CLARIFYING THE ROLE OF RISK VARIANTS IN COMPLEX INFLAMMATORY DISEASES. CELIAC DISEASE AS A MODEL (Q3201482): Difference between revisions
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CHIARIRE IL RUOLO DELLE VARIANTI DI RISCHIO NELLE MALATTIE INFIAMMATORIE COMPLESSE. CELIACHIA COME MODELLO | |||||||||||||||
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L'OBIETTIVO GENERALE del progetto è quello di conoscere gli elementi molecolari e i meccanismi attraverso i quali i PNS associati al rischio genetico per la celiachia (CE) modificano i fenotipi cellulari e contribuiscono alla predisposizione alla malattia. A tal fine si propongono i seguenti OBIETTIVI OPERATIVE: — Definire gli elementi normativi più rilevanti (espressione Quantitative Trait Loci — eQTL) e i loro geni bersaglio (in cis o trans) in popolazioni cellulari isolate da biopsie duodenali di pazienti con CD e non celiaci. — Determinare l'effetto di sovraespressione/silenziamento di RNA non codificanti regolatori sulla regolazione dei geni bersaglio in risposta agli stimoli (gliadina nelle linee cellulari intestinali e PSF nei monociti). — Determinare l'effetto della cancellazione di regioni genomiche cromatina attiva sulla regolazione dei geni bersaglio in risposta agli stessi stimoli. — Determinare l'influenza dei genotipi NPS associati su questo regolamento — Caratterizzare i partner molecolari di questi elementi normativi e disegnare il meccanismo molecolare con cui esercitano la loro funzione, in modo che i biomarcatori diagnostici iniziali o potenziali obiettivi terapeutici per questo e altre malattie infiammatorie possono essere proposti. METODOLOGIA: 1.- Replicazione dell'espressione Trait Quantitative Loci (eQTL) con studi di espressione in popolazioni cellulari umane (epiteliali e immunologiche) isolate da biopsie intestinali di pazienti e controlli. 2.- validazione sperimentale dell'eQTL confermato nelle colture di modelli cellulari (silenziamento, sovraespressione o modifica di elementi normativi) e caratterizzazione molecolare dei loro partner molecolari utilizzando RAP e Pull-down. (Italian) | |||||||||||||||
| Property / summary: L'OBIETTIVO GENERALE del progetto è quello di conoscere gli elementi molecolari e i meccanismi attraverso i quali i PNS associati al rischio genetico per la celiachia (CE) modificano i fenotipi cellulari e contribuiscono alla predisposizione alla malattia. A tal fine si propongono i seguenti OBIETTIVI OPERATIVE: — Definire gli elementi normativi più rilevanti (espressione Quantitative Trait Loci — eQTL) e i loro geni bersaglio (in cis o trans) in popolazioni cellulari isolate da biopsie duodenali di pazienti con CD e non celiaci. — Determinare l'effetto di sovraespressione/silenziamento di RNA non codificanti regolatori sulla regolazione dei geni bersaglio in risposta agli stimoli (gliadina nelle linee cellulari intestinali e PSF nei monociti). — Determinare l'effetto della cancellazione di regioni genomiche cromatina attiva sulla regolazione dei geni bersaglio in risposta agli stessi stimoli. — Determinare l'influenza dei genotipi NPS associati su questo regolamento — Caratterizzare i partner molecolari di questi elementi normativi e disegnare il meccanismo molecolare con cui esercitano la loro funzione, in modo che i biomarcatori diagnostici iniziali o potenziali obiettivi terapeutici per questo e altre malattie infiammatorie possono essere proposti. METODOLOGIA: 1.- Replicazione dell'espressione Trait Quantitative Loci (eQTL) con studi di espressione in popolazioni cellulari umane (epiteliali e immunologiche) isolate da biopsie intestinali di pazienti e controlli. 2.- validazione sperimentale dell'eQTL confermato nelle colture di modelli cellulari (silenziamento, sovraespressione o modifica di elementi normativi) e caratterizzazione molecolare dei loro partner molecolari utilizzando RAP e Pull-down. (Italian) / rank | |||||||||||||||
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| Property / summary: L'OBIETTIVO GENERALE del progetto è quello di conoscere gli elementi molecolari e i meccanismi attraverso i quali i PNS associati al rischio genetico per la celiachia (CE) modificano i fenotipi cellulari e contribuiscono alla predisposizione alla malattia. A tal fine si propongono i seguenti OBIETTIVI OPERATIVE: — Definire gli elementi normativi più rilevanti (espressione Quantitative Trait Loci — eQTL) e i loro geni bersaglio (in cis o trans) in popolazioni cellulari isolate da biopsie duodenali di pazienti con CD e non celiaci. — Determinare l'effetto di sovraespressione/silenziamento di RNA non codificanti regolatori sulla regolazione dei geni bersaglio in risposta agli stimoli (gliadina nelle linee cellulari intestinali e PSF nei monociti). — Determinare l'effetto della cancellazione di regioni genomiche cromatina attiva sulla regolazione dei geni bersaglio in risposta agli stessi stimoli. — Determinare l'influenza dei genotipi NPS associati su questo regolamento — Caratterizzare i partner molecolari di questi elementi normativi e disegnare il meccanismo molecolare con cui esercitano la loro funzione, in modo che i biomarcatori diagnostici iniziali o potenziali obiettivi terapeutici per questo e altre malattie infiammatorie possono essere proposti. METODOLOGIA: 1.- Replicazione dell'espressione Trait Quantitative Loci (eQTL) con studi di espressione in popolazioni cellulari umane (epiteliali e immunologiche) isolate da biopsie intestinali di pazienti e controlli. 2.- validazione sperimentale dell'eQTL confermato nelle colture di modelli cellulari (silenziamento, sovraespressione o modifica di elementi normativi) e caratterizzazione molecolare dei loro partner molecolari utilizzando RAP e Pull-down. (Italian) / qualifier | |||||||||||||||
point in time: 16 January 2022
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Revision as of 16:53, 16 January 2022
Project Q3201482 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | CLARIFYING THE ROLE OF RISK VARIANTS IN COMPLEX INFLAMMATORY DISEASES. CELIAC DISEASE AS A MODEL |
Project Q3201482 in Spain |
Statements
43,250.0 Euro
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86,500.0 Euro
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50.0 percent
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1 January 2017
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31 March 2020
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ASOCIACION INSTITUTO DE INVESTIGACION SANITARIA BIOCRUCES
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43°17'43.73"N, 2°59'24.32"W
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48013
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El OBJETIVO GENERAL del proyecto es conocer los elementos y mecanismos moleculares mediante los que los SNPs asociados con riesgo genético a enfermedad celíaca (EC) modifican los fenotipos celulares y contribuyen a la predisposición a la enfermedad. Para ello, se plantean los siguientes OBJETIVOS OPERATIVOS: - Definir los elementos reguladores más relevantes (expression Quantitative Trait Loci - eQTL) y sus genes diana (en cis o en trans) en poblaciones celulares aisladas de biopsias duodenales de pacientes con EC y personas no celíacas. - Determinar el efecto de la sobreexpresión/silenciamiento de RNAs no codificantes reguladores sobre la regulación de los genes diana en respuesta a estímulos (gliadina en líneas celulares intestinales y LPS en monocitos). - Determinar el efecto de la deleción de regiones genómicas de cromatina activa sobre la regulación de los genes diana en respuesta a los mismos estímulos. - Determinar la influencia de los genotipos de SNPs asociados sobre esta regulación - Caracterizar los socios moleculares de estos elementos reguladores y dibujar el mecanismo molecular mediante el que ejercen su función, de manera que puedan proponerse biomarcadores de diagnóstico temprano o potenciales dianas terapéuticas para ésta y otras enfermedades inflamatorias. METODOLOGÍA: 1.- Replicación de expression Quantitative Trait Loci (eQTL) con estudios de expresión en poblaciones celulares humanas (epitelial e inmunológica) aisladas de biopsias intestinales de pacientes y controles. 2.- Validación experimental de los eQTL confirmados en cultivos de modelos celulares (silenciamiento, sobreéxpresión y/o edición de elementos reguladores) y caracterización molecular de sus socios moleculares mediante RAP y Pull-down. (Spanish)
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The GENERAL OBJECTIVE of the project is to know the molecular elements and mechanisms through which SNPs associated with genetic risk to celiac disease (CE) modify cell phenotypes and contribute to predisposition to the disease. To this end, the following OPERATIVE OBJECTIVES are proposed: — Define the most relevant regulatory elements (expression Quantitative Trait Loci — eQTL) and their target genes (in cis or trans) in isolated cell populations from duodenal biopsies of patients with CD and non-coeliac individuals. — Determine the effect of overexpression/silencement of non-coding regulatory RNAs on the regulation of target genes in response to stimuli (gliadine in intestinal cell lines and PSF in monocytes). — Determine the effect of deletion of active chromatin genomic regions on the regulation of target genes in response to the same stimuli. — Determine the influence of the associated NPS genotypes on this regulation — Characterise the molecular partners of these regulatory elements and draw the molecular mechanism by which they exercise their function, so that early diagnostic biomarkers or potential therapeutic targets for this and other inflammatory diseases can be proposed. METHODOLOGY: 1.- Replication of expression Quantitative Trait Loci (eQTL) with expression studies in human cell populations (epithelial and immunological) isolated from intestinal biopsies of patients and controls. 2.- Experimental validation of confirmed eQTL in cell model cultures (silencement, overexpression or editing of regulatory elements) and molecular characterisation of their molecular partners using RAP and Pull-down. (English)
13 October 2021
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L’OBJECTIF GÉNÉRAL du projet est de connaître les éléments moléculaires et les mécanismes par lesquels les SNP associés au risque génétique de la maladie cœliaque (EC) modifient les phénotypes cellulaires et contribuent à la prédisposition à la maladie. À cette fin, les OBJECTIFS OPERATIFs suivants sont proposés: — Définir les éléments réglementaires les plus pertinents (expression Quantitative Trait Loci — eQTL) et leurs gènes cibles (en cis ou en trans) dans des populations cellulaires isolées issues de biopsies duodénales de patients atteints de CD et d’individus non coeliaques. — Déterminer l’effet de la surexpression/silencement des ARN réglementaires non codants sur la régulation des gènes cibles en réponse aux stimuli (gliadine dans les lignées cellulaires intestinales et PSF dans les monocytes). — Déterminer l’effet de la suppression des régions génomiques actives de la chromatine sur la régulation des gènes cibles en réponse aux mêmes stimuli. — Déterminer l’influence des génotypes NPS associés sur cette régulation — Caractériser les partenaires moléculaires de ces éléments régulateurs et dessiner le mécanisme moléculaire par lequel ils exercent leur fonction, de sorte que des biomarqueurs diagnostiques précoces ou des cibles thérapeutiques potentielles pour cette maladie et d’autres maladies inflammatoires puissent être proposés. MÉTHODOLOGIE: 1.- Réplication de l’expression Loci quantitatif Trait (eQTL) avec des études d’expression chez des populations de cellules humaines (épithéliales et immunologiques) isolées des biopsies intestinales des patients et des témoins. 2.- Validation expérimentale de l’eQTL confirmé dans des cultures de modèles cellulaires (silencement, surexpression ou modification d’éléments régulateurs) et caractérisation moléculaire de leurs partenaires moléculaires à l’aide de RAP et Pull-down. (French)
5 December 2021
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Das GENERAL OBJECTIVE des Projekts besteht darin, die molekularen Elemente und Mechanismen zu kennen, durch die SNPs mit genetischem Risiko für Zöliakie (CE) assoziiert sind, um Zellphänotypen zu verändern und zur Veranlagung der Krankheit beizutragen. Zu diesem Zweck werden folgende OPERATIVE OBJEKTE vorgeschlagen: — Definieren Sie die relevantesten regulatorischen Elemente (Expression Quantitative Trait Loci – eQTL) und ihre Zielgene (in cis oder trans) in isolierten Zellpopulationen von duodenalen Biopsien von Patienten mit CD- und Nicht-Zöliakie-Patienten. — Bestimmen Sie die Wirkung von Überexpression/Schweigen von nichtkodierenden regulatorischen RNAs auf die Regulierung von Zielgenen als Reaktion auf Reize (Gliadin in Darmzelllinien und PSF in Monozyten). — Bestimmen Sie die Wirkung des Löschens von aktiven Chromatin-Genomregionen auf die Regulierung von Zielgenen als Reaktion auf die gleichen Reize. — Bestimmen Sie den Einfluss der zugehörigen NPS-Genotypen auf diese Verordnung – Charakterisieren Sie die molekularen Partner dieser regulatorischen Elemente und ziehen Sie den molekularen Mechanismus, durch den sie ihre Funktion ausüben, so dass frühzeitig diagnostische Biomarker oder mögliche therapeutische Ziele für diese und andere entzündliche Erkrankungen vorgeschlagen werden können. METHODIK: 1.- Replikation der Expression Quantitative Trait Loci (eQTL) mit Expressionsstudien an humanen Zellpopulationen (epithelial und immunologisch) isoliert von Darmbiopsien von Patienten und Kontrollen. 2.- Experimentelle Validierung bestätigter eQTL in Zellmodellkulturen (Schweigen, Überdruck oder Bearbeiten von regulatorischen Elementen) und molekulare Charakterisierung ihrer molekularen Partner mittels RAP und Pull-down. (German)
9 December 2021
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De GENERAL OBJECTIVE van het project is om de moleculaire elementen en mechanismen te kennen waardoor SNP’s geassocieerd met genetische risico’s voor coeliakie (CE) celfenotypen wijzigen en bijdragen tot aanleg voor de ziekte. Daartoe worden de volgende OPERATIEKE DOELSTELLINGEN voorgesteld: — Definieer de meest relevante regelgevende elementen (expression Quantitative Trait Loci — eQTL) en hun doelgenen (in cis of trans) in geïsoleerde celpopulaties van duodenale biopsieën van patiënten met CD en niet-coeliakie individuen. — Bepaal het effect van overexpressie/silencement van niet-coderende regelgevende RNA’s op de regulatie van doelgenen in reactie op stimuli (gliadine in darmcellijnen en PSF in monocyten). — Bepaal het effect van verwijdering van actieve chromatin genomische gebieden op de regulatie van doelgenen in reactie op dezelfde stimuli. — Bepaal de invloed van de geassocieerde NPS genotypes op deze verordening — Karakter de moleculaire partners van deze regelgevende elementen en teken het moleculaire mechanisme waarmee ze hun functie uitoefenen, zodat vroege diagnostische biomarkers of potentiële therapeutische doelen voor deze en andere ontstekingsziekten kunnen worden voorgesteld. METHODOLOGIE: 1.- Replicatie van expressie Kwantitatieve Trait Loci (eQTL) met expressiestudies bij menselijke celpopulaties (epitheliaal en immunologisch) geïsoleerd van darmbiopsieën van patiënten en controles. 2.- Experimentele validatie van bevestigde eQTL in celmodelculturen (stilstand, overexpressie of bewerking van regelgevende elementen) en moleculaire karakterisering van hun moleculaire partners met behulp van RAP en Pull-down. (Dutch)
17 December 2021
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L'OBIETTIVO GENERALE del progetto è quello di conoscere gli elementi molecolari e i meccanismi attraverso i quali i PNS associati al rischio genetico per la celiachia (CE) modificano i fenotipi cellulari e contribuiscono alla predisposizione alla malattia. A tal fine si propongono i seguenti OBIETTIVI OPERATIVE: — Definire gli elementi normativi più rilevanti (espressione Quantitative Trait Loci — eQTL) e i loro geni bersaglio (in cis o trans) in popolazioni cellulari isolate da biopsie duodenali di pazienti con CD e non celiaci. — Determinare l'effetto di sovraespressione/silenziamento di RNA non codificanti regolatori sulla regolazione dei geni bersaglio in risposta agli stimoli (gliadina nelle linee cellulari intestinali e PSF nei monociti). — Determinare l'effetto della cancellazione di regioni genomiche cromatina attiva sulla regolazione dei geni bersaglio in risposta agli stessi stimoli. — Determinare l'influenza dei genotipi NPS associati su questo regolamento — Caratterizzare i partner molecolari di questi elementi normativi e disegnare il meccanismo molecolare con cui esercitano la loro funzione, in modo che i biomarcatori diagnostici iniziali o potenziali obiettivi terapeutici per questo e altre malattie infiammatorie possono essere proposti. METODOLOGIA: 1.- Replicazione dell'espressione Trait Quantitative Loci (eQTL) con studi di espressione in popolazioni cellulari umane (epiteliali e immunologiche) isolate da biopsie intestinali di pazienti e controlli. 2.- validazione sperimentale dell'eQTL confermato nelle colture di modelli cellulari (silenziamento, sovraespressione o modifica di elementi normativi) e caratterizzazione molecolare dei loro partner molecolari utilizzando RAP e Pull-down. (Italian)
16 January 2022
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Barakaldo
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Identifiers
PI16_00258
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