STUDY OF THE PROTECTIVE EFFECT OF THE MICROBIOME AGAINST ENTEROCOCCUS INFECTIONS. (Q3166793): Difference between revisions

From EU Knowledge Graph
Jump to navigation Jump to search
(‎Changed an Item)
(‎Added qualifier: readability score (P590521): 0.2858421868660015)
 
Property / summary: ANTIBIOTIC-RESISTANT PATHOGENS, SUCH AS ENTEROCOCOCO-VANCOMYCIN-RESISTANT (REV) ARE A GROWING PROBLEM IN HOSPITALISED PATIENTS AND OFTEN CAUSE INFECTIONS AFTER ANTIBIOTIC TREATMENT. ERV INFECTIONS USUALLY START IN THE INTESTINE. UNDER NORMAL CONDITIONS, OUR INTESTINE IS COLONISED BY HUNDREDS OF COMMENSAL BACTERIA, THE MICROBIOTA, WHICH INHIBITS INTESTINAL COLONISATION BY VRE, WHICH IS CALLED “COLONISATION RESISTANCE” (CR). CONVERSELY, THE ADMINISTRATION OF ANTIBIOTICS ALTERS THE COMPOSITION OF THE MICROBIOTA WHICH ALLOWS VRE TO COLONISE THE INTESTINE AND THEN SPREAD TO BLOOD WHERE IT CAN ENDANGER THE PATIENT’S LIFE. THEREFORE, UNDERSTANDING HOW AND WHAT MEMBERS OF THE MICROBIOTA CONFER CR AND HOW ANTIBIOTICS PROMOTE INFECTION IS CRUCIAL IF WE WANT TO PREVENT VRE INFECTIONS. HOWEVER, THE ABSENCE OF TECHNIQUES TO ANALYSE THE MICROBIOTA HAS MADE IT DIFFICULT TO STUDY THIS CLINICALLY RELEVANT FIELD. FORTUNATELY, NEW MASS SEQUENCING TECHNIQUES NOW ALLOW THE DETAILED STUDY OF THE MICROBIOTA AND ITS GENES (MICROBIOME). OUR GROUP HAS PIONEERED THIS NEW METHODOLOGY TO IDENTIFY MICROBIOTA CHANGES THAT PROMOTE VRE COLONISATION AND IDENTIFY THOSE BACTERIAL SPECIES THAT CONFER CR. WE HAVE SHOWN THAT THE REMOVAL OF CERTAIN BACTERIA FROM THE MICROBIOTA, INCLUDING BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, INCREASES THE RISK OF INFECTION. MOREOVER, THE RECONSTITUTION OF MICE TREATED WITH ANTIBIOTICS WITH THESE BACTERIA CONSIDERABLY DECREASES THE COLONISATION BY VRE. HAVING IDENTIFIED SPECIFIC MICROBIOTA BACTERIA THAT PROMOTE CR, IN THIS PROJECT WE PROPOSE TO IDENTIFY THE MECHANISMS BY WHICH THESE BACTERIA CONFER PROTECTION. OUR PUBLISHED RESULTS INDICATE THAT THE MICROBIOTA CONFERS CR IN THE ABSENCE OF ESSENTIAL COMPONENTS OF THE IMMUNE SYSTEM. THEREFORE, IN THIS PROJECT WE WILL FOCUS ON IDENTIFYING MECHANISMS BY WHICH THE MICROBIOTA DIRECTLY CONFERS RESISTANCE (COMPETICION BY NUTRIENTS, PRODUCTION OF INHIBITORY SUBSTANCES). TO ACHIEVE THIS GOAL, WE WILL FIRST DEFINE THE NUTRIENTS USED BY THE PATHOGEN AND PROTECTIVE BACTERIA (BPS) IN THE MICE INTESTINE. FOR THIS WE WILL USE OMIC TECHNIQUES (METAGENOMICA AND METATRANSCRIPTOMICA) TO IDENTIFY GENES EXPRESSED TO ACQUIRE IN VIVO NUTRIENTS, AND METABOLOMIC TECHNIQUES TO IDENTIFY NUTRIENTS THAT HAVE DECREASED IN VIVO AFTER COLONISATION BY VRE OR BPS. IN ADDITION, WE WILL IDENTIFY IN VITRO BY “ARRAYS” THE NUTRIENTS THAT ARE ESSENTIAL FOR THE GROWTH OF VRE, AND BY MEANS OF A TECHNIQUE OF IDENTIFICATION OF MUTANTS BY TRANSPOSITION IN VIVO, WE WILL IDENTIFY GENES THAT VRE NEEDS TO COLONISE THE INTESTINE AND ACQUIRE NUTRIENTS. ONCE THE STRATEGIES USED BY VRE AND BPS TO EXPLOIT NUTRIENTS HAVE BEEN DEFINED, IN VITRO AND IN VIVO COMPETICION TESTS WILL DEMONSTRATE THE ROLE OF NUTRIENT COMPETITION IN CR VERSUS VRE. ON THE OTHER HAND, THE IN VIVO OMIC PROFILES OF BPS WILL IDENTIFY POSSIBLE INHIBITOR MOLECULES THAT WILL BE TESTED IN GROWTH INHIBITION ASSAYS TO DEFINE THE ROLE OF THESE MOLECULES IN CR. THE INFORMATION OBTAINED IN THIS PROJECT WILL GIVE RISE TO NEW THERAPEUTIC STRATEGIES TO COMBAT ERV INFECTIONS, A PATHOGEN THAT IS ACQUIRING RESISTANCE TO THE FEW THERAPEUTIC OPTIONS AVAILABLE. (English) / qualifier
 
readability score: 0.2858421868660015
Amount0.2858421868660015
Unit1

Latest revision as of 15:19, 7 March 2024

Project Q3166793 in Spain
Language Label Description Also known as
English
STUDY OF THE PROTECTIVE EFFECT OF THE MICROBIOME AGAINST ENTEROCOCCUS INFECTIONS.
Project Q3166793 in Spain

    Statements

    country
    Spain
    0 references
    EU contribution
    105,415.2 Euro
    0 references
    budget
    193,600.0 Euro
    0 references
    co-financing rate
    54.45 percent
    0 references
    start time
    1 January 2015
    0 references
    end time
    30 June 2018
    0 references
    beneficiary name (string)
    FUNDACION PARA EL FOMENTO DE LA INV. SANITARIA Y BIOMEDICA DE LA COMUNIDAD VALENCIANA (FISABIO)
    0 references
    beneficiary
    Q3136692
    0 references
    coordinate location

    39°28'54.30"N, 0°21'57.71"W
    inferred from
    postal code
    0 references
    postal code
    46010
    0 references
    summary
    PATOGENOS RESISTENTES A ANTIBIOTICOS, TALES COMO EL ENTEROCOCO-VANCOMICINA-RESISTENTE (VRE) SON UN PROBLEMA CRECIENTE EN PACIENTES HOSPITALIZADOS Y SUELEN CAUSAR INFECCIONES TRAS EL TRATAMIENTO ANTIBIOTICO. INFECCIONES POR VRE SUELEN COMENZAR EN EL INTESTINO. EN CONDICIONES NORMALES, NUESTRO INTESTINO ESTA COLONIZADO POR CIENTOS DE BACTERIAS COMENSALES, LA MICROBIOTA, QUE INHIBE LA COLONIZACION INTESTINAL POR VRE, LO QUE SE DENOMINA "RESISTENCIA A LA COLONIZACION" (CR). POR CONTRA, LA ADMINISTRACION DE ANTIBIOTICOS ALTERA LA COMPOSICION DE LA MICROBIOTA LO QUE PERMITE A VRE COLONIZAR EL INTESTINO Y POSTERIORMENTE DISEMINAR A SANGRE DONDE PUEDE PONER EN PELIGRO LA VIDA DEL PACIENTE. POR TANTO, ENTENDER COMO Y QUE MIEMBROS DE LA MICROBIOTA CONFIEREN CR Y COMO LOS ANTIBIOTICOS PROMUEVEN LA INFECCION ES CRUCIAL SI QUEREMOS PREVENIR LAS INFECCIONES POR VRE. SIN EMBARGO, LA AUSENCIA DE TECNICAS PARA ANALIZAR LA MICROBIOTA HA DIFICULTADO EL ESTUDIO DE ESTE CLINICAMENTE RELEVANTE CAMPO. AFORTUNADAMENTE, NUEVAS TECNICAS DE SECUENCIACION MASIVA PERMITEN AHORA EL ESTUDIO DETALLADO DE LA MICROBIOTA Y SUS GENES (MICROBIOMA). NUESTRO GRUPO HA SIDO PIONERO EN APLICAR ESTA NUEVA METODOLOGIA PARA IDENTIFICAR CAMBIOS EN LA MICROBIOTA QUE PROMUEVEN LA COLONIZACION POR VRE E IDENTIFICAR AQUELLAS ESPECIES BACTERIANAS QUE CONFIEREN CR. HEMOS DEMOSTRADO QUE LA ELIMINACION DE CIERTAS BACTERIAS DE LA MICROBIOTA, INCLUIDAS BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, INCREMENTA EL RIESGO DE INFECCION. MAS AUN, LA RECONSTITUCION DE RATONES TRATADOS CON ANTIBIOTICOS CON DICHAS BACTERIAS DISMINUYE CONSIDERABLEMENTE LA COLONIZACION POR VRE. HABIENDO IDENTIFICADO BACTERIAS CONCRETAS DE LA MICROBIOTA QUE PROMUEVEN CR, EN ESTE PROYECTO PROPONEMOS IDENTIFICAR LOS MECANISMOS POR LOS CUALES DICHAS BACTERIAS CONFIEREN PROTECCION. NUESTROS RESULTADOS PUBLICADOS INDICAN QUE LA MICROBIOTA CONFIERE CR EN AUSENCIA DE COMPONENTES ESENCIALES DEL SISTEMA INMUNE. POR ELLO, EN ESTE PROYECTO NOS CENTRAREMOS EN IDENTIFICAR MECANISMOS POR LOS CUALES LA MICROBIOTA DIRECTAMENTE CONFIERE RESISTENCIA (COMPETICION POR NUTRIENTES, PRODUCCION DE SUSTANCIAS INHIBITORIAS). PARA ALCANZAR ESTE OBJETIVO, PRIMERO DEFINIREMOS LOS NUTRIENTES UTILIZADOS POR EL PATOGENO Y LAS BACTERIAS PROTECTORAS (BPS) EN EL INTESTINO DE RATONES. PARA ELLO UTILIZAREMOS TECNICAS OMICAS (METAGENOMICA Y METATRANSCRIPTOMICA) PARA IDENTIFICAR LOS GENES EXPRESADOS PARA ADQUIRIR NUTRIENTES IN VIVO, Y TECNICAS METABOLOMICAS PARA IDENTIFICAR NUTRIENTES QUE HAYAN MERMADO IN VIVO TRAS LA COLONIZACION POR VRE O BPS. ADEMAS, IDENTIFICAREMOS IN VITRO MEDIANTE "ARRAYS" LOS NUTRIENTES QUE SON ESENCIALES PARA EL CRECIMIENTO DE VRE, Y MEDIANTE UNA TECNICA DE IDENTIFICACION DE MUTANTES POR TRANSPOSICION IN VIVO, IDENTIFICAREMOS GENES QUE NECESITA VRE PARA COLONIZAR EL INTESTINO Y ADQUIRIR NUTRIENTES. UNA VEZ DEFINIDAS LAS ESTRATEGIAS UTILIZADAS POR VRE Y BPS PARA EXPLOTAR NUTRIENTES, ENSAYOS DE COMPETICION IN VITRO E IN VIVO DEMOSTRARAN EL PAPEL DE LA COMPETICION POR NUTRIENTES EN CR FRENTE A VRE. POR OTRO LADO, LOS PERFILES OMICOS IN VIVO DE LAS BPS IDENTIFICARAN POSIBLES MOLECULAS INHIBIDORAS QUE SERAN TESTADAS EN ENSAYOS DE INHIBICION DE CRECIMIENTO PARA DEFINIR EL PAPEL DE ESTAS MOLECULAS EN CR. LA INFORMACION OBTENIDA EN ESTE PROYECTO DARA LUGAR A NUEVAS ESTRATEGIAS TERAPEUTICAS PARA COMBATIR INFECCIONES POR VRE, UN PATOGENO QUE ESTA ADQUIRIENDO RESISTENCIAS A LAS POCAS OPCIONES TERAPEUTICAS DISPONIBLES. (Spanish)
    0 references
    ANTIBIOTIC-RESISTANT PATHOGENS, SUCH AS ENTEROCOCOCO-VANCOMYCIN-RESISTANT (REV) ARE A GROWING PROBLEM IN HOSPITALISED PATIENTS AND OFTEN CAUSE INFECTIONS AFTER ANTIBIOTIC TREATMENT. ERV INFECTIONS USUALLY START IN THE INTESTINE. UNDER NORMAL CONDITIONS, OUR INTESTINE IS COLONISED BY HUNDREDS OF COMMENSAL BACTERIA, THE MICROBIOTA, WHICH INHIBITS INTESTINAL COLONISATION BY VRE, WHICH IS CALLED “COLONISATION RESISTANCE” (CR). CONVERSELY, THE ADMINISTRATION OF ANTIBIOTICS ALTERS THE COMPOSITION OF THE MICROBIOTA WHICH ALLOWS VRE TO COLONISE THE INTESTINE AND THEN SPREAD TO BLOOD WHERE IT CAN ENDANGER THE PATIENT’S LIFE. THEREFORE, UNDERSTANDING HOW AND WHAT MEMBERS OF THE MICROBIOTA CONFER CR AND HOW ANTIBIOTICS PROMOTE INFECTION IS CRUCIAL IF WE WANT TO PREVENT VRE INFECTIONS. HOWEVER, THE ABSENCE OF TECHNIQUES TO ANALYSE THE MICROBIOTA HAS MADE IT DIFFICULT TO STUDY THIS CLINICALLY RELEVANT FIELD. FORTUNATELY, NEW MASS SEQUENCING TECHNIQUES NOW ALLOW THE DETAILED STUDY OF THE MICROBIOTA AND ITS GENES (MICROBIOME). OUR GROUP HAS PIONEERED THIS NEW METHODOLOGY TO IDENTIFY MICROBIOTA CHANGES THAT PROMOTE VRE COLONISATION AND IDENTIFY THOSE BACTERIAL SPECIES THAT CONFER CR. WE HAVE SHOWN THAT THE REMOVAL OF CERTAIN BACTERIA FROM THE MICROBIOTA, INCLUDING BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, INCREASES THE RISK OF INFECTION. MOREOVER, THE RECONSTITUTION OF MICE TREATED WITH ANTIBIOTICS WITH THESE BACTERIA CONSIDERABLY DECREASES THE COLONISATION BY VRE. HAVING IDENTIFIED SPECIFIC MICROBIOTA BACTERIA THAT PROMOTE CR, IN THIS PROJECT WE PROPOSE TO IDENTIFY THE MECHANISMS BY WHICH THESE BACTERIA CONFER PROTECTION. OUR PUBLISHED RESULTS INDICATE THAT THE MICROBIOTA CONFERS CR IN THE ABSENCE OF ESSENTIAL COMPONENTS OF THE IMMUNE SYSTEM. THEREFORE, IN THIS PROJECT WE WILL FOCUS ON IDENTIFYING MECHANISMS BY WHICH THE MICROBIOTA DIRECTLY CONFERS RESISTANCE (COMPETICION BY NUTRIENTS, PRODUCTION OF INHIBITORY SUBSTANCES). TO ACHIEVE THIS GOAL, WE WILL FIRST DEFINE THE NUTRIENTS USED BY THE PATHOGEN AND PROTECTIVE BACTERIA (BPS) IN THE MICE INTESTINE. FOR THIS WE WILL USE OMIC TECHNIQUES (METAGENOMICA AND METATRANSCRIPTOMICA) TO IDENTIFY GENES EXPRESSED TO ACQUIRE IN VIVO NUTRIENTS, AND METABOLOMIC TECHNIQUES TO IDENTIFY NUTRIENTS THAT HAVE DECREASED IN VIVO AFTER COLONISATION BY VRE OR BPS. IN ADDITION, WE WILL IDENTIFY IN VITRO BY “ARRAYS” THE NUTRIENTS THAT ARE ESSENTIAL FOR THE GROWTH OF VRE, AND BY MEANS OF A TECHNIQUE OF IDENTIFICATION OF MUTANTS BY TRANSPOSITION IN VIVO, WE WILL IDENTIFY GENES THAT VRE NEEDS TO COLONISE THE INTESTINE AND ACQUIRE NUTRIENTS. ONCE THE STRATEGIES USED BY VRE AND BPS TO EXPLOIT NUTRIENTS HAVE BEEN DEFINED, IN VITRO AND IN VIVO COMPETICION TESTS WILL DEMONSTRATE THE ROLE OF NUTRIENT COMPETITION IN CR VERSUS VRE. ON THE OTHER HAND, THE IN VIVO OMIC PROFILES OF BPS WILL IDENTIFY POSSIBLE INHIBITOR MOLECULES THAT WILL BE TESTED IN GROWTH INHIBITION ASSAYS TO DEFINE THE ROLE OF THESE MOLECULES IN CR. THE INFORMATION OBTAINED IN THIS PROJECT WILL GIVE RISE TO NEW THERAPEUTIC STRATEGIES TO COMBAT ERV INFECTIONS, A PATHOGEN THAT IS ACQUIRING RESISTANCE TO THE FEW THERAPEUTIC OPTIONS AVAILABLE. (English)
    point in time
    12 October 2021
    readability score
    0.2858421868660015
    0 references
    LES AGENTS PATHOGÈNES RÉSISTANTS AUX ANTIBIOTIQUES, COMME ENTEROCOCOCO-RÉSISTANT À LA VANCOMYCINE (REV) SONT UN PROBLÈME CROISSANT CHEZ LES PATIENTS HOSPITALISÉS ET PROVOQUENT SOUVENT DES INFECTIONS APRÈS UN TRAITEMENT ANTIBIOTIQUE. LES INFECTIONS À VR COMMENCENT GÉNÉRALEMENT DANS L’INTESTIN. DANS DES CONDITIONS NORMALES, NOTRE INTESTIN EST COLONISÉ PAR DES CENTAINES DE BACTÉRIES COMMENSALES, LE MICROBIOTE, QUI INHIBE LA COLONISATION INTESTINALE PAR LE VRE, APPELÉ «RÉSISTANCE À LA COLONISATION» (CR). INVERSEMENT, L’ADMINISTRATION D’ANTIBIOTIQUES MODIFIE LA COMPOSITION DU MICROBIOTE QUI PERMET À VRE DE COLONISER L’INTESTIN PUIS DE SE PROPAGER AU SANG OÙ IL PEUT METTRE EN DANGER LA VIE DU PATIENT. PAR CONSÉQUENT, IL EST CRUCIAL DE COMPRENDRE COMMENT ET CE QUE LES MEMBRES DU MICROBIOTE CONFÈRENT LA CR ET COMMENT LES ANTIBIOTIQUES FAVORISENT L’INFECTION SI NOUS VOULONS PRÉVENIR LES INFECTIONS À ERV. CEPENDANT, L’ABSENCE DE TECHNIQUES D’ANALYSE DU MICROBIOTE A RENDU DIFFICILE L’ÉTUDE DE CE DOMAINE CLINIQUEMENT PERTINENT. HEUREUSEMENT, LES NOUVELLES TECHNIQUES DE SÉQUENÇAGE DE MASSE PERMETTENT MAINTENANT L’ÉTUDE DÉTAILLÉE DU MICROBIOTE ET DE SES GÈNES (MICROBIOME). NOTRE GROUPE A PIONNÉ CETTE NOUVELLE MÉTHODOLOGIE POUR IDENTIFIER LES CHANGEMENTS DE MICROBIOTES QUI FAVORISENT LA COLONISATION DES ERV ET IDENTIFIER LES ESPÈCES BACTÉRIENNES QUI CONFÈRENT LA CR. NOUS AVONS MONTRÉ QUE L’ÉLIMINATION DE CERTAINES BACTÉRIES DU MICROBIOTE, DONT BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, AUGMENTE LE RISQUE D’INFECTION. DE PLUS, LA RECONSTITUTION DE SOURIS TRAITÉES AVEC DES ANTIBIOTIQUES AVEC CES BACTÉRIES DIMINUE CONSIDÉRABLEMENT LA COLONISATION PAR VRE. APRÈS AVOIR IDENTIFIÉ DES BACTÉRIES MICROBIOTES SPÉCIFIQUES QUI FAVORISENT LE CR, NOUS PROPOSONS DANS CE PROJET D’IDENTIFIER LES MÉCANISMES PAR LESQUELS CES BACTÉRIES CONFÈRENT UNE PROTECTION. NOS RÉSULTATS PUBLIÉS INDIQUENT QUE LE MICROBIOTE CONFÈRE LE CR EN L’ABSENCE DE COMPOSANTS ESSENTIELS DU SYSTÈME IMMUNITAIRE. PAR CONSÉQUENT, DANS CE PROJET, NOUS NOUS CONCENTRERONS SUR L’IDENTIFICATION DES MÉCANISMES PAR LESQUELS LE MICROBIOTE CONFÈRE DIRECTEMENT LA RÉSISTANCE (COMPETICION PAR LES NUTRIMENTS, PRODUCTION DE SUBSTANCES INHIBITRICES). POUR ATTEINDRE CET OBJECTIF, NOUS ALLONS D’ABORD DÉFINIR LES NUTRIMENTS UTILISÉS PAR L’AGENT PATHOGÈNE ET LES BACTÉRIES PROTECTRICES (BPS) DANS L’INTESTIN DE SOURIS. POUR CELA, NOUS UTILISERONS DES TECHNIQUES OMIQUES (METAGENOMICA ET METATRANSCRIPTOMICA) POUR IDENTIFIER LES GÈNES EXPRIMÉS POUR ACQUÉRIR DES NUTRIMENTS IN VIVO, ET DES TECHNIQUES MÉTABOLOMIQUES POUR IDENTIFIER LES NUTRIMENTS QUI ONT DIMINUÉ IN VIVO APRÈS LA COLONISATION PAR VRE OU BPS. EN OUTRE, NOUS ALLONS IDENTIFIER IN VITRO PAR DES «ARRACHES» LES NUTRIMENTS QUI SONT ESSENTIELS À LA CROISSANCE DE L’ERV, ET AU MOYEN D’UNE TECHNIQUE D’IDENTIFICATION DES MUTANTS PAR TRANSPOSITION IN VIVO, NOUS IDENTIFIERONS LES GÈNES DONT LE VRE A BESOIN POUR COLONISER L’INTESTIN ET ACQUÉRIR DES NUTRIMENTS. UNE FOIS QUE LES STRATÉGIES UTILISÉES PAR LE VRE ET LE BPS POUR EXPLOITER LES NUTRIMENTS AURONT ÉTÉ DÉFINIES, LES ESSAIS DE COMPETICION IN VITRO ET IN VIVO DÉMONTRERONT LE RÔLE DE LA COMPÉTITION DES NUTRIMENTS DANS LE CR PAR RAPPORT À L’ERV. D’AUTRE PART, LES PROFILS OMIQUES IN VIVO DU BPS PERMETTRONT D’IDENTIFIER D’ÉVENTUELLES MOLÉCULES INHIBITRICES QUI SERONT TESTÉES DANS LES ESSAIS D’INHIBITION DE LA CROISSANCE AFIN DE DÉFINIR LE RÔLE DE CES MOLÉCULES DANS LA CR. LES INFORMATIONS OBTENUES DANS LE CADRE DE CE PROJET DONNERONT LIEU À DE NOUVELLES STRATÉGIES THÉRAPEUTIQUES DE LUTTE CONTRE LES INFECTIONS À VER, UN AGENT PATHOGÈNE QUI ACQUIERT UNE RÉSISTANCE AUX QUELQUES OPTIONS THÉRAPEUTIQUES DISPONIBLES. (French)
    point in time
    4 December 2021
    0 references
    ANTIBIOTIKARESISTENTE KRANKHEITSERREGER WIE ENTEROCOCOCOCO-VANCOMYCIN-RESISTENT (REV) SIND EIN WACHSENDES PROBLEM BEI KRANKENHAUSPATIENTEN UND VERURSACHEN OFT INFEKTIONEN NACH DER ANTIBIOTIKABEHANDLUNG. ERV-INFEKTIONEN BEGINNEN IN DER REGEL IM DARM. UNTER NORMALEN BEDINGUNGEN WIRD UNSER DARM VON HUNDERTEN VON KOMMENSALBAKTERIEN BESIEDELT, DER MIKROBIOTA, DIE DIE DARMBESIEDLUNG DURCH VRE HEMMT, DIE ALS „KOLONISATIONSRESISTENZ“ (CR) BEZEICHNET WIRD. UMGEKEHRT VERÄNDERT DIE VERABREICHUNG VON ANTIBIOTIKA DIE ZUSAMMENSETZUNG DER MIKROBIOTA, DIE ES VRE ERMÖGLICHT, DEN DARM ZU KOLONISIEREN UND DANN AUF BLUT ZU VERBREITEN, WO ES DAS LEBEN DES PATIENTEN GEFÄHRDEN KANN. DAHER IST ZU VERSTEHEN, WIE UND WELCHE MITGLIEDER DER MIKROBIOTA CR ÜBERTRAGEN UND WIE ANTIBIOTIKA INFEKTIONEN FÖRDERN, WENN WIR VRE-INFEKTIONEN VERHINDERN WOLLEN. DAS FEHLEN VON TECHNIKEN ZUR ANALYSE DER MIKROBIOTA HAT ES JEDOCH SCHWIERIG GEMACHT, DIESES KLINISCH RELEVANTE FELD ZU UNTERSUCHEN. GLÜCKLICHERWEISE ERMÖGLICHEN NEUE MASSENSEQUENZIERUNGSTECHNIKEN NUN DIE DETAILLIERTE UNTERSUCHUNG DER MIKROBIOTA UND SEINER GENE (MIKROBIOM). UNSERE GRUPPE HAT DIESE NEUE METHODE VORANGEBRACHT, UM MIKROBIOTA-ÄNDERUNGEN ZU IDENTIFIZIEREN, DIE DIE VRE-BESIEDLUNG FÖRDERN UND JENE BAKTERIELLEN ARTEN IDENTIFIZIEREN, DIE CR VERLEIHEN. WIR HABEN GEZEIGT, DASS DIE ENTFERNUNG BESTIMMTER BAKTERIEN AUS DER MIKROBIOTA, EINSCHLIESSLICH BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, DAS INFEKTIONSRISIKO ERHÖHT. DARÜBER HINAUS VERRINGERT DIE REKONSTITUTION VON MÄUSEN, DIE MIT ANTIBIOTIKA MIT DIESEN BAKTERIEN BEHANDELT WURDEN, DIE KOLONISATION DURCH VRE ERHEBLICH. NACHDEM WIR SPEZIFISCHE MIKROBIOTABAKTERIEN IDENTIFIZIERT HABEN, DIE CR FÖRDERN, SCHLAGEN WIR IN DIESEM PROJEKT VOR, DIE MECHANISMEN ZU IDENTIFIZIEREN, MIT DENEN DIESE BAKTERIEN SCHUTZ GEWÄHREN. UNSERE VERÖFFENTLICHTEN ERGEBNISSE DEUTEN DARAUF HIN, DASS DIE MIKROBIOTA CR IN ERMANGELUNG WESENTLICHER KOMPONENTEN DES IMMUNSYSTEMS VERLEIHT. DAHER KONZENTRIEREN WIR UNS IN DIESEM PROJEKT DARAUF, MECHANISMEN ZU IDENTIFIZIEREN, MIT DENEN DIE MIKROBIOTA DIREKT RESISTENZ VERLEIHT (COMPETICION DURCH NÄHRSTOFFE, HERSTELLUNG VON HEMMENDEN SUBSTANZEN). UM DIESES ZIEL ZU ERREICHEN, DEFINIEREN WIR ZUNÄCHST DIE NÄHRSTOFFE, DIE VON DEN KRANKHEITSERREGERN UND SCHUTZBAKTERIEN (BPS) IM MÄUSENDARM VERWENDET WERDEN. DAZU WERDEN WIR OMIC TECHNIKEN (METAGENOMICA UND METATRANSCRIPTOMICA) VERWENDEN, UM GENE ZU IDENTIFIZIEREN, DIE ZUM ERWERB VON IN VIVO NÄHRSTOFFEN AUSGEDRÜCKT WURDEN, UND METABOLOMISCHE TECHNIKEN, UM NÄHRSTOFFE ZU IDENTIFIZIEREN, DIE NACH DER KOLONISIERUNG DURCH VRE ODER BPS IN VIVO ABGENOMMEN HABEN. DARÜBER HINAUS IDENTIFIZIEREN WIR IN VITRO DURCH „ARRAYS“ DIE NÄHRSTOFFE, DIE FÜR DAS WACHSTUM VON VRE UNERLÄSSLICH SIND, UND DURCH EINE TECHNIK ZUR IDENTIFIZIERUNG VON MUTANTEN DURCH UMSETZUNG IN VIVO IDENTIFIZIEREN WIR GENE, DIE VRE BENÖTIGT, UM DEN DARM ZU KOLONISIEREN UND NÄHRSTOFFE ZU ERWERBEN. SOBALD DIE VON VRE UND BPS ZUR NÄHRSTOFFGEWINNUNG VERWENDETEN STRATEGIEN DEFINIERT SIND, WERDEN IN-VITRO- UND IN-VIVO-COMPETICION-TESTS DIE ROLLE DES NÄHRSTOFFWETTBEWERBS IM CR VERSUS VRE ZEIGEN. AUF DER ANDEREN SEITE WERDEN DIE IN VIVO OMIC PROFILE VON BPS MÖGLICHE INHIBITORMOLEKÜLE IDENTIFIZIEREN, DIE IN WACHSTUMSHEMMUNGSTESTS GETESTET WERDEN, UM DIE ROLLE DIESER MOLEKÜLE IN CR ZU DEFINIEREN. DIE IN DIESEM PROJEKT GEWONNENEN INFORMATIONEN WERDEN ZU NEUEN THERAPEUTISCHEN STRATEGIEN ZUR BEKÄMPFUNG VON ERV-INFEKTIONEN FÜHREN, EINEM ERREGER, DER RESISTENZ GEGEN DIE WENIGEN VERFÜGBAREN THERAPEUTISCHEN MÖGLICHKEITEN ERHÄLT. (German)
    point in time
    9 December 2021
    0 references
    ANTIBIOTICARESISTENTE ZIEKTEVERWEKKERS, ZOALS ENTEROCOCOCO-RESISTENT (REV) ZIJN EEN GROEIEND PROBLEEM BIJ ZIEKENHUISPATIËNTEN EN VEROORZAKEN VAAK INFECTIES NA BEHANDELING MET ANTIBIOTICA. ERV-INFECTIES BEGINNEN MEESTAL IN DE DARM. ONDER NORMALE OMSTANDIGHEDEN WORDT ONZE DARM GEKOLONISEERD DOOR HONDERDEN COMMENSALE BACTERIËN, DE MICROBIOTA, DIE DARMKOLONISATIE DOOR VRE REMT, WAT „KOLONISATIERESISTENTIE” (CR) WORDT GENOEMD. OMGEKEERD VERANDERT DE TOEDIENING VAN ANTIBIOTICA DE SAMENSTELLING VAN DE MICROBIOTA, WAARDOOR VRE DE DARM KAN KOLONISEREN EN VERVOLGENS KAN VERSPREIDEN NAAR BLOED WAAR HET HET LEVEN VAN DE PATIËNT IN GEVAAR KAN BRENGEN. DAAROM IS HET VAN CRUCIAAL BELANG OM TE BEGRIJPEN HOE EN WAT LEDEN VAN DE MICROBIOTA CR GEVEN EN HOE ANTIBIOTICA INFECTIES BEVORDEREN ALS WE VRE-INFECTIES WILLEN VOORKOMEN. DE AFWEZIGHEID VAN TECHNIEKEN OM DE MICROBIOTA TE ANALYSEREN HEEFT HET ECHTER MOEILIJK GEMAAKT OM DIT KLINISCH RELEVANTE GEBIED TE BESTUDEREN. GELUKKIG, NIEUWE MASSA SEQUENCING TECHNIEKEN NU DE GEDETAILLEERDE STUDIE VAN DE MICROBIOTA EN ZIJN GENEN (MICROBIOME). ONZE GROEP HEEFT DEZE NIEUWE METHODOLOGIE GEÏNTRODUCEERD OM MICROBIOTAVERANDERINGEN TE IDENTIFICEREN DIE VRE-KOLONISATIE BEVORDEREN EN DIE BACTERIËLE SOORTEN IDENTIFICEREN DIE CR VERLENEN. WE HEBBEN AANGETOOND DAT DE VERWIJDERING VAN BEPAALDE BACTERIËN UIT DE MICROBIOTA, WAARONDER BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, HET RISICO OP INFECTIE VERHOOGT. BOVENDIEN VERMINDERT DE RECONSTITUTIE VAN MET ANTIBIOTICA BEHANDELDE MUIZEN MET DEZE BACTERIËN DE KOLONISATIE DOOR VRE AANZIENLIJK. NADAT WE SPECIFIEKE MICROBIOTABACTERIËN HEBBEN GEÏDENTIFICEERD DIE CR BEVORDEREN, STELLEN WE IN DIT PROJECT VOOR OM DE MECHANISMEN TE IDENTIFICEREN WAARMEE DEZE BACTERIËN BESCHERMING BIEDEN. ONZE GEPUBLICEERDE RESULTATEN GEVEN AAN DAT DE MICROBIOTA CR VERLEENT IN AFWEZIGHEID VAN ESSENTIËLE COMPONENTEN VAN HET IMMUUNSYSTEEM. DAAROM ZULLEN WE IN DIT PROJECT FOCUSSEN OP HET IDENTIFICEREN VAN MECHANISMEN WAARMEE DE MICROBIOTA DIRECT RESISTENTIE VERLEENT (COMPETICIE DOOR VOEDINGSSTOFFEN, PRODUCTIE VAN REMMENDE STOFFEN). OM DIT DOEL TE BEREIKEN, ZULLEN WE EERST DE VOEDINGSSTOFFEN DEFINIËREN DIE WORDEN GEBRUIKT DOOR DE ZIEKTEVERWEKKER EN BESCHERMENDE BACTERIËN (BPS) IN DE DARM VAN DE MUIZEN. HIERVOOR ZULLEN WIJ OMIC TECHNIEKEN (METAGENOMICA EN METATRANSCRIPTOMICA) GEBRUIKEN OM GENEN TE IDENTIFICEREN DIE WORDEN UITGEDRUKT OM IN VIVO NUTRIËNTEN TE VERWERVEN, EN METABOLOMISCHE TECHNIEKEN OM NUTRIËNTEN TE IDENTIFICEREN DIE IN VIVO NA KOLONISATIE DOOR VRE OF BPS ZIJN GEDAALD. DAARNAAST ZULLEN WE IN VITRO IDENTIFICEREN DOOR MIDDEL VAN „ARRAYS” DE VOEDINGSSTOFFEN DIE ESSENTIEEL ZIJN VOOR DE GROEI VAN VRE, EN DOOR MIDDEL VAN EEN TECHNIEK OM MUTANTEN TE IDENTIFICEREN DOOR OMZETTING IN VIVO, ZULLEN WE GENEN IDENTIFICEREN DIE VRE NODIG HEEFT OM DE DARM TE KOLONISEREN EN VOEDINGSSTOFFEN TE VERWERVEN. ZODRA DE STRATEGIEËN DIE DOOR VRE EN BPS WORDEN GEBRUIKT OM NUTRIËNTEN TE EXPLOITEREN ZIJN GEDEFINIEERD, ZULLEN IN VITRO EN IN VIVO COMPETICION-TESTS DE ROL VAN NUTRIËNTENCONCURRENTIE IN CR VERSUS VRE AANTONEN. ANDERZIJDS ZULLEN DE IN VIVO OMIC PROFIELEN VAN BPS MOGELIJKE REMMERMOLECULEN IDENTIFICEREN DIE IN DE ANALYSES VAN DE GROEIREMMING ZULLEN WORDEN GETEST OM DE ROL VAN DEZE MOLECULEN IN CR TE DEFINIËREN. DE INFORMATIE DIE IN DIT PROJECT WORDT VERKREGEN, ZAL AANLEIDING GEVEN TOT NIEUWE THERAPEUTISCHE STRATEGIEËN OM ERV-INFECTIES TE BESTRIJDEN, EEN ZIEKTEVERWEKKER DIE RESISTENTIE KRIJGT TEGEN DE WEINIGE BESCHIKBARE THERAPEUTISCHE OPTIES. (Dutch)
    point in time
    17 December 2021
    0 references
    GLI AGENTI PATOGENI RESISTENTI AGLI ANTIBIOTICI, COME ENTEROCOCO-RESISTENTE ALLAVANCOMICINA (REV) SONO UN PROBLEMA CRESCENTE NEI PAZIENTI RICOVERATI E SPESSO CAUSANO INFEZIONI DOPO IL TRATTAMENTO ANTIBIOTICO. LE INFEZIONI DA ERV DI SOLITO INIZIANO NELL'INTESTINO. IN CONDIZIONI NORMALI, IL NOSTRO INTESTINO È COLONIZZATO DA CENTINAIA DI BATTERI COMMENSALI, IL MICROBIOTA, CHE INIBISCE LA COLONIZZAZIONE INTESTINALE DA PARTE DEL VRE, CHE È CHIAMATA "RESISTENZA ALLA COLONIZZAZIONE" (CR). AL CONTRARIO, LA SOMMINISTRAZIONE DI ANTIBIOTICI ALTERA LA COMPOSIZIONE DEL MICROBIOTA CHE CONSENTE A VRE DI COLONIZZARE L'INTESTINO E POI DI DIFFONDERSI NEL SANGUE DOVE PUÒ METTERE IN PERICOLO LA VITA DEL PAZIENTE. PERTANTO, CAPIRE COME E QUALI MEMBRI DEL MICROBIOTA CONFERISCONO CR E COME GLI ANTIBIOTICI PROMUOVONO L'INFEZIONE È FONDAMENTALE SE VOGLIAMO PREVENIRE LE INFEZIONI DA VRE. TUTTAVIA, L'ASSENZA DI TECNICHE DI ANALISI DEL MICROBIOTA HA RESO DIFFICILE LO STUDIO DI QUESTO CAMPO CLINICAMENTE RILEVANTE. FORTUNATAMENTE, LE NUOVE TECNICHE DI SEQUENZIAMENTO DI MASSA CONSENTONO ORA LO STUDIO DETTAGLIATO DEL MICROBIOTA E DEI SUOI GENI (MICROBIOME). IL NOSTRO GRUPPO È ALL'AVANGUARDIA IN QUESTA NUOVA METODOLOGIA PER IDENTIFICARE I CAMBIAMENTI DEL MICROBIOTA CHE PROMUOVONO LA COLONIZZAZIONE DEL VRE E IDENTIFICANO LE SPECIE BATTERICHE CHE CONFERISCONO CR. ABBIAMO DIMOSTRATO CHE LA RIMOZIONE DI ALCUNI BATTERI DAL MICROBIOTA, TRA CUI BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, AUMENTA IL RISCHIO DI INFEZIONE. INOLTRE, LA RICOSTITUZIONE DEI TOPI TRATTATI CON ANTIBIOTICI CON QUESTI BATTERI RIDUCE NOTEVOLMENTE LA COLONIZZAZIONE DA PARTE DI VRE. DOPO AVER INDIVIDUATO SPECIFICI BATTERI MICROBIOTA CHE PROMUOVONO IL CR, IN QUESTO PROGETTO PROPONIAMO DI IDENTIFICARE I MECCANISMI CON CUI QUESTI BATTERI CONFERISCONO PROTEZIONE. I RISULTATI PUBBLICATI INDICANO CHE IL MICROBIOTA CONFERISCE CR IN ASSENZA DI COMPONENTI ESSENZIALI DEL SISTEMA IMMUNITARIO. PERTANTO, IN QUESTO PROGETTO CI CONCENTREREMO SULL'INDIVIDUAZIONE DI MECCANISMI ATTRAVERSO I QUALI IL MICROBIOTA CONFERISCE DIRETTAMENTE RESISTENZA (COMPETICION DA NUTRIENTI, PRODUZIONE DI SOSTANZE INIBITORIE). PER RAGGIUNGERE QUESTO OBIETTIVO, DEFINIREMO INNANZITUTTO I NUTRIENTI UTILIZZATI DAI BATTERI PATOGENI E PROTETTIVI (BPS) NELL'INTESTINO DEI TOPI. PER QUESTO UTILIZZEREMO LE TECNICHE OMICHE (METAGENOMICA E METATRANSCRIPTOMICA) PER IDENTIFICARE I GENI ESPRESSI PER ACQUISIRE NUTRIENTI IN VIVO E LE TECNICHE METABOLOMICHE PER IDENTIFICARE I NUTRIENTI CHE SONO DIMINUITI IN VIVO DOPO LA COLONIZZAZIONE DA PARTE DI VRE O BPS. INOLTRE, IDENTIFICHEREMO IN VITRO ATTRAVERSO "ARRAY" I NUTRIENTI CHE SONO ESSENZIALI PER LA CRESCITA DEL VRE, E ATTRAVERSO UNA TECNICA DI IDENTIFICAZIONE DEI MUTANTI MEDIANTE TRASPOSIZIONE IN VIVO, IDENTIFICHEREMO I GENI DI CUI LA VRE HA BISOGNO PER COLONIZZARE L'INTESTINO E ACQUISIRE NUTRIENTI. UNA VOLTA DEFINITE LE STRATEGIE UTILIZZATE DA VRE E BPS PER SFRUTTARE I NUTRIENTI, I TEST DI COMPETICION IN VITRO E IN VIVO DIMOSTRERANNO IL RUOLO DELLA CONCORRENZA SUI NUTRIENTI IN CR CONTRO VRE. D'ALTRA PARTE, I PROFILI OMICI IN VIVO DEL BPS INDIVIDUERANNO POSSIBILI MOLECOLE INIBITRICI CHE SARANNO TESTATE NEI TEST DI INIBIZIONE DELLA CRESCITA PER DEFINIRE IL RUOLO DI QUESTE MOLECOLE IN CR. LE INFORMAZIONI OTTENUTE IN QUESTO PROGETTO DARANNO LUOGO A NUOVE STRATEGIE TERAPEUTICHE PER COMBATTERE LE INFEZIONI DA ERV, UN PATOGENO CHE STA ACQUISENDO RESISTENZA ALLE POCHE OPZIONI TERAPEUTICHE DISPONIBILI. (Italian)
    point in time
    16 January 2022
    0 references
    ΤΑ ΑΝΘΕΚΤΙΚΆ ΣΤΑ ΑΝΤΙΒΙΟΤΙΚΆ ΠΑΘΟΓΌΝΑ, ΌΠΩΣ ΤΟ ENTEROCOCOCO- ΑΝΘΕΚΤΙΚΆ ΣΤΗ ΒΑΝΚΟΜΥΚΊΝΗ (REV) ΕΊΝΑΙ ΈΝΑ ΑΥΞΑΝΌΜΕΝΟ ΠΡΌΒΛΗΜΑ ΣΕ ΝΟΣΗΛΕΎΣΙΜΟΥΣ ΑΣΘΕΝΕΊΣ ΚΑΙ ΣΥΧΝΆ ΠΡΟΚΑΛΟΎΝ ΛΟΙΜΏΞΕΙΣ ΜΕΤΆ ΑΠΌ ΑΝΤΙΒΙΟΤΙΚΉ ΘΕΡΑΠΕΊΑ. ΟΙ ΛΟΙΜΏΞΕΙΣ ΤΟΥ ERV ΣΥΝΉΘΩΣ ΞΕΚΙΝΟΎΝ ΣΤΟ ΈΝΤΕΡΟ. ΥΠΌ ΚΑΝΟΝΙΚΈΣ ΣΥΝΘΉΚΕΣ, ΤΟ ΈΝΤΕΡΟ ΜΑΣ ΑΠΟΙΚΊΖΕΤΑΙ ΑΠΌ ΕΚΑΤΟΝΤΆΔΕΣ ΣΥΜΒΙΩΤΙΚΆ ΒΑΚΤΉΡΙΑ, ΤΗ ΜΙΚΡΟΒΙΏΤΑ, Η ΟΠΟΊΑ ΑΝΑΣΤΈΛΛΕΙ ΤΟΝ ΕΝΤΕΡΙΚΌ ΑΠΟΙΚΙΣΜΌ ΑΠΌ ΤΗΝ VRE, Η ΟΠΟΊΑ ΟΝΟΜΆΖΕΤΑΙ «ΑΝΤΊΣΤΑΣΗ ΑΠΟΙΚΙΟΠΟΊΗΣΗΣ» (CR). ΑΝΤΊΘΕΤΑ, Η ΧΟΡΉΓΗΣΗ ΑΝΤΙΒΙΟΤΙΚΏΝ ΜΕΤΑΒΆΛΛΕΙ ΤΗ ΣΎΝΘΕΣΗ ΤΗΣ ΜΙΚΡΟΒΙΌΤΗΣ ΠΟΥ ΕΠΙΤΡΈΠΕΙ ΣΤΟ VRE ΝΑ ΑΠΟΙΚΊΣΕΙ ΤΟ ΈΝΤΕΡΟ ΚΑΙ ΣΤΗ ΣΥΝΈΧΕΙΑ ΝΑ ΕΞΑΠΛΩΘΕΊ ΣΤΟ ΑΊΜΑ ΌΠΟΥ ΜΠΟΡΕΊ ΝΑ ΘΈΣΕΙ ΣΕ ΚΊΝΔΥΝΟ ΤΗ ΖΩΉ ΤΟΥ ΑΣΘΕΝΟΎΣ. ΩΣ ΕΚ ΤΟΎΤΟΥ, Η ΚΑΤΑΝΌΗΣΗ ΤΟΥ ΤΡΌΠΟΥ ΚΑΙ ΤΟΥ ΤΡΌΠΟΥ ΜΕ ΤΟΝ ΟΠΟΊΟ ΤΑ ΜΈΛΗ ΤΗΣ ΜΙΚΡΟΒΙΌΒΙΑΣ ΠΡΟΣΔΊΔΟΥΝ CR ΚΑΙ ΤΟΝ ΤΡΌΠΟ ΜΕ ΤΟΝ ΟΠΟΊΟ ΤΑ ΑΝΤΙΒΙΟΤΙΚΆ ΠΡΟΩΘΟΎΝ ΤΙΣ ΛΟΙΜΏΞΕΙΣ ΕΊΝΑΙ ΖΩΤΙΚΉΣ ΣΗΜΑΣΊΑΣ ΕΆΝ ΘΈΛΟΥΜΕ ΝΑ ΠΡΟΛΆΒΟΥΜΕ ΤΙΣ ΛΟΙΜΏΞΕΙΣ ΤΟΥ VRE. ΩΣΤΌΣΟ, Η ΑΠΟΥΣΊΑ ΤΕΧΝΙΚΏΝ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΆΛΥΣΗ ΤΗΣ ΜΙΚΡΟΒΙΌΒΙΑΣ ΈΧΕΙ ΚΑΤΑΣΤΉΣΕΙ ΔΎΣΚΟΛΗ ΤΗ ΜΕΛΈΤΗ ΑΥΤΟΎ ΤΟΥ ΚΛΙΝΙΚΆ ΣΧΕΤΙΚΟΎ ΠΕΔΊΟΥ. ΕΥΤΥΧΏΣ, ΝΈΕΣ ΤΕΧΝΙΚΈΣ ΜΑΖΙΚΟΎ ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΜΟΎ ΑΛΛΗΛΟΥΧΊΑΣ ΕΠΙΤΡΈΠΟΥΝ ΤΏΡΑ ΤΗ ΛΕΠΤΟΜΕΡΉ ΜΕΛΈΤΗ ΤΗΣ ΜΙΚΡΟΒΙΌΤΗΣ ΚΑΙ ΤΩΝ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΤΗΣ (ΜΙΚΡΟΒΙΟΜΉΧΑΝΟ). Η ΟΜΆΔΑ ΜΑΣ ΈΧΕΙ ΠΡΩΤΟΣΤΑΤΉΣΕΙ ΣΕ ΑΥΤΉ ΤΗ ΝΈΑ ΜΕΘΟΔΟΛΟΓΊΑ ΓΙΑ ΤΟΝ ΕΝΤΟΠΙΣΜΌ ΤΩΝ ΜΙΚΡΟΒΙΏΤΩΝ ΑΛΛΑΓΏΝ ΠΟΥ ΠΡΟΩΘΟΎΝ ΤΟΝ ΑΠΟΙΚΙΣΜΌ ΤΗΣ VRE ΚΑΙ ΤΟΝ ΕΝΤΟΠΙΣΜΌ ΕΚΕΊΝΩΝ ΤΩΝ ΒΑΚΤΗΡΙΑΚΏΝ ΕΙΔΏΝ ΠΟΥ ΠΡΟΣΔΊΔΟΥΝ CR. ΈΧΟΥΜΕ ΔΕΊΞΕΙ ΌΤΙ Η ΑΠΟΜΆΚΡΥΝΣΗ ΟΡΙΣΜΈΝΩΝ ΒΑΚΤΗΡΊΩΝ ΑΠΌ ΤΗ ΜΙΚΡΟΒΙΑΚΉ ΟΥΣΊΑ, ΣΥΜΠΕΡΙΛΑΜΒΑΝΟΜΈΝΩΝ ΤΩΝ BARNESIELLA, RUMINOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, ΑΥΞΆΝΕΙ ΤΟΝ ΚΊΝΔΥΝΟ ΜΌΛΥΝΣΗΣ. ΕΠΙΠΛΈΟΝ, Η ΑΝΑΣΎΣΤΑΣΗ ΤΩΝ ΠΟΝΤΙΚΏΝ ΠΟΥ ΥΠΟΒΆΛΛΟΝΤΑΙ ΣΕ ΘΕΡΑΠΕΊΑ ΜΕ ΑΝΤΙΒΙΟΤΙΚΆ ΜΕ ΑΥΤΆ ΤΑ ΒΑΚΤΉΡΙΑ ΜΕΙΏΝΕΙ ΣΗΜΑΝΤΙΚΆ ΤΟΝ ΑΠΟΙΚΙΣΜΌ ΑΠΌ ΤΟ VRE. ΈΧΟΝΤΑΣ ΕΝΤΟΠΊΣΕΙ ΣΥΓΚΕΚΡΙΜΈΝΑ ΜΙΚΡΟΒΙΑΚΆ ΒΑΚΤΉΡΙΑ ΠΟΥ ΠΡΟΩΘΟΎΝ ΤΟ CR, ΣΕ ΑΥΤΌ ΤΟ ΈΡΓΟ ΠΡΟΤΕΊΝΟΥΜΕ ΝΑ ΠΡΟΣΔΙΟΡΊΣΟΥΜΕ ΤΟΥΣ ΜΗΧΑΝΙΣΜΟΎΣ ΜΕ ΤΟΥΣ ΟΠΟΊΟΥΣ ΑΥΤΆ ΤΑ ΒΑΚΤΉΡΙΑ ΠΑΡΈΧΟΥΝ ΠΡΟΣΤΑΣΊΑ. ΤΑ ΔΗΜΟΣΙΕΥΜΈΝΑ ΑΠΟΤΕΛΈΣΜΑΤΑ ΔΕΊΧΝΟΥΝ ΌΤΙ Η ΜΙΚΡΟΒΙΏΤΑ ΠΡΟΣΔΊΔΕΙ CR ΕΛΛΕΊΨΕΙ ΒΑΣΙΚΏΝ ΣΥΣΤΑΤΙΚΏΝ ΤΟΥ ΑΝΟΣΟΠΟΙΗΤΙΚΟΎ ΣΥΣΤΉΜΑΤΟΣ. ΩΣ ΕΚ ΤΟΎΤΟΥ, ΣΕ ΑΥΤΌ ΤΟ ΈΡΓΟ ΘΑ ΕΠΙΚΕΝΤΡΩΘΟΎΜΕ ΣΤΟΝ ΠΡΟΣΔΙΟΡΙΣΜΌ ΤΩΝ ΜΗΧΑΝΙΣΜΏΝ ΜΈΣΩ ΤΩΝ ΟΠΟΊΩΝ Η ΜΙΚΡΟΒΙΑΚΉ ΟΥΣΊΑ ΠΡΟΣΔΊΔΕΙ ΆΜΕΣΑ ΑΝΤΟΧΉ (ΣΥΜΠΛΉΡΩΣΗ ΜΕ ΘΡΕΠΤΙΚΆ ΣΥΣΤΑΤΙΚΆ, ΠΑΡΑΓΩΓΉ ΑΝΑΣΤΑΛΤΙΚΏΝ ΟΥΣΙΏΝ). ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΠΊΤΕΥΞΗ ΑΥΤΟΎ ΤΟΥ ΣΤΌΧΟΥ, ΘΑ ΟΡΊΣΟΥΜΕ ΠΡΏΤΑ ΤΑ ΘΡΕΠΤΙΚΆ ΣΥΣΤΑΤΙΚΆ ΠΟΥ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΟΎΝΤΑΙ ΑΠΌ ΤΟ ΠΑΘΟΓΌΝΟ ΚΑΙ ΠΡΟΣΤΑΤΕΥΤΙΚΆ ΒΑΚΤΉΡΙΑ (BPS) ΣΤΟ ΈΝΤΕΡΟ ΠΟΝΤΙΚΏΝ. ΓΙΑ ΤΟΝ ΣΚΟΠΌ ΑΥΤΌ ΘΑ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΉΣΟΥΜΕ ΩΜΙΚΈΣ ΤΕΧΝΙΚΈΣ (METAGENOMICA ΚΑΙ METATRANSCRIPTOMICA) ΓΙΑ ΤΟΝ ΕΝΤΟΠΙΣΜΌ ΓΟΝΙΔΊΩΝ ΠΟΥ ΕΚΦΡΆΖΟΝΤΑΙ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΠΌΚΤΗΣΗ ΘΡΕΠΤΙΚΏΝ ΣΥΣΤΑΤΙΚΏΝ IN VIVO, ΚΑΘΏΣ ΚΑΙ ΜΕΤΑΒΟΛΟΜΙΚΏΝ ΤΕΧΝΙΚΏΝ ΓΙΑ ΤΟΝ ΕΝΤΟΠΙΣΜΌ ΘΡΕΠΤΙΚΏΝ ΟΥΣΙΏΝ ΠΟΥ ΈΧΟΥΝ ΜΕΙΩΘΕΊ IN VIVO ΜΕΤΆ ΤΟΝ ΑΠΟΙΚΙΣΜΌ ΑΠΌ ΤΟ VRE Ή ΤΟ BPS. ΕΠΙΠΛΈΟΝ, ΘΑ ΑΝΑΓΝΩΡΊΣΟΥΜΕ IN VITRO ΜΕ «ΣΥΣΤΟΙΧΊΕΣ» ΤΑ ΘΡΕΠΤΙΚΆ ΣΥΣΤΑΤΙΚΆ ΠΟΥ ΕΊΝΑΙ ΑΠΑΡΑΊΤΗΤΑ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΆΠΤΥΞΗ ΤΟΥ VRE, ΚΑΙ ΜΈΣΩ ΜΙΑΣ ΤΕΧΝΙΚΉΣ ΤΑΥΤΟΠΟΊΗΣΗΣ ΤΩΝ ΜΕΤΑΛΛΑΓΜΈΝΩΝ ΜΕ ΤΗ ΜΕΤΑΦΟΡΆ IN VIVO, ΘΑ ΕΝΤΟΠΊΣΟΥΜΕ ΤΑ ΓΟΝΊΔΙΑ ΠΟΥ ΧΡΕΙΆΖΕΤΑΙ Η VRE ΓΙΑ ΝΑ ΑΠΟΙΚΊΣΕΙ ΤΟ ΈΝΤΕΡΟ ΚΑΙ ΝΑ ΑΠΟΚΤΉΣΕΙ ΘΡΕΠΤΙΚΆ ΣΥΣΤΑΤΙΚΆ. ΜΌΛΙΣ ΚΑΘΟΡΙΣΤΟΎΝ ΟΙ ΣΤΡΑΤΗΓΙΚΈΣ ΠΟΥ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΟΎΝΤΑΙ ΑΠΌ ΤΟ VRE ΚΑΙ ΤΟ BPS ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΚΜΕΤΆΛΛΕΥΣΗ ΘΡΕΠΤΙΚΏΝ ΟΥΣΙΏΝ, ΟΙ ΔΟΚΙΜΈΣ ΣΥΜΒΑΤΌΤΗΤΑΣ IN VITRO ΚΑΙ IN VIVO ΘΑ ΚΑΤΑΔΕΊΞΟΥΝ ΤΟΝ ΡΌΛΟ ΤΟΥ ΑΝΤΑΓΩΝΙΣΜΟΎ ΘΡΕΠΤΙΚΏΝ ΟΥΣΙΏΝ ΣΤΟ CR ΈΝΑΝΤΙ ΤΟΥ VRE. ΑΠΌ ΤΗΝ ΆΛΛΗ ΠΛΕΥΡΆ, ΤΑ IN VIVO OMIC ΠΡΟΦΊΛ ΤΟΥ BPS ΘΑ ΕΝΤΟΠΊΣΟΥΝ ΠΙΘΑΝΆ ΜΌΡΙΑ ΑΝΑΣΤΟΛΈΩΝ ΠΟΥ ΘΑ ΕΛΕΓΧΘΟΎΝ ΣΕ ΔΟΚΙΜΑΣΊΕΣ ΑΝΑΣΤΟΛΉΣ ΤΗΣ ΑΝΆΠΤΥΞΗΣ ΓΙΑ ΤΟΝ ΚΑΘΟΡΙΣΜΌ ΤΟΥ ΡΌΛΟΥ ΑΥΤΏΝ ΤΩΝ ΜΟΡΊΩΝ ΣΤΟ CR. ΟΙ ΠΛΗΡΟΦΟΡΊΕΣ ΠΟΥ ΘΑ ΛΗΦΘΟΎΝ ΣΤΟ ΠΛΑΊΣΙΟ ΑΥΤΟΎ ΤΟΥ ΣΧΕΔΊΟΥ ΘΑ ΟΔΗΓΉΣΟΥΝ ΣΕ ΝΈΕΣ ΘΕΡΑΠΕΥΤΙΚΈΣ ΣΤΡΑΤΗΓΙΚΈΣ ΓΙΑ ΤΗΝ ΚΑΤΑΠΟΛΈΜΗΣΗ ΤΩΝ ΛΟΙΜΏΞΕΩΝ ΑΠΌ ERV, ΈΝΑ ΠΑΘΟΓΌΝΟ ΠΟΥ ΑΠΟΚΤΆ ΑΝΤΟΧΉ ΣΤΙΣ ΛΊΓΕΣ ΔΙΑΘΈΣΙΜΕΣ ΘΕΡΑΠΕΥΤΙΚΈΣ ΕΠΙΛΟΓΈΣ. (Greek)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    ANTIBIOTIKARESISTENTE PATOGENER SOM F.EKS. ENTEROCOCOCO-VANCOMYCINRESISTENT (REV) ER ET VOKSENDE PROBLEM HOS INDLAGTE PATIENTER OG FORÅRSAGER OFTE INFEKTIONER EFTER ANTIBIOTIKABEHANDLING. ERV-INFEKTIONER STARTER NORMALT I TARMEN. UNDER NORMALE FORHOLD KOLONISERES VORES TARM AF HUNDREDVIS AF KOMMENSALE BAKTERIER, MIKROBIOTAEN, SOM HÆMMER TARMKOLONISERINGEN AF VRE, SOM KALDES "KOLONISERINGSRESISTENS" (CR). OMVENDT ÆNDRER ADMINISTRATIONEN AF ANTIBIOTIKA SAMMENSÆTNINGEN AF MIKROBIOTAEN, SOM GØR DET MULIGT FOR VRE AT KOLONISERE TARMEN OG DEREFTER SPREDE SIG TIL BLOD, HVOR DET KAN BRINGE PATIENTENS LIV I FARE. DERFOR ER DET AFGØRENDE AT FORSTÅ, HVORDAN OG HVAD MEDLEMMER AF MIKROBIOTAEN GIVER CR, OG HVORDAN ANTIBIOTIKA FREMMER INFEKTION, HVIS VI ØNSKER AT FOREBYGGE VRE-INFEKTIONER. MANGLEN PÅ TEKNIKKER TIL ANALYSE AF MIKROBIOTAEN HAR IMIDLERTID GJORT DET VANSKELIGT AT UNDERSØGE DETTE KLINISK RELEVANTE OMRÅDE. HELDIGVIS GIVER NYE MASSESEKVENSTEKNIKKER NU MULIGHED FOR EN DETALJERET UNDERSØGELSE AF MIKROBIOTAEN OG DENS GENER (MIKROBIOM). VORES GRUPPE HAR PIONERERET DENNE NYE METODE TIL AT IDENTIFICERE MIKROBIOTA ÆNDRINGER, DER FREMMER VRE KOLONISERING OG IDENTIFICERE DE BAKTERIEARTER, DER GIVER CR. VI HAR VIST, AT FJERNELSE AF VISSE BAKTERIER FRA MIKROBIOTA, HERUNDER BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, ØGER RISIKOEN FOR INFEKTION. DESUDEN NEDSÆTTER REKONSTITUTIONEN AF MUS, DER BEHANDLES MED ANTIBIOTIKA MED DISSE BAKTERIER, BETYDELIGT VRE'S KOLONISERING. EFTER AT HAVE IDENTIFICERET SPECIFIKKE MIKROBIOTABAKTERIER, DER FREMMER CR, FORESLÅR VI I DETTE PROJEKT AT IDENTIFICERE DE MEKANISMER, HVORMED DISSE BAKTERIER GIVER BESKYTTELSE. VORES OFFENTLIGGJORTE RESULTATER VISER, AT MIKROBIOTAEN GIVER CR I MANGEL AF VÆSENTLIGE KOMPONENTER I IMMUNSYSTEMET. DERFOR VIL VI I DETTE PROJEKT FOKUSERE PÅ AT IDENTIFICERE MEKANISMER, HVORMED MIKROBIOTAEN DIREKTE GIVER RESISTENS (KOMPETENCE MED NÆRINGSSTOFFER, PRODUKTION AF HÆMMENDE STOFFER). FOR AT NÅ DETTE MÅL VIL VI FØRST DEFINERE DE NÆRINGSSTOFFER, DER ANVENDES AF PATOGEN OG BESKYTTENDE BAKTERIER (BPS) I MUS TARMEN. TIL DETTE VIL VI BRUGE OMIC TEKNIKKER (METAGENOMICA OG METATRANSCRIPTOMICA) TIL AT IDENTIFICERE GENER UDTRYKT FOR AT ERHVERVE IN VIVO NÆRINGSSTOFFER, OG METABOLOMISKE TEKNIKKER TIL AT IDENTIFICERE NÆRINGSSTOFFER, DER ER FALDET IN VIVO EFTER KOLONISERING AF VRE ELLER BPS. DESUDEN VIL VI IDENTIFICERE IN VITRO VED "ARRAYS" DE NÆRINGSSTOFFER, DER ER AFGØRENDE FOR VÆKSTEN AF VRE, OG VED HJÆLP AF EN TEKNIK TIL IDENTIFIKATION AF MUTANTER VED GENNEMFØRELSE IN VIVO, VIL VI IDENTIFICERE GENER, SOM VRE HAR BRUG FOR AT KOLONISERE TARMEN OG ERHVERVE NÆRINGSSTOFFER. NÅR DE STRATEGIER, DER ANVENDES AF VRE OG BPS TIL UDNYTTELSE AF NÆRINGSSTOFFER, ER FASTLAGT, VIL IN VITRO OG IN VIVO COMPETICION-TEST VISE BETYDNINGEN AF NÆRINGSSTOFKONKURRENCEN I CR VERSUS VRE. PÅ DEN ANDEN SIDE VIL IN VIVO-OMIC-PROFILERNE AF BPS IDENTIFICERE MULIGE INHIBITORMOLEKYLER, DER VIL BLIVE TESTET I VÆKSTHÆMNINGSASSAYS FOR AT DEFINERE DISSE MOLEKYLERS ROLLE I CR. DE OPLYSNINGER, DER INDHENTES I DETTE PROJEKT, VIL GIVE ANLEDNING TIL NYE TERAPEUTISKE STRATEGIER TIL BEKÆMPELSE AF ERV-INFEKTIONER, ET PATOGEN, DER OPNÅR RESISTENS OVER FOR DE FÅ TILGÆNGELIGE BEHANDLINGSMULIGHEDER. (Danish)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    ANTIBIOOTTIRESISTENTIT PATOGEENIT, KUTEN ENTEROCOCOCOCO-VANKOMYSIINILLE RESISTENTTI (REV) OVAT KASVAVA ONGELMA SAIRAALAPOTILAILLA JA AIHEUTTAVAT USEIN INFEKTIOITA ANTIBIOOTTIHOIDON JÄLKEEN. ERV-INFEKTIOT ALKAVAT YLEENSÄ SUOLISTOSSA. NORMAALEISSA OLOSUHTEISSA SUOLISTOMME KOLONISOI SATOJA YHTEISIÄ BAKTEEREJA, MIKROBIOTA, JOKA ESTÄÄ SUOLEN KOLONISAATIOTA VRE: LLÄ, JOTA KUTSUTAAN ”KOLONISAATIORESISTENSSIKSI” (CR). TOISAALTA ANTIBIOOTTIEN ANTAMINEN MUUTTAA MIKROBIOTAN KOOSTUMUSTA, JOLLOIN VRE VOI KOLONISOIDA SUOLISTON JA LEVITÄ SITTEN VEREEN, JOSSA SE VOI VAARANTAA POTILAAN ELÄMÄN. SIKSI ON RATKAISEVAN TÄRKEÄÄ YMMÄRTÄÄ, MITEN JA MITÄ MIKROBIOTAN JÄSENET ANTAVAT CR: LLE JA MITEN ANTIBIOOTIT EDISTÄVÄT INFEKTIOITA, JOS HALUAMME ESTÄÄ VRE-INFEKTIOITA. MIKROBIOTAN ANALYSOINTITEKNIIKOIDEN PUUTTUMINEN ON KUITENKIN VAIKEUTTANUT TÄMÄN KLIINISESTI MERKITYKSELLISEN ALAN TUTKIMISTA. ONNEKSI UUDET MASSASEKVENSOINTITEKNIIKAT MAHDOLLISTAVAT MIKROBIOTAN JA SEN GEENIEN (MIKROBIOMIN) YKSITYISKOHTAISEN TUTKIMUKSEN. RYHMÄMME ON URAAUURTANUT TÄTÄ UUTTA MENETELMÄÄ TUNNISTAA MIKROBIOTA MUUTOKSIA, JOTKA EDISTÄVÄT VRE KOLONISAATIOTA JA TUNNISTAA NE BAKTEERILAJIT, JOTKA ANTAVAT CR. OLEMME OSOITTANEET, ETTÄ TIETTYJEN BAKTEERIEN POISTAMINEN MIKROBIOTASTA, MUKAAN LUKIEN BARNESIELLA, RUMINOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, LISÄÄ INFEKTIORISKIÄ. LISÄKSI NÄILLÄ BAKTEEREILLA ANTIBIOOTEILLA HOIDETTUJEN HIIRTEN KÄYTTÖVALMIIKSI SAATTAMINEN VÄHENTÄÄ HUOMATTAVASTI VRE:N KOLONISAATIOTA. HAVAITTUAAN ERITYISIÄ MIKROBIOTABAKTEEREJA, JOTKA EDISTÄVÄT CR:ÄÄ, EHDOTAMME TÄSSÄ HANKKEESSA NIIDEN MEKANISMIEN MÄÄRITTÄMISTÄ, JOILLA NÄMÄ BAKTEERIT ANTAVAT SUOJAN. JULKAISTUT TULOKSET OSOITTAVAT, ETTÄ MIKROBIOTA ANTAA CR ILMAN OLENNAISIA KOMPONENTTEJA IMMUUNIJÄRJESTELMÄÄ. SIKSI TÄSSÄ HANKKEESSA KESKITYMME TUNNISTAMAAN MEKANISMEJA, JOIDEN AVULLA MIKROBIOTA SUORAAN ANTAA VASTUSTUSKYKYÄ (RAVINTOAINEIDEN KILPAILU, ESTÄVIEN AINEIDEN TUOTANTO). TÄMÄN TAVOITTEEN SAAVUTTAMISEKSI MÄÄRITTELEMME ENSIN PATOGEENIN JA SUOJAAVAN BAKTEERIN (BPS) KÄYTTÄMÄT RAVINTEET HIIRISSÄ. TÄTÄ VARTEN KÄYTÄMME OMIC-TEKNIIKOITA (METAGENOMICA JA METATRANSCRIPTOMICA) TUNNISTAAKSEMME GEENEJÄ, JOTKA ON ILMAISTU HANKKIMAAN IN VIVO -RAVINTEITA, JA METABOLOMISIA TEKNIIKOITA SELLAISTEN RAVINTOAINEIDEN TUNNISTAMISEKSI, JOTKA OVAT VÄHENTYNEET IN VIVO VRE: N TAI BPS: N KOLONISAATION JÄLKEEN. LISÄKSI TUNNISTAMME IN VITRO ”RYPÄLEILLÄ” NE RAVINTOAINEET, JOTKA OVAT VÄLTTÄMÄTTÖMIÄ VRE: N KASVUN KANNALTA, JA KÄYTTÄMÄLLÄ MENETELMÄÄ MUTANTTIEN TUNNISTAMISEKSI IN VIVO -SOVELLUKSELLA TUNNISTAMME GEENEJÄ, JOITA VRE TARVITSEE SUOLISTON KOLONISOIMISEKSI JA RAVINTOAINEIDEN HANKKIMISEKSI. KUN VRE:N JA BPS:N RAVINTEIDEN HYÖDYNTÄMISEKSI KÄYTTÄMÄT STRATEGIAT ON MÄÄRITELTY, IN VITRO- JA IN VIVO COMPETICION -TESTIT OSOITTAVAT RAVINNEKILPAILUN MERKITYKSEN CR- JA VRE-TUTKIMUKSISSA. TOISAALTA BPS: N IN VIVO -OMIC PROFIILEISSA TUNNISTETAAN MAHDOLLISET ESTÄJÄMOLEKYYLIT, JOITA TESTATAAN KASVUNESTOKOKEISSA NÄIDEN MOLEKYYLIEN ROOLIN MÄÄRITTÄMISEKSI CR: SSÄ. TÄSSÄ HANKKEESSA SAADUT TIEDOT JOHTAVAT UUSIIN TERAPEUTTISIIN STRATEGIOIHIN, JOILLA TORJUTAAN ERV-INFEKTIOITA, TAUDINAIHEUTTAJAA, JOKA SAA RESISTENSSIN HARVOILLE KÄYTETTÄVISSÄ OLEVILLE HOITOVAIHTOEHDOILLE. (Finnish)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    PATOĠENI REŻISTENTI GĦALL-ANTIBIJOTIĊI, BĦAL ENTEROCOCO-REŻISTENTI GĦAL VANCOMYCIN (REV) HUMA PROBLEMA LI QED TIKBER F’PAZJENTI LI JIDDAĦĦLU L-ISPTAR U ĦAFNA DRABI JIKKAWŻAW INFEZZJONIJIET WARA TRATTAMENT ANTIBIJOTIKU. INFEZZJONIJIET B’ERV NORMALMENT JIBDEW FL-INTESTINI. TAĦT KUNDIZZJONIJIET NORMALI, L-IMSAREN TAGĦNA HUMA KOLONIZZATI MINN MIJIET TA’ BATTERJI KOMMENSALI, IL-MIKROBIJOTA, LI TINIBIXXI L-KOLONIZZAZZJONI INTESTINALI MINN VRE, LI TISSEJJAĦ “REŻISTENZA GĦALL-KOLONIZZAZZJONI” (CR). BIL-MAQLUB, L-GĦOTI TA’ ANTIBIJOTIĊI JIBDEL IL-KOMPOŻIZZJONI TAL-MIKROBIJOTA LI TIPPERMETTI LIL VRE TIKKOLONIZZA L-INTESTINI U MBAGĦAD TINFIREX GĦAD-DEMM FEJN TISTA’ TIPPERIKOLA L-ĦAJJA TAL-PAZJENT. GĦALHEKK, IL-FEHIM TA’ KIF U LIEMA MEMBRI TAL-MIKROBIJOTA JAGĦTU CR U KIF L-ANTIBIJOTIĊI JIPPROMWOVU L-INFEZZJONI HUWA KRUĊJALI JEKK IRRIDU NIPPREVJENU L-INFEZZJONIJIET VRE. MADANKOLLU, IN-NUQQAS TA’ TEKNIKI GĦALL-ANALIŻI TAL-MIKROBIJOTA GĦAMILHA DIFFIĊLI BIEX JIĠI STUDJAT DAN IL-QASAM KLINIKAMENT RILEVANTI. FORTUNATAMENT, TEKNIKI ĠODDA TA’ SEKWENZAR TAL-MASSA ISSA JIPPERMETTU L-ISTUDJU DETTALJAT TAL-MIKROBIJOTA U L-ĠENI TAGĦHA (MIKROBIJOMA). GRUPP TAGĦNA PIJUNIER DIN IL-METODOLOĠIJA ĠDIDA BIEX JIDENTIFIKAW BIDLIET MIKROBIJOTA LI JIPPROMWOVU KOLONIZZAZZJONI VRE U JIDENTIFIKAW DAWK L-ISPEĊI BATTERJALI LI JAGĦTU CR. AĦNA WREJNA LI T-TNEĦĦIJA TA’ ĊERTI BATTERJI MILL-MIKROBIJOTA, INKLUŻ BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, IŻŻID IR-RISKJU TA’ INFEZZJONI. BARRA MINN HEKK, IR-RIKOSTITUZZJONI TA’ ĠRIEDEN IKKURATI B’ANTIBIJOTIĊI B’DAWN IL-BATTERJI TNAQQAS B’MOD KONSIDEREVOLI L-KOLONIZZAZZJONI B’VRE. WARA LI ĠEW IDENTIFIKATI BATTERJI MIKROBIJOTA SPEĊIFIĊI LI JIPPROMWOVU S-CR, F’DAN IL-PROĠETT NIPPROPONU LI JIĠU IDENTIFIKATI L-MEKKANIŻMI LI BIHOM DAWN IL-BATTERJI JAGĦTU PROTEZZJONI. IR-RIŻULTATI PPUBBLIKATI TAGĦNA JINDIKAW LI L-MIKROBIJOTA TAGĦTI CR FIN-NUQQAS TA’ KOMPONENTI ESSENZJALI TAS-SISTEMA IMMUNITARJA. GĦALHEKK, F’DAN IL-PROĠETT SE NIFFUKAW FUQ L-IDENTIFIKAZZJONI TA’ MEKKANIŻMI LI PERMEZZ TAGĦHOM IL-MIKROBIJOTA TAGĦTI DIRETTAMENT REŻISTENZA (COMPETICION BY NUTRIJENTI, PRODUZZJONI TA’ SUSTANZI INIBITORJI). BIEX JINTLAĦAQ DAN L-GĦAN, AĦNA L-EWWEL SE JIDDEFINIXXU L-NUTRIJENTI UŻATI MILL-PATOĠENI U BATTERJI PROTETTIVI (BPS) FIL-MUSRANA ĠRIEDEN. GĦAL DAN SE NUŻAW TEKNIKI OMIĊI (METAGENOMICA U METATRANSCRIPTOMICA) BIEX NIDENTIFIKAW ĠENI ESPRESSI BIEX JINKISBU NUTRIJENTI IN VIVO, U TEKNIKI METABOLOMIĊI BIEX JIĠU IDENTIFIKATI NUTRIJENTI LI NAQSU IN VIVO WARA L-KOLONIZZAZZJONI MINN VRE JEW BPS. BARRA MINN HEKK, SER NIDENTIFIKAW IN VITRO PERMEZZ TA’ “ARRAYS” IN-NUTRIJENTI LI HUMA ESSENZJALI GĦAT-TKABBIR TA’ VRE, U PERMEZZ TA’ TEKNIKA TA’ IDENTIFIKAZZJONI TA’ MUTANTI PERMEZZ TA’ TRASPOŻIZZJONI IN VIVO, AĦNA SER NIDENTIFIKAW ĠENI LI VRE TEĦTIEĠ BIEX TIKKOLONIZZA L-INTESTINI U TIKSEB IN-NUTRIJENTI. LADARBA L-ISTRATEĠIJI UŻATI MILL-VRE U L-BPS BIEX JISFRUTTAW IN-NUTRIJENTI JKUNU ĠEW DEFINITI, TESTIJIET IN VITRO U IN VIVO TA’ KOMPOŻIZZJONI JURU R-RWOL TAL-KOMPETIZZJONI TAN-NUTRIJENTI FIS-CR KONTRA L-VRE. MIN-NAĦA L-OĦRA, IL-PROFILI OMIĊI IN VIVO TAL-BPS JIDENTIFIKAW MOLEKULI TA’ IMPEDITURI POSSIBBLI LI SE JIĠU TTESTJATI F’ASSAĠĠI TA’ INIBIZZJONI TAT-TKABBIR BIEX JIDDEFINIXXU R-RWOL TA’ DAWN IL-MOLEKULI FIS-CR. L-INFORMAZZJONI MIKSUBA F’DAN IL-PROĠETT SE TWASSAL GĦAL STRATEĠIJI TERAPEWTIĊI ĠODDA GĦALL-ĠLIEDA KONTRA L-INFEZZJONIJIET ERV, PATOĠENU LI QED JIKSEB REŻISTENZA GĦALL-FTIT GĦAŻLIET TERAPEWTIĊI DISPONIBBLI. (Maltese)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    PRET ANTIBIOTIKĀM REZISTENTI PATOGĒNI, PIEMĒRAM, PRET ENTEROCOCOCO-VANKOMICĪNU REZISTENTI (REV) IR PIEAUGOŠA PROBLĒMA HOSPITALIZĒTIEM PACIENTIEM UN BIEŽI IZRAISA INFEKCIJAS PĒC ĀRSTĒŠANAS AR ANTIBIOTIKĀM. ERV INFEKCIJAS PARASTI SĀKAS ZARNĀS. NORMĀLOS APSTĀKĻOS MŪSU ZARNAS KOLONIZĒ SIMTIEM KOMENSĀLO BAKTĒRIJU, MIKROBIOTAS, KAS INHIBĒ ZARNU KOLONIZĀCIJU AR VRE, KO SAUC PAR “KOLONIZĀCIJAS REZISTENCI” (CR). SAVUKĀRT ANTIBIOTIKU LIETOŠANA MAINA MIKROBIOTAS SASTĀVU, KAS ĻAUJ VRE KOLONIZĒT ZARNAS UN PĒC TAM IZPLATĪTIES ASINĪS, KUR TAS VAR APDRAUDĒT PACIENTA DZĪVĪBU. TĀPĒC IZPRATNE PAR TO, KĀ UN KO MIKROBIOTAS LOCEKĻI PIEŠĶIR CR UN KĀ ANTIBIOTIKAS VEICINA INFEKCIJU, IR ĻOTI SVARĪGA, JA MĒS VĒLAMIES NOVĒRST VRE INFEKCIJAS. TOMĒR MIKROBIOTAS ANALĪZES METOŽU TRŪKUMS IR APGRŪTINĀJIS ŠĪS KLĪNISKI NOZĪMĪGĀS JOMAS IZPĒTI. PAR LAIMI, JAUNĀS MASU SEKVENCĒŠANAS METODES TAGAD ĻAUJ SĪKI IZPĒTĪT MIKROBIOTU UN TĀS GĒNUS (MIKROBIOMU). MŪSU GRUPA IR UZSĀKUSI ŠO JAUNO METODIKU, LAI IDENTIFICĒTU MIKROBIOTAS IZMAIŅAS, KAS VEICINA VRE KOLONIZĀCIJU UN IDENTIFICĒTU TĀS BAKTĒRIJU SUGAS, KAS PIEŠĶIR CR. MĒS ESAM PIERĀDĪJUŠI, KA DAŽU BAKTĒRIJU, TOSTARP BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, IZŅEMŠANA NO MIKROBIOTAS PALIELINA INFEKCIJAS RISKU. TURKLĀT AR ANTIBIOTIKĀM ĀRSTĒTO PEĻU ATJAUNOŠANĀS AR ŠĪM BAKTĒRIJĀM IEVĒROJAMI SAMAZINA VRE KOLONIZĀCIJU. IDENTIFICĒJOT SPECIFISKAS MIKROBIOTAS BAKTĒRIJAS, KAS VEICINA CR, ŠAJĀ PROJEKTĀ MĒS IEROSINĀM NOTEIKT MEHĀNISMUS, AR KURIEM ŠĪS BAKTĒRIJAS PIEŠĶIR AIZSARDZĪBU. MŪSU PUBLICĒTIE REZULTĀTI LIECINA, KA MIKROBIOTA PIEŠĶIR CR, JA NAV BŪTISKU IMŪNSISTĒMAS SASTĀVDAĻU. TĀPĒC ŠAJĀ PROJEKTĀ MĒS KONCENTRĒSIMIES UZ TO MEHĀNISMU IDENTIFICĒŠANU, AR KURIEM MIKROBIOTA TIEŠI PIEŠĶIR REZISTENCI (KOMPĒTIKA AR BARĪBAS VIELĀM, INHIBĒJOŠU VIELU RAŽOŠANA). LAI SASNIEGTU ŠO MĒRĶI, MĒS VISPIRMS DEFINĒSIM BARĪBAS VIELAS, KO IZMANTO PATOGĒNS UN AIZSARGĀJOŠĀS BAKTĒRIJAS (BPS) PELĒM ZARNĀS. ŠIM NOLŪKAM MĒS IZMANTOSIM OMISKĀS METODES (METAGENOMICA UN METATRANSCRIPTOMICA), LAI IDENTIFICĒTU GĒNUS, KAS IZTEIKTI, LAI IEGŪTU IN VIVO BARĪBAS VIELAS, UN METABOLOMIKAS PAŅĒMIENUS, LAI IDENTIFICĒTU BARĪBAS VIELAS, KAS PĒC KOLONIZĀCIJAS AR VRE VAI BPS IR SAMAZINĀJUŠĀS IN VIVO. TURKLĀT MĒS IN VITRO IDENTIFICĒSIM “MASU” UZTURVIELAS, KAS IR BŪTISKAS VRE AUGŠANAI, UN, IZMANTOJOT MUTANTU IDENTIFICĒŠANAS TEHNIKU, TRANSPONĒJOT IN VIVO, MĒS IDENTIFICĒSIM GĒNUS, KAS VRE IR VAJADZĪGI, LAI KOLONIZĒTU ZARNAS UN IEGŪTU BARĪBAS VIELAS. KAD BŪS NOTEIKTAS VRE UN BPS IZMANTOTĀS STRATĒĢIJAS BARĪBAS VIELU IZMANTOŠANAI, IN VITRO UN IN VIVO COMPETICION TESTI PARĀDĪS BARĪBAS VIELU KONKURENCES NOZĪMI CR SALĪDZINĀJUMĀ AR VRE. NO OTRAS PUSES, BPS IN VIVO OMISKAIS PROFILS IDENTIFICĒS IESPĒJAMĀS INHIBITORU MOLEKULAS, KURAS TIKS PĀRBAUDĪTAS AUGŠANAS INHIBĒŠANAS TESTOS, LAI NOTEIKTU ŠO MOLEKULU LOMU CR. ŠAJĀ PROJEKTĀ IEGŪTĀ INFORMĀCIJA RADĪS PAMATU JAUNĀM TERAPEITISKĀM STRATĒĢIJĀM, LAI APKAROTU ERV INFEKCIJAS — PATOGĒNU, KAS IEGŪST REZISTENCI PRET NEDAUDZAJĀM PIEEJAMAJĀM TERAPEITISKAJĀM IESPĒJĀM. (Latvian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    PATOGÉNY REZISTENTNÉ VOČI ANTIBIOTIKÁM, AKO JE ENTEROCOCOCO-VANKOMYCÍN-REZISTENTNÝ (REV), SÚ RASTÚCIM PROBLÉMOM U HOSPITALIZOVANÝCH PACIENTOV A ČASTO SPÔSOBUJÚ INFEKCIE PO LIEČBE ANTIBIOTIKAMI. INFEKCIE ERV ZVYČAJNE ZAČÍNAJÚ V ČREVE. ZA NORMÁLNYCH PODMIENOK JE NAŠE ČREVO KOLONIZOVANÉ STOVKAMI KOMENZÁLNYCH BAKTÉRIÍ, MIKROFLÓROU, KTORÁ INHIBUJE ČREVNÚ KOLONIZÁCIU VRE, KTORÁ SA NAZÝVA „ODOLNOSŤ VOČI KOLONIZÁCII“ (CR). NAOPAK, PODÁVANIE ANTIBIOTÍK MENÍ ZLOŽENIE MIKROFLÓRY, KTORÉ UMOŽŇUJE VRE KOLONIZOVAŤ ČREVO A POTOM SA ROZŠÍRIŤ DO KRVI, KDE MÔŽE OHROZIŤ ŽIVOT PACIENTA. PRETO JE NEVYHNUTNÉ POCHOPIŤ, AKO A ČO ČLENOVIA MIKROFLÓRY SPÔSOBUJÚ CR A AKO ANTIBIOTIKÁ PODPORUJÚ INFEKCIU, AK CHCEME PREDCHÁDZAŤ INFEKCIÁM VRE. ABSENCIA TECHNÍK NA ANALÝZU MIKROFLÓRY VŠAK SŤAŽILA ŠTÚDIUM TEJTO KLINICKY RELEVANTNEJ OBLASTI. NAŠŤASTIE NOVÉ HROMADNÉ SEKVENCOVACIE TECHNIKY TERAZ UMOŽŇUJÚ PODROBNÉ ŠTÚDIUM MIKROFLÓRY A JEJ GÉNOV (MIKROBIOM). NAŠA SKUPINA JE PRIEKOPNÍKOM TEJTO NOVEJ METODIKY NA IDENTIFIKÁCIU ZMIEN MIKROFLÓRY, KTORÉ PODPORUJÚ KOLONIZÁCIU VRE A IDENTIFIKUJÚ TIE BAKTERIÁLNE DRUHY, KTORÉ PRENÁŠAJÚ CR. UKÁZALI SME, ŽE ODSTRÁNENIE URČITÝCH BAKTÉRIÍ Z MIKROFLÓRY, VRÁTANE BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, ZVYŠUJE RIZIKO INFEKCIE. OKREM TOHO REKONŠTITÚCIA MYŠÍ LIEČENÝCH ANTIBIOTIKAMI TÝMITO BAKTÉRIAMI VÝRAZNE ZNIŽUJE KOLONIZÁCIU VRE. PO IDENTIFIKOVANÍ ŠPECIFICKÝCH BAKTÉRIÍ MIKROBIOTY, KTORÉ PODPORUJÚ CR, V TOMTO PROJEKTE NAVRHUJEME IDENTIFIKOVAŤ MECHANIZMY, KTORÝMI TIETO BAKTÉRIE POSKYTUJÚ OCHRANU. Z NAŠICH ZVEREJNENÝCH VÝSLEDKOV VYPLÝVA, ŽE MIKROBIOTA POSKYTUJE CR V NEPRÍTOMNOSTI ZÁKLADNÝCH ZLOŽIEK IMUNITNÉHO SYSTÉMU. PRETO SA V TOMTO PROJEKTE ZAMERIAME NA IDENTIFIKÁCIU MECHANIZMOV, KTORÝMI MIKROBIOTA PRIAMO SPÔSOBUJE REZISTENCIU (KOMETIKA ŽIVINAMI, VÝROBA INHIBIČNÝCH LÁTOK). NA DOSIAHNUTIE TOHTO CIEĽA NAJPRV DEFINUJEME ŽIVINY POUŽÍVANÉ PATOGÉNNYMI A OCHRANNÝMI BAKTÉRIAMI (BPS) V ČREVE MYŠÍ. NA TENTO ÚČEL POUŽIJEME OMICKÉ TECHNIKY (METAGENOMICA A METATRANSCRIPTOMICA) NA IDENTIFIKÁCIU GÉNOV EXPRIMOVANÝCH NA ZÍSKANIE ŽIVÍN IN VIVO A METABOLOMICKÉ TECHNIKY NA IDENTIFIKÁCIU ŽIVÍN, KTORÉ SA PO KOLONIZÁCII VRE ALEBO BPS ZNÍŽILI IN VIVO. OKREM TOHO BUDEME IDENTIFIKOVAŤ IN VITRO „POLE“ ŽIVINY, KTORÉ SÚ NEVYHNUTNÉ PRE RAST VRE, A POMOCOU TECHNIKY IDENTIFIKÁCIE MUTANTOV TRANSPOZÍCIOU IN VIVO, BUDEME IDENTIFIKOVAŤ GÉNY, KTORÉ VRE POTREBUJE KOLONIZOVAŤ ČREVO A ZÍSKAŤ ŽIVINY. PO DEFINOVANÍ STRATÉGIÍ, KTORÉ POUŽÍVAJÚ VRE A BPS NA VYUŽÍVANIE ŽIVÍN, TESTY KOMPETENCIE IN VITRO A IN VIVO UKÁŽU ÚLOHU SÚŤAŽE O ŽIVINY V CR VERZUS VRE. NA DRUHEJ STRANE IN VIVO OMICKÉ PROFILY BPS IDENTIFIKUJÚ MOŽNÉ INHIBIČNÉ MOLEKULY, KTORÉ BUDÚ TESTOVANÉ V TESTOCH INHIBÍCIE RASTU S CIEĽOM DEFINOVAŤ ÚLOHU TÝCHTO MOLEKÚL V CR. INFORMÁCIE ZÍSKANÉ V RÁMCI TOHTO PROJEKTU POVEDÚ K NOVÝM TERAPEUTICKÝM STRATÉGIÁM NA BOJ PROTI INFEKCIÁM ERV, PATOGÉNU, KTORÝ ZÍSKAVA ODOLNOSŤ VOČI NIEKOĽKÝM DOSTUPNÝM TERAPEUTICKÝM MOŽNOSTIAM. (Slovak)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    IS FADHB MHÉADAITHEACH IAD PATAIGINÍ ATÁ FRITHSHEASMHACH IN AGHAIDH ANTAIBHEATHACH, AMHAIL ENTEROCOCOCO-VANCOMYCIN-RESISTANT (REV) IN OTHAIR SAN OSPIDÉAL AGUS IS MINIC A BHÍONN SIAD INA GCÚIS LE HIONFHABHTUITHE TAR ÉIS CÓIREÁLA ANTAIBHEATHACH. DE GHNÁTH, TOSAÍONN IONFHABHTUITHE ERV SA STÉIG. FAOI GHNÁTHCHOINNÍOLLACHA, DÉANTAR ÁR STÉIG A CHOILÍNIÚ AG NA CÉADTA BAICTÉAR COMMENSAL, AN MICROBIOTA, A CHUIREANN BAC AR CHOILÍNIÚ INTESTINAL AG VRE, AR A DTUGTAR “FRIOTAÍOCHT CHÓILÍNEACH” (CR). OS A CHOINNE SIN, ATHRAÍONN TABHAIRT ANTAIBHEATHAIGH COMHDHÉANAMH AN MICROBIOTA A LIGEANN DO VRE AN STÉIG A CHOILÍNIÚ AGUS ANSIN A SCAIPEADH CHUN FOLA NUAIR IS FÉIDIR LEIS SAOL AN OTHAIR A CHUR I MBAOL. DÁ BHRÍ SIN, MÁ THEASTAÍONN UAINN IONFHABHTUITHE VRE A CHOSC, TÁ SÉ RÍTHÁBHACHTACH TUISCINT A FHÁIL AR CONAS AGUS CAD É A THUGANN BAILL DEN MICROBIOTA CR AGUS CONAS A CHUIREANN ANTAIBHEATHAIGH IONFHABHTÚ CHUN CINN. MAR SIN FÉIN, MAR GHEALL AR EASPA TEICNÍCÍ CHUN ANAILÍS A DHÉANAMH AR AN MICROBIOTA, TÁ SÉ DEACAIR STAIDÉAR A DHÉANAMH AR AN RÉIMSE SEO ATÁ ÁBHARTHA GO CLINICIÚIL. AR AN DEA-UAIR, CEADAÍONN TEICNÍCÍ NUA SEICHEAMHAITHE MAISE STAIDÉAR MIONSONRAITHE AR AN MICROBIOTA AGUS A GHÉINTE (MICROBIOME). TÁ ÁR NGRÚPA CEANNRÓDAÍOCH AN MHODHEOLAÍOCHT NUA SEO A AITHINT ATHRUITHE MICROBIOTA A CHUR CHUN CINN COILÍNIÚ VRE AGUS NA SPEICIS BAICTÉARACH A THUGANN CR A AITHINT. TÁIMID TAR ÉIS A THAISPEÁINT GO N-ARDAÍONN AN DEIREADH BAICTÉIR ÁIRITHE AS AN MICROBIOTA, LENA N-ÁIRÍTEAR BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, AN BAOL IONFHABHTAITHE. THAIRIS SIN, LAGHDAÍONN ATHBHUNÚ LUCHA A CHÓIREÁILTEAR LE HANTAIBHEATHAIGH LEIS NA BAICTÉIR SEO GO MÓR AN COILÍNIÚ AG VRE. TAR ÉIS BAICTÉIR SHONRACHA MICROBIOTA A SHAINAITHINT A CHUIREANN CR CHUN CINN, TÁ SÉ BEARTAITHE AGAINN SA TIONSCADAL SEO NA MEICNÍOCHTAÍ TRÍNA DTUGTAR COSAINT DO NA BAICTÉIR SIN A SHAINAITHINT. LÉIRÍONN ÁR DTORTHAÍ FOILSITHE GO DTUGANN AN MICROBIOTA CR IN ÉAGMAIS COMHPHÁIRTEANNA RIACHTANACHA DEN CHÓRAS IMDHÍONACHTA. DÁ BHRÍ SIN, SA TIONSCADAL SEO BEIMID AG DÍRIÚ AR MHEICNÍOCHTAÍ A AITHINT TRÍNA DTUGANN AN MICROBIOTA FRIOTAÍOCHT GO DÍREACH (COMHLÍONADH AG COTHAITHIGH, TÁIRGEADH SUBSTAINTÍ COISCTHEACHA). CHUN AN SPRIOC SEO A BHAINT AMACH, DÉANFAIMID NA COTHAITHIGH A ÚSÁIDEANN NA BAICTÉIR PATAIGINE AGUS COSANTA (BPS) SA STÉIG LUCHA A SHAINIÚ AR DTÚS. CHUIGE SIN, BAINFIMID ÚSÁID AS TEICNÍCÍ ADAMHACH (METAGENOMICA AGUS METATRANSCRIPIPTOMICA) CHUN GÉINTE A AITHINT A LÉIRÍTEAR CHUN COTHAITHIGH IN VIVO A FHÁIL, AGUS TEICNÍCÍ MEITIBÓLACHA CHUN COTHAITHIGH A AITHINT A LAGHDAIGH IN VIVO TAR ÉIS COILÍNITHE AG VRE NÓ BPS. INA THEANNTA SIN, AITHNEOIMID IN VITRO TRÍ “ARRAYS” NA COTHAITHIGH ATÁ RIACHTANACH D’FHÁS VRE, AGUS TRÍ THEICNÍC CHUN MUTANTS A AITHINT TRÍ THRASUÍ IN VIVO, AITHNEOIMID GÉINTE NACH MÓR DO VRE AN STÉIG A CHOILÍNIÚ AGUS COTHAITHIGH A FHÁIL. A LUAITHE A BHEIDH SAINIÚ DÉANTA AR NA STRAITÉISÍ A ÚSÁIDEANN VRE AGUS PS CHUN COTHAITHIGH A SHAOTHRÚ, LÉIREOIDH TÁSTÁLACHA IN VITRO AGUS IN VIVO COMPETICION RÓL NA HIOMAÍOCHTA COTHAITHEACH IN CR I GCOINNE VRE. AR AN LÁIMH EILE, AITHNEOIDH PRÓIFÍLÍ ADAMHACH IN VIVO PS MÓILÍNÍ INHIBITOR FÉIDEARTHA A THÁSTÁIL I MEASÚNACHTAÍ COSC AR FHÁS CHUN RÓL NA MÓILÍNÍ SEO SA CR A SHAINIÚ. BEIDH STRAITÉISÍ TEIRIPEACHA NUA MAR THORADH AR AN BHFAISNÉIS A FHAIGHTEAR SA TIONSCADAL SEO CHUN DUL I NGLEIC LE HIONFHABHTUITHE ERV, PATAIGIN ATÁ AG FÁIL FRITHSHEASMHACHT IN AGHAIDH NA ROGHANNA TEIRIPEACHA ATÁ AR FÁIL. (Irish)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    PATOGENY REZISTENTNÍ VŮČI ANTIBIOTIKŮM, JAKO JE ENTEROCOCO-VANKOMYCIN-REZISTENTNÍ (REV), JSOU STÁLE VĚTŠÍM PROBLÉMEM U HOSPITALIZOVANÝCH PACIENTŮ A ČASTO ZPŮSOBUJÍ INFEKCE PO LÉČBĚ ANTIBIOTIKY. INFEKCE ERV OBVYKLE ZAČÍNAJÍ VE STŘEVĚ. ZA NORMÁLNÍCH PODMÍNEK JE NAŠE STŘEVO KOLONIZOVÁNO STOVKAMI KOMMENÁLNÍCH BAKTERIÍ, MIKROBIOTY, KTERÁ INHIBUJE STŘEVNÍ KOLONIZACI VRE, KTERÁ SE NAZÝVÁ „KOLONIZAČNÍ REZISTENCE“ (CR). NAOPAK PODÁVÁNÍ ANTIBIOTIK MĚNÍ SLOŽENÍ MIKROBIOTY, KTERÁ UMOŽŇUJE VRE KOLONIZOVAT STŘEVO A POTÉ SE ŠÍŘIT DO KRVE, KDE MŮŽE OHROZIT ŽIVOT PACIENTA. PROTO JE ZÁSADNÍ POCHOPIT, JAK A CO ČLENOVÉ MIKROBIOTY PROPŮJČUJÍ CR A JAK ANTIBIOTIKA PODPORUJÍ INFEKCI, POKUD CHCEME ZABRÁNIT INFEKCÍM VRE. KVŮLI ABSENCI TECHNIK PRO ANALÝZU MIKROBIOTY JE VŠAK OBTÍŽNÉ STUDOVAT TUTO KLINICKY RELEVANTNÍ OBLAST. NAŠTĚSTÍ NOVÉ METODY SEKVENOVÁNÍ HMOTNOSTI NYNÍ UMOŽŇUJÍ PODROBNÉ STUDIUM MIKROBIOTY A JEJÍCH GENŮ (MIKROBIOMU). NAŠE SKUPINA JE PRŮKOPNÍKEM TÉTO NOVÉ METODIKY PRO IDENTIFIKACI MIKROBIOTOVÝCH ZMĚN, KTERÉ PODPORUJÍ KOLONIZACI VRE A IDENTIFIKUJÍ TY BAKTERIÁLNÍ DRUHY, KTERÉ PROPŮJČUJÍ ČR. PROKÁZALI JSME, ŽE ODSTRANĚNÍ URČITÝCH BAKTERIÍ Z MIKROBIOTY, VČETNĚ BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, ZVYŠUJE RIZIKO INFEKCE. REKONSTITUCE MYŠÍ LÉČENÝCH ANTIBIOTIKY TĚMITO BAKTERIEMI NAVÍC VÝRAZNĚ SNIŽUJE KOLONIZACI POMOCÍ VRE. POTÉ, CO BYLY IDENTIFIKOVÁNY SPECIFICKÉ BAKTERIE MIKROBIOTY, KTERÉ PODPORUJÍ ČR, NAVRHUJEME V TOMTO PROJEKTU URČIT MECHANISMY, KTERÝMI TYTO BAKTERIE POSKYTUJÍ OCHRANU. NAŠE PUBLIKOVANÉ VÝSLEDKY UKAZUJÍ, ŽE MIKROBIOTA PROPŮJČUJE CR V NEPŘÍTOMNOSTI ZÁKLADNÍCH SLOŽEK IMUNITNÍHO SYSTÉMU. PROTO SE V TOMTO PROJEKTU ZAMĚŘÍME NA URČENÍ MECHANISMŮ, KTERÝMI MIKROBIOTA PŘÍMO PROPŮJČUJE REZISTENCI (KOMPLIKACE ŽIVINAMI, VÝROBA INHIBIČNÍCH LÁTEK). K DOSAŽENÍ TOHOTO CÍLE NEJPRVE DEFINUJEME ŽIVINY POUŽÍVANÉ PATOGENEM A OCHRANNÝMI BAKTERIEMI (BPS) VE STŘEVĚ MYŠÍ. K TOMU POUŽIJEME OMICKÉ TECHNIKY (METAGENOMICA A METATRANSCRIPTOMICA) K IDENTIFIKACI GENŮ EXPRIMOVANÝCH K ZÍSKÁNÍ ŽIVIN IN VIVO A METABOLOMICKÝCH TECHNIK K IDENTIFIKACI ŽIVIN, KTERÉ PO KOLONIZACI IN VIVO PO KOLONIZACI IN VIVO NEBO BPS SNÍŽILY. KROMĚ TOHO IDENTIFIKUJEME IN VITRO „PAPRSKY“ ŽIVINY, KTERÉ JSOU NEZBYTNÉ PRO RŮST VRE, A POMOCÍ TECHNIKY IDENTIFIKACE MUTANTŮ PROVEDENÍM IN VIVO IDENTIFIKUJEME GENY, KTERÉ VRE POTŘEBUJE K KOLONIZACI STŘEVA A ZÍSKÁNÍ ŽIVIN. JAKMILE BUDOU DEFINOVÁNY STRATEGIE POUŽÍVANÉ VRE A BPS K VYUŽÍVÁNÍ ŽIVIN, TESTY IN VITRO A IN VIVO COMPETICION BUDOU DEMONSTROVAT ROLI SOUTĚŽE O ŽIVINY V ČR VERSUS VRE. NA DRUHÉ STRANĚ, OMOVÉ PROFILY IN VIVO IDENTIFIKUJÍ MOŽNÉ MOLEKULY INHIBITORŮ, KTERÉ BUDOU TESTOVÁNY V TESTECH INHIBICE RŮSTU, ABY BYLO MOŽNÉ DEFINOVAT ROLI TĚCHTO MOLEKUL V ČR. INFORMACE ZÍSKANÉ V TOMTO PROJEKTU POVEDOU K NOVÝM LÉČEBNÝM STRATEGIÍM PRO BOJ PROTI INFEKCÍM ERV, COŽ JE PATOGEN, KTERÝ ZÍSKÁVÁ REZISTENCI VŮČI NĚKOLIKA LÉČEBNÝM MOŽNOSTEM, KTERÉ JSOU K DISPOZICI. (Czech)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    PATÓGENOS RESISTENTES A ANTIBIÓTICOS, COMO ENTEROCOCOCO-RESISTENTE À VANCOMICINA (REV) SÃO UM PROBLEMA CRESCENTE EM PACIENTES HOSPITALIZADOS E MUITAS VEZES CAUSAM INFEÇÕES APÓS O TRATAMENTO COM ANTIBIÓTICOS. AS INFEÇÕES POR VER GERALMENTE COMEÇAM NO INTESTINO. EM CONDIÇÕES NORMAIS, NOSSO INTESTINO É COLONIZADO POR CENTENAS DE BACTÉRIAS COMENSAIS, A MICROBIOTA, QUE INIBE A COLONIZAÇÃO INTESTINAL POR VRE, QUE É CHAMADA DE «RESISTÊNCIA À COLONIZAÇÃO» (CR). POR OUTRO LADO, A ADMINISTRAÇÃO DE ANTIBIÓTICOS ALTERA A COMPOSIÇÃO DA MICROBIOTA QUE PERMITE QUE O VRE COLONIZE O INTESTINO E, EM SEGUIDA, SE ESPALHOU PARA O SANGUE ONDE PODE PÔR EM PERIGO A VIDA DO PACIENTE. PORTANTO, ENTENDER COMO E QUAIS MEMBROS DA MICROBIOTA CONFEREM RC E COMO OS ANTIBIÓTICOS PROMOVEM A INFEÇÃO É CRUCIAL SE QUISERMOS PREVENIR INFEÇÕES POR VRE. NO ENTANTO, A AUSÊNCIA DE TÉCNICAS DE ANÁLISE DA MICROBIOTA TEM DIFICULTADO O ESTUDO DESSE CAMPO CLINICAMENTE RELEVANTE. FELIZMENTE, NOVAS TÉCNICAS DE SEQUENCIAMENTO DE MASSA AGORA PERMITEM O ESTUDO DETALHADO DA MICROBIOTA E SEUS GENES (MICROBIOMA). NOSSO GRUPO FOI PIONEIRO NESTA NOVA METODOLOGIA PARA IDENTIFICAR AS ALTERAÇÕES MICROBIOTA QUE PROMOVEM A COLONIZAÇÃO VRE E IDENTIFICAR AS ESPÉCIES BACTERIANAS QUE CONFEREM RC. DEMONSTRAMOS QUE A REMOÇÃO DE CERTAS BACTÉRIAS DA MICROBIOTA, INCLUINDO BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, AUMENTA O RISCO DE INFEÇÃO. ALÉM DISSO, A RECONSTITUIÇÃO DE CAMUNDONGOS TRATADOS COM ANTIBIÓTICOS COM ESTAS BACTÉRIAS DIMINUI CONSIDERAVELMENTE A COLONIZAÇÃO POR VRE. TENDO IDENTIFICADO BACTÉRIAS MICROBIOTA ESPECÍFICAS QUE PROMOVEM A RC, NESTE PROJETO PROPOMOS IDENTIFICAR OS MECANISMOS PELOS QUAIS ESSAS BACTÉRIAS CONFEREM PROTEÇÃO. NOSSOS RESULTADOS PUBLICADOS INDICAM QUE A MICROBIOTA CONFERE RC NA AUSÊNCIA DE COMPONENTES ESSENCIAIS DO SISTEMA IMUNOLÓGICO. PORTANTO, NESTE PROJETO VAMOS NOS CONCENTRAR NA IDENTIFICAÇÃO DE MECANISMOS PELOS QUAIS A MICROBIOTA CONFERE DIRETAMENTE RESISTÊNCIA (COMPETIÇÃO POR NUTRIENTES, PRODUÇÃO DE SUBSTÂNCIAS INIBITÓRIAS). PARA ATINGIR ESSE OBJETIVO, PRIMEIRO DEFINIREMOS OS NUTRIENTES UTILIZADOS PELO PATÓGENO E BACTÉRIAS PROTETORAS (BPS) NO INTESTINO DOS CAMUNDONGOS. PARA ISSO, USAREMOS TÉCNICAS OMICOLÓGICAS (METAGENOMICA E METATRANSCRIPTOMICA) PARA IDENTIFICAR GENES EXPRESSOS PARA ADQUIRIR NUTRIENTES IN VIVO, E TÉCNICAS METABOLÔMICAS PARA IDENTIFICAR NUTRIENTES QUE DIMINUÍRAM IN VIVO APÓS A COLONIZAÇÃO POR VRE OU BPS. ALÉM DISSO, IDENTIFICAREMOS IN VITRO POR «ARRAYS» OS NUTRIENTES QUE SÃO ESSENCIAIS PARA O CRESCIMENTO DO VRE, E POR MEIO DE UMA TÉCNICA DE IDENTIFICAÇÃO DE MUTANTES POR TRANSPOSIÇÃO IN VIVO, IDENTIFICAREMOS GENES QUE O VRE PRECISA COLONIZAR O INTESTINO E ADQUIRIR NUTRIENTES. UMA VEZ DEFINIDAS AS ESTRATÉGIAS UTILIZADAS POR VRE E BPS PARA EXPLORAR NUTRIENTES, OS TESTES DE COMPETICION IN VITRO E IN VIVO DEMONSTRARÃO O PAPEL DA COMPETIÇÃO DE NUTRIENTES NA CR VERSUS VRE. POR OUTRO LADO, OS PERFIS OMICOS IN VIVO DA BPS IDENTIFICARÃO POSSÍVEIS MOLÉCULAS INIBIDORAS QUE SERÃO TESTADAS EM ENSAIOS DE INIBIÇÃO DO CRESCIMENTO PARA DEFINIR O PAPEL DESSAS MOLÉCULAS NO CR. AS INFORMAÇÕES OBTIDAS NESTE PROJETO DARÃO ORIGEM A NOVAS ESTRATÉGIAS TERAPÊUTICAS PARA COMBATER AS INFEÇÕES POR VER, UM PATÓGENO QUE ESTÁ ADQUIRINDO RESISTÊNCIA ÀS POUCAS OPÇÕES TERAPÊUTICAS DISPONÍVEIS. (Portuguese)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    ANTIBIOOTIKUMIRESISTENTSED PATOGEENID, NÄITEKS ENTEROCOCOCO-VANKOMÜTSIINIRESISTENTSED (REV) ON HAIGLARAVI SAANUD PATSIENTIDEL KASVAV PROBLEEM JA PÕHJUSTAVAD SAGELI NAKKUSI PÄRAST ANTIBIOOTIKUMRAVI. ERV INFEKTSIOONID ALGAVAD TAVALISELT SOOLESTIKUS. NORMAALSETES TINGIMUSTES KOLONISEERITAKSE MEIE SOOLE SAJAD KOMMENSAALSED BAKTERID, MIKROBIOTA, MIS PÄRSIB SOOLE KOLONISATSIOONI VRE POOLT, MIDA NIMETATAKSE KOLONISATSIOONIRESISTENTSUSEKS (CR). SEEVASTU ANTIBIOOTIKUMIDE MANUSTAMINE MUUDAB MIKROBIOOTIKUMIDE KOOSTIST, MIS VÕIMALDAB VRE-L KOLONISEERIDA SOOLESTIKU JA SEEJÄREL LEVIDA VERESSE, KUS SEE VÕIB OHUSTADA PATSIENDI ELU. SEETÕTTU ON VÄGA OLULINE MÕISTA, KUIDAS JA MILLISED MIKROBIOOTIKUMID ANNAVAD CR-I JA KUIDAS ANTIBIOOTIKUMID SOODUSTAVAD NAKATUMIST, KUI TAHAME VÄLTIDA VRE-INFEKTSIOONI. MIKROBIOOTA ANALÜÜSIMEETODITE PUUDUMINE ON AGA RASKENDANUD SELLE KLIINILISELT OLULISE VALDKONNA UURIMIST. ÕNNEKS VÕIMALDAVAD UUED MASSIJÄRJESTUSTEHNIKAD NÜÜD MIKROBIOTA JA SELLE GEENIDE (MIKROBIOOMI) ÜKSIKASJALIKKU UURIMIST. MEIE RÜHM ON TEERAJAJAKS SELLE UUE METOODIKA, ET TEHA KINDLAKS MIKROBIOTA MUUTUSED, MIS EDENDAVAD VRE KOLONISATSIOONI JA IDENTIFITSEERIDA NEED BAKTERILIIGID, MIS ANNAVAD CR. OLEME NÄIDANUD, ET TEATUD BAKTERITE, SEALHULGAS BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPESI, ALLOBACULUMI EEMALDAMINE SUURENDAB INFEKTSIOONIRISKI. LISAKS VÄHENDAB NENDE BAKTERITEGA ANTIBIOOTIKUMIDEGA RAVITUD HIIRTE LAHUSTAMINE MÄRKIMISVÄÄRSELT VRE KOLONISATSIOONI. OLLES TUVASTANUD SPETSIIFILISED MIKROBIOTABAKTERID, MIS SOODUSTAVAD CR-D, TEEME SELLES PROJEKTIS ETTEPANEKU TEHA KINDLAKS MEHHANISMID, MILLE ABIL NEED BAKTERID KAITSEVAD. MEIE AVALDATUD TULEMUSED NÄITAVAD, ET MIKROBIOTA ANNAB CR-I IMMUUNSÜSTEEMI OLULISTE KOMPONENTIDE PUUDUMISEL. SEETÕTTU KESKENDUME SELLES PROJEKTIS MEHHANISMIDE KINDLAKSTEGEMISELE, MILLE ABIL MIKROBIOTA OTSESELT ANNAB RESISTENTSUSE (KOMPEETIK TOITAINETE ABIL, INHIBEERIVATE AINETE TOOTMINE). SELLE EESMÄRGI SAAVUTAMISEKS MÄÄRATLEME KÕIGEPEALT PATOGEENI JA KAITSVATE BAKTERITE (BPS) POOLT KASUTATAVAD TOITAINED HIIRTE SOOLESTIKUS. SELLEKS KASUTAME OOMITEHNIKAID (METAGENOMICA JA METATRANSCRIPTOMICA) IN VIVO TOITAINETE OMANDAMISEKS VÄLJENDATUD GEENIDE TUVASTAMISEKS NING METABONOOMILISI MEETODEID TOITAINETE TUVASTAMISEKS, MIS ON IN VIVO VÄHENENUD PÄRAST VRE VÕI BPSI KOLONISEERIMIST. LISAKS TUVASTAME IN VITRO „ARRAYS“ TOITAINETE, MIS ON VAJALIKUD VRE KASVUKS, JA KASUTADES MUTANTIDE IDENTIFITSEERIMISE TEHNIKAT ÜLEVÕTMISEL IN VIVO, TUVASTAME GEENID, MIDA VRE PEAB KOLONISEERIMA SOOLESTIKUS JA OMANDAMA TOITAINEID. KUI VRE JA BPSI POOLT TOITAINETE KASUTAMISEKS KASUTATAVAD STRATEEGIAD ON KINDLAKS MÄÄRATUD, NÄITAVAD IN VITRO JA IN VIVO COMPETICION TESTID TOITAINETE KONKURENTSI ROLLI CR VS. VRE. TEISEST KÜLJEST TEEVAD BPS IN VIVO OOMIPROFIILID KINDLAKS VÕIMALIKUD INHIBIITORI MOLEKULID, MIDA KATSETATAKSE KASVU PÄRSSIMISE KATSETES, ET MÄÄRATA KINDLAKS NENDE MOLEKULIDE ROLL CR-IS. SELLE PROJEKTI KÄIGUS SAADUD TEAVE TOOB KAASA UUED RAVISTRATEEGIAD, ET VÕIDELDA ERV-INFEKTSIOONIDEGA, MIS ON PATOGEEN, MIS SAAVUTAB RESISTENTSUSE VÄHESTE RAVIVÕIMALUSTE SUHTES. (Estonian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    AZ ANTIBIOTIKUM-REZISZTENS KÓROKOZÓK, MINT PÉLDÁUL AZ ENTEROCOCOCO-VANCOMYCIN-REZISZTENS (REV) EGYRE NAGYOBB PROBLÉMÁT JELENTENEK A KÓRHÁZBAN KEZELT BETEGEKNÉL, ÉS GYAKRAN OKOZNAK FERTŐZÉSEKET ANTIBIOTIKUM-KEZELÉS UTÁN. AZ ERV-FERTŐZÉSEK ÁLTALÁBAN A BÉLBEN KEZDŐDNEK. NORMÁL KÖRÜLMÉNYEK KÖZÖTT A BÉLÜNKET TÖBB SZÁZ KOMMENZÁLIS BAKTÉRIUM, A MIKROBIÓTA GYARMATOSÍTJA, AMELY GÁTOLJA A VRE BÉLKOLONIZÁCIÓJÁT, AMELYET „KOLONIZÁCIÓS REZISZTENCIA” (CR) NEVEZNEK. EZZEL SZEMBEN AZ ANTIBIOTIKUMOK ALKALMAZÁSA MEGVÁLTOZTATJA A MIKROBIÓTA ÖSSZETÉTELÉT, AMI LEHETŐVÉ TESZI A VRE SZÁMÁRA, HOGY MEGTELEPEDJEN A BÉLBEN, MAJD ÁTTERJEDJEN A VÉRRE, AHOL VESZÉLYEZTETHETI A BETEG ÉLETÉT. EZÉRT ANNAK MEGÉRTÉSE, HOGY A MIKROBIÓTA HOGYAN ÉS MIT BIZTOSÍT A CR-NEK, ÉS HOGY AZ ANTIBIOTIKUMOK HOGYAN SEGÍTIK ELŐ A FERTŐZÉST, DÖNTŐ FONTOSSÁGÚ, HA MEG AKARJUK ELŐZNI A VRE FERTŐZÉSEKET. A MIKROBIÓTA ELEMZÉSÉRE SZOLGÁLÓ TECHNIKÁK HIÁNYA AZONBAN MEGNEHEZÍTETTE E KLINIKAILAG RELEVÁNS TERÜLET TANULMÁNYOZÁSÁT. SZERENCSÉRE AZ ÚJ TÖMEGSZEKVENÁLÁSI TECHNIKÁK LEHETŐVÉ TESZIK A MIKROBIÓTA ÉS GÉNJEI (MIKROBIOME) RÉSZLETES VIZSGÁLATÁT. KÉPVISELŐCSOPORTUNK ÚTTÖRŐ SZEREPET VÁLLALT EZEN ÚJ MÓDSZERTANBAN, HOGY AZONOSÍTSA A MIKROBIÓTA-VÁLTOZÁSOKAT, AMELYEK ELŐSEGÍTIK A VRE KOLONIZÁCIÓJÁT, ÉS AZONOSÍTSÁK AZOKAT A BAKTERIÁLIS FAJOKAT, AMELYEK CR-T EREDMÉNYEZNEK. KIMUTATTÁK, HOGY BIZONYOS BAKTÉRIUMOK ELTÁVOLÍTÁSA A MIKROBIÓTÁKBÓL, BELEÉRTVE A BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, NÖVELI A FERTŐZÉS KOCKÁZATÁT. EZENKÍVÜL AZ ANTIBIOTIKUMOKKAL KEZELT EGEREK EZEKKEL A BAKTÉRIUMOKKAL TÖRTÉNŐ FELOLDÁSA JELENTŐSEN CSÖKKENTI A VRE ÁLTALI KOLONIZÁCIÓT. MIUTÁN AZONOSÍTOTTUK A CR-T TÁMOGATÓ MIKROBIÓTA BAKTÉRIUMOKAT, EBBEN A PROJEKTBEN AZT JAVASOLJUK, HOGY AZONOSÍTSÁK AZOKAT A MECHANIZMUSOKAT, AMELYEKKEL EZEK A BAKTÉRIUMOK VÉDELMET NYÚJTANAK. PUBLIKÁLT EREDMÉNYEINK AZT MUTATJÁK, HOGY A MIKROBIÓTA AZ IMMUNRENDSZER ALAPVETŐ ÖSSZETEVŐINEK HIÁNYÁBAN BIZTOSÍTJA A CR-T. EZÉRT EBBEN A PROJEKTBEN AZON MECHANIZMUSOK AZONOSÍTÁSÁRA ÖSSZPONTOSÍTUNK, AMELYEKKEL A MIKROBIÓTA KÖZVETLENÜL REZISZTENCIÁT BIZTOSÍT (TÁPANYAGOKKAL VALÓ KOMPETIKÁCIÓ, GÁTLÓ ANYAGOK ELŐÁLLÍTÁSA). E CÉL ELÉRÉSE ÉRDEKÉBEN ELŐSZÖR MEGHATÁROZZUK A KÓROKOZÓ ÉS VÉDŐBAKTÉRIUMOK (BPS) ÁLTAL AZ EGEREKBEN HASZNÁLT TÁPANYAGOKAT. EHHEZ OMIC TECHNIKÁKAT (METAGENOMICA ÉS METATRANSCRIPTOMICA) HASZNÁLUNK AZ IN VIVO TÁPANYAGOK MEGSZERZÉSÉRE KIFEJEZETT GÉNEK AZONOSÍTÁSÁRA, ÉS METABOLOMIKUS TECHNIKÁKAT ALKALMAZUNK AZON TÁPANYAGOK AZONOSÍTÁSÁRA, AMELYEK A VRE VAGY A BPS ÁLTALI KOLONIZÁCIÓT KÖVETŐEN IN VIVO CSÖKKENTEK. EZEN TÚLMENŐEN IN VITRO AZONOSÍTJUK A VRE NÖVEKEDÉSÉHEZ NÉLKÜLÖZHETETLEN TÁPANYAGOKAT, ÉS IN VIVO ÁTÜLTETÉSSEL AZONOSÍTJUK AZOKAT A GÉNEKET, AMELYEKRE A VRE-NEK SZÜKSÉGE VAN A BÉL MEGTELEPEDÉSÉHEZ ÉS TÁPANYAGOK BESZERZÉSÉHEZ. AMINT MEGHATÁROZTÁK A VRE ÉS A BPS ÁLTAL A TÁPANYAGOK KIAKNÁZÁSÁRA ALKALMAZOTT STRATÉGIÁKAT, AZ IN VITRO ÉS IN VIVO COMPETICION TESZTEK BIZONYÍTJÁK A TÁPANYAGVERSENY SZEREPÉT A CR ÉS A VRE KÖZÖTT. MÁSRÉSZT A BPS IN VIVO OMIC PROFILJAI AZONOSÍTJÁK AZOKAT A LEHETSÉGES GÁTLÓ MOLEKULÁKAT, AMELYEKET NÖVEKEDÉSGÁTLÁSI VIZSGÁLATOKBAN TESZTELNEK, HOGY MEGHATÁROZZÁK EZEKNEK A MOLEKULÁKNAK A CR-BEN BETÖLTÖTT SZEREPÉT. AZ EBBEN A PROJEKTBEN SZERZETT INFORMÁCIÓK ÚJ TERÁPIÁS STRATÉGIÁKAT EREDMÉNYEZNEK AZ ERV-FERTŐZÉSEK LEKÜZDÉSÉRE, EGY OLYAN KÓROKOZÓRA, AMELY REZISZTENCIÁT SZEREZ A RENDELKEZÉSRE ÁLLÓ KEVÉS TERÁPIÁS MEGOLDÁSSAL SZEMBEN. (Hungarian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    РЕЗИСТЕНТНИ КЪМ АНТИБИОТИЦИ ПАТОГЕНИ КАТО ENTEROCOCOCO-VANCOMYCIN-РЕЗИСТЕНТНИ (REV) СА НАРАСТВАЩ ПРОБЛЕМ ПРИ ХОСПИТАЛИЗИРАНИТЕ ПАЦИЕНТИ И ЧЕСТО ПРИЧИНЯВАТ ИНФЕКЦИИ СЛЕД АНТИБИОТИЧНО ЛЕЧЕНИЕ. ИНФЕКЦИИТЕ С ERV ОБИКНОВЕНО ЗАПОЧВАТ В ЧЕРВАТА. ПРИ НОРМАЛНИ УСЛОВИЯ ЧЕРВАТА НИ СЕ КОЛОНИЗИРАТ ОТ СТОТИЦИ КОМЕНСАЛНИ БАКТЕРИИ, МИКРОБИОТАТА, КОЯТО ИНХИБИРА ЧРЕВНАТА КОЛОНИЗАЦИЯ ЧРЕЗ VRE, КОЯТО СЕ НАРИЧА „КОЛОНИЗАЦИОННА РЕЗИСТЕНТНОСТ“ (CR). И ОБРАТНО, ПРИЛАГАНЕТО НА АНТИБИОТИЦИ ПРОМЕНЯ СЪСТАВА НА МИКРОБИОТАТА, КОЕТО ПОЗВОЛЯВА НА VRE ДА КОЛОНИЗИРА ЧЕРВАТА И СЛЕД ТОВА ДА СЕ РАЗПРОСТРАНИ В КРЪВ, КЪДЕТО МОЖЕ ДА ЗАСТРАШИ ЖИВОТА НА ПАЦИЕНТА. ЕТО ЗАЩО РАЗБИРАНЕТО НА ТОВА КАК И КАКВИ ЧЛЕНОВЕ НА МИКРОБИОТАТА ПРИДАВАТ CR И КАК АНТИБИОТИЦИТЕ НАСЪРЧАВАТ ИНФЕКЦИИТЕ, Е ОТ РЕШАВАЩО ЗНАЧЕНИЕ, АКО ИСКАМЕ ДА ПРЕДОТВРАТИМ ИНФЕКЦИИ С VRE. ЛИПСАТА НА ТЕХНИКИ ЗА АНАЛИЗ НА МИКРОБИОТАТА ОБАЧЕ ЗАТРУДНЯВА ПРОУЧВАНЕТО НА ТАЗИ КЛИНИЧНО ЗНАЧИМА ОБЛАСТ. ЗА ЩАСТИЕ, НОВИТЕ ТЕХНИКИ ЗА СЕКВЕНИРАНЕ НА МАСАТА ВЕЧЕ ПОЗВОЛЯВАТ ПОДРОБНО ИЗСЛЕДВАНЕ НА МИКРОБИОТАТА И НЕЙНИТЕ ГЕНИ (МИКРОБИОМ). НАШАТА ГРУПА Е ПИОНЕР В ТАЗИ НОВА МЕТОДОЛОГИЯ ЗА ИДЕНТИФИЦИРАНЕ НА МИКРОБИОТА ПРОМЕНИ, КОИТО НАСЪРЧАВАТ VRE КОЛОНИЗАЦИЯ И ИДЕНТИФИЦИРАНЕ НА ТЕЗИ БАКТЕРИАЛНИ ВИДОВЕ, КОИТО ПРИДАВАТ CR. ПОКАЗАХМЕ, ЧЕ ОТСТРАНЯВАНЕТО НА НЯКОИ БАКТЕРИИ ОТ МИКРОБИОТАТА, ВКЛЮЧИТЕЛНО BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, УВЕЛИЧАВА РИСКА ОТ ИНФЕКЦИЯ. ОСВЕН ТОВА РАЗТВАРЯНЕТО НА МИШКИ, ТРЕТИРАНИ С АНТИБИОТИЦИ С ТЕЗИ БАКТЕРИИ, ЗНАЧИТЕЛНО НАМАЛЯВА КОЛОНИЗАЦИЯТА ОТ VRE. СЛЕД КАТО ИДЕНТИФИЦИРАХМЕ СПЕЦИФИЧНИ БАКТЕРИИ С МИКРОБИОТА, КОИТО ПОПУЛЯРИЗИРАТ CR, В ТОЗИ ПРОЕКТ ПРЕДЛАГАМЕ ДА СЕ ОПРЕДЕЛЯТ МЕХАНИЗМИТЕ, ЧРЕЗ КОИТО ТЕЗИ БАКТЕРИИ ОСИГУРЯВАТ ЗАЩИТА. НАШИТЕ ПУБЛИКУВАНИ РЕЗУЛТАТИ ПОКАЗВАТ, ЧЕ МИКРОБИОТАТА ПРИДАВА CR ПРИ ЛИПСА НА ОСНОВНИ КОМПОНЕНТИ НА ИМУННАТА СИСТЕМА. ЕТО ЗАЩО В ТОЗИ ПРОЕКТ ЩЕ СЕ СЪСРЕДОТОЧИМ ВЪРХУ ИДЕНТИФИЦИРАНЕТО НА МЕХАНИЗМИ, ЧРЕЗ КОИТО МИКРОБИОТАТА ДИРЕКТНО ПРИДАВА РЕЗИСТЕНТНОСТ (СЪВМЕСТИМОСТ С ХРАНИТЕЛНИ ВЕЩЕСТВА, ПРОИЗВОДСТВО НА ИНХИБИТОРНИ ВЕЩЕСТВА). ЗА ДА ПОСТИГНЕМ ТАЗИ ЦЕЛ, ПЪРВО ЩЕ ОПРЕДЕЛИМ ХРАНИТЕЛНИТЕ ВЕЩЕСТВА, ИЗПОЛЗВАНИ ОТ ПАТОГЕНА И ЗАЩИТНИТЕ БАКТЕРИИ (BPS) В ЧЕРВАТА НА МИШКИТЕ. ЗА ТАЗИ ЦЕЛ ЩЕ ИЗПОЛЗВАМЕ ОМИЧНИ ТЕХНИКИ (METAGENOMICA И METATRANSCRIPTOMICA), ЗА ДА ИДЕНТИФИЦИРАМЕ ГЕНИТЕ, ИЗРАЗЕНИ ЗА ПРИДОБИВАНЕ IN VIVO НА ХРАНИТЕЛНИ ВЕЩЕСТВА, И МЕТАБОЛОМНИ ТЕХНИКИ ЗА ИДЕНТИФИЦИРАНЕ НА ХРАНИТЕЛНИ ВЕЩЕСТВА, КОИТО СА НАМАЛЕЛИ IN VIVO СЛЕД КОЛОНИЗАЦИЯ ОТ VRE ИЛИ BPS. ОСВЕН ТОВА ЩЕ ИДЕНТИФИЦИРАМЕ ИН ВИТРО ХРАНИТЕЛНИТЕ ВЕЩЕСТВА, КОИТО СА ОТ СЪЩЕСТВЕНО ЗНАЧЕНИЕ ЗА РАСТЕЖА НА VRE, И ЧРЕЗ ТЕХНИКА ЗА ИДЕНТИФИЦИРАНЕ НА МУТАНТИ ЧРЕЗ ТРАНСПОНИРАНЕ IN VIVO ЩЕ ИДЕНТИФИЦИРАМЕ ГЕНИТЕ, ОТ КОИТО VRE СЕ НУЖДАЕ, ЗА ДА КОЛОНИЗИРА ЧЕРВАТА И ДА ПРИДОБИЕ ХРАНИТЕЛНИ ВЕЩЕСТВА. СЛЕД КАТО БЪДАТ ОПРЕДЕЛЕНИ СТРАТЕГИИТЕ, ИЗПОЛЗВАНИ ОТ VRE И BPS ЗА ИЗПОЛЗВАНЕ НА ХРАНИТЕЛНИТЕ ВЕЩЕСТВА, ИН ВИТРО И IN VIVO ИЗПИТВАНИЯТА ЗА КОМПЕТЕНЦИЯ ЩЕ ДЕМОНСТРИРАТ РОЛЯТА НА ХРАНИТЕЛНАТА КОНКУРЕНЦИЯ В CR СРЕЩУ VRE. ОТ ДРУГА СТРАНА, ОМИЧНИТЕ ПРОФИЛИ IN VIVO НА BPS ЩЕ ИДЕНТИФИЦИРАТ ВЪЗМОЖНИТЕ ИНХИБИТОРНИ МОЛЕКУЛИ, КОИТО ЩЕ БЪДАТ ИЗПИТВАНИ ПРИ ТЕСТОВЕ ЗА ПОТИСКАНЕ НА РАСТЕЖА, ЗА ДА СЕ ОПРЕДЕЛИ РОЛЯТА НА ТЕЗИ МОЛЕКУЛИ В CR. ИНФОРМАЦИЯТА, ПОЛУЧЕНА В РАМКИТЕ НА ТОЗИ ПРОЕКТ, ЩЕ ДОВЕДЕ ДО НОВИ ТЕРАПЕВТИЧНИ СТРАТЕГИИ ЗА БОРБА С ИНФЕКЦИИТЕ С ERV — ПАТОГЕН, КОЙТО ПРИДОБИВА РЕЗИСТЕНТНОСТ КЪМ МАЛКОТО НАЛИЧНИ ТЕРАПЕВТИЧНИ ВЪЗМОЖНОСТИ. (Bulgarian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    ANTIBIOTIKAMS ATSPARŪS PATOGENAI, TOKIE KAIP ENTEROCOCOCOCOCOCO-VANKOMICINAS (REV), YRA DIDĖJANTI HOSPITALIZUOTŲ PACIENTŲ PROBLEMA IR DAŽNAI SUKELIA INFEKCIJAS PO GYDYMO ANTIBIOTIKAIS. ERV INFEKCIJOS PAPRASTAI PRASIDEDA ŽARNYNE. NORMALIOMIS SĄLYGOMIS MŪSŲ ŽARNYNAS KOLONIZUOJA ŠIMTUS SIMMENSINIŲ BAKTERIJŲ, MIKROBIOTOS, KURI SLOPINA ŽARNYNO KOLONIZACIJĄ VRE, KURI VADINAMA „ATSPARUMU KOLONIZACIJAI“ (CR). PRIEŠINGAI, ANTIBIOTIKŲ VARTOJIMAS KEIČIA MIKROBIOTOS SUDĖTĮ, KURI LEIDŽIA VRE KOLONIZUOTI ŽARNYNĄ IR TADA IŠPLISTI Į KRAUJĄ, KUR JIS GALI KELTI PAVOJŲ PACIENTO GYVENIMUI. TODĖL LABAI SVARBU SUPRASTI, KAIP IR KOKIE MIKROBIOTOS NARIAI SUTEIKIA CR IR KAIP ANTIBIOTIKAI SKATINA INFEKCIJĄ, JEI NORIME UŽKIRSTI KELIĄ VRE INFEKCIJOMS. TAČIAU DĖL TO, KAD NĖRA MIKROBIOTOS ANALIZĖS METODŲ, BUVO SUNKU IŠTIRTI ŠIĄ KLINIŠKAI SVARBIĄ SRITĮ. LAIMEI, NAUJI MASĖS SEKOS NUSTATYMO METODAI DABAR LEIDŽIA ATLIKTI IŠSAMŲ MIKROBIOTOS IR JOS GENŲ (MIKROBIOMO) TYRIMĄ. MŪSŲ GRUPĖ SUKŪRĖ ŠIĄ NAUJĄ METODIKĄ, SKIRTĄ NUSTATYTI MIKROBIOTOS POKYČIUS, KURIE SKATINA VRE KOLONIZACIJĄ IR NUSTATO TAS BAKTERINES RŪŠIS, KURIOS SUTEIKIA CR. MES PARODĖME, KAD TAM TIKRŲ BAKTERIJŲ PAŠALINIMAS IŠ MIKROBIOTOS, ĮSKAITANT BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, PADIDINA INFEKCIJOS RIZIKĄ. BE TO, PELĖMS, GYDOMOMS ANTIBIOTIKAIS SU ŠIOMIS BAKTERIJOMIS, IŠTIRPINANT DAUG MAŽIAU VRE SUKELIAMOS KOLONIZACIJOS. NUSTATĘ SPECIFINES MIKROBIOTOS BAKTERIJAS, KURIOS SKATINA CR, ŠIAME PROJEKTE SIŪLOME NUSTATYTI MECHANIZMUS, KURIAIS ŠIOS BAKTERIJOS SUTEIKIA APSAUGĄ. MŪSŲ PASKELBTI REZULTATAI RODO, KAD MIKROBIOTA SUTEIKIA CR NESANT ESMINIŲ IMUNINĖS SISTEMOS KOMPONENTŲ. TODĖL ŠIAME PROJEKTE DAUGIAUSIA DĖMESIO SKIRSIME MECHANIZMAMS, KURIAIS MIKROBIOTA TIESIOGIAI SUTEIKIA ATSPARUMĄ (MAISTINIŲ MEDŽIAGŲ KOMPETENCIJĄ, SLOPINANČIŲ MEDŽIAGŲ GAMYBĄ). NORĖDAMI PASIEKTI ŠĮ TIKSLĄ, PIRMIAUSIA NUSTATYSIME MAISTINES MEDŽIAGAS, KURIAS PELĖS ŽARNYNE NAUDOJA PATOGENAS IR APSAUGINĖS BAKTERIJOS (BPS). TAM MES NAUDOSIME OMIC METODUS (METAGENOMICA IR METATRANSCRIPTOMICA) GENAMS, IŠREIKŠTIEMS ĮSIGYTI IN VIVO MAISTINIŲ MEDŽIAGŲ, IR METABOLIZMO METODAIS NUSTATYTI MAISTINES MEDŽIAGAS, KURIOS SUMAŽĖJO IN VIVO PO KOLONIZACIJOS VRE ARBA BPS. BE TO, IN VITRO NUSTATYSIME MAISTINES MEDŽIAGAS, KURIOS YRA BŪTINOS VRE AUGIMUI, O PERKELDAMI IN VIVO MUTANTUS NUSTATYSIME GENUS, KURIUOS VRE REIKIA KOLONIZUOTI ŽARNYNE IR ĮSIGYTI MAISTINIŲ MEDŽIAGŲ. APIBRĖŽUS VRE IR BPS TAIKOMAS MAISTINIŲ MEDŽIAGŲ NAUDOJIMO STRATEGIJAS, IN VITRO IR IN VIVO COMPETICION BANDYMAI PARODYS MAISTINIŲ MEDŽIAGŲ KONKURENCIJOS POVEIKĮ VRE IR VRE. KITA VERTUS, PAGAL BPS IN VIVO OMINIUS PROFILIUS BUS NUSTATYTOS GALIMOS INHIBITORIŲ MOLEKULĖS, KURIOS BUS BANDOMOS ATLIEKANT AUGIMO SLOPINIMO TYRIMUS, SIEKIANT APIBRĖŽTI ŠIŲ MOLEKULIŲ VAIDMENĮ VR. ŠIO PROJEKTO METU GAUTA INFORMACIJA PASKATINS KURTI NAUJAS GYDYMO STRATEGIJAS, SKIRTAS KOVAI SU ERV INFEKCIJOMIS – PATOGENU, KURIS ĮGYJA ATSPARUMĄ KELETUI GALIMŲ GYDYMO BŪDŲ. (Lithuanian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    PATOGENI OTPORNI NA ANTIBIOTIKE, KAO ŠTO JE ENTEROCOCOCO-OTPORAN NA VANKOMICIN (REV) SVE SU VEĆI PROBLEM KOD HOSPITALIZIRANIH BOLESNIKA I ČESTO UZROKUJU INFEKCIJE NAKON LIJEČENJA ANTIBIOTICIMA. INFEKCIJE ERV-OM OBIČNO POČINJU U CRIJEVIMA. U NORMALNIM UVJETIMA, NAŠE CRIJEVO KOLONIZIRA STOTINE KOMENZALNIH BAKTERIJA, MIKROBIOTA, KOJA INHIBIRA CRIJEVNU KOLONIZACIJU VRE-OM, KOJA SE NAZIVA „REZISTENCIJA KOLONIZACIJE” (CR). S DRUGE STRANE, PRIMJENA ANTIBIOTIKA MIJENJA SASTAV MIKROBIOTE, ŠTO VRE-U OMOGUĆUJE KOLONIZIRANJE CRIJEVA I ZATIM ŠIRENJE U KRV GDJE MOŽE UGROZITI ŽIVOT PACIJENTA. STOGA JE RAZUMIJEVANJE KAKO I ŠTO ČLANOVI MIKROBIOTA DAJU CR I KAKO ANTIBIOTICI PROMOVIRAJU INFEKCIJU KLJUČNO AKO ŽELIMO SPRIJEČITI INFEKCIJE VRE-OM. MEĐUTIM, NEDOSTATAK TEHNIKA ZA ANALIZU MIKROBIOTE OTEŽAO JE PROUČAVANJE OVOG KLINIČKI RELEVANTNOG POLJA. SREĆOM, NOVE TEHNIKE SEKVENCIRANJA MASE SADA OMOGUĆUJU DETALJNO PROUČAVANJE MIKROBIOTE I NJEZINIH GENA (MIKROBIOMA). NAŠA GRUPA JE PIONIR OVU NOVU METODOLOGIJU ZA IDENTIFIKACIJU MIKROBIOTA PROMJENE KOJE PROMIČU VRE KOLONIZACIJU I IDENTIFICIRATI ONE BAKTERIJSKE VRSTE KOJE DAJU CR. POKAZALI SMO DA UKLANJANJE ODREĐENIH BAKTERIJA IZ MIKROBIOTE, UKLJUČUJUĆI BARNESIELLU, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, POVEĆAVA RIZIK OD INFEKCIJE. NADALJE, REKONSTITUCIJA MIŠEVA LIJEČENIH ANTIBIOTICIMA S TIM BAKTERIJAMA ZNATNO SMANJUJE KOLONIZACIJU VRE-OM. NAKON ŠTO SMO IDENTIFICIRALI SPECIFIČNE MIKROBIOTA BAKTERIJE KOJE PROMIČU CR, U OVOM PROJEKTU PREDLAŽEMO DA SE IDENTIFICIRAJU MEHANIZMI POMOĆU KOJIH OVE BAKTERIJE DAJU ZAŠTITU. NAŠI OBJAVLJENI REZULTATI POKAZUJU DA MIKROBIOTA DAJE CR U ODSUTNOSTI BITNIH KOMPONENTI IMUNOLOŠKOG SUSTAVA. STOGA ĆEMO SE U OVOM PROJEKTU USREDOTOČITI NA IDENTIFICIRANJE MEHANIZAMA POMOĆU KOJIH MIKROBIOTA IZRAVNO PRENOSI OTPORNOST (KOMETIKA HRANJIVIM TVARIMA, PROIZVODNJA INHIBITORNIH TVARI). DA BISMO POSTIGLI TAJ CILJ, PRVO ĆEMO DEFINIRATI HRANJIVE TVARI KOJE KORISTE PATOGENI I ZAŠTITNE BAKTERIJE (BPS) U CRIJEVIMA MIŠEVA. ZA TO ĆEMO KORISTITI OMIČKE TEHNIKE (METAGENOMICA I METATRANSCRIPTOMICA) ZA IDENTIFIKACIJU GENA IZRAŽENIH ZA DOBIVANJE IN VIVO HRANJIVIH TVARI I METABOLOMSKIH TEHNIKA ZA IDENTIFIKACIJU HRANJIVIH TVARI KOJE SU SE SMANJILE IN VIVO NAKON KOLONIZACIJE VRE ILI BPS. OSIM TOGA, IDENTIFICIRAT ĆEMO IN VITRO POMOĆU „ARRAYS” HRANJIVIH TVARI KOJE SU BITNE ZA RAST VRE-A, A POMOĆU TEHNIKE IDENTIFIKACIJE MUTANATA PRENOŠENJEM IN VIVO, IDENTIFICIRAT ĆEMO GENE KOJI VRE TREBAJU KOLONIZIRATI CRIJEVA I STEĆI HRANJIVE TVARI. NAKON ŠTO SE UTVRDE STRATEGIJE KOJE VRE I BPS KORISTE ZA ISKORIŠTAVANJE HRANJIVIH TVARI, IN VITRO I IN VIVO COMPETICION TESTOVI ĆE POKAZATI ULOGU NATJECANJA HRANJIVIH TVARI U CR NASPRAM VRE. S DRUGE STRANE, IN VIVO OMIČKI PROFILI BPS-A IDENTIFICIRAT ĆE MOGUĆE INHIBITORNE MOLEKULE KOJE ĆE SE TESTIRATI U TESTOVIMA INHIBICIJE RASTA KAKO BI SE DEFINIRALA ULOGA TIH MOLEKULA U CR. INFORMACIJE DOBIVENE U OVOM PROJEKTU POTAKNUT ĆE NOVE TERAPIJSKE STRATEGIJE ZA BORBU PROTIV INFEKCIJA ERV-OM, PATOGENA KOJI DOBIVA OTPORNOST NA NEKOLIKO DOSTUPNIH TERAPIJSKIH MOGUĆNOSTI. (Croatian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    ANTIBIOTIKARESISTENTA PATOGENER, SÅSOM ENTEROCOCOCO-VANKOMYCINRESISTENT (REV), ÄR ETT VÄXANDE PROBLEM HOS SJUKHUSPATIENTER OCH ORSAKAR OFTA INFEKTIONER EFTER ANTIBIOTIKABEHANDLING. ERV-INFEKTIONER BÖRJAR VANLIGTVIS I TARMEN. UNDER NORMALA FÖRHÅLLANDEN KOLONISERAS VÅR TARM AV HUNDRATALS KOMMENSALA BAKTERIER, MIKROBIOTAN, SOM HÄMMAR TARMKOLONIISERINGEN AV VRE, SOM KALLAS ”KOLONISERINGSRESISTENS” (CR). OMVÄNT ÄNDRAR ADMINISTRERINGEN AV ANTIBIOTIKA SAMMANSÄTTNINGEN AV MIKROBIOTAN SOM GÖR DET MÖJLIGT FÖR VRE ATT KOLONISERA TARMEN OCH SEDAN SPRIDA SIG TILL BLOD DÄR DET KAN ÄVENTYRA PATIENTENS LIV. DÄRFÖR ÄR DET AVGÖRANDE ATT FÖRSTÅ HUR OCH VAD MEDLEMMAR I MIKROBIOTAN GER CR OCH HUR ANTIBIOTIKA FRÄMJAR INFEKTION OM VI VILL FÖRHINDRA VRE-INFEKTIONER. AVSAKNADEN AV TEKNIKER FÖR ATT ANALYSERA MIKROBIOTAN HAR DOCK GJORT DET SVÅRT ATT STUDERA DETTA KLINISKT RELEVANTA OMRÅDE. LYCKLIGTVIS TILLÅTER NYA MASSSEKVENSERINGSTEKNIKER NU EN DETALJERAD STUDIE AV MIKROBIOTAN OCH DESS GENER (MIKROBIOM). VÅR GRUPP HAR BANAT VÄG FÖR DENNA NYA METODIK FÖR ATT IDENTIFIERA MIKROBIOTAFÖRÄNDRINGAR SOM FRÄMJAR VRE-KOLONISERING OCH IDENTIFIERA DE BAKTERIELLA ARTER SOM GER CR. VI HAR VISAT ATT AVLÄGSNANDET AV VISSA BAKTERIER FRÅN MIKROBIOTAN, INKLUSIVE BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, ÖKAR RISKEN FÖR INFEKTION. DESSUTOM MINSKAR REKONSTITUERINGEN AV MÖSS SOM BEHANDLATS MED ANTIBIOTIKA MED DESSA BAKTERIER AVSEVÄRT KOLONISERINGEN AV VRE. EFTER ATT HA IDENTIFIERAT SPECIFIKA MIKROBIOTABAKTERIER SOM FRÄMJAR CR FÖRESLÅR VI I DETTA PROJEKT ATT IDENTIFIERA DE MEKANISMER GENOM VILKA DESSA BAKTERIER GER SKYDD. VÅRA PUBLICERADE RESULTAT INDIKERAR ATT MIKROBIOTAN GER CR I AVSAKNAD AV VÄSENTLIGA KOMPONENTER I IMMUNSYSTEMET. DÄRFÖR KOMMER VI I DETTA PROJEKT ATT FOKUSERA PÅ ATT IDENTIFIERA MEKANISMER GENOM VILKA MIKROBIOTAN DIREKT GER RESISTENS (COMPETICION BY NUTRIENTS, PRODUCTION OF INHIBITORY SUBSTANCES). FÖR ATT UPPNÅ DETTA MÅL KOMMER VI FÖRST ATT DEFINIERA DE NÄRINGSÄMNEN SOM ANVÄNDS AV PATOGENEN OCH SKYDDANDE BAKTERIER (BPS) I MÖSSTARMEN. FÖR DETTA KOMMER VI ATT ANVÄNDA OMISKA TEKNIKER (METAGENOMICA OCH METATRANSCRIPTOMICA) FÖR ATT IDENTIFIERA GENER SOM UTTRYCKS FÖR ATT FÖRVÄRVA IN VIVO NÄRINGSÄMNEN, OCH METABOLOMISKA TEKNIKER FÖR ATT IDENTIFIERA NÄRINGSÄMNEN SOM HAR MINSKAT IN VIVO EFTER KOLONISERING AV VRE ELLER BPS. DESSUTOM KOMMER VI ATT IDENTIFIERA IN VITRO MED ”ARRAYS” DE NÄRINGSÄMNEN SOM ÄR VÄSENTLIGA FÖR TILLVÄXTEN AV VRE, OCH MED HJÄLP AV EN TEKNIK FÖR IDENTIFIERING AV MUTANTER GENOM INFÖRLIVANDE IN VIVO, KOMMER VI ATT IDENTIFIERA GENER SOM VRE BEHÖVER FÖR ATT KOLONISERA TARMEN OCH FÖRVÄRVA NÄRINGSÄMNEN. NÄR VÄL DE STRATEGIER SOM VRE OCH BPS ANVÄNDER FÖR ATT UTNYTTJA NÄRINGSÄMNEN HAR DEFINIERATS KOMMER COMPETICION-TESTER IN VITRO OCH IN VIVO ATT VISA VILKEN ROLL NÄRINGSKONKURRENS SPELAR I CR KONTRA VRE. Å ANDRA SIDAN KOMMER BPS IN VIVO OMIC PROFILER ATT IDENTIFIERA MÖJLIGA INHIBITORMOLEKYLER SOM KOMMER ATT TESTAS I TILLVÄXTHÄMNINGSTESTER FÖR ATT DEFINIERA ROLLEN FÖR DESSA MOLEKYLER I CR. DEN INFORMATION SOM ERHÅLLS I DETTA PROJEKT KOMMER ATT GE UPPHOV TILL NYA TERAPEUTISKA STRATEGIER FÖR ATT BEKÄMPA ERV-INFEKTIONER, EN PATOGEN SOM FÅR RESISTENS MOT DE FÅ TERAPEUTISKA ALTERNATIV SOM FINNS TILLGÄNGLIGA. (Swedish)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    AGENȚII PATOGENI REZISTENȚI LA ANTIBIOTICE, CUM AR FI ENTEROCOCOCO-VANCOMICINĂ REZISTENTĂ (REV) REPREZINTĂ O PROBLEMĂ DIN CE ÎN CE MAI MARE LA PACIENȚII SPITALIZAȚI ȘI CAUZEAZĂ ADESEA INFECȚII DUPĂ TRATAMENTUL CU ANTIBIOTICE. INFECȚIILE ERV ÎNCEP DE OBICEI ÎN INTESTIN. ÎN CONDIȚII NORMALE, INTESTINUL NOSTRU ESTE COLONIZAT DE SUTE DE BACTERII COMENSALE, MICROBIOTA, CARE INHIBĂ COLONIZAREA INTESTINALĂ PRIN VRE, CARE SE NUMEȘTE „REZISTENȚĂ LA COLONIZARE” (CR). ÎN SCHIMB, ADMINISTRAREA ANTIBIOTICELOR MODIFICĂ COMPOZIȚIA MICROBIOTEI, CEEA CE PERMITE VRE SĂ COLONIZEZE INTESTINUL ȘI APOI SĂ SE RĂSPÂNDEASCĂ ÎN SÂNGE, UNDE POATE PUNE ÎN PERICOL VIAȚA PACIENTULUI. PRIN URMARE, ÎNȚELEGEREA MODULUI ȘI A CEEA CE MEMBRII MICROBIOTEI CONFERĂ CR ȘI MODUL ÎN CARE ANTIBIOTICELE PROMOVEAZĂ INFECȚIA ESTE CRUCIALĂ DACĂ DORIM SĂ PREVENIM INFECȚIILE CU VRE. CU TOATE ACESTEA, ABSENȚA TEHNICILOR DE ANALIZĂ A MICROBIOTEI A FĂCUT DIFICILĂ STUDIEREA ACESTUI DOMENIU RELEVANT DIN PUNCT DE VEDERE CLINIC. DIN FERICIRE, NOILE TEHNICI DE SECVENȚIERE ÎN MASĂ PERMIT ACUM STUDIUL DETALIAT AL MICROBIOTEI ȘI GENELOR SALE (MICROBIOME). GRUPUL NOSTRU A PIONIERAT ACEASTĂ NOUĂ METODOLOGIE PENTRU A IDENTIFICA MODIFICĂRILE MICROBIOTEI CARE PROMOVEAZĂ COLONIZAREA VRE ȘI PENTRU A IDENTIFICA ACELE SPECII BACTERIENE CARE CONFERĂ CR. AM DEMONSTRAT CĂ ELIMINAREA ANUMITOR BACTERII DIN MICROBIOTE, INCLUSIV BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, CREȘTE RISCUL DE INFECȚIE. ÎN PLUS, RECONSTITUIREA ȘOARECILOR TRATAȚI CU ANTIBIOTICE CU ACESTE BACTERII SCADE CONSIDERABIL COLONIZAREA PRIN VRE. DUPĂ IDENTIFICAREA BACTERIILOR MICROBIOTE SPECIFICE CARE PROMOVEAZĂ CR, ÎN ACEST PROIECT PROPUNEM IDENTIFICAREA MECANISMELOR PRIN CARE ACESTE BACTERII CONFERĂ PROTECȚIE. REZULTATELE NOASTRE PUBLICATE INDICĂ FAPTUL CĂ MICROBIOTA CONFERĂ CR ÎN ABSENȚA COMPONENTELOR ESENȚIALE ALE SISTEMULUI IMUNITAR. PRIN URMARE, ÎN ACEST PROIECT NE VOM CONCENTRA PE IDENTIFICAREA MECANISMELOR PRIN CARE MICROBIOTA CONFERĂ ÎN MOD DIRECT REZISTENȚĂ (COMPETENȚA CU NUTRIENȚI, PRODUCEREA DE SUBSTANȚE INHIBITOARE). PENTRU A ATINGE ACEST OBIECTIV, VOM DEFINI MAI ÎNTÂI NUTRIENȚII UTILIZAȚI DE AGENTUL PATOGEN ȘI BACTERIILE PROTECTOARE (BPS) ÎN INTESTINUL ȘOARECILOR. PENTRU ACEASTA VOM FOLOSI TEHNICI OMICE (METAGENOMICA ȘI METATRANSCRIPTOMICA) PENTRU A IDENTIFICA GENELE EXPRIMATE PENTRU A ACHIZIȚIONA NUTRIENȚI IN VIVO ȘI TEHNICI METABOLOMICE PENTRU IDENTIFICAREA NUTRIENȚILOR CARE AU SCĂZUT IN VIVO DUPĂ COLONIZARE PRIN VRE SAU BPS. ÎN PLUS, VOM IDENTIFICA IN VITRO PRIN „ARRAYS” NUTRIENȚII CARE SUNT ESENȚIALI PENTRU CREȘTEREA VRE, ȘI PRINTR-O TEHNICĂ DE IDENTIFICARE A MUTANȚILOR PRIN TRANSPUNERE IN VIVO, VOM IDENTIFICA GENELE DE CARE VRE ARE NEVOIE PENTRU A COLONIZA INTESTINUL ȘI A OBȚINE NUTRIENȚI. DUPĂ DEFINIREA STRATEGIILOR UTILIZATE DE VRE ȘI BPS PENTRU EXPLOATAREA NUTRIENȚILOR, TESTELE DE COMPETICION IN VITRO ȘI IN VIVO VOR DEMONSTRA ROLUL CONCURENȚEI NUTRIENȚILOR ÎN CR VERSUS VRE. PE DE ALTĂ PARTE, PROFILURILE OMICE IN VIVO ALE BPS VOR IDENTIFICA POSIBILE MOLECULE DE INHIBITOR CARE VOR FI TESTATE ÎN TESTELE DE INHIBARE A CREȘTERII PENTRU A DEFINI ROLUL ACESTOR MOLECULE ÎN CR. INFORMAȚIILE OBȚINUTE ÎN CADRUL ACESTUI PROIECT VOR DA NAȘTERE UNOR NOI STRATEGII TERAPEUTICE DE COMBATERE A INFECȚIILOR CU ERV, UN AGENT PATOGEN CARE DOBÂNDEȘTE REZISTENȚĂ LA PUȚINELE OPȚIUNI TERAPEUTICE DISPONIBILE. (Romanian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    PATOGENI, ODPORNI NA ANTIBIOTIKE, KOT JE ENTEROCOCOCOCO-VANCOMICIN (REV), SO VEDNO VEČJI PROBLEM PRI HOSPITALIZIRANIH BOLNIKIH IN POGOSTO POVZROČAJO OKUŽBE PO ZDRAVLJENJU Z ANTIBIOTIKI. OKUŽBE Z ERV SE OBIČAJNO ZAČNEJO V ČREVESJU. V NORMALNIH POGOJIH NAŠE ČREVESJE KOLONIZIRA VEČ STO KOMENZALNIH BAKTERIJ, MIKROBIOTA, KI ZAVIRA ČREVESNO KOLONIZACIJO Z VRE, KI SE IMENUJE „ODPORNOST NA KOLONIZACIJO“ (CR). NASPROTNO PA UPORABA ANTIBIOTIKOV SPREMENI SESTAVO MIKROBIOTE, KAR OMOGOČA, DA VRE KOLONIZIRA ČREVESJE IN SE NATO RAZŠIRI V KRI, KJER LAHKO OGROZI BOLNIKOVO ŽIVLJENJE. ZATO JE RAZUMEVANJE, KAKO IN KAJ ČLANI MIKROBIOTE PRENAŠAJO CR IN KAKO ANTIBIOTIKI SPODBUJAJO OKUŽBO, KLJUČNEGA POMENA, ČE ŽELIMO PREPREČITI OKUŽBE Z VRE. VENDAR PA JE ZARADI POMANJKANJA TEHNIK ZA ANALIZO MIKROBIOTA TEŽKO PREUČITI TO KLINIČNO POMEMBNO PODROČJE. NA SREČO NOVE TEHNIKE SEKVENCIRANJA MASE ZDAJ OMOGOČAJO PODROBNO ŠTUDIJO MIKROBIOTE IN NJENIH GENOV (MIKROBIOM). NAŠA SKUPINA JE PIONIR TO NOVO METODOLOGIJO ZA IDENTIFIKACIJO MIKROBIOTA SPREMEMB, KI SPODBUJAJO KOLONIZACIJO VRE IN PREPOZNATI TISTE BAKTERIJSKE VRSTE, KI POVZROČAJO CR. POKAZALI SMO, DA ODSTRANITEV NEKATERIH BAKTERIJ IZ MIKROBIOTE, VKLJUČNO Z BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, POVEČA TVEGANJE ZA OKUŽBO. POLEG TEGA REKONSTITUCIJA MIŠI, ZDRAVLJENIH Z ANTIBIOTIKI S TEMI BAKTERIJAMI, ZNATNO ZMANJŠA KOLONIZACIJO Z VRE. PO OPREDELITVI SPECIFIČNIH MIKROBIOTNIH BAKTERIJ, KI SPODBUJAJO CR, V TEM PROJEKTU PREDLAGAMO, DA SE OPREDELIJO MEHANIZMI, S KATERIMI TE BAKTERIJE ZAGOTAVLJAJO ZAŠČITO. NAŠI OBJAVLJENI REZULTATI KAŽEJO, DA MIKROBIOTA POVZROČI CR V ODSOTNOSTI BISTVENIH SESTAVIN IMUNSKEGA SISTEMA. ZATO SE BOMO V TEM PROJEKTU OSREDOTOČILI NA DOLOČANJE MEHANIZMOV, S KATERIMI MIKROBIOTA NEPOSREDNO POVZROČA ODPORNOST (KOMETIKA S HRANILI, PROIZVODNJA INHIBITIVNIH SNOVI). DA BI DOSEGLI TA CILJ, BOMO NAJPREJ OPREDELILI HRANILA, KI JIH UPORABLJAJO PATOGENI IN ZAŠČITNE BAKTERIJE (BPS) V ČREVESJU MIŠI. ZA TO BOMO UPORABILI OMIČNE TEHNIKE (METAGENOMICA IN METATRANSCRIPTOMICA) ZA IDENTIFIKACIJO GENOV, IZRAŽENIH ZA PRIDOBIVANJE HRANIL IN VIVO, IN METABOLOMSKIH TEHNIK ZA IDENTIFIKACIJO HRANIL, KI SO SE IN VIVO ZMANJŠALA PO KOLONIZACIJI Z VRE ALI BPS. POLEG TEGA BOMO IN VITRO IDENTIFICIRALI HRANILA, KI SO BISTVENA ZA RAST VRE, S TEHNIKO IDENTIFIKACIJE MUTANTOV S PRENOSOM IN VIVO PA BOMO IDENTIFICIRALI GENE, KI JIH VRE POTREBUJE ZA KOLONIZACIJO ČREVESJA IN PRIDOBIVANJE HRANIL. KO BODO OPREDELJENE STRATEGIJE, KI JIH UPORABLJATA VRE IN BPS ZA IZKORIŠČANJE HRANILNIH SNOVI, BODO PRESKUSI IN VITRO IN IN VIVO POKAZALI VLOGO KONKURENCE HRANIL PRI CR V PRIMERJAVI Z VRE. PO DRUGI STRANI PA BODO OMIČNI PROFILI BPS IN VIVO IDENTIFICIRALI MOŽNE INHIBITORNE MOLEKULE, KI BODO PRESKUŠENE V TESTIH ZAVIRANJA RASTI, DA BI OPREDELILI VLOGO TEH MOLEKUL V CR. INFORMACIJE, PRIDOBLJENE V TEM PROJEKTU, BODO PODLAGA ZA NOVE TERAPEVTSKE STRATEGIJE ZA BOJ PROTI OKUŽBAM Z ERV, PATOGENOM, KI PRIDOBIVA ODPORNOST NA MALOŠTEVILNE RAZPOLOŽLJIVE TERAPEVTSKE MOŽNOSTI. (Slovenian)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    PATOGENY OPORNE NA ANTYBIOTYKI, TAKIE JAK OPORNOŚĆ NA WANKOMYCYNĘ ENTEROCOCO (REV) SĄ CORAZ WIĘKSZYM PROBLEMEM U PACJENTÓW HOSPITALIZOWANYCH I CZĘSTO POWODUJĄ INFEKCJE PO LECZENIU ANTYBIOTYKAMI. ZAKAŻENIA ERV ZWYKLE ROZPOCZYNAJĄ SIĘ W JELICIE. W NORMALNYCH WARUNKACH NASZE JELITO JEST KOLONIZOWANE PRZEZ SETKI BAKTERII KOMENSALNYCH, MIKROBIOTA, KTÓRA HAMUJE KOLONIZACJĘ JELIT PRZEZ VRE, NAZYWANĄ „OPORNOŚCIĄ NA KOLONIZACJĘ” (CR). NATOMIAST PODAWANIE ANTYBIOTYKÓW ZMIENIA SKŁAD MIKROBIOTY, CO POZWALA VRE NA KOLONIZACJĘ JELITA, A NASTĘPNIE ROZPRZESTRZENIENIE SIĘ DO KRWI, GDZIE MOŻE ZAGROZIĆ ŻYCIU PACJENTA. DLATEGO ZROZUMIENIE, W JAKI SPOSÓB I JAKIE ELEMENTY MIKROBIOTY NADAJĄ CR ORAZ JAK ANTYBIOTYKI PROMUJĄ INFEKCJE, MA KLUCZOWE ZNACZENIE, JEŚLI CHCEMY ZAPOBIEGAĆ INFEKCJOM VRE. BRAK TECHNIK ANALIZY MIKROBIOTY UTRUDNIA JEDNAK BADANIE TEGO KLINICZNIE ISTOTNEGO POLA. NA SZCZĘŚCIE NOWE TECHNIKI SEKWENCJONOWANIA MASY POZWALAJĄ TERAZ NA SZCZEGÓŁOWE BADANIE MIKROBIOTY I JEJ GENÓW (MIKROBIOMU). NASZA GRUPA JEST PIONIEREM TEJ NOWEJ METODOLOGII IDENTYFIKACJI ZMIAN MIKROBIOTY, KTÓRE PROMUJĄ KOLONIZACJĘ VRE I IDENTYFIKOWANIA TYCH GATUNKÓW BAKTERII, KTÓRE NADAJĄ CR. WYKAZALIŚMY, ŻE USUNIĘCIE NIEKTÓRYCH BAKTERII Z MIKROBIOTY, W TYM BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, ZWIĘKSZA RYZYKO ZAKAŻENIA. PONADTO REKONSTYTUCJA MYSZY LECZONYCH ANTYBIOTYKAMI TYMI BAKTERIAMI ZNACZNIE ZMNIEJSZA KOLONIZACJĘ PRZEZ VRE. PO ZIDENTYFIKOWANIU KONKRETNYCH BAKTERII MIKROBIOTA, KTÓRE PROMUJĄ CR, W TYM PROJEKCIE PROPONUJEMY OKREŚLENIE MECHANIZMÓW, ZA POMOCĄ KTÓRYCH TE BAKTERIE NADAJĄ OCHRONĘ. OPUBLIKOWANE PRZEZ NAS WYNIKI WSKAZUJĄ, ŻE MIKROBIOTA NADAJE CR W PRZYPADKU BRAKU ISTOTNYCH SKŁADNIKÓW UKŁADU ODPORNOŚCIOWEGO. DLATEGO W TYM PROJEKCIE SKUPIMY SIĘ NA IDENTYFIKACJI MECHANIZMÓW, ZA POMOCĄ KTÓRYCH MIKROBIOTA BEZPOŚREDNIO NADAJE ODPORNOŚĆ (COMPETICION PRZEZ SKŁADNIKI ODŻYWCZE, PRODUKCJA SUBSTANCJI HAMUJĄCYCH). ABY OSIĄGNĄĆ TEN CEL, NAJPIERW OKREŚLIMY SKŁADNIKI ODŻYWCZE STOSOWANE PRZEZ PATOGEN I BAKTERIE OCHRONNE (BPS) W JELICIE MYSZY. W TYM CELU BĘDZIEMY STOSOWAĆ TECHNIKI OMIJAJĄCE (METAGENOMICA I METATRANSCRIPTOMICA) W CELU IDENTYFIKACJI GENÓW WYRAŻONYCH W CELU UZYSKANIA SKŁADNIKÓW ODŻYWCZYCH IN VIVO ORAZ TECHNIK METABOLOMICZNYCH W CELU IDENTYFIKACJI SKŁADNIKÓW ODŻYWCZYCH, KTÓRE ZMNIEJSZYŁY SIĘ IN VIVO PO KOLONIZACJI PRZEZ VRE LUB BPS. PONADTO, BĘDZIEMY IDENTYFIKOWAĆ IN VITRO PRZEZ „ARRAYS” SKŁADNIKI ODŻYWCZE, KTÓRE SĄ NIEZBĘDNE DO WZROSTU VRE, A ZA POMOCĄ TECHNIKI IDENTYFIKACJI MUTANTÓW POPRZEZ TRANSPOZYCJĘ IN VIVO, BĘDZIEMY IDENTYFIKOWAĆ GENY, KTÓRE VRE MUSI SKOLONIZOWAĆ JELITO I POZYSKIWAĆ SKŁADNIKI ODŻYWCZE. PO ZDEFINIOWANIU STRATEGII STOSOWANYCH PRZEZ VRE I BPS W CELU WYKORZYSTANIA SKŁADNIKÓW ODŻYWCZYCH TESTY IN VITRO I IN VIVO WYKAŻĄ ROLĘ KONKURENCJI SKŁADNIKÓW POKARMOWYCH W CR W PORÓWNANIU Z VRE. Z DRUGIEJ STRONY, IN VIVO PROFILE OMICZNE BPS BĘDĄ IDENTYFIKOWAĆ MOŻLIWE CZĄSTECZKI INHIBITORÓW, KTÓRE BĘDĄ TESTOWANE W TESTACH INHIBICJI WZROSTU W CELU OKREŚLENIA ROLI TYCH CZĄSTECZEK W CR. INFORMACJE UZYSKANE W RAMACH TEGO PROJEKTU ZAOWOCUJĄ NOWYMI STRATEGIAMI TERAPEUTYCZNYMI W CELU ZWALCZANIA ZAKAŻEŃ ERV, PATOGENEM, KTÓRY UZYSKUJE OPORNOŚĆ NA KILKA DOSTĘPNYCH OPCJI TERAPEUTYCZNYCH. (Polish)
    point in time
    18 August 2022
    0 references
    location (string)
    Valencia
    0 references
    date of last update
    20 December 2023
    0 references

    Identifiers

    Spanish Kohesio ID
    SAF2014-60234-R
    0 references
     
    Retrieved from "https://linkedopendata.eu/w/index.php?title=Item:Q3166793&oldid=40447116"