Expansion of calculation capacity i storage of mass genomics data (Q3216201): Difference between revisions
Jump to navigation
Jump to search
(Changed label, description and/or aliases in el, da, fi, mt, lv, sk, ga, cs, pt, et, hu, bg, lt, hr, sv, ro, sl, pl, nl, fr, de, it, es, and other parts: Adding translations: el, da, fi, mt, lv, sk, ga, cs, pt, et, hu, bg, lt, hr, sv, ro, sl, pl,) |
(Changed label, description and/or aliases in pt) |
||||||||||||||
| (6 intermediate revisions by 2 users not shown) | |||||||||||||||
| label / pt | label / pt | ||||||||||||||
Expansão da capacidade de cálculo i armazenamento de dados | Expansão da capacidade de cálculo i armazenamento de dados genómicos em massa | ||||||||||||||
| Property / beneficiary name (string) | |||||||||||||||
| Property / beneficiary name (string): FUNDACION CENTRO DE REGULACION GENOMICA / rank | |||||||||||||||
| Property / beneficiary | |||||||||||||||
| Property / beneficiary: Q3135077 / rank | |||||||||||||||
| Property / summary: The National Center for Genomic Analysis (CNAG-CRG) is one of the top European centers in terms of nucleic acid sequencing capacity. The platform currently manages 7 second generation DNA sequencing instruments and 3 nanopore-based sequencing instruments, that can produce more than 1.000 Gb of sequence every 24 hours. The plan for 2018 and 2019 is to substiture the 2nd generation sequencers bought in 2010-2011 and buy one large scale 3rd generation sequencer. The operation will be co-funded with project ICTS-2017-04-CRG-2 awarded in the 2016 call for Convenios ICTS (Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares). The new sequencing park will generate more than 6.000 Gb of sequencing data every day. The sequencing operation is supported by an extensive analysis and databasing facility (CPD), with an internal 56 Gb/s InfiniBand network, 3.5 petabyte (PB) of high performance data storage on disk and 3 PB on tapes and over 3,472 cores of computing, including two servers dedicated to the RDConnect project (clinic and genomic analysis plataform for rare diseases) and the 4Dgenome project (plataform for chromatin interaction analysis). In this proposal, we include several actions to improve the performance of the CNAG-CRG computing infrastructure operations: - CPD renovation actions, including works for improving access security and energy efficiency. - Adquisition of data center networking equipment, and storage and computing nodes. Investments will be done in two phases, in 2019 and 2022. Purchases planned for 2019 will provide the current cluster with twice as many computing nodes (>5.700 in total) and four times more computing capacity (360 Tflops in total), as well as storage disks that have twice the capacity and the efficiency of the current set up (New Generation Netapp o similar, with 24 GB/sc) and a total of 4 PB. We estimate that the new configuration will decrease energy consumption by 20-30%. The proposal also includes the adquisition of two servers for user data transfers. In summary, the improvements and extensions of the CNAG-CRG computing infrastructure in the next years is essential to increase productivity to cope with the higher capacity of the new genomic data generation instruments, to increase the efficiency of the computing operations and to decrease the maintenance and electricity costs. Along with the adquisition of state-of-the-art sequencing instruments, it will consolidate CNAG-CRG as the first Genomics national infrastructure and one of the top centers in Europe in this area. (English) / qualifier | |||||||||||||||
readability score: 0.4707380858659342
| |||||||||||||||
| Property / summary | Property / summary | ||||||||||||||
O Centro Nacional de Análise Genómica (CNAG-CRG) é um dos principais centros europeus em termos de capacidade de sequenciação de ácidos nucleicos. Atualmente, a plataforma gere 7 instrumentos de sequenciação de ADN de segunda geração e 3 instrumentos de sequenciação baseados em nanoporos, que podem produzir mais de 1.000 Gb de sequência a cada 24 horas. O plano para 2018 e 2019 é substituir os sequenciadores de segunda geração comprados em 2010-2011 e comprar um sequenciador de terceira geração em grande escala. A operação será cofinanciada com o projeto ICTS-2017-04-CRG-2 atribuído no convite à apresentação de propostas de 2016 para Convenios ICTS (Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares). O novo parque de sequenciação irá gerar mais de 6000 Gb de dados de sequenciação todos os dias. A operação de sequenciação é apoiada por uma extensa instalação de análise e base de dados (CPD), com uma rede interna InfiniBand de 56 Gb/s, 3,5 petabytes (PB) de armazenamento de dados de alto desempenho em disco e 3 PB em fitas e mais de 3472 núcleos de computação, incluindo dois servidores dedicados ao projeto RDConnect (plataforma de análise clínica e genómica para doenças raras) e ao projeto 4Dgenome (plataforma para análise da interação cromatina). Nesta proposta, incluímos várias ações para melhorar o desempenho das operações da infraestrutura informática CNAG-CRG: - Ações de renovação de DPC, incluindo obras para melhorar a segurança do acesso e a eficiência energética. - Aquisição de equipamento de rede de centros de dados e de nós de armazenamento e computação. Os investimentos serão realizados em duas fases, em 2019 e 2022. As aquisições previstas para 2019 dotarão o cluster atual de duas vezes mais nós de computação (>5 700 no total) e quatro vezes mais capacidade de computação (360 Tflops no total), bem como de discos de armazenamento que têm o dobro da capacidade e da eficiência da configuração atual (New Generation Netapp o similar, com 24 GB/sc) e um total de 4 PB. Estimamos que a nova configuração irá reduzir o consumo de energia em 20-30%. A proposta inclui igualmente a aquisição de dois servidores para a transferência de dados dos utilizadores. Em resumo, as melhorias e extensões da infraestrutura de computação CNAG-CRG nos próximos anos são essenciais para aumentar a produtividade, a fim de fazer face à maior capacidade dos novos instrumentos de geração de dados genómicos, aumentar a eficiência das operações de computação e diminuir os custos de manutenção e eletricidade. Juntamente com a aquisição de instrumentos de sequenciação de última geração, consolidará o CNAG-CRG como a primeira infraestrutura nacional da Genomics e um dos principais centros da Europa nesta área. (Portuguese) | |||||||||||||||
| Property / postal code | |||||||||||||||
| Property / postal code: 08019 / rank | |||||||||||||||
| Property / location (string) | |||||||||||||||
| Property / location (string): Barcelona / rank | |||||||||||||||
| Property / coordinate location | |||||||||||||||
| |||||||||||||||
| Property / coordinate location: 41°22'58.40"N, 2°10'38.75"E / rank | |||||||||||||||
| Property / contained in NUTS | |||||||||||||||
| Property / contained in NUTS: Barcelona Province / rank | |||||||||||||||
| Property / beneficiary | |||||||||||||||
| Property / beneficiary: Centre for Genomic Regulation / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
| Property / beneficiary name (string) | |||||||||||||||
CENTRO DE REGULACION GENOMICA | |||||||||||||||
| Property / beneficiary name (string): CENTRO DE REGULACION GENOMICA / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
| Property / location (string) | |||||||||||||||
Barcelona | |||||||||||||||
| Property / location (string): Barcelona / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
| Property / postal code | |||||||||||||||
8003 | |||||||||||||||
| Property / postal code: 8003 / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
| Property / contained in NUTS | |||||||||||||||
| Property / contained in NUTS: Barcelona Province / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
| Property / contained in NUTS: Barcelona Province / qualifier | |||||||||||||||
| Property / contained in Local Administrative Unit | |||||||||||||||
| Property / contained in Local Administrative Unit: Barcelona / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
| Property / coordinate location | |||||||||||||||
41°24'3.10"N, 2°9'3.89"E
| |||||||||||||||
| Property / coordinate location: 41°24'3.10"N, 2°9'3.89"E / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
| Property / coordinate location: 41°24'3.10"N, 2°9'3.89"E / qualifier | |||||||||||||||
| Property / date of last update | |||||||||||||||
21 December 2023
| |||||||||||||||
| Property / date of last update: 21 December 2023 / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Latest revision as of 11:37, 8 October 2024
Project Q3216201 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Expansion of calculation capacity i storage of mass genomics data |
Project Q3216201 in Spain |
Statements
1,467,750.0 Euro
0 references
2,935,500.0 Euro
0 references
50.0 percent
0 references
1 May 2015
0 references
31 December 2022
0 references
CENTRO DE REGULACION GENOMICA
0 references
8003
0 references
El Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG) es uno dels centros europeos con más capacidad de secuenciación de ácidos nucleicos. Actualmente dispone de una plataforma con 7 secuenciadores de ADN de segunda generación y 3 equipos de secuenciación mediante nanoporos, capaces de producir en total más de 1.000 Gb de secuencia cada 24 horas. Durante el 2018 y el 2019 está previsto renovar los equipos de secuenciación más antiguos y comprar un nuevo equipo de tercera generación más potente, y para ello se dispone de cofinanciación del proyecto ICTS-2017-04-CRG, de la convocatoria 2016 de Convenios ICTS (Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares). El nuevo conjunto de instrumentos podrá generar más de 6.000 Gb de secuencia al día. Para poder almacenar y analizar todos estos datos de secuenciación, el CNAG-CRG dispone de un potente centro de procesamiento de datos (CPD), con sistemas de comunicaciones con un gran ancho de banda (56 Gb por segundo), un sistema de almacenamiento de datos conectado por red (3,5 PB nets), un sistema de almacenamiento en cinta (3 PB) y servidores con diversas funcionalidades con 3.472 núcleos de computación, incluyendo servidores dedicados para los proyectos RDConnect (plataforma para la gestión de datos clínicos y genómicos en enfermedades raras) y 4DGenome (plataforma para el análisis de interacciones de la cromatina). En este proyecto se proponen una serie de actuaciones para mejorar y actualizar el rendimiento de las operaciones de los equipos de supercomputación del CNAG-CRG: - Acciones de reforma del CPD, incluyendo varios trabajos para mejorar la seguridad del acceso y la eficiencia energética. - Inversiones para comprar nuevos equipos troncales de comunicación, nodos de almacenamiento y nodos de computación. Las inversiones más importantes se realizarán en dos fases, en los años 2019 y 2022. Las adquisiciones previstas para el año 2019 permitirán disponer de un potente clúster con el doble de núcleos de computación (en total >5500) y 4 veces más capacidad de cálculo (unos 350 Tflops en total), así como discos de almacenamiento con el doble de rendimiento que los actuales (New Generation Netapp o similares, de 24 GB/sc) y un total de 3,8 PB. Se estima que los nuevos equipos contribuirán a disminuir el consumo energético en un 20-30%. La propuesta incluye también los gastos del personal necesario para migrar los servicios y funciones actuales a los nuevos servidores, e implementar-los en las tareas de producción. Finalmente, se incluye la adquisición de dos servidores para la transferencia de datos a los colaboradores. En resumen, la ampliación de los equipos informáticos del CNAG-CRG en los próximos años es esencial para aumentar la productividad y adecuarla a la capacidad de los nuevos secuenciadores, mejorar la eficiencia de las operaciones y reducir los costes de mantenimiento y electricidad. Juntamente con la compra de nuevos equipos de secuenciación, consolidará al CNAG-CRG como la principal infraestructura en Genómica del país y uno de los centros más potentes de Europa en esta área. (Spanish)
0 references
The National Center for Genomic Analysis (CNAG-CRG) is one of the top European centers in terms of nucleic acid sequencing capacity. The platform currently manages 7 second generation DNA sequencing instruments and 3 nanopore-based sequencing instruments, that can produce more than 1.000 Gb of sequence every 24 hours. The plan for 2018 and 2019 is to substiture the 2nd generation sequencers bought in 2010-2011 and buy one large scale 3rd generation sequencer. The operation will be co-funded with project ICTS-2017-04-CRG-2 awarded in the 2016 call for Convenios ICTS (Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares). The new sequencing park will generate more than 6.000 Gb of sequencing data every day. The sequencing operation is supported by an extensive analysis and databasing facility (CPD), with an internal 56 Gb/s InfiniBand network, 3.5 petabyte (PB) of high performance data storage on disk and 3 PB on tapes and over 3,472 cores of computing, including two servers dedicated to the RDConnect project (clinic and genomic analysis plataform for rare diseases) and the 4Dgenome project (plataform for chromatin interaction analysis). In this proposal, we include several actions to improve the performance of the CNAG-CRG computing infrastructure operations: - CPD renovation actions, including works for improving access security and energy efficiency. - Adquisition of data center networking equipment, and storage and computing nodes. Investments will be done in two phases, in 2019 and 2022. Purchases planned for 2019 will provide the current cluster with twice as many computing nodes (>5.700 in total) and four times more computing capacity (360 Tflops in total), as well as storage disks that have twice the capacity and the efficiency of the current set up (New Generation Netapp o similar, with 24 GB/sc) and a total of 4 PB. We estimate that the new configuration will decrease energy consumption by 20-30%. The proposal also includes the adquisition of two servers for user data transfers. In summary, the improvements and extensions of the CNAG-CRG computing infrastructure in the next years is essential to increase productivity to cope with the higher capacity of the new genomic data generation instruments, to increase the efficiency of the computing operations and to decrease the maintenance and electricity costs. Along with the adquisition of state-of-the-art sequencing instruments, it will consolidate CNAG-CRG as the first Genomics national infrastructure and one of the top centers in Europe in this area. (English)
0.4707380858659342
0 references
Le Centre national d’analyse génomique (CNAG-CRG) est l’un des centres européens ayant la plus grande capacité de séquençage des acides nucléiques. Il dispose actuellement d’une plateforme de 7 séquenceurs d’ADN de deuxième génération et d’un équipement de séquençage de 3 nanopores, capable de produire un total de plus de 1000 Gb de séquence toutes les 24 heures. En 2018 et 2019, il est prévu de renouveler les équipements de séquençage les plus anciens et d’acheter un nouvel équipement de troisième génération plus puissant et, à cette fin, le cofinancement du projet ICTS-2017-04-CRG, de l’appel 2016 en faveur des infrastructures scientifiques et techniques uniques, est disponible. Le nouvel ensemble d’instruments sera capable de générer plus de 6000 Gb de séquence par jour. Pour stocker et analyser toutes ces données de séquençage, le CNAG-CRG dispose d’un puissant centre de traitement de données (CPD), avec des systèmes de communication à haute bande passante (56 Gb par seconde), un système de stockage de données connecté au réseau (3 filets PB), un système de stockage de bande (3 PB) et des serveurs avec diverses fonctionnalités avec 3 472 cœurs de calcul, y compris des serveurs dédiés pour RDConnect (plateforme pour la gestion des données cliniques et génomiques dans les maladies rares) et 4DGenome (plateforme pour l’analyse des interactions chromatines). Ce projet propose une série d’actions visant à améliorer et à actualiser les performances des opérations des équipes de supercalcul CNAG-CRG: — Actions de réforme de la CPD, y compris plusieurs travaux visant à améliorer la sécurité d’accès et l’efficacité énergétique. — Investissements pour acheter de nouveaux équipements de communication de base, des nœuds de stockage et des nœuds informatiques. Les investissements les plus importants seront réalisés en deux phases, en 2019 et 2022. Les acquisitions prévues pour 2019 permettront un cluster puissant avec deux fois plus de cœurs de calcul (au total >5500) et 4 fois plus de capacité de calcul (environ 350 Tflops au total), ainsi que des disques de stockage avec deux fois plus de performances que les disques actuels (New Generation Netapp ou similaire, 24 Go/sc) et un total de 3,8 PB. On estime que les nouveaux équipements contribueront à réduire la consommation d’énergie de 20 à 30 %. La proposition inclut également les dépenses de personnel nécessaires pour migrer les services et les fonctions actuels vers de nouveaux serveurs et les mettre en œuvre dans les tâches de production. Enfin, il comprend l’acquisition de deux serveurs pour le transfert de données à des collaborateurs. Bref, l’expansion de l’équipement informatique CNAG-CRG dans les années à venir est essentielle pour augmenter la productivité et l’adapter à la capacité des nouveaux séquenceurs, améliorer l’efficacité opérationnelle et réduire les coûts d’entretien et d’électricité. Avec l’achat de nouveaux équipements de séquençage, il consolidera CNAG-CRG en tant qu’infrastructure principale en génomique dans le pays et l’un des centres les plus puissants d’Europe dans ce domaine. (French)
5 December 2021
0 references
Das Nationale Zentrum für Genomische Analyse (CNAG-CRG) ist eines der europäischen Zentren mit der höchsten Nukleinsäuresequenzierungskapazität. Derzeit verfügt es über eine Plattform mit 7 DNA-Sequenzern der zweiten Generation und 3 Nanoporensequenzierungsgeräten, die alle 24 Stunden insgesamt mehr als 1.000 Gb Sequenz erzeugen können. In den Jahren 2018 und 2019 ist geplant, die älteste Sequenzierungsausrüstung zu erneuern und eine neue, leistungsfähigere Ausrüstung der dritten Generation zu erwerben, und zu diesem Zweck ist eine Kofinanzierung des Projekts ICTS-2017-04-CRG, des Aufrufs 2016 für IKTS (Singular Scientific and Technical Infrastructures) verfügbar. Die neue Reihe von Instrumenten wird in der Lage sein, mehr als 6.000 Gb Sequenz pro Tag zu erzeugen. Um all diese Sequenzierungsdaten speichern und analysieren zu können, verfügt das CNAG-CRG über ein leistungsstarkes Rechenzentrum (CPD), mit Kommunikationssystemen mit hoher Bandbreite (56 Gb pro Sekunde), einem netzwerkgebundenen Datenspeichersystem (3 PB-Netze), einem Bandspeichersystem (3 PB) und Servern mit verschiedenen Funktionen mit 3.472 Rechenkernen, einschließlich dedizierter Server für RDConnect (Plattform zur Verwaltung klinischer und genomischer Daten bei seltenen Krankheiten) und 4DGenome (Plattform zur Analyse von Chromatin-Interaktionen). In diesem Projekt werden eine Reihe von Maßnahmen vorgeschlagen, um die Leistung der Operationen der CNAG-CRG-Supercomputing-Teams zu verbessern und zu aktualisieren: — PCD-Reformmaßnahmen, einschließlich mehrerer Arbeiten zur Verbesserung der Sicherheit des Zugangs und der Energieeffizienz. — Investitionen in neue Kernkommunikationsgeräte, Speicherknoten und Computerknoten. Die wichtigsten Investitionen werden in zwei Phasen erfolgen, in den Jahren 2019 und 2022. Die geplanten Akquisitionen für 2019 werden einen leistungsstarken Cluster mit doppelt so vielen Rechenkernen (insgesamt >5500) und viermal mehr Rechenkapazität (insgesamt etwa 350 Tflops) sowie Speicherplatten mit doppelter Leistung der aktuellen (New Generation Netapp or similar, 24 GB/sc) und insgesamt 3,8 PB ermöglichen. Schätzungen zufolge werden neue Geräte dazu beitragen, den Energieverbrauch um 20-30 % zu senken. Der Vorschlag enthält auch Personalkosten, die erforderlich sind, um aktuelle Dienste und Funktionen auf neue Server zu migrieren und sie in Produktionsaufgaben umzusetzen. Schließlich umfasst es die Erfassung von zwei Servern für die Übertragung von Daten an Mitarbeiter. Kurz gesagt, der Ausbau der IT-Ausrüstung von CNAG-CRG in den kommenden Jahren ist von entscheidender Bedeutung, um die Produktivität zu steigern und sie an die Kapazität neuer Sequenzer anzupassen, die Betriebseffizienz zu verbessern und die Wartungs- und Stromkosten zu senken. Zusammen mit dem Kauf neuer Sequenzierungsanlagen wird CNAG-CRG als wichtigste Infrastruktur in Genomics im Land und eines der leistungsstärksten Zentren Europas in diesem Bereich konsolidieren. (German)
10 December 2021
0 references
Het Nationaal Centrum voor Genomic Analyse (CNAG-CRG) is een van de Europese centra met de hoogste nucleïnezuursequentiecapaciteit. Het heeft momenteel een platform met 7 tweede generatie DNA sequencers en 3 nanopore sequencing apparatuur, geschikt voor het produceren van een totaal van meer dan 1.000 Gb van sequentie elke 24 uur. In 2018 en 2019 is het de bedoeling om de oudste sequencingapparatuur te vernieuwen en een nieuwe, krachtigere apparatuur van de derde generatie aan te schaffen, en daartoe is medefinanciering van het project ICTS-2017-04-CRG beschikbaar van de oproep van 2016 tot het indienen van voorstellen voor ICTS (Singular Scientific and Technical Infrastructures). De nieuwe reeks instrumenten zal in staat zijn om meer dan 6.000 Gb sequentie per dag te genereren. Om al deze sequencinggegevens te kunnen opslaan en analyseren, beschikt de CNAG-CRG over een krachtig gegevensverwerkingscentrum (CPD), met communicatiesystemen met een hoge bandbreedte (56 Gb per seconde), een netwerkgekoppeld dataopslagsysteem (3 PB-netten), een tapeopslagsysteem (3 PB) en servers met verschillende functionaliteiten met 3,472 computerkernen, waaronder dedicated servers voor RDConnect (platform voor het beheren van klinische en genomische gegevens bij zeldzame ziekten) en 4DGenome (platform voor het analyseren van chromatine interacties). Dit project stelt een reeks acties voor om de prestaties van de operaties van de supercomputerteams van de CNAG-CRG te verbeteren en te actualiseren: — Maatregelen voor de hervorming van PCD, waaronder verscheidene werkzaamheden ter verbetering van de toegangszekerheid en de energie-efficiëntie. Investeringen om nieuwe kerncommunicatieapparatuur, opslagknooppunten en computerknooppunten te kopen. De belangrijkste investeringen zullen worden gedaan in twee fasen, in de jaren 2019 en 2022. De geplande overnames voor 2019 zullen zorgen voor een krachtig cluster met tweemaal zoveel computerkernen (in totaal >5500) en 4 keer meer rekencapaciteit (ongeveer 350 Tflops in totaal), evenals opslagschijven met tweemaal de prestaties van de huidige (New Generation Netapp of vergelijkbaar, 24 GB/sc) en een totaal van 3,8 PB. Geschat wordt dat nieuwe apparatuur het energieverbruik met 20-30 % zal helpen verminderen. Het voorstel omvat ook personeelskosten die nodig zijn om de huidige diensten en functies naar nieuwe servers te migreren en deze in productietaken uit te voeren. Ten slotte omvat het de verwerving van twee servers voor de overdracht van gegevens aan medewerkers. Kortom, de uitbreiding van CNAG-CRG IT-apparatuur in de komende jaren is essentieel om de productiviteit te verhogen en deze aan te passen aan de capaciteit van nieuwe sequencers, de operationele efficiëntie te verbeteren en de onderhoudskosten en de elektriciteitskosten te verlagen. Samen met de aankoop van nieuwe sequencing apparatuur, zal het CNAG-CRG consolideren als de belangrijkste infrastructuur in Genomics in het land en een van de krachtigste centra in Europa in dit gebied. (Dutch)
17 December 2021
0 references
Il Centro Nazionale di Analisi Genomica (CNAG-CRG) è uno dei centri europei con la più alta capacità di sequenziamento dell'acido nucleico. Attualmente ha una piattaforma con 7 sequenziatori di DNA di seconda generazione e 3 apparecchiature di sequenziamento nanopore, in grado di produrre un totale di oltre 1.000 Gb di sequenza ogni 24 ore. Nel corso del 2018 e del 2019, è previsto il rinnovo delle più antiche apparecchiature di sequenziamento e l'acquisto di una nuova, più potente apparecchiatura di terza generazione, e a tal fine è disponibile il cofinanziamento del progetto ICTS-2017-04-CRG, dell'invito 2016 per l'ICTS (Singular Scientific and Technical Infrastructures). Il nuovo set di strumenti sarà in grado di generare più di 6.000 Gb di sequenza al giorno. Per poter memorizzare e analizzare tutti questi dati di sequenziamento, il CNAG-CRG dispone di un potente centro di elaborazione dati (CPD), con sistemi di comunicazione ad alta larghezza di banda (56 Gb al secondo), un sistema di archiviazione dati connesso in rete (3 reti PB), un sistema di archiviazione su nastro (3 PB) e server con varie funzionalità con 3.472 core di calcolo, tra cui server dedicati per RDConnect (piattaforma per la gestione dei dati clinici e genomici nelle malattie rare) e 4DGenome (piattaforma per l'analisi delle interazioni cromatina). Il progetto propone una serie di azioni per migliorare e aggiornare le prestazioni delle attività dei team di supercalcolo CNAG-CRG: — Azioni di riforma della CPS, tra cui diverse attività volte a migliorare la sicurezza dell'accesso e l'efficienza energetica. — Investimenti per l'acquisto di nuove attrezzature di comunicazione di base, nodi di stoccaggio e nodi informatici. Gli investimenti più importanti saranno effettuati in due fasi, negli anni 2019 e 2022. Le acquisizioni previste per il 2019 consentiranno un potente cluster con un numero doppio di core di calcolo (in totale >5500) e 4 volte più capacità di calcolo (circa 350 Tflop in totale), nonché dischi di archiviazione con il doppio delle prestazioni di quelli attuali (New Generation Netapp o simili, 24 GB/sc) e un totale di 3,8 PB. Si stima che le nuove attrezzature contribuiranno a ridurre il consumo energetico del 20-30 %. La proposta comprende anche i costi del personale necessari per migrare i servizi e le funzioni correnti verso nuovi server e per attuarli nelle attività di produzione. Infine, comprende l'acquisizione di due server per il trasferimento dei dati a collaboratori. In breve, l'espansione delle apparecchiature informatiche CNAG-CRG nei prossimi anni è essenziale per aumentare la produttività e adattarla alla capacità dei nuovi sequenziatori, migliorare l'efficienza operativa e ridurre i costi di manutenzione ed elettricità. Insieme all'acquisto di nuove attrezzature di sequenziamento, consoliderà CNAG-CRG come principale infrastruttura della Genomica del Paese e uno dei centri più potenti d'Europa in questo settore. (Italian)
16 January 2022
0 references
Το Εθνικό Κέντρο Γονιδιωματικής Ανάλυσης (CNAG-CRG) είναι ένα από τα κορυφαία ευρωπαϊκά κέντρα όσον αφορά την ικανότητα αλληλουχίας νουκλεϊνικού οξέος. Η πλατφόρμα διαχειρίζεται επί του παρόντος 7 όργανα αλληλουχίας DNA δεύτερης γενιάς και 3 όργανα αλληλουχίας βάσει νανοπορείας, τα οποία μπορούν να παράγουν περισσότερα από 1.000 Gb αλληλουχίας κάθε 24 ώρες. Το σχέδιο για το 2018 και το 2019 είναι να υποκαταστήσουν τους ακολουθητές δεύτερης γενιάς που αγοράστηκαν το 2010-2011 και να αγοράσουν έναν ακολουθητή τρίτης γενιάς μεγάλης κλίμακας. Η πράξη θα συγχρηματοδοτηθεί με το έργο ICTS-2017-04-CRG-2 που απονεμήθηκε στην πρόσκληση υποβολής προτάσεων του 2016 για το Convenios ICTS (Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares). Το νέο πάρκο αλληλουχίας θα παράγει πάνω από 6.000 Gb αλληλουχίας δεδομένων κάθε μέρα. Η λειτουργία προσδιορισμού αλληλουχίας υποστηρίζεται από μια εκτεταμένη εγκατάσταση ανάλυσης και βάσης δεδομένων (CPD), με ένα εσωτερικό δίκτυο 56 Gb/s InfiniBand, 3,5 petabyte (PB) αποθήκευσης δεδομένων υψηλής απόδοσης σε δίσκο και 3 PB σε ταινίες και πάνω από 3.472 πυρήνες υπολογιστών, συμπεριλαμβανομένων δύο εξυπηρετητών που είναι αφιερωμένοι στο έργο RDConnect (κλινική και γονιδιωματική ανάλυση για σπάνιες ασθένειες) και το έργο 4Dgenome (πλατφόρμα για την ανάλυση αλληλεπίδρασης χρωματίνης). Στην παρούσα πρόταση, συμπεριλαμβάνουμε διάφορες δράσεις για τη βελτίωση των επιδόσεων των λειτουργιών υπολογιστικής υποδομής CNAG-CRG: — Δράσεις ανακαίνισης της CPD, συμπεριλαμβανομένων των εργασιών για τη βελτίωση της ασφάλειας πρόσβασης και της ενεργειακής απόδοσης. — Προμήθεια εξοπλισμού δικτύωσης κέντρων δεδομένων και κόμβων αποθήκευσης και υπολογιστών. Οι επενδύσεις θα πραγματοποιηθούν σε δύο φάσεις, το 2019 και το 2022. Οι αγορές που έχουν προγραμματιστεί για το 2019 θα παρέχουν στην τρέχουσα συστάδα διπλάσιους υπολογιστικούς κόμβους (>5.700 συνολικά) και τετραπλάσια υπολογιστική ικανότητα (360 Tflops συνολικά), καθώς και δίσκους αποθήκευσης που έχουν διπλάσια χωρητικότητα και την αποτελεσματικότητα της τρέχουσας εγκατάστασης (New Generation Netapp o παρόμοια, με 24 GB/sc) και συνολικά 4 PB. Εκτιμούμε ότι η νέα διαμόρφωση θα μειώσει την κατανάλωση ενέργειας κατά 20-30 %. Η πρόταση περιλαμβάνει επίσης την απόκτηση δύο εξυπηρετητών για τη μεταφορά δεδομένων από τους χρήστες. Εν ολίγοις, οι βελτιώσεις και οι επεκτάσεις της υπολογιστικής υποδομής CNAG-CRG κατά τα επόμενα έτη είναι απαραίτητες για την αύξηση της παραγωγικότητας για την αντιμετώπιση της υψηλότερης δυναμικότητας των νέων οργάνων παραγωγής γονιδιωματικών δεδομένων, την αύξηση της αποδοτικότητας των υπολογιστικών λειτουργιών και τη μείωση του κόστους συντήρησης και ηλεκτρικής ενέργειας. Μαζί με την επίταξη των πλέον προηγμένων μέσων αλληλουχίας, θα εδραιώσει το CNAG-CRG ως την πρώτη εθνική υποδομή Genomics και ένα από τα κορυφαία κέντρα στην Ευρώπη σε αυτόν τον τομέα. (Greek)
18 August 2022
0 references
National Center for Genomisk Analyse (CNAG-CRG) er et af de bedste europæiske centre med hensyn til nukleinsyres sekventeringskapacitet. Platformen administrerer i øjeblikket 7 andengenerations DNA-sekvensinstrumenter og 3 nanoporebaserede sekventeringsinstrumenter, der kan producere mere end 1.000 Gb sekvens hver 24. time. Planen for 2018 og 2019 er at erstatte 2. generations sequencers købt i 2010-2011 og købe en stor skala 3. generation sequencer. Operationen vil blive samfinansieret med projektet ICTS-2017-04-CRG-2, der blev tildelt i forbindelse med indkaldelsen i 2016 for Convenios ICTS (Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares). Den nye sekventering park vil generere mere end 6,000 GB sekventering data hver dag. Sekventeringsoperationen understøttes af en omfattende analyse- og databasisfacilitet (CPD) med et internt 56 Gb/s InfiniBand-netværk, 3,5 petabyte (PB) med højtydende datalagring på disken og 3 PB på bånd og over 3.472 computerkerner, herunder to servere dedikeret til RDConnect-projektet (klinisk og genomisk analyse plataform for sjældne sygdomme) og 4Dgenome-projektet (plataform til chromatininteraktionsanalyse). I dette forslag omfatter vi en række foranstaltninger til forbedring af CNAG-CRG's databehandlingsinfrastrukturoperationer: — Renovering af byggevaredirektivet, herunder arbejder med henblik på at forbedre adgangssikkerhed og energieffektivitet. — Adquisition af datacenter netværksudstyr, og lagring og databehandling knudepunkter. Investeringerne vil blive gennemført i to faser i 2019 og 2022. De planlagte indkøb i 2019 vil give den nuværende klynge dobbelt så mange computerknuder (>5 700 i alt) og fire gange mere databehandlingskapacitet (360 tflops i alt) samt lagerdiske, der har dobbelt så stor kapacitet og effektivitet som den nuværende opsætning (New Generation Netapp o lignende, med 24 GB/sc) og i alt 4 PB. Vi anslår, at den nye konfiguration vil reducere energiforbruget med 20-30 %. Forslaget indeholder også krav om to servere til overførsel af brugerdata. Sammenfattende er forbedringer og udvidelser af CNAG-CRG's databehandlingsinfrastruktur i de kommende år afgørende for at øge produktiviteten for at klare den højere kapacitet i de nye genomiske datagenereringsinstrumenter, øge effektiviteten af databehandlingen og reducere vedligeholdelses- og elomkostningerne. Sammen med adquisitionen af state-of-the-art sekventering instrumenter, vil det konsolidere CNAG-CRG som den første Genomics nationale infrastruktur og et af de øverste centre i Europa på dette område. (Danish)
18 August 2022
0 references
National Center for Genomic Analysis (CNAG-CRG) on yksi Euroopan huippukeskuksista nukleiinihapon sekvensointikapasiteetin osalta. Alustalla hallitaan tällä hetkellä 7 toisen sukupolven DNA-sekvensointilaitetta ja 3 nanopore-pohjaista sekvensointilaitetta, jotka voivat tuottaa yli 1 000 Gb sekvenssiä 24 tunnin välein. Vuosina 2018 ja 2019 on tarkoitus korvata vuosina 2010–2011 ostetut toisen sukupolven sekvensserit ja ostaa yksi suuren mittakaavan kolmannen sukupolven sekvensseri. Toimelle myönnetään yhteisrahoitusta vuonna 2016 julkaistussa Convenios ICTS:n (Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares) hankkeessa ICTS-2017–04-CRG-2. Uusi sekvensointipuisto tuottaa yli 6 000 Gb sekvensointidataa päivittäin. Sekvensointia tukee laaja analyysi- ja databasing-laitos (CPD), jossa on sisäinen 56 Gb/s InfiniBand-verkko, 3,5 petatavua (PB) korkean suorituskyvyn datatallennuslevylle ja 3 PB nauhalle ja yli 3 472 tietokoneydintä, joista kaksi on omistettu RDConnect-hankkeelle (kliininen ja genomianalyysi plataformille harvinaisille sairauksille) ja 4Dgenome-projektille (kromatiinin vuorovaikutusanalyysin alusta). Tähän ehdotukseen sisältyy useita toimia, joilla parannetaan CNAG-CRG:n laskentainfrastruktuuritoimintojen suorituskykyä: — Rakennustuotedirektiivin peruskorjaustoimet, mukaan lukien käyttövarmuuden ja energiatehokkuuden parantamiseen tähtäävät työt. — Adquisition tietokeskuksen verkkolaitteet, ja tallennus- ja laskenta solmut. Investoinnit tehdään kahdessa vaiheessa, vuosina 2019 ja 2022. Vuodelle 2019 suunnitellut hankinnat tarjoavat nykyiselle klusterille kaksi kertaa niin monta laskentasolmua (yhteensä >5 700) ja neljä kertaa enemmän laskentakapasiteettia (yhteensä 360 Tflopsia) sekä tallennuslevyjä, joiden kapasiteetti ja tehokkuus ovat kaksinkertaiset nykyiseen rakenteeseen verrattuna (New Generation Netapp o similar, 24 GB/sc) ja yhteensä 4 PB. Arvioimme, että uusi kokoonpano vähentää energiankulutusta 20–30 %. Ehdotus sisältää myös kaksi palvelinta käyttäjätietojen siirtoa varten. Yhteenvetona voidaan todeta, että CNAG-CRG-laskentainfrastruktuurin parantaminen ja laajentaminen tulevina vuosina on olennaisen tärkeää tuottavuuden lisäämiseksi, jotta voidaan selviytyä uusien genomisten tiedontuotantovälineiden suuremmasta kapasiteetista, lisätä laskentatoimintojen tehokkuutta ja vähentää ylläpito- ja sähkökustannuksia. Yhdessä huipputason sekvensointivälineiden kanssa se lujittaa CNAG-CRG:tä ensimmäisenä genomin kansallisena infrastruktuurina ja yhtenä Euroopan parhaista keskuksista tällä alalla. (Finnish)
18 August 2022
0 references
Iċ-Ċentru Nazzjonali għall-Analiżi Ġenomika (CNAG-CRG) huwa wieħed mill-ogħla ċentri Ewropej f’termini ta ‘kapaċità ta’ sekwenzar ta ‘aċidu nuklejku. Il-pjattaforma bħalissa tamministra 7 strumenti ta’ sekwenzar tad-DNA tat-tieni ġenerazzjoni u 3 strumenti ta’ sekwenza bbażati fuq in-nanopori, li jistgħu jipproduċu aktar minn 1.000 Gb ta’ sekwenza kull 24 siegħa. Il-pjan għall-2018 u l-2019 huwa li jissustitwixxu s-sekwenzi tat-tieni ġenerazzjoni mixtrija fl-2010–2011 u jixtru sekwatur wieħed fuq skala kbira tat-tielet ġenerazzjoni. L-operazzjoni se tkun kofinanzjata mal-proġett ICTS-2017–04-CRG-2 mogħti fis-sejħa tal-2016 għal Convenios ICTS (Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares). Il-park ta’ sekwenzar il-ġdid se jiġġenera kuljum aktar minn 6.000 Gb ta’ data ta’ sekwenzjar. L-operazzjoni ta’ sekwenzar hija appoġġata minn analiżi estensiva u faċilità ta’ analiżi tad-data (CPD), b’netwerk intern ta’ 56 Gb/s InfiniBand, 3.5 petabyte (PB) ta’ ħażna ta’ data ta’ prestazzjoni għolja fuq diska u 3 PB fuq tejps u aktar minn 3,472 nukleu ta’ informatika, inklużi żewġ servers iddedikati għall-proġett RDConnect (plataform ta’ analiżi klinika u ġenomika għal mard rari) u l-proġett 4Dgenome (pjattaforma għall-analiżi ta’ interazzjoni tal-kromati). F’din il-proposta, aħna ninkludu diversi azzjonijiet biex titjieb il-prestazzjoni tal-operazzjonijiet tal-infrastruttura tal-informatika tas-CNAG-CRG: — Azzjonijiet ta’ rinnovazzjoni tas-CPD, inklużi xogħlijiet għat-titjib tas-sigurtà tal-aċċess u l-effiċjenza fl-enerġija. — Adquisition ta ‘tagħmir ta’ netwerking ċentru tad-data, u l-ħażna u l-computing nodes. L-investimenti se jsiru f’żewġ fażijiet, fl-2019 u fl-2022. Ix-xiri ppjanat għall-2019 se jipprovdi lir-raggruppament attwali d-doppju tan-nodi tal-computing (total ta’ >5.700) u erba’ darbiet aktar kapaċità tal-informatika (360 Tflops b’kollox), kif ukoll diski tal-ħżin li għandhom id-doppju tal-kapaċità u l-effiċjenza tal-istabbiliment attwali (New Generation Netapp o simili, b’24 GB/sc) u total ta’ 4 PB. Aħna nistmaw li l-konfigurazzjoni l-ġdida se tnaqqas il-konsum tal-enerġija b’20–30 %. Il-proposta tinkludi wkoll l-aċċettazzjoni ta’ żewġ servers għat-trasferimenti tad-data tal-utenti. Fil-qosor, it-titjib u l-estensjonijiet tal-infrastruttura tal-informatika tas-CNAG-CRG fis-snin li ġejjin huma essenzjali biex tiżdied il-produttività biex tlaħħaq mal-kapaċità ogħla tal-istrumenti l-ġodda għall-ġenerazzjoni tad-dejta ġenomika, biex tiżdied l-effiċjenza tal-operazzjonijiet tal-informatika u biex jitnaqqsu l-ispejjeż tal-manutenzjoni u tal-elettriku. Flimkien mal-adquisition ta ‘strumenti ta’ sekwenzjar l-aktar avvanzati, se tikkonsolida CNAG-CRG bħala l-infrastruttura nazzjonali Ġenomika ewwel u wieħed mill-aqwa ċentri fl-Ewropa f’dan il-qasam. (Maltese)
18 August 2022
0 references
Nacionālais Genomikas analīzes centrs (CNAG-CRG) ir viens no labākajiem Eiropas centriem nukleīnskābes sekvencēšanas jaudas ziņā. Platforma pašlaik pārvalda 7 otrās paaudzes DNS sekvencēšanas instrumentus un 3 nanoporu sekvencēšanas instrumentus, kas ik pēc 24 stundām var radīt vairāk nekā 1000 Gb secības. 2018. un 2019. gada plāns ir aizstāt otrās paaudzes sekvencētājus, kas iegādāti 2010.–2011. gadā, un iegādāties vienu liela mēroga trešās paaudzes sekvencētāju. Operācija tiks līdzfinansēta ar projektu ICTS-2017–04-CRG-2, kas piešķirts 2016. gada konkursā Convenios ICTS (Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares). Jaunais sekvencēšanas parks katru dienu ģenerēs vairāk nekā 6.000 Gb sekvencēšanas datus. Sekvencēšanas darbību atbalsta plaša analīzes un datu bāzes iekārta (CPD), kurā darbojas iekšējais 56 Gb/s InfiniBand tīkls, 3,5 petabaits (PB) augstas veiktspējas datu glabāšanai diskā un 3 PB uz lentēm un vairāk nekā 3472 skaitļošanas kodoliem, tostarp divi serveri, kas paredzēti RDConnect projektam (klīnikas un genomiskās analīzes plataforma retām slimībām) un 4Dgenome projekts (plataforma hromatīna mijiedarbības analīzei). Šajā priekšlikumā mēs iekļaujam vairākus pasākumus, lai uzlabotu CNAG-CRG skaitļošanas infrastruktūras darbību rezultātus: — CPD renovācijas pasākumi, tostarp darbi, lai uzlabotu piekļuves drošību un energoefektivitāti. — Datu centra tīkla iekārtu un uzglabāšanas un skaitļošanas mezglu konsultēšana. Investīcijas tiks veiktas divos posmos — 2019. un 2022. gadā. 2019. gadā plānotie pirkumi nodrošinās pašreizējo kopu ar divkāršu skaitu skaitļošanas mezglu (kopā > 5 700) un četras reizes lielāku skaitļošanas jaudu (360 Tflops kopā), kā arī glabāšanas diskiem, kuru jauda un efektivitāte ir divreiz lielāka (jaunās paaudzes Netapp o līdzīgs, ar 24 GB/sc) un kopā 4 PB. Mēs lēšam, ka jaunā konfigurācija samazinās enerģijas patēriņu par 20–30 %. Priekšlikumā ir iekļauta arī divu serveru lietotāju datu pārsūtīšanas iespēja. Kopumā CNAG-CRG skaitļošanas infrastruktūras uzlabojumi un paplašinājumi nākamajos gados ir būtiski, lai palielinātu produktivitāti un tiktu galā ar jauno genomisko datu ģenerēšanas instrumentu lielāku jaudu, palielinātu skaitļošanas darbību efektivitāti un samazinātu uzturēšanas un elektroenerģijas izmaksas. Līdztekus moderno sekvencēšanas instrumentu konsultēšanai tā konsolidēs CNAG-CRG kā pirmo Genomikas nacionālo infrastruktūru un vienu no top centriem Eiropā šajā jomā. (Latvian)
18 August 2022
0 references
Národné centrum pre genetickú analýzu (CNAG-CRG) je jedným z najlepších európskych centier, pokiaľ ide o sekvenčnú kapacitu nukleovej kyseliny. Platforma v súčasnosti spravuje 7 sekvenčných nástrojov DNA druhej generácie a 3 sekvenčné nástroje založené na nanopóroch, ktoré dokážu produkovať viac ako 1000 Gb sekvencií každých 24 hodín. V pláne na roky 2018 a 2019 je substitúcia sekvencerov 2. generácie zakúpených v rokoch 2010 – 2011 a nákup jedného veľkého sekvencera 3. generácie. Operácia bude spolufinancovaná projektom ICTS-2017 – 04-CRG-2, ktorý bol udelený vo výzve na predkladanie ponúk Convenios ICTS (Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares). Nový sekvenčný park vygeneruje každý deň viac ako 6 000 Gb sekvenčných dát. Sekvenčná operácia je podporovaná rozsiahlym analytickým a dátovým zariadením (CPD) s internou sieťou 56 Gb/s InfiniBand, 3,5 petabajtom (PB) vysokovýkonného ukladania dát na disku a 3 PB na páskach a viac ako 3 472 jadrami výpočtovej techniky vrátane dvoch serverov určených pre projekt RDConnect (klinická a genomická analýza plataformy pre zriedkavé choroby) a projektu 4Dgenome (plataforma pre analýzu chromatínových interakcií). V tomto návrhu uvádzame niekoľko opatrení na zlepšenie výkonnosti operácií výpočtovej infraštruktúry CNAG-CRG: — Opatrenia na obnovu smernice o stavebných výrobkoch vrátane prác na zlepšení bezpečnosti prístupu a energetickej efektívnosti. — Adkvizícia sieťových zariadení dátových centier a úložných a výpočtových uzlov. Investície sa uskutočnia v dvoch fázach – v rokoch 2019 a 2022. Nákupy plánované na rok 2019 poskytnú súčasnému zoskupeniu dvojnásobok výpočtových uzlov (spolu> 5 700) a štvornásobne vyššiu výpočtovú kapacitu (360 Tflops spolu), ako aj pamäťové disky, ktoré majú dvojnásobok kapacity a efektívnosti súčasného nastavenia (netapp novej generácie s 24 GB/sc) a celkovo 4 PB. Odhadujeme, že nová konfigurácia zníži spotrebu energie o 20 – 30 %. Návrh zahŕňa aj doplnenie dvoch serverov na prenos údajov používateľov. Stručne povedané, zlepšenia a rozšírenia výpočtovej infraštruktúry CNAG-CRG v nasledujúcich rokoch sú nevyhnutné na zvýšenie produktivity s cieľom zvládnuť vyššiu kapacitu nových nástrojov na tvorbu genomických údajov, zvýšiť efektívnosť výpočtovej prevádzky a znížiť náklady na údržbu a elektrickú energiu. Spolu s prijatím najmodernejších sekvenčných nástrojov konsoliduje CNAG-CRG ako prvú národnú infraštruktúru Genomics a jedno z najlepších centier v Európe v tejto oblasti. (Slovak)
18 August 2022
0 references
Tá an Lárionad Náisiúnta um Anailís Géanómaíoch (CNAG-CRG) ar cheann de na hionaid is fearr san Eoraip ó thaobh acmhainn seicheamhaithe aigéid núicléasaigh. Faoi láthair bainistíonn an t-ardán ionstraimí seicheamhaithe DNA 7 dara glúin agus 3 ionstraim seicheamhaithe nanapore-bhunaithe, ar féidir leo níos mó ná 1.000 Gb de sheicheamh a tháirgeadh gach 24 uair an chloig. Is é an plean do 2018 agus 2019 ná substiture a dhéanamh ar sheicheamhóirí 2a glúin a ceannaíodh i 2010-2011 agus ceann amháin ar scála mór 3ú sraith glúine a cheannach. Déanfar an oibríocht a chómhaoiniú le tionscadal ICTS-2017-04-CRG-2 a bronnadh i nglao 2016 ar ICTS Convenios (Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares). Ginfidh an pháirc seicheamhaithe nua níos mó ná 6.000 Gb de shonraí seicheamhaithe gach lá. Tacaítear leis an oibríocht sheicheamhaithe le saoráid chuimsitheach anailíse agus sonraíochta (CPD), le líonra inmheánach 56 Gb/s InfiniBand, 3.5 petabyte (PB) de stóráil sonraí ardfheidhmíochta ar dhiosca agus 3 PB ar théipeanna agus os cionn 3,472 croíleacán ríomhaireachta, lena n-áirítear dhá fhreastalaí atá tiomnaithe do thionscadal RDConnect (plataform anailíse clinic agus géanómaíoch do ghalair neamhchoitianta) agus tionscadal 4Dgenome (ardán le haghaidh anailís idirghníomhaíochta chromatin). Sa togra seo, áirítear roinnt gníomhaíochtaí chun feabhas a chur ar fheidhmíocht oibríochtaí bonneagair ríomhaireachta CNAG-CRG: — Gníomhaíochtaí athchóirithe forbartha inbhuanaithe, lena n-áirítear oibreacha chun feabhas a chur ar shlándáil rochtana agus ar éifeachtúlacht fuinnimh. — Trealamh líonraithe ionad sonraí a fháil, agus nóid stórála agus ríomhaireachta. Déanfar infheistíochtaí in dhá chéim, in 2019 agus 2022. Leis na ceannacháin atá beartaithe le haghaidh 2019, cuirfear dhá oiread nóid ríomhaireachta (> 5.700 san iomlán) agus ceithre oiread toilleadh ríomhaireachta (360 Tflops san iomlán) ar fáil don bhraisle reatha, chomh maith le dioscaí stórála a bhfuil dhá oiread toilleadh agus éifeachtúlacht an bhunaithe reatha acu (Giniúint Nua Netapp o den chineál céanna, le 24 GB/sc) agus 4 PB san iomlán. Measaimid go laghdóidh an chumraíocht nua tomhaltas fuinnimh 20-30 %. Áirítear sa togra freisin dhá fhreastalaithe a fháil le haghaidh aistrithe sonraí úsáideoirí. Go hachomair, tá feabhsuithe agus síntí ar bhonneagar ríomhaireachta CNAG-CRG sna blianta atá le teacht ríthábhachtach chun táirgiúlacht a mhéadú chun dul i ngleic le hacmhainn níos airde na n-ionstraimí nua giniúna sonraí géanómaíocha, chun éifeachtúlacht na n-oibríochtaí ríomhaireachta a mhéadú agus chun na costais chothabhála agus leictreachais a laghdú. Chomh maith le hionstraimí seicheamhaithe úrscothacha a fháil, déanfaidh sé CNAG-CRG a chomhdhlúthú mar an chéad bhonneagar náisiúnta Géanómaíochta agus ceann de na hionaid is fearr san Eoraip sa réimse seo. (Irish)
18 August 2022
0 references
Národní centrum pro genomickou analýzu (CNAG-CRG) je jedním z nejlepších evropských center z hlediska sekvenování nukleových kyselin. Platforma v současné době spravuje 7 nástrojů pro sekvenování DNA druhé generace a 3 sekvencovací nástroje založené na nanoporech, které mohou každých 24 hodin produkovat více než 1000 Gb sekvence. Plán na roky 2018 a 2019 je nahradit sekvencery druhé generace zakoupené v letech 2010–2011 a koupit jeden velký sekvencer 3. generace. Operace bude spolufinancována s projektem ICTS-2017–04-CRG-2 uděleným v rámci výzvy pro Convenios ICTS (Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares) z roku 2016. Nový sekvenační park generuje každý den více než 6.000 Gb sekvenačních dat. Sekvenování je podporováno rozsáhlým analytickým a databázovým zařízením (CPD), s interní sítí 56 Gb/s InfiniBand, 3,5 petabytem (PB) vysoce výkonným úložištěm dat na disku a 3 PB na páskách a více než 3 472 jádry výpočetní techniky, včetně dvou serverů věnovaných projektu RDConnect (klinické a genomické analytické plataformy pro vzácná onemocnění) a projektu 4Dgenomu (plata pro analýzu chromatinové interakce). Do tohoto návrhu zahrnujeme několik opatření ke zlepšení výkonnosti provozu počítačové infrastruktury CNAG-CRG: — Opatření v oblasti renovace CPD, včetně prací na zlepšení zabezpečení přístupu a energetické účinnosti. — Získávání síťových zařízení datových center a úložných a výpočetních uzlů. Investice budou prováděny ve dvou fázích, v letech 2019 a 2022. Nákupy plánované na rok 2019 poskytnou současnému clusteru dvojnásobek výpočetních uzlů (>5.700 celkem) a čtyřikrát vyšší výpočetní kapacitu (celkem 360 Tflopů), jakož i paměťové disky, které mají dvojnásobnou kapacitu a účinnost stávajícího nastavení (Nová generace Netapp o podobně, s 24 GB/sc) a celkem 4 PB. Odhadujeme, že nová konfigurace sníží spotřebu energie o 20–30 %. Návrh rovněž zahrnuje pořízení dvou serverů pro přenos dat uživatelů. Stručně řečeno, zlepšení a rozšíření výpočetní infrastruktury CNAG-CRG v příštích letech jsou zásadní pro zvýšení produktivity, aby se vyrovnala s vyšší kapacitou nových nástrojů pro generování genomických dat, pro zvýšení účinnosti výpočetních operací a pro snížení nákladů na údržbu a elektřinu. Spolu s nabýváním nejmodernějších sekvenačních nástrojů konsoliduje CNAG-CRG jako první národní infrastrukturu Genomics a jedno z nejlepších center v Evropě v této oblasti. (Czech)
18 August 2022
0 references
O Centro Nacional de Análise Genómica (CNAG-CRG) é um dos principais centros europeus em termos de capacidade de sequenciação de ácidos nucleicos. Atualmente, a plataforma gere 7 instrumentos de sequenciação de ADN de segunda geração e 3 instrumentos de sequenciação baseados em nanoporos, que podem produzir mais de 1.000 Gb de sequência a cada 24 horas. O plano para 2018 e 2019 é substituir os sequenciadores de segunda geração comprados em 2010-2011 e comprar um sequenciador de terceira geração em grande escala. A operação será cofinanciada com o projeto ICTS-2017-04-CRG-2 atribuído no convite à apresentação de propostas de 2016 para Convenios ICTS (Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares). O novo parque de sequenciação irá gerar mais de 6000 Gb de dados de sequenciação todos os dias. A operação de sequenciação é apoiada por uma extensa instalação de análise e base de dados (CPD), com uma rede interna InfiniBand de 56 Gb/s, 3,5 petabytes (PB) de armazenamento de dados de alto desempenho em disco e 3 PB em fitas e mais de 3472 núcleos de computação, incluindo dois servidores dedicados ao projeto RDConnect (plataforma de análise clínica e genómica para doenças raras) e ao projeto 4Dgenome (plataforma para análise da interação cromatina). Nesta proposta, incluímos várias ações para melhorar o desempenho das operações da infraestrutura informática CNAG-CRG: - Ações de renovação de DPC, incluindo obras para melhorar a segurança do acesso e a eficiência energética. - Aquisição de equipamento de rede de centros de dados e de nós de armazenamento e computação. Os investimentos serão realizados em duas fases, em 2019 e 2022. As aquisições previstas para 2019 dotarão o cluster atual de duas vezes mais nós de computação (>5 700 no total) e quatro vezes mais capacidade de computação (360 Tflops no total), bem como de discos de armazenamento que têm o dobro da capacidade e da eficiência da configuração atual (New Generation Netapp o similar, com 24 GB/sc) e um total de 4 PB. Estimamos que a nova configuração irá reduzir o consumo de energia em 20-30%. A proposta inclui igualmente a aquisição de dois servidores para a transferência de dados dos utilizadores. Em resumo, as melhorias e extensões da infraestrutura de computação CNAG-CRG nos próximos anos são essenciais para aumentar a produtividade, a fim de fazer face à maior capacidade dos novos instrumentos de geração de dados genómicos, aumentar a eficiência das operações de computação e diminuir os custos de manutenção e eletricidade. Juntamente com a aquisição de instrumentos de sequenciação de última geração, consolidará o CNAG-CRG como a primeira infraestrutura nacional da Genomics e um dos principais centros da Europa nesta área. (Portuguese)
18 August 2022
0 references
National Center for Genomic Analysis (CNAG-CRG) on üks parimaid Euroopa keskusi nukleiinhappe sekveneerimise võime. Platvorm haldab praegu 7 teise põlvkonna DNA sekveneerimise instrumente ja 3 nanopooripõhist sekveneerimise instrumenti, mis suudavad toota iga 24 tunni järel rohkem kui 1000 Gb järjestust. 2018. ja 2019. aastaks on kavas asendada aastatel 2010–2011 ostetud teise põlvkonna järjestused ja osta üks suuremahuline kolmanda põlvkonna järjehoidja. Operatsiooni kaasrahastatakse projektiga ICTS-2017–04-CRG-2, mis anti välja 2016. aasta konkursil Convenios ICTS (Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares). Uus järjestuspark genereerib iga päev rohkem kui 6000 Gb järjestamise andmeid. Järjestamist toetab ulatuslik analüüsi- ja andmebaas (CPD), mis koosneb sisemisest 56 Gb/s InfiniBandi võrgust, 3,5 petabaidist (PB), mis on varustatud suure jõudlusega andmesalvestusega kettale ja 3 PB lindidele ja üle 3472 südamikule, sealhulgas kahele serverile, mis on pühendatud RDConnecti projektile (haruldaste haiguste kliiniline ja genoomiline analüüsiplatvorm) ja 4Dgenome projektile (kromatiini koostoime analüüsi platvorm). Käesolevasse ettepanekusse on lisatud mitu meedet CNAG-CRG andmetöötlustaristu toimingute tulemuslikkuse parandamiseks: – Ehitustoodete direktiivi renoveerimismeetmed, sealhulgas tööd juurdepääsu turvalisuse ja energiatõhususe parandamiseks. – Omandades andmekeskuse võrguseadmed, ja ladustamise ja arvuti sõlmed. Investeeringud tehakse kahes etapis, 2019. ja 2022. aastal. 2019. aastaks kavandatud ostud pakuvad praegusele klastrile kaks korda rohkem andmetöötlussõlmi (kokku > 5 700) ja neli korda rohkem andmetöötlusvõimsust (kokku 360 Tflops), samuti salvestusketastid, millel on kaks korda suurem võimsus ja praeguse süsteemi tõhusus (uus põlvkond Netapp o sarnane, 24 GB/sc) ja kokku 4 PB. Meie hinnangul vähendab uus konfiguratsioon energiatarbimist 20–30 %. Ettepanek hõlmab ka kahe serveri soetamist kasutajate andmete edastamiseks. Kokkuvõttes on oluline parandada ja laiendada CNAG-CRG andmetöötlustaristut järgmistel aastatel, et suurendada tootlikkust, et tulla toime uute genoomiliste andmete tootmise vahendite suurema võimsusega, suurendada andmetöötlustoimingute tõhusust ning vähendada hooldus- ja elektrikulusid. Koos uusimate järjestamisvahendite omandamisega konsolideeritakse CNAG-CRG kui esimene genoomika riiklik infrastruktuur ja üks Euroopa tippkeskusi selles valdkonnas. (Estonian)
18 August 2022
0 references
A National Center for Genomic Analysis (CNAG-CRG) az egyik legjobb európai központ a nukleinsav szekvenálási kapacitás tekintetében. A platform jelenleg 7 második generációs DNS szekvenáló eszközt és 3 nanopore-alapú szekvenáló eszközt kezel, amelyek 24 óránként több mint 1000 Gb szekvenciát képesek előállítani. A 2018-re és 2019-re vonatkozó terv a 2010–2011-ben vásárolt 2. generációs szekvenciákat helyettesíti, és egy nagy léptékű, harmadik generációs szekvenciát vásárol. A művelet társfinanszírozása a Convenios ICTS (Infrastructuras Científicas y Técnicas Singulares) 2016. évi felhívásában odaítélt ICTS-2017–04-CRG-2 projekttel történik. Az új szekvenáló park naponta több mint 6.000 Gb szekvenálási adatot generál. A szekvenálási műveletet kiterjedt elemző és adatbázis-kezelő eszköz (CPD) támogatja, amely belső 56 Gb/s InfiniBand hálózattal, 3,5 petabájt (PB) lemezen nagy teljesítményű adattárolóval és 3 PB szalagon és több mint 3472 számítógépes maggal rendelkezik, beleértve az RDConnect projekthez (klinika és genomanalízis plataform a ritka betegségekhez) és a 4Dgenome projekthez rendelt két szervert (a kromatin interakciós elemzésére szolgáló tábla). Ebben a javaslatban a CNAG-CRG számítástechnikai infrastrukturális műveletek teljesítményének javítását célzó számos intézkedést foglalunk magukban: – A CPD felújítási intézkedései, beleértve a hozzáférés biztonságának és energiahatékonyságának javítását célzó munkálatokat is. – Adquisition adatközpont hálózati berendezések, valamint a tárolási és számítástechnikai csomópontok. A beruházásokra két szakaszban, 2019-ben és 2022-ben kerül sor. A 2019-re tervezett vásárlások a jelenlegi klaszter számára kétszer annyi számítástechnikai csomópontot (összesen > 5,700) és négyszer több számítástechnikai kapacitást (összesen 360 Tflop), valamint olyan tárolólemezeket biztosítanak, amelyek kétszer akkora kapacitással és hatékonysággal rendelkeznek, mint a jelenlegi rendszer (New Generation Netapp o hasonló, 24 GB/sc), és összesen 4 PB. Becsléseink szerint az új konfiguráció 20–30%-kal csökkenti az energiafogyasztást. A javaslat magában foglalja a felhasználói adatok továbbítására szolgáló két szerver hirdetését is. Összefoglalva, a CNAG-CRG számítástechnikai infrastruktúra következő években történő fejlesztése és bővítése alapvető fontosságú a termelékenység növelése érdekében, hogy megbirkózzanak az új genomikus adattermelő eszközök nagyobb kapacitásával, növeljék a számítástechnikai műveletek hatékonyságát, valamint csökkentsék a karbantartási és villamosenergia-költségeket. A legkorszerűbb szekvenálási eszközök hirdetésével együtt megszilárdítja a CNAG-CRG-t, mint az első Genomics nemzeti infrastruktúrát és az egyik legjobb európai központot ezen a területen. (Hungarian)
18 August 2022
0 references
Националният център за геномичен анализ (CNAG-CRG) е един от най-добрите европейски центрове по отношение на капацитета за секвениране на нуклеинова киселина. Понастоящем платформата управлява 7 второ поколение инструменти за секвениране на ДНК и 3 инструмента за секвениране на нанопори, които могат да произвеждат повече от 1000 Gb последователност на всеки 24 часа. Планът за 2018 г. и 2019 г. е да се заменят последователността от второ поколение, закупени през 2010—2011 г., и да се закупи едно широкомащабно 3-то поколение секвенатор. Операцията ще бъде съфинансирана с проект ICTS-2017—04-CRG-2, награден в поканата за 2016 г. за Convenios ICTS (Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares). Новият секвениращ парк ще генерира повече от 6000 Gb данни за секвениране всеки ден. Операцията по секвениране се подпомага от обширен анализ и база данни (CPD), с вътрешна 56 Gb/s InfiniBand мрежа, 3,5 петабайта (PB) съхранение на данни с висока производителност на диск и 3 PB на ленти и над 3 472 компютърни ядра, включително два сървъра, посветени на проекта RDConnect (платаформа за анализ на клинични и геномни анализи за редки заболявания) и проекта 4Dgenome (платформа за анализ на взаимодействието с хроматина). В настоящото предложение са включени няколко действия за подобряване на ефективността на операциите по изчислителната инфраструктура на CNAG-CRG: — Действия за саниране на ППР, включително дейности за подобряване на сигурността на достъпа и енергийната ефективност. — Придобиване на мрежово оборудване за центрове за данни, както и възли за съхранение и компютри. Инвестициите ще бъдат осъществени на два етапа — през 2019 г. и 2022 г. Покупките, планирани за 2019 г., ще осигурят на текущия клъстер два пъти повече изчислителни възли (общо>5 700) и четири пъти по-голям изчислителен капацитет (360 Tflops общо), както и дискове за съхранение, които имат два пъти по-голям капацитет и ефективност на текущата настройка (ново поколение Netapp o подобен, с 24 GB/sc) и общо 4 PB. Считаме, че новата конфигурация ще намали потреблението на енергия с 20—30 %. Предложението включва също така използването на два сървъра за прехвърляне на потребителски данни. В обобщение, подобренията и разширяването на изчислителната инфраструктура на CNAG-CRG през следващите години са от съществено значение за увеличаване на производителността за справяне с по-високия капацитет на новите инструменти за генериране на геномни данни, за повишаване на ефективността на компютърните операции и за намаляване на разходите за поддръжка и електроенергия. Наред с използването на най-съвременните инструменти за последователност, той ще консолидира CNAG-CRG като първата национална инфраструктура на Геномика и един от най-добрите центрове в Европа в тази област. (Bulgarian)
18 August 2022
0 references
Nacionalinis genominės analizės centras (CNAG-CRG) yra vienas iš geriausių Europos centrų pagal nukleino rūgšties sekos nustatymo pajėgumus. Šiuo metu platforma valdo 7 antrosios kartos DNR sekos nustatymo prietaisus ir 3 nanoporų sekos nustatymo prietaisus, kurie kas 24 valandas gali pagaminti daugiau nei 1000 Gb sekos. 2018 ir 2019 m. planuojama pakeisti 2010–2011 m. įsigytus antrosios kartos sekiklius ir įsigyti vieną didelio masto trečiosios kartos seką. Operacija bus bendrai finansuojama pagal projektą ICTS-2017–04-CRG-2, kuris buvo suteiktas 2016 m. kvietime teikti paraiškas Convenios ICTS (Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares). Nauja seka parkas sugeneruos daugiau nei 6.000 Gb sekos duomenis kiekvieną dieną. Sekos nustatymo operacija grindžiama išsamia analize ir duomenų baze (CPD) su vidiniu 56 Gb/s „InfiniBand“ tinklu, 3,5 petabaito (PB) didelio našumo duomenų saugojimo diske ir 3 PB juostose ir daugiau kaip 3 472 skaičiavimo šerdimis, įskaitant du serverius, skirtus RDConnect projektui (retų ligų klinikos ir genominės analizės platforma) ir 4Dgenome projektą (chromatino sąveikos analizės platforma). Į šį pasiūlymą įtraukti keli veiksmai, kuriais siekiama pagerinti CNAG-CRG kompiuterijos infrastruktūros veiklos rezultatus: SPD renovacijos veiksmai, įskaitant prieigos saugumo ir energijos vartojimo efektyvumo didinimo darbus. – Duomenų centro tinklų įrangos ir saugojimo bei skaičiavimo mazgų įgijimas. Investicijos bus vykdomos dviem etapais – 2019 ir 2022 m. 2019 m. planuojami pirkimai suteiks dabartinę grupę du kartus daugiau kompiuterinių mazgų (iš viso >5.700) ir keturis kartus daugiau skaičiavimo pajėgumų (iš viso 360 Tflops), taip pat atminties diskus, kurių pajėgumas ir efektyvumas yra dvigubai didesnis (naujos kartos Netapp o panašus, su 24 GB/sc) ir iš viso 4 PB. Mes apskaičiavome, kad dėl naujos konfigūracijos energijos suvartojimas sumažės 20–30 %. Pasiūlyme taip pat numatytas dviejų serverių, skirtų naudotojų duomenų perdavimui, įsigijimas. Apibendrinant, CNAG-CRG kompiuterijos infrastruktūros tobulinimas ir išplėtimas ateinančiais metais yra labai svarbus siekiant padidinti našumą, kad būtų galima susidoroti su didesniais naujų genominių duomenų generavimo priemonių pajėgumais, padidinti skaičiavimo operacijų efektyvumą ir sumažinti priežiūros bei elektros energijos sąnaudas. Kartu su moderniausių sekos nustatymo priemonių įsigijimu ji sustiprins CNAG-CRG kaip pirmąją Genomics nacionalinę infrastruktūrą ir vieną iš svarbiausių centrų Europoje šioje srityje. (Lithuanian)
18 August 2022
0 references
Nacionalni centar za genomsku analizu (CNAG-CRG) jedan je od najboljih europskih centara u smislu kapaciteta sekvenciranja nukleinske kiseline. Platforma trenutno upravlja 7 druge generacije instrumenata za sekvenciranje DNK i 3 nanopore-based sekvenciranje instrumenata, koji mogu proizvesti više od 1.000 Gb slijed svaka 24 sata. Plan za 2018. i 2019. godinu je podcijeniti sekvencere druge generacije kupljene u razdoblju 2010. – 2011. i kupiti jedan sekvencer treće generacije velikih razmjera. Operacija će se sufinancirati projektom ICTS-2017 – 04-CRG-2 koji je 2016. dodijeljen na natječaju za Convenios ICTS (Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares). Novi park sekvenciranja generirat će više od 6.000 Gb podataka sekvenciranja svaki dan. Operacija sekvenciranja podržana je opširnom analizom i bazom podataka (CPD), s internom mrežom 56 Gb/s InfiniBand, 3,5 petabajta (PB) za pohranu podataka visokih performansi na disku i 3 PB na vrpcama i preko 3 472 jezgre računalstva, uključujući dva poslužitelja posvećena projektu RDConnect (plataforma za analizu klinike i genomske analize za rijetke bolesti) i projekt 4Dgenome (platforma za analizu interakcije kromata). U ovaj prijedlog uključujemo nekoliko mjera za poboljšanje učinkovitosti operacija računalne infrastrukture CNAG-CRG-a: Mjere obnove CPD-a, uključujući radove na poboljšanju sigurnosti pristupa i energetske učinkovitosti. — Akvizicija opreme za umrežavanje podatkovnih centara i čvorova za pohranu i računalstvo. Ulaganja će se provesti u dvije faze, 2019. i 2022. Kupnje planirane za 2019. osigurat će trenutačnom klasteru dvostruko više računalnih čvorova (ukupno > 5.700) i četiri puta više računalnih kapaciteta (360 Tflops ukupno), kao i diskove za pohranu koji imaju dvostruko veći kapacitet i učinkovitost trenutno postavljenog (New Generation Netapp o sličan, s 24 GB/sc) i ukupno 4 PB. Procjenjujemo da će nova konfiguracija smanjiti potrošnju energije za 20 – 30 %. Prijedlog uključuje i adkviziciju dvaju poslužitelja za prijenos korisničkih podataka. Ukratko, poboljšanja i proširenja računalne infrastrukture CNAG-CRG-a u narednim godinama ključni su za povećanje produktivnosti kako bi se mogao nositi s većim kapacitetom novih genomskih instrumenata za generiranje podataka, povećati učinkovitost računalnih operacija i smanjiti troškove održavanja i električne energije. Uz adkviziciju najsuvremenijih instrumenata za sekvenciranje, objedinit će CNAG-CRG kao prvu nacionalnu infrastrukturu genomike i jedan od najboljih centara u Europi na ovom području. (Croatian)
18 August 2022
0 references
National Center for Genomic Analysis (CNAG-CRG) är en av de bästa europeiska centra när det gäller nukleinsyra sekvenseringskapacitet. Plattformen hanterar för närvarande 7 andra generationens DNA-sekvenseringsinstrument och 3 nanopore-baserade sekvenseringsinstrument, som kan producera mer än 1.000 Gb av sekvens var 24:e timme. Planen för 2018 och 2019 är att ersätta den andra generationens sekvenser som köptes 2010–2011 och köpa en storskalig tredje generationens sequencer. Insatsen kommer att samfinansieras med projektet ICTS-2017–04-CRG-2 som tilldelades 2016 års ansökningsomgång Convenios ICTS (Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares). Den nya sekvenseringsparken kommer att generera mer än 6.000 Gb sekvenseringsdata varje dag. Sekvenseringsoperationen stöds av en omfattande analys- och databasanläggning (CPD), med ett internt 56 Gb/s InfiniBand-nätverk, 3,5 petabyte (PB) av högpresterande datalagring på disk och 3 PB på band och över 3 472 datakärnor, inklusive två servrar avsedda för RDConnect-projektet (klinisk och genomisk analys plataform för sällsynta sjukdomar) och 4Dgenome-projektet (plattform för kromatininteraktionsanalys). I detta förslag omfattar vi flera åtgärder för att förbättra prestandan hos CNAG-CRG:s datorinfrastrukturverksamhet: — Renoveringsåtgärder för byggproduktdirektivet, inbegripet arbeten för att förbättra tillgängligheten och energieffektiviteten. — Rekrytering av nätverksutrustning för datacenter samt lagrings- och databehandlingsnoder. Investeringarna kommer att göras i två faser, under 2019 och 2022. Inköp som planeras för 2019 kommer att ge det nuvarande klustret dubbelt så många datanoder (> 5 700 totalt) och fyra gånger mer datorkapacitet (360 Tflops totalt), samt lagringsdiskar som har dubbelt så stor kapacitet och effektivitet som den nuvarande uppsättningen (New Generation Netapp o liknande, med 24 GB/sc) och totalt 4 PB. Vi uppskattar att den nya konfigurationen kommer att minska energiförbrukningen med 20–30 %. I förslaget ingår även inköp av två servrar för överföring av användardata. Sammanfattningsvis är förbättringarna och utbyggnaderna av CNAG-CRG-datorinfrastrukturen under de kommande åren avgörande för att öka produktiviteten för att hantera den högre kapaciteten hos de nya genomiska datagenereringsinstrumenten, för att öka effektiviteten i datorverksamheten och för att minska underhålls- och elkostnaderna. Tillsammans med införandet av toppmoderna sekvenseringsinstrument kommer CNAG-CRG att konsolidera CNAG-CRG som den första genomics nationella infrastrukturen och en av de främsta centra i Europa på detta område. (Swedish)
18 August 2022
0 references
Centrul Național de Analiză Genomică (CNAG-CRG) este unul dintre cele mai importante centre europene în ceea ce privește capacitatea de secvențiere a acizilor nucleici. Platforma gestionează în prezent instrumente de secvențiere ADN de a doua generație și 3 instrumente de secvențiere bazate pe nanopore, care pot produce mai mult de 1.000 Gb de secvență la fiecare 24 de ore. Planul pentru 2018 și 2019 este de a substitura secvențialele de a doua generație cumpărate în 2010-2011 și de a cumpăra un secvențiator de a treia generație la scară largă. Operațiunea va fi cofinanțată prin proiectul ICTS-2017-04-CRG-2 acordat în cadrul cererii de propuneri din 2016 pentru Convenios ICTS (Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares). Noul parc de secvențiere va genera în fiecare zi mai mult de 6.000 Gb de date de secvențiere. Operațiunea de secvențiere este susținută de o instalație extinsă de analiză și baze de date (CPD), cu o rețea internă de 56 Gb/s InfiniBand, 3,5 petabyte (PB) de stocare a datelor de înaltă performanță pe disc și 3 PB pe benzi și peste 3.472 de nuclee de calcul, inclusiv două servere dedicate proiectului RDConnect (plataformă de analiză clinică și genomică pentru boli rare) și proiectului 4Dgenome (plataformă pentru analiza interacțiunii cromatinei). În această propunere, includem mai multe acțiuni de îmbunătățire a performanței operațiunilor de infrastructură informatică CNAG-CRG: Acțiuni de renovare a DPC, inclusiv lucrări de îmbunătățire a securității accesului și a eficienței energetice. — Achiziționarea de echipamente de rețea de centre de date, precum și noduri de stocare și de calcul. Investițiile vor fi realizate în două etape, în 2019 și 2022. Achizițiile planificate pentru 2019 vor furniza clusterului actual de două ori mai multe noduri de calcul (>5700 în total) și de patru ori mai multă capacitate de calcul (360 Tflops în total), precum și discuri de stocare care au de două ori capacitatea și eficiența configurației actuale (New Generation Netapp o similar, cu 24 GB/sc) și un total de 4 PB. Estimăm că noua configurație va reduce consumul de energie cu 20-30 %. Propunerea include, de asemenea, achiziționarea a două servere pentru transferurile de date ale utilizatorilor. Pe scurt, îmbunătățirile și extinderile infrastructurii informatice CNAG-CRG în următorii ani sunt esențiale pentru creșterea productivității pentru a face față capacității mai mari a noilor instrumente de generare a datelor genomice, pentru a crește eficiența operațiunilor informatice și pentru a reduce costurile de întreținere și de energie electrică. Pe lângă achiziționarea de instrumente de secvențiere de ultimă generație, aceasta va consolida CNAG-CRG ca prima infrastructură națională genomică și unul dintre centrele de vârf din Europa în acest domeniu. (Romanian)
18 August 2022
0 references
Nacionalni center za genomsko analizo (CNAG-CRG) je eden najboljših evropskih centrov v smislu zmogljivosti sekvenciranja nukleinske kisline. Platforma trenutno upravlja 7 drugo generacijo instrumentov za sekvenciranje DNK in 3 instrumente za sekvenciranje na osnovi nanopore, ki lahko vsakih 24 ur proizvedejo več kot 1.000 Gb sekvenciranja. Načrt za leti 2018 in 2019 je zamenjava sekvencerjev druge generacije, kupljenih v obdobju 2010–2011, in nakup enega velikega sekvencerja tretje generacije. Operacija bo sofinancirana s projektom ICTS-2017–04-CRG-2, dodeljenim v razpisu za Convenios ICTS (Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares). Novi sekvenčni park bo vsak dan ustvaril več kot 6.000 Gb podatkov o zaporedju. Sekvenciranje je podprto z obsežno analizo in bazo podatkov (CPD), z notranjim omrežjem InfiniBand 56 Gb/s, 3,5 petabajta (PB) visokozmogljivostnega shranjevanja podatkov na disku in 3 PB na trakovih in več kot 3.472 jedri računalništva, vključno z dvema strežnikoma, namenjenima projektu RDConnect (klinika in genomska analiza plataforma za redke bolezni) in projekt 4Dgenome (platforma za analizo interakcij kromatina). V ta predlog je vključenih več ukrepov za izboljšanje uspešnosti operacij računalniške infrastrukture CNAG-CRG: — Ukrepi prenove CPD, vključno z deli za izboljšanje varnosti dostopa in energetske učinkovitosti. — Pridobitev opreme za mreženje podatkovnega centra in vozlišč za shranjevanje in računalništvo. Naložbe bodo izvedene v dveh fazah, in sicer v letih 2019 in 2022. Nakupi, načrtovani za leto 2019, bodo sedanji grozd zagotovili dvakrat več računalniških vozlišč (skupaj več kot 5,700) in štirikrat več računalniških zmogljivosti (360 Tflops skupaj), pa tudi pomnilniške diske, ki imajo dvakrat večjo zmogljivost in učinkovitost sedanje ureditve (New Generation Netapp o podobno, s 24 GB/sc) in skupno 4 PB. Ocenjujemo, da bo nova konfiguracija zmanjšala porabo energije za 20–30 %. Predlog vključuje tudi pridobitev dveh strežnikov za prenose podatkov uporabnikov. Če povzamemo, izboljšave in razširitve računalniške infrastrukture CNAG-CRG v naslednjih letih so bistvene za povečanje produktivnosti za obvladovanje večje zmogljivosti novih genomskih instrumentov za pridobivanje podatkov, povečanje učinkovitosti računalniških operacij ter zmanjšanje stroškov vzdrževanja in električne energije. Skupaj s pridobitvijo najsodobnejših instrumentov za sekvenciranje bo utrdila CNAG-CRG kot prvo nacionalno infrastrukturo genomike in eno od najpomembnejših centrov v Evropi na tem področju. (Slovenian)
18 August 2022
0 references
National Center for Genomic Analysis (CNAG-CRG) jest jednym z najlepszych ośrodków europejskich pod względem zdolności sekwencjonowania kwasów nukleinowych. Platforma obecnie zarządza 7 instrumentów sekwencjonowania DNA drugiej generacji i 3 instrumenty sekwencjonowania oparte na nanoporze, które mogą produkować ponad 1.000 Gb sekwencji co 24 godziny. Plan na lata 2018 i 2019 ma na celu podszycie sekwencerów drugiej generacji zakupionych w latach 2010-2011 i zakup jednego sekwencera trzeciej generacji na dużą skalę. Operacja będzie współfinansowana w ramach projektu ICTS-2017-04-CRG-2 przyznanego w 2016 r. w naborze Convenios ICTS (Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares). Nowy park sekwencjonowania będzie generował ponad 6000 Gb danych sekwencjonowania każdego dnia. Operacja sekwencjonowania jest wspierana przez obszerną bazę danych (CPD), wewnętrzną sieć InfiniBand 56 Gb/s, 3,5 petabajt (PB) wysokowydajnego przechowywania danych na dysku i 3 PB na taśmach i ponad 3 472 rdzenie obliczeniowe, w tym dwa serwery przeznaczone do projektu RDConnect (plataform do analizy klinicznej i genomicznej dla rzadkich chorób) oraz projekt 4Dgenome (plataform do analizy interakcji chromatyny). WE wniosku uwzględniono szereg działań mających na celu poprawę wydajności operacji związanych z infrastrukturą obliczeniową CNAG-CRG: — Działania renowacyjne CPD, w tym prace mające na celu poprawę bezpieczeństwa dostępu i efektywności energetycznej. — Pozyskanie sprzętu sieciowego centrów danych oraz węzłów pamięciowych i obliczeniowych. Inwestycje będą realizowane w dwóch etapach, w 2019 i 2022 r. Planowane na 2019 r. zakupy zapewnią obecnemu klasterowi dwa razy więcej węzłów obliczeniowych (>5 700 w sumie) i czterokrotnie większą pojemność obliczeniową (łącznie 360 Tflopów), a także dyski pamięci, które mają dwukrotnie większą pojemność i wydajność obecnej konfiguracji (Nowa generacja Netapp o podobny, z 24 GB/sc) i łącznie 4 PB. Szacujemy, że nowa konfiguracja zmniejszy zużycie energii o 20-30 %. Wniosek obejmuje również pozyskanie dwóch serwerów do celów przekazywania danych użytkowników. Podsumowując, ulepszenia i rozbudowa infrastruktury obliczeniowej CNAG-CRG w nadchodzących latach mają zasadnicze znaczenie dla zwiększenia produktywności, aby poradzić sobie z większą wydajnością nowych instrumentów wytwarzania danych genomowych, zwiększyć wydajność operacji obliczeniowych oraz zmniejszyć koszty utrzymania i energii elektrycznej. Wraz z pozyskaniem najnowocześniejszych instrumentów sekwencjonujących, skonsoliduje CNAG-CRG jako pierwszą krajową infrastrukturę genomiczną i jedno z czołowych ośrodków w Europie w tej dziedzinie. (Polish)
18 August 2022
0 references
Barcelona
0 references
21 December 2023
0 references
Identifiers
IU16-006344
0 references