SYSTEMS BIOLOGY APPROACHES TO UNDERSTAND THE ROLE OF MYB TRANSCRIPTION FACTORS IN THE REGULATORY NETWORKS OF THE SECONDARY METABOLISM OF FLESHY FRUITS (Q3193883): Difference between revisions

From EU Knowledge Graph
Jump to navigation Jump to search
(‎Changed an Item)
(‎Added qualifier: readability score (P590521): 0.513997927140101)
Property / summary: PLANTS MANUFACTURE SPECIALIZED METABOLITES THAT AID IN THE INTERACTION AND SURVIVAL WITH THEIR ENVIRONMENT. THESE COMPOUNDS, REFERRED AS ¿SECONDARY METABOLITES¿, INFLUENCE QUALITY TRAITS IN FOODS (SUCH AS COLOR, FLAVOR, TEXTURE AND AROMA), CONSTITUTE A RICH SOURCE OF BENEFITS TOWARDS HUMAN HEALTH AND REPRESENT THE BUILDING BLOCKS FOR THE DEVELOPMENT OF NOVEL PHARMACEUTICALS. HOWEVER, AND DESPITE THEIR IMPORTANCE, THEY ARE LIMITED IN OCCURRENCE AND RESTRICTED IN A TEMPORAL AND SPATIAL MANNER. IN PARTICULAR, THE PROCESSES CONTROLLING SECONDARY METABOLISM IN FLESHY FRUITS ARE LARGELY UNKNOWN AND REPRESENT AN ENORMOUS POTENTIAL FOR THE AGRO-INDUSTRY SECTOR. THE PROJECT THAT WE PROPOSE CONTRIBUTES IN THIS KNOWLEDGE BY DECIPHERING THE GENE REGULATORY NETWORKS OF TWO VERY IMPORTANT SECONDARY METABOLIC PATHWAYS: PHENYLPROPANOIDS AND ISOPRENOIDS. THE CORE OF THIS PROJECT IS BASED IN THE USE OF MULTI-OMICS APPROACHES AND SYSTEMS BIOLOGY TOOLS TO DETERMINE HOW TRANSCRIPTION FACTORS (TFS) CONTROL EACH ONE OF THESE PATHWAYS. AS MODEL SYSTEMS WE PROPOSE THE USE OF TOMATO AND GRAPEVINE, AS I) THEY ARE TWO ECONOMICALLY IMPORTANT FRUIT CROPS, II) BOTH CONSTITUTE A GOOD SOURCE OF SECONDARY METABOLITES AND III) AN INCREASING AMOUNT OF OMICS DATA ARE BEING CONTINUOUSLY GENERATED FOR THESE SPECIES. WE PROPOSE THAT THE REGULATORY PROCESSES THAT GOVERN THE ACCUMULATION OF SECONDARY METABOLITES CAN BE CAN BE STRAIGHTFORWARDLY STUDIED BY INTEGRATING GENOME-WIDE ANALYSES THAT ACCOUNT FOR TRANSCRIPTION FACTOR GENOME OCCUPANCY, CO-EXPRESSION, TRANSCRIPTOME RESPONSES TO TF ACTIVATION OR DEPLETION AND TARGETED QUANTIFICATION OF METABOLITES. BY THESE MEANS, OUR FIRST OBJECTIVE HAS A FOUNDATIONAL BASIS AS IT PAVES THE WAY IN THE CHARACTERIZATION OF THE R2R3-MYB FAMILY (THE BIGGEST TF FAMILY KNOWN IN PLANTS), BY USING DEP-SEQ, A RECENTLY DEVELOPED METHOD TO DETERMINE TF-BINDING LANDSCAPES. THE SECOND AND THIRD OBJECTIVES ARE MORE FOCUSED AND WILL CONTRIBUTE IN ELUCIDATING THE ROLE OF A PARTICULAR SUBGROUP OF THIS FAMILY IN THE REGULATION OF THE ISOPRENOID PATHWAY DURING FRUIT DEVELOPMENT AND RIPENING. BY TRANSFERRING OUR KNOWLEDGE OF MYB CHARACTERIZATIONS FROM GRAPE TO TOMATO, WE WILL BE ABLE TO TAKE ADVANTAGE OF ALL THE TECHNIQUES AVAILABLE FOR THIS SPECIES (E.G. GENETIC TRANSFORMATION) THAT OTHERWISE ARE VERY DIFFICULT AND TIME-CONSUMING IN GRAPEVINE. THIS PROPOSAL REPRESENTS THE FIRST STEP OF THE PI IN ESTABLISHING AND CONSOLIDATING A RESEARCH GROUP IN TRANSCRIPTIONAL ORCHESTRATION OF METABOLISM STUDIED THROUGH SYSTEMS BIOLOGY. THE PROPOSED PROJECT HAS AN INTERDISCIPLINARY NATURE REPRESENTING AN EXCELLENT FORMATIVE OPPORTUNITY FOR GRADUATE STUDENTS (A DOCTORAL GRANT IS SOLICITED ALONG THIS PROPOSAL). TRANSCRIPTION FACTORS (TFS) COMPRISE A SUITABLE CASE OF STUDY FOR ADDRESSING THE BEHAVIOR OF MODULES IN NETWORKS AS THEY EXHIBIT PLETHORA OF PROTEIN-PROTEIN AND PROTEIN-DNA INTERACTIONS, SHAPING COMPLEX REGULATORY PROCESSES. IN THIS SENSE, THE PROJECT HAS POTENTIAL FOR IDENTIFYING WAYS TO IMPROVE NUTRITIONAL CONTENTS IN FOODS, BY IDENTIFYING THE REGULATORS OF SUCH TRAITS. THIS PROPOSAL, DESPITE CORRESPONDS INITIALLY TO BASIC SCIENCE, IT ALSO ADDRESSES SOCIETAL CHALLENGES RELATED TO THE NUTRITIONAL CONTENTS OF PLANT-DERIVED FOODS. UNDERSTANDING THESE MECHANISMS REPRESENTS AN ESSENTIAL RESOURCE FOR IMPACTING BREEDING PROGRAMS AND FAVORING THE DEVELOPMENT OF STRATEGIES FOR ENGINEERING HEALTHIER FOODS. (English) / qualifier
 
readability score: 0.513997927140101
Amount0.513997927140101
Unit1

Revision as of 16:04, 20 March 2024

Project Q3193883 in Spain
Language Label Description Also known as
English
SYSTEMS BIOLOGY APPROACHES TO UNDERSTAND THE ROLE OF MYB TRANSCRIPTION FACTORS IN THE REGULATORY NETWORKS OF THE SECONDARY METABOLISM OF FLESHY FRUITS
Project Q3193883 in Spain

    Statements

    country
    Spain
    0 references
    EU contribution
    69,178.73 Euro
    0 references
    budget
    127,050.0 Euro
    0 references
    co-financing rate
    54.45 percent
    0 references
    start time
    1 January 2019
    0 references
    end time
    31 December 2021
    0 references
    beneficiary name (string)
    UNIVERSIDAD DE VALENCIA
    0 references
    coordinate location

    39°31'49.15"N, 0°26'46.54"W
    inferred from
    postal code
    0 references
    postal code
    46980
    0 references
    summary
    LAS PLANTAS FABRICAN METABOLITOS SECUNDARIOS ESPECIALIZADOS QUE AYUDAN EN LA INTERACCION Y SUPERVIVENCIA CON SU ENTORNO. ESTOS COMPUESTOS INFLUYEN EN LA CALIDAD DE LOS ALIMENTOS, CONSTITUYEN UNA FUENTE DE BENEFICIOS PARA LA SALUD HUMANA Y REPRESENTAN LOS COMPONENTES PARA EL DESARROLLO DE NUEVOS PRODUCTOS FARMACEUTICOS. SIN EMBARGO, YA PESAR DE SU IMPORTANCIA, ESTAN LIMITADOS EN SU OCURRENCIA Y RESTRINGIDOS DE MANERA TEMPORAL Y ESPACIAL. EN PARTICULAR, LOS PROCESOS QUE CONTROLAN EL METABOLISMO SECUNDARIO EN FRUTOS CARNOSOS SON EN GRAN PARTE DESCONOCIDOS Y REPRESENTAN UN ENORME POTENCIAL PARA EL SECTOR DE LA AGROINDUSTRIA. EL PROYECTO QUE PROPONEMOS CONTRIBUYE A ESTE CONOCIMIENTO AL INTENTAR DESCIFRAR LAS REDES REGULADORAS DE LAS VIAS FENILPROPANOIDE E ISOPRENOIDES. EL NUCLEO DE ESTE PROYECTO SE BASA EN LA INTEGRACION DE TECNICAS MULTI-OMICAS Y HERRAMIENTAS DE BIOLOGIA DE SISTEMAS PARA DETERMINAR COMO LOS FACTORES DE TRANSCRIPCION (FTS) CONTROLAN CADA UNA DE ESTAS VIAS. COMO SISTEMAS MODELO, PROPONEMOS EL USO DE FRUTOS DE TOMATE Y VID, YA QUE I) SON DOS CULTIVOS FRUTALES DE IMPORTANCIA ECONOMICA, II) AMBOS CONSTITUYEN UNA BUENA FUENTE DE METABOLITOS SECUNDARIOS Y III) SE ESTA GENERANDO CONTINUAMENTE UNA CANTIDAD CRECIENTE DE DATOS OMICOS PARA ESTAS DOS ESPECIES. PROPONEMOS QUE LOS PROCESOS REGULATORIOS QUE GOBIERNAN LA ACUMULACION DE METABOLITOS SECUNDARIOS PUEDEN ESTUDIARSE DIRECTAMENTE INTEGRANDO ANALISIS QUE DESCRIBAN LA OCUPACION DE FTS EN EL GENOMA, LA CO-EXPRESION Y LAS RESPUESTAS TRANSCRIPTOMICAS A LA ACTIVACION DE UN FT Y LA CUANTIFICACION DE METABOLITOS. DE ESTA MANERA NUESTRO PRIMER OBJETIVO TIENE UNA BASE FUNDACIONAL, QUE SE DESARROLLA EN LA CARACTERIZACION DE LA FAMILIA R2R3-MYB (LA MAYOR FAMILIA DE FTS CONOCIDA EN PLANTAS), UTILIZANDO DEP-SEQ, UN METODO RECIENTEMENTE DESARROLLADO. EL SEGUNDO Y EL TERCER OBJETIVO CONTRIBUIRAN A DILUCIDAR EL PAPEL DE UN SUBGRUPO PARTICULAR DE ESTA FAMILIA EN LA REGULACION DE LA VIA ISOPRENOIDE DURANTE EL DESARROLLO Y LA MADURACION DEL FRUTO. AL TRANSFERIR NUESTRO CONOCIMIENTO EN LAS CARACTERIZACIONES DE MYBS DE VID A TOMATE, PODREMOS APROVECHAR TODAS LAS TECNICAS DISPONIBLES PARA ESTA ESPECIE (POR EJEMPLO, LA TRANSFORMACION GENETICA), QUE DE OTRA MANERA SON MUY DIFICILES Y CONSUMEN MUCHO TIEMPO PARA EJECUTARSE EN LA VID. ESTA PROPUESTA REPRESENTA EL PRIMER PASO DEL PI PARA ESTABLECER Y CONSOLIDAR UN GRUPO DE INVESTIGACION EN ORQUESTACION TRANSCRIPCIONAL DEL METABOLISMO ESTUDIADO A TRAVES DE LA BIOLOGIA DE SISTEMAS. EL PROYECTO PROPUESTO TIENE UN CARACTER INTERDISCIPLINARIO Y REPRESENTA UNA EXCELENTE OPORTUNIDAD FORMATIVA PARA ESTUDIANTES DE POSGRADO (SE CONTEMPLA Y SOLICITA UNA AYUDA DOCTORAL). LOS FACTORES DE TRANSCRIPCION COMPRENDEN UN CASO DE ESTUDIO ADECUADO PARA ABORDAR EL COMPORTAMIENTO DE MODULOS EN REDES YA QUE EXHIBEN GRAN CANTIDAD DE INTERACCIONES PROTEINA-PROTEINA/ADN, DANDO FORMA A PROCESOS REGULADORES COMPLEJOS. EN ESTE SENTIDO, EL PROYECTO TIENE POTENCIAL PARA IDENTIFICAR FORMAS DE MEJORAR LOS CONTENIDOS NUTRICIONALES EN LOS ALIMENTOS, MEDIANTE LA IDENTIFICACION DE LOS REGULADORES DE DICHOS RASGOS. ESTA PROPUESTA, A PESAR DE CORRESPONDER INICIALMENTE A CIENCIA BASICA, TAMBIEN ABORDA LOS DESAFIOS SOCIALES RELACIONADOS CON LOS CONTENIDOS NUTRICIONALES DE LOS ALIMENTOS DERIVADOS DE PLANTAS. COMPRENDER ESTOS MECANISMOS REPRESENTA UN RECURSO ESENCIAL PARA IMPACTAR EN LOS PROGRAMAS DE MEJORAMIENTO Y FAVORECER EL DESARROLLO DE ESTRATEGIAS PARA DISEÑAR ALIMENTOS MAS SALUDABLES. (Spanish)
    0 references
    PLANTS MANUFACTURE SPECIALIZED METABOLITES THAT AID IN THE INTERACTION AND SURVIVAL WITH THEIR ENVIRONMENT. THESE COMPOUNDS, REFERRED AS ¿SECONDARY METABOLITES¿, INFLUENCE QUALITY TRAITS IN FOODS (SUCH AS COLOR, FLAVOR, TEXTURE AND AROMA), CONSTITUTE A RICH SOURCE OF BENEFITS TOWARDS HUMAN HEALTH AND REPRESENT THE BUILDING BLOCKS FOR THE DEVELOPMENT OF NOVEL PHARMACEUTICALS. HOWEVER, AND DESPITE THEIR IMPORTANCE, THEY ARE LIMITED IN OCCURRENCE AND RESTRICTED IN A TEMPORAL AND SPATIAL MANNER. IN PARTICULAR, THE PROCESSES CONTROLLING SECONDARY METABOLISM IN FLESHY FRUITS ARE LARGELY UNKNOWN AND REPRESENT AN ENORMOUS POTENTIAL FOR THE AGRO-INDUSTRY SECTOR. THE PROJECT THAT WE PROPOSE CONTRIBUTES IN THIS KNOWLEDGE BY DECIPHERING THE GENE REGULATORY NETWORKS OF TWO VERY IMPORTANT SECONDARY METABOLIC PATHWAYS: PHENYLPROPANOIDS AND ISOPRENOIDS. THE CORE OF THIS PROJECT IS BASED IN THE USE OF MULTI-OMICS APPROACHES AND SYSTEMS BIOLOGY TOOLS TO DETERMINE HOW TRANSCRIPTION FACTORS (TFS) CONTROL EACH ONE OF THESE PATHWAYS. AS MODEL SYSTEMS WE PROPOSE THE USE OF TOMATO AND GRAPEVINE, AS I) THEY ARE TWO ECONOMICALLY IMPORTANT FRUIT CROPS, II) BOTH CONSTITUTE A GOOD SOURCE OF SECONDARY METABOLITES AND III) AN INCREASING AMOUNT OF OMICS DATA ARE BEING CONTINUOUSLY GENERATED FOR THESE SPECIES. WE PROPOSE THAT THE REGULATORY PROCESSES THAT GOVERN THE ACCUMULATION OF SECONDARY METABOLITES CAN BE CAN BE STRAIGHTFORWARDLY STUDIED BY INTEGRATING GENOME-WIDE ANALYSES THAT ACCOUNT FOR TRANSCRIPTION FACTOR GENOME OCCUPANCY, CO-EXPRESSION, TRANSCRIPTOME RESPONSES TO TF ACTIVATION OR DEPLETION AND TARGETED QUANTIFICATION OF METABOLITES. BY THESE MEANS, OUR FIRST OBJECTIVE HAS A FOUNDATIONAL BASIS AS IT PAVES THE WAY IN THE CHARACTERIZATION OF THE R2R3-MYB FAMILY (THE BIGGEST TF FAMILY KNOWN IN PLANTS), BY USING DEP-SEQ, A RECENTLY DEVELOPED METHOD TO DETERMINE TF-BINDING LANDSCAPES. THE SECOND AND THIRD OBJECTIVES ARE MORE FOCUSED AND WILL CONTRIBUTE IN ELUCIDATING THE ROLE OF A PARTICULAR SUBGROUP OF THIS FAMILY IN THE REGULATION OF THE ISOPRENOID PATHWAY DURING FRUIT DEVELOPMENT AND RIPENING. BY TRANSFERRING OUR KNOWLEDGE OF MYB CHARACTERIZATIONS FROM GRAPE TO TOMATO, WE WILL BE ABLE TO TAKE ADVANTAGE OF ALL THE TECHNIQUES AVAILABLE FOR THIS SPECIES (E.G. GENETIC TRANSFORMATION) THAT OTHERWISE ARE VERY DIFFICULT AND TIME-CONSUMING IN GRAPEVINE. THIS PROPOSAL REPRESENTS THE FIRST STEP OF THE PI IN ESTABLISHING AND CONSOLIDATING A RESEARCH GROUP IN TRANSCRIPTIONAL ORCHESTRATION OF METABOLISM STUDIED THROUGH SYSTEMS BIOLOGY. THE PROPOSED PROJECT HAS AN INTERDISCIPLINARY NATURE REPRESENTING AN EXCELLENT FORMATIVE OPPORTUNITY FOR GRADUATE STUDENTS (A DOCTORAL GRANT IS SOLICITED ALONG THIS PROPOSAL). TRANSCRIPTION FACTORS (TFS) COMPRISE A SUITABLE CASE OF STUDY FOR ADDRESSING THE BEHAVIOR OF MODULES IN NETWORKS AS THEY EXHIBIT PLETHORA OF PROTEIN-PROTEIN AND PROTEIN-DNA INTERACTIONS, SHAPING COMPLEX REGULATORY PROCESSES. IN THIS SENSE, THE PROJECT HAS POTENTIAL FOR IDENTIFYING WAYS TO IMPROVE NUTRITIONAL CONTENTS IN FOODS, BY IDENTIFYING THE REGULATORS OF SUCH TRAITS. THIS PROPOSAL, DESPITE CORRESPONDS INITIALLY TO BASIC SCIENCE, IT ALSO ADDRESSES SOCIETAL CHALLENGES RELATED TO THE NUTRITIONAL CONTENTS OF PLANT-DERIVED FOODS. UNDERSTANDING THESE MECHANISMS REPRESENTS AN ESSENTIAL RESOURCE FOR IMPACTING BREEDING PROGRAMS AND FAVORING THE DEVELOPMENT OF STRATEGIES FOR ENGINEERING HEALTHIER FOODS. (English)
    readability score
    0.513997927140101
    0 references
    LES PLANTES FABRIQUENT DES MÉTABOLITES SECONDAIRES SPÉCIALISÉS QUI AIDENT À L’INTERACTION ET À LA SURVIE AVEC LEUR ENVIRONNEMENT. CES COMPOSÉS INFLUENCENT LA QUALITÉ DES ALIMENTS, CONSTITUENT UNE SOURCE D’AVANTAGES POUR LA SANTÉ HUMAINE ET REPRÉSENTENT LES COMPOSANTES DU DÉVELOPPEMENT DE NOUVEAUX PRODUITS PHARMACEUTIQUES. CEPENDANT, MALGRÉ LEUR IMPORTANCE, ILS SONT LIMITÉS DANS LEUR OCCURRENCE ET LIMITÉS D’UNE MANIÈRE TEMPORELLE ET SPATIALE. EN PARTICULIER, LES PROCESSUS QUI CONTRÔLENT LE MÉTABOLISME SECONDAIRE DES FRUITS CHARNUS SONT LARGEMENT INCONNUS ET REPRÉSENTENT UN ÉNORME POTENTIEL POUR LE SECTEUR AGRO-INDUSTRIEL. LE PROJET QUE NOUS PROPOSONS CONTRIBUE À CETTE CONNAISSANCE EN ESSAYANT DE DÉCHIFFRER LES RÉSEAUX DE RÉGULATION DES VOIES PHÉNYLPROPANOÏDES ET ISOPRÉNOÏDES. LE NOYAU DE CE PROJET EST BASÉ SUR L’INTÉGRATION DE TECHNIQUES MULTI-OMIAL ET D’OUTILS DE BIOLOGIE DES SYSTÈMES POUR DÉTERMINER COMMENT LES FACTEURS DE TRANSCRIPTION (FTS) CONTRÔLENT CHACUNE DE CES VOIES. EN TANT QUE SYSTÈMES MODÈLES, NOUS PROPOSONS L’UTILISATION DE TOMATES ET DE FRUITS DE VIGNE, PUISQUE I) SONT DEUX CULTURES FRUITIÈRES D’IMPORTANCE ÉCONOMIQUE, II) TOUTES DEUX CONSTITUENT UNE BONNE SOURCE DE MÉTABOLITES SECONDAIRES ET III) GÉNÈRENT CONTINUELLEMENT UNE QUANTITÉ CROISSANTE DE DONNÉES OMIQUES POUR CES DEUX ESPÈCES. NOUS PROPOSONS QUE LES PROCESSUS RÉGLEMENTAIRES QUI RÉGISSENT L’ACCUMULATION DE MÉTABOLITES SECONDAIRES PUISSENT ÊTRE ÉTUDIÉS DIRECTEMENT EN INTÉGRANT L’ANALYSE QUI DÉCRIT L’OCCUPATION DU FTS DANS LE GÉNOME, LA CO-EXPRESSION ET LES RÉPONSES TRANSCRIPTOMICAS À L’ACTIVATION D’UN FT ET À LA QUANTIFICATION DES MÉTABOLITES. DE CETTE FAÇON, NOTRE PREMIER OBJECTIF A UNE FONDATION FONDAMENTALE, QUI SE DÉVELOPPE DANS LA CARACTÉRISATION DE LA FAMILLE R2R3-MYB (LA PLUS GRANDE FAMILLE DE FTS CONNUE DANS LES PLANTES), EN UTILISANT DEP-SEQ, UNE MÉTHODE NOUVELLEMENT DÉVELOPPÉE. LES DEUXIÈME ET TROISIÈME OBJECTIFS CONTRIBUERONT À CLARIFIER LE RÔLE D’UN SOUS-GROUPE PARTICULIER DE CETTE FAMILLE DANS LA RÉGULATION DE L’ISOPRÉNOÏDE VIA LORS DU DÉVELOPPEMENT ET DE LA MATURATION DU FRUIT. EN TRANSFÉRANT NOS CONNAISSANCES SUR LES CARACTÉRISATIONS MYBS DE LA VIGNE À LA TOMATE, NOUS SERONS EN MESURE DE TIRER PARTI DE TOUTES LES TECHNIQUES DISPONIBLES À CETTE ESPÈCE (TRANSFORMATION GÉNÉTIQUE E.G.), QUI SONT AUTREMENT TRÈS DIFFICILES ET CHRONOPHAGES À EXÉCUTER SUR LA VIGNE. CETTE PROPOSITION REPRÉSENTE LA PREMIÈRE ÉTAPE DE LA PI POUR ÉTABLIR ET CONSOLIDER UN GROUPE DE RECHERCHE SUR L’ORCHESTRATION TRANSCRIPTIONNELLE DU MÉTABOLISME ÉTUDIÉ À TRAVERS LA BIOLOGIE DES SYSTÈMES. LE PROJET PROPOSÉ A UN CARACTÈRE INTERDISCIPLINAIRE ET REPRÉSENTE UNE EXCELLENTE OCCASION DE FORMATION POUR LES ÉTUDIANTS DES CYCLES SUPÉRIEURS (L’AIDE AU DOCTORAT EST ENVISAGÉE ET DEMANDÉE). LES FACTEURS DE TRANSCRIPTION COMPRENNENT UNE ÉTUDE DE CAS APPROPRIÉE POUR ABORDER LE COMPORTEMENT DES MODULES RÉSEAU, CAR ILS PRÉSENTENT UNE GRANDE QUANTITÉ D’INTERACTIONS PROTÉINES-PROTÉINES/ADN, CE QUI FAÇONNE DES PROCESSUS RÉGLEMENTAIRES COMPLEXES. EN CE SENS, LE PROJET A LE POTENTIEL D’IDENTIFIER DES MOYENS D’AMÉLIORER LES CONTENUS NUTRITIONNELS DANS LES ALIMENTS, EN IDENTIFIANT LES RÉGULATEURS DE CES TRAITS. CETTE PROPOSITION, BIEN QU’ELLE CORRESPONDE INITIALEMENT À LA SCIENCE FONDAMENTALE, ABORDE ÉGALEMENT LES DÉFIS SOCIAUX LIÉS AU CONTENU NUTRITIONNEL DES ALIMENTS D’ORIGINE VÉGÉTALE. LA COMPRÉHENSION DE CES MÉCANISMES EST UNE RESSOURCE ESSENTIELLE POUR INFLUER SUR LES PROGRAMMES D’AMÉLIORATION ET PROMOUVOIR L’ÉLABORATION DE STRATÉGIES VISANT À CONCEVOIR DES ALIMENTS PLUS SAINS. (French)
    point in time
    4 December 2021
    0 references
    PFLANZEN PRODUZIEREN SPEZIALISIERTE SEKUNDÄRMETABOLITEN, DIE IN WECHSELWIRKUNG UND ÜBERLEBEN MIT IHRER UMWELT HELFEN. DIESE VERBINDUNGEN BEEINFLUSSEN DIE QUALITÄT VON LEBENSMITTELN, STELLEN EINE QUELLE VON NUTZEN FÜR DIE MENSCHLICHE GESUNDHEIT DAR UND STELLEN DIE KOMPONENTEN FÜR DIE ENTWICKLUNG NEUER PHARMAZEUTISCHER PRODUKTE DAR. TROTZ IHRER BEDEUTUNG SIND SIE JEDOCH IN IHREM AUFTRETEN BEGRENZT UND ZEITLICH UND RÄUMLICH BEGRENZT. INSBESONDERE PROZESSE ZUR KONTROLLE DES SEKUNDÄRSTOFFWECHSELS BEI FLEISCHIGEN FRÜCHTEN SIND WEITGEHEND UNBEKANNT UND STELLEN EIN ENORMES POTENZIAL FÜR DIE AGRARINDUSTRIE DAR. DAS PROJEKT, DAS WIR VORSCHLAGEN, TRÄGT ZU DIESEM WISSEN BEI, INDEM ES VERSUCHT, DIE REGULATORISCHEN NETZE DER PHENYLPROPANOID- UND ISOPRENOIDEN PFADE ZU ENTSCHLÜSSELN. DER KERN DIESES PROJEKTS BASIERT AUF DER INTEGRATION VON MULTI-OMIAL-TECHNIKEN UND SYSTEMBIOLOGIE-TOOLS, UM ZU BESTIMMEN, WIE TRANSKRIPTIONSFAKTOREN (FTS) JEDEN DIESER PFADE STEUERN. ALS MODELLSYSTEME SCHLAGEN WIR DIE VERWENDUNG VON TOMATEN UND REBOBST VOR, DA I) ZWEI OBSTKULTUREN VON WIRTSCHAFTLICHER BEDEUTUNG SIND, II) BEIDE EINE GUTE QUELLE FÜR SEKUNDÄRE METABOLITEN DARSTELLEN UND III) KONTINUIERLICH EINE STEIGENDE MENGE AN OMISCHEN DATEN FÜR DIESE BEIDEN ARTEN ERZEUGT. WIR SCHLAGEN VOR, DASS DIE REGULATORISCHEN PROZESSE, DIE DIE AKKUMULATION VON SEKUNDÄREN METABOLITEN REGELN, DIREKT UNTERSUCHT WERDEN KÖNNEN, INDEM ANALYSEN INTEGRIERT WERDEN, DIE DIE BESETZUNG VON FTS IM GENOM, DIE KOEXPRESSION UND DIE TRANSCRIPTOMICAS-ANTWORTEN AUF DIE AKTIVIERUNG VON A FT UND DIE QUANTIFIZIERUNG VON METABOLITEN BESCHREIBEN. AUF DIESE WEISE HAT UNSER ERSTES ZIEL EINE STIFTUNG, DIE SICH BEI DER CHARAKTERISIERUNG DER R2R3-MYB-FAMILIE (DIE GRÖSSTE IN PFLANZEN BEKANNTE FTS-FAMILIE) MIT DEP-SEQ, EINER NEU ENTWICKELTEN METHODE, ENTWICKELT. DAS ZWEITE UND DRITTE ZIEL WERDEN DAZU BEITRAGEN, DIE ROLLE EINER BESTIMMTEN UNTERGRUPPE DIESER FAMILIE IN DER VERORDNUNG DES ISOPRENOIDS DURCH DIE ENTWICKLUNG UND REIFUNG DER FRÜCHTE ZU PRÄZISIEREN. INDEM WIR UNSER WISSEN IN MYBS-CHARAKTERISIERUNGEN VON DER REBE AUF TOMATEN ÜBERTRAGEN, KÖNNEN WIR ALLE TECHNIKEN NUTZEN, DIE DIESER ART ZUR VERFÜGUNG STEHEN (E.G. GENETISCHE TRANSFORMATION), DIE ANSONSTEN SEHR SCHWIERIG UND ZEITAUFWENDIG SIND, AUF DER REBE AUSGEFÜHRT ZU WERDEN. DIESER VORSCHLAG STELLT DEN ERSTEN SCHRITT DES GEISTIGEN EIGENTUMS DAR, UM EINE FORSCHUNGSGRUPPE ZUR TRANSKRIPTION DES STOFFWECHSELS ZU GRÜNDEN UND ZU KONSOLIDIEREN, DIE DURCH DIE BIOLOGIE DER SYSTEME UNTERSUCHT WIRD. DAS VORGESCHLAGENE PROJEKT HAT EINEN INTERDISZIPLINÄREN CHARAKTER UND STELLT EINE HERVORRAGENDE AUSBILDUNGSMÖGLICHKEITEN FÜR HOCHSCHULABSOLVENTEN DAR (DOKTORANDEN WERDEN IN BETRACHT GEZOGEN UND ANGEFORDERT). TRANSKRIPTIONSFAKTOREN UMFASSEN EINE GEEIGNETE FALLSTUDIE, UM DAS VERHALTEN VON NETZWERKMODULEN ZU ADRESSIEREN, DA SIE EINE GROSSE MENGE AN PROTEIN-PROTEIN/DNA-INTERAKTIONEN AUFWEISEN UND KOMPLEXE REGULATORISCHE PROZESSE PRÄGEN. IN DIESEM SINNE HAT DAS PROJEKT DAS POTENZIAL, WEGE ZUR VERBESSERUNG DER NÄHRSTOFFGEHALTE IN LEBENSMITTELN ZU ERMITTELN, INDEM DIE REGULATOREN DIESER MERKMALE IDENTIFIZIERT WERDEN. DIESER VORSCHLAG ENTSPRICHT ZWAR URSPRÜNGLICH DER GRUNDLAGENFORSCHUNG, BEFASST SICH ABER AUCH MIT GESELLSCHAFTLICHEN HERAUSFORDERUNGEN IM ZUSAMMENHANG MIT DEM NÄHRWERT VON PFLANZLICHEN LEBENSMITTELN. DAS VERSTÄNDNIS DIESER MECHANISMEN IST EINE WESENTLICHE RESSOURCE, UM VERBESSERUNGSPROGRAMME ZU BEEINFLUSSEN UND DIE ENTWICKLUNG VON STRATEGIEN ZUR ENTWICKLUNG GESÜNDERER LEBENSMITTEL ZU FÖRDERN. (German)
    point in time
    9 December 2021
    0 references
    PLANTEN PRODUCEREN GESPECIALISEERDE SECUNDAIRE METABOLIETEN DIE HELPEN BIJ INTERACTIE EN OVERLEVING MET HUN OMGEVING. DEZE VERBINDINGEN ZIJN VAN INVLOED OP DE KWALITEIT VAN LEVENSMIDDELEN, VORMEN EEN BRON VAN VOORDELEN VOOR DE MENSELIJKE GEZONDHEID EN VORMEN DE COMPONENTEN VOOR DE ONTWIKKELING VAN NIEUWE FARMACEUTISCHE PRODUCTEN. ONDANKS HUN BELANG ZIJN ZE ECHTER BEPERKT IN HUN VOORKOMEN EN BEPERKT OP EEN TEMPORELE EN RUIMTELIJKE MANIER. MET NAME DE PROCESSEN DIE HET SECUNDAIRE METABOLISME IN VLEZIGE VRUCHTEN BEHEERSEN, ZIJN GROTENDEELS ONBEKEND EN VORMEN EEN ENORM POTENTIEEL VOOR DE AGRO-INDUSTRIE. HET PROJECT DAT WE VOORSTELLEN DRAAGT BIJ AAN DEZE KENNIS DOOR TE PROBEREN DE REGELGEVENDE NETWERKEN VAN DE FENYLPROPANOÏDE EN ISOPRENOÏDE ROUTES TE ONTCIJFEREN. DE KERN VAN DIT PROJECT IS GEBASEERD OP DE INTEGRATIE VAN MULTI-OMIAL TECHNIEKEN EN SYSTEMEN BIOLOGIE TOOLS OM TE BEPALEN HOE TRANSCRIPTIEFACTOREN (FTS) ELK VAN DEZE TRAJECTEN CONTROLEREN. ALS MODELSYSTEMEN STELLEN WIJ HET GEBRUIK VAN TOMATEN EN WIJNSTOKKEN VOOR, AANGEZIEN I) TWEE FRUITGEWASSEN VAN ECONOMISCH BELANG ZIJN, II) BEIDE EEN GOEDE BRON VAN SECUNDAIRE METABOLIETEN VORMEN EN III) VOORTDUREND EEN STEEDS GROTERE HOEVEELHEID OMISCHE GEGEVENS VOOR DEZE TWEE SOORTEN GENEREERT. WE STELLEN VOOR DAT DE REGELGEVINGSPROCESSEN DIE DE ACCUMULATIE VAN SECUNDAIRE METABOLIETEN REGELEN, DIRECT KUNNEN WORDEN BESTUDEERD DOOR ANALYSE TE INTEGREREN DIE DE BEZETTING VAN FTS IN HET GENOOM, DE CO-EXPRESSIE EN DE TRANSCRIPTOMICAS-RESPONSEN OP DE ACTIVERING VAN A FT EN DE KWANTIFICERING VAN METABOLIETEN BESCHRIJFT. OP DEZE MANIER HEEFT ONZE EERSTE DOELSTELLING EEN STICHTING, DIE ZICH ONTWIKKELT IN DE KARAKTERISERING VAN DE R2R3-MYB FAMILIE (DE GROOTSTE FAMILIE VAN FTS BEKEND IN PLANTEN), MET BEHULP VAN DEP-SEQ, EEN NIEUW ONTWIKKELDE METHODE. DE TWEEDE EN DERDE DOELSTELLING ZULLEN BIJDRAGEN TOT DE VERDUIDELIJKING VAN DE ROL VAN EEN BEPAALDE SUBGROEP VAN DEZE FAMILIE IN DE VERORDENING VAN DE ISOPRENOÏDE VIA DE ONTWIKKELING EN RIJPING VAN DE VRUCHT. DOOR ONZE KENNIS OVER TE DRAGEN IN MYBS KARAKTERISATIES VAN WIJNSTOK NAAR TOMAAT, ZULLEN WE IN STAAT ZIJN OM GEBRUIK TE MAKEN VAN ALLE TECHNIEKEN DIE BESCHIKBAAR ZIJN VOOR DEZE SOORT (E.G. GENETISCHE TRANSFORMATIE), DIE ANDERS ERG MOEILIJK EN TIJDROVEND ZIJN OM OP DE WIJNSTOK TE WORDEN UITGEVOERD. DIT VOORSTEL VORMT DE EERSTE STAP VAN HET IP OM EEN ONDERZOEKSGROEP OP TE RICHTEN EN TE CONSOLIDEREN IN TRANSCRIPTIONELE ORKESTRATIE VAN METABOLISME BESTUDEERD VIA DE BIOLOGIE VAN SYSTEMEN. HET VOORGESTELDE PROJECT HEEFT EEN INTERDISCIPLINAIR KARAKTER EN BIEDT EEN UITSTEKENDE OPLEIDINGSMOGELIJKHEDEN VOOR AFGESTUDEERDE STUDENTEN (DOCTORALE BIJSTAND WORDT OVERWOGEN EN AANGEVRAAGD). DE TRANSCRIPTIEFACTOREN OMVATTEN EEN GESCHIKTE CASESTUDIE OM HET GEDRAG VAN NETWERKMODULES AAN TE PAKKEN AANGEZIEN ZIJ EEN GROTE HOEVEELHEID EIWIT-EIWIT/DNA INTERACTIES VERTONEN, DIE COMPLEXE REGELGEVINGSPROCESSEN VORMGEVEN. IN DEZE ZIN HEEFT HET PROJECT HET POTENTIEEL OM MANIEREN TE VINDEN OM DE VOEDINGSWAARDE IN LEVENSMIDDELEN TE VERBETEREN DOOR DE REGELGEVERS VAN DEZE EIGENSCHAPPEN TE IDENTIFICEREN. HOEWEL DIT VOORSTEL IN EERSTE INSTANTIE OVEREENKOMT MET DE BASISWETENSCHAP, WORDT OOK INGEGAAN OP SOCIALE UITDAGINGEN IN VERBAND MET DE VOEDINGSWAARDE VAN PLANTAARDIGE VOEDINGSMIDDELEN. HET BEGRIJPEN VAN DEZE MECHANISMEN IS EEN ESSENTIËLE HULPBRON OM VERBETERINGSPROGRAMMA’S TE BEÏNVLOEDEN EN DE ONTWIKKELING VAN STRATEGIEËN VOOR HET ONTWERPEN VAN GEZONDERE VOEDINGSMIDDELEN TE BEVORDEREN. (Dutch)
    point in time
    17 December 2021
    0 references
    LE PIANTE PRODUCONO METABOLITI SECONDARI SPECIALIZZATI CHE AIUTANO NELL'INTERAZIONE E NELLA SOPRAVVIVENZA CON IL LORO AMBIENTE. QUESTI COMPOSTI INFLUENZANO LA QUALITÀ DEGLI ALIMENTI, COSTITUISCONO UNA FONTE DI BENEFICI PER LA SALUTE UMANA E RAPPRESENTANO I COMPONENTI PER LO SVILUPPO DI NUOVI PRODOTTI FARMACEUTICI. TUTTAVIA, NONOSTANTE LA LORO IMPORTANZA, ESSI SONO LIMITATI NEL LORO VERIFICARSI E LIMITATI IN MODO TEMPORALE E SPAZIALE. IN PARTICOLARE, I PROCESSI DI CONTROLLO DEL METABOLISMO SECONDARIO DEI FRUTTI CARNOSI SONO IN GRAN PARTE SCONOSCIUTI E RAPPRESENTANO UN ENORME POTENZIALE PER IL SETTORE AGROINDUSTRIALE. IL PROGETTO CHE PROPONIAMO CONTRIBUISCE A QUESTA CONOSCENZA CERCANDO DI DECIFRARE LE RETI REGOLATORIE DEI PERCORSI FENILPROPANOIDI E ISOPRENOIDI. IL NUCLEO DI QUESTO PROGETTO SI BASA SULL'INTEGRAZIONE DI TECNICHE MULTI-OMIALI E STRUMENTI DI BIOLOGIA DEI SISTEMI PER DETERMINARE COME I FATTORI DI TRASCRIZIONE (FTS) CONTROLLANO CIASCUNO DI QUESTI PERCORSI. COME SISTEMI MODELLO, PROPONIAMO L'USO DI POMODORI E FRUTTI DI VITE, POICHÉ I) SONO DUE COLTURE FRUTTICOLE DI IMPORTANZA ECONOMICA, II) ENTRAMBE COSTITUISCONO UNA BUONA FONTE DI METABOLITI SECONDARI E III) GENERANO CONTINUAMENTE UNA QUANTITÀ CRESCENTE DI DATI OMICI PER QUESTE DUE SPECIE. PROPONIAMO CHE I PROCESSI REGOLATORI CHE REGOLANO L'ACCUMULO DI METABOLITI SECONDARI POSSANO ESSERE STUDIATI DIRETTAMENTE INTEGRANDO ANALISI CHE DESCRIVONO L'OCCUPAZIONE DI FTS NEL GENOMA, LA CO-ESPRESSIONE E LE RISPOSTE TRANSCRIPTOMICAS ALL'ATTIVAZIONE DI UN FT E ALLA QUANTIFICAZIONE DEI METABOLITI. IN QUESTO MODO IL NOSTRO PRIMO OBIETTIVO HA UNA FONDAZIONE DI FONDAZIONE, CHE SI SVILUPPA NELLA CARATTERIZZAZIONE DELLA FAMIGLIA R2R3-MYB (LA PIÙ GRANDE FAMIGLIA DI FTS CONOSCIUTA NELLE PIANTE), UTILIZZANDO DEP-SEQ, UN METODO DI RECENTE SVILUPPO. IL SECONDO E IL TERZO OBIETTIVO CONTRIBUIRANNO A CHIARIRE IL RUOLO DI UN PARTICOLARE SOTTOGRUPPO DI QUESTA FAMIGLIA NEL REGOLAMENTO DELL'ISOPENOIDE DURANTE LO SVILUPPO E LA MATURAZIONE DEI FRUTTI. TRASFERENDO LE NOSTRE CONOSCENZE NELLE CARATTERIZZAZIONI MYBS DALLA VITE AL POMODORO, SAREMO IN GRADO DI SFRUTTARE TUTTE LE TECNICHE A DISPOSIZIONE DI QUESTA SPECIE (E.G. TRASFORMAZIONE GENETICA), CHE ALTRIMENTI SONO MOLTO DIFFICILI E RICHIEDE MOLTO TEMPO PER ESSERE ESEGUITI SULLA VITE. QUESTA PROPOSTA RAPPRESENTA IL PRIMO PASSO DEL PI PER ISTITUIRE E CONSOLIDARE UN GRUPPO DI RICERCA NELL'ORCHESTRAZIONE TRASCRIZIONALE DEL METABOLISMO STUDIATO ATTRAVERSO LA BIOLOGIA DEI SISTEMI. IL PROGETTO PROPOSTO HA UN CARATTERE INTERDISCIPLINARE E RAPPRESENTA UN'OTTIMA OPPORTUNITÀ DI FORMAZIONE PER GLI STUDENTI LAUREATI (L'ASSISTENZA MEDICA È CONTEMPLATA E RICHIESTA). I FATTORI DI TRASCRIZIONE INCLUDONO UN CASO DI STUDIO APPROPRIATO PER AFFRONTARE IL COMPORTAMENTO DEI MODULI DI RETE IN QUANTO MOSTRANO UNA GRANDE QUANTITÀ DI INTERAZIONI PROTEINA-PROTEINA/DNA, MODELLANDO PROCESSI NORMATIVI COMPLESSI. IN QUESTO SENSO, IL PROGETTO HA LA POTENZIALITÀ DI INDIVIDUARE MODI PER MIGLIORARE I CONTENUTI NUTRIZIONALI NEGLI ALIMENTI, INDIVIDUANDO I REGOLATORI DI QUESTI TRATTI. LA PRESENTE PROPOSTA, SEBBENE INIZIALMENTE CORRISPONDENTE ALLE SCIENZE DI BASE, AFFRONTA ANCHE LE SFIDE SOCIALI LEGATE AL CONTENUTO NUTRIZIONALE DEGLI ALIMENTI DI ORIGINE VEGETALE. COMPRENDERE QUESTI MECCANISMI È UNA RISORSA ESSENZIALE PER INFLUENZARE I PROGRAMMI DI MIGLIORAMENTO E PROMUOVERE LO SVILUPPO DI STRATEGIE PER PROGETTARE ALIMENTI PIÙ SANI. (Italian)
    point in time
    16 January 2022
    0 references
    ΤΑ ΦΥΤΆ ΠΑΡΆΓΟΥΝ ΕΞΕΙΔΙΚΕΥΜΈΝΟΥΣ ΜΕΤΑΒΟΛΊΤΕΣ ΠΟΥ ΒΟΗΘΟΎΝ ΣΤΗΝ ΑΛΛΗΛΕΠΊΔΡΑΣΗ ΚΑΙ ΤΗΝ ΕΠΙΒΊΩΣΗ ΜΕ ΤΟ ΠΕΡΙΒΆΛΛΟΝ ΤΟΥΣ. ΟΙ ΕΝΏΣΕΙΣ ΑΥΤΈΣ, ΠΟΥ ΑΝΑΦΈΡΟΝΤΑΙ ΩΣ «ΔΕΥΤΕΡΕΎΟΝΤΕΣ ΜΕΤΑΒΟΛΊΤΕΣ», ΕΠΗΡΕΆΖΟΥΝ ΤΑ ΠΟΙΟΤΙΚΆ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΆ ΤΩΝ ΤΡΟΦΊΜΩΝ (ΌΠΩΣ ΤΟ ΧΡΏΜΑ, Η ΓΕΎΣΗ, Η ΥΦΉ ΚΑΙ ΤΟ ΆΡΩΜΑ), ΑΠΟΤΕΛΟΎΝ ΠΛΟΎΣΙΑ ΠΗΓΉ ΟΦΕΛΏΝ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΘΡΏΠΙΝΗ ΥΓΕΊΑ ΚΑΙ ΑΝΤΙΠΡΟΣΩΠΕΎΟΥΝ ΤΑ ΔΟΜΙΚΆ ΣΤΟΙΧΕΊΑ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΝΈΩΝ ΦΑΡΜΑΚΕΥΤΙΚΏΝ ΠΡΟΪΌΝΤΩΝ. ΩΣΤΌΣΟ, ΚΑΙ ΠΑΡΆ ΤΗ ΣΗΜΑΣΊΑ ΤΟΥΣ, ΕΊΝΑΙ ΠΕΡΙΟΡΙΣΜΈΝΗΣ ΣΥΧΝΌΤΗΤΑΣ ΚΑΙ ΠΕΡΙΟΡΊΖΟΝΤΑΙ ΚΑΤΆ ΧΡΟΝΙΚΌ ΚΑΙ ΧΩΡΟΤΑΞΙΚΌ ΤΡΌΠΟ. ΕΙΔΙΚΌΤΕΡΑ, ΟΙ ΔΙΑΔΙΚΑΣΊΕΣ ΕΛΈΓΧΟΥ ΤΟΥ ΔΕΥΤΕΡΟΓΕΝΟΎΣ ΜΕΤΑΒΟΛΙΣΜΟΎ ΤΩΝ ΣΑΡΚΩΔΏΝ ΚΑΡΠΏΝ ΕΊΝΑΙ ΣΕ ΜΕΓΆΛΟ ΒΑΘΜΌ ΆΓΝΩΣΤΕΣ ΚΑΙ ΑΝΤΙΠΡΟΣΩΠΕΎΟΥΝ ΤΕΡΆΣΤΙΕΣ ΔΥΝΑΤΌΤΗΤΕΣ ΓΙΑ ΤΟΝ ΑΓΡΟΒΙΟΜΗΧΑΝΙΚΌ ΤΟΜΈΑ. ΤΟ ΈΡΓΟ ΠΟΥ ΠΡΟΤΕΊΝΟΥΜΕ ΣΥΜΒΆΛΛΕΙ ΣΕ ΑΥΤΉ ΤΗ ΓΝΏΣΗ ΑΠΟΚΡΥΠΤΟΓΡΑΦΏΝΤΑΣ ΤΑ ΓΟΝΙΔΙΑΚΆ ΡΥΘΜΙΣΤΙΚΆ ΔΊΚΤΥΑ ΔΎΟ ΠΟΛΎ ΣΗΜΑΝΤΙΚΏΝ ΔΕΥΤΕΡΟΓΕΝΏΝ ΜΕΤΑΒΟΛΙΚΏΝ ΟΔΏΝ: ΦΑΙΝΥΛΟΠΡΟΠΑΝΟΕΙΔΉ ΚΑΙ ΙΣΟΠΡΑΝΟΕΙΔΉ. Ο ΠΥΡΉΝΑΣ ΑΥΤΟΎ ΤΟΥ ΈΡΓΟΥ ΒΑΣΊΖΕΤΑΙ ΣΤΗ ΧΡΉΣΗ ΠΟΛΥ-ΩΜΑΤΙΚΏΝ ΠΡΟΣΕΓΓΊΣΕΩΝ ΚΑΙ ΕΡΓΑΛΕΊΩΝ ΣΥΣΤΗΜΙΚΉΣ ΒΙΟΛΟΓΊΑΣ ΓΙΑ ΤΟΝ ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΜΌ ΤΟΥ ΤΡΌΠΟΥ ΜΕ ΤΟΝ ΟΠΟΊΟ ΟΙ ΠΑΡΆΓΟΝΤΕΣ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉΣ (TFS) ΕΛΈΓΧΟΥΝ ΚΆΘΕ ΜΊΑ ΑΠΌ ΑΥΤΈΣ ΤΙΣ ΔΙΑΔΡΟΜΈΣ. ΩΣ ΠΡΌΤΥΠΑ ΣΥΣΤΉΜΑΤΑ ΠΡΟΤΕΊΝΟΥΜΕ ΤΗ ΧΡΉΣΗ ΝΤΟΜΆΤΑΣ ΚΑΙ ΑΜΠΈΛΟΥ, ΔΕΔΟΜΈΝΟΥ ΌΤΙ I) ΕΊΝΑΙ ΔΎΟ ΟΙΚΟΝΟΜΙΚΆ ΣΗΜΑΝΤΙΚΈΣ ΟΠΩΡΟΚΑΛΛΙΈΡΓΕΙΕΣ, II) ΚΑΙ ΤΑ ΔΎΟ ΑΠΟΤΕΛΟΎΝ ΚΑΛΉ ΠΗΓΉ ΔΕΥΤΕΡΟΓΕΝΏΝ ΜΕΤΑΒΟΛΙΤΏΝ ΚΑΙ III) ΟΛΟΈΝΑ ΚΑΙ ΠΕΡΙΣΣΌΤΕΡΑ ΩΜΙΚΆ ΔΕΔΟΜΈΝΑ ΠΑΡΆΓΟΝΤΑΙ ΣΥΝΕΧΏΣ ΓΙΑ ΤΑ ΕΝ ΛΌΓΩ ΕΊΔΗ. ΠΡΟΤΕΊΝΟΥΜΕ ΟΙ ΡΥΘΜΙΣΤΙΚΈΣ ΔΙΑΔΙΚΑΣΊΕΣ ΠΟΥ ΔΙΈΠΟΥΝ ΤΗ ΣΥΣΣΏΡΕΥΣΗ ΔΕΥΤΕΡΟΓΕΝΏΝ ΜΕΤΑΒΟΛΙΤΏΝ ΝΑ ΜΠΟΡΟΎΝ ΝΑ ΜΕΛΕΤΗΘΟΎΝ ΜΕ ΑΠΛΌ ΤΡΌΠΟ ΜΕ ΤΗΝ ΕΝΣΩΜΆΤΩΣΗ ΑΝΑΛΎΣΕΩΝ ΣΕ ΕΠΊΠΕΔΟ ΓΟΝΙΔΙΏΜΑΤΟΣ ΠΟΥ ΝΑ ΣΥΝΥΠΟΛΟΓΊΖΟΥΝ ΤΗΝ ΚΑΤΟΧΉ ΓΟΝΙΔΙΏΜΑΤΟΣ ΤΟΥ ΠΑΡΆΓΟΝΤΑ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉΣ, ΤΗ ΣΥΝΈΚΦΡΑΣΗ, ΤΙΣ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΈΣ ΑΠΟΚΡΊΣΕΙΣ ΣΤΗΝ ΕΝΕΡΓΟΠΟΊΗΣΗ Ή ΤΗΝ ΕΞΆΝΤΛΗΣΗ ΤΟΥ TF ΚΑΙ ΤΟΝ ΣΤΟΧΕΥΜΈΝΟ ΠΟΣΟΤΙΚΌ ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΜΌ ΤΩΝ ΜΕΤΑΒΟΛΙΤΏΝ. ΜΕ ΑΥΤΆ ΤΑ ΜΈΣΑ, Ο ΠΡΏΤΟΣ ΜΑΣ ΣΤΌΧΟΣ ΈΧΕΙ ΜΙΑ ΘΕΜΕΛΙΏΔΗ ΒΆΣΗ, ΚΑΘΏΣ ΑΝΟΊΓΕΙ ΤΟ ΔΡΌΜΟ ΓΙΑ ΤΟΝ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΜΌ ΤΗΣ ΟΙΚΟΓΈΝΕΙΑΣ R2R3-MYB (ΤΗΣ ΜΕΓΑΛΎΤΕΡΗΣ ΟΙΚΟΓΈΝΕΙΑΣ TF ΠΟΥ ΕΊΝΑΙ ΓΝΩΣΤΉ ΣΤΑ ΦΥΤΆ), ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΏΝΤΑΣ ΤΟ DEP-SEQ, ΜΙΑ ΠΡΌΣΦΑΤΑ ΑΝΑΠΤΥΧΘΕΊΣΑ ΜΈΘΟΔΟ ΓΙΑ ΤΟΝ ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΜΌ ΤΩΝ ΔΕΣΜΕΥΤΙΚΏΝ ΤΟΠΊΩΝ TF. Ο ΔΕΎΤΕΡΟΣ ΚΑΙ Ο ΤΡΊΤΟΣ ΣΤΌΧΟΣ ΕΊΝΑΙ ΠΙΟ ΕΣΤΙΑΣΜΈΝΟΙ ΚΑΙ ΘΑ ΣΥΜΒΆΛΟΥΝ ΣΤΗ ΔΙΑΣΑΦΉΝΙΣΗ ΤΟΥ ΡΌΛΟΥ ΜΙΑΣ ΣΥΓΚΕΚΡΙΜΈΝΗΣ ΥΠΟΟΜΆΔΑΣ ΑΥΤΉΣ ΤΗΣ ΟΙΚΟΓΈΝΕΙΑΣ ΣΤΟΝ ΚΑΝΟΝΙΣΜΌ ΓΙΑ ΤΗΝ ΠΟΡΕΊΑ ΤΩΝ ΙΣΟΠΡΑΝΟΕΙΔΏΝ ΚΑΤΆ ΤΗΝ ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΚΑΙ ΩΡΊΜΑΣΗ ΤΩΝ ΦΡΟΎΤΩΝ. ΜΕΤΑΦΈΡΟΝΤΑΣ ΤΙΣ ΓΝΏΣΕΙΣ ΜΑΣ ΓΙΑ ΤΟΥΣ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΜΟΎΣ ΤΟΥ MYB ΑΠΌ ΤΟ ΣΤΑΦΎΛΙ ΣΤΗ ΝΤΟΜΆΤΑ, ΘΑ ΜΠΟΡΈΣΟΥΜΕ ΝΑ ΕΚΜΕΤΑΛΛΕΥΤΟΎΜΕ ΌΛΕΣ ΤΙΣ ΔΙΑΘΈΣΙΜΕΣ ΤΕΧΝΙΚΈΣ ΓΙΑ ΤΟ ΕΊΔΟΣ ΑΥΤΌ (ΓΕΝΕΤΙΚΌΣ ΜΕΤΑΣΧΗΜΑΤΙΣΜΌΣ Π.Γ.), ΟΙ ΟΠΟΊΕΣ ΔΙΑΦΟΡΕΤΙΚΆ ΕΊΝΑΙ ΠΟΛΎ ΔΎΣΚΟΛΕΣ ΚΑΙ ΧΡΟΝΟΒΌΡΕΣ ΣΤΗΝ ΑΜΠΈΛΙΑ. Η ΠΑΡΟΎΣΑ ΠΡΌΤΑΣΗ ΑΠΟΤΕΛΕΊ ΤΟ ΠΡΏΤΟ ΒΉΜΑ ΤΟΥ PI ΓΙΑ ΤΗ ΔΗΜΙΟΥΡΓΊΑ ΚΑΙ ΤΗΝ ΕΔΡΑΊΩΣΗ ΜΙΑΣ ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΉΣ ΟΜΆΔΑΣ ΓΙΑ ΤΗ ΜΕΤΑΓΡΑΦΙΚΉ ΕΝΟΡΧΉΣΤΡΩΣΗ ΤΟΥ ΜΕΤΑΒΟΛΙΣΜΟΎ ΠΟΥ ΜΕΛΕΤΆΤΑΙ ΜΈΣΩ ΤΗΣ ΣΥΣΤΗΜΙΚΉΣ ΒΙΟΛΟΓΊΑΣ. ΤΟ ΠΡΟΤΕΙΝΌΜΕΝΟ ΣΧΈΔΙΟ ΈΧΕΙ ΔΙΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΌ ΧΑΡΑΚΤΉΡΑ ΠΟΥ ΑΝΤΙΠΡΟΣΩΠΕΎΕΙ ΜΙΑ ΕΞΑΙΡΕΤΙΚΉ ΕΥΚΑΙΡΊΑ ΔΙΑΜΌΡΦΩΣΗΣ ΓΙΑ ΤΟΥΣ ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΟΎΣ ΦΟΙΤΗΤΈΣ (ΜΕ ΤΗΝ ΠΑΡΟΎΣΑ ΠΡΌΤΑΣΗ ΖΗΤΕΊΤΑΙ ΥΠΟΤΡΟΦΊΑ ΔΙΔΑΚΤΟΡΙΚΟΎ). ΟΙ ΠΑΡΆΓΟΝΤΕΣ ΜΕΤΑΓΡΑΦΉΣ (TFS) ΠΕΡΙΛΑΜΒΆΝΟΥΝ ΜΙΑ ΚΑΤΆΛΛΗΛΗ ΠΕΡΊΠΤΩΣΗ ΜΕΛΈΤΗΣ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΤΙΜΕΤΏΠΙΣΗ ΤΗΣ ΣΥΜΠΕΡΙΦΟΡΆΣ ΤΩΝ ΕΝΟΤΉΤΩΝ ΣΤΑ ΔΊΚΤΥΑ, ΚΑΘΏΣ ΠΑΡΟΥΣΙΆΖΟΥΝ ΠΛΗΘΏΡΑ ΑΛΛΗΛΕΠΙΔΡΆΣΕΩΝ ΠΡΩΤΕΪΝΏΝ-ΠΡΩΤΕΪ́ΝΗΣ ΚΑΙ ΠΡΩΤΕΪ́ΝΗΣ-DNA, ΔΙΑΜΟΡΦΏΝΟΝΤΑΣ ΠΟΛΎΠΛΟΚΕΣ ΡΥΘΜΙΣΤΙΚΈΣ ΔΙΑΔΙΚΑΣΊΕΣ. ΥΠΌ ΤΗΝ ΈΝΝΟΙΑ ΑΥΤΉ, ΤΟ ΈΡΓΟ ΈΧΕΙ ΤΗ ΔΥΝΑΤΌΤΗΤΑ ΝΑ ΕΝΤΟΠΊΣΕΙ ΤΡΌΠΟΥΣ ΓΙΑ ΤΗ ΒΕΛΤΊΩΣΗ ΤΟΥ ΔΙΑΤΡΟΦΙΚΟΎ ΠΕΡΙΕΧΟΜΈΝΟΥ ΤΩΝ ΤΡΟΦΊΜΩΝ, ΠΡΟΣΔΙΟΡΊΖΟΝΤΑΣ ΤΙΣ ΡΥΘΜΙΣΤΙΚΈΣ ΑΡΧΈΣ ΤΩΝ ΕΝ ΛΌΓΩ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΏΝ. Η ΠΑΡΟΎΣΑ ΠΡΌΤΑΣΗ, ΠΑΡΆ ΤΟ ΓΕΓΟΝΌΣ ΌΤΙ ΑΡΧΙΚΆ ΑΝΤΙΣΤΟΙΧΕΊ ΣΕ ΒΑΣΙΚΈΣ ΕΠΙΣΤΉΜΕΣ, ΑΝΤΙΜΕΤΩΠΊΖΕΙ ΕΠΊΣΗΣ ΚΟΙΝΩΝΙΚΈΣ ΠΡΟΚΛΉΣΕΙΣ ΠΟΥ ΣΧΕΤΊΖΟΝΤΑΙ ΜΕ ΤΟ ΔΙΑΤΡΟΦΙΚΌ ΠΕΡΙΕΧΌΜΕΝΟ ΤΩΝ ΤΡΟΦΊΜΩΝ ΠΟΥ ΠΡΟΈΡΧΟΝΤΑΙ ΑΠΌ ΦΥΤΆ. Η ΚΑΤΑΝΌΗΣΗ ΑΥΤΏΝ ΤΩΝ ΜΗΧΑΝΙΣΜΏΝ ΑΠΟΤΕΛΕΊ ΒΑΣΙΚΌ ΠΌΡΟ ΓΙΑ ΤΟΝ ΑΝΤΊΚΤΥΠΟ ΤΩΝ ΠΡΟΓΡΑΜΜΆΤΩΝ ΑΝΑΠΑΡΑΓΩΓΉΣ ΚΑΙ ΤΗΝ ΠΡΟΏΘΗΣΗ ΤΗΣ ΑΝΆΠΤΥΞΗΣ ΣΤΡΑΤΗΓΙΚΏΝ ΓΙΑ ΤΗ ΜΗΧΑΝΙΚΉ ΠΙΟ ΥΓΙΕΙΝΆ ΤΡΌΦΙΜΑ. (Greek)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    PLANTER FREMSTILLER SPECIALISEREDE METABOLITTER, DER HJÆLPER I INTERAKTION OG OVERLEVELSE MED DERES MILJØ. DISSE FORBINDELSER, KALDET ¿SEKUNDÆRE METABOLITTER^, PÅVIRKER KVALITETSEGENSKABER I FØDEVARER (SÅSOM FARVE, SMAG, TEKSTUR OG AROMA), UDGØR EN RIG KILDE TIL FORDELE FOR MENNESKERS SUNDHED OG UDGØR BYGGESTENENE TIL UDVIKLING AF NYE LÆGEMIDLER. MEN, OG PÅ TRODS AF DERES BETYDNING, DE ER BEGRÆNSET I FOREKOMSTEN OG BEGRÆNSET PÅ EN TIDSMÆSSIG OG RUMLIG MÅDE. NAVNLIG ER DE PROCESSER, DER STYRER DEN SEKUNDÆRE METABOLISME I KØDFULDE FRUGTER, STORT SET UKENDTE OG UDGØR ET ENORMT POTENTIALE FOR AGROINDUSTRIEN. PROJEKTET, SOM VI FORESLÅR BIDRAGER TIL DENNE VIDEN VED AT AFKODE GENREGULERINGSNETVÆRK AF TO MEGET VIGTIGE SEKUNDÆRE METABOLISERINGSVEJE: PHENYLPROPANOIDER OG ISOPRENOIDER. KERNEN I DETTE PROJEKT ER BASERET PÅ BRUGEN AF MULTI-OMICS TILGANGE OG SYSTEMER BIOLOGI VÆRKTØJER TIL AT BESTEMME, HVORDAN TRANSSKRIPTIONSFAKTORER (TFS) STYRER HVER AF DISSE VEJE. SOM MODELSYSTEMER FORESLÅR VI BRUGEN AF TOMAT OG VINAVL, DA I) DE ER TO ØKONOMISK VIGTIGE FRUGTAFGRØDER, II) BEGGE UDGØR EN GOD KILDE TIL SEKUNDÆRE METABOLITTER OG III) EN STIGENDE MÆNGDE OMIKDATA GENERERES LØBENDE FOR DISSE ARTER. VI FORESLÅR, AT DE REGULERINGSPROCESSER, DER STYRER AKKUMULERINGEN AF SEKUNDÆRE METABOLITTER, LET KAN UNDERSØGES VED AT INTEGRERE GENOMDÆKKENDE ANALYSER, DER TAGER HØJDE FOR TRANSSKRIPTIONSFAKTORENS GENOMBELÆGNING, CO-EKSPRESSION, TRANSKRIPTOMRESPONS PÅ TF-AKTIVERING ELLER -DEPLETION OG MÅLRETTET KVANTIFICERING AF METABOLITTER. PÅ DENNE MÅDE HAR VORES FØRSTE MÅL ET GRUNDLÆGGENDE GRUNDLAG, DA DET BANER VEJEN FOR KARAKTERISERINGEN AF R2R3-MYB-FAMILIEN (DEN STØRSTE TF-FAMILIE KENDT I PLANTER) VED HJÆLP AF DEP-SEQ, EN NYLIGT UDVIKLET METODE TIL AT BESTEMME TF-BINDENDE LANDSKABER. DET ANDET OG TREDJE MÅL ER MERE FOKUSERET OG VIL BIDRAGE TIL AT BELYSE DEN ROLLE, SOM EN BESTEMT UNDERGRUPPE AF DENNE FAMILIE SPILLER I REGULERINGEN AF ISOPRENOIDVEJEN UNDER FRUGTUDVIKLING OG MODNING. VED AT OVERFØRE VORES VIDEN OM MYB KARAKTERISERINGER FRA DRUE TIL TOMAT, VIL VI VÆRE I STAND TIL AT DRAGE FORDEL AF ALLE DE TEKNIKKER TIL RÅDIGHED FOR DENNE ART (E.G. GENETISK TRANSFORMATION), SOM ELLERS ER MEGET VANSKELIGE OG TIDSKRÆVENDE I VINSTOKKE. DETTE FORSLAG ER DET FØRSTE SKRIDT I PI TIL AT OPRETTE OG KONSOLIDERE EN FORSKERGRUPPE I TRANSSKRIPTIONEL ORKESTRERING AF METABOLISME STUDERET GENNEM SYSTEMBIOLOGI. DET FORESLÅEDE PROJEKT HAR EN TVÆRFAGLIG KARAKTER, DER REPRÆSENTERER EN FREMRAGENDE FORMATIV MULIGHED FOR KANDIDATSTUDERENDE (DER ANMODES OM ET PH.D.-STIPENDIUM SAMMEN MED DETTE FORSLAG). TRANSSKRIPTIONSFAKTORER (TFS) OMFATTER ET PASSENDE TILFÆLDE AF UNDERSØGELSE TIL HÅNDTERING AF ADFÆRD AF MODULER I NETVÆRK, DA DE UDVISER OVERFLOD AF PROTEIN-PROTEIN OG PROTEIN-DNA INTERAKTIONER, FORME KOMPLEKSE LOVGIVNINGSMÆSSIGE PROCESSER. I DENNE HENSEENDE HAR PROJEKTET POTENTIALE TIL AT IDENTIFICERE METODER TIL AT FORBEDRE ERNÆRINGSINDHOLDET I FØDEVARER VED AT IDENTIFICERE DE REGULERENDE MYNDIGHEDER FOR SÅDANNE EGENSKABER. SELV OM DETTE FORSLAG I FØRSTE OMGANG SVARER TIL GRUNDLÆGGENDE VIDENSKAB, TAGER DET OGSÅ FAT PÅ SAMFUNDSMÆSSIGE UDFORDRINGER I FORBINDELSE MED NÆRINGSINDHOLDET I VEGETABILSKE FØDEVARER. FORSTÅELSE AF DISSE MEKANISMER UDGØR EN VÆSENTLIG RESSOURCE FOR AT PÅVIRKE AVLSPROGRAMMER OG FAVORISERE UDVIKLINGEN AF STRATEGIER FOR INGENIØR SUNDERE FØDEVARER. (Danish)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    KASVIT VALMISTAVAT ERIKOISTUNEITA METABOLIITTEJA, JOTKA AUTTAVAT VUOROVAIKUTUKSESSA JA ELOONJÄÄMISESSÄ YMPÄRISTÖN KANSSA. NÄMÄ YHDISTEET, JOITA KUTSUTAAN SEKUNDÄÄRISIKSI AINEENVAIHDUNTATUOTTEIKSI, VAIKUTTAVAT ELINTARVIKKEIDEN LAATUOMINAISUUKSIIN (KUTEN VÄRI, MAKU, RAKENNE JA AROMI), JA NE TARJOAVAT RUNSAASTI HYÖTYÄ IHMISTEN TERVEYDELLE JA EDUSTAVAT UUSIEN LÄÄKKEIDEN KEHITTÄMISEN RAKENNUSPALIKOITA. NIIDEN MERKITYKSESTÄ HUOLIMATTA NIIDEN ESIINTYMINEN ON KUITENKIN RAJALLISTA JA NIITÄ ON RAJOITETTU AJALLISESTI JA ALUEELLISESTI. ERITYISESTI LIHAISISSA HEDELMISSÄ TAPAHTUVAN SEKUNDAARISEN AINEENVAIHDUNNAN HALLINTAPROSESSIT OVAT SUURELTA OSIN TUNTEMATTOMIA, JA NE TARJOAVAT VALTAVAN POTENTIAALIN MAATALOUSTEOLLISUUDELLE. EHDOTTAMAMME HANKE EDISTÄÄ TÄTÄ TIETÄMYSTÄ TULKITSEMALLA KAHDEN ERITTÄIN TÄRKEÄN SEKUNDAARISEN METABOLISEN REITIN GEENIEN SÄÄNTELYVERKOSTOT: FENYYLIPROPANOIDIT JA ISOPRENOIDIT. HANKKEEN YDIN PERUSTUU MONIOMIIKAN LÄHESTYMISTAPOJEN JA SYSTEEMIBIOLOGIAN VÄLINEIDEN KÄYTTÖÖN, JOTTA VOIDAAN MÄÄRITTÄÄ, MITEN TRANSKRIPTIOTEKIJÄT (TFS) HALLITSEVAT KUTAKIN NÄISTÄ POLUISTA. MALLIJÄRJESTELMISSÄ EHDOTETAAN TOMAATTIEN JA RYPÄLEIDEN KÄYTTÖÄ, KOSKA I) NE OVAT KAKSI TALOUDELLISESTI TÄRKEÄÄ HEDELMÄKASVIA, II) MOLEMMAT OVAT HYVÄ SEKUNDAARISTEN METABOLIITTIEN LÄHDE JA III) NÄISTÄ LAJEISTA TUOTETAAN JATKUVASTI YHÄ ENEMMÄN OMIIKKATIETOJA. EHDOTAMME, ETTÄ SEKUNDAARISTEN METABOLIITTIEN KERTYMISTÄ SÄÄTELEVIÄ SÄÄNTELYPROSESSEJA VOIDAAN SUORAAN TUTKIA INTEGROIMALLA GENOMIN LAAJUISIA ANALYYSEJÄ, JOISSA OTETAAN HUOMIOON TRANSKRIPTIOTEKIJÄN GENOMIN KÄYTTÖ, RINNAKKAISILMAISU, TRANSKRIPTOMIVASTEET TF-AKTIVAATIOON TAI EHTYMISEEN SEKÄ METABOLIITTIEN KOHDENNETTU KVANTIFIOINTI. NÄILLÄ KEINOILLA ENSIMMÄISELLÄ TAVOITTEELLAMME ON PERUSTA, KOSKA SE TASOITTAA TIETÄ R2R3-MYB-PERHEEN (SUURIN KASVEISSA TUNNETTU TF-PERHE) LUONNEHDINNASSA KÄYTTÄMÄLLÄ DEP-SEQIÄ, JOKA ON ÄSKETTÄIN KEHITETTY MENETELMÄ TF-SITOVIEN MAISEMIEN MÄÄRITTÄMISEKSI. TOINEN JA KOLMAS TAVOITE OVAT KOHDENNETUMPIA JA AUTTAVAT SELVENTÄMÄÄN TÄMÄN PERHEEN TIETYN ALARYHMÄN ROOLIA ISOPRENOIDIREITTIÄ KOSKEVASSA ASETUKSESSA HEDELMIEN KEHITTÄMISEN JA KYPSYMISEN AIKANA. SIIRTÄMÄLLÄ TIETOMME MYB-LUOKITTELUISTA RYPÄLEISTÄ TOMAATTIIN PYSTYMME HYÖDYNTÄMÄÄN KAIKKIA TÄMÄN LAJIN KÄYTETTÄVISSÄ OLEVIA TEKNIIKOITA (ESIM. GENEETTINEN MUUTOS), JOTKA MUUTEN OVAT HYVIN VAIKEITA JA AIKAA VIEVIÄ RYPÄLEISSÄ. TÄMÄ EHDOTUS ON ENSIMMÄINEN VAIHE PI:N PERUSTAMISESSA JA VAKIINNUTTAMISESSA TUTKIMUSRYHMÄN PERUSTAMISESSA JA VAKIINNUTTAMISESSA SYSTEEMIBIOLOGIAN KAUTTA TUTKITUN AINEENVAIHDUNNAN TRANSKRIPTIOSSA. EHDOTETTU HANKE ON LUONTEELTAAN TIETEIDENVÄLINEN JA TARJOAA ERINOMAISEN TILAISUUDEN JATKO-OPISKELIJOILLE (TÄMÄN EHDOTUKSEN YHTEYDESSÄ HAETAAN TOHTORINTUTKINTOAPURAHAA). TRANSKRIPTIOTEKIJÄT (TFS) MUODOSTAVAT SOPIVAN TAPAUKSEN TUTKIA MODUULIEN KÄYTTÄYTYMISTÄ VERKOSTOISSA, KOSKA NIISSÄ ON LUKUISIA PROTEIINI-PROTEIINI- JA PROTEIINI-DNA-VUOROVAIKUTUKSIA, MUOKKAAMALLA MONIMUTKAISIA SÄÄNTELYPROSESSEJA. TÄSSÄ MIELESSÄ HANKKEESSA VOIDAAN YKSILÖIDÄ TAPOJA PARANTAA ELINTARVIKKEIDEN RAVINTOSISÄLTÖÄ MÄÄRITTÄMÄLLÄ TÄLLAISTEN OMINAISUUKSIEN SÄÄNTELYVIRANOMAISET. TÄMÄ EHDOTUS VASTAA ALUKSI PERUSTIEDETTÄ, MUTTA SIINÄ KÄSITELLÄÄN MYÖS KASVIPERÄISTEN ELINTARVIKKEIDEN RAVITSEMUKSELLISIIN SISÄLTÖIHIN LIITTYVIÄ YHTEISKUNNALLISIA HAASTEITA. NÄIDEN MEKANISMIEN YMMÄRTÄMINEN ON OLENNAINEN VOIMAVARA JALOSTUSOHJELMIEN VAIKUTTAMISESSA JA TERVEELLISEMPIEN ELINTARVIKKEIDEN SUUNNITTELUSTRATEGIOIDEN KEHITTÄMISEN EDISTÄMISESSÄ. (Finnish)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    IMPJANTI JIMMANIFATTURAW METABOLITI SPEĊJALIZZATI LI JGĦINU FL-INTERAZZJONI U S-SOPRAVIVENZA MAL-AMBJENT TAGĦHOM. DAWN IL-KOMPOSTI, IMSEJĦA METABOLITI SEKONDARJI, JINFLUWENZAW IL-KARATTERISTIĊI TAL-KWALITÀ FL-IKEL (BĦALL-KULUR, IT-TOGĦMA, IS-SAWRA U L-AROMA), JIKKOSTITWIXXU SORS RIKK TA’ BENEFIĊĊJI GĦAS-SAĦĦA TAL-BNIEDEM U JIRRAPPREŻENTAW L-ELEMENTI KOSTITWENTI GĦALL-IŻVILUPP TA’ FARMAĊEWTIĊI ĠODDA. MADANKOLLU, U MINKEJJA L-IMPORTANZA TAGĦHOM, HUMA LIMITATI FL-OKKORRENZA U RISTRETTI B’MOD TEMPORALI U SPAZJALI. B’MOD PARTIKOLARI, IL-PROĊESSI LI JIKKONTROLLAW IL-METABOLIŻMU SEKONDARJU FIL-FROTT FLESHY FIL-BIĊĊA L-KBIRA MHUMIEX MAGĦRUFA U JIRRAPPREŻENTAW POTENZJAL ENORMI GĦAS-SETTUR TAL-AGROINDUSTRIJA. IL-PROĠETT LI NIPPROPONU JIKKONTRIBWIXXI F’DAN L-GĦARFIEN BILLI JIDDEĊIFRA N-NETWERKS REGOLATORJI TAL-ĠENI TA’ ŻEWĠ MOGĦDIJIET METABOLIĊI SEKONDARJI IMPORTANTI ĦAFNA: FENILPROPANOJDI U ISOPRENOJDI. IL-QALBA TA’ DAN IL-PROĠETT HIJA BBAŻATA FUQ L-UŻU TA’ APPROĊĊI MULTI-OMIĊI U GĦODOD TA’ BIJOLOĠIJA TAS-SISTEMI BIEX JIĠI DDETERMINAT KIF IL-FATTURI TAT-TRASKRIZZJONI (TFS) JIKKONTROLLAW KULL WAĦDA MINN DAWN IL-MOGĦDIJIET. BĦALA SISTEMI MUDELL NIPPROPONU L-UŻU TAT-TADAM U D-DWIELI, BĦALA I) HUMA ŻEWĠ UĊUĦ TAL-FROTT EKONOMIKAMENT IMPORTANTI, II) IT-TNEJN JIKKOSTITWIXXU SORS TAJJEB TA ‘METABOLITI SEKONDARJI U III) AMMONT DEJJEM JIŻDIED TA’ DATA OMICS QED JIĠU ĠĠENERATI KONTINWAMENT GĦAL DAWN L-ISPEĊI. AĦNA NIPPROPONU LI L-PROĊESSI REGOLATORJI LI JIRREGOLAW L-AKKUMULAZZJONI TA’ METABOLITI SEKONDARJI JISTGĦU JIĠU STUDJATI B’MOD SEMPLIĊI BILLI JIĠU INTEGRATI ANALIŻIJIET MIFRUXA MAL-ĠENOMA LI JQISU L-OKKUPANZA TAL-ĠENOMA TAL-FATTUR TAT-TRASKRIZZJONI, IL-KOESPRESSJONI, IT-TRASKRIZZJONI, IT-TRASKRIZZJONI GĦALL-ATTIVAZZJONI JEW IT-TNAQQIS TAT-TF U L-KWANTIFIKAZZJONI MMIRATA TAL-METABOLITI. PERMEZZ TA’ DAWN IL-MEZZI, L-EWWEL OBJETTIV TAGĦNA GĦANDU BAŻI FUNDAMENTALI PERESS LI JWITTI T-TRIQ FIL-KARATTERIZZAZZJONI TAL-FAMILJA R2R3-MYB (L-AKBAR FAMILJA TA’ TF MAGĦRUFA FIL-PJANTI), BL-UŻU TA’ DEP-SEQ, METODU ŻVILUPPAT REĊENTEMENT BIEX JIĠU DDETERMINATI L-PAJSAĠĠI VINKOLANTI TF. IT-TIENI U T-TIELET OBJETTIVI HUMA AKTAR IFFUKATI U SE JIKKONTRIBWIXXU BIEX JIĠI ĊĊARAT IR-RWOL TA’ SOTTOGRUPP PARTIKOLARI TA’ DIN IL-FAMILJA FIR-REGOLAMENT TAL-MOGĦDIJA ISOPRENOJDI MATUL L-IŻVILUPP U L-MATURAZZJONI TAL-FROTT. BIT-TRASFERIMENT GĦARFIEN TAGĦNA TA ‘KARATTERIZZAZZJONIJIET MYB MINN GĦENEB GĦAL TADAM, AĦNA SE JKUNU JISTGĦU JIEĦDU VANTAĠĠ TAT-TEKNIKI KOLLHA DISPONIBBLI GĦAL DIN L-ISPEĊI (EG TRASFORMAZZJONI ĠENETIKA) LI INKELLA HUMA DIFFIĊLI ĦAFNA U JIEĦDU ĦAFNA ĦIN FID-DWIELI. DIN IL-PROPOSTA TIRRAPPREŻENTA L-EWWEL PASS TAL-PI FIT-TWAQQIF U L-KONSOLIDAZZJONI TA’ GRUPP TA’ RIĊERKA FL-ORKESTRAZZJONI TRASKRIZZJONALI TAL-METABOLIŻMU STUDJAT PERMEZZ TAL-BIJOLOĠIJA TAS-SISTEMI. IL-PROĠETT PROPOST GĦANDU NATURA INTERDIXXIPLINARJA LI TIRRAPPREŻENTA OPPORTUNITÀ FORMATTIVA EĊĊELLENTI GĦALL-ISTUDENTI GRADWATI (GĦOTJA TA’ DOTTORAT HIJA MITLUBA FLIMKIEN MA’ DIN IL-PROPOSTA). IL-FATTURI TAT-TRASKRIZZJONI (TFS) JINKLUDU KAŻ XIERAQ TA’ STUDJU BIEX TIĠI INDIRIZZATA L-IMĠIBA TAL-MODULI FIN-NETWERKS PERESS LI DAWN JURU GĦADD KBIR TA’ INTERAZZJONIJIET BEJN IL-PROTEINI U L-PROTEINI U D-DNA, U JIFFURMAW PROĊESSI REGOLATORJI KUMPLESSI. F’DAN IS-SENS, IL-PROĠETT GĦANDU L-POTENZJAL LI JIDENTIFIKA MODI BIEX ITEJJEB IL-KONTENUT NUTRITTIV FL-IKEL, BILLI JIDENTIFIKA R-REGOLATURI TA’ DAWN IL-KARATTERISTIĊI. DIN IL-PROPOSTA, MINKEJJA LI TIKKORRISPONDI INIZJALMENT GĦAX-XJENZA BAŻIKA, TINDIRIZZA WKOLL L-ISFIDI TAS-SOĊJETÀ RELATATI MAL-KONTENUT NUTRITTIV TA’ IKEL DERIVAT MILL-PJANTI. FEHIM DAWN IL-MEKKANIŻMI JIRRAPPREŻENTA RIŻORSA ESSENZJALI GĦALL-IMPATT PROGRAMMI TNISSIL U JIFFAVORIXXU L-IŻVILUPP TA ‘STRATEĠIJI GĦALL-INĠINERIJA IKEL B’SAĦĦITHOM. (Maltese)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    AUGI RAŽO SPECIALIZĒTUS METABOLĪTUS, KAS VEICINA MIJIEDARBĪBU UN IZDZĪVOŠANU AR VIDI. ŠIE SAVIENOJUMI, KO DĒVĒ PAR SEKUNDĀRIEM METABOLĪTIEM, IETEKMĒ PĀRTIKAS PRODUKTU KVALITĀTES ĪPAŠĪBAS (PIEMĒRAM, KRĀSU, GARŠU, TEKSTŪRU UN AROMĀTU), IR BAGĀTĪGS IEGUVUMU AVOTS CILVĒKU VESELĪBAI UN VEIDO PAMATU JAUNU FARMACEITISKO LĪDZEKĻU IZSTRĀDEI. TOMĒR, NESKATOTIES UZ TO NOZĪMI, TIE IR IEROBEŽOTI UN IEROBEŽOTI LAIKĀ UN TELPĀ. JO ĪPAŠI PROCESI, KAS KONTROLĒ SEKUNDĀRO METABOLISMU MĪKSTAJOS AUGĻOS, LIELĀ MĒRĀ NAV ZINĀMI, UN TIEM IR MILZĪGS POTENCIĀLS AGRORŪPNIECĪBAS NOZARĒ. MŪSU PIEDĀVĀTAIS PROJEKTS DOD IEGULDĪJUMU ŠAJĀS ZINĀŠANĀS, ATŠIFRĒJOT DIVU ĻOTI SVARĪGU SEKUNDĀRO METABOLISMA CEĻU GĒNU REGULĒŠANAS TĪKLUS: FENILPROPANOĪDI UN IZOPRENOĪDI. ŠĀ PROJEKTA PAMATĀ IR MULTIOMIKU PIEEJU UN SISTĒMU BIOLOĢIJAS RĪKU IZMANTOŠANA, LAI NOTEIKTU, KĀ TRANSKRIPCIJAS FAKTORI (TFS) KONTROLĒ KATRU NO ŠIEM CEĻIEM. KĀ PARAUGSISTĒMAS MĒS IEROSINĀM IZMANTOT TOMĀTUS UN VĪNKOPĪBAS, JO I) TIE IR DIVAS EKONOMISKI NOZĪMĪGAS AUGĻU KULTŪRAS, II) ABI IR LABS SEKUNDĀRO METABOLĪTU AVOTS UN III) ARVIEN VAIRĀK OMISKO DATU TIEK PASTĀVĪGI ĢENERĒTI PAR ŠĪM SUGĀM. MĒS IEROSINĀM, KA REGULATĪVOS PROCESUS, KAS REGLAMENTĒ SEKUNDĀRO METABOLĪTU UZKRĀŠANOS, VAR VIENKĀRŠI IZPĒTĪT, INTEGRĒJOT GENOMA MĒROGA ANALĪZES, KAS VEIDO TRANSKRIPCIJAS FAKTORA GENOMA NOSPROSTOŠANOS, KOEKSPRESIJU, TRANSKRIPTOME REAKCIJU UZ TF AKTIVĀCIJU VAI IZSĪKŠANU UN METABOLĪTU MĒRĶTIECĪGU KVANTIFICĒŠANU. AR ŠIEM LĪDZEKĻIEM MŪSU PIRMAJAM MĒRĶIM IR PAMATS, JO TAS PAVER CEĻU R2R3-MYB SAIMES RAKSTUROŠANAI (LIELĀKĀ TF ĢIMENE, KAS PAZĪSTAMA AUGOS), IZMANTOJOT DEP-SEQ, NESEN IZSTRĀDĀTU METODI, LAI NOTEIKTU TF SAISTOŠĀS AINAVAS. OTRAIS UN TREŠAIS MĒRĶIS IR KONCENTRĒTĀKI UN PALĪDZĒS NOSKAIDROT ŠĪS ĢIMENES KONKRĒTAS APAKŠGRUPAS LOMU REGULĀ PAR IZOPRENOĪDA CEĻU AUGĻU ATTĪSTĪBAS UN NOGATAVOŠANĀS LAIKĀ. NODODOT MŪSU ZINĀŠANAS PAR MYB RAKSTUROJUMU NO VĪNOGU UZ TOMĀTIEM, MĒS VARĒSIM IZMANTOT VISAS PIEEJAMĀS METODES ŠAI SUGAI (E.G. ĢENĒTISKĀ TRANSFORMĀCIJA), KAS CITĀDI IR ĻOTI GRŪTI UN LAIKIETILPĪGI VĪNKOPĪBAS. ŠIS PRIEKŠLIKUMS IR PIRMAIS PI SOLIS, LAI IZVEIDOTU UN KONSOLIDĒTU PĒTNIECĪBAS GRUPU METABOLISMA TRANSKRIPCIJAS ORĶESTRĀCIJĀ, KAS PĒTĪTA, IZMANTOJOT SISTĒMU BIOLOĢIJU. IEROSINĀTAJAM PROJEKTAM IR STARPDISCIPLINĀRS RAKSTURS, KAS IR LIELISKA FORMATĪVA IESPĒJA MAĢISTRANTŪRAS STUDENTIEM (SASKAŅĀ AR ŠO PRIEKŠLIKUMU TIEK PIEPRASĪTA DOKTORANTŪRAS STIPENDIJA). TRANSKRIPCIJAS FAKTORI (TFS) IETVER PIEMĒROTU PĒTĪJUMU, LAI RISINĀTU MODUĻU UZVEDĪBU TĪKLOS, JO TIEM PIEMĪT DAUDZ OLBALTUMVIELU-PROTEĪNU UN OLBALTUMVIELU-DNS MIJIEDARBĪBAS, VEIDOJOT SAREŽĢĪTUS REGULATĪVOS PROCESUS. ŠAJĀ ZIŅĀ PROJEKTAM IR POTENCIĀLS NOTEIKT VEIDUS, KĀ UZLABOT UZTURVIELU SATURU PĀRTIKAS PRODUKTOS, NOSAKOT ŠĀDU PAZĪMJU REGULATORUS. LAI GAN ŠIS PRIEKŠLIKUMS SĀKOTNĒJI ATBILST FUNDAMENTĀLAJAI ZINĀTNEI, TAJĀ RISINĀTAS ARĪ SABIEDRĪBAS PROBLĒMAS, KAS SAISTĪTAS AR AUGU IZCELSMES PĀRTIKAS UZTURVIELU SATURU. IZPRATNE PAR ŠIEM MEHĀNISMIEM IR BŪTISKS RESURSS, LAI IETEKMĒTU SELEKCIJAS PROGRAMMAS UN VEICINĀTU STRATĒĢIJU IZSTRĀDI INŽENIERZINĀTŅU VESELĪGĀKAI PĀRTIKAI. (Latvian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    ZÁVODY VYRÁBAJÚ ŠPECIALIZOVANÉ METABOLITY, KTORÉ POMÁHAJÚ PRI INTERAKCII A PREŽITÍ S ICH ŽIVOTNÝM PROSTREDÍM. TIETO ZLÚČENINY, NAZÝVANÉ „SEKUNDÁRNE METABOLITY“, OVPLYVŇUJÚ VLASTNOSTI KVALITY POTRAVÍN (AKO JE FARBA, CHUŤ, TEXTÚRA A ARÓMA), SÚ BOHATÝM ZDROJOM VÝHOD PRE ĽUDSKÉ ZDRAVIE A PREDSTAVUJÚ STAVEBNÉ KAMENE PRE VÝVOJ NOVÝCH LIEKOV. NAPRIEK ICH DÔLEŽITOSTI SÚ VŠAK VÝSKYTY OBMEDZENÉ A ČASOVO A PRIESTOROVO OBMEDZENÉ. NAJMÄ PROCESY KONTROLY SEKUNDÁRNEHO METABOLIZMU V MÄSITOM OVOCÍ SÚ DO ZNAČNEJ MIERY NEZNÁME A PREDSTAVUJÚ OBROVSKÝ POTENCIÁL PRE AGROPRIEMYSELNÝ SEKTOR. PROJEKT, KTORÝ NAVRHUJEME, PRISPIEVA K TÝMTO POZNATKOM DEŠIFROVANÍM GÉNOVÝCH REGULAČNÝCH SIETÍ DVOCH VEĽMI DÔLEŽITÝCH SEKUNDÁRNYCH METABOLICKÝCH CIEST: FENYLPROPANOIDY A IZOPRONOIDY. JADRO TOHTO PROJEKTU JE ZALOŽENÉ NA POUŽITÍ MULTI-OMICKÝCH PRÍSTUPOV A SYSTÉMOVÝCH BIOLOGICKÝCH NÁSTROJOV NA URČENIE TOHO, AKO TRANSKRIPČNÉ FAKTORY (TFS) KONTROLUJÚ KAŽDÚ Z TÝCHTO CIEST. AKO MODELOVÉ SYSTÉMY NAVRHUJEME POUŽÍVANIE RAJČIAKOV A VINIČA, PRETOŽE I) SÚ TO DVE EKONOMICKY VÝZNAMNÉ OVOCNÉ PLODINY, II) OBIDVA PREDSTAVUJÚ DOBRÝ ZDROJ SEKUNDÁRNYCH METABOLITOV A III) NEUSTÁLE SA VYTVÁRA ČORAZ VÄČŠIE MNOŽSTVO ÚDAJOV O OMICIACH PRE TIETO DRUHY. NAVRHUJEME, ABY SA REGULAČNÉ PROCESY, KTORÝMI SA RIADI AKUMULÁCIA SEKUNDÁRNYCH METABOLITOV, MOHLI PRIAMO PRESKÚMAŤ INTEGRÁCIOU CELOGENÓMOVÝCH ANALÝZ, KTORÉ ZOHĽADŇUJÚ OBSADENIE TRANSKRIPČNÉHO FAKTORA GENÓMU, KOEXPRESIU, TRANSKRIPTÓMOVÉ REAKCIE NA AKTIVÁCIU ALEBO VYČERPANIE TF A CIELENÚ KVANTIFIKÁCIU METABOLITOV. TÝMTO SPÔSOBOM MÁ NÁŠ PRVÝ CIEĽ ZÁKLADNÝ ZÁKLAD, PRETOŽE DLÁŽDI CESTU V CHARAKTERIZÁCII RODINY R2R3-MYB (NAJVÄČŠIA RODINA TF ZNÁMA V RASTLINÁCH) POMOCOU DEP-SEQ, NEDÁVNO VYVINUTEJ METÓDY NA URČENIE KRAJINY VIAŽUCEJ TF. DRUHÝ A TRETÍ CIEĽ SÚ CIELENEJŠIE A PRISPEJÚ K OBJASNENIU ÚLOHY KONKRÉTNEJ PODSKUPINY TEJTO RODINY V REGULÁCII IZOOPRENOIDNEJ DRÁHY POČAS VÝVOJA A DOZRIEVANIA PLODOV. PRENOSOM NAŠICH POZNATKOV O CHARAKTERISTIKÁCH MYB Z HROZNOVÝCH RAJČIAKOV BUDEME SCHOPNÍ VYUŽIŤ VŠETKY DOSTUPNÉ TECHNIKY PRE TENTO DRUH (G. GENETICKÁ TRANSFORMÁCIA), KTORÉ SÚ INAK VEĽMI NÁROČNÉ A ČASOVO NÁROČNÉ VINIČA. TENTO NÁVRH PREDSTAVUJE PRVÝ KROK PI PRI ZRIAĎOVANÍ A KONSOLIDÁCII VÝSKUMNEJ SKUPINY V TRANSKRIPČNEJ ORCHESTRÁCII METABOLIZMU ŠTUDOVANEJ PROSTREDNÍCTVOM SYSTÉMOVEJ BIOLÓGIE. NAVRHOVANÝ PROJEKT MÁ INTERDISCIPLINÁRNY CHARAKTER, KTORÝ PREDSTAVUJE VYNIKAJÚCU FORMAČNÚ PRÍLEŽITOSŤ PRE POSTGRADUÁLNYCH ŠTUDENTOV (K TOMUTO NÁVRHU SA ŽIADA DOKTORANDSKÝ GRANT). TRANSKRIPČNÉ FAKTORY (TFS) ZAHŔŇAJÚ VHODNÝ PRÍPAD ŠTÚDIE NA RIEŠENIE SPRÁVANIA MODULOV V SIEŤACH, PRETOŽE VYKAZUJÚ NEPREBERNÉ MNOŽSTVO INTERAKCIÍ PROTEÍN-PROTEÍN A PROTEÍN-DNA, ČÍM SA FORMUJÚ ZLOŽITÉ REGULAČNÉ PROCESY. V TOMTO ZMYSLE MÁ PROJEKT POTENCIÁL IDENTIFIKOVAŤ SPÔSOBY ZLEPŠENIA VÝŽIVOVÉHO OBSAHU V POTRAVINÁCH PROSTREDNÍCTVOM IDENTIFIKÁCIE REGULÁTOROV TAKÝCHTO VLASTNOSTÍ. TENTO NÁVRH, NAPRIEK TOMU, ŽE SPOČIATKU ZODPOVEDÁ ZÁKLADNEJ VEDE, RIEŠI AJ SPOLOČENSKÉ VÝZVY SÚVISIACE S VÝŽIVOVÝM OBSAHOM POTRAVÍN POCHÁDZAJÚCICH Z RASTLÍN. POCHOPENIE TÝCHTO MECHANIZMOV PREDSTAVUJE ZÁKLADNÝ ZDROJ PRE VPLYV ŠĽACHTITEĽSKÝCH PROGRAMOV A PODPORU ROZVOJA STRATÉGIÍ PRE INŽINIERSTVO ZDRAVŠÍCH POTRAVÍN. (Slovak)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    DÉANANN PLANDAÍ MEITIBILÍTÍ SPEISIALAITHE A MHONARÚ A CHABHRAÍONN LEIS AN IDIRGHNÍOMHÚ AGUS LEIS AN MARTHANAS LENA DTIMPEALLACHT. BÍONN TIONCHAR AG NA COMHDHÚILE SIN, DÁ NGAIRTEAR MEITIBILÍTÍ TÁNAISTEACHA, AR THRÉITHE CÁILÍOCHTA I MBIANNA (AMHAIL DATH, BLAS, UIGEACHT AGUS CUMHRA), IS FOINSE SHAIBHIR SOCHAR IAD I LEITH SHLÁINTE AN DUINE AGUS LÉIRÍONN SIAD NA BLOIC THÓGÁLA CHUN CÓGAISÍOCHT NÚÍOSACHA A FHORBAIRT. MAR SIN FÉIN, AGUS IN AINNEOIN A DTÁBHACHTA, TÁ SIAD TEORANTA Ó THAOBH TARLAITHE DE AGUS TÁ SIAD SRIANTA AR BHEALACH AMA AGUS SPÁSÚIL. GO HÁIRITHE, NÍ FIOS CÉ NA PRÓISIS A RIALAÍONN MEITIBILEACHT THÁNAISTEACH I DTORTHAÍ FEOLA DEN CHUID IS MÓ AGUS IS ACMHAINN OLLMHÓR IAD DON EARNÁIL AGRAI-TIONSCAIL. CUIREANN AN TIONSCADAL A MHOLAIMID LEIS AN EOLAS SEO TRÍ NA LÍONRAÍ RIALÁLA GÉINE DE DHÁ CHONAIR MHEITIBILEACH THÁNAISTEACHA AN-TÁBHACHTACH: FEINILPROPANOIDS AGUS ISOPRENOIDS. TÁ CROÍLÁR AN TIONSCADAIL SEO BUNAITHE IN ÚSÁID A BHAINT AS CUR CHUIGE IL-OMICS AGUS UIRLISÍ BITHEOLAÍOCHTA CÓRAIS CHUN A CHINNEADH CONAS A RIALAÍONN FACHTÓIRÍ TRAS-SCRÍOFA (TFS) GACH CEANN DE NA BEALAÍ SEO. MAR CHÓRAIS SAMHAIL MOLAIMID ÚSÁID TRÁTAÍ AGUS GRAPEVINE, MAR I) GO BHFUIL SIAD DHÁ BHARRA TORTHAÍ TÁBHACHTACH GO HEACNAMAÍOCH, II) ARAON MAR FHOINSE MHAITH MEITIBILÍTÍ TÁNAISTEACHA AGUS III) MÉID MÉADAITHE SONRAÍ DÚNBHÁ Á GHINIÚINT GO LEANÚNACH DO NA SPEICIS SEO. MOLAIMID GUR FÉIDIR STAIDÉAR DÍREACH A DHÉANAMH AR NA PRÓISIS RIALÁLA LENA RIALAÍTEAR CARNADH MEITIBILÍTÍ TÁNAISTEACHA TRÍ ANAILÍSÍ UILE-GHÉANÓMACHA A CHOMHTHÁTHÚ LENA GCUIRTEAR SAN ÁIREAMH ÁITÍOCHT GHÉANÓIM, COMHLÉIRIÚ, FREAGAIRTÍ TRAS-SCRÍBHINNE AR GHNÍOMHACHTÚ NÓ ÍDIÚ TF AGUS CAINNÍOCHTÚ SPRIOCDHÍRITHE MEITIBILÍTÍ. DE RÉIR NA MODHANNA SEO, TÁ BONN BUNÚSACH AG ÁR GCÉAD CHUSPÓIR MAR RÉITÍONN SÉ AN BEALACH I DTRÉITHRIÚ AN TEAGHLAIGH R2R3-MYB (AN TEAGHLACH TF IS MÓ AR A DTUGTAR I BPLANDAÍ), TRÍ ÚSÁID A BHAINT AS DEP-SEQ, MODH A FORBRAÍODH LE DÉANAÍ CHUN TÍRDHREACHA TF-CHEANGAILTEACHA A CHINNEADH. TÁ AN DARA AGUS AN TRÍÚ CUSPÓIR NÍOS DÍRITHE AGUS RANNCHUIDEOIDH SIAD LE RÓL FOGHRÚPA AR LEITH DEN TEAGHLACH SEO A LÉIRIÚ I RIALACHÁN NA CONAIRE ISOPRENOID LE LINN TORTHAÍ A FHORBAIRT AGUS AIBIÚ. TRÍ AISTRIÚ ÁR N-EOLAS AR THRÉITHIÚLACHTAÍ MYB Ó FÍONCHAOR GO TRÁTAÍ, BEIMID IN ANN LEAS A BHAINT AS NA TEICNÍCÍ ATÁ AR FÁIL DON SPEICEAS SEO (E.G. CLAOCHLÚ GÉINITEACH) GO BHFUIL A MHALAIRT AN-DEACAIR AGUS AM-ÍDITHEACH I FÍONCHAORA. IS IONANN AN TOGRA SEO AGUS AN CHÉAD CHÉIM DEN PI MAIDIR LE GRÚPA TAIGHDE A BHUNÚ AGUS A CHOMHDHLÚTHÚ I BHFOIRMIÚ TRAS-SCRÍOFA AR MHEITIBILEACHT A NDEARNADH STAIDÉAR AIR TRÍ BHITHEOLAÍOCHT NA GCÓRAS. TÁ AN TIONSCADAL BEARTAITHE DE CHINEÁL IDIRDHISCIPLÍNEACH A LÉIRÍONN DEIS MÚNLAITHEACH DEN SCOTH DO MHIC LÉINN IARCHÉIME (TÁ DEONTAS DOCHTÚIREACHTA SOLICITED FEADH AN TOGRA SEO). IS ÉARD ATÁ I GCEIST LE FACHTÓIRÍ TRASCRÍOBH (TFS) CÁS OIRIÚNACH STAIDÉIR CHUN AGHAIDH A THABHAIRT AR IOMPAR MODÚL I LÍONRAÍ MAR A THAISPEÁNANN SIAD RAIDHSE DE PHRÓITÉIN PRÓITÉINE AGUS PRÓITÉIN-DNA, PRÓISIS RIALÁLA CASTA A MHÚNLÚ. SA CHIALL SIN, D’FHÉADFADH AN TIONSCADAL BEALAÍ A SHAINAITHINT CHUN FEABHAS A CHUR AR ÁBHAR COTHAITHEACH I MBIANNA, TRÍ RIALTÓIRÍ TRÉITHE DEN SÓRT SIN A SHAINAITHINT. IN AINNEOIN GO BHFREAGRAÍONN AN TOGRA SEO DON EOLAÍOCHT BHUNÚSACH AR DTÚS, TUGANN SÉ AGHAIDH FREISIN AR DHÚSHLÁIN SHOCHAÍOCHA A BHAINEANN LE HÁBHAR COTHAITHEACH BIANNA A DHÍORTHAÍTEAR Ó PHLANDAÍ. IS ACMHAINN RIACHTANACH É NA MEICNÍOCHTAÍ SEO A THUISCINT CHUN TIONCHAR A IMIRT AR CHLÁIR PHÓRAITHE AGUS CHUN STRAITÉISÍ A FHORBAIRT LE HAGHAIDH BIANNA INNEALTÓIREACHTA NÍOS SLÁINTIÚLA. (Irish)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    ROSTLINY VYRÁBĚJÍ SPECIALIZOVANÉ METABOLITY, KTERÉ NAPOMÁHAJÍ INTERAKCI A PŘEŽITÍ S JEJICH PROSTŘEDÍM. TYTO SLOUČENINY, OZNAČOVANÉ JAKO „SEKUNDÁRNÍ METABOLITY“, OVLIVŇUJÍ KVALITATIVNÍ ZNAKY POTRAVIN (JAKO JE BARVA, CHUŤ, TEXTURA A AROMA), PŘEDSTAVUJÍ BOHATÝ ZDROJ PŘÍNOSŮ PRO LIDSKÉ ZDRAVÍ A PŘEDSTAVUJÍ STAVEBNÍ KAMENY PRO VÝVOJ NOVÝCH LÉČIVÝCH PŘÍPRAVKŮ. NAVZDORY SVÉMU VÝZNAMU JSOU VŠAK ČASOVĚ A PROSTOROVĚ OMEZENY A OMEZENY. ZEJMÉNA PROCESY ŘÍZENÍ SEKUNDÁRNÍHO METABOLISMU V MASIVU JSOU DO ZNAČNÉ MÍRY NEZNÁMÉ A PŘEDSTAVUJÍ OBROVSKÝ POTENCIÁL PRO ZEMĚDĚLSKO-PRŮMYSLOVÉ ODVĚTVÍ. PROJEKT, KTERÝ NAVRHUJEME, PŘISPÍVÁ K TĚMTO ZNALOSTEM DEŠIFROVÁNÍM GENOVÝCH REGULAČNÍCH SÍTÍ DVOU VELMI DŮLEŽITÝCH SEKUNDÁRNÍCH METABOLICKÝCH CEST: FENYLPROPANOIDY A ISOPRENOIDY. JÁDREM TOHOTO PROJEKTU JE VYUŽÍVÁNÍ MULTI-OMICKÝCH PŘÍSTUPŮ A NÁSTROJŮ SYSTÉMOVÉ BIOLOGIE K URČENÍ TOHO, JAK TRANSKRIPČNÍ FAKTORY (TFS) ŘÍDÍ KAŽDOU Z TĚCHTO CEST. JAKO MODELOVÉ SYSTÉMY NAVRHUJEME POUŽITÍ RAJČAT A RÉVY VINNÉ, PROTOŽE I) JSOU TO DVĚ EKONOMICKY VÝZNAMNÉ OVOCNÉ PLODINY, II) OBA PŘEDSTAVUJÍ DOBRÝ ZDROJ SEKUNDÁRNÍCH METABOLITŮ A III) PRO TYTO DRUHY NEUSTÁLE GENERUJE ROSTOUCÍ MNOŽSTVÍ ÚDAJŮ OMICÍCH. NAVRHUJEME, ABY REGULAČNÍ PROCESY, KTERÝMI SE ŘÍDÍ AKUMULACE SEKUNDÁRNÍCH METABOLITŮ, MOHLY BÝT JEDNODUŠE ZKOUMÁNY INTEGRACÍ GENOMOVÝCH ANALÝZ, KTERÉ ZOHLEDŇUJÍ OBSAZENOST GENOMU TRANSKRIPČNÍHO FAKTORU, KOEXPRESI, TRANSKRIPTOMOVÉ REAKCE NA AKTIVACI NEBO VYČERPÁNÍ TF A CÍLENOU KVANTIFIKACI METABOLITŮ. TÍMTO ZPŮSOBEM MÁ NÁŠ PRVNÍ CÍL ZÁKLADNÍ ZÁKLAD, NEBOŤ PŘIPRAVUJE CESTU K CHARAKTERIZACI RODINY R2R3-MYB (NEJVĚTŠÍ ČELEDI TF ZNÁMÉ V ROSTLINÁCH), A TO POMOCÍ DEP-SEQ, NEDÁVNO VYVINUTÉ METODY URČOVÁNÍ KRAJINY VÁZAJÍCÍ TF. DRUHÝ A TŘETÍ CÍL JSOU CÍLENĚJŠÍ A PŘISPĚJÍ K OBJASNĚNÍ ÚLOHY URČITÉ PODSKUPINY TÉTO RODINY V REGULACI ISOPRENOIDNÍ CESTY BĚHEM VÝVOJE A ZRÁNÍ OVOCE. PŘENOSEM NAŠICH ZNALOSTÍ O CHARAKTERIZACI MYB Z HROZNŮ NA RAJČATA BUDEME MOCI VYUŽÍT VŠECH DOSTUPNÝCH TECHNIK PRO TENTO DRUH (E.G. GENETICKÁ TRANSFORMACE), KTERÉ JSOU JINAK VELMI OBTÍŽNÉ A ČASOVĚ NÁROČNÉ U VINNÉ RÉVY. TENTO NÁVRH PŘEDSTAVUJE PRVNÍ KROK PI PŘI ZALOŽENÍ A KONSOLIDACI VÝZKUMNÉ SKUPINY V TRANSKRIPČNÍ ORCHESTRACI METABOLISMU STUDOVANÉ PROSTŘEDNICTVÍM SYSTÉMOVÉ BIOLOGIE. NAVRHOVANÝ PROJEKT MÁ INTERDISCIPLINÁRNÍ POVAHU, KTERÁ PŘEDSTAVUJE VYNIKAJÍCÍ FORMATIVNÍ PŘÍLEŽITOST PRO ABSOLVENTY (DOKTORANDSKÉ STIPENDIUM JE VYŽÁDÁNO SPOLU S TÍMTO NÁVRHEM). TRANSKRIPČNÍ FAKTORY (TFS) ZAHRNUJÍ VHODNÝ PŘÍPAD STUDIE PRO ŘEŠENÍ CHOVÁNÍ MODULŮ V SÍTÍCH, PROTOŽE VYKAZUJÍ NEPŘEBERNÉ MNOŽSTVÍ INTERAKCÍ PROTEIN-PROTEIN A PROTEIN-DNA, KTERÉ FORMUJÍ SLOŽITÉ REGULAČNÍ PROCESY. V TOMTO SMYSLU MÁ PROJEKT POTENCIÁL URČIT ZPŮSOBY, JAK ZLEPŠIT NUTRIČNÍ OBSAH V POTRAVINÁCH, A TO URČENÍM REGULAČNÍCH ORGÁNŮ TĚCHTO VLASTNOSTÍ. TENTO NÁVRH, PŘESTOŽE ZPOČÁTKU ODPOVÍDÁ ZÁKLADNÍM VĚDÁM, SE ROVNĚŽ ZABÝVÁ SPOLEČENSKÝMI PROBLÉMY SOUVISEJÍCÍMI S NUTRIČNÍM OBSAHEM POTRAVIN ZÍSKANÝCH Z ROSTLIN. POCHOPENÍ TĚCHTO MECHANISMŮ PŘEDSTAVUJE ZÁKLADNÍ ZDROJ PRO DOPAD ŠLECHTITELSKÝCH PROGRAMŮ A UPŘEDNOSTŇOVÁNÍ ROZVOJE STRATEGIÍ PRO STROJÍRENSTVÍ ZDRAVĚJŠÍCH POTRAVIN. (Czech)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    AS PLANTAS FABRICAM METABOLITOS ESPECIALIZADOS QUE AUXILIAM NA INTERAÇÃO E SOBREVIVÊNCIA COM SEU MEIO AMBIENTE. ESTES COMPOSTOS, REFERIDOS COMO METABOLITOS SECUNDÁRIOS, INFLUENCIAM OS TRAÇOS DE QUALIDADE NOS ALIMENTOS (COMO A COR, O SABOR, A TEXTURA E O AROMA), CONSTITUEM UMA RICA FONTE DE BENEFÍCIOS PARA A SAÚDE HUMANA E CONSTITUEM OS ALICERCES PARA O DESENVOLVIMENTO DE NOVOS PRODUTOS FARMACÊUTICOS. NO ENTANTO, E APESAR DA SUA IMPORTÂNCIA, SÃO LIMITADOS NA SUA OCORRÊNCIA E RESTRITOS DE FORMA TEMPORAL E ESPACIAL. EM PARTICULAR, OS PROCESSOS QUE CONTROLAM O METABOLISMO SECUNDÁRIO DOS FRUTOS CARNUDOS SÃO LARGAMENTE DESCONHECIDOS E REPRESENTAM UM ENORME POTENCIAL PARA O SETOR AGROINDÚSTRIA. O PROJETO QUE PROPOMOS CONTRIBUI NESTE CONHECIMENTO AO DECIFRAR AS REDES REGULADORAS GÊNICAS DE DUAS VIAS METABÓLICAS SECUNDÁRIAS MUITO IMPORTANTES: FENILPROPANOIDES E ISOPRENOIDES. O NÚCLEO DESTE PROJETO É GANZA NO USO DE ABORDAGENS MULTIÔMICAS E FERRAMENTAS DE BIOLOGIA DE SISTEMAS PARA DETERMINAR COMO OS FATORES DE TRANSCRIÇÃO (TFS) CONTROLAM CADA UMA DESSAS VIAS. COMO SISTEMAS-MODELO PROPOMOS O USO DE TOMATE E VIDEIRA, COMO I) SÃO DUAS CULTURAS FRUTÍFERAS ECONOMICAMENTE IMPORTANTES, II) AMBOS CONSTITUEM UMA BOA FONTE DE METABOLITOS SECUNDÁRIOS E III) UMA QUANTIDADE CRESCENTE DE DADOS ÓMICOS ESTÁ SENDO GERADA CONTINUAMENTE PARA ESSAS ESPÉCIES. PROPOMOS QUE OS PROCESSOS REGULADORES QUE GOVERNAM O ACÚMULO DE METABOLITOS SECUNDÁRIOS POSSAM SER ESTUDADOS DE FORMA SIMPLES, INTEGRANDO ANÁLISES GENÔMICAS QUE EXPLICAM A OCUPAÇÃO DO GENOMA DO FATOR DE TRANSCRIÇÃO, A COEXPRESSÃO, AS RESPOSTAS TRANSCRIPTOMAS À ATIVAÇÃO OU DEPLEÇÃO DO TF E A QUANTIFICAÇÃO DIRECIONADA DE METABOLITOS. POR ESTES MEIOS, NOSSO PRIMEIRO OBJETIVO TEM UMA BASE FUNDAMENTAL, POIS ABRE CAMINHO PARA A CARACTERIZAÇÃO DA FAMÍLIA R2R3-MYB (A MAIOR FAMÍLIA DE TF CONHECIDA NAS PLANTAS), UTILIZANDO O DEP-SEQ, UM MÉTODO RECENTEMENTE DESENVOLVIDO PARA DETERMINAR PAISAGENS DE LIGAÇÃO DE TF. O SEGUNDO E O TERCEIRO OBJETIVOS SÃO MAIS FOCALIZADOS E CONTRIBUIRÃO PARA ELUCIDAR O PAPEL DE UM SUBGRUPO ESPECÍFICO DESTA FAMÍLIA NA REGULAMENTAÇÃO DA VIA ISOPRENOIDAL DURANTE O DESENVOLVIMENTO E A MATURAÇÃO DOS FRUTOS. AO TRANSFERIR NOSSO CONHECIMENTO DE CARACTERIZAÇÃO MYB DA UVA PARA O TOMATE, PODEREMOS APROVEITAR TODAS AS TÉCNICAS DISPONÍVEIS PARA ESTA ESPÉCIE (TRANSFORMAÇÃO GENÉTICA E.G.) QUE, DE OUTRA FORMA, SÃO MUITO DIFÍCEIS E DEMORADAS NA VIDEIRA. ESTA PROPOSTA REPRESENTA O PRIMEIRO PASSO DO IP NO ESTABELECIMENTO E CONSOLIDAÇÃO DE UM GRUPO DE PESQUISA NA ORQUESTRAÇÃO TRANSCRICIONAL DO METABOLISMO ESTUDADO POR MEIO DA BIOLOGIA DE SISTEMAS. O PROJETO PROPOSTO TEM UMA NATUREZA INTERDISCIPLINAR QUE REPRESENTA UMA EXCELENTE OPORTUNIDADE DE FORMAÇÃO PARA ESTUDANTES DE PÓS-GRADUAÇÃO (É SOLICITADA UMA BOLSA DE DOUTORAMENTO AO LONGO DESTA PROPOSTA). FATORES DE TRANSCRIÇÃO (TFS) COMPREENDEM UM CASO ADEQUADO DE ESTUDO PARA ABORDAR O COMPORTAMENTO DOS MÓDULOS EM REDES, POIS EXIBEM INFINIDADE DE INTERAÇÕES PROTEÍNA-PROTEÍNA E PROTEÍNA-ADN, MOLDANDO PROCESSOS REGULATÓRIOS COMPLEXOS. NESSE SENTIDO, O PROJETO TEM POTENCIAL PARA IDENTIFICAR FORMAS DE MELHORAR O CONTEÚDO NUTRICIONAL DOS ALIMENTOS, IDENTIFICANDO OS REGULADORES DE TAIS TRAÇOS. ESTA PROPOSTA, APESAR DE CORRESPONDER INICIALMENTE À CIÊNCIA BÁSICA, TAMBÉM ABORDA DESAFIOS SOCIETAIS RELACIONADOS AO CONTEÚDO NUTRICIONAL DOS ALIMENTOS DERIVADOS DE PLANTAS. COMPREENDER ESSES MECANISMOS REPRESENTA UM RECURSO ESSENCIAL PARA IMPACTAR OS PROGRAMAS DE MELHORAMENTO E FAVORECER O DESENVOLVIMENTO DE ESTRATÉGIAS PARA A ENGENHARIA DE ALIMENTOS MAIS SAUDÁVEIS. (Portuguese)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    TEHASED TOODAVAD SPETSIAALSEID METABOLIITE, MIS AITAVAD KAASA KOOSTOIMELE JA ELLUJÄÄMISELE NENDE KESKKONNAGA. NEED ÜHENDID, MIDA NIMETATAKSE SEKUNDAARSETEKS METABOLIITIDEKS, MÕJUTAVAD TOIDU KVALITEEDINÄITAJAID (NT VÄRV, MAITSE, TEKSTUUR JA AROOM), ON INIMESTE TERVISELE RIKKALIKULT KASULIKUD JA KUJUTAVAD ENDAST UUDSETE RAVIMITE VÄLJATÖÖTAMISE ALUSTALA. VAATAMATA NENDE TÄHTSUSELE ON NENDE ESINEMINE SIISKI PIIRATUD NING AJALISELT JA RUUMILISELT PIIRATUD. EELKÕIGE ON SUURES OSAS TEADMATA LIHAVATE PUUVILJADE SEKUNDAARSE AINEVAHETUSE KONTROLLIMISE PROTSESSID, MIS KUJUTAVAD ENDAST TOHUTUT POTENTSIAALI PÕLLUMAJANDUSTÖÖSTUSELE. PROJEKT, MILLE ME VÄLJA PAKUME, AITAB NEID TEADMISI DEŠIFREERIDA KAHE VÄGA OLULISE SEKUNDAARSE AINEVAHETUSRADA GEENI REGULEERIVATE VÕRGUSTIKEGA: FENÜÜLPROPANOIDID JA ISOPRENOIDID. SELLE PROJEKTI KESKMES ON MULTIOOMIKA LÄHENEMISVIISIDE JA SÜSTEEMIBIOLOOGIA VAHENDITE KASUTAMINE, ET MÄÄRATA KINDLAKS, KUIDAS TRANSKRIPTSIOONIFAKTORID (TFS) KONTROLLIVAD KÕIKI NEID RADASID. NÄIDISSÜSTEEMIDENA TEEME ETTEPANEKU KASUTADA TOMATIT JA VIINAMARJU, SEST I) NEED ON KAKS MAJANDUSLIKULT OLULIST PUUVILJAKULTUURI, II) MÕLEMAD ON TEISESTE METABOLIITIDE HEA ALLIKAS JA III) NENDE LIIKIDE KOHTA KOGUTAKSE PIDEVALT ÜHA ROHKEM ANDMEID. TEEME ETTEPANEKU, ET TEISESTE METABOLIITIDE AKUMULEERUMIST REGULEERIVAID REGULEERIMISPROTSESSE OLEKS VÕIMALIK LIHTSALT UURIDA, INTEGREERIDES KOGU GENOOMI HÕLMAVAID ANALÜÜSE, MILLES VÕETAKSE ARVESSE TRANSKRIPTSIOONIFAKTORI GENOOMI TÄITUVUST, KOOSEKSPRESSIOONI, TRANSKRIPTOOMIVASTUST TF AKTIVEERUMISELE VÕI AMMENDUMISELE NING METABOLIITIDE SIHIPÄRAST KVANTIFITSEERIMIST. NENDE VAHENDITEGA ON MEIE ESIMENE EESMÄRK ALUS, KUNA SEE SILLUTAB TEED R2R3-MYB PEREKONNA (SUURIM TAIMEDES TUNTUD TF-PEREKOND) ISELOOMUSTAMISEL, KASUTADES DEP-SEQI, HILJUTI VÄLJA TÖÖTATUD MEETODIT TF-SID SIDUVATE MAASTIKE MÄÄRAMISEKS. TEINE JA KOLMAS EESMÄRK ON SIHIPÄRASEMAD NING AITAVAD VÄLJA SELGITADA SELLE PEREKONNA KONKREETSE ALARÜHMA ROLLI ISOPRENOIDIDE LEVIKU REGULEERIMISEL PUUVILJADE ARETAMISE JA VALMIMISE AJAL. EDASTADES OMA TEADMISI MYB ISELOOMUSTUSTE KOHTA VIINAMARJADEST TOMATISSE, SAAME KASUTADA KÕIKI SELLE LIIGI JAOKS KÄTTESAADAVAID MEETODEID (E.G. GENEETILINE TRANSFORMATSIOON), MIS MUIDU ON VIINAMARJAS VÄGA RASKED JA AEGANÕUDVAD. KÄESOLEV ETTEPANEK ON PI ESIMENE SAMM SÜSTEEMIBIOLOOGIA ABIL UURITUD AINEVAHETUSE TRANSKRIPTSIOONI ORKESTREERIMISE UURIMISRÜHMA LOOMISEL JA KONSOLIDEERIMISEL. KAVANDATUD PROJEKTIL ON INTERDISTSIPLINAARNE OLEMUS, MIS KUJUTAB ENDAST KÕRGHARIDUSEGA ÜLIÕPILASTELE SUUREPÄRASEID KUJUNDUSVÕIMALUSI (KÄESOLEVA ETTEPANEKU RAAMES TAOTLETAKSE DOKTORITOETUST). TRANSKRIPTSIOONIFAKTORID (TFS) HÕLMAVAD SOBIVAT UURINGUT, ET KÄSITLEDA MOODULITE KÄITUMIST VÕRKUDES, KUNA NEIL ON PALJU VALGU-VALKE JA VALGU-DNA VASTASTIKMÕJUSID, KUJUNDADES KEERULISI REGULATIIVSEID PROTSESSE. SELLES MÕTTES ON PROJEKTIL POTENTSIAALI LEIDA VIISE, KUIDAS PARANDADA TOIDU TOITAINESISALDUST, TEHES KINDLAKS SELLISTE TUNNUSTE REGULEERIJAD. KUIGI KÄESOLEV ETTEPANEK VASTAB ALGSELT PÕHITEADUSELE, KÄSITLETAKSE SELLES KA SOTSIAALSEID PROBLEEME, MIS ON SEOTUD TAIMETOIDU TOITEVÄÄRTUSEGA. NENDE MEHHANISMIDE MÕISTMINE ON OLULINE RESSURSS ARETUSPROGRAMMIDE MÕJUTAMISEKS JA INSENERIDE TERVISLIKUMATE TOIDUAINETE STRATEEGIATE VÄLJATÖÖTAMISE SOODUSTAMISEKS. (Estonian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    A NÖVÉNYEK SPECIÁLIS METABOLITOKAT ÁLLÍTANAK ELŐ, AMELYEK SEGÍTIK A KÖRNYEZETÜKKEL VALÓ KÖLCSÖNHATÁST ÉS TÚLÉLÉST. EZEK A VEGYÜLETEK, AMELYEKET MÁSODRENDŰ METABOLITOKNAK NEVEZNEK, BEFOLYÁSOLJÁK AZ ÉLELMISZEREK MINŐSÉGI TULAJDONSÁGAIT (MINT PÉLDÁUL A SZÍN, AZ ÍZ, A TEXTÚRA ÉS AZ AROMA), AZ EMBERI EGÉSZSÉGRE GYAKOROLT ELŐNYÖK GAZDAG FORRÁSÁT JELENTIK, ÉS AZ ÚJ GYÓGYSZEREK KIFEJLESZTÉSÉNEK ÉPÍTŐELEMEIT KÉPVISELIK. FONTOSSÁGUK ELLENÉRE AZONBAN ELŐFORDULÁSUK KORLÁTOZOTT, ÉS IDŐBELI ÉS TÉRBELI SZEMPONTBÓL KORLÁTOZOTTAK. KÜLÖNÖSEN A HÚSOS GYÜMÖLCSÖK MÁSODLAGOS METABOLIZMUSÁT SZABÁLYOZÓ FOLYAMATOK NAGYRÉSZT ISMERETLENEK, ÉS HATALMAS POTENCIÁLT JELENTENEK AZ AGRÁRIPAR SZÁMÁRA. AZ ÁLTALUNK JAVASOLT PROJEKT AZZAL JÁRUL HOZZÁ EHHEZ A TUDÁSHOZ, HOGY MEGFEJTI KÉT NAGYON FONTOS MÁSODLAGOS METABOLIKUS ÚTVONAL GÉNSZABÁLYOZÁSI HÁLÓZATÁT: FENILPROPANOIDOK ÉS IZOPRENOIDOK. ENNEK A PROJEKTNEK A LÉNYEGE A MULTIOMIKUS MEGKÖZELÍTÉSEK ÉS A RENDSZERBIOLÓGIAI ESZKÖZÖK HASZNÁLATA ANNAK MEGHATÁROZÁSÁRA, HOGY A TRANSZKRIPCIÓS TÉNYEZŐK (TFS) HOGYAN SZABÁLYOZZÁK AZ EGYES ÚTVONALAKAT. MODELLRENDSZERKÉNT JAVASOLJUK A PARADICSOM ÉS A SZŐLŐ HASZNÁLATÁT, MIVEL I. KÉT GAZDASÁGILAG FONTOS GYÜMÖLCSNÖVÉNY, II) MINDKETTŐ A MÁSODLAGOS METABOLITOK JÓ FORRÁSA, ÉS III) E FAJOKRA VONATKOZÓAN FOLYAMATOSAN EGYRE TÖBB OMIC ADAT KELETKEZIK. JAVASOLJUK, HOGY A MÁSODLAGOS METABOLITOK FELHALMOZÓDÁSÁT SZABÁLYOZÓ SZABÁLYOZÁSI FOLYAMATOK KÖNNYEN TANULMÁNYOZHATÓK LEGYENEK OLYAN GENOM-SZINTŰ ELEMZÉSEK INTEGRÁLÁSÁVAL, AMELYEK FIGYELEMBE VESZIK A TRANSZKRIPCIÓS FAKTOR GENOM KIHASZNÁLTSÁGÁT, A TÁRSEXPRESSZIÓT, A TF AKTIVÁLÁSÁRA VAGY KIMERÜLÉSÉRE ADOTT TRANSZKRIPTOM-VÁLASZOKAT ÉS A METABOLITOK CÉLZOTT SZÁMSZERŰSÍTÉSÉT. ÍGY AZ ELSŐ CÉLKITŰZÉSÜNK ALAPJA, MIVEL MEGNYITJA AZ UTAT AZ R2R3-MYB CSALÁD (A NÖVÉNYEKBEN ISMERT LEGNAGYOBB TF CSALÁD) JELLEMZÉSÉHEZ, A DEP-SEQ HASZNÁLATÁVAL, AMELY A KÖZELMÚLTBAN KIFEJLESZTETT TF-MEGKÖTŐ TÁJAK MEGHATÁROZÁSÁRA SZOLGÁLÓ MÓDSZER. A MÁSODIK ÉS A HARMADIK CÉLKITŰZÉS CÉLZOTTABB, ÉS HOZZÁ FOG JÁRULNI E CSALÁD EGY ADOTT ALCSOPORTJÁNAK A GYÜMÖLCSFEJLESZTÉS ÉS AZ ÉRLELÉS SORÁN AZ IZOPRENOID ÚTVONAL SZABÁLYOZÁSÁBAN BETÖLTÖTT SZEREPÉNEK TISZTÁZÁSÁHOZ. AZZAL, HOGY A MYB JELLEMZÉSÉRE VONATKOZÓ TUDÁSUNKAT A SZŐLŐRŐL A PARADICSOMRA CSERÉLJÜK, KÉPESEK LESZÜNK KIHASZNÁLNI AZ E FAJ SZÁMÁRA RENDELKEZÉSRE ÁLLÓ ÖSSZES TECHNIKÁT (E.G. GENETIKAI ÁTALAKULÁS), AMELYEK EGYÉBKÉNT NAGYON NEHÉZEK ÉS IDŐIGÉNYESEK A SZŐLŐBEN. EZ A JAVASLAT JELENTI A PI ELSŐ LÉPÉSÉT EGY OLYAN KUTATÓCSOPORT LÉTREHOZÁSÁBAN ÉS KONSZOLIDÁLÁSÁBAN, AMELY A RENDSZERBIOLÓGIA ÁLTAL VIZSGÁLT METABOLIZMUS TRANSZKRIPCIÓS ELRENDEZÉSÉVEL FOGLALKOZIK. A JAVASOLT PROJEKT INTERDISZCIPLINÁRIS JELLEGŰ, AMELY KIVÁLÓ FORMATÍV LEHETŐSÉGET JELENT A DIPLOMÁS HALLGATÓK SZÁMÁRA (A JAVASLAT KERETÉBEN DOKTORI ÖSZTÖNDÍJAT KÉRNEK). A TRANSZKRIPCIÓS FAKTOROK (TFS) MAGUKBAN FOGLALJÁK A MODULOK HÁLÓZATI VISELKEDÉSÉNEK KEZELÉSÉRE ALKALMAS VIZSGÁLATI ESETET, MIVEL EZEK SZÁMOS FEHÉRJE-FEHÉRJE ÉS FEHÉRJE-DNS KÖLCSÖNHATÁST MUTATNAK, ÖSSZETETT SZABÁLYOZÁSI FOLYAMATOKAT ALAKÍTVA KI. EBBEN AZ ÉRTELEMBEN A PROJEKT KÉPES MEGHATÁROZNI, HOGY MIKÉNT LEHETNE JAVÍTANI AZ ÉLELMISZEREK TÁPLÁLKOZÁSI TARTALMÁT AZÁLTAL, HOGY AZONOSÍTJA AZ ILYEN TULAJDONSÁGOK SZABÁLYOZÓIT. EZ A JAVASLAT – ANNAK ELLENÉRE, HOGY KEZDETBEN MEGFELEL AZ ALAPVETŐ TUDOMÁNYOKNAK – A NÖVÉNYI EREDETŰ ÉLELMISZEREK TÁPLÁLKOZÁSI TARTALMÁVAL KAPCSOLATOS TÁRSADALMI KIHÍVÁSOKKAL IS FOGLALKOZIK. EZEKNEK A MECHANIZMUSOKNAK A MEGÉRTÉSE ALAPVETŐ ERŐFORRÁST JELENT A TENYÉSZTÉSI PROGRAMOK BEFOLYÁSOLÁSÁHOZ ÉS AZ EGÉSZSÉGESEBB ÉLELMISZEREK MÉRNÖKI STRATÉGIÁINAK KIDOLGOZÁSÁHOZ. (Hungarian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    ЗАВОДИТЕ ПРОИЗВЕЖДАТ СПЕЦИАЛИЗИРАНИ МЕТАБОЛИТИ, КОИТО ПОДПОМАГАТ ВЗАИМОДЕЙСТВИЕТО И ОЦЕЛЯВАНЕТО С ОКОЛНАТА СРЕДА. ТЕЗИ СЪЕДИНЕНИЯ, НАРИЧАНИ „ВТОРИЧНИ МЕТАБОЛИТИ“, ОКАЗВАТ ВЛИЯНИЕ ВЪРХУ КАЧЕСТВЕНИТЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ НА ХРАНИТЕ (КАТО ЦВЯТ, ВКУС, ТЕКСТУРА И АРОМАТ), ПРЕДСТАВЛЯВАТ БОГАТ ИЗТОЧНИК НА ПОЛЗИ ЗА ЧОВЕШКОТО ЗДРАВЕ И ПРЕДСТАВЛЯВАТ ГРАДИВНИТЕ ЕЛЕМЕНТИ ЗА РАЗРАБОТВАНЕТО НА НОВИ ФАРМАЦЕВТИЧНИ ПРОДУКТИ. ВЪПРЕКИ ТЯХНОТО ЗНАЧЕНИЕ ОБАЧЕ ТЕ СА ОГРАНИЧЕНИ ПО СВОЕТО ЕСТЕСТВО И СА ОГРАНИЧЕНИ ВЪВ ВРЕМЕТО И ПРОСТРАНСТВОТО. ПО-СПЕЦИАЛНО ПРОЦЕСИТЕ, КОНТРОЛИРАЩИ ВТОРИЧНИЯ МЕТАБОЛИЗЪМ В МЕСЕСТИ ПЛОДОВЕ, СА ДО ГОЛЯМА СТЕПЕН НЕИЗВЕСТНИ И ПРЕДСТАВЛЯВАТ ОГРОМЕН ПОТЕНЦИАЛ ЗА СЕКТОРА НА СЕЛСКОТО СТОПАНСТВО. ПРОЕКТЪТ, КОЙТО ПРЕДЛАГАМЕ, ДОПРИНАСЯ ЗА ТОВА ЗНАНИЕ ЧРЕЗ ДЕШИФРИРАНЕ НА ГЕННИТЕ РЕГУЛАТОРНИ МРЕЖИ НА ДВА МНОГО ВАЖНИ ВТОРОСТЕПЕННИ МЕТАБОЛИТНИ ПЪТЯ: ФЕНИЛПРОПАНОИДИ И ИЗОПРЕНОИДИ. ЯДРОТО НА ТОЗИ ПРОЕКТ СЕ ОСНОВАВА НА ИЗПОЛЗВАНЕТО НА МУЛТИОМИЧНИ ПОДХОДИ И ИНСТРУМЕНТИ ЗА БИОЛОГИЯ НА СИСТЕМИТЕ, ЗА ДА СЕ ОПРЕДЕЛИ КАК ТРАНСКРИПЦИОННИТЕ ФАКТОРИ (TFS) КОНТРОЛИРАТ ВСЕКИ ЕДИН ОТ ТЕЗИ ПЪТИЩА. КАТО МОДЕЛНИ СИСТЕМИ ПРЕДЛАГАМЕ ИЗПОЛЗВАНЕТО НА ДОМАТИ И ЛОЗАРО-ВИНАРСКИ КУЛТУРИ, ТЪЙ КАТО I) ТЕ СА ДВЕ ИКОНОМИЧЕСКИ ВАЖНИ ПЛОДОВИ КУЛТУРИ, II) ПРЕДСТАВЛЯВАТ ДОБЪР ИЗТОЧНИК НА ВТОРИЧНИ МЕТАБОЛИТИ И III) НЕПРЕКЪСНАТО СЕ ГЕНЕРИРАТ ВСЕ ПО-ГОЛЯМО КОЛИЧЕСТВО ДАННИ ЗА ОМИКАЛИТЕ ЗА ТЕЗИ ВИДОВЕ. ПРЕДЛАГАМЕ РЕГУЛАТОРНИТЕ ПРОЦЕСИ, КОИТО РЕГУЛИРАТ НАТРУПВАНЕТО НА ВТОРИЧНИ МЕТАБОЛИТИ, ДА МОГАТ ДА БЪДАТ ЛЕСНО ПРОУЧЕНИ, КАТО СЕ ИНТЕГРИРАТ АНАЛИЗИ НА ЦЕЛИЯ ГЕНОМ, КОИТО ОТЧИТАТ НАЛИЧИЕТО НА ТРАНСКРИПЦИОНЕН ФАКТОР ГЕНОМ, КОЕКСПРЕСИЯ, ТРАНСКРИПТОМНИ РЕАКЦИИ КЪМ АКТИВИРАНЕ ИЛИ ИЗЧЕРПВАНЕ НА TF И ЦЕЛЕНАСОЧЕНО КОЛИЧЕСТВЕНО ОПРЕДЕЛЯНЕ НА МЕТАБОЛИТИТЕ. С ТЕЗИ СРЕДСТВА ПЪРВАТА НИ ЦЕЛ ИМА ФУНДАМЕНТАЛНА ОСНОВА, ТЪЙ КАТО ПРОПРАВЯ ПЪТЯ КЪМ ХАРАКТЕРИЗИРАНЕТО НА СЕМЕЙСТВО R2R3-MYB (НАЙ-ГОЛЯМОТО СЕМЕЙСТВО НА TF, ИЗВЕСТНО В РАСТЕНИЯТА), КАТО ИЗПОЛЗВА DEP-SEQ, НАСКОРО РАЗРАБОТЕН МЕТОД ЗА ОПРЕДЕЛЯНЕ НА СВЪРЗВАЩИТЕ ЛАНДШАФТИ НА TF. ВТОРАТА И ТРЕТАТА ЦЕЛ СА ПО-ЦЕЛЕНАСОЧЕНИ И ЩЕ ДОПРИНЕСАТ ЗА ИЗЯСНЯВАНЕ НА РОЛЯТА НА ОПРЕДЕЛЕНА ПОДГРУПА ОТ ТОВА СЕМЕЙСТВО В РЕГУЛИРАНЕТО НА ИЗОПРЕНОИДНИЯ ПЪТ ПО ВРЕМЕ НА РАЗВИТИЕТО И ЗРЕЕНЕТО НА ПЛОДОВЕТЕ. ЧРЕЗ ПРЕХВЪРЛЯНЕ НА ЗНАНИЯТА НИ ЗА ХАРАКТЕРИСТИКИТЕ НА MYB ОТ ГРОЗДЕТО КЪМ ДОМАТИТЕ, ЩЕ МОЖЕМ ДА СЕ ВЪЗПОЛЗВАМЕ ОТ ВСИЧКИ НАЛИЧНИ ТЕХНИКИ ЗА ТОЗИ ВИД (ГЕНЕТИЧНА ТРАНСФОРМАЦИЯ НА EG), КОИТО В ПРОТИВЕН СЛУЧАЙ СА МНОГО ТРУДНИ И ОТНЕМАТ МНОГО ВРЕМЕ В ЛОЗАРО-ВИНАРСКИЯ СЕКТОР. НАСТОЯЩОТО ПРЕДЛОЖЕНИЕ ПРЕДСТАВЛЯВА ПЪРВАТА СТЪПКА НА PI В СЪЗДАВАНЕТО И КОНСОЛИДИРАНЕТО НА ИЗСЛЕДОВАТЕЛСКА ГРУПА В ТРАНСКРИПЦИОННАТА ОРКЕСТРАЦИЯ НА МЕТАБОЛИЗМА, ИЗСЛЕДВАНА ЧРЕЗ СИСТЕМНА БИОЛОГИЯ. ПРЕДЛОЖЕНИЯТ ПРОЕКТ ИМА ИНТЕРДИСЦИПЛИНАРЕН ХАРАКТЕР, КОЙТО ПРЕДСТАВЛЯВА ОТЛИЧНА ВЪЗМОЖНОСТ ЗА ФОРМИРАНЕ НА ДИПЛОМИРАНИТЕ СТУДЕНТИ (В СЪОТВЕТСТВИЕ С НАСТОЯЩОТО ПРЕДЛОЖЕНИЕ СЕ ИЗИСКВА СТИПЕНДИЯ ЗА ДОКТОРСКА СТЕПЕН). ТРАНСКРИПЦИОННИТЕ ФАКТОРИ (TFS) ВКЛЮЧВАТ ПОДХОДЯЩ СЛУЧАЙ НА ПРОУЧВАНЕ ЗА СПРАВЯНЕ С ПОВЕДЕНИЕТО НА МОДУЛИТЕ В МРЕЖИТЕ, ТЪЙ КАТО ТЕ ПРОЯВЯВАТ МНОЖЕСТВО ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ПРОТЕИН-ПРОТЕИН И ПРОТЕИН-ДНК, ОФОРМЯЩИ СЛОЖНИ РЕГУЛАТОРНИ ПРОЦЕСИ. В ТОЗИ СМИСЪЛ ПРОЕКТЪТ ИМА ПОТЕНЦИАЛ ЗА ИДЕНТИФИЦИРАНЕ НА НАЧИНИ ЗА ПОДОБРЯВАНЕ НА ХРАНИТЕЛНОТО СЪДЪРЖАНИЕ В ХРАНИТЕ, КАТО ИДЕНТИФИЦИРА РЕГУЛАТОРИТЕ НА ТЕЗИ ХАРАКТЕРИСТИКИ. НАСТОЯЩОТО ПРЕДЛОЖЕНИЕ, ВЪПРЕКИ ЧЕ ПЪРВОНАЧАЛНО СЪОТВЕТСТВА НА ОСНОВНИТЕ НАУКИ, Е НАСОЧЕНО И КЪМ ОБЩЕСТВЕНИТЕ ПРЕДИЗВИКАТЕЛСТВА, СВЪРЗАНИ С ХРАНИТЕЛНОТО СЪДЪРЖАНИЕ НА ХРАНИТЕ, ПОЛУЧЕНИ ОТ РАСТЕНИЯ. РАЗБИРАНЕТО НА ТЕЗИ МЕХАНИЗМИ ПРЕДСТАВЛЯВА ОСНОВЕН РЕСУРС ЗА ОКАЗВАНЕ НА ВЪЗДЕЙСТВИЕ ВЪРХУ РАЗВЪДНИТЕ ПРОГРАМИ И БЛАГОПРИЯТСТВАНЕ НА РАЗРАБОТВАНЕТО НА СТРАТЕГИИ ЗА ПРОЕКТИРАНЕ НА ПО-ЗДРАВОСЛОВНИ ХРАНИ. (Bulgarian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    ĮMONĖS GAMINA SPECIALIZUOTUS METABOLITUS, KURIE PADEDA SĄVEIKAI IR IŠLIKIMUI SU JŲ APLINKA. ŠIE JUNGINIAI, VADINAMI ANTRINIAIS METABOLITAIS, DARO ĮTAKĄ MAISTO PRODUKTŲ KOKYBĖS SAVYBĖMS (PVZ., SPALVAI, SKONIUI, TEKSTŪRAI IR AROMATUI), YRA TURTINGAS NAUDOS ŽMONIŲ SVEIKATAI ŠALTINIS IR YRA NAUJŲ VAISTŲ KŪRIMO PAGRINDAS. TAČIAU, NEPAISANT JŲ SVARBOS, JOS YRA RIBOTOS IR RIBOJAMOS LAIKO IR ERDVĖS POŽIŪRIU. VISŲ PIRMA PROCESAI, KURIAIS KONTROLIUOJAMAS ANTRINIS MĖSINGŲ VAISIŲ METABOLIZMAS, YRA IŠ ESMĖS NEŽINOMI IR TURI DIDŽIULĮ POTENCIALĄ ŽEMĖS ŪKIO PRAMONĖS SEKTORIUJE. MŪSŲ SIŪLOMAS PROJEKTAS PRISIDEDA PRIE ŠIŲ ŽINIŲ IŠŠIFRUOJANT DVIEJŲ LABAI SVARBIŲ ANTRINIŲ MEDŽIAGŲ APYKAITOS BŪDŲ GENŲ REGULIAVIMO TINKLUS: FENILPROPANOIDAI IR IZOPRONOIDAI. ŠIO PROJEKTO PAGRINDAS – MULTI-OMIKOS METODŲ IR SISTEMŲ BIOLOGIJOS PRIEMONIŲ NAUDOJIMAS, SIEKIANT NUSTATYTI, KAIP TRANSKRIPCIJOS FAKTORIAI (TFS) KONTROLIUOJA KIEKVIENĄ IŠ ŠIŲ KELIŲ. KAIP PAVYZDINES SISTEMAS SIŪLOME NAUDOTI POMIDORUS IR VYNUOGES, NES I) JIE YRA DU EKONOMIŠKAI SVARBŪS VAISINIAI AUGALAI, II) ABU YRA GERAS ANTRINIŲ METABOLITŲ ŠALTINIS IR III) VIS DAUGIAU OMICS DUOMENŲ APIE ŠIAS RŪŠIS NUOLAT GENERUOJAMI. MES SIŪLOME, KAD REGULIAVIMO PROCESUS, KURIE REGULIUOJA ANTRINIŲ METABOLITŲ KAUPIMĄSI, BŪTŲ GALIMA TIESIOGIAI IŠTIRTI INTEGRUOJANT GENOMO MASTO ANALIZES, KURIOSE ATSIŽVELGIAMA Į TRANSKRIPCIJOS FAKTORIAUS GENOMO UŽIMTUMĄ, BENDRĄ RAIŠKĄ, TRANSKRIPTOMĄ ATSAKĄ Į TF AKTYVINIMĄ AR IŠEIKVOJIMĄ IR TIKSLINĮ METABOLITŲ KIEKYBINĮ ĮVERTINIMĄ. ŠIOMIS PRIEMONĖMIS MŪSŲ PIRMASIS TIKSLAS TURI PAMATINĮ PAGRINDĄ, NES JIS ATVERIA KELIĄ R2R3-MYB ŠEIMAI (DIDŽIAUSIAI AUGALUOSE ŽINOMAI TF ŠEIMAI) APIBŪDINTI, NAUDOJANT DEP-SEQ, NESENIAI SUKURTĄ METODĄ TF ĮPAREIGOJANTIEMS KRAŠTOVAIZDŽIAMS NUSTATYTI. ANTRASIS IR TREČIASIS TIKSLAI YRA KRYPTINGESNI IR PADĖS IŠSIAIŠKINTI KONKRETAUS ŠIOS ŠEIMOS POGRUPIO VAIDMENĮ REGULIUOJANT IZOPRONOIDŲ KELIĄ VAISIŲ VYSTYMOSI IR NOKINIMO METU. PERKELDAMI SAVO ŽINIAS APIE MYB APIBŪDINIMUS NUO VYNUOGIŲ IKI POMIDORŲ, GALĖSIME PASINAUDOTI VISAIS ŠIOS RŪŠIES METODAIS (PVZ., GENETINE TRANSFORMACIJA), KURIE KITAIP YRA LABAI SUNKŪS IR UŽIMA DAUG LAIKO VYNUOGIŲ. ŠIS PASIŪLYMAS YRA PIRMASIS PI ŽINGSNIS KURIANT IR KONSOLIDUOJANT MOKSLINIŲ TYRIMŲ GRUPĘ, SUSIJUSIĄ SU TRANSKRIPCINIU METABOLIZMO, TIRTO SISTEMŲ BIOLOGIJOS, ORKESTRAVIMU. SIŪLOMAS PROJEKTAS YRA TARPDISCIPLININIO POBŪDŽIO – TAI PUIKI UGDOMOJI GALIMYBĖ ABSOLVENTAMS (KARTU SU ŠIUO PASIŪLYMU PRAŠOMA SKIRTI DOKTORANTŪROS STIPENDIJĄ). TRANSKRIPCIJOS FAKTORIAI (TFS) APIMA TINKAMĄ TYRIMO ATVEJĮ, SKIRTĄ MODULIŲ ELGSENAI TINKLUOSE SPRĘSTI, NES JIE PASIŽYMI GAUSYBE BALTYMŲ BALTYMŲ IR BALTYMŲ-DNR SĄVEIKOS, FORMUOJANČIAIS SUDĖTINGUS REGULIAVIMO PROCESUS. ŠIUO POŽIŪRIU PROJEKTAS GALI PADĖTI NUSTATYTI BŪDUS, KAIP PAGERINTI MAISTO PRODUKTŲ MAISTINGUMĄ, NUSTATANT TOKIŲ BRUOŽŲ REGULIAVIMO INSTITUCIJAS. NORS ŠIS PASIŪLYMAS IŠ PRADŽIŲ ATITINKA PAGRINDINĮ MOKSLĄ, JUO TAIP PAT SPRENDŽIAMI VISUOMENĖS UŽDAVINIAI, SUSIJĘ SU AUGALINĖS KILMĖS MAISTO PRODUKTŲ MAISTINGUMU. ŠIŲ MECHANIZMŲ SUPRATIMAS YRA ESMINIS ŠALTINIS, DARANTIS POVEIKĮ VEISIMO PROGRAMOMS IR SKATINANT STRATEGIJŲ KŪRIMĄ INŽINERIJOS SVEIKESNIEMS MAISTO PRODUKTAMS. (Lithuanian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    POSTROJENJA PROIZVODE SPECIJALIZIRANE METABOLITE KOJI POMAŽU U INTERAKCIJI I PREŽIVLJAVANJU S OKOLIŠEM. TI SPOJEVI, KOJI SE NAZIVAJU SEKUNDARNI METABOLITI, UTJEČU NA OSOBINE KVALITETE U HRANI (KAO ŠTO SU BOJA, OKUS, TEKSTURA I AROMA), PREDSTAVLJAJU BOGAT IZVOR KORISTI ZA ZDRAVLJE LJUDI I PREDSTAVLJAJU TEMELJ ZA RAZVOJ NOVIH LIJEKOVA. MEĐUTIM, UNATOČ NJIHOVOJ VAŽNOSTI, NJIHOVA JE POJAVA OGRANIČENA I VREMENSKI I PROSTORNO OGRANIČENA. KONKRETNO, POSTUPCI KONTROLE SEKUNDARNOG METABOLIZMA MESNATIH PLODOVA UGLAVNOM SU NEPOZNATI I PREDSTAVLJAJU GOLEM POTENCIJAL ZA SEKTOR POLJOPRIVREDE. PROJEKT KOJI PREDLAŽEMO PRIDONOSI OVOM ZNANJU DEŠIFRIRANJEM REGULATORNIH MREŽA GENA DVAJU VRLO VAŽNIH SEKUNDARNIH METABOLIČKIH PUTOVA: FENILPROPANOIDI I IZOPRENOIDI. JEZGRA OVOG PROJEKTA TEMELJI SE NA KORIŠTENJU MULTIOMSKIH PRISTUPA I ALATA ZA BIOLOGIJU SUSTAVA KAKO BI SE UTVRDILO KAKO ČIMBENICI TRANSKRIPCIJE (TFS) KONTROLIRAJU SVAKI OD TIH PUTOVA. KAO MODELNI SUSTAVI PREDLAŽEMO UPOTREBU RAJČICE I VINOVE LOZE, BUDUĆI DA SU I.) DVIJE GOSPODARSKI VAŽNE VOĆNE KULTURE, II.) DOBAR IZVOR SEKUNDARNIH METABOLITA I III) SVE VEĆA KOLIČINA OMIČKIH PODATAKA KONTINUIRANO SE STVARA ZA TE VRSTE. PREDLAŽEMO DA SE REGULATORNI PROCESI KOJI UPRAVLJAJU NAKUPLJANJEM SEKUNDARNIH METABOLITA MOGU JEDNOSTAVNO PROUČITI INTEGRIRANJEM GENOMA NA RAZINI GENOMA KOJI ČINE POPUNJENOST GENOMA TRANSKRIPCIJSKOG FAKTORA, SUIZRAŽAVANJE, TRANSKRIPTOMSKE ODGOVORE NA AKTIVACIJU ILI ISCRPLJENJE TF-A I CILJANU KVANTIFIKACIJU METABOLITA. NA TAJ NAČIN, NAŠ PRVI CILJ IMA TEMELJNU OSNOVU JER UTIRE PUT U KARAKTERIZACIJU R2R3-MYB OBITELJI (NAJVEĆA TF OBITELJ POZNATA U BILJKAMA), KORISTEĆI DEP-SEQ, NEDAVNO RAZVIJENU METODU ZA ODREĐIVANJE TF-VEZIVANJA KRAJOLIKA. DRUGI I TREĆI CILJ USMJERENIJI SU I DOPRINIJET ĆE RAZJAŠNJAVANJU ULOGE ODREĐENE PODSKUPINE TE OBITELJI U REGULACIJI IZOPRENOIDNOG PUTA TIJEKOM RAZVOJA I ZRENJA VOĆA. PRIJENOSOM ZNANJA O MYB KARAKTERIZACIJAMA IZ GROŽĐA NA RAJČICU, MOĆI ĆEMO ISKORISTITI SVE TEHNIKE DOSTUPNE ZA OVU VRSTU (E.G. GENETSKA TRANSFORMACIJA) KOJE SU INAČE VRLO TEŠKE I DUGOTRAJNE U VINOVOJ LOZI. OVAJ PRIJEDLOG PREDSTAVLJA PRVI KORAK PI-JA U OSNIVANJU I KONSOLIDACIJI ISTRAŽIVAČKE SKUPINE U TRANSKRIPCIJSKOJ ORKESTRACIJI METABOLIZMA KOJA SE PROUČAVALA BIOLOGIJOM SUSTAVA. PREDLOŽENI PROJEKT IMA INTERDISCIPLINARNU PRIRODU KOJA PREDSTAVLJA IZVRSNU FORMATIVNU PRILIKU ZA DIPLOMSKE STUDENTE (U SKLADU S OVIM PRIJEDLOGOM TRAŽI SE DOKTORSKA STIPENDIJA). TRANSKRIPCIJSKI FAKTORI (TFS) OBUHVAĆAJU PRIKLADAN PRIMJER STUDIJE ZA RJEŠAVANJE PONAŠANJA MODULA U MREŽAMA JER POKAZUJU MNOŠTVO PROTEIN-PROTEINA I PROTEIN-DNA INTERAKCIJA, OBLIKOVANJE SLOŽENIH REGULATORNIH PROCESA. U TOM SMISLU, PROJEKT IMA POTENCIJAL ZA UTVRĐIVANJE NAČINA ZA POBOLJŠANJE HRANJIVIH SADRŽAJA U HRANI IDENTIFICIRANJEM REGULATORA TAKVIH OSOBINA. OVAJ PRIJEDLOG, UNATOČ TOME ŠTO U POČETKU ODGOVARA OSNOVNOJ ZNANOSTI, BAVI SE I DRUŠTVENIM IZAZOVIMA POVEZANIMA S HRANJIVIM SADRŽAJEM HRANE DOBIVENE IZ BILJAKA. RAZUMIJEVANJE TIH MEHANIZAMA PREDSTAVLJA BITAN RESURS ZA UTJECAJ NA UZGOJNE PROGRAME I POTICANJE RAZVOJA STRATEGIJA ZA INŽENJERING ZDRAVIJE HRANE. (Croatian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    ANLÄGGNINGAR TILLVERKAR SPECIALISERADE METABOLITER SOM BIDRAR TILL SAMSPELET OCH ÖVERLEVNADEN MED SIN OMGIVNING. DESSA FÖRENINGAR, SÅ KALLADE SEKUNDÄRA METABOLITER, PÅVERKAR KVALITETSEGENSKAPER I LIVSMEDEL (T.EX. FÄRG, SMAK, KONSISTENS OCH AROM), UTGÖR EN RIK KÄLLA TILL FÖRDELAR FÖR MÄNNISKORS HÄLSA OCH UTGÖR BYGGSTENARNA FÖR UTVECKLINGEN AV NYA LÄKEMEDEL. TROTS SIN BETYDELSE ÄR DE DOCK BEGRÄNSADE OCH BEGRÄNSADE PÅ ETT TIDSMÄSSIGT OCH RUMSLIGT SÄTT. FRAMFÖR ALLT ÄR PROCESSERNA FÖR ATT KONTROLLERA SEKUNDÄR METABOLISM HOS FRUKTKÖTT I STOR UTSTRÄCKNING OKÄNDA OCH UTGÖR EN ENORM POTENTIAL FÖR JORDBRUKSINDUSTRIN. DET PROJEKT SOM VI FÖRESLÅR BIDRAR TILL DENNA KUNSKAP GENOM ATT DECHIFFRERA GENREGLERINGSNÄTVERKEN FÖR TVÅ MYCKET VIKTIGA SEKUNDÄRA METABOLISKA VÄGAR: FENYLPROPANOIDER OCH ISOPRENOIDER. KÄRNAN I DETTA PROJEKT ÄR BASERAD PÅ ANVÄNDNING AV MULTIOMISKA METODER OCH SYSTEMBIOLOGIVERKTYG FÖR ATT BESTÄMMA HUR TRANSKRIPTIONSFAKTORER (TFS) STYR VAR OCH EN AV DESSA BANOR. SOM MODELLSYSTEM FÖRESLÅR VI ANVÄNDNINGEN AV TOMAT OCH VIN, EFTERSOM I) DE ÄR TVÅ EKONOMISKT VIKTIGA FRUKTGRÖDOR, II) BÅDA UTGÖR EN GOD KÄLLA TILL SEKUNDÄRA METABOLITER OCH III) EN ÖKANDE MÄNGD OMIKDATA GENERERAS KONTINUERLIGT FÖR DESSA ARTER. VI FÖRESLÅR ATT DE REGULATORISKA PROCESSER SOM STYR ACKUMULERINGEN AV SEKUNDÄRA METABOLITER ENKELT KAN STUDERAS GENOM ATT INTEGRERA GENOMOMFATTANDE ANALYSER SOM TAR HÄNSYN TILL TRANSKRIPTIONSFAKTORGENOMETS BELÄGGNING, SAMUTTRYCK, TRANSKRIPTOMSVAR PÅ TF-AKTIVERING ELLER UTARMNING OCH RIKTAD KVANTIFIERING AV METABOLITER. MED DESSA MEDEL HAR VÅRT FÖRSTA MÅL EN GRUNDLÄGGANDE GRUND EFTERSOM DET BANAR VÄG FÖR KARAKTERISERINGEN AV R2R3-MYB-FAMILJEN (DEN STÖRSTA TF-FAMILJEN KÄND I VÄXTER), GENOM ATT ANVÄNDA DEP-SEQ, EN NYLIGEN UTVECKLAD METOD FÖR ATT FASTSTÄLLA TF-BINDANDE LANDSKAP. DET ANDRA OCH DET TREDJE MÅLET ÄR MER FOKUSERAT OCH KOMMER ATT BIDRA TILL ATT KLARGÖRA DEN ROLL SOM EN SÄRSKILD UNDERGRUPP AV DENNA FAMILJ SPELAR I FÖRORDNINGEN OM ISOPRENOIDVÄGEN UNDER FRUKTUTVECKLING OCH MOGNAD. GENOM ATT ÖVERFÖRA VÅR KUNSKAP OM MYB-KARAKTERISERINGAR FRÅN DRUVA TILL TOMAT, KOMMER VI ATT KUNNA DRA NYTTA AV ALLA TILLGÄNGLIGA TEKNIKER FÖR DENNA ART (E.G. GENETISK OMVANDLING) SOM ANNARS ÄR MYCKET SVÅRA OCH TIDSKRÄVANDE I VINRANKOR. DETTA FÖRSLAG UTGÖR DET FÖRSTA STEGET I PI NÄR DET GÄLLER ATT ETABLERA OCH KONSOLIDERA EN FORSKARGRUPP INOM TRANSKRIPTIV ORKESTRERING AV METABOLISM SOM STUDERATS GENOM SYSTEMBIOLOGI. DET FÖRESLAGNA PROJEKTET HAR EN TVÄRVETENSKAPLIG KARAKTÄR OCH UTGÖR EN UTMÄRKT FORMATIV MÖJLIGHET FÖR DOKTORANDER (ETT DOKTORANDSTIPENDIUM BEGÄRS TILLSAMMANS MED DETTA FÖRSLAG). TRANSKRIPTIONSFAKTORER (TFS) OMFATTAR ETT LÄMPLIGT FALL AV STUDIE FÖR ATT TA ITU MED BETEENDET HOS MODULER I NÄTVERK EFTERSOM DE UPPVISAR EN UPPSJÖ AV PROTEIN-PROTEIN OCH PROTEIN-DNA INTERAKTIONER, FORMAR KOMPLEXA REGULATORISKA PROCESSER. I DETTA AVSEENDE HAR PROJEKTET POTENTIAL ATT IDENTIFIERA SÄTT ATT FÖRBÄTTRA NÄRINGSINNEHÅLLET I LIVSMEDEL GENOM ATT IDENTIFIERA TILLSYNSMYNDIGHETER FÖR SÅDANA EGENSKAPER. TROTS ATT DETTA FÖRSLAG URSPRUNGLIGEN MOTSVARAR GRUNDFORSKNINGEN TAR DET OCKSÅ UPP SAMHÄLLSUTMANINGAR I SAMBAND MED NÄRINGSINNEHÅLLET I VÄXTBASERADE LIVSMEDEL. ATT FÖRSTÅ DESSA MEKANISMER UTGÖR EN VIKTIG RESURS FÖR ATT PÅVERKA AVELSPROGRAM OCH GYNNA UTVECKLINGEN AV STRATEGIER FÖR ATT INGENJÖRSTEKNISKA HÄLSOSAMMARE LIVSMEDEL. (Swedish)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    INSTALAȚIILE PRODUC METABOLIȚI SPECIALIZAȚI CARE AJUTĂ LA INTERACȚIUNEA ȘI SUPRAVIEȚUIREA CU MEDIUL LOR. ACEȘTI COMPUȘI, DENUMIȚI METABOLIȚI SECUNDARI, INFLUENȚEAZĂ CARACTERISTICILE CALITATIVE ALE ALIMENTELOR (CUM AR FI CULOAREA, AROMA, TEXTURA ȘI AROMA), CONSTITUIE O SURSĂ BOGATĂ DE BENEFICII PENTRU SĂNĂTATEA UMANĂ ȘI REPREZINTĂ ELEMENTELE DE BAZĂ PENTRU DEZVOLTAREA DE NOI PRODUSE FARMACEUTICE. CU TOATE ACESTEA, ȘI ÎN CIUDA IMPORTANȚEI LOR, ELE SUNT LIMITATE DIN PUNCT DE VEDERE TEMPORAL ȘI SPAȚIAL. ÎN SPECIAL, PROCESELE DE CONTROL AL METABOLISMULUI SECUNDAR ÎN FRUCTELE CĂRNOASE SUNT ÎN MARE MĂSURĂ NECUNOSCUTE ȘI REPREZINTĂ UN POTENȚIAL ENORM PENTRU SECTORUL AGROINDUSTRIAL. PROIECTUL PE CARE ÎL PROPUNEM CONTRIBUIE LA ACEASTĂ CUNOAȘTERE PRIN DESCIFRAREA REȚELELOR DE REGLEMENTARE GENETICĂ A DOUĂ CĂI METABOLICE SECUNDARE FOARTE IMPORTANTE: FENILPROPANOIZI ȘI IZOPRENOIZI. NUCLEUL ACESTUI PROIECT SE BAZEAZĂ PE UTILIZAREA ABORDĂRILOR MULTI-OMICE ȘI A INSTRUMENTELOR DE BIOLOGIE A SISTEMELOR PENTRU A DETERMINA MODUL ÎN CARE FACTORII DE TRANSCRIERE (TFS) CONTROLEAZĂ FIECARE DINTRE ACESTE CĂI. CA MODELE DE SISTEME, PROPUNEM UTILIZAREA TOMATELOR ȘI A VIȚEI DE VIE, DEOARECE I) ACESTEA SUNT DOUĂ CULTURI DE FRUCTE IMPORTANTE DIN PUNCT DE VEDERE ECONOMIC, II) AMBELE CONSTITUIE O SURSĂ BUNĂ DE METABOLIȚI SECUNDARI ȘI III) O CANTITATE TOT MAI MARE DE DATE OMICE SUNT GENERATE CONTINUU PENTRU ACESTE SPECII. PROPUNEM CA PROCESELE DE REGLEMENTARE CARE GUVERNEAZĂ ACUMULAREA METABOLIȚILOR SECUNDARI SĂ POATĂ FI STUDIATE ÎN MOD DIRECT PRIN INTEGRAREA ANALIZELOR LA NIVEL DE GENOM, CARE REPREZINTĂ GRADUL DE OCUPARE A GENOMULUI FACTORULUI DE TRANSCRIERE, CO-EXPRESIA, RĂSPUNSURILE TRANSCRIPTOME LA ACTIVAREA SAU EPUIZAREA TF ȘI CUANTIFICAREA ȚINTITĂ A METABOLIȚILOR. PRIN ACESTE MIJLOACE, PRIMUL NOSTRU OBIECTIV ARE O BAZĂ FUNDAMENTALĂ, DEOARECE DESCHIDE CALEA ÎN CARACTERIZAREA FAMILIEI R2R3-MYB (CEA MAI MARE FAMILIE TF CUNOSCUTĂ ÎN PLANTE), PRIN UTILIZAREA DEP-SEQ, O METODĂ RECENT DEZVOLTATĂ PENTRU A DETERMINA PEISAJELE DE LEGARE A TF. CEL DE-AL DOILEA ȘI CEL DE-AL TREILEA OBIECTIV SUNT MAI BINE ORIENTATE ȘI VOR CONTRIBUI LA ELUCIDAREA ROLULUI UNUI ANUMIT SUBGRUP AL ACESTEI FAMILII ÎN REGULAMENTUL PRIVIND CALEA IZOPRENOIDELOR ÎN TIMPUL DEZVOLTĂRII ȘI MATURĂRII FRUCTELOR. TRANSFERÂND CUNOȘTINȚELE NOASTRE DESPRE CARACTERIZĂRILE MYB DE LA STRUGURI LA ROȘII, VOM PUTEA PROFITA DE TOATE TEHNICILE DISPONIBILE PENTRU ACEASTĂ SPECIE (E.G. TRANSFORMARE GENETICĂ) CARE ALTFEL SUNT FOARTE DIFICILE ȘI CONSUMATOARE DE TIMP ÎN VIȚĂ DE VIE. ACEASTĂ PROPUNERE REPREZINTĂ PRIMUL PAS AL PI ÎN STABILIREA ȘI CONSOLIDAREA UNUI GRUP DE CERCETARE ÎN ORCHESTRAREA TRANSCRIPȚIONALĂ A METABOLISMULUI STUDIAT PRIN BIOLOGIA SISTEMELOR. PROIECTUL PROPUS ARE UN CARACTER INTERDISCIPLINAR, REPREZENTÂND O OPORTUNITATE EXCELENTĂ DE FORMATARE PENTRU STUDENȚII ABSOLVENȚI (O BURSĂ DE DOCTORAT ESTE SOLICITATĂ ÎN CADRUL ACESTEI PROPUNERI). FACTORII DE TRANSCRIERE (TFS) CUPRIND UN CAZ ADECVAT DE STUDIU PENTRU ABORDAREA COMPORTAMENTULUI MODULELOR ÎN REȚELE, DEOARECE ACESTEA PREZINTĂ O MULTITUDINE DE INTERACȚIUNI PROTEINE-PROTEINE ȘI PROTEINE-ADN, MODELÂND PROCESE COMPLEXE DE REGLEMENTARE. ÎN ACEST SENS, PROIECTUL ARE POTENȚIALUL DE A IDENTIFICA MODALITĂȚI DE ÎMBUNĂTĂȚIRE A CONȚINUTULUI NUTRIȚIONAL ÎN PRODUSELE ALIMENTARE, PRIN IDENTIFICAREA AUTORITĂȚILOR DE REGLEMENTARE ALE UNOR ASTFEL DE TRĂSĂTURI. ACEASTĂ PROPUNERE, DEȘI CORESPUNDE INIȚIAL ȘTIINȚEI DE BAZĂ, ABORDEAZĂ, DE ASEMENEA, PROVOCĂRILE SOCIETALE LEGATE DE CONȚINUTUL NUTRIȚIONAL AL ALIMENTELOR DERIVATE DIN PLANTE. INTELEGEREA ACESTOR MECANISME REPREZINTA O RESURSA ESENTIALA PENTRU IMPACTUL PROGRAMELOR DE CRESTERE SI FAVORIZAREA DEZVOLTARII STRATEGIILOR DE INGINERIE PENTRU ALIMENTE MAI SANATOASE. (Romanian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    OBRATI PROIZVAJAJO SPECIALIZIRANE METABOLITE, KI POMAGAJO PRI MEDSEBOJNEM DELOVANJU IN PREŽIVETJU Z OKOLJEM. TE SPOJINE, IMENOVANE „SEKUNDARNI METABOLITI“, VPLIVAJO NA KAKOVOSTNE LASTNOSTI ŽIVIL (KOT SO BARVA, OKUS, TEKSTURA IN AROMA), PREDSTAVLJAJO BOGAT VIR KORISTI ZA ZDRAVJE LJUDI IN SO GRADNIKI ZA RAZVOJ NOVIH FARMACEVTSKIH IZDELKOV. VENDAR PA SO KLJUB NJIHOVI POMEMBNOSTI OMEJENI IN ČASOVNO IN PROSTORSKO OMEJENI. ZLASTI PROCESI ZA NADZOR SEKUNDARNEGA METABOLIZMA V MESNATIH SADEŽIH SO VEČINOMA NEZNANI IN PREDSTAVLJAJO OGROMEN POTENCIAL ZA AGROINDUSTRIJSKI SEKTOR. PROJEKT, KI GA PREDLAGAMO, PRISPEVA K TEMU ZNANJU Z DEŠIFRIRANJEM GENSKIH REGULATIVNIH MREŽ DVEH ZELO POMEMBNIH SEKUNDARNIH PRESNOVNIH POTI: FENILPROPANOIDI IN IZOPRENOIDI. JEDRO TEGA PROJEKTA TEMELJI NA UPORABI MULTI-OMIČNIH PRISTOPOV IN SISTEMSKIH BIOLOŠKIH ORODIJ ZA DOLOČANJE, KAKO TRANSKRIPCIJSKI FAKTORJI NADZORUJEJO VSAKO OD TEH POTI. KOT VZORČNA SISTEMA PREDLAGAMO UPORABO PARADIŽNIKA IN VINSKE TRTE, SAJ STA I) DVA GOSPODARSKO POMEMBNA SADNA PRIDELKA, II) OBA PREDSTAVLJATA DOBER VIR SEKUNDARNIH METABOLITOV IN III) ZA TE VRSTE SE STALNO PRIDOBIVAJO VEDNO VEČJE KOLIČINE PODATKOV OMAMIKOV. PREDLAGAMO, DA SE LAHKO REGULATIVNI PROCESI, KI UREJAJO KOPIČENJE SEKUNDARNIH METABOLITOV, ENOSTAVNO PREUČIJO Z VKLJUČITVIJO ANALIZ NA RAVNI GENOMA, KI UPOŠTEVAJO ZASEDENOST GENOMA TRANSKRIPCIJSKEGA FAKTORJA, SOIZRAŽANJE, ODZIVE TRANSKRIPTOMOV NA AKTIVACIJO ALI IZČRPANJE TF IN CILJNO KOLIČINSKO OPREDELITEV METABOLITOV. NA TA NAČIN IMA NAŠ PRVI CILJ TEMELJNO PODLAGO, SAJ UTIRA POT V KARAKTERIZACIJO DRUŽINE R2R3-MYB (NAJVEČJA DRUŽINA TF, ZNANA V RASTLINAH), Z UPORABO DEP-SEQ, NEDAVNO RAZVITE METODE ZA DOLOČANJE TF-OBVEZUJOČIH KRAJIN. DRUGI IN TRETJI CILJ STA BOLJ OSREDOTOČENA IN BOSTA PRISPEVALA K POJASNITVI VLOGE DOLOČENE PODSKUPINE TE DRUŽINE PRI UREJANJU IZOPRENOIDNE POTI MED RAZVOJEM IN ZORENJEM SADJA. S PRENOSOM ZNANJA MYB KARAKTERIZACIJE IZ GROZDJA NA PARADIŽNIK, BOMO LAHKO IZKORISTILI VSE RAZPOLOŽLJIVE TEHNIKE ZA TO VRSTO (E.G. GENETSKA TRANSFORMACIJA), KI SO SICER ZELO TEŽKE IN ZAMUDNE V VINSKE TRTE. TA PREDLOG JE PRVI KORAK PI PRI VZPOSTAVLJANJU IN UTRJEVANJU RAZISKOVALNE SKUPINE ZA TRANSKRIPCIJSKO ORKESTRACIJO METABOLIZMA, KI SE PREUČUJE S SISTEMSKO BIOLOGIJO. PREDLAGANI PROJEKT IMA INTERDISCIPLINARNO NARAVO IN PREDSTAVLJA ODLIČNO FORMATIVNO PRILOŽNOST ZA PODIPLOMSKE ŠTUDENTE (V SKLADU S TEM PREDLOGOM SE ZAHTEVA DOKTORSKA ŠTIPENDIJA). TRANSKRIPCIJSKI FAKTORJI (TFS) VKLJUČUJEJO USTREZEN PRIMER ŠTUDIJE ZA OBRAVNAVANJE OBNAŠANJA MODULOV V OMREŽJIH, SAJ KAŽEJO ŠTEVILNE INTERAKCIJE MED BELJAKOVINAMI IN BELJAKOVINAMI TER DNK, KI OBLIKUJEJO KOMPLEKSNE REGULATIVNE PROCESE. V TEM SMISLU IMA PROJEKT POTENCIAL ZA OPREDELITEV NAČINOV ZA IZBOLJŠANJE HRANILNE VREDNOSTI V ŽIVILIH, TAKO DA SE OPREDELIJO REGULATORJI TAKŠNIH LASTNOSTI. TA PREDLOG KLJUB TEMU, DA NA ZAČETKU USTREZA OSNOVNI ZNANOSTI, OBRAVNAVA TUDI DRUŽBENE IZZIVE, POVEZANE S HRANILNO VREDNOSTJO ŽIVIL RASTLINSKEGA IZVORA. RAZUMEVANJE TEH MEHANIZMOV PREDSTAVLJA BISTVEN VIR ZA VPLIVANJE NA VZREJNE PROGRAME IN SPODBUJANJE RAZVOJA STRATEGIJ ZA INŽENIRING BOLJ ZDRAVIH ŽIVIL. (Slovenian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    ZAKŁADY WYTWARZAJĄ SPECJALISTYCZNE METABOLITY, KTÓRE POMAGAJĄ W INTERAKCJI I PRZETRWANIU Z ICH ŚRODOWISKIEM. ZWIĄZKI TE, ZWANE METABOLITAMI DRUGORZĘDNYMI¿, WPŁYWAJĄ NA CECHY JAKOŚCIOWE W ŻYWNOŚCI (TAKIE JAK KOLOR, SMAK, KONSYSTENCJA I AROMAT), STANOWIĄ BOGATE ŹRÓDŁO KORZYŚCI DLA ZDROWIA LUDZKIEGO I STANOWIĄ FUNDAMENT ROZWOJU NOWATORSKICH PRODUKTÓW FARMACEUTYCZNYCH. JEDNAKŻE, POMIMO ICH ZNACZENIA, SĄ ONE OGRANICZONE POD WZGLĘDEM WYSTĘPOWANIA I OGRANICZONE W CZASIE I PRZESTRZENNYM. W SZCZEGÓLNOŚCI PROCESY KONTROLUJĄCE METABOLIZM WTÓRNY W MIĘSISTYCH OWOCACH SĄ W DUŻEJ MIERZE NIEZNANE I STANOWIĄ OGROMNY POTENCJAŁ DLA SEKTORA ROLNO-PRZEMYSŁOWEGO. PROJEKT, KTÓRY PROPONUJEMY, PRZYCZYNIA SIĘ DO TEJ WIEDZY POPRZEZ ROZSZYFROWANIE SIECI REGULACYJNYCH GENÓW DWÓCH BARDZO WAŻNYCH DRUGORZĘDNYCH ŚCIEŻEK METABOLICZNYCH: FENYLOPROPANOIDY I IZOFENOIDY. PODSTAWĄ TEGO PROJEKTU JEST WYKORZYSTANIE PODEJŚĆ WIELOKOMICZNYCH I NARZĘDZI BIOLOGII SYSTEMÓW W CELU OKREŚLENIA, W JAKI SPOSÓB CZYNNIKI TRANSKRYPCYJNE (TFS) KONTROLUJĄ KAŻDY Z TYCH ŚCIEŻEK. JAKO MODELOWE SYSTEMY PROPONUJEMY STOSOWANIE POMIDORÓW I WINOROŚLI, PONIEWAŻ I) SĄ ONE DWIEMA WAŻNYMI EKONOMICZNIE UPRAWAMI OWOCOWYMI, II) OBA STANOWIĄ DOBRE ŹRÓDŁO DRUGORZĘDNYCH METABOLITÓW I III) STALE GENEROWANE SĄ CORAZ WIĘCEJ DANYCH NA TEMAT OMIKÓW W ODNIESIENIU DO TYCH GATUNKÓW. PROPONUJEMY, ABY PROCESY REGULACYJNE REGULUJĄCE AKUMULACJĘ DRUGORZĘDNYCH METABOLITÓW MOŻNA BYŁO W PROSTY SPOSÓB ZBADAĆ POPRZEZ INTEGRACJĘ ANALIZ OBEJMUJĄCYCH CAŁY GENOM, KTÓRE UWZGLĘDNIAJĄ OBECNOŚĆ GENOMU CZYNNIKA TRANSKRYPCYJNEGO, KOEKSPRESJĘ, REAKCJE TRANSKRYPCYJNE NA AKTYWACJĘ LUB WYCZERPANIE TF ORAZ UKIERUNKOWANE OZNACZANIE ILOŚCIOWE METABOLITÓW. W TEN SPOSÓB NASZ PIERWSZY CEL MA FUNDAMENTALNĄ PODSTAWĘ, PONIEWAŻ TORUJE DROGĘ DO CHARAKTERYSTYKI RODZINY R2R3-MYB (NAJWIĘKSZEJ RODZINY TF ZNANEJ W ROŚLINACH), WYKORZYSTUJĄC DEP-SEQ, NIEDAWNO WYPRACOWANĄ METODĘ OKREŚLANIA KRAJOBRAZÓW WIĄŻĄCYCH TF. CELE DRUGIE I TRZECIE SĄ BARDZIEJ SKONCENTROWANE I PRZYCZYNIĄ SIĘ DO WYJAŚNIENIA ROLI OKREŚLONEJ PODGRUPY TEJ RODZINY W ROZPORZĄDZENIU W SPRAWIE ŚCIEŻKI IZOPRENOIDALNEJ PODCZAS ROZWOJU I DOJRZEWANIA OWOCÓW. PRZEKAZUJĄC NASZĄ WIEDZĘ O CHARAKTERYSTYCE MYB Z WINOGRON DO POMIDORA, BĘDZIEMY MOGLI SKORZYSTAĆ ZE WSZYSTKICH DOSTĘPNYCH TECHNIK DLA TEGO GATUNKU (E.G. GENETYCZNA TRANSFORMACJA), KTÓRE W PRZECIWNYM RAZIE SĄ BARDZO TRUDNE I CZASOCHŁONNE W WINNICY. NINIEJSZY WNIOSEK STANOWI PIERWSZY KROK PI W TWORZENIU I KONSOLIDACJI GRUPY BADAWCZEJ W ZAKRESIE TRANSKRYPCYJNEJ ORKIESTRACJI METABOLIZMU BADANEJ ZA POMOCĄ BIOLOGII SYSTEMÓW. PROPONOWANY PROJEKT MA CHARAKTER INTERDYSCYPLINARNY, CO STANOWI DOSKONAŁĄ OKAZJĘ DLA ABSOLWENTÓW STUDIÓW MAGISTERSKICH (NA PODSTAWIE NINIEJSZEGO WNIOSKU UBIEGA SIĘ O STYPENDIUM DOKTORANCKIE). CZYNNIKI TRANSKRYPCYJNE (TFS) OBEJMUJĄ ODPOWIEDNI PRZYPADEK BADANIA DOTYCZĄCEGO ZACHOWANIA MODUŁÓW W SIECIACH, PONIEWAŻ WYKAZUJĄ ONE MNOGOŚĆ INTERAKCJI BIAŁKOWO-BIAŁKOWYCH I BIAŁKO-DNA, KSZTAŁTUJĄC ZŁOŻONE PROCESY REGULACYJNE. W TYM SENSIE PROJEKT MA POTENCJAŁ DO OKREŚLENIA SPOSOBÓW POPRAWY ZAWARTOŚCI ODŻYWCZEJ W ŻYWNOŚCI POPRZEZ OKREŚLENIE ORGANÓW REGULACYJNYCH TAKICH CECH. WNIOSEK TEN, MIMO ŻE POCZĄTKOWO ODPOWIADA ON PODSTAWOWEJ WIEDZY NAUKOWEJ, ODNOSI SIĘ RÓWNIEŻ DO WYZWAŃ SPOŁECZNYCH ZWIĄZANYCH Z ZAWARTOŚCIĄ ODŻYWCZĄ ŻYWNOŚCI POCHODZENIA ROŚLINNEGO. ZROZUMIENIE TYCH MECHANIZMÓW STANOWI PODSTAWOWY ZASÓB WPŁYWU NA PROGRAMY HODOWLANE I SPRZYJANIE ROZWOJOWI STRATEGII INŻYNIERII ZDROWSZEJ ŻYWNOŚCI. (Polish)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    location (string)
    Paterna
    0 references
    date of last update
    20 December 2023
    0 references

    Identifiers

    Spanish Kohesio ID
    PGC2018-099449-A-I00
    0 references
     
    Retrieved from "https://linkedopendata.eu/w/index.php?title=Item:Q3193883&oldid=41167321"