Multicentric study of the population structure of Staphylococcus aureus, its relationship with the microbiome, pathogenic cocoonisation by P. aeruginosa and clinical situation in cystic fibrosis (Q3202696): Difference between revisions
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Étude multicentrique de la structure de la population de Staphylococcus aureus, de sa relation avec le microbiome, de la cocoonisation pathogène par P. aeruginosa et de la situation clinique dans la fibrose kystique | |||||||||||||||
| Property / summary | |||||||||||||||
La colonisation bronchopulmonaire par Pseudomonas aeruginosa conditionne la prise en charge du patient atteint de fibrose kystique (CF). Elle est habituellement précédée de Staphylocccus aureus qui persiste (cocolonisation) ou est déplacée par P. aeruginosa. La colonisation par S. aureus pourrait être importante à ces stades et dans l’évolution subséquente selon l’étude multicentrique précédente PI12/00734 Le projet actuel élargira les connaissances de cet agent pathogène dans les FC. La structure de la population de S. aureus chez les CF en Espagne n’est pas connue, sa relation avec les facteurs de résistance et de virulence, la dysfonction opéron agr (impliquée dans l’hétérorésistance et la virulence) et il n’y a pas d’études qui analysent la dynamique du microbiome dans les sécrétions respiratoires et son implication à différents stades (primocolonisation, colonisation chronique et exacerbation). Dans le cadre de ce projet, il abordera ces aspects en tant qu’objectifs. Chaque unité des FC (7 enfants et 9 adultes), distribuée dans toute l’Espagne, comprendra 12 patients, différenciant l’état de colonisation et les caractéristiques cliniques, avec un suivi d’un an. Les sécrétions respiratoires et les sérums seront prélevés sur chaque patient et envoyés au centre de coordination (Hosp. Ramón y Cajal) pour la culture microbiologique, la détection d’agents pathogènes, la PCR-temps réel, l’étude des populations (PFGE, MLST), la caractérisation des mécanismes de résistance aux antibiotiques de choix dans les gènes CF et virulence et les marqueurs de l’inflammation. Chez 15 patients sélectionnés, avec (n=9) et sans colonisation (n=6) par S. aureus, le microbiome et sa dynamique de colonisation de la muqueuse respiratoire seront étudiés par la métagénomique (MiSeq) et la bioinformatique. Les résultats seront comparés à ceux obtenus dans le cadre du projet PI12/00734 chez les patients colonisés par P. aeruginosa. Ces résultats serviront à l’élaboration de nouveaux outils de diagnostic et de recommandations cliniques chez les patients colonisés par S. aureus dans les FC. (French) | |||||||||||||||
| Property / summary: La colonisation bronchopulmonaire par Pseudomonas aeruginosa conditionne la prise en charge du patient atteint de fibrose kystique (CF). Elle est habituellement précédée de Staphylocccus aureus qui persiste (cocolonisation) ou est déplacée par P. aeruginosa. La colonisation par S. aureus pourrait être importante à ces stades et dans l’évolution subséquente selon l’étude multicentrique précédente PI12/00734 Le projet actuel élargira les connaissances de cet agent pathogène dans les FC. La structure de la population de S. aureus chez les CF en Espagne n’est pas connue, sa relation avec les facteurs de résistance et de virulence, la dysfonction opéron agr (impliquée dans l’hétérorésistance et la virulence) et il n’y a pas d’études qui analysent la dynamique du microbiome dans les sécrétions respiratoires et son implication à différents stades (primocolonisation, colonisation chronique et exacerbation). Dans le cadre de ce projet, il abordera ces aspects en tant qu’objectifs. Chaque unité des FC (7 enfants et 9 adultes), distribuée dans toute l’Espagne, comprendra 12 patients, différenciant l’état de colonisation et les caractéristiques cliniques, avec un suivi d’un an. Les sécrétions respiratoires et les sérums seront prélevés sur chaque patient et envoyés au centre de coordination (Hosp. Ramón y Cajal) pour la culture microbiologique, la détection d’agents pathogènes, la PCR-temps réel, l’étude des populations (PFGE, MLST), la caractérisation des mécanismes de résistance aux antibiotiques de choix dans les gènes CF et virulence et les marqueurs de l’inflammation. Chez 15 patients sélectionnés, avec (n=9) et sans colonisation (n=6) par S. aureus, le microbiome et sa dynamique de colonisation de la muqueuse respiratoire seront étudiés par la métagénomique (MiSeq) et la bioinformatique. Les résultats seront comparés à ceux obtenus dans le cadre du projet PI12/00734 chez les patients colonisés par P. aeruginosa. Ces résultats serviront à l’élaboration de nouveaux outils de diagnostic et de recommandations cliniques chez les patients colonisés par S. aureus dans les FC. (French) / rank | |||||||||||||||
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| Property / summary: La colonisation bronchopulmonaire par Pseudomonas aeruginosa conditionne la prise en charge du patient atteint de fibrose kystique (CF). Elle est habituellement précédée de Staphylocccus aureus qui persiste (cocolonisation) ou est déplacée par P. aeruginosa. La colonisation par S. aureus pourrait être importante à ces stades et dans l’évolution subséquente selon l’étude multicentrique précédente PI12/00734 Le projet actuel élargira les connaissances de cet agent pathogène dans les FC. La structure de la population de S. aureus chez les CF en Espagne n’est pas connue, sa relation avec les facteurs de résistance et de virulence, la dysfonction opéron agr (impliquée dans l’hétérorésistance et la virulence) et il n’y a pas d’études qui analysent la dynamique du microbiome dans les sécrétions respiratoires et son implication à différents stades (primocolonisation, colonisation chronique et exacerbation). Dans le cadre de ce projet, il abordera ces aspects en tant qu’objectifs. Chaque unité des FC (7 enfants et 9 adultes), distribuée dans toute l’Espagne, comprendra 12 patients, différenciant l’état de colonisation et les caractéristiques cliniques, avec un suivi d’un an. Les sécrétions respiratoires et les sérums seront prélevés sur chaque patient et envoyés au centre de coordination (Hosp. Ramón y Cajal) pour la culture microbiologique, la détection d’agents pathogènes, la PCR-temps réel, l’étude des populations (PFGE, MLST), la caractérisation des mécanismes de résistance aux antibiotiques de choix dans les gènes CF et virulence et les marqueurs de l’inflammation. Chez 15 patients sélectionnés, avec (n=9) et sans colonisation (n=6) par S. aureus, le microbiome et sa dynamique de colonisation de la muqueuse respiratoire seront étudiés par la métagénomique (MiSeq) et la bioinformatique. Les résultats seront comparés à ceux obtenus dans le cadre du projet PI12/00734 chez les patients colonisés par P. aeruginosa. Ces résultats serviront à l’élaboration de nouveaux outils de diagnostic et de recommandations cliniques chez les patients colonisés par S. aureus dans les FC. (French) / qualifier | |||||||||||||||
point in time: 5 December 2021
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Revision as of 00:06, 5 December 2021
Project Q3202696 in Spain
| Language | Label | Description | Also known as |
|---|---|---|---|
| English | Multicentric study of the population structure of Staphylococcus aureus, its relationship with the microbiome, pathogenic cocoonisation by P. aeruginosa and clinical situation in cystic fibrosis |
Project Q3202696 in Spain |
Statements
81,375.0 Euro
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162,750.0 Euro
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50.0 percent
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1 January 2016
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31 March 2020
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FUNDACION INVESTIGACION BIOMEDICA HOSPITAL RAMON Y CAJAL
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40°25'0.12"N, 3°42'12.89"W
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28079
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La colonización broncopulmonar por Pseudomonas aeruginosa condiciona el manejo del paciente con fibrosis quística (FQ). Suele estar precedida por Staphylocccus aureus que persiste (co-colonización) o es desplazado por P. aeruginosa. La colonización por S. aureus podría tener importancia en estos estadios y en la evolución posterior según el estudio multicéntrico previo PI12/00734 El proyecto actual ampliará los conocimientos de este patógeno en FQ. No se conoce la estructura poblacional de S. aureus en FQ en España, su relación con la resistencia y factores de virulencia, disfunción del operon agr (implicado en heterorresistencia y virulencia) y no hay estudios que analicen la dinámica del microbioma en las secreciones respiratorias y su implicación en diferentes estadíos (primocolonización, colonización crónica y exacerbación). En este proyecto abordará estos aspectos como objetivos. Cada Unidad de FQ (7 pediátricas y 9 de adultos), distribuidas por toda España, incluirá 12 pacientes, diferenciando el estado de colonización y características clínicas, con un seguimiento de un año. Se recogerán secreciones respiratorias y sueros de cada paciente y enviarán al centro coordinador (Hosp. Ramón y Cajal) para cultivo microbiológico, detección de patógenos, PCR-tiempo real, estudio poblacional (PFGE, MLST), caracterización de mecanismos de resistencia a antibióticos de elección en FQ y genes de virulencia y marcadores de inflamación. En 15 pacientes seleccionados, con (n=9) y sin (n=6) colonización por S. aureus, se estudiará por metagenómica (MiSeq) y bioinformática el microbioma y su dinámica de colonización de la mucosa respiratoria. Los resultados se compararán con los obtenidos en el proyecto PI12/00734 en pacientes colonizados por P. aeruginosa. Estos resultados servirán para nuevas herramientas de diagnóstico y recomendaciones clínicas en pacientes colonizados por S. aureus en FQ. (Spanish)
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Bronchopulmonary colonisation by Pseudomonas aeruginosa conditions the management of the patient with cystic fibrosis (CF). It is usually preceded by Staphylocccus aureus which persists (co-colonisation) or is displaced by P. aeruginosa. Colonisation by S. aureus could be of importance in these stages and in subsequent evolution according to the previous multicenter study PI12/00734 The current project will expand the knowledge of this pathogen in CF. The population structure of S. aureus in CF in Spain is not known, its relationship with resistance and virulence factors, operon agr dysfunction (involved in hetero-resistance and virulence) and there are no studies that analyse the dynamics of the microbiome in respiratory secretions and its involvement in different stages (primocolonisation, chronic colonisation and exacerbation). In this project it will address these aspects as objectives. Each CF Unit (7 pediatrics and 9 adults), distributed throughout Spain, will include 12 patients, differentiating colonisation status and clinical characteristics, with a one-year follow-up. Respiratory secretions and serums will be collected from each patient and sent to the coordinating centre (Hosp. Ramón y Cajal) for microbiological cultivation, detection of pathogens, PCR-real time, population study (PFGE, MLST), characterisation of mechanisms of resistance to antibiotics of choice in CF and virulence genes and markers of inflammation. In 15 selected patients, with (n=9) and without (n=6) colonisation by S. aureus, the microbiome and its colonisation dynamics of the respiratory mucosa will be studied by metagenomics (MiSeq) and bioinformatics. The results will be compared with those obtained in project PI12/00734 in patients colonised by P. aeruginosa. These results will serve for new diagnostic tools and clinical recommendations in patients colonised by S. aureus in CF. (English)
13 October 2021
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La colonisation bronchopulmonaire par Pseudomonas aeruginosa conditionne la prise en charge du patient atteint de fibrose kystique (CF). Elle est habituellement précédée de Staphylocccus aureus qui persiste (cocolonisation) ou est déplacée par P. aeruginosa. La colonisation par S. aureus pourrait être importante à ces stades et dans l’évolution subséquente selon l’étude multicentrique précédente PI12/00734 Le projet actuel élargira les connaissances de cet agent pathogène dans les FC. La structure de la population de S. aureus chez les CF en Espagne n’est pas connue, sa relation avec les facteurs de résistance et de virulence, la dysfonction opéron agr (impliquée dans l’hétérorésistance et la virulence) et il n’y a pas d’études qui analysent la dynamique du microbiome dans les sécrétions respiratoires et son implication à différents stades (primocolonisation, colonisation chronique et exacerbation). Dans le cadre de ce projet, il abordera ces aspects en tant qu’objectifs. Chaque unité des FC (7 enfants et 9 adultes), distribuée dans toute l’Espagne, comprendra 12 patients, différenciant l’état de colonisation et les caractéristiques cliniques, avec un suivi d’un an. Les sécrétions respiratoires et les sérums seront prélevés sur chaque patient et envoyés au centre de coordination (Hosp. Ramón y Cajal) pour la culture microbiologique, la détection d’agents pathogènes, la PCR-temps réel, l’étude des populations (PFGE, MLST), la caractérisation des mécanismes de résistance aux antibiotiques de choix dans les gènes CF et virulence et les marqueurs de l’inflammation. Chez 15 patients sélectionnés, avec (n=9) et sans colonisation (n=6) par S. aureus, le microbiome et sa dynamique de colonisation de la muqueuse respiratoire seront étudiés par la métagénomique (MiSeq) et la bioinformatique. Les résultats seront comparés à ceux obtenus dans le cadre du projet PI12/00734 chez les patients colonisés par P. aeruginosa. Ces résultats serviront à l’élaboration de nouveaux outils de diagnostic et de recommandations cliniques chez les patients colonisés par S. aureus dans les FC. (French)
5 December 2021
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Madrid
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Identifiers
PI15_00466
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