEQUENTES, uma vez que o DESENVOLVIMENTO DA POPULAÇÃO SEGREGANTE AQUI E A GENÓTIPO DE PARENS SÃO CONSIDERADOS TRABALHOS SUFICIENTES PARA ESTE PROJETO. (Portuguese)
4 August 2022
0 references
UNDER PROCESSEN MED DOMESTICATION AF TOMAT OPSTOD ET VIGTIGT TAB AF GENETISK VARIABILITET, HVILKET FORÅRSAGEDE EN MEGET BEMÆRKELSESVÆRDIG INDSNÆVRING AF DEN GENETISKE BASE. NYLIGE UNDERSØGELSER AF HUSNING UDFØRT AF DETTE FORSKERHOLD VED HJÆLP AF GENOTYPEBESTEMMELSE MED TUSINDVIS AF MARKØRER HAR GJORT DET MULIGT AT UDDYBE DENNE PROCES. I DISSE UNDERSØGELSER ER DET BLEVET PÅVIST, AT HUSHOLDNINGEN FANDT STED I TO FASER, DEN ENE I SYDAMERIKA OG DEN ANDEN SENERE I MESOAMERICA. TABET AF VARIABILITET INDTRAF UNDER PASSAGEN FRA SYDAMERIKA TIL MESOAMERICA, SÅLEDES AT S. LYCOPERSICUM STADIG BEVARER EN VARIABILITET, DER KAN SAMMENLIGNES MED EN VILD ART I ANDES-OMRÅDET. DETTE PROJEKT HAR TIL FORMÅL AT GENVINDE NOGLE AF DENNE TIDLIGERE UKENDTE TABTE VARIABILITET, DER IKKE HAR VÆRET UDBREDT I TOMATFORBEDRING. VI FORESLÅR, AT DER BYGGES EN POPULATION FRA OTTE FORÆLDRE, SOM REPRÆSENTERER DENNE TABTE ANDESVARIABILITET, FIRE AF DEM FRA SORTEN CERASIFORME S. LYCOPERSICUM OG FIRE FRA DEN VILDE ART, S. PIMPINELLIFOLIUM. UDVIKLINGEN I BEFOLKNINGEN BESTÅR AF EN RÆKKE GENERATIONER AF KRYDSNINGER EFTERFULGT AF SUCCESSIVE SELVBEFRUGTNINGER FOR AT FASTSÆTTE DE OPNÅEDE MATERIALER. DISSE POPULATIONER ER DE MEST IDEELLE TIL FIN KORTLÆGNING AF GENER OG QTL'ER, MED FLERE GENERATIONER AF KRYDSNINGER, DER LETTER FOREKOMSTEN AF FLERE CROSSOVERS. I TOMAT ER DER ALLEREDE EN POPULATION AF DISSE KARAKTERISTIKA, MEN FORÆLDRENE TIL AFGANG, ALLE AF DEN DYRKEDE ART S. LYCOPERSICUM, ER MEGET FORSKELLIGE MORFOLOGISK OG MOLEKYLÆR FRA DEM, DER ER VALGT TIL DETTE PROJEKT, I HENHOLD TIL MORFOLOGISKE KARAKTERISERINGER OG GENOPTIPADO LAVET MED 7000 SNP'ER OG MERE END 1000 INDGANGE, OG INDSAMLER IKKE ALLE DE VARIATIONER, DER FINDES I DISSE ARTER. DE UDVALGTE FORÆLDRE I DETTE PROJEKT OMFATTER EN STOR MORFOLOGISK, GENETISK OG ØKOLOGISK VARIABILITET, FINDE DYRKEDE, SEMI-DOMESTICEREDE OG VILDE INDGANGE. DENNE POPULATION VIL TJENE TIL KORTLÆGNING AF GENER INVOLVERET I FLERE VEGETATIVE, BLOMSTRENDE OG FRUGT TEGN, FOR HVILKE DER ER EN HØJ VARIATION I DE OTTE UDVALGTE FORÆLDRE. ET ANDET TRÆK AF STOR INTERESSE ER TILPASNINGEN TIL FORSKELLIGE TYPER MILJØER AF DE OTTE FORÆLDRE, FRA ØRKENER TIL REGNSKOVE, FRA HAVETS OVERFLADE TIL 1500 M HØJ OG FRA ECUADOR TIL DET NORDLIGE MEXICO. DETTE VIL GØRE DET MULIGT AT OPDAGE OG KORTLÆGGE GENER, DER ER INVOLVERET I TOLERANCE OG TILPASNING TIL ABIOTISK STRESS, OG BIDRAGE TIL AT UDVIKLE MATERIALER TIL HÅNDTERING AF KLIMAÆNDRINGER. SELV OM DER FORELIGGER TIDLIGERE DATA OM FÆNOTYPEBESTEMMELSE AF FORÆLDRE, VIL EN DETALJERET FÆNOTYPEBESTEMMELSE AF DISSE, HERUNDER RESISTENS OVER FOR VIRA, BAKTERIER OG SVAMPE, BLIVE UDFØRT SOM ET ANDET MÅL FOR PROJEKTET, SOM VIL TJENE TIL AT BESTEMME DE TEGN, DER SKAL FÆNOTYPES I DEN POPULATION, DER SKAL UDVIKLES. ENDELIG VIL DE OTTE STIFTENDE GENOTYPER BLIVE SEKVENSERET OG AFSTEMT MED REFERENCEGENOMET, HVILKET VIL GØRE DET MULIGT AT PLACERE TUSINDVIS AF SNP'ER, DER VIL TJENE TIL HØJOPLØSNINGSKORTLÆGNING AF QTL'ER, DER ER INVOLVERET I KARAKTERERNE AF INTERESSE, SAMT TIL AT UDFØRE SAMMENLIGNENDE UNDERSØGELSER AF DERES GENOM. FÆNOTYPEBESTEMMELSEN OG GENOTYPEBESTEMMELSEN AF DEN RESULTERENDE BEFOLKNING VIL BLIVE GENSTAND FOR ET ANDET EFTERFØLGENDE PROJEKT, DA UDVIKLINGEN AF DEN SEGREGERENDE BEFOLKNING HER OG GENOTYPEBESTEMMELSEN AF FORÆLDRE BETRAGTES SOM TILSTRÆKKELIGT ARBEJDE TIL DETTE PROJEKT. (Danish)
4 August 2022
0 references
ÎN TIMPUL PROCESULUI DE DOMESTICIRE A TOMATELOR A AVUT LOC O PIERDERE IMPORTANTĂ DE VARIABILITATE GENETICĂ, CARE A CAUZAT O ÎNGUSTARE FOARTE REMARCABILĂ A BAZEI GENETICE. STUDII RECENTE PRIVIND DOMESTICIREA EFECTUATE DE ACEASTĂ ECHIPĂ DE CERCETARE FOLOSIND GENOTIPAREA CU MII DE MARKERI AU FĂCUT POSIBILĂ APROFUNDAREA ACESTUI PROCES. ÎN ACESTE STUDII S-A DEMONSTRAT CĂ DOMESTICIREA A AVUT LOC ÎN DOUĂ FAZE, UNA ÎN AMERICA DE SUD ȘI ALTA MAI TÂRZIU ÎN MESOAMERICA. PIERDEREA VARIABILITĂȚII A AVUT LOC ÎN TIMPUL TRECERII DIN AMERICA DE SUD ÎN MESOAMERICA, ASTFEL ÎNCÂT S. LYCOPERSICUM PĂSTREAZĂ ÎNCĂ O VARIABILITATE COMPARABILĂ CU CEA A UNEI SPECII SĂLBATICE DIN ZONA ANDINĂ. ACEST PROIECT ÎȘI PROPUNE SĂ RECUPEREZE O PARTE DIN ACEASTĂ VARIABILITATE PIERDUTĂ ANTERIOR NECUNOSCUTĂ, CARE NU A FOST UTILIZATĂ PE SCARĂ LARGĂ ÎN ÎMBUNĂTĂȚIREA TOMATELOR. PROPUNEM CONSTRUIREA UNEI POPULAȚII GENERATE DE OPT PĂRINȚI, CARE REPREZINTĂ ACEASTĂ VARIABILITATE ANDINĂ PIERDUTĂ, PATRU DIN SOIUL CERASIFORME S. LYCOPERSICUM ȘI PATRU DIN SPECIA SĂLBATICĂ S. PIMPINELLIFOLIUM. DEZVOLTAREA POPULAȚIEI CONSTĂ ÎNTR-O SERIE DE GENERAȚII DE INTERCRUCIRE URMATE DE AUTO-FERTILIZĂRI SUCCESIVE PENTRU A FIXA MATERIALELE OBȚINUTE. ACESTE POPULAȚII SUNT CELE MAI IDEALE PENTRU CARTOGRAFIEREA FINĂ A GENELOR ȘI QTL-URILOR, CU MAI MULTE GENERAȚII DE INTERSECȚII CARE FACILITEAZĂ APARIȚIA MAI MULTOR CRUCI. ÎN TOMATE EXISTĂ DEJA O POPULAȚIE CU ACESTE CARACTERISTICI, DAR PĂRINȚII PLECĂRII, TOȚI DIN SPECIA CULTIVATĂ S. LYCOPERSICUM, SUNT FOARTE DIFERIȚI DIN PUNCT DE VEDERE MORFOLOGIC ȘI MOLECULAR DE CEI ALEȘI PENTRU ACEST PROIECT, ÎN CONFORMITATE CU CARACTERIZĂRILE MORFOLOGICE ȘI GENOPTIPADO REALIZATE CU 7000 SNP ȘI PESTE 1000 DE INTRĂRI ȘI NU COLECTEAZĂ TOATĂ VARIABILITATEA EXISTENTĂ ÎN ACESTE SPECII. PĂRINȚII SELECTAȚI ÎN ACEST PROIECT INCLUD O MARE VARIABILITATE MORFOLOGICĂ, GENETICĂ ȘI ECOLOGICĂ, GĂSIND INTRĂRI CULTIVATE, SEMIDOMESTICE ȘI SĂLBATICE. ACEASTĂ POPULAȚIE VA SERVI LA CARTOGRAFIEREA GENELOR IMPLICATE ÎN MAI MULTE CARACTERE VEGETATIVE, ÎNFLORITE ȘI FRUCTE PENTRU CARE EXISTĂ O VARIAȚIE RIDICATĂ ÎN CEI OPT PĂRINȚI SELECTAȚI. O ALTĂ CARACTERISTICĂ DE MARE INTERES ESTE ADAPTAREA LA DIFERITE TIPURI DE MEDII ALE CELOR OPT PĂRINȚI, DE LA DEȘERT LA PĂDURI TROPICALE, DE LA NIVELUL MĂRII LA 1500 M ÎNĂLȚIME ȘI DE LA ECUADOR LA NORDUL MEXICULUI. ACEST LUCRU VA PERMITE DETECTAREA ȘI CARTOGRAFIEREA GENELOR IMPLICATE ÎN TOLERANȚA ȘI ADAPTAREA LA STRESUL ABIOTIC ȘI VA CONTRIBUI LA DEZVOLTAREA DE MATERIALE PENTRU A FACE FAȚĂ SCHIMBĂRILOR CLIMATICE. DEȘI DATELE ANTERIOARE PRIVIND FENOTIPAREA PĂRINȚILOR SUNT DISPONIBILE, O FENOTIPARE DETALIATĂ A ACESTORA, INCLUSIV REZISTENȚA LA VIRUSURI, BACTERII ȘI CIUPERCI, VA FI EFECTUATĂ CA UN AL DOILEA OBIECTIV AL PROIECTULUI, CARE VA SERVI LA DETERMINAREA CARACTERELOR CARE URMEAZĂ SĂ FIE FENOTIPIZATE ÎN POPULAȚIA CARE URMEAZĂ SĂ FIE DEZVOLTATĂ. ÎN CELE DIN URMĂ, CELE OPT GENOTIPURI FONDATOARE VOR FI SECVENȚIATE ȘI ALINIATE CU GENOMUL DE REFERINȚĂ, CARE VA PERMITE LOCALIZAREA A MII DE SNP-URI CARE VOR SERVI PENTRU CARTOGRAFIEREA DE ÎNALTĂ REZOLUȚIE A QTL-URILOR IMPLICATE ÎN CARACTERELE DE INTERES, PRECUM ȘI PENTRU A EFECTUA STUDII COMPARATIVE ALE GENOMULUI LOR. FENOTIPAREA ȘI GENOTIPAREA POPULAȚIEI REZULTATE VOR FACE OBIECTUL UNUI ALT PROIECT ULTERIOR, DEOARECE DEZVOLTAREA POPULAȚIEI CARE SEGREGEAZĂ AICI ȘI GENOTIPAREA PĂRINȚILOR SUNT CONSIDERATE SUFICIENTE PENTRU ACEST PROIECT. (Romanian)
4 August 2022
0 references
UNDER DOMESTICERINGEN AV TOMAT INTRÄFFADE EN BETYDANDE FÖRLUST AV GENETISK VARIABILITET, VILKET ORSAKADE EN MYCKET ANMÄRKNINGSVÄRD FÖRTRÄNGNING AV DEN GENETISKA BASEN. NYLIGEN GENOMFÖRDA STUDIER OM DOMESTICERING SOM UTFÖRTS AV DETTA FORSKARLAG MED HJÄLP AV GENOTYPNING MED TUSENTALS MARKÖRER HAR GJORT DET MÖJLIGT ATT FÖRDJUPA DENNA PROCESS. I DESSA STUDIER HAR DET VISAT SIG ATT DOMESTICERINGEN ÄGDE RUM I TVÅ FASER, DEN ENA I SYDAMERIKA OCH DEN ANDRA SENARE I MESOAMERIKA. FÖRLUSTEN AV VARIATIONER INTRÄFFADE UNDER ÖVERGÅNGEN FRÅN SYDAMERIKA TILL MESOAMERICA, SÅ ATT S. LYCOPERSICUM FORTFARANDE BIBEHÅLLER EN VARIATION SOM ÄR JÄMFÖRBAR MED DEN FÖR EN VILD ART I DET ANDINSKA OMRÅDET. DETTA PROJEKT SYFTAR TILL ATT ÅTERSTÄLLA EN DEL AV DENNA TIDIGARE OKÄNDA FÖRLORADE VARIABILITET SOM INTE HAR ANVÄNTS I STOR UTSTRÄCKNING I TOMATFÖRBÄTTRING. VI FÖRESLÅR BYGGANDET AV EN POPULATION SOM GENERERAS AV ÅTTA FÖRÄLDRAR, SOM REPRESENTERAR DENNA FÖRLORADE ANDINSKA VARIABILITET, FYRA AV DEM FRÅN SORTEN CERASIFORME S. LYCOPERSICUM OCH FYRA FRÅN VILDA ARTER, S. PIMPINELLIFOLIUM. BEFOLKNINGENS UTVECKLING BESTÅR AV EN RAD GENERATIONER AV INTERCROSSING FÖLJT AV SUCCESSIVA SJÄLVBEFRUKTNINGAR FÖR ATT FIXERA DE ERHÅLLNA MATERIALEN. DESSA POPULATIONER ÄR DE MEST IDEALISKA FÖR DEN FINA KARTLÄGGNINGEN AV GENER OCH QTL, MED FLERA GENERATIONER AV INTERCROSSING SOM UNDERLÄTTAR FÖREKOMSTEN AV FLERA CROSSOVERS. I TOMAT FINNS DET REDAN EN POPULATION AV DESSA EGENSKAPER, MEN FÖRÄLDRARNA TILL AVRESAN, ALLA AV DE ODLADE ARTERNA S. LYCOPERSICUM, ÄR MYCKET OLIKA MORFOLOGISKT OCH MOLEKYLÄRT FRÅN DEM SOM VALTS FÖR DETTA PROJEKT, ENLIGT MORFOLOGISKA KARAKTERISERINGAR OCH GENOPTIPADO GJORT MED 7000 SNP OCH MER ÄN 1000 POSTER, OCH SAMLAR INTE ALL VARIATION SOM FINNS HOS DESSA ARTER. DE FÖRÄLDRAR SOM VALTS UT I DETTA PROJEKT INKLUDERAR EN STOR MORFOLOGISK, GENETISK OCH EKOLOGISK VARIABILITET, HITTA ODLADE, HALVDOMESTICERADE OCH VILDA INGÅNGAR. DENNA POPULATION KOMMER ATT TJÄNA FÖR KARTLÄGGNING AV GENER SOM ÄR INVOLVERADE I FLERA VEGETATIVA, BLOMMANDE OCH FRUKTKARAKTÄRER FÖR VILKA DET FINNS EN STOR VARIATION HOS DE ÅTTA UTVALDA FÖRÄLDRARNA. ETT ANNAT INSLAG AV STORT INTRESSE ÄR ANPASSNINGEN TILL OLIKA TYPER AV MILJÖER FÖR DE ÅTTA FÖRÄLDRARNA, FRÅN ÖKNAR TILL REGNSKOGAR, FRÅN HAVSNIVÅ TILL 1500 M HÖG OCH FRÅN ECUADOR TILL NORRA MEXIKO. DETTA KOMMER ATT GÖRA DET MÖJLIGT ATT UPPTÄCKA OCH KARTLÄGGA GENER SOM ÄR INVOLVERADE I TOLERANS OCH ANPASSNING TILL ABIOTISK STRESS OCH BIDRA TILL ATT UTVECKLA MATERIAL FÖR ATT HANTERA KLIMATFÖRÄNDRINGAR. ÄVEN OM TIDIGARE DATA OM FENOTYPNING AV FÖRÄLDRAR FINNS TILLGÄNGLIGA, KOMMER EN DETALJERAD FENOTYPNING AV DESSA, INKLUSIVE RESISTENS MOT VIRUS, BAKTERIER OCH SVAMPAR, ATT UTFÖRAS SOM ETT ANDRA MÅL FÖR PROJEKTET, VILKET KOMMER ATT TJÄNA TILL ATT BESTÄMMA DE TECKEN SOM SKA FENOTYPAS I DEN POPULATION SOM SKA UTVECKLAS. SLUTLIGEN KOMMER DE ÅTTA GRUNDGENOTYPERNA ATT SEKVENSERAS OCH ANPASSAS TILL REFERENSGENOMET, VILKET KOMMER ATT GÖRA DET MÖJLIGT ATT LOKALISERA TUSENTALS SNP:ER SOM KOMMER ATT TJÄNA FÖR DEN HÖGUPPLÖSTA KARTLÄGGNINGEN AV QTL:ER SOM ÄR INVOLVERADE I KARAKTÄRERNA AV INTRESSE, SAMT FÖR ATT GENOMFÖRA JÄMFÖRANDE STUDIER AV DERAS GENOM. FENOTYPNING OCH GENOTYPNING AV DEN RESULTERANDE POPULATIONEN KOMMER ATT BLI FÖREMÅL FÖR ETT ANNAT EFTERFÖLJANDE PROJEKT, EFTERSOM UTVECKLINGEN AV DEN SEGREGERANDE POPULATIONEN HÄR OCH GENOTYPNINGEN AV FÖRÄLDRAR ANSES VARA TILLRÄCKLIGT ARBETE FÖR DETTA PROJEKT. (Swedish)
4 August 2022
0 references
Valencia
0 references
20 December 2023
0 references
Identifiers
AGL2015-71011-R
0 references