ANALYSIS OF VIRULENCE AND PATHOGENICITY MECHANISMS IN MYCOPLASMAS: DESIGN OF VACCINES AGAINST SOME SPECIES OF CLINICAL INTEREST (Q3160298): Difference between revisions

From EU Knowledge Graph
Jump to navigation Jump to search
(‎Changed label, description and/or aliases in et, lt, hr, el, sk, fi, pl, hu, cs, lv, ga, sl, bg, mt, pt, da, ro, sv, nl, fr, de, it, es, and other parts: Adding translations: et, lt, hr, el, sk, fi, pl, hu, cs, lv, ga, sl, bg, mt, pt, da, ro, sv,)
(‎Changed label, description and/or aliases in pt)
 
(5 intermediate revisions by 2 users not shown)
label / ptlabel / pt
ANÁLISE DOS MECANISMOS DE VIRULÊNCIA E PATOGENICIDADE EM MICOPLASMAS: CONCEÇÃO DE VACINAS CONTRA ALGUMAS ESPÉCIES DE INTERESSE CLÍNICO
ANÁLISE DOS MECANISMOS DE VIRULÊNCIA E PATOGENICIDADE EM MICOPLASMAS: CONCEÇÃO DE VACINAS CONTRA ALGUNS ESPÉCIES DE INTERESSE CLÍNICO
Property / budget
211,750.0 Euro
Amount211,750.0 Euro
UnitEuro
 
Property / budget: 211,750.0 Euro / rank
Normal rank
 
Property / co-financing rate
50.0 percent
Amount50.0 percent
Unitpercent
 
Property / co-financing rate: 50.0 percent / rank
Normal rank
 
Property / EU contribution
105,875.0 Euro
Amount105,875.0 Euro
UnitEuro
 
Property / EU contribution: 105,875.0 Euro / rank
Normal rank
 
Property / summary: MYCOPLASMAS REPRESENT ONE OF THE SIMPLEST KNOWN BIOLOGICAL SYSTEMS AND ARE A GOOD MODEL OF MINIMO GENE AND MINIMA-REPLICATIVE CELL. DESPITE ITS SIMPLICITY, ITS BASIC BIOLOGY IS VERY UNKNOWN AND HAS A LARGE NUMBER OF GENES WITHOUT FUNCTIONAL ANNOTATION. MOST MYCOPLASMAS ARE PARASITES AND PATHOGENS OF VARIOUS ANIMAL SPECIES, INCLUDING THE HUMAN SPECIES. THE FUNDAMENTAL OBJECTIVE OF THIS PROJECT IS TO DESIGN STRATEGIES FOR THEIR PROPHYLAXIS OR THERAPY, ESPECIALLY BY TRYING TO OBTAIN VACCINES AGAINST SOME MYCOPLASMAS. SPECIFICALLY, WE WILL FOCUS ON THE FOLLOWING SPECIES: MYCOPLASMA GENITALIUM, PATHOGEN OF THE HUMAN UROGENITAL SYSTEM; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, IMPORTANT RESPIRATORY PATHOGEN IN PIGS; MYCOPLASMA BOVIS, AN IMPORTANT RESPIRATORY PATHOGEN IN CATTLE; MYCOPLASMA HYORHINIS, PATHOGEN OF PIGS AND ALSO AFFECTS HUMANS (RELATED TO PROSTATE CANCER). M. GENITALIUM IS THE SPECIES THAT WE HAVE PREVIOUSLY STUDIED MOST, LARGELY FOR ITS GREATER EASE OF TRANSFORMATION AND GENETIC MANIPULATION IN GENERAL AND BECAUSE IT IS A MODEL OF A MINIMAL GENOME. IT HAS ALLOWED US TO GAIN EXPERIENCE IN THE GENETIC MANAGEMENT AND MANIPULATION OF THESE DIFFICULT MICROORGANISMS AS WELL AS IN ANALYSING THE PATHOGENICITY MECHANISMS OF MYCOPLASMAS AND IDENTIFYING AND CHARACTERISING (IN SOME CASES AT THE LEVEL OF CRYSTALOGRAMIC STRUCTURE) THE PROTEINS INVOLVED IN THEM. IN THIS CASE, RATHER THAN A VACCINE, WE THINK IT INTERESTING TO TRACK THE INHIBITORY ACTIVITY OF A LIBRARY OF COMPOUNDS DEVELOPED IN THE PREVIOUS COORDINATED PROJECT AND AIMED AT INACTIVATING THE GLYCOSYLTRANSFERASE OF THE MICROORGANISM. SOME OF THESE ENZYMES ARE TOTALLY INDISPENSABLE FOR MYCOPLASMA AND EXHIBIT VERY SPECIFIC ACTIVITIES, SO THEY ARE GOOD CANDIDATES FOR THERAPEUTIC TARGETS. IN ADDITION, WE WILL CONTINUE TO STUDY THE MOLECULAR BASES OF ITS PATHOGENICITY, IDENTIFYING VIRULENCE GENES ESPECIALLY THOSE RELATED TO THE ADHESION MECHANISM AND COMPLEX NETWORKS OF GENIC REGULATION. YOUR GENOME WILL ALSO BE REANOTATED BASED ON A PROTEOGENOMIC AND BIOINFORMATIC ANALYSIS, REANOTATION THAT WILL BE EXTENDED TO THE ORTHOLOGOUS GENES OF OTHER MYCOPLASMA SPECIES. IN THE CASE OF M. HYOPNEUMONIAE AND M. BOVIS WE WILL TRY TO DESIGN A LIVE VACCINE BY DELETION OF VIRULENCE GENES AS WELL AS USE THE LIVE CELL AS A HOST FOR A POSSIBLE COMBI VACCINE, BY EXPRESSION HEREROLOGY OF PROTEINS ANTIGENICAS OF OTHER PORCINE PATHOGENS (P.E., CIRCOVIRUS) AND CATTLE (P.E., BHV-1, BRSV, ETC.) RESPECTIVELY. THIS REQUIRES HAVING METHODS OF TRANSFORMATION, WHICH WE HAVE ALREADY ACHIEVED IN M. HYOPNEUMONIAE AND THAT WILL BE EXTENDED TO M. BOVIS, WITH A HISTORY THAT INDICATES THAT IT COULD BE TRANSFORMED BY TRANSITION AND HOMOLOGATION. FINALLY, IN THE CASE OF M. HYORHINIS, ALTHOUGH HIS ROLE AS A PATHOGEN HAS ALREADY BEEN MENTIONED, IN THIS PROJECT WE WILL EXPLORE ANOTHER FACET OF IT. RECENTLY, IT HAS JUST BEEN DESCRIBED THAT SOME OF ITS MEMBRANE PROTEINS HAVE ACTIVITY ANTIAGREGACION OF ALZHEIMER’S BETAPEPTIDS. THIS EFFECT IS MEDIATED BY AN OVEREXPRESSION OF THE CALPASTATIN GENE (CALPAIN INHIBITOR) IN HUMAN CELLS. WE WILL TRY TO PURIFY, IDENTIFY AND CHARACTERISE THIS OR THESE COMPONENTS AND CARRY OUT TRIALS ON A RATON MODEL, AVAILABLE IN ANOTHER GROUP OF OUR UNIVERSITY, IN ORDER TO IDENTIFY THE UNDERLYING MECHANISM. (English) / qualifier
 
readability score: 0.4073995624265374
Amount0.4073995624265374
Unit1
Property / summaryProperty / summary
MICOPLASMAS REPRESENTAM UM DOS SISTEMAS BIOLÓGICOS MAIS SIMPLES CONHECIDOS E SÃO UM BOM MODELO DE GENE MÍNIMO E CÉLULA REPLICATIVA MÍNIMA. APESAR DE SUA SIMPLICIDADE, SUA BIOLOGIA BÁSICA É MUITO DESCONHECIDA E TEM UM GRANDE NÚMERO DE GENES SEM APONTAMENTO FUNCIONAL. A MAIORIA DOS MICOPLASMAS SÃO PARASITAS E PATÓGENOS DE VÁRIAS ESPÉCIES ANIMAIS, INCLUINDO A ESPÉCIE HUMANA. O OBJETIVO FUNDAMENTAL DESTE PROJETO É DESENHAR ESTRATÉGIAS PARA SUA PROFILAXIA OU TERAPIA, ESPECIALMENTE TENTANDO OBTER VACINAS CONTRA ALGUNS MICOPLASMAS. ESPECIFICAMENTE, VAMOS NOS CONCENTRAR NAS SEGUINTES ESPÉCIES: MYCOPLASMA GENITALIUM, PATÓGENO DO SISTEMA UROGENITAL HUMANO; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, IMPORTANTE AGENTE PATOGÉNICO RESPIRATÓRIO EM SUÍNOS; MYCOPLASMA BOVIS, UM IMPORTANTE PATÓGENO RESPIRATÓRIO EM BOVINOS; MYCOPLASMA HYORHINIS, PATÓGENO DOS SUÍNOS E TAMBÉM AFETA O SER HUMANO (RELACIONADO COM O CANCRO DA PRÓSTATA). M. GENITALIUM É A ESPÉCIE QUE ESTUDAMOS ANTERIORMENTE MAIS, EM GRANDE PARTE POR SUA MAIOR FACILIDADE DE TRANSFORMAÇÃO E MANIPULAÇÃO GENÉTICA EM GERAL E PORQUE É UM MODELO DE UM GENOMA MÍNIMO. PERMITIU-NOS ADQUIRIR EXPERIÊNCIA NA GESTÃO GENÉTICA E MANIPULAÇÃO DESTES MICRORGANISMOS DIFÍCEIS, BEM COMO NA ANÁLISE DOS MECANISMOS DE PATOGENICIDADE DOS MICOPLASMAS E NA IDENTIFICAÇÃO E CARACTERIZAÇÃO (EM ALGUNS CASOS AO NÍVEL DA ESTRUTURA CRISTÁLOGICA) DAS PROTEÍNAS ENVOLVIDAS NELES. NESTE CASO, EM VEZ DE UMA VACINA, ACHAMOS INTERESSANTE RASTREAR A ATIVIDADE INIBITÓRIA DE UMA BIBLIOTECA DE COMPOSTOS DESENVOLVIDA NO PROJETO COORDENADO ANTERIOR E VISANDO INATIVAR A GLICOSILTRANSFERASE DO MICRORGANISMO. ALGUMAS DESTAS ENZIMAS SÃO TOTALMENTE INDISPENSÁVEIS PARA O MYCOPLASMA E APRESENTAM ATIVIDADES MUITO ESPECÍFICAS, POR ISSO SÃO BOAS CANDIDATAS A ALVOS TERAPÊUTICOS. ALÉM DISSO, CONTINUAREMOS A ESTUDAR AS BASES MOLECULARES DE SUA PATOGENICIDADE, IDENTIFICANDO GENES DE VIRULÊNCIA ESPECIALMENTE AQUELES RELACIONADOS AO MECANISMO DE ADESÃO E REDES COMPLEXAS DE REGULAÇÃO GÊNICA. SEU GENOMA TAMBÉM SERÁ REANOTADO COM BASE EM UMA ANÁLISE PROTEOGENÓMICA E BIOINFORMÁTICA, REANOTAÇÃO QUE SERÁ ESTENDIDA AOS GENES ORTÓLOGOS DE OUTRAS ESPÉCIES DE MYCOPLASMA. NO CASO DE M. HYOPNEUMONIAE E M. BOVIS TENTAREMOS PROJETAR UMA VACINA VIVA POR ELIMINAÇÃO DE GENES DE VIRULÊNCIA, BEM COMO USAR A CÉLULA VIVA COMO HOSPEDEIRO PARA UMA POSSÍVEL VACINA COMBI, PELA EXPRESSÃO HEREROLOGIA DE PROTEÍNAS ANTIGÊNICAS DE OUTROS PATÓGENOS SUÍNOS (E.P., CIRCOVÍRUS) E BOVINOS (P.E., BHV-1, BRSV, ETC.), RESPETIVAMENTE. ISSO REQUER TER MÉTODOS DE TRANSFORMAÇÃO, QUE JÁ ALCANÇAMOS EM M. HYOPNEUMONIAE E QUE SERÁ ESTENDIDO PARA M. BOVIS, COM UMA HISTÓRIA QUE INDICA QUE ELA PODERIA SER TRANSFORMADA POR TRANSIÇÃO E HOMOLOGAÇÃO. FINALMENTE, NO CASO DE M. HYORHINIS, EMBORA SEU PAPEL COMO PATÓGENO JÁ TENHA SIDO MENCIONADO, NESTE PROJETO EXPLORAREMOS OUTRA FACETA DELE. RECENTEMENTE, ACABA DE SER DESCRITO QUE ALGUMAS DE SUAS PROTEÍNAS DE MEMBRANA TÊM ATIVIDADE ANTIAGREGACION DOS BETAPEPTIDOS DE ALZHEIMER. ESTE EFEITO É MEDIADO POR UMA SUPEREXPRESSÃO DO GENE DA CALPASTATINA (INIBIDOR DA CALPASTATINA) NAS CÉLULAS HUMANAS. VAMOS TENTAR PURIFICAR, IDENTIFICAR E CARACTERIZAR ESTE OU ESSES COMPONENTES E REALIZAR ENSAIOS EM UM MODELO RATON, DISPONÍVEL EM OUTRO GRUPO DE NOSSA UNIVERSIDADE, A FIM DE IDENTIFICAR O MECANISMO SUBJACENTE. (Portuguese)
Os micoplasmas representam um dos sistemas biológicos mais simples conhecidos e são um bom modelo de células minimo-genéticas e minima-replicativas. Apesar da sua simplicidade, a sua biologia de base é muito desconhecida e tem um grande número de genes sem uma explicação funcional. A maioria dos micoplasmas são parasitas e patogéneos de várias espécies animais, incluindo as espécies humanas. O objectivo fundamental deste projecto é conceber estratégias para a sua profilaxia ou terapia, especialmente tentando obter vacinas contra alguns micoplasmas. ESPECIFICAMENTE, Iremos centrar-nos nas seguintes espécies: MICOPLASMA GENITALIUM, PATHOGEN DO SISTEMA HUMANO UROGENITAL; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, PATOGÉNIO RESPIRATÓRIO IMPORTANTE EM SUÍNOS; MYCOPLASMA BOVIS, PATOGÉNIO RESPIRATÓRIO IMPORTANTE EM CAIXA; MYCOPLASMA HYORHINIS, PATHOGEN OF PIGS E TAMBÉM AFETA OS HUMANOS (RELACIONADO COM O PROSTATE CANCER). M. GENITALIUM são as espécies que anteriormente estudei mais, em grande parte para a sua maior facilidade de transformação e manipulação genética em geral e porque é um modelo de um genoma mínimo. Permitiu-nos ganhar experiência na gestão e gestão genética destes microorganismos deficientes, bem como na análise dos mecanismos de patogenicidade dos microorganismos e na identificação e caracterização (em alguns casos ao nível da estrutura cristalográfica) das proteínas neles envolvidas. Neste caso, em vez de uma vacina, pensamos que é interessante rastrear a actividade inibitória de uma biblioteca de compostos desenvolvidos no anterior projecto coordenado e destinados a activar a glicosiltransferase do microorganismo. Alguns destes enzimas são totalmente indispensáveis para o micoplasma e expõem atividades muito específicas, portanto, são bons candidatos para metas terapêuticas. Além disso, continuaremos a estudar as bases moleculares da sua patogenicidade, identificando os genes da virulência, especialmente os relacionados com o mecanismo de aderência e as redes completas de regulação genética. O seu genoma será também reanalisado com base numa análise proteogenómica e bioinformática, reanalisação que será estendida aos genes ortológos de outras espécies de micoplasmas. No caso de M. HYOPNEUMONIAE e M. BOVIS, tentaremos conceber uma VACINA VIVA por eliminação de GENES VIRULENCE, bem como utilizar a CÉLULA VIVA como hospedeiro de uma VACINA COMBI POSSÍVEL, por HEREROLOGIA DE EXPRESSÃO DE PROTEÍNAS ANTIGENICAS DE OUTROS PATOGÉNIOS DE PORCA (E.P., CIRCOVIRUS) E CATTLE (E.P., BHV-1, BRSV, ETC.) RESPECTIVAMENTE. Isto requer métodos de transformação que já alcançámos em Hyopneumoniae e que serão estendidos a Bovis, com uma história que indica que pode ser transformado por transição e homeologação. Finalmente, no caso de M. HYORHINIS, apesar do seu papel como papagaio já ter sido mencionado, neste projecto vamos explorar outro rosto dele. Recentemente, acabou de ser descrito que algumas das suas proteínas de membrana têm atividade antiagrícola dos betapeptídeos de Alzhemer. Este efeito é mediado por uma superexposição do gene da calpastatina (inibidor da calpaína) nas células humanas. Tentaremos purificar, identificar e caracterizar este ou estes componentes e realizar testes em um modelo de ratona, disponível em outro grupo de nossa universidade, a fim de identificar o mecanismo subjacente. (Portuguese)
Property / postal code
08266
 
Property / postal code: 08266 / rank
Normal rank
 
Property / location (string)
Cerdanyola del Vallès
 
Property / location (string): Cerdanyola del Vallès / rank
Normal rank
 
Property / coordinate location
41°29'27.71"N, 2°8'15.00"E
Latitude41.4910324
Longitude2.1374969
Precision1.0E-5
Globehttp://www.wikidata.org/entity/Q2
 
Property / coordinate location: 41°29'27.71"N, 2°8'15.00"E / rank
Normal rank
 
Property / contained in NUTS
 
Property / contained in NUTS: Barcelona Province / rank
Normal rank
 
Property / location (string)
 
Cerdanyola del Vallès
Property / location (string): Cerdanyola del Vallès / rank
 
Normal rank
Property / postal code
 
8193
Property / postal code: 8193 / rank
 
Normal rank
Property / contained in NUTS
 
Property / contained in NUTS: Barcelona Province / rank
 
Normal rank
Property / contained in NUTS: Barcelona Province / qualifier
 
Property / contained in Local Administrative Unit
 
Property / contained in Local Administrative Unit: Cerdanyola del Vallès / rank
 
Normal rank
Property / coordinate location
 
41°28'51.02"N, 2°7'22.04"E
Latitude41.480841571329
Longitude2.1227894636138
Precision1.0E-5
Globehttp://www.wikidata.org/entity/Q2
Property / coordinate location: 41°28'51.02"N, 2°7'22.04"E / rank
 
Normal rank
Property / coordinate location: 41°28'51.02"N, 2°7'22.04"E / qualifier
 
Property / budget
 
211,750.0 Euro
Amount211,750.0 Euro
UnitEuro
Property / budget: 211,750.0 Euro / rank
 
Preferred rank
Property / EU contribution
 
115,297.88 Euro
Amount115,297.88 Euro
UnitEuro
Property / EU contribution: 115,297.88 Euro / rank
 
Preferred rank
Property / co-financing rate
 
54.45 percent
Amount54.45 percent
Unitpercent
Property / co-financing rate: 54.45 percent / rank
 
Normal rank
Property / date of last update
 
20 December 2023
Timestamp+2023-12-20T00:00:00Z
Timezone+00:00
CalendarGregorian
Precision1 day
Before0
After0
Property / date of last update: 20 December 2023 / rank
 
Normal rank

Latest revision as of 09:45, 10 October 2024

Project Q3160298 in Spain
Language Label Description Also known as
English
ANALYSIS OF VIRULENCE AND PATHOGENICITY MECHANISMS IN MYCOPLASMAS: DESIGN OF VACCINES AGAINST SOME SPECIES OF CLINICAL INTEREST
Project Q3160298 in Spain

    Statements

    country
    Spain
    0 references
    EU contribution
    115,297.88 Euro
    0 references
    budget
    211,750.0 Euro
    0 references
    co-financing rate
    54.45 percent
    0 references
    start time
    1 January 2014
    0 references
    end time
    31 December 2017
    0 references
    beneficiary name (string)
    UNIVERSIDAD AUTONOMA DE BARCELONA
    0 references
    coordinate location

    41°28'51.02"N, 2°7'22.04"E
    inferred from
    Local Administrative Unit
    0 references
    postal code
    8193
    0 references
    summary
    LOS MICOPLASMAS REPRESENTAN UNO DE LOS SISTEMAS BIOLOGICOS MAS SIMPLES CONOCIDOS Y SON UN BUEN MODELO DE ¿GENOMA MINIMO¿ Y ¿CELULA MINIMA¿ AUTORREPLICATIVA. PESE A SU SIMPLICIDAD, SU BIOLOGIA BASICA ES MUY DESCONOCIDA Y PRESENTAN UN GRAN NUMERO DE GENES SIN ANOTACION FUNCIONAL. LA MAYORIA DE LOS MICOPLASMAS SON PARASITOS Y PATOGENOS DE DIVERSAS ESPECIES ANIMALES, INCLUYENDO LA ESPECIE HUMANA. EL OBJETIVO FUNDAMENTAL DEL PRESENTE PROYECTO ES DISEÑAR ESTRATEGIAS PARA SU PROFILAXIS O TERAPIA, ESPECIALMENTE TRATANDO DE OBTENER VACUNAS CONTRA ALGUNOS MICOPLASMAS. CONCRETAMENTE NOS CENTRAREMOS EN LAS SIGUIENTES ESPECIES: MYCOPLASMA GENITALIUM, PATOGENO DEL SISTEMA UROGENITAL HUMANO; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, IMPORTANTE PATOGENO RESPIRATORIO DEL GANADO PORCINO; MYCOPLASMA BOVIS, IMPORTANTE PATOGENO RESPIRATORIO DEL GANADO BOVINO; MYCOPLASMA HYORHINIS, PATOGENO DEL GANADO PORCINO Y TAMBIEN AFECTA A HUMANOS (RELACIONADO CON EL CANCER DE PROSTATA). M. GENITALIUM ES LA ESPECIE QUE PREVIAMENTE MAS HEMOS ESTUDIADO, EN GRAN PARTE POR SU MAYOR FACILIDAD DE TRANSFORMACION Y MANIPULACION GENETICA EN GENERAL Y POR TRATARSE DE UN MODELO DE GENOMA MINIMO. NOS HA PERMITIDO ADQUIRIR EXPERIENCIA EN EL MANEJO Y MANIPULACION GENETICA DE ESTOS DIFICILES MICROORGANISMOS ASI COMO EN ANALIZAR LOS MECANISMOS DE PATOGENICIDAD DE LOS MICOPLASMAS E IDENTIFICAR Y CARACTERIZAR (EN ALGUNOS CASOS A NIVEL DE ESTRUCTURA CRISTALOGRAFICA) LAS PROTEINAS INVOLUCRADAS EN LOS MISMOS. EN ESTE CASO, MAS QUE UNA VACUNA CREEMOS INTERESANTE RASTREAR LA ACTIVIDAD INHIBIDORA DE UNA LIBRERIA DE COMPUESTOS DESARROLLADOS EN EL ANTERIOR PROYECTO COORDINADO Y DIRIGIDOS A INACTIVAR LAS GLICOSIL-TRANSFERASAS DEL MICROORGANISMO. ALGUNAS DE ESTAS ENZIMAS SON TOTALMENTE INDISPENSABLES PARA MICOPLASMA Y EXHIBEN ACTIVIDADES MUY ESPECIFICAS, POR LO QUE SON BUENAS CANDIDATAS A DIANAS TERAPEUTICAS. ADEMAS, SEGUIREMOS ESTUDIANDO LAS BASES MOLECULARES DE SU PATOGENICIDAD, IDENTIFICANDO GENES DE VIRULENCIA ESPECIALMENTE AQUELLOS RELACIONADOS CON EL MECANISMO DE ADHESION Y REDES COMPLEJAS DE REGULACION GENICA. TAMBIEN SE REANOTARA SU GENOMA EN BASE A UN ANALISIS PROTEOGENOMICO Y BIOINFORMATICO, REANOTACION QUE SERA EXTENSIBLE A LOS GENES ORTOLOGOS DE OTRAS ESPECIES DE MICOPLASMAS. EN EL CASO DE M. HYOPNEUMONIAE Y M. BOVIS TRATAREMOS DE DISEÑAR UNA VACUNA VIVA POR DELECION DE GENES DE VIRULENCIA ASI COMO UTILIZAR LA CELULA VIVA VACUNAL COMO HUESPED PARA UNA POSIBLE VACUNA COMBI, POR EXPRESION HEREROLOGA DE PROTEINAS ANTIGENICAS DE OTROS PATOGENOS PORCINOS (P.E., CIRCOVIRUS) Y BOVINOS (P.E., BHV-1, BRSV, ETC) RESPECTIVAMENTE. ESTO REQUIERE DISPONER DE METODOS DE TRANSFORMACION, COSA QUE YA HEMOS CONSEGUIDO EN M. HYOPNEUMONIAE Y QUE SE VA A EXTENDER A M. BOVIS, CON ANTECEDENTES QUE INDICAN QUE PODRIA SER TRANSFORMADO MEDIANTE TRANSPOSICION Y RECOMBINACION HOMOLOGA. FINALMENTE, EN EL CASO DE M. HYORHINIS, AUNQUE YA SE HA MENCIONADO SU PAPEL COMO PATOGENO, EN EL PRESENTE PROYECTO VAMOS A EXPLORAR OTRA FACETA DEL MISMO. RECIENTEMENTE SE ACABA DE DESCRIBIR QUE ALGUNA/S DE SUS PROTEINAS DE MEMBRANA PRESENTA ACTIVIDAD ANTIAGREGACION DE LOS BETAPEPTIDOS DEL ALZHEIMER. ESTE EFECTO VENDRIA MEDIADO POR UNA SOBREEXPRESION DEL GEN DE LA CALPASTATINA (INHIBIDOR DE LA CALPAINA) EN LAS CELULAS HUMANAS. TRATAREMOS DE PURIFICAR, IDENTIFICAR Y CARACTERIZAR ESTE O ESTOS COMPONENTES Y DE REALIZAR ENSAYOS EN UN MODELO DE RATON, DISPONIBLE EN OTRO GRUPO DE NUESTRA UNIVERSIDAD, CON OBJETO DE IDENTIFICAR EL MECANISMO SUBYACENTE. (Spanish)
    0 references
    MYCOPLASMAS REPRESENT ONE OF THE SIMPLEST KNOWN BIOLOGICAL SYSTEMS AND ARE A GOOD MODEL OF MINIMO GENE AND MINIMA-REPLICATIVE CELL. DESPITE ITS SIMPLICITY, ITS BASIC BIOLOGY IS VERY UNKNOWN AND HAS A LARGE NUMBER OF GENES WITHOUT FUNCTIONAL ANNOTATION. MOST MYCOPLASMAS ARE PARASITES AND PATHOGENS OF VARIOUS ANIMAL SPECIES, INCLUDING THE HUMAN SPECIES. THE FUNDAMENTAL OBJECTIVE OF THIS PROJECT IS TO DESIGN STRATEGIES FOR THEIR PROPHYLAXIS OR THERAPY, ESPECIALLY BY TRYING TO OBTAIN VACCINES AGAINST SOME MYCOPLASMAS. SPECIFICALLY, WE WILL FOCUS ON THE FOLLOWING SPECIES: MYCOPLASMA GENITALIUM, PATHOGEN OF THE HUMAN UROGENITAL SYSTEM; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, IMPORTANT RESPIRATORY PATHOGEN IN PIGS; MYCOPLASMA BOVIS, AN IMPORTANT RESPIRATORY PATHOGEN IN CATTLE; MYCOPLASMA HYORHINIS, PATHOGEN OF PIGS AND ALSO AFFECTS HUMANS (RELATED TO PROSTATE CANCER). M. GENITALIUM IS THE SPECIES THAT WE HAVE PREVIOUSLY STUDIED MOST, LARGELY FOR ITS GREATER EASE OF TRANSFORMATION AND GENETIC MANIPULATION IN GENERAL AND BECAUSE IT IS A MODEL OF A MINIMAL GENOME. IT HAS ALLOWED US TO GAIN EXPERIENCE IN THE GENETIC MANAGEMENT AND MANIPULATION OF THESE DIFFICULT MICROORGANISMS AS WELL AS IN ANALYSING THE PATHOGENICITY MECHANISMS OF MYCOPLASMAS AND IDENTIFYING AND CHARACTERISING (IN SOME CASES AT THE LEVEL OF CRYSTALOGRAMIC STRUCTURE) THE PROTEINS INVOLVED IN THEM. IN THIS CASE, RATHER THAN A VACCINE, WE THINK IT INTERESTING TO TRACK THE INHIBITORY ACTIVITY OF A LIBRARY OF COMPOUNDS DEVELOPED IN THE PREVIOUS COORDINATED PROJECT AND AIMED AT INACTIVATING THE GLYCOSYLTRANSFERASE OF THE MICROORGANISM. SOME OF THESE ENZYMES ARE TOTALLY INDISPENSABLE FOR MYCOPLASMA AND EXHIBIT VERY SPECIFIC ACTIVITIES, SO THEY ARE GOOD CANDIDATES FOR THERAPEUTIC TARGETS. IN ADDITION, WE WILL CONTINUE TO STUDY THE MOLECULAR BASES OF ITS PATHOGENICITY, IDENTIFYING VIRULENCE GENES ESPECIALLY THOSE RELATED TO THE ADHESION MECHANISM AND COMPLEX NETWORKS OF GENIC REGULATION. YOUR GENOME WILL ALSO BE REANOTATED BASED ON A PROTEOGENOMIC AND BIOINFORMATIC ANALYSIS, REANOTATION THAT WILL BE EXTENDED TO THE ORTHOLOGOUS GENES OF OTHER MYCOPLASMA SPECIES. IN THE CASE OF M. HYOPNEUMONIAE AND M. BOVIS WE WILL TRY TO DESIGN A LIVE VACCINE BY DELETION OF VIRULENCE GENES AS WELL AS USE THE LIVE CELL AS A HOST FOR A POSSIBLE COMBI VACCINE, BY EXPRESSION HEREROLOGY OF PROTEINS ANTIGENICAS OF OTHER PORCINE PATHOGENS (P.E., CIRCOVIRUS) AND CATTLE (P.E., BHV-1, BRSV, ETC.) RESPECTIVELY. THIS REQUIRES HAVING METHODS OF TRANSFORMATION, WHICH WE HAVE ALREADY ACHIEVED IN M. HYOPNEUMONIAE AND THAT WILL BE EXTENDED TO M. BOVIS, WITH A HISTORY THAT INDICATES THAT IT COULD BE TRANSFORMED BY TRANSITION AND HOMOLOGATION. FINALLY, IN THE CASE OF M. HYORHINIS, ALTHOUGH HIS ROLE AS A PATHOGEN HAS ALREADY BEEN MENTIONED, IN THIS PROJECT WE WILL EXPLORE ANOTHER FACET OF IT. RECENTLY, IT HAS JUST BEEN DESCRIBED THAT SOME OF ITS MEMBRANE PROTEINS HAVE ACTIVITY ANTIAGREGACION OF ALZHEIMER’S BETAPEPTIDS. THIS EFFECT IS MEDIATED BY AN OVEREXPRESSION OF THE CALPASTATIN GENE (CALPAIN INHIBITOR) IN HUMAN CELLS. WE WILL TRY TO PURIFY, IDENTIFY AND CHARACTERISE THIS OR THESE COMPONENTS AND CARRY OUT TRIALS ON A RATON MODEL, AVAILABLE IN ANOTHER GROUP OF OUR UNIVERSITY, IN ORDER TO IDENTIFY THE UNDERLYING MECHANISM. (English)
    point in time
    12 October 2021
    readability score
    0.4073995624265374
    0 references
    LES MYCOPLASMES REPRÉSENTENT L’UN DES SYSTÈMES BIOLOGIQUES LES PLUS SIMPLES CONNUS ET SONT UN BON MODÈLE DE GÈNE MINIMO ET DE CELLULES REPRODUCTRICES MINIMA. MALGRÉ SA SIMPLICITÉ, SA BIOLOGIE DE BASE EST TRÈS INCONNUE ET POSSÈDE UN GRAND NOMBRE DE GÈNES SANS ANNOTATION FONCTIONNELLE. LA PLUPART DES MYCOPLASMES SONT DES PARASITES ET DES AGENTS PATHOGÈNES DE DIVERSES ESPÈCES ANIMALES, Y COMPRIS LES ESPÈCES HUMAINES. L’OBJECTIF FONDAMENTAL DE CE PROJET EST DE CONCEVOIR DES STRATÉGIES DE PROPHYLAXIE OU DE THÉRAPIE, NOTAMMENT EN ESSAYANT D’OBTENIR DES VACCINS CONTRE CERTAINS MYCOPLASMES. PLUS PRÉCISÉMENT, NOUS NOUS CONCENTRERONS SUR LES ESPÈCES SUIVANTES: MYCOPLASMA GENITALIUM, PATHOGÈNE DU SYSTÈME UROGENITAL HUMAIN; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, IMPORTANT PATHOGÈNE RESPIRATOIRE CHEZ LES PORCS; MYCOPLASMA BOVIS, UN IMPORTANT AGENT PATHOGÈNE RESPIRATOIRE CHEZ LES BOVINS; MYCOPLASMA HYORHINIS, AGENT PATHOGÈNE DES PORCS ET AFFECTE ÉGALEMENT LES HUMAINS (LIÉS AU CANCER DE LA PROSTATE). M. GENITALIUM EST L’ESPÈCE QUE NOUS AVONS LE PLUS ÉTUDIÉE PRÉCÉDEMMENT, EN GRANDE PARTIE POUR SA PLUS GRANDE FACILITÉ DE TRANSFORMATION ET DE MANIPULATION GÉNÉTIQUE EN GÉNÉRAL ET PARCE QU’IL S’AGIT D’UN MODÈLE D’UN GÉNOME MINIMAL. ELLE NOUS A PERMIS D’ACQUÉRIR DE L’EXPÉRIENCE DANS LA GESTION GÉNÉTIQUE ET LA MANIPULATION DE CES MICRO-ORGANISMES DIFFICILES AINSI QUE DANS L’ANALYSE DES MÉCANISMES PATHOGÈNES DES MYCOPLASMES ET L’IDENTIFICATION ET LA CARACTÉRISATION (DANS CERTAINS CAS AU NIVEAU DE LA STRUCTURE CRYSTALOGRAMIQUE) DES PROTÉINES QUI Y SONT IMPLIQUÉES. DANS CE CAS, PLUTÔT QU’UN VACCIN, NOUS PENSONS QU’IL EST INTÉRESSANT DE SUIVRE L’ACTIVITÉ INHIBITRICE D’UNE BIBLIOTHÈQUE DE COMPOSÉS DÉVELOPPÉE DANS LE PROJET COORDONNÉ PRÉCÉDENT ET VISANT À INACTIVER LA GLYCOSYLTRANSFÉRASE DU MICRO-ORGANISME. CERTAINES DE CES ENZYMES SONT TOTALEMENT INDISPENSABLES POUR MYCOPLASMA ET PRÉSENTENT DES ACTIVITÉS TRÈS SPÉCIFIQUES, DE SORTE QU’ELLES SONT DE BONS CANDIDATS POUR DES CIBLES THÉRAPEUTIQUES. EN OUTRE, NOUS CONTINUERONS À ÉTUDIER LES BASES MOLÉCULAIRES DE SA PATHOGÉNICITÉ, EN IDENTIFIANT LES GÈNES DE VIRULENCE, EN PARTICULIER CEUX LIÉS AU MÉCANISME D’ADHÉSION ET AUX RÉSEAUX COMPLEXES DE RÉGULATION GÉNIQUE. VOTRE GÉNOME SERA ÉGALEMENT REANOTATED BASÉ SUR UNE ANALYSE PROTEOGENOMIC ET BIOINFORMATIQUE, REANOTATION QUI SERA ÉTENDUE AUX GÈNES ORTHOLOGUES D’AUTRES ESPÈCES DE MYCOPLASMA. DANS LE CAS DE M. HYOPNEUMONIAE ET DE M. BOVIS, NOUS TENTERONS DE CONCEVOIR UN VACCIN VIVANT PAR SUPPRESSION DES GÈNES DE VIRULENCE AINSI QUE D’UTILISER LA CELLULE VIVANTE COMME HÔTE D’UN POSSIBLE VACCIN COMBI, PAR L’EXPRESSION HEREROLOGIE DES PROTÉINES ANTIGENICAS D’AUTRES PATHOGÈNES PORCINS (P.E., CIRCOVIRUS) ET DES BOVINS (P.E., BHV-1, BRSV, ETC.) RESPECTIVEMENT. CELA NÉCESSITE DES MÉTHODES DE TRANSFORMATION, QUE NOUS AVONS DÉJÀ RÉALISÉES CHEZ M. HYOPNEUMONIAE ET QUI SERONT ÉTENDUES À M. BOVIS, AVEC UNE HISTOIRE QUI INDIQUE QU’IL POURRAIT ÊTRE TRANSFORMÉ PAR LA TRANSITION ET L’HOMOLOGATION. ENFIN, DANS LE CAS DE M. HYORHINIS, BIEN QUE SON RÔLE D’AGENT PATHOGÈNE AIT DÉJÀ ÉTÉ MENTIONNÉ, DANS CE PROJET, NOUS EXPLORERONS UNE AUTRE FACETTE DE CELUI-CI. RÉCEMMENT, IL VIENT D’ÊTRE DÉCRIT QUE CERTAINES DE SES PROTÉINES MEMBRANAIRES ONT UNE ACTIVITÉ ANTIAGREGACION DES BETAPEPTIDS ALZHEIMER. CET EFFET EST MÉDIÉ PAR UNE SUREXPRESSION DU GÈNE DE LA CALPASTATINE (INHIBITEUR DE LA CALPASTATINE) DANS LES CELLULES HUMAINES. NOUS TENTERONS DE PURIFIER, D’IDENTIFIER ET DE CARACTÉRISER CE OU CES COMPOSANTS ET DE RÉALISER DES ESSAIS SUR UN MODÈLE RATON, DISPONIBLE DANS UN AUTRE GROUPE DE NOTRE UNIVERSITÉ, AFIN D’IDENTIFIER LE MÉCANISME SOUS-JACENT. (French)
    point in time
    4 December 2021
    0 references
    MYKOPLASMEN STELLEN EINES DER EINFACHSTEN BEKANNTEN BIOLOGISCHEN SYSTEME DAR UND SIND EIN GUTES MODELL VON MINIMO-GEN UND MINIMA-REPLIKATIONSZELLE. TROTZ SEINER EINFACHHEIT IST SEINE GRUNDLEGENDE BIOLOGIE SEHR UNBEKANNT UND HAT EINE GROSSE ANZAHL VON GENEN OHNE FUNKTIONELLE ANNOTATION. DIE MEISTEN MYKOPLASMEN SIND PARASITEN UND KRANKHEITSERREGER VERSCHIEDENER TIERARTEN, EINSCHLIESSLICH DER MENSCHLICHEN SPEZIES. DAS GRUNDLEGENDE ZIEL DIESES PROJEKTS IST ES, STRATEGIEN FÜR IHRE PROPHYLAXE ODER THERAPIE ZU ENTWERFEN, INSBESONDERE DURCH DEN VERSUCH, IMPFSTOFFE GEGEN EINIGE MYKOPLASMEN ZU ERHALTEN. INSBESONDERE WERDEN WIR UNS AUF FOLGENDE ARTEN KONZENTRIEREN: MYCOPLASMA GENITALIUM, ERREGER DES MENSCHLICHEN UROGENITALSYSTEMS; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, WICHTIGER ATEMWEGSERREGER BEI SCHWEINEN; MYCOPLASMA BOVIS, EIN WICHTIGER ATEMWEGSERREGER BEI RINDERN; MYCOPLASMA HYORHINIS, ERREGER VON SCHWEINEN UND BETRIFFT AUCH DEN MENSCHEN (BEZOGEN AUF PROSTATAKREBS). M. GENITALIUM IST DIE ART, DIE WIR BISHER AM MEISTEN UNTERSUCHT HABEN, VOR ALLEM WEGEN IHRER GRÖSSEREN ERLEICHTERUNG DER TRANSFORMATION UND GENETISCHEN MANIPULATION IM ALLGEMEINEN UND WEIL ES EIN MODELL EINES MINIMALEN GENOMS IST. ES HAT UNS ERMÖGLICHT, ERFAHRUNGEN IN DER GENETISCHEN VERWALTUNG UND MANIPULATION DIESER SCHWIERIGEN MIKROORGANISMEN ZU SAMMELN SOWIE DIE PATHOGENITÄTSMECHANISMEN VON MYKOPLASMEN ZU ANALYSIEREN UND DIE AN IHNEN BETEILIGTEN PROTEINE ZU IDENTIFIZIEREN UND ZU CHARAKTERISIEREN (IN EINIGEN FÄLLEN AUF DER EBENE DER CRYSTALOGRAMIC-STRUKTUR). IN DIESEM FALL HALTEN WIR ES FÜR INTERESSANT, DIE HEMMUNGSAKTIVITÄT EINER IM VORANGEGANGENEN KOORDINIERTEN PROJEKT ENTWICKELTEN BIBLIOTHEK VON VERBINDUNGEN ZU VERFOLGEN, DIE DARAUF ABZIELTE, DIE GLYKOSYLTRANSFERASE DES MIKROORGANISMUS ZU INAKTIVIEREN. EINIGE DIESER ENZYME SIND FÜR MYCOPLASMA ABSOLUT UNVERZICHTBAR UND ZEIGEN SEHR SPEZIFISCHE AKTIVITÄTEN, SO DASS SIE GUTE KANDIDATEN FÜR THERAPEUTISCHE ZIELE SIND. DARÜBER HINAUS WERDEN WIR WEITERHIN DIE MOLEKULAREN GRUNDLAGEN SEINER PATHOGENITÄT UNTERSUCHEN UND VIRULENZGENE IDENTIFIZIEREN, INSBESONDERE JENE, DIE MIT DEM ADHÄSIONSMECHANISMUS UND KOMPLEXEN NETZEN DER GENREGULIERUNG ZUSAMMENHÄNGEN. IHR GENOM WIRD AUCH AUF DER GRUNDLAGE EINER PROTEOGENOMIC UND BIOINFORMATISCHEN ANALYSE, REANOTATION, DIE AUF DIE ORTHOLOGEN GENE ANDERER MYCOPLASMA-ARTEN ERWEITERT WERDEN. IM FALLE VON M. HYOPNEUMONIAE UND M. BOVIS WERDEN WIR VERSUCHEN, EINEN LEBENDIMPFSTOFF DURCH STREICHUNG VON VIRULENZGENEN ZU ENTWERFEN UND DIE LEBENDE ZELLE ALS WIRT FÜR EINEN MÖGLICHEN COMBI-IMPFSTOFF ZU VERWENDEN, INDEM WIR HIERROLOGIE VON PROTEINEN ANTIGENICAS ANDERER SCHWEINEERREGER (P.E., ZIRKOVIRUS) BZW. RINDERN (P.E., BHV-1, BRSV USW.) ENTWICKELN. DIES ERFORDERT METHODEN DER TRANSFORMATION, DIE WIR BEREITS IN M. HYOPNEUMONIAE ERREICHT HABEN UND DIE AUF M. BOVIS AUSGEDEHNT WERDEN, MIT EINER GESCHICHTE, DIE DARAUF HINDEUTET, DASS SIE DURCH ÜBERGANG UND HOMOLOGATION VERÄNDERT WERDEN KÖNNTE. SCHLIESSLICH, IM FALL VON M. HYORHINIS, OBWOHL SEINE ROLLE ALS KRANKHEITSERREGER BEREITS ERWÄHNT WURDE, WERDEN WIR IN DIESEM PROJEKT EINE WEITERE FACETTE DAVON ERFORSCHEN. VOR KURZEM WURDE GERADE BESCHRIEBEN, DASS EINIGE SEINER MEMBRANPROTEINE AKTIVITÄT ANTIAGREGACION VON ALZHEIMER-BETAPEPTIDS HABEN. DIESER EFFEKT WIRD DURCH EINE ÜBEREXPRESSION DES CALPASTATIN-GENS (CALPAIN-INHIBITOR) IN MENSCHLICHEN ZELLEN VERMITTELT. WIR WERDEN VERSUCHEN, DIESE ODER DIESE KOMPONENTEN ZU REINIGEN, ZU IDENTIFIZIEREN UND ZU CHARAKTERISIEREN UND VERSUCHE AN EINEM RATON-MODELL DURCHZUFÜHREN, DAS IN EINER ANDEREN GRUPPE UNSERER UNIVERSITÄT VERFÜGBAR IST, UM DEN ZUGRUNDE LIEGENDEN MECHANISMUS ZU IDENTIFIZIEREN. (German)
    point in time
    9 December 2021
    0 references
    MYCOPLASMA’S VERTEGENWOORDIGEN EEN VAN DE EENVOUDIGST BEKENDE BIOLOGISCHE SYSTEMEN EN ZIJN EEN GOED MODEL VAN MINIMO-GEN EN MINIMA-REPLICATIEVE CEL. ONDANKS ZIJN EENVOUD, IS DE BASISBIOLOGIE ZEER ONBEKEND EN HEEFT EEN GROOT AANTAL GENEN ZONDER FUNCTIONELE ANNOTATIE. DE MEESTE MYCOPLASMA’S ZIJN PARASIETEN EN ZIEKTEVERWEKKERS VAN VERSCHILLENDE DIERSOORTEN, WAARONDER DE MENSELIJKE SOORTEN. HET FUNDAMENTELE DOEL VAN DIT PROJECT IS HET ONTWERPEN VAN STRATEGIEËN VOOR HUN PROFYLAXE OF THERAPIE, VOORAL DOOR TE PROBEREN VACCINS TE VERKRIJGEN TEGEN SOMMIGE MYCOPLASMA’S. SPECIFIEK ZULLEN WE ONS RICHTEN OP DE VOLGENDE SOORTEN: MYCOPLASMA GENITALIUM, PATHOGEEN VAN HET MENSELIJKE UROGENITALE SYSTEEM; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, BELANGRIJKE RESPIRATOIRE ZIEKTEVERWEKKER BIJ VARKENS; MYCOPLASMA BOVIS, EEN BELANGRIJKE RESPIRATOIRE ZIEKTEVERWEKKER BIJ RUNDEREN; MYCOPLASMA HYORHINIS, ZIEKTEVERWEKKER VAN VARKENS EN TREFT OOK MENSEN (VERWANT AAN PROSTAATKANKER). M. GENITALIUM IS DE SOORT DIE WE EERDER HET MEEST HEBBEN BESTUDEERD, GROTENDEELS VANWEGE ZIJN GROTERE GEMAK VAN TRANSFORMATIE EN GENETISCHE MANIPULATIE IN HET ALGEMEEN EN OMDAT HET EEN MODEL IS VAN EEN MINIMAAL GENOOM. HET HEEFT ONS IN STAAT GESTELD OM ERVARING OP TE DOEN MET HET GENETISCHE BEHEER EN DE MANIPULATIE VAN DEZE MOEILIJKE MICRO-ORGANISMEN EN MET HET ANALYSEREN VAN DE PATHOGENITEITSMECHANISMEN VAN MYCOPLASMA’S EN HET IDENTIFICEREN EN KARAKTERISEREN (IN SOMMIGE GEVALLEN OP HET NIVEAU VAN DE CRYSTALOGRAMIC-STRUCTUUR) VAN DE EIWITTEN DIE ERBIJ BETROKKEN ZIJN. IN DIT GEVAL, IN PLAATS VAN EEN VACCIN, VINDEN WE HET INTERESSANT OM DE REMMENDE ACTIVITEIT TE VOLGEN VAN EEN BIBLIOTHEEK VAN VERBINDINGEN DIE IN HET VORIGE GECOÖRDINEERDE PROJECT IS ONTWIKKELD EN GERICHT IS OP HET INACTIVEREN VAN DE GLYCOSYLTRANSFERASE VAN HET MICRO-ORGANISME. SOMMIGE VAN DEZE ENZYMEN ZIJN ABSOLUUT ONMISBAAR VOOR MYCOPLASMA EN VERTONEN ZEER SPECIFIEKE ACTIVITEITEN, DUS ZE ZIJN GOEDE KANDIDATEN VOOR THERAPEUTISCHE DOELEN. DAARNAAST ZULLEN WE DOORGAAN MET HET BESTUDEREN VAN DE MOLECULAIRE BASEN VAN ZIJN PATHOGENITEIT, WAARBIJ VIRULENTIEGENEN WORDEN GEÏDENTIFICEERD, VOORAL DIE GERELATEERD AAN HET ADHESIEMECHANISME EN COMPLEXE NETWERKEN VAN GENIC VERORDENING. UW GENOOM ZAL OOK REANOTATED WORDEN GEBASEERD OP EEN PROTEOGENOMISCHE EN BIO-INFORMATISCHE ANALYSE, REANOTATION DIE ZAL WORDEN UITGEBREID TOT DE ORTHOLOGE GENEN VAN ANDERE MYCOPLASMA-SOORTEN. IN HET GEVAL VAN M. HYOPNEUMONIAE EN M. BOVIS ZULLEN WE PROBEREN EEN LEVEND VACCIN TE ONTWERPEN DOOR VIRULENTIEGENEN TE VERWIJDEREN EN DE LEVENDE CEL TE GEBRUIKEN ALS GASTHEER VOOR EEN MOGELIJK COMBIVACCIN, DOOR DE EXPRESSIE HIERROLOGIE VAN EIWITTEN ANTIGENICAS VAN ANDERE VARKENSPATHOGENEN (P.E., CIRCOVIRUS) EN RUNDEREN (P.E., BHV-1, BRSV, ENZ.). DIT VEREIST TRANSFORMATIEMETHODEN, DIE WE AL HEBBEN BEREIKT IN M. HYOPNEUMONIAE EN DAT ZAL WORDEN UITGEBREID TOT M. BOVIS, MET EEN GESCHIEDENIS DIE AANGEEFT DAT HET KAN WORDEN GETRANSFORMEERD DOOR OVERGANG EN HOMOLOGATIE. TOT SLOT, IN HET GEVAL VAN M. HYORHINIS, HOEWEL ZIJN ROL ALS ZIEKTEVERWEKKER AL IS GENOEMD, ZULLEN WE IN DIT PROJECT EEN ANDER FACET ERVAN ONDERZOEKEN. ONLANGS IS HET ZOJUIST BESCHREVEN DAT SOMMIGE VAN ZIJN MEMBRAANEIWITTEN ACTIVITEIT ANTIAGREGACION VAN ALZHEIMER BETAPEPTIDS HEBBEN. DIT EFFECT WORDT GEMEDIEERD DOOR EEN OVEREXPRESSIE VAN HET CALPASTATINE-GEN (CALPAINREMMER) IN MENSELIJKE CELLEN. WE ZULLEN PROBEREN DIT OF DEZE COMPONENTEN TE ZUIVEREN, TE IDENTIFICEREN EN TE KARAKTERISEREN EN TESTEN UIT TE VOEREN OP EEN RATON-MODEL, BESCHIKBAAR IN EEN ANDERE GROEP VAN ONZE UNIVERSITEIT, OM HET ONDERLIGGENDE MECHANISME TE IDENTIFICEREN. (Dutch)
    point in time
    17 December 2021
    0 references
    I MICOPLASMI RAPPRESENTANO UNO DEI SISTEMI BIOLOGICI PIÙ SEMPLICI E SONO UN BUON MODELLO DI MINIMO GENE E CELLULE MINIMA-REPLICATIVE. NONOSTANTE LA SUA SEMPLICITÀ, LA SUA BIOLOGIA DI BASE È MOLTO SCONOSCIUTA E HA UN GRAN NUMERO DI GENI SENZA ANNOTAZIONI FUNZIONALI. LA MAGGIOR PARTE DEI MICOPLASMI SONO PARASSITI E PATOGENI DI VARIE SPECIE ANIMALI, COMPRESE LE SPECIE UMANE. L'OBIETTIVO FONDAMENTALE DI QUESTO PROGETTO È QUELLO DI PROGETTARE STRATEGIE PER LA LORO PROFILASSI O TERAPIA, SOPRATTUTTO CERCANDO DI OTTENERE VACCINI CONTRO ALCUNI MICOPLASMI. NELLO SPECIFICO, CI CONCENTREREMO SULLE SEGUENTI SPECIE: MYCOPLASMA GENITALIUM, PATOGENO DEL SISTEMA UROGENITALE UMANO; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, IMPORTANTE PATOGENO RESPIRATORIO NEI SUINI; MYCOPLASMA BOVIS, UN IMPORTANTE AGENTE RESPIRATORIO NEI BOVINI; MYCOPLASMA HYORHINIS, PATOGENO DEI SUINI E COLPISCE ANCHE L'UOMO (RELATIVO AL CANCRO ALLA PROSTATA). M. GENITALIUM È LA SPECIE CHE ABBIAMO STUDIATO IN PRECEDENZA, IN GRAN PARTE PER LA SUA MAGGIORE FACILITÀ DI TRASFORMAZIONE E MANIPOLAZIONE GENETICA IN GENERALE E PERCHÉ È UN MODELLO DI GENOMA MINIMO. CI HA PERMESSO DI ACQUISIRE ESPERIENZA NELLA GESTIONE GENETICA E NELLA MANIPOLAZIONE DI QUESTI DIFFICILI MICRORGANISMI, NONCHÉ NELL'ANALISI DEI MECCANISMI DI PATOGENICITÀ DEI MICOPLASMI E NELL'IDENTIFICAZIONE E CARATTERIZZAZIONE (IN ALCUNI CASI A LIVELLO DI STRUTTURA CRYSTALOGRAMICA) DELLE PROTEINE COINVOLTE IN ESSI. IN QUESTO CASO, PIUTTOSTO CHE UN VACCINO, RITENIAMO INTERESSANTE TRACCIARE L'ATTIVITÀ INIBITORIA DI UNA LIBRERIA DI COMPOSTI SVILUPPATA NEL PRECEDENTE PROGETTO COORDINATO E VOLTA A INATTIVARE LA GLICOSILTRANSFERASI DEL MICRORGANISMO. ALCUNI DI QUESTI ENZIMI SONO TOTALMENTE INDISPENSABILI PER MYCOPLASMA E MOSTRANO ATTIVITÀ MOLTO SPECIFICHE, QUINDI SONO BUONI CANDIDATI PER GLI OBIETTIVI TERAPEUTICI. INOLTRE, CONTINUEREMO A STUDIARE LE BASI MOLECOLARI DELLA SUA PATOGENICITÀ, IDENTIFICANDO I GENI DELLA VIRULENZA IN PARTICOLARE QUELLI LEGATI AL MECCANISMO DI ADESIONE E ALLE COMPLESSE RETI DI REGOLAZIONE GENICA. IL VOSTRO GENOMA SARÀ ANCHE RIANOTATO SULLA BASE DI UN'ANALISI PROTEOGENOMICA E BIOINFORMATICA, REANOTATION CHE SARÀ ESTESA AI GENI ORTOLOGHI DI ALTRE SPECIE DI MYCOPLASMA. NEL CASO DI M. HYOPNEUMONIAE E M. BOVIS CERCHEREMO DI PROGETTARE UN VACCINO VIVO CANCELLANDO I GENI DELLA VIRULENZA E DI UTILIZZARE LA CELLULA VIVA COME OSPITE PER UN EVENTUALE VACCINO COMBI, PER ESPRESSIONE QUIROLOGIA DELLE PROTEINE ANTIGENICAS DI ALTRI PATOGENI SUINI (P.E., CIRCOVIRUS) E BOVINI (P.E., BHV-1, BRSV, ECC.). QUESTO RICHIEDE METODI DI TRASFORMAZIONE, CHE ABBIAMO GIÀ RAGGIUNTO IN M. HYOPNEUMONIAE E CHE SARANNO ESTESI A M. BOVIS, CON UNA STORIA CHE INDICA CHE POTREBBE ESSERE TRASFORMATO PER TRANSIZIONE E OMOLOGAZIONE. INFINE, NEL CASO DI M. HYORHINIS, ANCHE SE IL SUO RUOLO DI AGENTE PATOGENO È GIÀ STATO MENZIONATO, IN QUESTO PROGETTO NE ESPLOREREMO UN ALTRO ASPETTO. RECENTEMENTE, È STATO APPENA DESCRITTO CHE ALCUNE DELLE SUE PROTEINE DELLA MEMBRANA HANNO ATTIVITÀ ANTIAGREGACION DELLE BETAPEPTIDS DI ALZHEIMER. QUESTO EFFETTO È MEDIATO DA UN'ECCESSIVA ESPRESSIONE DEL GENE DELLA CALPASTATINA (INIBITORE DELLA CALPATINA) NELLE CELLULE UMANE. CERCHEREMO DI PURIFICARE, IDENTIFICARE E CARATTERIZZARE QUESTO O QUESTI COMPONENTI ED EFFETTUARE PROVE SU UN MODELLO RATON, DISPONIBILE IN UN ALTRO GRUPPO DELLA NOSTRA UNIVERSITÀ, AL FINE DI IDENTIFICARE IL MECCANISMO SOTTOSTANTE. (Italian)
    point in time
    16 January 2022
    0 references
    MÜKOPLASMAD ON ÜKS LIHTSAMAID TEADAOLEVAID BIOLOOGILISI SÜSTEEME JA ON HEA MUDEL MINIMO GEENIST JA MIINIMUM- REPLIKATIIVSEST RAKUST. VAATAMATA OMA LIHTSUSELE ON SELLE PÕHIBIOLOOGIA VÄGA TUNDMATU JA SELLEL ON SUUR HULK GEENE ILMA FUNKTSIONAALSE ANNOTATSIOONITA. ENAMIK MÜKOPLASMAID ON PARASIIDID JA PATOGEENID ERI LOOMALIIKIDEST, SEALHULGAS INIMLIIKIDEST. SELLE PROJEKTI PÕHIEESMÄRK ON TÖÖTADA VÄLJA STRATEEGIAD NENDE PROFÜLAKTIKAKS VÕI RAVIKS, EELKÕIGE PÜÜDES SAADA VAKTSIINE MÕNEDE MÜKOPLASMADE VASTU. TÄPSEMALT KESKENDUME JÄRGMISTELE LIIKIDELE: MYCOPLASMAGENITAAN, INIMESE UROGENITAALSE SÜSTEEMI PATOGEEN; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, OLULINE HINGAMISTEEDE PATOGEEN SIGADEL; MYCOPLASMA BOVIS, VEISTE OLULINE HINGAMISTEEDE PATOGEEN; MYCOPLASMA HYORHINIS, SIGADE PATOGEEN JA MÕJUTAB KA INIMESI (SEOTUD EESNÄÄRMEVÄHIGA). M. GENITAAL ON LIIK, MIDA ME OLEME VAREM KÕIGE ROHKEM UURINUD, PEAMISELT SELLE SUUREMA TRANSFORMATSIOONI LIHTSUSE JA GENEETILISE MANIPULATSIOONI TÕTTU ÜLDISELT NING KUNA SEE ON MINIMAALSE GENOOMI MUDEL. SEE ON VÕIMALDANUD MEIL SAADA KOGEMUSI NENDE KEERULISTE MIKROORGANISMIDE GENEETILISEST JUHTIMISEST JA MANIPULEERIMISEST, SAMUTI MÜKOPLASMADE PATOGEENSETE MEHHANISMIDE ANALÜÜSIMISEST NING NENDEGA SEOTUD VALKUDE KINDLAKSTEGEMISEST JA ISELOOMUSTAMISEST (MÕNEL JUHUL CRYSTALOGRAMIC STRUKTUURI TASANDIL). SEL JUHUL, MITTE VAKTSIINI, PEAME HUVITAVAKS JÄLGIDA EELMISE KOORDINEERITUD PROJEKTI RAAMES VÄLJA TÖÖTATUD ÜHENDITE RAAMATUKOGU INHIBEERIVAT AKTIIVSUST, MILLE EESMÄRK OLI MIKROORGANISMI GLÜKOSÜÜLTRANSFERAASI INAKTIVEERIMINE. MÕNED NEIST ENSÜÜMIDEST ON MYCOPLASMA JAOKS TÄIESTI ASENDAMATUD JA NEIL ON VÄGA SPETSIIFILISED TEGEVUSED, NII ET NAD ON HEAD TERAPEUTILISTE SIHTMÄRKIDE KANDIDAADID. LISAKS JÄTKAME SELLE PATOGEENSUSE MOLEKULAARSETE ALUSTE UURIMIST, TUVASTADES VIRULENTSUSE GEENID, ERITI NEED, MIS ON SEOTUD HAARDUMISMEHHANISMIGA JA GEENIDE MÄÄRUSE KOMPLEKSSETE VÕRGUSTIKEGA. TEIE GENOOMI UUENDATAKSE KA PROTEOGENOMIC’I JA BIOINFORMAATILISE ANALÜÜSI PÕHJAL, MIS LAIENEB KA TEISTE MYCOPLASMA LIIKIDE ORTOLOOGSETELE GEENIDELE. M. HYOPNEUMONIAE JA M. BOVIS’E PUHUL PÜÜAME VÄLJA TÖÖTADA ELUSVAKTSIINI, KUSTUTADES VIRULENTSUSE GEENID JA KASUTADES ELUSRAKKE VÕIMALIKU COMBI VAKTSIINI PEREMEESORGANISMINA, KASUTADES VASTAVALT MUUDE SIGADE PATOGEENIDE (PE, TSIRKOVIIRUS) JA VEISTE (P.E., BHV-1, BRSV JNE) VALKUDE ANTIGENICASI EKSPRESSIOONI SIIN. SEE NÕUAB TRANSFORMATSIOONIMEETODEID, MILLE OLEME JUBA SAAVUTANUD M. HYOPNEUMONIAE’S JA MIDA LAIENDATAKSE M. BOVIS’ELE, MILLE AJALUGU NÄITAB, ET SEDA SAAB MUUTA ÜLEMINEKU JA HOMOLOGISEERIMISE TEEL. LÕPETUSEKS, M. HYORHINISE PUHUL, KUIGI TEMA ROLLI PATOGEENINA ON JUBA MAINITUD, UURIME SELLES PROJEKTIS VEEL ÜHTE TAHKU. HILJUTI ON ÄSJA KIRJELDATUD, ET MÕNEDEL SELLE MEMBRAANVALKUDEL ON ALZHEIMERI TÕVE BETAPEPTIDS ANTIAGREGACION’I TOIME. SEDA TOIMET VAHENDAB KALPASTATIINI GEENI (KALPATIINI INHIBIITOR) ÜLEEKSPRESSIOON INIMESE RAKKUDES. PÜÜAME PUHASTADA, TUVASTADA JA ISELOOMUSTADA SEDA VÕI NEID KOMPONENTE JA VIIA LÄBI KATSEID RATON MUDEL, MIS ON SAADAVAL TEISES GRUPIS MEIE ÜLIKOOLI, ET TUVASTADA ALUSEKS MEHHANISM. (Estonian)
    point in time
    4 August 2022
    0 references
    MIKOPLAZMOS YRA VIENA IŠ PAPRASČIAUSIŲ ŽINOMŲ BIOLOGINIŲ SISTEMŲ IR YRA GERAS MINIMO GENO IR MINIMUMO REPLIKACINĖS LĄSTELĖS MODELIS. NEPAISANT PAPRASTUMO, JO PAGRINDINĖ BIOLOGIJA YRA LABAI NEŽINOMA IR TURI DAUG GENŲ BE FUNKCINĖS ANOTACIJOS. DAUGUMA MIKOPLAZMŲ YRA ĮVAIRIŲ GYVŪNŲ RŪŠIŲ, ĮSKAITANT ŽMOGAUS RŪŠIS, PARAZITAI IR PATOGENAI. PAGRINDINIS ŠIO PROJEKTO TIKSLAS – PARENGTI JŲ PROFILAKTIKOS AR TERAPIJOS STRATEGIJAS, YPAČ BANDANT GAUTI VAKCINŲ NUO KAI KURIŲ MIKOPLAZMŲ. KONKREČIAI, MES SUTELKSIME DĖMESĮ Į ŠIAS RŪŠIS: MYCOPLASMA GENITALIUM, ŽMOGAUS UROGENITALINĖS SISTEMOS PATOGENAS; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, SVARBUS KVĖPAVIMO PATOGENAS KIAULĖMS; MYCOPLASMA BOVIS, SVARBUS KVĖPAVIMO TAKŲ PATOGENAS GALVIJAMS; MYCOPLASMA HYORHINIS, KIAULIŲ PATOGENAS, TAIP PAT VEIKIA ŽMONES (SUSIJUSIUS SU PROSTATOS VĖŽIU). M. GENITALIUM YRA RŪŠIS, KURIĄ MES ANKSČIAU STUDIJAVOME LABIAUSIAI, DAUGIAUSIA DĖL JOS PAPRASTUMO TRANSFORMACIJOS IR GENETINIO MANIPULIAVIMO APSKRITAI IR TODĖL, KAD TAI YRA MINIMALAUS GENOMO MODELIS. TAI LEIDO MUMS ĮGYTI PATIRTIES GENETINIO VALDYMO IR MANIPULIAVIMO ŠIAIS SUNKIAIS MIKROORGANIZMAIS, TAIP PAT ANALIZUOJANT MIKOPLAZMŲ PATOGENIŠKUMO MECHANIZMUS IR IDENTIFIKUOJANT BEI APIBŪDINANT JUOSE ESANČIUS BALTYMUS (KAI KURIAIS ATVEJAIS CRYSTALOGRAMIC STRUKTŪROS LYGMENIU). ŠIUO ATVEJU, O NE VAKCINA, MES MANOME, KAD ĮDOMU STEBĖTI SLOPINANČIĄ VEIKLĄ JUNGINIŲ BIBLIOTEKOS, SUKURTOS ANKSTESNIAME KOORDINUOJAMAME PROJEKTE, KURIUO SIEKIAMA AKTYVINTI MIKROORGANIZMO GLIKOZILTRANSFERAZĘ. KAI KURIE IŠ ŠIŲ FERMENTŲ YRA VISIŠKAI BŪTINI MYCOPLASMA IR EKSPONUOJA LABAI SPECIFINĘ VEIKLĄ, TODĖL JIE YRA GERI KANDIDATAI Į GYDOMUOSIUS TIKSLUS. BE TO, TOLIAU TIRSIME JO PATOGENIŠKUMO MOLEKULINES BAZES, IDENTIFIKUODAMI VIRULENTIŠKUMO GENUS, YPAČ TUOS, KURIE SUSIJĘ SU SUKIBIMO MECHANIZMU IR SUDĖTINGAIS GENINIO REGULIAVIMO TINKLAIS. JŪSŲ GENOMAS TAIP PAT BUS REANOTATED, REMIANTIS PROTEOGENOMIC IR BIOINFORMATIKOS ANALIZE, REANOTATION, KURI BUS IŠPLĖSTA KITŲ MYCOPLASMA RŪŠIŲ ORTOLOGINIAMS GENAMS. M. HYOPNEUMONIAE IR M. BOVIS ATVEJU MES STENGSIMĖS SUKURTI GYVĄ VAKCINĄ, PAŠALINDAMI VIRULENTIŠKUMO GENUS IR NAUDODAMI GYVĄ LĄSTELĘ KAIP GALIMĄ COMBI VAKCINĄ, IŠREIKŠDAMI KITŲ KIAULIŲ PATOGENŲ (P.E., CIRKOVIRUSŲ) IR GALVIJŲ (P.E., BHV-1, BRSV IR KT.) BALTYMŲ ANTIGENICAS HEREROLOGY. TAM REIKIA TURĖTI TRANSFORMACIJOS METODUS, KURIUOS JAU PASIEKĖME M. HYOPNEUMONIAE IR KURIS BUS IŠPLĖSTAS IKI M. BOVIS, SU ISTORIJA, KURI RODO, KAD JI GALI BŪTI TRANSFORMUOTA PERĖJIMO IR HOMOLOGACIJOS. GALIAUSIAI M. HYORHINIS ATVEJU, NORS JO, KAIP PATOGENO, VAIDMUO JAU BUVO PAMINĖTAS, ŠIAME PROJEKTE MES IŠNAGRINĖSIME KITĄ JO ASPEKTĄ. NESENIAI BUVO KĄ TIK APRAŠYTA, KAD KAI KURIE JO MEMBRANINIAI BALTYMAI VEIKIA ALZHAIMERIO BETAPEPTIDS ANTIAGREGACION. ŠĮ POVEIKĮ LEMIA PADIDĖJUSI KALPASTATINO GENO (KALPAINO INHIBITORIAUS) RAIŠKA ŽMOGAUS LĄSTELĖSE. MES STENGSIMĖS IŠVALYTI, NUSTATYTI IR APIBŪDINTI TAI AR ŠIUOS KOMPONENTUS IR ATLIKTI BANDYMUS RATON MODELIS, PRIEINAMA KITOJE MŪSŲ UNIVERSITETO GRUPĖJE, SIEKIANT NUSTATYTI PAGRINDINĮ MECHANIZMĄ. (Lithuanian)
    point in time
    4 August 2022
    0 references
    MIKOPLAZME PREDSTAVLJAJU JEDAN OD NAJJEDNOSTAVNIJIH POZNATIH BIOLOŠKIH SUSTAVA I DOBAR SU MODEL MINIMO GENA I MINI-REPLICATIVNIH STANICA. UNATOČ SVOJOJ JEDNOSTAVNOSTI, NJEGOVA OSNOVNA BIOLOGIJA JE VRLO NEPOZNATA I IMA VELIKI BROJ GENA BEZ FUNKCIONALNE NAPOMENE. VEĆINA MIKOPLAZME SU PARAZITI I PATOGENI RAZLIČITIH ŽIVOTINJSKIH VRSTA, UKLJUČUJUĆI I LJUDSKU VRSTU. TEMELJNI CILJ OVOG PROJEKTA JE OSMISLITI STRATEGIJE ZA NJIHOVU PROFILAKSU ILI TERAPIJU, POSEBNO POKUŠAVAJUĆI DOBITI CJEPIVA PROTIV NEKIH MIKOPLAZMA. KONKRETNO, USREDOTOČIT ĆEMO SE NA SLJEDEĆE VRSTE: MIKOPLAZMA GENITALIJE, PATOGEN LJUDSKOG UROGENITALNOG SUSTAVA; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, VAŽAN RESPIRATORNI PATOGEN U SVINJA; MYCOPLASMA BOVIS, VAŽAN RESPIRATORNI PATOGEN U GOVEDA; MYCOPLASMA HYORHINIS, PATOGEN SVINJA I TAKOĐER UTJEČE NA LJUDE (POVEZAN S RAKOM PROSTATE). M. GENITALIUM JE VRSTA KOJU SMO PRETHODNO NAJVIŠE PROUČAVALI, UGLAVNOM ZBOG VEĆE JEDNOSTAVNOSTI TRANSFORMACIJE I GENETSKE MANIPULACIJE OPĆENITO I ZATO ŠTO JE MODEL MINIMALNOG GENOMA. TO NAM JE OMOGUĆILO STJECANJE ISKUSTVA U GENETSKOM UPRAVLJANJU I MANIPULACIJI OVIM TEŠKIM MIKROORGANIZMIMA, KAO I U ANALIZI PATOGENIH MEHANIZAMA MIKOPLAZME I PREPOZNAVANJU I KARAKTERIZACIJI (U NEKIM SLUČAJEVIMA NA RAZINI CRYSTALOGRAMIC STRUKTURE) PROTEINA UKLJUČENIH U NJIH. U OVOM SLUČAJU, UMJESTO CJEPIVA, MISLIMO DA JE ZANIMLJIVO PRATITI INHIBICIJSKO DJELOVANJE KNJIŽNICE SPOJEVA RAZVIJENE U PRETHODNOM KOORDINIRANOM PROJEKTU I USMJERENE NA INAKTIVACIJU GLIKOZILTRANSFERAZE MIKROORGANIZMA. NEKI OD TIH ENZIMA POTPUNO SU NEOPHODNI ZA MIKOPLAZMU I POKAZUJU VRLO SPECIFIČNE AKTIVNOSTI, STOGA SU DOBRI KANDIDATI ZA TERAPIJSKE CILJEVE. OSIM TOGA, NASTAVIT ĆEMO PROUČAVATI MOLEKULARNE BAZE NJEGOVE PATOGENOSTI, IDENTIFICIRAJUĆI VIRULENCIJSKE GENE, POSEBNO ONE KOJI SE ODNOSE NA MEHANIZAM PRIANJANJA I SLOŽENE MREŽE GENSKE REGULACIJE. VAŠ GENOM ĆE TAKOĐER BITI REANOTATED NA TEMELJU PROTEOGENOMIC I BIOINFORMATIČKE ANALIZE, REANOTATION KOJA ĆE SE PROŠIRITI NA ORTOLOZNE GENE DRUGIH VRSTA MYCOPLASMA. U SLUČAJU M. HYOPNEUMONIAE I M. BOVIS POKUŠAT ĆEMO OSMISLITI ŽIVO CJEPIVO BRISANJEM GENA VIRULENCIJE, KAO I KORISTITI ŽIVU STANICU KAO DOMAĆINA ZA MOGUĆE COMBI CJEPIVO, IZRAZOM HEREROLOGY PROTEINA ANTIGENICAS DRUGIH SVINJSKIH PATOGENA (P.E., CIRKOVIRUS) I GOVEDA (P.E., BHV-1, BRSV ITD.). TO ZAHTIJEVA METODE TRANSFORMACIJE, KOJE SMO VEĆ POSTIGLI U M. HYOPNEUMONIAE I KOJE ĆE BITI PROŠIRENE NA M. BOVIS, S POVIJEŠĆU KOJA UKAZUJE NA TO DA BI SE MOGLA TRANSFORMIRATI PRIJELAZOM I HOMOLOGACIJOM. KONAČNO, U SLUČAJU M. HYORHINIS-A, IAKO JE NJEGOVA ULOGA PATOGENA VEĆ SPOMENUTA, U OVOM ĆEMO PROJEKTU ISTRAŽITI JOŠ JEDAN ASPEKT. NEDAVNO JE OPISANO DA NEKI NJEGOVI MEMBRANSKI PROTEINI IMAJU AKTIVNOST ANTIAGREGACION ALZHEIMEROVIH BETAPEPTIDS-A. TAJ JE UČINAK POSREDOVAN PREKOMJERNOM EKSPRESIJOM KALPASTATIN GENA (INHIBITORA KALPAINA) U LJUDSKIM STANICAMA. POKUŠAT ĆEMO PROČISTITI, IDENTIFICIRATI I KARAKTERIZIRATI OVE ILI OVE KOMPONENTE I PROVESTI ISPITIVANJA NA RATON MODELU, DOSTUPNOM U DRUGOJ SKUPINI NAŠEG SVEUČILIŠTA, KAKO BISMO IDENTIFICIRALI TEMELJNI MEHANIZAM. (Croatian)
    point in time
    4 August 2022
    0 references
    ΤΑ ΜΥΚΟΠΛΆΣΜΑΤΑ ΑΝΤΙΠΡΟΣΩΠΕΎΟΥΝ ΈΝΑ ΑΠΌ ΤΑ ΑΠΛΟΎΣΤΕΡΑ ΓΝΩΣΤΆ ΒΙΟΛΟΓΙΚΆ ΣΥΣΤΉΜΑΤΑ ΚΑΙ ΕΊΝΑΙ ΈΝΑ ΚΑΛΌ ΜΟΝΤΈΛΟ ΜΙΚΡΟΓΟΝΙΔΊΟΥ ΚΑΙ ΜΙΚΡΟΑΝΤΙΓΡΑΦΙΚΟΎ ΚΥΤΤΆΡΟΥ. ΠΑΡΆ ΤΗΝ ΑΠΛΌΤΗΤΆ ΤΗΣ, Η ΒΑΣΙΚΉ ΒΙΟΛΟΓΊΑ ΤΗΣ ΕΊΝΑΙ ΠΟΛΎ ΆΓΝΩΣΤΗ ΚΑΙ ΈΧΕΙ ΜΕΓΆΛΟ ΑΡΙΘΜΌ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΧΩΡΊΣ ΛΕΙΤΟΥΡΓΙΚΌ ΣΧΟΛΙΑΣΜΌ. ΤΑ ΠΕΡΙΣΣΌΤΕΡΑ ΜΥΚΟΠΛΆΣΜΑΤΑ ΕΊΝΑΙ ΠΑΡΆΣΙΤΑ ΚΑΙ ΠΑΘΟΓΌΝΑ ΔΙΑΦΌΡΩΝ ΖΩΙΚΏΝ ΕΙΔΏΝ, ΣΥΜΠΕΡΙΛΑΜΒΑΝΟΜΈΝΩΝ ΤΩΝ ΑΝΘΡΏΠΙΝΩΝ ΕΙΔΏΝ. Ο ΒΑΣΙΚΌΣ ΣΤΌΧΟΣ ΑΥΤΟΎ ΤΟΥ ΈΡΓΟΥ ΕΊΝΑΙ Ο ΣΧΕΔΙΑΣΜΌΣ ΣΤΡΑΤΗΓΙΚΏΝ ΓΙΑ ΤΗΝ ΠΡΟΦΎΛΑΞΗ Ή ΤΗ ΘΕΡΑΠΕΊΑ ΤΟΥΣ, ΙΔΊΩΣ ΠΡΟΣΠΑΘΏΝΤΑΣ ΝΑ ΑΠΟΚΤΉΣΕΤΕ ΕΜΒΌΛΙΑ ΚΑΤΆ ΟΡΙΣΜΈΝΩΝ ΜΥΚΟΠΛΑΣΜΆΤΩΝ. ΣΥΓΚΕΚΡΙΜΈΝΑ, ΘΑ ΕΠΙΚΕΝΤΡΩΘΟΎΜΕ ΣΤΑ ΑΚΌΛΟΥΘΑ ΕΊΔΗ: MYCOPLASMA GENITALIUM, ΠΑΘΟΓΌΝΟΣ ΠΑΡΆΓΟΝΤΑΣ ΤΟΥ ΑΝΘΡΏΠΙΝΟΥ ΟΥΡΟΓΕΝΝΗΤΙΚΟΎ ΣΥΣΤΉΜΑΤΟΣ· MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, ΣΗΜΑΝΤΙΚΌ ΑΝΑΠΝΕΥΣΤΙΚΌ ΠΑΘΟΓΌΝΟ ΣΤΟΥΣ ΧΟΊΡΟΥΣ· MYCOPLASMA BOVIS, ΣΗΜΑΝΤΙΚΌ ΑΝΑΠΝΕΥΣΤΙΚΌ ΠΑΘΟΓΌΝΟ ΣΤΑ ΒΟΟΕΙΔΉ· MYCOPLASMA HYORHINIS, ΠΑΘΟΓΌΝΟ ΤΩΝ ΧΟΊΡΩΝ ΚΑΙ ΕΠΗΡΕΆΖΕΙ ΕΠΊΣΗΣ ΤΟΝ ΆΝΘΡΩΠΟ (ΣΧΕΤΙΚΆ ΜΕ ΤΟΝ ΚΑΡΚΊΝΟ ΤΟΥ ΠΡΟΣΤΆΤΗ). ΤΟ M. GENITALIUM ΕΊΝΑΙ ΤΟ ΕΊΔΟΣ ΠΟΥ ΈΧΟΥΜΕ ΠΡΟΗΓΟΥΜΈΝΩΣ ΜΕΛΕΤΉΣΕΙ ΠΕΡΙΣΣΌΤΕΡΟ, ΣΕ ΜΕΓΆΛΟ ΒΑΘΜΌ ΓΙΑ ΤΗ ΜΕΓΑΛΎΤΕΡΗ ΕΥΚΟΛΊΑ ΜΕΤΑΣΧΗΜΑΤΙΣΜΟΎ ΚΑΙ ΓΕΝΕΤΙΚΉΣ ΧΕΙΡΑΓΏΓΗΣΗΣ ΓΕΝΙΚΆ ΚΑΙ ΕΠΕΙΔΉ ΕΊΝΑΙ ΈΝΑ ΜΟΝΤΈΛΟ ΕΝΌΣ ΕΛΆΧΙΣΤΟΥ ΓΟΝΙΔΙΏΜΑΤΟΣ. ΜΑΣ ΕΠΈΤΡΕΨΕ ΝΑ ΑΠΟΚΤΉΣΟΥΜΕ ΕΜΠΕΙΡΊΑ ΣΤΗ ΓΕΝΕΤΙΚΉ ΔΙΑΧΕΊΡΙΣΗ ΚΑΙ ΧΕΙΡΙΣΜΌ ΑΥΤΏΝ ΤΩΝ ΔΎΣΚΟΛΩΝ ΜΙΚΡΟΟΡΓΑΝΙΣΜΏΝ, ΚΑΘΏΣ ΚΑΙ ΣΤΗΝ ΑΝΆΛΥΣΗ ΤΩΝ ΜΗΧΑΝΙΣΜΏΝ ΠΑΘΟΓΈΝΕΙΑΣ ΤΩΝ ΜΥΚΟΠΛΑΣΜΆΤΩΝ ΚΑΙ ΣΤΟΝ ΕΝΤΟΠΙΣΜΌ ΚΑΙ ΤΟΝ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΜΌ (ΣΕ ΟΡΙΣΜΈΝΕΣ ΠΕΡΙΠΤΏΣΕΙΣ ΣΤΟ ΕΠΊΠΕΔΟ ΤΗΣ ΚΡΥΣΤΑΛΟΓΡΑΜΙΚΗΣ) ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΏΝ ΠΟΥ ΕΜΠΛΈΚΟΝΤΑΙ ΣΕ ΑΥΤΟΎΣ. ΣΕ ΑΥΤΉ ΤΗΝ ΠΕΡΊΠΤΩΣΗ, ΑΝΤΊ ΓΙΑ ΕΜΒΌΛΙΟ, ΘΕΩΡΟΎΜΕ ΕΝΔΙΑΦΈΡΟΝ ΝΑ ΠΑΡΑΚΟΛΟΥΘΉΣΟΥΜΕ ΤΗΝ ΑΝΑΣΤΑΛΤΙΚΉ ΔΡΆΣΗ ΜΙΑΣ ΒΙΒΛΙΟΘΉΚΗΣ ΕΝΏΣΕΩΝ ΠΟΥ ΑΝΑΠΤΎΧΘΗΚΕ ΣΤΟ ΠΡΟΗΓΟΎΜΕΝΟ ΣΥΝΤΟΝΙΣΜΈΝΟ ΈΡΓΟ ΚΑΙ ΣΤΟΧΕΎΕΙ ΣΤΗΝ ΑΔΡΑΝΟΠΟΊΗΣΗ ΤΗΣ ΓΛΥΚΟΖΥΛΟΤΡΑΝΣΦΕΡΆΣΗΣ ΤΟΥ ΜΙΚΡΟΟΡΓΑΝΙΣΜΟΎ. ΜΕΡΙΚΆ ΑΠΌ ΑΥΤΆ ΤΑ ΈΝΖΥΜΑ ΕΊΝΑΙ ΑΠΟΛΎΤΩΣ ΑΠΑΡΑΊΤΗΤΑ ΓΙΑ ΤΟ MYCOPLASMA ΚΑΙ ΠΑΡΟΥΣΙΆΖΟΥΝ ΠΟΛΎ ΣΥΓΚΕΚΡΙΜΈΝΕΣ ΔΡΑΣΤΗΡΙΌΤΗΤΕΣ, ΈΤΣΙ ΕΊΝΑΙ ΚΑΛΟΊ ΥΠΟΨΉΦΙΟΙ ΓΙΑ ΘΕΡΑΠΕΥΤΙΚΟΎΣ ΣΤΌΧΟΥΣ. ΕΠΙΠΛΈΟΝ, ΘΑ ΣΥΝΕΧΊΣΟΥΜΕ ΝΑ ΜΕΛΕΤΟΎΜΕ ΤΙΣ ΜΟΡΙΑΚΈΣ ΒΆΣΕΙΣ ΤΗΣ ΠΑΘΟΓΈΝΕΙΆΣ ΤΟΥ, ΠΡΟΣΔΙΟΡΊΖΟΝΤΑΣ ΤΑ ΓΟΝΊΔΙΑ ΛΟΙΜΟΓΌΝΟΥ ΠΑΡΆΓΟΝΤΑ, ΙΔΊΩΣ ΕΚΕΊΝΑ ΠΟΥ ΣΧΕΤΊΖΟΝΤΑΙ ΜΕ ΤΟΝ ΜΗΧΑΝΙΣΜΌ ΠΡΌΣΦΥΣΗΣ ΚΑΙ ΤΑ ΣΎΝΘΕΤΑ ΔΊΚΤΥΑ ΡΎΘΜΙΣΗΣ ΤΩΝ ΓΕΝΝΗΤΙΚΏΝ ΟΡΓΆΝΩΝ. ΤΟ ΓΟΝΙΔΊΩΜΆ ΣΑΣ ΘΑ ΑΝΟΙΓΜΑΤΟΠΟΙΗΘΕΙ ΕΠΊΣΗΣ ΜΕ ΒΆΣΗ ΜΙΑ ΠΡΩΤΟΓΕΝΟΝΟΜΙΚΗ ΚΑΙ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΉ ΑΝΆΛΥΣΗ, REANOTATION ΠΟΥ ΘΑ ΕΠΕΚΤΑΘΕΊ ΣΤΑ ΟΡΘΟΛΟΓΙΚΆ ΓΟΝΊΔΙΑ ΆΛΛΩΝ ΕΙΔΏΝ MYCOPLASMA. ΣΤΗΝ ΠΕΡΊΠΤΩΣΗ ΤΟΥ M. HYOPNEUMONIAE ΚΑΙ ΤΟΥ M. BOVIS ΘΑ ΠΡΟΣΠΑΘΉΣΟΥΜΕ ΝΑ ΣΧΕΔΙΆΣΟΥΜΕ ΈΝΑ ΖΩΝΤΑΝΌ ΕΜΒΌΛΙΟ ΜΕ ΤΗ ΔΙΑΓΡΑΦΉ ΤΩΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΛΟΙΜΟΓΌΝΟΥ ΔΎΝΑΜΗΣ, ΚΑΘΏΣ ΚΑΙ ΝΑ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΉΣΟΥΜΕ ΤΟ ΖΩΝΤΑΝΌ ΚΎΤΤΑΡΟ ΩΣ ΞΕΝΙΣΤΉ ΓΙΑ ΈΝΑ ΠΙΘΑΝΌ ΕΜΒΌΛΙΟ COMBI, ΜΕ ΤΗΝ ΈΚΦΡΑΣΗ HEREROLOGY ΤΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΏΝ ANTIGENICAS ΆΛΛΩΝ ΠΑΘΟΓΌΝΩΝ ΠΑΡΑΓΌΝΤΩΝ ΤΩΝ ΧΟΊΡΩΝ (Π.Ε., ΚΥΚΛΟΪΌΣ) ΚΑΙ ΒΟΟΕΙΔΏΝ (P.E., BHV-1, BRSV Κ.ΛΠ.) ΑΝΤΊΣΤΟΙΧΑ. ΑΥΤΌ ΑΠΑΙΤΕΊ ΝΑ ΈΧΟΥΜΕ ΜΕΘΌΔΟΥΣ ΜΕΤΑΣΧΗΜΑΤΙΣΜΟΎ, ΤΙΣ ΟΠΟΊΕΣ ΈΧΟΥΜΕ ΉΔΗ ΕΠΙΤΎΧΕΙ ΣΤΟ M. HYOPNEUMONIAE ΚΑΙ ΠΟΥ ΘΑ ΕΠΕΚΤΑΘΕΊ ΣΤΟΝ M. BOVIS, ΜΕ ΜΙΑ ΙΣΤΟΡΊΑ ΠΟΥ ΔΕΊΧΝΕΙ ΌΤΙ ΘΑ ΜΠΟΡΟΎΣΕ ΝΑ ΜΕΤΑΣΧΗΜΑΤΙΣΤΕΊ ΜΕ ΤΗ ΜΕΤΆΒΑΣΗ ΚΑΙ ΤΗΝ ΟΜΟΛΟΓΊΑ. ΤΈΛΟΣ, ΣΤΗΝ ΠΕΡΊΠΤΩΣΗ ΤΟΥ Μ. ΧΥΩΡΗΝΗ, ΑΝ ΚΑΙ Ο ΡΌΛΟΣ ΤΟΥ ΩΣ ΠΑΘΟΓΌΝΟΥ ΈΧΕΙ ΉΔΗ ΑΝΑΦΕΡΘΕΊ, ΣΕ ΑΥΤΌ ΤΟ ΈΡΓΟ ΘΑ ΔΙΕΡΕΥΝΉΣΟΥΜΕ ΜΙΑ ΆΛΛΗ ΠΤΥΧΉ ΤΟΥ. ΠΡΌΣΦΑΤΑ, ΈΧΕΙ ΜΌΛΙΣ ΠΕΡΙΓΡΑΦΕΊ ΌΤΙ ΜΕΡΙΚΈΣ ΑΠΌ ΤΙΣ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΕΣ ΜΕΜΒΡΆΝΗΣ ΤΟΥ ΈΧΟΥΝ ΔΡΑΣΤΗΡΙΌΤΗΤΑ ΑΝΤΑΓΩΝΙΣΤΙΚΟΤΗΤΑ ΤΩΝ ΒΕΤΑΠΕΠΤΙΔΩΝ ΑΛΤΣΧΆΙΜΕΡ. Η ΕΠΊΔΡΑΣΗ ΑΥΤΉ ΜΕΣΟΛΑΒΕΊ ΑΠΌ ΤΗΝ ΥΠΕΡΈΚΦΡΑΣΗ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΊΟΥ ΚΑΛΠΑΣΤΑΤΊΝΗΣ (ΑΝΑΣΤΟΛΈΑΣ ΤΗΣ ΚΑΛΠΑΣΤΑΤΊΝΗΣ) ΣΤΑ ΑΝΘΡΏΠΙΝΑ ΚΎΤΤΑΡΑ. ΘΑ ΠΡΟΣΠΑΘΉΣΟΥΜΕ ΝΑ ΚΑΘΑΡΊΣΟΥΜΕ, ΝΑ ΑΝΑΓΝΩΡΊΣΟΥΜΕ ΚΑΙ ΝΑ ΧΑΡΑΚΤΗΡΊΣΟΥΜΕ ΑΥΤΌ Ή ΑΥΤΆ ΤΑ ΣΥΣΤΑΤΙΚΆ ΚΑΙ ΝΑ ΔΙΕΝΕΡΓΉΣΟΥΜΕ ΔΟΚΙΜΈΣ ΣΕ ΈΝΑ ΜΟΝΤΈΛΟ RATON, ΔΙΑΘΈΣΙΜΟ ΣΕ ΆΛΛΗ ΟΜΆΔΑ ΤΟΥ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΊΟΥ ΜΑΣ, ΠΡΟΚΕΙΜΈΝΟΥ ΝΑ ΕΝΤΟΠΊΣΟΥΜΕ ΤΟΝ ΥΠΟΚΕΊΜΕΝΟ ΜΗΧΑΝΙΣΜΌ. (Greek)
    point in time
    4 August 2022
    0 references
    MYKOPLAZMY PREDSTAVUJÚ JEDEN Z NAJJEDNODUCHŠÍCH ZNÁMYCH BIOLOGICKÝCH SYSTÉMOV A SÚ DOBRÝM MODELOM MINIMO GÉNU A MINIMA REPLIKAČNÝCH BUNIEK. NAPRIEK SVOJEJ JEDNODUCHOSTI JE JEHO ZÁKLADNÁ BIOLÓGIA VEĽMI NEZNÁMA A MÁ VEĽKÉ MNOŽSTVO GÉNOV BEZ FUNKČNEJ ANOTÁCIE. VÄČŠINA MYKOPLAZMY SÚ PARAZITY A PATOGÉNY RÔZNYCH ŽIVOČÍŠNYCH DRUHOV, VRÁTANE ĽUDSKÝCH DRUHOV. ZÁKLADNÝM CIEĽOM TOHTO PROJEKTU JE NAVRHNÚŤ STRATÉGIE PRE ICH PROFYLAXIU ALEBO TERAPIU, NAJMÄ POKUSOM ZÍSKAŤ VAKCÍNY PROTI NIEKTORÝM MYKOPLAZMÁM. KONKRÉTNE SA ZAMERIAME NA TIETO DRUHY: MYCOPLASMA GENITÁLIUM, PATOGÉN ĽUDSKÉHO UROGENITÁLNEHO SYSTÉMU; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, DÔLEŽITÝ RESPIRAČNÝ PATOGÉN U OŠÍPANÝCH; MYCOPLASMA BOVIS, DÔLEŽITÝ RESPIRAČNÝ PATOGÉN U HOVÄDZIEHO DOBYTKA; MYCOPLASMA HYORHINIS, PATOGÉN OŠÍPANÝCH A TIEŽ POSTIHUJE ĽUDÍ (V SÚVISLOSTI S RAKOVINOU PROSTATY). M. GENITÁLIUM JE DRUH, KTORÝ SME PREDTÝM ŠTUDOVALI NAJVIAC, PREVAŽNE PRE JEHO VÄČŠIU JEDNODUCHOSŤ TRANSFORMÁCIE A GENETICKÚ MANIPULÁCIU VO VŠEOBECNOSTI A PRETOŽE JE TO MODEL MINIMÁLNEHO GENÓMU. UMOŽNILA NÁM ZÍSKAŤ SKÚSENOSTI S GENETICKÝM RIADENÍM A MANIPULÁCIOU S TÝMITO NÁROČNÝMI MIKROORGANIZMAMI, AKO AJ S ANALÝZOU MECHANIZMOV PATOGENITY MYKOPLAZMOV A IDENTIFIKOVANÍM A CHARAKTERIZOVANÍM (V NIEKTORÝCH PRÍPADOCH NA ÚROVNI ŠTRUKTÚRY CRYSTALOGRAMICU) PROTEÍNOV, KTORÉ SA NA NICH PODIEĽAJÚ. V TOMTO PRÍPADE NAMIESTO VAKCÍNY POVAŽUJEME ZA ZAUJÍMAVÉ SLEDOVAŤ INHIBIČNÚ AKTIVITU KNIŽNICE ZLÚČENÍN VYVINUTÚ V PREDCHÁDZAJÚCOM KOORDINOVANOM PROJEKTE A ZAMERANÚ NA INAKTIVÁCIU GLYKOZYLTRANSFERÁZY MIKROORGANIZMU. NIEKTORÉ Z TÝCHTO ENZÝMOV SÚ ÚPLNE NEVYHNUTNÉ PRE MYKOPLAZMU A VYKAZUJÚ VEĽMI ŠPECIFICKÉ AKTIVITY, TAKŽE SÚ DOBRÝMI KANDIDÁTMI NA TERAPEUTICKÉ CIELE. OKREM TOHO BUDEME POKRAČOVAŤ V SKÚMANÍ MOLEKULÁRNYCH ZÁKLADOV JEHO PATOGENITY, IDENTIFIKOVAŤ VIRULENTNÉ GÉNY, NAJMÄ TIE, KTORÉ SÚVISIA S MECHANIZMOM ADHÉZIE A ZLOŽITÝMI SIEŤAMI GÉNOVEJ REGULÁCIE. VÁŠ GENÓM BUDE TIEŽ REANOTATED ZALOŽENÝ NA PROTEOGENOMICKEJ A BIOINFORMATICKEJ ANALÝZE, REANOTATION, KTORÁ SA ROZŠÍRI NA ORTOLÓGNE GÉNY INÝCH DRUHOV MYKOPLAZMY. V PRÍPADE M. HYOPNEUMONIAE A M. BOVIS SA POKÚSIME NAVRHNÚŤ ŽIVÚ VAKCÍNU ODSTRÁNENÍM VIRULENTNÝCH GÉNOV, AKO AJ POUŽIŤ ŽIVÚ BUNKU AKO HOSTITEĽA PRE MOŽNÚ VAKCÍNU COMBI EXPRESIOU PROTEÍNOV ANTIGENICAS INÝCH OŠÍPANÝCH (P.E., CIRKOVÍRUS) A HOVÄDZIEHO DOBYTKA (P.E., BHV-1, BRSV ATĎ.). TO SI VYŽADUJE METÓDY TRANSFORMÁCIE, KTORÉ SME UŽ DOSIAHLI V M. HYOPNEUMONIAE A KTORÉ SA ROZŠÍRIA NA M. BOVIS S HISTÓRIOU, KTORÁ NAZNAČUJE, ŽE BY SA MOHLA TRANSFORMOVAŤ PRECHODOM A HOMOLOGÁCIOU. NAKONIEC, V PRÍPADE M. HYORHINISA, HOCI JEHO ÚLOHA AKO PATOGÉNU UŽ BOLA SPOMENUTÁ, V TOMTO PROJEKTE PRESKÚMAME ĎALŠÍ ASPEKT TOHTO PROJEKTU. NEDÁVNO BOLO POPÍSANÉ, ŽE NIEKTORÉ Z JEHO MEMBRÁNOVÝCH PROTEÍNOV MAJÚ AKTIVITU ANTIAGREGACION ALZHEIMEROVEJ BETAPEPTIDS. TENTO ÚČINOK JE SPROSTREDKOVANÝ NADMERNOU EXPRESIOU KALPASTATÍNOVÉHO GÉNU (INHIBÍTOR KALPAÍNU) V ĽUDSKÝCH BUNKÁCH. POKÚSIME SA ČISTIŤ, IDENTIFIKOVAŤ A CHARAKTERIZOVAŤ TIETO ALEBO TIETO KOMPONENTY A VYKONÁVAŤ SKÚŠKY NA MODELI RATON, KTORÝ JE K DISPOZÍCII V INEJ SKUPINE NAŠEJ UNIVERZITY, S CIEĽOM IDENTIFIKOVAŤ ZÁKLADNÝ MECHANIZMUS. (Slovak)
    point in time
    4 August 2022
    0 references
    MYKOPLASMAT OVAT YKSI YKSINKERTAISIMMISTA TUNNETUISTA BIOLOGISISTA JÄRJESTELMISTÄ JA OVAT HYVÄ MALLI MINIMO-GEENISTÄ JA MINIMA-REPLICATIIVISESTA SOLUSTA. YKSINKERTAISUUDESTAAN HUOLIMATTA SEN PERUSBIOLOGIA ON HYVIN TUNTEMATON JA SILLÄ ON SUURI MÄÄRÄ GEENEJÄ ILMAN TOIMINNALLISTA HUOMAUTUSTA. USEIMMAT MYKOPLASMAT OVAT ERI ELÄINLAJIEN LOISIA JA PATOGEENEJÄ, MUKAAN LUKIEN IHMISLAJIT. TÄMÄN HANKKEEN PERUSTAVOITTEENA ON SUUNNITELLA STRATEGIOITA NIIDEN ENNALTAEHKÄISYÄ TAI HOITOA VARTEN, ERITYISESTI YRITTÄMÄLLÄ SAADA ROKOTTEITA JOITAKIN MYKOPLASMOJA VASTAAN. KESKITYMME ERITYISESTI SEURAAVIIN LAJEIHIN: MYCOPLASMA GENITALIUM, IHMISEN UROGENITAALISEN JÄRJESTELMÄN PATOGEENI; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, TÄRKEÄ HENGITYSTIEPATOGEENI SIOILLA; MYCOPLASMA BOVIS, TÄRKEÄ HENGITYSTIEPATOGEENI NAUDOILLA; MYCOPLASMA HYORHINIS, SIKOJEN PATOGEENI JA VAIKUTTAA MYÖS IHMISIIN (ETURAUHASSYÖPÄÄN LIITTYEN). M. GENITALIUM ON LAJI, JOTA OLEMME AIEMMIN TUTKINEET ENITEN, SUURELTA OSIN SEN HELPOMPI MUUNTAMINEN JA GENEETTINEN MANIPULOINTI YLEENSÄ JA KOSKA SE ON MALLI MINIMAALISEN GENOMIN. SE ON ANTANUT MEILLE MAHDOLLISUUDEN SAADA KOKEMUSTA NÄIDEN VAIKEIDEN MIKRO-ORGANISMIEN GENEETTISESTÄ HALLINNASTA JA MANIPULOINNISTA SEKÄ MYKOPLASMOJEN PATOGEENISYYSMEKANISMIEN ANALYSOINNISTA JA NIIHIN LIITTYVIEN PROTEIINIEN TUNNISTAMISESTA JA LUONNEHTIMISESTA (JOISSAKIN TAPAUKSISSA CRYSTALOGRAMIC-RAKENTEEN TASOLLA). TÄSSÄ TAPAUKSESSA, ROKOTTEEN SIJAAN, MIELESTÄMME ON MIELENKIINTOISTA SEURATA EDELLISESSÄ KOORDINOIDUSSA HANKKEESSA KEHITETYN YHDISTEIDEN KIRJASTON ESTÄVÄÄ TOIMINTAA, JOLLA PYRITTIIN INAKTIVOIMAAN MIKRO-ORGANISMIN GLYKOSYYLITRANSFERAASI. JOTKUT NÄISTÄ ENTSYYMEISTÄ OVAT TÄYSIN VÄLTTÄMÄTTÖMIÄ MYCOPLASMALLE JA NIILLÄ ON HYVIN ERITYISIÄ AKTIVITEETTEJA, JOTEN NE OVAT HYVIÄ EHDOKKAITA TERAPEUTTISIIN KOHTEISIIN. LISÄKSI JATKAMME SEN PATOGEENISYYDEN MOLEKYYLIEMÄSTEN TUTKIMISTA TUNNISTAMALLA VIRULENSSIGEENIT, JOTKA LIITTYVÄT ERITYISESTI TARTTUMISMEKANISMIIN JA GENEETTISEN SÄÄNTELYN MONIMUTKAISIIN VERKOSTOIHIN. GENOMISI ON MYÖS REANOTATED, JOKA PERUSTUU PROTEOGENOMIC- JA BIOINFORMAATTISEEN ANALYYSIIN, JOKA LAAJENNETAAN MUIDEN MYCOPLASMA-LAJIEN ORTOLOGISIIN GEENEIHIN. KUN KYSEESSÄ OVAT M. HYOPNEUMONIAE JA M. BOVIS, YRITÄMME SUUNNITELLA ELÄVÄN ROKOTTEEN POISTAMALLA VIRULENSSIGEENEJÄ SEKÄ KÄYTTÄMÄLLÄ ELÄVÄÄ SOLUA MAHDOLLISEN COMBI-ROKOTTEEN ISÄNTÄNÄ ILMAISEMALLA HEREROLOGY PROTEIINEJA ANTIGENICAS MUIDEN SIKOJEN PATOGEENIEN (P.E., SIRKOVIRUS) JA KARJAN (P.E., BHV-1, BRSV JNE.) OSALTA. TÄMÄ EDELLYTTÄÄ MUUTOSMENETELMIÄ, JOTKA OLEMME JO SAAVUTTANEET M. HYOPNEUMONIAE:SSA JA JOTKA LAAJENNETAAN M. BOVISIIN, JONKA HISTORIA OSOITTAA, ETTÄ SE VOITAISIIN MUUTTAA SIIRTYMÄN JA HOMOLOGOINNIN AVULLA. LOPUKSI, KUN KYSEESSÄ ON M. HYORHINIS, VAIKKA HÄNEN ROOLINSA TAUDINAIHEUTTAJANA ON JO MAINITTU, TÄSSÄ HANKKEESSA TUTKIMME SEN TOISTA PUOLTA. ÄSKETTÄIN ON JUURI KUVATTU, ETTÄ JOTKUT SEN KALVOPROTEIINIT OVAT AKTIIVISIA ANTIAGREGACION ALZHEIMERIN BETAPEPTIDS. TÄMÄ VAIKUTUS VÄLITTYY IHMISEN SOLUISSA ESIINTYVÄN KALPASTATIINIGEENIN (KALPATIININESTÄJÄN) YLIILMAISUNA. YRITÄMME PUHDISTAA, TUNNISTAA JA LUONNEHTIA TÄTÄ TAI NÄITÄ KOMPONENTTEJA JA SUORITTAA KOKEITA RATON MALLI, SAATAVILLA TOISESSA RYHMÄSSÄ YLIOPISTOMME, JOTTA VOIDAAN TUNNISTAA TAUSTALLA MEKANISMI. (Finnish)
    point in time
    4 August 2022
    0 references
    MYKOPLAZMY STANOWIĄ JEDEN Z NAJPROSTSZYCH ZNANYCH SYSTEMÓW BIOLOGICZNYCH I SĄ DOBRYM MODELEM GENU MINIMO I KOMÓRKI MINIMA-REPLIKACYJNEJ. POMIMO SWOJEJ PROSTOTY, JEGO PODSTAWOWA BIOLOGIA JEST BARDZO NIEZNANA I MA DUŻĄ LICZBĘ GENÓW BEZ ADNOTACJI FUNKCJONALNEJ. WIĘKSZOŚĆ MYKOPLAZMY TO PASOŻYTY I PATOGENY RÓŻNYCH GATUNKÓW ZWIERZĄT, W TYM GATUNKÓW LUDZKICH. PODSTAWOWYM CELEM TEGO PROJEKTU JEST OPRACOWANIE STRATEGII PROFILAKTYKI LUB TERAPII, W SZCZEGÓLNOŚCI POPRZEZ PRÓBY UZYSKANIA SZCZEPIONEK PRZECIWKO NIEKTÓRYM MYKOPLAZMOM. W SZCZEGÓLNOŚCI SKUPIMY SIĘ NA NASTĘPUJĄCYCH GATUNKACH: MYCOPLASMA GENITALIUM, PATOGEN LUDZKIEGO UKŁADU MOCZOWO-PŁCIOWEGO; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, WAŻNY PATOGEN UKŁADU ODDECHOWEGO U ŚWIŃ; MYCOPLASMA BOVIS, WAŻNY PATOGEN UKŁADU ODDECHOWEGO U BYDŁA; MYCOPLASMA HYORHINIS, PATOGEN ŚWIŃ, A TAKŻE DOTYKA LUDZI (ZWIĄZANYCH Z RAKIEM PROSTATY). M. GENITALIUM JEST GATUNKIEM, KTÓRY WCZEŚNIEJ BADALIŚMY NAJBARDZIEJ, GŁÓWNIE ZE WZGLĘDU NA JEGO WIĘKSZĄ ŁATWOŚĆ TRANSFORMACJI I MANIPULACJI GENETYCZNEJ W OGÓLE I DLATEGO, ŻE JEST TO MODEL MINIMALNEGO GENOMU. POZWOLIŁO NAM ZDOBYĆ DOŚWIADCZENIE W ZARZĄDZANIU GENETYCZNYM I MANIPULACJI TYMI TRUDNYMI MIKROORGANIZMAMI, A TAKŻE W ANALIZIE MECHANIZMÓW CHOROBOTWÓRCZYCH MYKOPLAZMY ORAZ IDENTYFIKOWANIU I CHARAKTERYZOWANIU (W NIEKTÓRYCH PRZYPADKACH NA POZIOMIE STRUKTURY CRYSTALOGRAMIC) ZAANGAŻOWANYCH W NIE BIAŁEK. W TYM PRZYPADKU, ZAMIAST SZCZEPIONKI, UWAŻAMY, ŻE INTERESUJĄCE JEST ŚLEDZENIE HAMUJĄCEJ AKTYWNOŚCI BIBLIOTEKI ZWIĄZKÓW OPRACOWANYCH W POPRZEDNIM SKOORDYNOWANYM PROJEKCIE I MAJĄCYCH NA CELU INAKTYWACJĘ GLIKOZYLOTRANSFERAZY MIKROORGANIZMU. NIEKTÓRE Z TYCH ENZYMÓW SĄ CAŁKOWICIE NIEZBĘDNE DLA MYCOPLASMA I WYKAZUJĄ BARDZO SPECYFICZNE DZIAŁANIA, WIĘC SĄ DOBRYMI KANDYDATAMI DO CELÓW TERAPEUTYCZNYCH. PONADTO BĘDZIEMY NADAL BADAĆ MOLEKULARNE PODSTAWY JEJ PATOGENICZNOŚCI, IDENTYFIKUJĄC GENY ZJADLIWOŚCI, ZWŁASZCZA TE ZWIĄZANE Z MECHANIZMEM ADHEZYJNYM I ZŁOŻONYMI SIECIAMI REGULACJI GENÓW. TWÓJ GENOM ZOSTANIE RÓWNIEŻ REANOTATED OPARTY NA ANALIZIE PROTEOGENOMIC I BIOINFORMATYCZNEJ, REANOTATION, KTÓRA ZOSTANIE ROZSZERZONA NA GENY ORTOLOGICZNE INNYCH GATUNKÓW MYCOPLASMA. W PRZYPADKU M. HYOPNEUMONIAE I M. BOVIS POSTARAMY SIĘ ZAPROJEKTOWAĆ ŻYWĄ SZCZEPIONKĘ POPRZEZ USUNIĘCIE GENÓW ZJADLIWOŚCI, A TAKŻE UŻYĆ ŻYWEJ KOMÓRKI JAKO GOSPODARZA EWENTUALNEJ SZCZEPIONKI COMBI, PRZEZ WYRAŻENIE HEREROLOGY BIAŁEK ANTIGENICAS INNYCH PATOGENÓW ŚWIŃ (P.E., CIRCOVIRUS) I BYDŁA (P.E., BHV-1, BRSV, ITP.). WYMAGA TO POSIADANIA METOD TRANSFORMACJI, KTÓRE JUŻ OSIĄGNĘLIŚMY W M. HYOPNEUMONIAE I KTÓRE ZOSTANĄ ROZSZERZONE NA M. BOVIS, Z HISTORIĄ, KTÓRA WSKAZUJE, ŻE MOŻE BYĆ PRZEKSZTAŁCONA PRZEZ PRZEJŚCIE I HOMOLOGACJĘ. WRESZCIE, W PRZYPADKU M. HYORHINISA, CHOĆ JUŻ WSPOMNIANO O JEGO ROLI PATOGENU, W TYM PROJEKCIE ZBADAMY JEGO INNY ASPEKT. NIEDAWNO OPISANO, ŻE NIEKTÓRE Z JEGO BIAŁEK BŁONOWYCH MAJĄ AKTYWNOŚĆ ANTIAGREGACION BETAPEPTIDS ALZHEIMERA. EFEKT TEN POŚREDNICZY W NADEKSPRESJI GENU KALPASTATYNY (INHIBITOR KALPASTATYNY) W KOMÓRKACH LUDZKICH. POSTARAMY SIĘ OCZYŚCIĆ, ZIDENTYFIKOWAĆ I SCHARAKTERYZOWAĆ TO LUB TE KOMPONENTY I PRZEPROWADZIĆ PRÓBY NA MODELU RATON, DOSTĘPNY W INNEJ GRUPIE NASZEGO UNIWERSYTETU, W CELU ZIDENTYFIKOWANIA MECHANIZMU BAZOWEGO. (Polish)
    point in time
    4 August 2022
    0 references
    A MYCOPLASMAS AZ EGYIK LEGEGYSZERŰBB ISMERT BIOLÓGIAI RENDSZERT KÉPVISELI, ÉS JÓ MODELLJE A MINIMO GÉNNEK ÉS A MINIMÁLREPLIKATÍV SEJTEKNEK. EGYSZERŰSÉGE ELLENÉRE AZ ALAPVETŐ BIOLÓGIÁJA NAGYON ISMERETLEN, ÉS NAGYSZÁMÚ GÉNJE VAN FUNKCIONÁLIS ANNOTÁCIÓ NÉLKÜL. A MIKOPLAZMÁK TÖBBSÉGE KÜLÖNBÖZŐ ÁLLATFAJOK PARAZITÁI ÉS KÓROKOZÓI, BELEÉRTVE AZ EMBERI FAJOKAT IS. ENNEK A PROJEKTNEK AZ ALAPVETŐ CÉLJA, HOGY STRATÉGIÁKAT DOLGOZZON KI A PROFILAXISUKRA VAGY A TERÁPIÁJUKRA, KÜLÖNÖSEN AZÁLTAL, HOGY EGYES MIKOPLAZMÁK ELLEN VAKCINÁKAT PRÓBÁLNAK BESZEREZNI. KÜLÖNÖSEN A KÖVETKEZŐ FAJOKRA ÖSSZPONTOSÍTUNK: MYCOPLASMA GENITIUM, A HUMÁN UROGENITÁLIS RENDSZER KÓROKOZÓJA; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, A SERTÉSEK FONTOS LÉGZŐSZERVI KÓROKOZÓJA; MYCOPLASMA BOVIS, A SZARVASMARHÁK EGYIK FONTOS LÉGZŐSZERVI KÓROKOZÓJA; MYCOPLASMA HYORHINIS, A SERTÉSEK KÓROKOZÓJA ÉS AZ EMBEREKET IS ÉRINTI (A PROSZTATARÁKHOZ KAPCSOLÓDÓAN). AZ M. GENITIUM AZ A FAJ, AMELYET KORÁBBAN A LEGTÖBBET TANULMÁNYOZTUNK, NAGYRÉSZT A NAGYOBB FOKÚ ÁTALAKULÁS ÉS GENETIKAI MANIPULÁCIÓ ÉRDEKÉBEN, ÉS MERT EGY MINIMÁLIS GENOM MODELLJE. EZ LEHETŐVÉ TETTE SZÁMUNKRA, HOGY TAPASZTALATOKAT SZEREZZENEK E NEHÉZ MIKROORGANIZMUSOK GENETIKAI KEZELÉSÉBEN ÉS MANIPULÁCIÓJÁBAN, VALAMINT A MIKOPLAZMÁK PATOGENITÁSI MECHANIZMUSAINAK ELEMZÉSÉBEN, VALAMINT AZ AZOKBAN RÉSZT VEVŐ FEHÉRJÉK AZONOSÍTÁSÁBAN ÉS JELLEMZÉSÉBEN (NÉHÁNY ESETBEN A CRYSTALOGRAMIC STRUKTÚRA SZINTJÉN). EBBEN AZ ESETBEN A VAKCINA HELYETT ÉRDEKESNEK TARTJUK AZ ELŐZŐ ÖSSZEHANGOLT PROJEKTBEN KIFEJLESZTETT VEGYÜLETEK KÖNYVTÁRÁNAK GÁTLÓ AKTIVITÁSÁT, AMELYNEK CÉLJA A MIKROORGANIZMUS GLIKOZILTRANSZFERÁZÁNAK INAKTIVÁLÁSA. EZEN ENZIMEK NÉMELYIKE TELJESEN NÉLKÜLÖZHETETLEN A MYCOPLASMA SZÁMÁRA, ÉS NAGYON SPECIFIKUS TEVÉKENYSÉGEKET MUTAT, ÍGY JÓ JELÖLTEK A TERÁPIÁS CÉLOKRA. EZEN TÚLMENŐEN FOLYTATNI FOGJUK PATOGENITÁSÁNAK MOLEKULÁRIS ALAPJAINAK TANULMÁNYOZÁSÁT, AZONOSÍTVA A VIRULENCIA GÉNEKET, KÜLÖNÖSEN AZOKAT, AMELYEK A TAPADÁSI MECHANIZMUSSAL ÉS A GÉNSZABÁLYOZÁS KOMPLEX HÁLÓZATAIVAL KAPCSOLATOSAK. AZ ÖN GENOMJÁT EGY PROTEOGENOMIC ÉS BIOINFORMATIKUS ANALÍZIS, REANOTATION ALAPJÁN IS ÚJRA MEG KELL HATÁROZNI, AMELY KITERJED MÁS MYCOPLASMA FAJOK ORTOLÓG GÉNJEIRE IS. AZ M. HYOPNEUMONIAE ÉS A M. BOVIS ESETÉBEN MEGPRÓBÁLUNK ÉLŐ VAKCINÁT TERVEZNI A VIRULENCIA GÉNEK ELTÁVOLÍTÁSÁVAL, VALAMINT AZ ÉLŐ SEJTET EGY LEHETSÉGES COMBI VAKCINA GAZDASZERVEZETEKÉNT, MÁS SERTÉSPATOGÉNEK (P.E., CIRCOVÍRUS) ÉS SZARVASMARHA (P.E., BHV-1, BRSV STB.) ANTIGENICAS FEHÉRJÉK KIFEJEZÉSÉVEL. EHHEZ OLYAN ÁTALAKULÁSI MÓDSZEREKRE VAN SZÜKSÉG, AMELYEKET MÁR ELÉRTÜNK AZ M. HYOPNEUMONIAE-BAN, ÉS EZT KITERJESZTJÜK M. BOVISRA, AMELYNEK TÖRTÉNETE AZT JELZI, HOGY AZ ÁTMENET ÉS A HOMOLOGIZÁLÁS RÉVÉN ÁTALAKÍTHATÓ. VÉGÜL M. HYORHINIS ESETÉBEN, BÁR MÁR EMLÍTETTÉK KÓROKOZÓKÉNT BETÖLTÖTT SZEREPÉT, EBBEN A PROJEKTBEN EGY MÁSIK ASPEKTUST FOGUNK FELFEDEZNI. NEMRÉG ÍRTÁK LE, HOGY NÉHÁNY MEMBRÁNFEHÉRJE AZ ALZHEIMER-KÓR BETAPEPTIDS ANTIAGREGACION-JÁT FEJTI KI. EZT A HATÁST A KALPASZTATIN GÉN (KALPAIN-INHIBITOR) TÚLEXPRESSZIÓJA KÖZVETÍTI AZ EMBERI SEJTEKBEN. MEGPRÓBÁLJUK MEGTISZTÍTANI, AZONOSÍTANI ÉS JELLEMEZNI EZT VAGY EZEKET AZ ÖSSZETEVŐKET, ÉS KÍSÉRLETEKET VÉGZÜNK EGY RATON MODELLEN, AMELY EGYETEMÜNK EGY MÁSIK CSOPORTJÁBAN ÉRHETŐ EL ANNAK ÉRDEKÉBEN, HOGY AZONOSÍTSA A MÖGÖTTES MECHANIZMUST. (Hungarian)
    point in time
    4 August 2022
    0 references
    MYKOPLAZMY PŘEDSTAVUJÍ JEDEN Z NEJJEDNODUŠŠÍCH ZNÁMÝCH BIOLOGICKÝCH SYSTÉMŮ A JSOU DOBRÝM MODELEM MINIMO GENU A MINIMA-REPLIKATIVNÍ BUŇKY. NAVZDORY SVÉ JEDNODUCHOSTI JE ZÁKLADNÍ BIOLOGIE VELMI NEZNÁMÁ A MÁ VELKÉ MNOŽSTVÍ GENŮ BEZ FUNKČNÍ ANOTACE. VĚTŠINA MYKOPLAZMAT JSOU PARAZITY A PATOGENY RŮZNÝCH ŽIVOČIŠNÝCH DRUHŮ, VČETNĚ LIDSKÝCH DRUHŮ. ZÁKLADNÍM CÍLEM TOHOTO PROJEKTU JE NAVRHNOUT STRATEGIE PRO JEJICH PROFYLAXI NEBO TERAPII, ZEJMÉNA SNAHOU ZÍSKAT VAKCÍNY PROTI NĚKTERÝM MYKOPLAZMATŮM. KONKRÉTNĚ SE ZAMĚŘÍME NA TYTO DRUHY: MYCOPLASMA GENITALIUM, PATOGEN LIDSKÉHO UROGENITÁLNÍHO SYSTÉMU; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, DŮLEŽITÝ RESPIRAČNÍ PATOGEN U PRASAT; MYCOPLASMA BOVIS, DŮLEŽITÝ RESPIRAČNÍ PATOGEN U SKOTU; MYCOPLASMA HYORHINIS, PATOGEN PRASAT A TAKÉ POSTIHUJE ČLOVĚKA (V SOUVISLOSTI S RAKOVINOU PROSTATY). M. GENITÁLIE JE DRUH, KTERÝ JSME DŘÍVE STUDOVALI NEJVÍCE, PŘEVÁŽNĚ PRO JEHO VĚTŠÍ SNADNOST TRANSFORMACE A GENETICKÉ MANIPULACE OBECNĚ A PROTOŽE JE MODELEM MINIMÁLNÍHO GENOMU. TO NÁM UMOŽNILO ZÍSKAT ZKUŠENOSTI S GENETICKOU SPRÁVOU A MANIPULACÍ S TĚMITO OBTÍŽNÝMI MIKROORGANISMY, JAKOŽ I S ANALÝZOU PATOGENITY MYKOPLAZMAT A IDENTIFIKACE A CHARAKTERIZACE (V NĚKTERÝCH PŘÍPADECH NA ÚROVNI CRYSTALOGRAMIC STRUKTURY) PROTEINŮ, KTERÉ SE NA NICH PODÍLEJÍ. V TOMTO PŘÍPADĚ SPÍŠE NEŽ VAKCÍNA POVAŽUJEME ZA ZAJÍMAVÉ SLEDOVAT INHIBIČNÍ AKTIVITU KNIHOVNY SLOUČENIN VYVINUTÉ V PŘEDCHOZÍM KOORDINOVANÉM PROJEKTU A ZAMĚŘENÉ NA INAKTIVACI GLYKOSYLTRANSFERÁZY MIKROORGANISMU. NĚKTERÉ Z TĚCHTO ENZYMŮ JSOU ZCELA NEPOSTRADATELNÉ PRO MYCOPLASMA A VYKAZUJÍ VELMI SPECIFICKÉ AKTIVITY, TAKŽE JSOU DOBRÝMI KANDIDÁTY NA TERAPEUTICKÉ CÍLE. KROMĚ TOHO BUDEME POKRAČOVAT VE STUDIU MOLEKULÁRNÍCH ZÁKLADŮ JEJÍ PATOGENITY, IDENTIFIKUJEME GENY VIRULENCE, ZEJMÉNA TY, KTERÉ SOUVISEJÍ S ADHEZNÍM MECHANISMEM A KOMPLEXNÍMI SÍTĚMI GENOVÉ REGULACE. VÁŠ GENOM BUDE TAKÉ REANOTATED ZALOŽENÝ NA PROTEOGENOMICKÉ A BIOINFORMATICKÉ ANALÝZE, REANOTATION, KTERÁ BUDE ROZŠÍŘENA NA ORTOLOGÓZNÍ GENY JINÝCH DRUHŮ MYCOPLASMA. V PŘÍPADĚ M. HYOPNEUMONIAE A M. BOVIS SE POKUSÍME NAVRHNOUT ŽIVOU VAKCÍNU DELECÍ VIRULENČNÍCH GENŮ A POUŽÍT ŽIVOU BUŇKU JAKO HOSTITELE PRO MOŽNOU VAKCÍNU PROTI KOMBI, EXPRESE PROTEINŮ ANTIGENICAS JINÝCH PATOGENŮ PRASAT (P.E., CIRKOVIR) A SKOTU (P.E., BHV-1, BRSV ATD.). TO VYŽADUJE MÍT METODY TRANSFORMACE, KTERÉ JSME JIŽ DOSÁHLI V M. HYOPNEUMONIAE A KTERÉ BUDOU ROZŠÍŘENY NA M. BOVIS, S HISTORIÍ, KTERÁ NAZNAČUJE, ŽE BY MOHLA BÝT TRANSFORMOVÁNA PŘECHODEM A HOMOLOGACÍ. A KONEČNĚ, V PŘÍPADĚ M. HYORHINISE, I KDYŽ JIŽ BYLA ZMÍNĚNA JEHO ROLE PATOGENU, V TOMTO PROJEKTU PROZKOUMÁME DALŠÍ ASPEKT. NEDÁVNO BYLO PRÁVĚ POPSÁNO, ŽE NĚKTERÉ Z JEHO MEMBRÁNOVÝCH PROTEINŮ MAJÍ AKTIVITU ANTIAGREGACION ALZHEIMEROVY BETAPEPTIDS. TENTO ÚČINEK JE ZPROSTŘEDKOVÁN NADMĚRNOU EXPRESÍ GENU KALPASTATINU (INHIBITORU KALPAINU) V LIDSKÝCH BUŇKÁCH. BUDEME SE SNAŽIT OČISTIT, IDENTIFIKOVAT A CHARAKTERIZOVAT TUTO NEBO TYTO SLOŽKY A PROVÁDĚT ZKOUŠKY NA MODELU RATON, KTERÝ JE K DISPOZICI V JINÉ SKUPINĚ NAŠÍ UNIVERZITY, S CÍLEM IDENTIFIKOVAT ZÁKLADNÍ MECHANISMUS. (Czech)
    point in time
    4 August 2022
    0 references
    MIKOPLAZMAS IR VIENA NO VIENKĀRŠĀKAJĀM ZINĀMAJĀM BIOLOĢISKAJĀM SISTĒMĀM UN IR LABS MINIMO GĒNA UN MINIMRELIKATĪVĀS ŠŪNAS MODELIS. NESKATOTIES UZ TĀS VIENKĀRŠĪBU, TĀS PAMATA BIOLOĢIJA IR ĻOTI NEZINĀMA, UN TAI IR LIELS SKAITS GĒNU BEZ FUNKCIONĀLAS ANOTĀCIJAS. LIELĀKĀ DAĻA MIKOPLAZMU IR DAŽĀDU DZĪVNIEKU SUGU, TOSTARP CILVĒKU SUGU, PARAZĪTI UN PATOGĒNI. ŠĀ PROJEKTA PAMATMĒRĶIS IR IZSTRĀDĀT STRATĒĢIJAS TO PROFILAKSEI VAI TERAPIJAI, JO ĪPAŠI MĒĢINOT IEGŪT VAKCĪNAS PRET DAŽIEM MIKOPLAZMĀM. KONKRĒTĀK, MĒS KONCENTRĒSIMIES UZ ŠĀDĀM SUGĀM: MYCOPLASMA DZIMUMORGĀNI, CILVĒKA UROĢENITĀLĀS SISTĒMAS PATOGĒNS; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, NOZĪMĪGS ELPOŠANAS CEĻU PATOGĒNS CŪKĀM; MYCOPLASMA BOVIS, NOZĪMĪGS ELPOŠANAS PATOGĒNS LIELLOPIEM; MYCOPLASMA HYORHINIS, CŪKU PATOGĒNS, KĀ ARĪ IETEKMĒ CILVĒKUS (SAISTĪBĀ AR PROSTATAS VĒZI). M. DZIMUMORGĀNI IR SUGA, KO MĒS IEPRIEKŠ ESAM PĒTĪJUŠI VISVAIRĀK, GALVENOKĀRT TĀPĒC, KA TAS IR LIELĀKS TRANSFORMĀCIJAS UN ĢENĒTISKĀS MANIPULĀCIJAS ATVIEGLOJUMS KOPUMĀ UN TĀPĒC, KA TAS IR MINIMĀLĀ GENOMA MODELIS. TAS MUMS IR ĻĀVIS IEGŪT PIEREDZI ŠO SAREŽĢĪTO MIKROORGANISMU ĢENĒTISKAJĀ PĀRVALDĪBĀ UN MANIPULĀCIJĀ AR TIEM, KĀ ARĪ ANALIZĒT MIKOPLAZMAS PATOGENITĀTES MEHĀNISMUS UN IDENTIFICĒT UN RAKSTUROT (DAŽOS GADĪJUMOS CRYSTALOGRAMIC STRUKTŪRAS LĪMENĪ) TAJOS IESAISTĪTĀS OLBALTUMVIELAS. ŠAJĀ GADĪJUMĀ, NEVIS VAKCĪNAI, MĒS UZSKATĀM, KA IR INTERESANTI IZSEKOT IEPRIEKŠĒJĀ KOORDINĒTAJĀ PROJEKTĀ IZSTRĀDĀTĀS SAVIENOJUMU BIBLIOTĒKAS INHIBĒJOŠO AKTIVITĀTI, KURAS MĒRĶIS IR INAKTIVIZĒT MIKROORGANISMA GLIKOZILTRANSFERĀZI. DAŽI NO ŠIEM FERMENTIEM IR PILNĪGI NEAIZSTĀJAMI MYCOPLASMA UN PIEMĪT ĻOTI SPECIFISKAS AKTIVITĀTES, TĀPĒC TIE IR LABI KANDIDĀTI TERAPEITISKO MĒRĶU SASNIEGŠANAI. TURKLĀT MĒS TURPINĀSIM PĒTĪT TĀS PATOGENITĀTES MOLEKULĀRĀS BĀZES, IDENTIFICĒJOT VIRULENCES GĒNUS, JO ĪPAŠI TOS, KAS SAISTĪTI AR SAĶERES MEHĀNISMU UN SAREŽĢĪTIEM GENOGĒNA REGULĒJUMA TĪKLIEM. JŪSU GENOMS TIKS ARĪ REANOTATED, PAMATOJOTIES UZ PROTEOGENOMIC UN BIOINFORMĀTISKO ANALĪZI, REANOTATION, KAS TIKS ATTIECINĀTA UZ ORTOLOGAJIEM GĒNIEM CITU MYCOPLASMA SUGU. M. HYOPNEUMONIAE UN M. BOVIS GADĪJUMĀ MĒS CENTĪSIMIES IZSTRĀDĀT DZĪVU VAKCĪNU, DELĒJOT VIRULENCES GĒNUS, KĀ ARĪ IZMANTOT DZĪVĀS ŠŪNAS KĀ SAIMNIEKORGANISMU IESPĒJAMAI COMBI VAKCĪNAI, IZSAKOT CITU CŪKU PATOGĒNU (P.E., CIRKOVĪRUSS) UN LIELLOPU (P.E., BHV-1, BRSV U.C.) PROTEĪNU ANTIGENICAS HEREROLOGY. TAM IR NEPIECIEŠAMAS TRANSFORMĀCIJAS METODES, KO MĒS JAU ESAM SASNIEGUŠI M. HYOPNEUMONIAE UN KAS TIKS PAPLAŠINĀTAS LĪDZ M. BOVIS, AR VĒSTURI, KAS LIECINA, KA TO VARĒTU PĀRVEIDOT AR PĀREJU UN HOMOLOGĀCIJU. VISBEIDZOT, M. HYORHINIS GADĪJUMĀ, LAI GAN VIŅA KĀ PATOGĒNA LOMA JAU IR MINĒTA, ŠAJĀ PROJEKTĀ MĒS IZPĒTĪSIM VĒL VIENU TĀ ASPEKTU. NESEN, TAS IR TIKKO APRAKSTĪTS, KA DAŽI NO TĀS MEMBRĀNAS PROTEĪNIEM IR AKTIVITĀTE ANTIAGREGACION ALCHEIMERA BETAPEPTIDS. ŠO EFEKTU MEDIĒ KALPASTATĪNA GĒNA (KALPAĪNA INHIBITORA) PĀRMĒRĪGA EKSPRESIJA CILVĒKA ŠŪNĀS. MĒS CENTĪSIMIES ATTĪRĪT, IDENTIFICĒT UN RAKSTUROT ŠO VAI ŠOS KOMPONENTUS UN VEIKT IZMĒĢINĀJUMUS PAR RATON MODELI, PIEEJAMS CITĀ GRUPĀ MŪSU UNIVERSITĀTES, LAI NOTEIKTU PAMATĀ ESOŠO MEHĀNISMU. (Latvian)
    point in time
    4 August 2022
    0 references
    LÉIRÍONN MYCOPLASMAS AR CHEANN DE NA CÓRAIS BHITHEOLAÍOCHA IS SIMPLÍ AR A DTUGTAR AGUS IS MÚNLA MAITH IAD DE GHÉIN MINIMO AGUS CILL ÍOSDIÚLTACHA. IN AINNEOIN A SIMPLÍOCHT, TÁ A BITHEOLAÍOCHT BHUNÚSACH AN-AITHNID AGUS TÁ LÍON MÓR GÉINTE GAN ANÓTÁIL FEIDHMIÚIL. TÁ AN CHUID IS MÓ MYCOPLASMAS PARAISÍTÍ AGUS PATAIGINÍ DE SPEICIS AINMHITHE ÉAGSÚLA, LENA N-ÁIRÍTEAR AN SPEICEAS DAONNA. IS É BUNCHUSPÓIR AN TIONSCADAIL SEO STRAITÉISÍ A DHEARADH DÁ BPRÓIFIOLACSAS NÓ DÁ DTEIRIPE, GO HÁIRITHE TRÍ IARRACHT A DHÉANAMH VACSAÍNÍ A FHÁIL I GCOINNE ROINNT MYCOPLASMAS. GO SONRACH, BEIMID AG DÍRIÚ AR NA SPEICIS SEO A LEANAS: BAILL GHINIÚNA MYCOPLASMA, PATAIGIN AN CHÓRAIS UROGENITAL DAONNA; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, PATAIGIN RIOSPRÁIDE TÁBHACHTACH I MUCA; MYCOPLASMA BOVIS, PATAIGIN RIOSPRÁIDE TÁBHACHTACH IN EALLACH; MYCOPLASMA HYORHINIS, PATAIGIN NA MUC AGUS TIONCHAR FREISIN AR DHAOINE (A BHAINEANN LE HAILSE PRÓSTATACH). IS É M. GENITALIUM AN SPEICEAS GO BHFUIL STAIDÉAR DÉANTA AGAINN ROIMHE SEO AN CHUID IS MÓ, DEN CHUID IS MÓ LE HAGHAIDH A ÉASCA IS MÓ DE CHLAOCHLÚ AGUS IONRAMHÁIL GHÉINITEACH I GINEARÁLTA AGUS TOISC GO BHFUIL SÉ INA MHÚNLA DE GENOME ÍOSTA. CHUIR SÉ AR ÁR GCUMAS TAITHÍ A FHÁIL AR BHAINISTÍOCHT GHÉINITEACH AGUS IONRAMHÁIL NA MIOCRORGÁNACH DEACAIR SEO CHOMH MAITH LE HANAILÍS A DHÉANAMH AR MHEICNÍOCHTAÍ PATAIGINEACHTA MYCOPLASMAS AGUS A AITHINT AGUS A THRÉITHRIÚ (I GCÁSANNA ÁIRITHE AR LEIBHÉAL STRUCHTÚR CRYSTALOGRAMIC) NA PRÓITÉINÍ A BHAINEANN LEO. SA CHÁS SEO, SEACHAS VACSAÍN, MEASAIMID GO BHFUIL SÉ SUIMIÚIL GNÍOMHAÍOCHT CHOSCACH LEABHARLANN COMHDHÚILE A FORBRAÍODH SA TIONSCADAL COMHORDAITHE ROIMHE SEO A RIANÚ AGUS ATÁ DÍRITHE AR GLYCOSYLTRANSFERASE AN MHIOCRORGÁNAIGH A DHÍGHNÍOMHACHTÚ. TÁ CUID DE NA HEINSÍMÍ SEO GO HIOMLÁN FÍOR-RIACHTANACH DO MYCOPLASMA AGUS LÉIRÍONN SIAD GNÍOMHAÍOCHTAÍ AN-SONRACH, MAR SIN IS IARRTHÓIRÍ MAITHE IAD DO SPRIOCANNA TEIRIPEACHA. INA THEANNTA SIN, LEANFAIMID ORAINN AG DÉANAMH STAIDÉIR AR BHUNÁITEANNA MÓILÍNEACHA A PHATAIGINEACHTA, AG AITHINT GÉINTE NIMHNEACHTA GO HÁIRITHE IAD SIÚD A BHAINEANN LEIS AN SÁSRA GREAMAITHEACHTA AGUS LÍONRAÍ CASTA DE RIALACHÁN GENIC. DEARBHÓFAR DO GENOME FREISIN A REANOTATED BUNAITHE AR ANAILÍS PROTEOGENOMIC AGUS BIOINFORMATIC, ATHBHREITHNIÚ A BHEIDH A LEATHNÚ GO DTÍ NA GÉINTE ORTHOLOGOUS DE SPEICIS MYCOPLASMA EILE. I GCÁS M. HYOPNEUMONIAE AGUS M. BOVIS DÉANFAIMID IARRACHT VACSAÍN BHEO A DHEARADH TRÍ GHÉINTE VIRULENCE A SCRIOSADH CHOMH MAITH LEIS AN GCILL BHEO A ÚSÁID MAR ÓSTACH DO VACSAÍN COMBI, TRÍ HEREROLOGY PRÓITÉINÍ ANTIGENICAS DE PHATAIGINÍ MUCÚLA EILE (P.E., CIRCOVIRUS) AGUS EALLAIGH (P.E., BHV-1, BRSV, ETC.) FAOI SEACH A LÉIRIÚ. CHUIGE SIN, NÍ MÓR MODHANNA CLAOCHLAITHE A BHEITH AGAINN, ATÁ BAINTE AMACH AGAINN CHEANA FÉIN IN M. HYOPNEUMONIAE AGUS A LEATHNÓFAR GO M. BOVIS, LE STAIR A LÉIRÍONN GO BHFÉADFAÍ É A CHLAOCHLÚ TRÍ AISTRIÚ AGUS TRÍ FHORMHEAS. AR DEIREADH, I GCÁS M. HYORHINIS, CÉ GO BHFUIL A RÓL MAR PHATAIGIN LUAITE CHEANA FÉIN, SA TIONSCADAL SEO DÉANFAIMID INIÚCHADH AR GHNÉ EILE DE. LE DÉANAÍ, TÁ SÉ DÍREACH TAR ÉIS CUR SÍOS GO BHFUIL CUID DÁ PRÓITÉINÍ MEMBRANE GHNÍOMHAÍOCHT ANTIAGREGACION DE BETAPEPTIDS ALZHEIMER’S. DÉANTAR AN ÉIFEACHT SEO A IDIRGHABHÁIL LE RÓ-LÉIRIÚ AR AN NGÉINE CALPASTATIN (COSCAIRE CALPAIN) I GCEALLA DAONNA. DÉANFAIMID IARRACHT NA COMHPHÁIRTEANNA SEO NÓ NA COMHPHÁIRTEANNA SEO A ÍONÚ, A AITHINT AGUS A THRÉITHRIÚ AGUS TRIALACHA A DHÉANAMH AR MHÚNLA RATON, ATÁ AR FÁIL I NGRÚPA EILE DÁR N-OLLSCOIL, D’FHONN AN BHUNMHEICNÍOCHT A AITHINT. (Irish)
    point in time
    4 August 2022
    0 references
    MIKOPLAZME PREDSTAVLJAJO ENEGA OD NAJPREPROSTEJŠIH ZNANIH BIOLOŠKIH SISTEMOV IN SO DOBER MODEL MINIMO GENA IN MINIMA-REPLIKATIVNE CELICE. KLJUB SVOJI PREPROSTOSTI JE NJENA OSNOVNA BIOLOGIJA ZELO NEZNANA IN IMA VELIKO ŠTEVILO GENOV BREZ FUNKCIONALNE OZNAKE. VEČINA MIKOPLAZM JE PARAZITOV IN PATOGENOV RAZLIČNIH ŽIVALSKIH VRST, VKLJUČNO S ČLOVEŠKIMI VRSTAMI. TEMELJNI CILJ TEGA PROJEKTA JE OBLIKOVATI STRATEGIJE ZA NJIHOVO PROFILAKSO ALI TERAPIJO, ZLASTI S PRIDOBIVANJEM CEPIV PROTI NEKATERIM MIKOPLAZMAM. NATANČNEJE, OSREDOTOČILI SE BOMO NA NASLEDNJE VRSTE: MYCOPLASMA GENITALIUM, PATOGEN ČLOVEŠKEGA UROGENITALNEGA SISTEMA; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, POMEMBEN RESPIRATORNI PATOGEN PRI PRAŠIČIH; MYCOPLASMA BOVIS, POMEMBEN RESPIRATORNI PATOGEN PRI GOVEDU; MYCOPLASMA HYORHINIS, PATOGEN PRAŠIČEV IN VPLIVA TUDI NA LJUDI (POVEZANO Z RAKOM PROSTATE). M. GENITALIJ JE VRSTA, KI SMO JO PREJ NAJVEČ PREUČEVALI, PREDVSEM ZARADI NJEGOVE VEČJE ENOSTAVNOSTI TRANSFORMACIJE IN GENETSKE MANIPULACIJE NA SPLOŠNO IN KER JE MODEL MINIMALNEGA GENOMA. OMOGOČIL NAM JE PRIDOBIVANJE IZKUŠENJ Z GENETSKIM UPRAVLJANJEM IN MANIPULACIJO TEH TEŽKIH MIKROORGANIZMOV TER ANALIZO MEHANIZMOV PATOGENOSTI MIKOPLAZMA TER IDENTIFIKACIJO IN KARAKTERIZACIJO (V NEKATERIH PRIMERIH NA RAVNI STRUKTURE CRYSTALOGRAMIC) BELJAKOVIN, KI SO V NJIH VKLJUČENE. V TEM PRIMERU SE NAM ZDI ZANIMIVO SLEDITI ZAVIRALNEMU DELOVANJU KNJIŽNICE SPOJIN, KI JE BILA RAZVITA V PREJŠNJEM USKLAJENEM PROJEKTU IN JE NAMENJENA INAKTIVACIJI GLIKOZILTRANSFERAZE MIKROORGANIZMA. NEKATERI OD TEH ENCIMOV SO POPOLNOMA NEPOGREŠLJIVI ZA MIKOPLAZMO IN KAŽEJO ZELO SPECIFIČNE DEJAVNOSTI, ZATO SO DOBRI KANDIDATI ZA TERAPEVTSKE CILJE. POLEG TEGA BOMO ŠE NAPREJ PREUČEVALI MOLEKULARNE BAZE NJEGOVE PATOGENOSTI, PRI ČEMER BOMO PREPOZNALI GENE VIRULENCE, ZLASTI TISTE, KI SO POVEZANI Z ADHEZIJSKIM MEHANIZMOM IN KOMPLEKSNIMI MREŽAMI GENSKE REGULACIJE. VAŠ GENOM BO TUDI REANOTATED NA PODLAGI PROTEOGENOMIC IN BIOINFORMATIČNE ANALIZE, REANOTATION, KI BO RAZŠIRJENA NA ORTOLOGNE GENE DRUGIH VRST MIKOPLAZME. V PRIMERU BAKTERIJ M. HYOPNEUMONIAE IN M. BOVIS BOMO POSKUŠALI OBLIKOVATI ŽIVO CEPIVO Z IZBRISOM VIRUSNIH GENOV IN UPORABITI ŽIVO CELICO KOT GOSTITELJA ZA MOREBITNO CEPIVO COMBI, Z IZRAŽANJEM TUKAJ BELJAKOVIN ANTIGENICAS DRUGIH PRAŠIČJIH PATOGENOV (P.E., CIRKOVIRUS) OZIROMA GOVEDA (P.E., BHV-1, BRSV ITD.). TO ZAHTEVA METODE TRANSFORMACIJE, KI SMO JIH ŽE DOSEGLI V M. HYOPNEUMONIAE IN KI SE BODO RAZŠIRILE NA M. BOVIS, Z ZGODOVINO, KI KAŽE, DA BI SE LAHKO PREOBLIKOVALA S PREHODOM IN HOMOLOGACIJO. NAZADNJE, V PRIMERU M. HYORHINISA, ČEPRAV JE BILA NJEGOVA VLOGA PATOGENA ŽE OMENJENA, BOMO V TEM PROJEKTU RAZISKALI ŠE EN VIDIK. V ZADNJEM ČASU JE BILO PRAVKAR OPISANO, DA IMAJO NEKATERE NJEGOVE MEMBRANSKE BELJAKOVINE DELOVANJE ANTIAGREGACION ALZHEIMERJEVE BETAPEPTIDS. TA UČINEK JE POSLEDICA PREKOMERNEGA IZRAŽANJA GENA KALPASTATINA (ZAVIRALEC KALPAINA) V ČLOVEŠKIH CELICAH. POSKUŠALI BOMO OČISTITI, PREPOZNATI IN OZNAČITI TO ALI TE KOMPONENTE IN IZVESTI POSKUSE NA MODELU RATON, NA VOLJO V DRUGI SKUPINI NAŠE UNIVERZE, DA BI UGOTOVILI OSNOVNI MEHANIZEM. (Slovenian)
    point in time
    4 August 2022
    0 references
    МИКОПЛАЗМИТЕ ПРЕДСТАВЛЯВАТ ЕДНА ОТ НАЙ-ПРОСТИТЕ ПОЗНАТИ БИОЛОГИЧНИ СИСТЕМИ И СА ДОБЪР МОДЕЛ НА МИНИМО ГЕН И МИНИМУМ-ВЪЗПРОИЗВОДИТЕЛНА КЛЕТКА. ВЪПРЕКИ СВОЯТА ПРОСТОТА, ОСНОВНАТА МУ БИОЛОГИЯ Е МНОГО НЕИЗВЕСТНА И ИМА ГОЛЯМ БРОЙ ГЕНИ БЕЗ ФУНКЦИОНАЛНА АНОТАЦИЯ. ПОВЕЧЕТО МИКОПЛАЗМИ СА ПАРАЗИТИ И ПАТОГЕНИ ОТ РАЗЛИЧНИ ЖИВОТИНСКИ ВИДОВЕ, ВКЛЮЧИТЕЛНО ЧОВЕШКИ ВИДОВЕ. ОСНОВНАТА ЦЕЛ НА ТОЗИ ПРОЕКТ Е ДА СЕ РАЗРАБОТЯТ СТРАТЕГИИ ЗА ТЯХНАТА ПРОФИЛАКТИКА ИЛИ ТЕРАПИЯ, ОСОБЕНО ЧРЕЗ ОПИТ ЗА ПОЛУЧАВАНЕ НА ВАКСИНИ СРЕЩУ НЯКОИ МИКОПЛАЗМИ. ПО-КОНКРЕТНО, ЩЕ СЕ СЪСРЕДОТОЧИМ ВЪРХУ СЛЕДНИТЕ ВИДОВЕ: МИКОПЛАЗМА ГЕНИТАЛИЙ, ПАТОГЕН НА ЧОВЕШКАТА УРОГЕНИТАЛНА СИСТЕМА; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, ВАЖЕН РЕСПИРАТОРЕН ПАТОГЕН ПРИ СВИНЕТЕ; MYCOPLASMA BOVIS, ВАЖЕН РЕСПИРАТОРЕН ПАТОГЕН ПРИ ГОВЕДАТА; MYCOPLASMA HYORHINIS, ПАТОГЕН НА ПРАСЕТАТА, А СЪЩО ТАКА ЗАСЯГА ХОРАТА (СВЪРЗАНИ С РАК НА ПРОСТАТАТА). М. ГЕНИТАЛИЙ Е ВИДЪТ, КОЙТО ПРЕДИ ТОВА СМЕ ИЗУЧАВАЛИ НАЙ-МНОГО, ДО ГОЛЯМА СТЕПЕН ЗАРАДИ ПО-ГОЛЯМАТА МУ ЛЕКОТА НА ТРАНСФОРМАЦИЯ И ГЕНЕТИЧНА МАНИПУЛАЦИЯ КАТО ЦЯЛО И ЗАЩОТО Е МОДЕЛ НА МИНИМАЛЕН ГЕНОМ. ТОВА НИ ПОЗВОЛИ ДА ПРИДОБИЕМ ОПИТ В ГЕНЕТИЧНОТО УПРАВЛЕНИЕ И МАНИПУЛАЦИЯ НА ТЕЗИ ТРУДНИ МИКРООРГАНИЗМИ, КАКТО И В АНАЛИЗА НА ПАТОГЕННИТЕ МЕХАНИЗМИ НА МИКОПЛАЗМИТЕ И ИДЕНТИФИЦИРАНЕТО И ХАРАКТЕРИЗИРАНЕТО (В НЯКОИ СЛУЧАИ НА НИВО СТРУКТУРА НА CRYSTALOGRAMIC) НА ПРОТЕИНИТЕ, КОИТО УЧАСТВАТ В ТЯХ. В ТОЗИ СЛУЧАЙ, ВМЕСТО ВАКСИНА, СМЯТАМЕ, ЧЕ Е ИНТЕРЕСНО ДА СЕ ПРОСЛЕДИ ИНХИБИРАЩАТА АКТИВНОСТ НА БИБЛИОТЕКА ОТ СЪЕДИНЕНИЯ, РАЗРАБОТЕНА В ПРЕДИШНИЯ КООРДИНИРАН ПРОЕКТ И НАСОЧЕНА КЪМ ИНАКТИВИРАНЕ НА ГЛИКОЗИЛТРАНСФЕРАЗАТА НА МИКРООРГАНИЗМА. НЯКОИ ОТ ТЕЗИ ЕНЗИМИ СА АБСОЛЮТНО НЕОБХОДИМИ ЗА MYCOPLASMA И ПРОЯВЯВАТ МНОГО СПЕЦИФИЧНИ ДЕЙНОСТИ, ТАКА ЧЕ ТЕ СА ДОБРИ КАНДИДАТИ ЗА ТЕРАПЕВТИЧНИ ЦЕЛИ. ОСВЕН ТОВА ЩЕ ПРОДЪЛЖИМ ДА ПРОУЧВАМЕ МОЛЕКУЛЯРНИТЕ ОСНОВИ НА ПАТОГЕННОСТТА МУ, КАТО ИДЕНТИФИЦИРАМЕ ГЕНИТЕ НА ВИРУЛЕНТНОСТТА, ОСОБЕНО ТЕЗИ, СВЪРЗАНИ С МЕХАНИЗМА НА АДХЕЗИЯ И СЛОЖНИТЕ МРЕЖИ НА ГЕННОТО РЕГУЛИРАНЕ. ВАШИЯТ ГЕНОМ СЪЩО ЩЕ БЪДЕ REANOTATED ВЪЗ ОСНОВА НА PROTEOGENOMIC И БИОИНФОРМАТИЧЕН АНАЛИЗ, REANOTATION, КОЙТО ЩЕ БЪДЕ РАЗШИРЕН ДО ОРТОЛОЖНИТЕ ГЕНИ НА ДРУГИ ВИДОВЕ MYCOPLASMA. В СЛУЧАЯ НА M. HYOPNEUMONIAE И M. BOVIS ЩЕ СЕ ОПИТАМЕ ДА РАЗРАБОТИМ ЖИВА ВАКСИНА ЧРЕЗ ИЗТРИВАНЕ НА ГЕНИТЕ НА ВИРУЛЕНТНОСТТА, КАКТО И ДА ИЗПОЛЗВАМЕ ЖИВАТА КЛЕТКА КАТО ГОСТОПРИЕМНИК ЗА ВЪЗМОЖНА COMBI ВАКСИНА, ЧРЕЗ ЕКСПРЕСИЯ HEREROLOGY НА ПРОТЕИНИ ANTIGENICAS НА ДРУГИ ПАТОГЕНИ ПО СВИНЕТЕ (P.E., ЦИРКОВИРУС) И ГОВЕДА (P.E., BHV-1, BRSV И Т.Н.). ТОВА ИЗИСКВА МЕТОДИ НА ТРАНСФОРМАЦИЯ, КОИТО ВЕЧЕ СМЕ ПОСТИГНАЛИ В M. HYOPNEUMONIAE И КОИТО ЩЕ БЪДАТ РАЗШИРЕНИ ДО M. BOVIS, С ИСТОРИЯ, КОЯТО ПОКАЗВА, ЧЕ ТЯ МОЖЕ ДА БЪДЕ ТРАНСФОРМИРАНА ЧРЕЗ ПРЕХОД И ОДОБРЕНИЕ. И НАКРАЯ, В СЛУЧАЯ С Г-Н ХЬОРХИНИС, ВЪПРЕКИ ЧЕ РОЛЯТА МУ НА ПАТОГЕН ВЕЧЕ Е СПОМЕНАТА, В ТОЗИ ПРОЕКТ ЩЕ ПРОУЧИМ ОЩЕ ЕДИН АСПЕКТ ОТ НЕГО. НАСКОРО Е ОПИСАНО, ЧЕ НЯКОИ ОТ НЕГОВИТЕ МЕМБРАННИ ПРОТЕИНИ ИМАТ АКТИВНОСТ ANTIAGREGACION НА АЛЦХАЙМЕР’S BETAPEPTIDS. ТОЗИ ЕФЕКТ СЕ МЕДИИРА ОТ СВРЪХЕКСПРЕСИЯ НА ГЕНА НА КАЛПАСТАТИН (ИНХИБИТОР НА КАЛПАСТАТИН) В ЧОВЕШКИТЕ КЛЕТКИ. ЩЕ СЕ ОПИТАМЕ ДА ПРЕЧИСТИМ, ИДЕНТИФИЦИРАМЕ И ХАРАКТЕРИЗИРАМЕ ТЕЗИ ИЛИ ТЕЗИ КОМПОНЕНТИ И ДА ПРОВЕДЕМ ОПИТИ ПО МОДЕЛ НА РАТОН, ДОСТЪПЕН В ДРУГА ГРУПА НА НАШИЯ УНИВЕРСИТЕТ, ЗА ДА ИДЕНТИФИЦИРАМЕ ОСНОВНИЯ МЕХАНИЗЪМ. (Bulgarian)
    point in time
    4 August 2022
    0 references
    IL-MIKOPLASMI JIRRAPPREŻENTAW WAĦDA MIS-SISTEMI BIJOLOĠIĊI L-AKTAR SEMPLIĊI MAGĦRUFA U HUMA MUDELL TAJJEB TA’ ĠENE MINIMO U ĊELLOLI REPLIKATTIVI MINIMI. MINKEJJA S-SEMPLIĊITÀ TAGĦHA, IL-BIJOLOĠIJA BAŻIKA TAGĦHA HIJA MAGĦRUFA ĦAFNA U GĦANDHA NUMRU KBIR TA ‘ĠENI MINGĦAJR ANNOTAZZJONI FUNZJONALI. IL-BIĊĊA L-KBIRA TAL-MIKOPLASMI HUMA PARASSITI U PATOĠENI TA’ DIVERSI SPEĊIJIET TA’ ANNIMALI, INKLUŻI L-ISPEĊIJIET UMANI. L-OBJETTIV FUNDAMENTALI TA’ DAN IL-PROĠETT HUWA LI JITFASSLU STRATEĠIJI GĦALL-PROFILASSI JEW IT-TERAPIJA TAGĦHOM, SPEĊJALMENT BILLI JIPPRUVAW JIKSBU VAĊĊINI KONTRA XI MYCOPLASMAS. SPEĊIFIKAMENT, AĦNA SE TIFFOKA FUQ L-ISPEĊI LI ĠEJJIN: MYCOPLASMA ĠENITALIIUM, PATOĠENU TAS-SISTEMA UROĠENITALI UMANA; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, PATOĠENU RESPIRATORJU IMPORTANTI FIL-ĦNIEŻER; MYCOPLASMA BOVIS, PATOĠENU RESPIRATORJU IMPORTANTI FIL-BAQAR; MYCOPLASMA HYORHINIS, IL-PATOĠENU TAL-ĦNIEŻER U JAFFETTWA WKOLL LILL-BNEDMIN (RELATATI MAL-KANĊER TAL-PROSTATA). M. ĠENITALI HUWA L-ISPEĊI LI GĦANDNA QABEL STUDJATI AKTAR, L-AKTAR GĦALL-FAĊILITÀ AKBAR TAGĦHA TA ‘TRASFORMAZZJONI U MANIPULAZZJONI ĠENETIKA B’MOD ĠENERALI U MINĦABBA LI HUWA MUDELL TA’ ĠENOMA MINIMA. IPPERMETTIELNA NIKSBU ESPERJENZA FIL-ĠESTJONI ĠENETIKA U L-MANIPULAZZJONI TA’ DAWN IL-MIKROORGANIŻMI DIFFIĊLI KIF UKOLL FL-ANALIŻI TAL-MEKKANIŻMI TA’ PATOĠENIĊITÀ TAL-MIKOPLASMI U FL-IDENTIFIKAZZJONI U L-KARATTERIZZAZZJONI (F’XI KAŻIJIET FIL-LIVELL TAL-ISTRUTTURA CRYSTALOGRAMIC) TAL-PROTEINI INVOLUTI FIHOM. F’DAN IL-KAŻ, AKTAR MILLI VAĊĊIN, NAĦSBU LI HUWA INTERESSANTI LI NTRAĊĊAW L-ATTIVITÀ INIBITORJA TA’ LIBRERIJA TA’ KOMPOSTI ŻVILUPPATA FIL-PROĠETT IKKOORDINAT PREĊEDENTI U LI KELLHA L-GĦAN LI TINATTIVA L-GLIKOSILTRANSFERAŻI TAL-MIKROORGANIŻMU. XI WĦUD MINN DAWN L-ENZIMI HUMA TOTALMENT INDISPENSABBLI GĦAL MYCOPLASMA U JURU ATTIVITAJIET SPEĊIFIĊI ĦAFNA, U GĦALHEKK HUMA KANDIDATI TAJBA GĦAL MIRI TERAPEWTIĊI. BARRA MINN HEKK, SE NKOMPLU NISTUDJAW IL-BAŻIJIET MOLEKULARI TAL-PATOĠENIĊITÀ TIEGĦU, FILWAQT LI NIDENTIFIKAW IL-ĠENI VIRULENZA SPEĊJALMENT DAWK RELATATI MAL-MEKKANIŻMU TA’ ADEŻJONI U N-NETWERKS KUMPLESSI TAR-REGOLAMENTAZZJONI ĠENIKA. IL-ĠENOMA TIEGĦEK SE TKUN UKOLL REANOTATED FUQ IL-BAŻI TA’ ANALIŻI PROTEOGENOMIC U BIJOINFORMATTIVA, RIANOTAZZJONI LI SE TIĠI ESTIŻA GĦALL-ĠENI ORTOLOGI TA’ SPEĊI OĦRA TA’ MYCOPLASMA. FIL-KAŻ TA’ M. HYOPNEUMONIAE U M. BOVIS SE NIPPRUVAW NIDDISINJAW VAĊĊIN ĦAJ BILLI NĦASSRU L-ĠENI VIRULENTI KIF UKOLL NUŻAW IĊ-ĊELLOLA ĦAJJA BĦALA OSPITANTI GĦAL VAĊĊIN POSSIBBLI TA’ COMBI, BL-ESPRESSJONI HEREROLOGY TA’ PROTEINI ANTIGENICAS TA’ PATOĠENI PORĊINI OĦRA (P.E., CIRCOVIRUS) U FRAT (P.E., BHV-1, BRSV, EĊĊ.) RISPETTIVAMENT. DAN JEĦTIEĠ LI JKUN HEMM METODI TA’ TRASFORMAZZJONI, LI DIĠÀ KSIBNA F’M. HYOPNEUMONIAE U LI SE JIĠU ESTIŻI GĦAL M. BOVIS, BI STORJA LI TINDIKA LI TISTA’ TIĠI TRASFORMATA PERMEZZ TA’ TRANŻIZZJONI U OMOLOGAZZJONI. FL-AĦĦAR NETT, FIL-KAŻ TAS-SUR HYORHINIS, GĦALKEMM IR-RWOL TIEGĦU BĦALA PATOĠENU DIĠÀ SSEMMA, F’DAN IL-PROĠETT SE NESPLORAW ASPETT IEĦOR TIEGĦU. RIĊENTEMENT, GĦADU KIF ĠIE DESKRITT LI XI WĦUD MILL-PROTEINI TAL-MEMBRANA TIEGĦU GĦANDHOM ATTIVITÀ ANTIAGREGACION TA’ ALZHEIMER’S BETAPEPTIDS. DAN L-EFFETT HUWA MEDJAT MINN ESPRESSJONI ŻEJDA TAL-ĠENE TA’ CALPASTATIN (INIBITUR TAL-CALPASTATIN) FIĊ-ĊELLULI UMANI. AĦNA SE JIPPRUVAW JIPPURIFIKA, JIDENTIFIKAW U JIKKARATTERIZZAW DAN JEW DAWN IL-KOMPONENTI U JWETTQU PROVI FUQ MUDELL RATON, DISPONIBBLI FI GRUPP IEĦOR TA ‘L-UNIVERSITÀ TAGĦNA, SABIEX JIDENTIFIKAW IL-MEKKANIŻMU SOTTOSTANTI. (Maltese)
    point in time
    4 August 2022
    0 references
    Os micoplasmas representam um dos sistemas biológicos mais simples conhecidos e são um bom modelo de células minimo-genéticas e minima-replicativas. Apesar da sua simplicidade, a sua biologia de base é muito desconhecida e tem um grande número de genes sem uma explicação funcional. A maioria dos micoplasmas são parasitas e patogéneos de várias espécies animais, incluindo as espécies humanas. O objectivo fundamental deste projecto é conceber estratégias para a sua profilaxia ou terapia, especialmente tentando obter vacinas contra alguns micoplasmas. ESPECIFICAMENTE, Iremos centrar-nos nas seguintes espécies: MICOPLASMA GENITALIUM, PATHOGEN DO SISTEMA HUMANO UROGENITAL; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, PATOGÉNIO RESPIRATÓRIO IMPORTANTE EM SUÍNOS; MYCOPLASMA BOVIS, PATOGÉNIO RESPIRATÓRIO IMPORTANTE EM CAIXA; MYCOPLASMA HYORHINIS, PATHOGEN OF PIGS E TAMBÉM AFETA OS HUMANOS (RELACIONADO COM O PROSTATE CANCER). M. GENITALIUM são as espécies que anteriormente estudei mais, em grande parte para a sua maior facilidade de transformação e manipulação genética em geral e porque é um modelo de um genoma mínimo. Permitiu-nos ganhar experiência na gestão e gestão genética destes microorganismos deficientes, bem como na análise dos mecanismos de patogenicidade dos microorganismos e na identificação e caracterização (em alguns casos ao nível da estrutura cristalográfica) das proteínas neles envolvidas. Neste caso, em vez de uma vacina, pensamos que é interessante rastrear a actividade inibitória de uma biblioteca de compostos desenvolvidos no anterior projecto coordenado e destinados a activar a glicosiltransferase do microorganismo. Alguns destes enzimas são totalmente indispensáveis para o micoplasma e expõem atividades muito específicas, portanto, são bons candidatos para metas terapêuticas. Além disso, continuaremos a estudar as bases moleculares da sua patogenicidade, identificando os genes da virulência, especialmente os relacionados com o mecanismo de aderência e as redes completas de regulação genética. O seu genoma será também reanalisado com base numa análise proteogenómica e bioinformática, reanalisação que será estendida aos genes ortológos de outras espécies de micoplasmas. No caso de M. HYOPNEUMONIAE e M. BOVIS, tentaremos conceber uma VACINA VIVA por eliminação de GENES VIRULENCE, bem como utilizar a CÉLULA VIVA como hospedeiro de uma VACINA COMBI POSSÍVEL, por HEREROLOGIA DE EXPRESSÃO DE PROTEÍNAS ANTIGENICAS DE OUTROS PATOGÉNIOS DE PORCA (E.P., CIRCOVIRUS) E CATTLE (E.P., BHV-1, BRSV, ETC.) RESPECTIVAMENTE. Isto requer métodos de transformação que já alcançámos em Hyopneumoniae e que serão estendidos a Bovis, com uma história que indica que pode ser transformado por transição e homeologação. Finalmente, no caso de M. HYORHINIS, apesar do seu papel como papagaio já ter sido mencionado, neste projecto vamos explorar outro rosto dele. Recentemente, acabou de ser descrito que algumas das suas proteínas de membrana têm atividade antiagrícola dos betapeptídeos de Alzhemer. Este efeito é mediado por uma superexposição do gene da calpastatina (inibidor da calpaína) nas células humanas. Tentaremos purificar, identificar e caracterizar este ou estes componentes e realizar testes em um modelo de ratona, disponível em outro grupo de nossa universidade, a fim de identificar o mecanismo subjacente. (Portuguese)
    point in time
    4 August 2022
    0 references
    MYCOPLASMAER REPRÆSENTERER ET AF DE ENKLESTE KENDTE BIOLOGISKE SYSTEMER OG ER EN GOD MODEL AF MINIMO-GEN OG MINIMA-REPLICATIV CELLE. PÅ TRODS AF SIN ENKELHED ER DENS GRUNDLÆGGENDE BIOLOGI MEGET UKENDT OG HAR ET STORT ANTAL GENER UDEN FUNKTIONEL ANMÆRKNING. DE FLESTE MYCOPLASMAER ER PARASITTER OG PATOGENER AF FORSKELLIGE DYREARTER, HERUNDER DEN MENNESKELIGE ART. DET GRUNDLÆGGENDE MÅL MED DETTE PROJEKT ER AT UDFORME STRATEGIER FOR DERES PROFYLAKSE ELLER TERAPI, ISÆR VED AT FORSØGE AT OPNÅ VACCINER MOD NOGLE MYCOPLASMAER. SPECIFIKT VIL VI FOKUSERE PÅ FØLGENDE ARTER: MYCOPLASMA GENITALIUM, PATOGEN I DET MENNESKELIGE UROGENITALE SYSTEM; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, VIGTIGT LUFTVEJSPATOGEN HOS SVIN MYCOPLASMA BOVIS, ET VIGTIGT LUFTVEJSPATOGEN HOS KVÆG MYCOPLASMA HYORHINIS, PATOGEN AF SVIN OG PÅVIRKER OGSÅ MENNESKER (RELATERET TIL PROSTATAKRÆFT). M. GENITALIUM ER DEN ART, VI TIDLIGERE HAR STUDERET MEST, HOVEDSAGELIG FOR SIN STØRRE LETHED AF TRANSFORMATION OG GENETISK MANIPULATION I ALMINDELIGHED, OG FORDI DET ER EN MODEL AF ET MINIMALT GENOM. DET HAR GJORT DET MULIGT FOR OS AT FÅ ERFARING MED GENETISK HÅNDTERING OG MANIPULATION AF DISSE VANSKELIGE MIKROORGANISMER SAMT MED AT ANALYSERE MYCOPLASMAS PATOGENICITETSMEKANISMER OG IDENTIFICERE OG KARAKTERISERE DE PROTEINER, DER INDGÅR I DEM (I NOGLE TILFÆLDE PÅ CRYSTALOGRAMIC-STRUKTUR). I DETTE TILFÆLDE, SNARERE END EN VACCINE, VI FINDER DET INTERESSANT AT SPORE DEN HÆMMENDE AKTIVITET AF ET BIBLIOTEK AF FORBINDELSER, DER ER UDVIKLET I DET TIDLIGERE KOORDINEREDE PROJEKT, OG SOM HAR TIL FORMÅL AT INAKTIVERE GLYCOSYLTRANSFERASE AF MIKROORGANISMEN. NOGLE AF DISSE ENZYMER ER HELT UUNDVÆRLIGE FOR MYCOPLASMA OG UDVISER MEGET SPECIFIKKE AKTIVITETER, SÅ DE ER GODE KANDIDATER TIL TERAPEUTISKE MÅL. DERUDOVER VIL VI FORTSÆTTE MED AT UNDERSØGE DE MOLEKYLÆRE BASER FOR DENS PATOGENICITET OG IDENTIFICERE VIRULENSGENER, ISÆR DEM, DER ER FORBUNDET MED VEDHÆFTNINGSMEKANISMEN OG KOMPLEKSE NETVÆRK AF GENETISK REGULERING. DIT GENOM VIL OGSÅ BLIVE REANOTATED BASERET PÅ EN PROTEOGENOMISK OG BIOINFORMATISK ANALYSE, REANOTATION, DER VIL BLIVE UDVIDET TIL DE ORTOLOGE GENER FRA ANDRE MYCOPLASMA ARTER. I TILFÆLDE AF M. HYOPNEUMONIAE OG M. BOVIS VIL VI FORSØGE AT DESIGNE EN LEVENDE VACCINE VED AT SLETTE VIRULENSGENER SAMT BRUGE DEN LEVENDE CELLE SOM VÆRT FOR EN MULIG COMBI-VACCINE VED AT UDTRYKKE HEREROLOGY AF PROTEINER ANTIGENICAS AF ANDRE SVINEPATOGENER (P.E., CIRCOVIRUS) OG KVÆG (P.E., BHV-1, BRSV OSV.). DETTE KRÆVER, AT VI HAR METODER TIL TRANSFORMATION, SOM VI ALLEREDE HAR OPNÅET I M. HYOPNEUMONIAE, OG SOM VIL BLIVE UDVIDET TIL M. BOVIS, MED EN HISTORIE, DER INDIKERER, AT DET KUNNE OMDANNES VED OVERGANG OG HOMOLOGATION. ENDELIG, FOR SÅ VIDT ANGÅR M. HYORHINIS, SELV OM HANS ROLLE SOM PATOGEN ALLEREDE ER BLEVET NÆVNT, VIL VI I DETTE PROJEKT UNDERSØGE EN ANDEN FACET AF DET. FOR NYLIG ER DET NETOP BLEVET BESKREVET, AT NOGLE AF DETS MEMBRANPROTEINER HAR AKTIVITET ANTIAGREGACION AF ALZHEIMERS BETAPEPTIDS. DENNE EFFEKT MEDIERES AF OVEREKSPRESSION AF CALPASTATINGENET (CALPASTATINHÆMMER) I HUMANE CELLER. VI VIL FORSØGE AT RENSE, IDENTIFICERE OG KARAKTERISERE DENNE ELLER DISSE KOMPONENTER OG UDFØRE FORSØG PÅ EN RATON MODEL, TILGÆNGELIG I EN ANDEN GRUPPE AF VORES UNIVERSITET, FOR AT IDENTIFICERE DEN UNDERLIGGENDE MEKANISME. (Danish)
    point in time
    4 August 2022
    0 references
    MICOPLASMELE REPREZINTĂ UNUL DINTRE CELE MAI SIMPLE SISTEME BIOLOGICE CUNOSCUTE ȘI SUNT UN MODEL BUN DE GENĂ MINIMĂ ȘI CELULE REPLICATOARE MINIME. ÎN CIUDA SIMPLITĂȚII SALE, BIOLOGIA SA DE BAZĂ ESTE FOARTE NECUNOSCUTĂ ȘI ARE UN NUMĂR MARE DE GENE FĂRĂ ADNOTARE FUNCȚIONALĂ. MAJORITATEA MICOPLASMELOR SUNT PARAZIȚI ȘI AGENȚI PATOGENI AI DIFERITELOR SPECII DE ANIMALE, INCLUSIV SPECIILE UMANE. OBIECTIVUL FUNDAMENTAL AL ACESTUI PROIECT ESTE DE A PROIECTA STRATEGII DE PROFILAXIE SAU TERAPIE, ÎN SPECIAL PRIN ÎNCERCAREA DE A OBȚINE VACCINURI ÎMPOTRIVA UNOR MICOPLASME. ÎN MOD SPECIFIC, NE VOM CONCENTRA ASUPRA URMĂTOARELOR SPECII: MYCOPLASMA GENITALIUM, AGENT PATOGEN AL SISTEMULUI UROGENITAL UMAN; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, AGENT PATOGEN RESPIRATOR IMPORTANT LA PORCI; MYCOPLASMA BOVIS, UN AGENT PATOGEN RESPIRATOR IMPORTANT LA BOVINE; MYCOPLASMA HYORHINIS, AGENT PATOGEN AL PORCILOR ȘI, DE ASEMENEA, AFECTEAZĂ OAMENII (LEGATE DE CANCERUL DE PROSTATĂ). M. GENITALIUM ESTE SPECIA PE CARE AM STUDIAT-O ANTERIOR CEL MAI MULT, ÎN MARE PARTE PENTRU UȘURINȚA SA DE TRANSFORMARE ȘI MANIPULARE GENETICĂ ÎN GENERAL ȘI PENTRU CĂ ESTE UN MODEL DE GENOM MINIM. NE-A PERMIS SĂ CÂȘTIGĂM EXPERIENȚĂ ÎN MANAGEMENTUL GENETIC ȘI MANIPULAREA ACESTOR MICROORGANISME DIFICILE, PRECUM ȘI ÎN ANALIZAREA MECANISMELOR PATOGENE ALE MICOPLASMELOR ȘI IDENTIFICAREA ȘI CARACTERIZAREA (ÎN UNELE CAZURI LA NIVELUL STRUCTURII CRYSTALOGRAMIC) PROTEINELOR IMPLICATE ÎN ACESTEA. ÎN ACEST CAZ, MAI DEGRABĂ DECÂT UN VACCIN, CREDEM CĂ ESTE INTERESANT SĂ URMĂRIM ACTIVITATEA INHIBITORIE A UNEI BIBLIOTECI DE COMPUȘI DEZVOLTATĂ ÎN PROIECTUL COORDONAT ANTERIOR ȘI CARE VIZEAZĂ INACTIVAREA GLICOZILTRANSFERAZEI MICROORGANISMULUI. UNELE DINTRE ACESTE ENZIME SUNT COMPLET INDISPENSABILE PENTRU MYCOPLASMA ȘI PREZINTĂ ACTIVITĂȚI FOARTE SPECIFICE, ASTFEL ÎNCÂT ACESTEA SUNT CANDIDAȚI BUNI PENTRU OBIECTIVE TERAPEUTICE. ÎN PLUS, VOM CONTINUA SĂ STUDIEM BAZELE MOLECULARE ALE PATOGENITĂȚII SALE, IDENTIFICÂND GENELE VIRULENȚEI, ÎN SPECIAL CELE LEGATE DE MECANISMUL DE ADERENȚĂ ȘI REȚELELE COMPLEXE DE REGLEMENTARE GENICĂ. GENOMUL DUMNEAVOASTRĂ VA FI, DE ASEMENEA, REANOTAT PE BAZA UNEI ANALIZE PROTEOGENOMICE ȘI BIOINFORMATICE, REANOTARE CARE VA FI EXTINSĂ LA GENELE ORTOLOGE ALE ALTOR SPECII MYCOPLASMA. ÎN CAZUL M. HYOPNEUMONIAE ȘI M. BOVIS VOM ÎNCERCA SĂ PROIECTĂM UN VACCIN VIU PRIN ELIMINAREA GENELOR DE VIRULENȚĂ, PRECUM ȘI SĂ FOLOSIM CELULA VIE CA GAZDĂ PENTRU UN POSIBIL VACCIN COMBI, PRIN EXPRESIA AERROLOGIE A PROTEINELOR ANTIGENICAS ALE ALTOR AGENȚI PATOGENI PORCINE (E.P., CIRCOVIRUS) ȘI, RESPECTIV, BOVINE (P.E., BHV-1, BRSV ETC.). ACEST LUCRU NECESITĂ METODE DE TRANSFORMARE, PE CARE LE-AM REALIZAT DEJA ÎN M. HYOPNEUMONIAE ȘI CARE VOR FI EXTINSE LA M. BOVIS, CU O ISTORIE CARE INDICĂ FAPTUL CĂ AR PUTEA FI TRANSFORMATĂ PRIN TRANZIȚIE ȘI OMOLOGARE. ÎN CELE DIN URMĂ, ÎN CAZUL LUI M. HYORHINIS, DEȘI ROLUL SĂU DE AGENT PATOGEN A FOST DEJA MENȚIONAT, ÎN ACEST PROIECT VOM EXPLORA O ALTĂ FAȚETĂ A ACESTUIA. RECENT, TOCMAI A FOST DESCRIS FAPTUL CĂ UNELE DINTRE PROTEINELE SALE MEMBRANA AU ACTIVITATE ANTIAGREGACION DE ALZHEIMER’S BETAPEPTIDS. ACEST EFECT ESTE MEDIAT PRINTR-O SUPRAEXPRIMARE A GENEI CALPASTATINEI (INHIBITOR DE CALPASTATINĂ) ÎN CELULELE UMANE. VOM ÎNCERCA SĂ PURIFICĂM, SĂ IDENTIFICĂM ȘI SĂ CARACTERIZĂM ACESTE COMPONENTE ȘI SĂ EFECTUĂM TESTE PE UN MODEL RATON, DISPONIBIL ÎNTR-UN ALT GRUP AL UNIVERSITĂȚII NOASTRE, PENTRU A IDENTIFICA MECANISMUL DE BAZĂ. (Romanian)
    point in time
    4 August 2022
    0 references
    MYKOPLASMA REPRESENTERAR ETT AV DE ENKLASTE KÄNDA BIOLOGISKA SYSTEMEN OCH ÄR EN BRA MODELL AV MINIMO GEN OCH MINIMA-REPLICATIVE CELL. TROTS SIN ENKELHET ÄR DESS GRUNDLÄGGANDE BIOLOGI MYCKET OKÄND OCH HAR ETT STORT ANTAL GENER UTAN FUNKTIONELL ANNOTATION. DE FLESTA MYKOPLASMA ÄR PARASITER OCH PATOGENER AV OLIKA DJURARTER, INKLUSIVE DEN MÄNSKLIGA ARTEN. DET GRUNDLÄGGANDE SYFTET MED DETTA PROJEKT ÄR ATT UTFORMA STRATEGIER FÖR DERAS PROFYLAX ELLER TERAPI, SÄRSKILT GENOM ATT FÖRSÖKA FÅ VACCINER MOT VISSA MYKOPLASMA. VI KOMMER SÄRSKILT ATT FOKUSERA PÅ FÖLJANDE ARTER: MYCOPLASMA GENITALIUM, PATOGEN I DET MÄNSKLIGA UROGENITALA SYSTEMET; MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE, VIKTIG LUFTVÄGSPATOGEN HOS SVIN; MYCOPLASMA BOVIS, EN VIKTIG LUFTVÄGSPATOGEN HOS NÖTKREATUR; MYCOPLASMA HYORHINIS, PATOGEN HOS SVIN OCH PÅVERKAR ÄVEN MÄNNISKOR (RELATERAT TILL PROSTATACANCER). M. GENITALIUM ÄR DEN ART SOM VI TIDIGARE HAR STUDERAT MEST, TILL STOR DEL FÖR DESS STÖRRE ENKELHET AV TRANSFORMATION OCH GENETISK MANIPULATION I ALLMÄNHET OCH EFTERSOM DET ÄR EN MODELL AV ETT MINIMALT GENOM. DET HAR GJORT DET MÖJLIGT FÖR OSS ATT FÅ ERFARENHET AV GENETISK HANTERING OCH MANIPULERING AV DESSA SVÅRA MIKROORGANISMER SAMT AV ATT ANALYSERA PATOGENICITETSMEKANISMERNA HOS MYKOPLASMA OCH IDENTIFIERA OCH KARAKTERISERA (I VISSA FALL PÅ CRYSTALOGRAMIC-NIVÅ) DE PROTEINER SOM ÄR INVOLVERADE I DEM. I DETTA FALL, SNARARE ÄN ETT VACCIN, TYCKER VI ATT DET ÄR INTRESSANT ATT SPÅRA DEN HÄMMANDE AKTIVITETEN HOS ETT BIBLIOTEK AV FÖRENINGAR SOM UTVECKLATS I DET TIDIGARE SAMORDNADE PROJEKTET OCH SOM SYFTADE TILL ATT INAKTIVERA MIKROORGANISMENS GLYKOSYLTRANSFERAS. NÅGRA AV DESSA ENZYMER ÄR HELT OUMBÄRLIGA FÖR MYCOPLASMA OCH UPPVISAR MYCKET SPECIFIKA AKTIVITETER, SÅ DE ÄR BRA KANDIDATER FÖR TERAPEUTISKA MÅL. DESSUTOM KOMMER VI ATT FORTSÄTTA ATT STUDERA DE MOLEKYLÄRA BASERNA FÖR DESS PATOGENITET OCH IDENTIFIERA VIRULENSGENER, SÄRSKILT DE SOM ÄR RELATERADE TILL VIDHÄFTNINGSMEKANISMEN OCH KOMPLEXA NÄTVERK AV GENIC REGULATION. DITT GENOM KOMMER OCKSÅ ATT VARA REANOTATED BASERAT PÅ EN PROTEOGENOMIC OCH BIOINFORMATISK ANALYS, REANOTATION SOM KOMMER ATT UTVIDGAS TILL ORTOLOGA GENER AV ANDRA MYCOPLASMA ARTER. NÄR DET GÄLLER M. HYOPNEUMONIAE OCH M. BOVIS KOMMER VI ATT FÖRSÖKA UTFORMA ETT LEVANDE VACCIN GENOM ATT RADERA VIRULENSGENER SAMT ANVÄNDA DEN LEVANDE CELLEN SOM VÄRD FÖR ETT MÖJLIGT COMBIVACCIN, GENOM UTTRYCK HEREROLOGY AV PROTEINER ANTIGENICAS AV ANDRA SVINPATOGENER (P.E., CIRCOVIRUS) RESPEKTIVE NÖTKREATUR (P.E., BHV-1, BRSV, ETC.). DETTA KRÄVER ATT HA METODER FÖR OMVANDLING, SOM VI REDAN HAR UPPNÅTT I M. HYOPNEUMONIAE OCH SOM KOMMER ATT UTVIDGAS TILL M. BOVIS, MED EN HISTORIA SOM INDIKERAR ATT DEN KAN OMVANDLAS GENOM ÖVERGÅNG OCH HOMOLOGATION. SLUTLIGEN, NÄR DET GÄLLER M. HYORHINIS, ÄVEN OM HANS ROLL SOM PATOGEN REDAN HAR NÄMNTS, KOMMER VI I DETTA PROJEKT ATT UTFORSKA EN ANNAN ASPEKT AV DET. NYLIGEN HAR DET PRECIS BESKRIVITS ATT NÅGRA AV DESS MEMBRANPROTEINER HAR AKTIVITET ANTIAGREGACION AV ALZHEIMER’S BETAPEPTIDS. DENNA EFFEKT MEDIERAS AV ETT ÖVERUTTRYCK AV CALPASTATINGENEN (KALPAINHÄMMARE) I MÄNSKLIGA CELLER. VI KOMMER ATT FÖRSÖKA RENA, IDENTIFIERA OCH KARAKTERISERA DENNA ELLER DESSA KOMPONENTER OCH UTFÖRA FÖRSÖK PÅ EN RATON-MODELL, TILLGÄNGLIG I EN ANNAN GRUPP AV VÅRT UNIVERSITET, FÖR ATT IDENTIFIERA DEN UNDERLIGGANDE MEKANISMEN. (Swedish)
    point in time
    4 August 2022
    0 references
    location (string)
    Cerdanyola del Vallès
    0 references
    date of last update
    20 December 2023
    0 references

    Identifiers

    Spanish Kohesio ID
    BIO2013-48704-R
    0 references
     
    Retrieved from "https://linkedopendata.eu/w/index.php?title=Item:Q3160298&oldid=43307399"